Offering :G

Tanggal presentasi : 30 September 2020

Topik : Transkripsi pada Mahluk Hidup

Notulis :
1. Ikrimatul Hasnah
2. Mochammad Abdul Hafidh
Presenter :
Kelompok 9 :
1.
2.
Kelompok 10 :
1.
2.
Kelompok 11 :
1.
2.
Sesi Diskusi Kelompok 9
1. Ikrimatul Hasnah (Kelompok 13)
Berdasarkan dari sumber yang saya dapatkan, Gen pada prokariot diorganisasikan dalam
struktur operon. Contohnya : operon lac. Bagaimana cara kerja operon lac ini pada
prokariot? Mengapa struktur operon ini hanya ditemukan di prokariot?

Jawab : Afifahtus Sya'diyah (Kelompok 9)

Operon merupakan organisasi dari beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu
promotor. Misalnya operon lac pada metabolisme laktosa pada bakteri E.coli. Operon lac
terdiri atas tiga macam gen struktural yang mengkode tiga macam enzim yaitu, gen Z yang
mengkode β–galaktosidase, gen Y yang mengkode permease dan gen A yang mengkode
trans-asetilase. Ketiga macam gen tersebut diatur ekspresinya oleh satu promoter yang
sama. Aktivitas promoter diatur oleh gen represor yang mengkode protein represor. Ketika
ditranskripsi, operon lac akan menghasilkan satu untaian mRNA yang membawa kode-
kode genetik untuk tiga macam polipeptida berbeda. Oleh karena itu, mRNA pada
prokariotik disebut juga sebagai mRNA polisistronik. Pada eukariotik tidak terdapat operon
karena satu gen struktural dikendalikan oleh satu promoter. Sehingga dalam hal ini mRNA
pada eukariotik disebut sebagai mRNA monosistronik (Sarmoko, 2011).

Sarmoko. (2011). From Gene to Protein, Molecular Biology 2011. Yogyakarta: Universitas
Jenderal Soedirman.

2. Muhammad Ferdyansyah (Kelompok 11)

Menurut sumber yang saya baca, transkripsi dan translasi pada prokariot dapat berlangsung
secara bersamaan. Benarkah demikian? Mengapa hal ini dapat terjadi?

Jawab : Afifahtus Sya'diyah (Kelompok 9)

Pada prokariotik, proses transkripsi dan translasi dapat berlangsung secara bersamaan.
Berarti pula, prokariotik dapat melangsungkan translasi sebelum transkripsi selesai
sepenuhnya. Hal ini dapat terjadi karena pada prokariotik tidak terdapat membran inti
(nukleus), sehingga tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana
yang terjadi pada eukariotik). Maka dari itu meskipun transkripsi belum selesai, namun
translasi dapat segera dilakukan (Gardner et al, 1991).

Gardner, E. J., Simmons, M. J., & Snustad, D. P. (1991). Principles of Genetics Eighth
Edition. New York: John Wiley and Sons. Inc.

3. Maria Fransisca (Kelompok 1)

Apa yang dimaksud faktor rho dan bagaimana faktor rho digunakan pada proses transkripsi
prokariota?

Jawab : Hasyyati Labibah (Kelompok 9)

Protein rho atau faktor rho merupakan suatu protein yang terdapat di dalam sel bakteri,
yang berperan dalam memediasi penghentian proses transkripsi. Proetein rho memediasi
lepasnya RNA dari kompleks transkripsi (cetakan DNA dan RNA polimerase) (Richardson,
2013).
Protein rho bekerja pada proses transkripsi prokariotik dengan menggunakan aktivitas
ATPase untuk berpindah atau bergerak sepanjang mRNA dan pada akhirnya akan
membantu pelepasan RNA polimerase dari rantai DNA (Mitra et al, 2017).
Kemudian, untuk mekanisme tipe rho-dependent terminator sendiri yaitu dimulai dengan
rho protein akan mengikatkan diri pada rangkaian rut (rho utilization) di RNA transkrip.
Rho protein akan terus berjalan dari 5’ ke 3’ hingga bertemu dengan RNA polimerase. Saat
RNA polimerase bertemu dengan struktur hairpin, maka ia akan berhenti. Kemudian, rho
protein akan membantu RNA polimerase dan RNA transkrip lepas dari cetakan DNA
(Snustad & Simmons, 2012).

Sumber:
Mitra, P., Ghosh, G., Hafeezunnisa, Md., & Sen, R. (2017). Rho Protein: Roles and
Mechanisms. Annu Rev Microbiol. 71: 687-709.
Richardson, J. P. (2013). Brenner’s Encyclopedia Genetics (Second Edition). Academic
Press. Pp: 241-243.
Snustad, D. P. & Simmons, M. J. (2012). Principles of Genetics Sixth Edition. New York:
John Willey & Sons, Inc.
Sesi Diskusi Kelompok 10
1. Ignatia Kurniati (Kelompok 12)
Apakah yang dimaksud dengan faktor transkripsi pada eukariota?

Jawab : Aptanta Jodi M (Kelompok 10)

Pada makhluk hidup eukariotik multiseluler, seperti namanya makhluk hidup tersebut
terdiri atas banyak sel, dimana setiap sel memiliki inti dan didalamnya tersimpan DNA
yang sama diseluruh tubuhnya. Sedangkan pada manusia contohnya tubuh kita terdiri
banyak area ada kepala sampai kaki, setiap area memiliki fungsi dan cara kerja yang
berbeda sedangkan DNA yang berada pada setiap sel sama semua untuk ini lah adanya
faktor transkripsi. Faktor transkripsi ini mengatur gen apa pada DNA yang cocok
diexpresikan pada bagian sel tertentu dan gen apa yang seharusnya tidak diekspresikan
pada area sel tersebut (Khan Academy Medicine, 2014; Khan Academy, 2020).

Misalnya pada daerah hidung seharusnya DNA mengekspresikan protein protein yang
berperan dalam pembentukan saraf penciuman (bukan malah membentuk bagian protein
untuk menyusun lensa mata, dsb).

Khan Academy Medicine. (2014). Regulation of transcription | Biomolecules | MCAT |

Khan Academy (Online). Khan Academy Medicine Publication, Accessed at
https://www.youtube.com/watch?v=ypH-hDKpCY0

Khan Academy. (2020). Transcription factors (Online). Khan Academy Publication,

Accessed at https://www.khanacademy.org/science/ap-biology/gene-expression-and-
regulation/regulation-of-gene-expression-and-cell-specialization/a/eukaryotic-transcription-
factors

Tambahan Jawaban: Ahmad Fadil Alfat (Kelompok 10)

Faktor transkripsi ( TF ) (atau faktor pengikat DNA spesifik urutan ) adalah protein yang
mengontrol laju transkripsi informasi genetik dari DNA ke RNA pembawa pesan , dengan
mengikat urutan DNA tertentu (Latchman, 1997; & Karin, 1990). TF berfungsi untuk
mengatur, menghidupkan dan mematikan gen untuk memastikan bahwa mereka
diekspresikan dalam sel yang tepat pada waktu yang tepat dan dalam jumlah yang tepat
sepanjang hidup sel dan organisme. Kelompok TF berfungsi secara terkoordinasi untuk
mengarahkan pembelahan sel , pertumbuhan sel , dan kematian sel sepanjang hidup;
migrasi sel dan organisasi ( body plan ) selama perkembangan embrio; dan kadang-kadang
menanggapi sinyal dari luar sel, seperti hormon . Ada hingga 1.600 TF dalam genom
manusia (Babu, et al, 2004)

Daftar Rujukan:

Latchman DS (December 1997). "Transcription factors: an overview". The International

Journal of Biochemistry & Cell Biology. 29 (12): 1305–12. doi:10.1016/S1357-
2725(97)00085-X. PMC 2002184. PMID 9570129.

Karin M (February 1990). "Too many transcription factors: positive and negative
interactions". The New Biologist. 2 (2): 126–31. PMID 2128034.

Babu MM, Luscombe NM, Aravind L, Gerstein M, Teichmann SA (June 2004). "Structure
and evolution of transcriptional regulatory networks" (PDF). Current Opinion in Structural
Biology. 14 (3): 283–91. doi:10.1016/j.sbi.2004.05.004. PMID 15193307.

Tambahan Jawaban: Aptanta Jodi M (Kelompok 10)

Senyawa yang berperan pada faktor transkripsi berupa beberapa jenis protein yaitu RNA
polymerase II (pembentukan pre-mRNA), general transcript factor (membantu RNA
polymerase menempel pada binding site), activator dan repressor (berperan dalam
mengatur gen yang di transkripsi) (Khan Academy, 2020; Latchman, 1990).
Latchman, D. S. (1990). Eukaryotic transcription factors. Biochemistry Journal, 270(1),
281-289. Accessed at
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1131717/pdf/biochemj00176-0011.pdf

Khan Academy. (2020). Transcription factors (Online). Khan Academy Publication,

Accessed at https://www.khanacademy.org/science/ap-biology/gene-expression-and-
regulation/regulation-of-gene-expression-and-cell-specialization/a/eukaryotic-transcription-
factors

2. Dina Febriyanti (Kelompok 3)

Apa yang menyebabkan RNA polimerase II pada eukariotik tidak menempel secara
langsung pada DNA?
Terima kasih.
Jawab : Aptanta Jodi M (Kelompok 10)
Sebelum RNA polymerase menempel pada binding site ia harus berkolaborasi dengan
faktor transkripsi terlebih dahulu agar tidak sembarang gen yang diekspresikan seperti
penjelasan dari pertanyaan Ignatia. Pertama tama aktivator, repressor, dan general
transcription factor menentukan mana gen yang akan diekspresikan dan menempel pada
binding site yang dimiliki gen tersebut. Setelah itu baru RNA polymerase bergabung
dengan aktivator, supressor, dan general transcription factor untuk membentuk basic
transcription apparatus yang dapat mentranskripsi DNA template menjadi mRNA (Khan
Academy Medicine, 2014; Lathcman, 1990).

Khan Academy Medicine. (2014). Regulation of transcription | Biomolecules | MCAT |

Khan Academy (Online). Khan Academy Medicine Publication, Accessed at
https://www.youtube.com/watch?v=ypH-hDKpCY0
Latchman, D. S. (1990). Eukaryotic transcription factors. Biochemistry Journal, 270(1),
281-289. Accessed at
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1131717/pdf/biochemj00176-0011.pdf

Tambahan Jawaban: Samsul Arifin (Kelompok 11)

Transkripsi gen kelas II dilakukan oleh RNA polymerase II yang dibantu oleh beberapa
faktor transkripsi umum. Penyusus kompleks faktor transkripsi umum dan RNA polimerase
II pada daerah promoter membentuk komplek prainisiasi yang akan segera
mengawalitranskripsi jika ada nukleotida. Ikatan semacam ini membuat daerah promoter
menjaditerbuka, sehingga RNA polimerase II dapat membaca urutan DNA pada cetakan.
Faktor transkripsi umum yang berperan dalam mengarahkan RNA polymerase II ke
promoter adalahTFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, dan TFIIC. Faktor-faktor
transkripsi tersebut akan menempel kedaerah promoter secara bertahap sebelum akhirnya
terbentuk kompleks prainisiasi.

Snustad, D. P. & Simmons, M. J. 2012. Principles of Genetics 6th Edition. New York: John
Wiley & Sons, Inc.

Tambahan Jawaban: Ahmad Fadil Al Fatin (Kelompok 10)

Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada
prokariot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktor-faktor
transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pada daerah promoter. RNA polimerase
eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter, melainkan
melalui

perantara protein-protein lain, yang disebut faktor transkripsi (transcription factor = TF).
TF
dibedakan 2, yaitu :
(a) TF umum, TF umum dalam mengarahkan RNA polimerase II ke promoter adalah
TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFIIJ.
(b) TF yg khusus untuk suatu gen.

Rujukan:
Snustad, D. P. dan Simmons, M. J. 2012. Principles of Genetics Sixth Edition. New York:
John Wiley & Sons, Inc.

3. Astrid Shabrina Kesumareswari (Kelompok 7)

Transkripsi dan translasi dilakukan secara bersama dalam prokariota. Mengapa hal ini tidak
terjadi pada eukariota?
Jawab : Ahmad Fadil Al Fatin (Kelompok 10)
Translasi dan transkripsi pada eukariot tidak bisa terjadi bersama-sama seperti prokariot,
karena transkripsi pada eukariot terjadi pada nukleus dan setelah itu, eukariot melakukan
memodifikasi menjadi 3 cara tersebut. Setelah itu barulah terjadi proses translasi di dalam
sitoplasma.

Berbeda dengan prokariot dimana transkripsi dan translasi dapat terjadi secara bersama-
sama karena prokariot tidak memiliki nukleus dan proses transkripsi serta translasi terjadi
di dalam sitoplasma (Holden, 2018).

Daftar Rujukan:
Holden, W. (2018). Transcription in Prokaryotes vs. Eukaryotes (Online). Biology
Professor Publication, Accessed at https://www.youtube.com/watch?v=Amfz59f87YU
Sesi Diskusi Kelompok 11
1. Mochammad Abdul Hafidh (Kelompok 13)
Berdasarkan materi yang telah dijelaskan, dalam proses inisiasi transkripsi
pada eukariotik terdapat protein yang disebut faktor transkripsi. Faktor tersebut dibagi
menjadi 2 yaitu faktor transkripsi umum dan faktor transkripsi khusus. Apa perbedaan dari
kedua protein tersebut dan mungkin bisa dijelaskan perannya saat proses inisiasi

Jawab : Samsul Arifin (Kelompok 11)

Pada saat akan terjadi inisiasi, RNA polimerase eukariot tidak menempel secara langsung
pada DNA di daerah promotor, melainkan melalui perantaraan suatu protein-protein lain
yang disebut faktor transkripsi (transcription factor = TF). TF dibedakan 2, yaitu :
(1) TF umum, yaitu faktor transkripsi yang ada pada inisiasi umumnya. TF umum dalam
mengarahkan RNA polimerase II ke promoter adalah TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF,
TFIIH, dan TFIIJ.
(2) TF khusus, yaitu faktor transkripsi yang hanya untuk suatu gen tertentu saja.

Snustad, D. P. & Simmons, M. J. 2012. Principles of Genetics 6th Edition. New York: John
Wiley & Sons, Inc.

2. Gherda Shintya (Kelompok 5)

Organisme eukariot memiliki mekanisme penambahan intron pada saat transkripsi.
Sedangkan, pada akhirnya intron akan dibuang begitu saja. Jelaskan mengapa intron
dibentuk padahal pada akhirnya dibuang begitu saja?

Jawab : Samsul Arifin (Kelompok 11)

Menurut penelitian, terdapat hipotesis mengapa intron dibentuk.
1. Intron- Early (IE), Pada awalnya intron banyak ditemukan pada organism purba/awal
prokariotik maupun eukariotik. Kemudian intron menghilang pada organism prokariotik
disebabkan untuk efesiensi kelangsungan hidupnya. Fakta yang menjadi dasar teori ini
adalah intron memfasilitasi exon sebagai domain dalam pembentukan potein. Model ini
memungkinkan adanya evolusi gen baru.
2. Intron-Late (IL). Pada awalnya intron berupa parasit yang memiliki gen yang disebut
transposable elemen. Gen ini masuk pada organism yang tidak memiliki intron kemudian
terakmulasi sehingga terbentuk dalam rangkain DNA yang ditranskripsi sebagai intron.
Model ini didasarkan pada adanya speciomal intron yang ditemui hanya pada organism
eukariotik
Sel membutuhkan sejumlah energi untuk membentuk sejumlah intron dalam rangkaian
DNA,

Deutsch, M. & M. Long 1999. Intron–exon structures of eukaryotic model organisms.

Nucleic Acids Research. 27( 15): 3219–3228.

3. Desmona Kamilla (Kelompok 15)

kenapa pada sel prokariotik tidak terjadi penambahan saat elongasi?

Jawab : Muhammad Ferdyansyah (Kelompok 11)

Mungkin yang anda maksud yaitu mengapa pada prokariot tidak terjadi penambahan 7-
metil guanosin pada ujung 5 saat elongasi. Jadi, apabila dibandingkan dengan sel eukariot,
sel prokariot tidak mengalami penambahan 7-metil guanosin saat elongasi. Perlu kita
ketahui dahulu fungsi 7-metil guanosin tersebut. Pada awal proses perpanjangan, ujung 5
pre-mRNA eukariotik dimodifikasi dengan penambahan tutup 7-metil guanosin (7-MG).
Tutup 7-MG mengandung 5-5 triphosphate dan dua atau lebih gugus metil. Tutup 7-MG
dikenali oleh faktor protein terlibat dalam inisiasi translasi dan juga membantu melindungi
rantai RNA dari degradasi oleh nuklease. Pada prokariot, baik transkripsi maupun translasi
lebih sederhana dibandingkan pada eukariot. Selain itu, mRNA tidak perlu menembus
membran inti, karena prokariot tidak memiliki membran inti. Jadi, keberadaan 7-metil
guanosin tidak diperlukan lagi.
Snustad, D. P. & Simmons, M. J. 2012. Principles of Genetics 6th Edition. New York: John
Wiley & Sons, Inc

4. Michael Fernando (Kelompok 6)

Pada PPT sempat disinggung mengenai dogma sentral dengan pengubahan isi molekul
mRNA. Bagaimana hubungan antara kedua istilah tersebut?

Jawab : Samsul Arifin (Kelompok 11)

Menurut dogma sentral biologi molekuler, informasi genetik mengalir dari DNA menjadi
RNA menjadi protein selama ekspresi gen. Informasi genetik tersebut tidak diubah di
perantara mRNA. Namun, penemuan terkait pengubahan RNA telah menunjukkan bahwa
pengecualian memang terjadi. Proses pengubahan RNA mengubah informasi transkrip gen
dalam dua cara. Pertama, dengan mengubah struktur basis individu. Kedua, dengan
memasukkan atau menghapus residu monofosfat uridin.

Snustad, D. P. & Simmons, M. J. 2012. Principles of Genetics 6th Edition. New York: John
Wiley & Sons, Inc.

Tambahan Jawaban: Muhammad Ferdyansyah (Kelompok 11)

Jenis pengeditan RNA pada eukariot antara lain.
1. Jenis pengeditan RNA pertama, yang menghasilkan substitusi satu basis. Jenis
pengeditan ini ditemukan dalam studi apolipoprotein-B (apo-B) gen dan mRNA pada
kelinci dan manusia. Apolipoprotein adalah protein darah yang mengangkut jenis molekul
lemak tertentu dalam sistem peredaran darah. Di hati, mRNA apo-B mengkode protein
besar sepanjang 4563 asam amino. Di usus, mRNA apo-B mengarahkan sintesis protein
yang hanya sepanjang 2.153 asam amino. Pada kasus ini, C residu di pra-mRNA diubah
menjadi U, menghasilkan terjemahan UAA internal kodon terminasi, yang menghasilkan
apolipoprotein terpotong. UAA adalah salah satu dari tiga kodon yang mengakhiri rantai
polipeptida selama translasi sehingga menghasilkan produk gen yang tidak lengkap.
Konversi C → U dikatalisis oleh protein pengikat RNA spesifik-urutan dengan suatu
aktivitas yang menghilangkan gugus amino dari residu sitosin.
2. Jenis pengeditan RNA kedua terjadi di mitokondria tripanosom. Dalam kasus ini, uridine
monophosphate residu dimasukkan ke dalam transkrip gen yang menyebabkan perubahan
besar pada polipeptida yang ditentukan oleh mRNA molekul. Proses pengeditan RNA ini
dimediasi oleh guide RNA yang ditranskripsi dari gen mitokondria yang berbeda. guide
RNA berisi sekuens yang sebagian melengkapi pra-mRNA menjadi diedit. guide RNA
berfungsi sebagai templat untuk pengeditan, karena U dimasukkan ke dalam celah di
molekul premRNA yang berlawanan dengan A di guide RNA. Beberapa evolusionis
berspekulasi bahwa pengeditan RNA adalah umum di sel-sel purba, di mana banyak reaksi
diperkirakan terjadi telah dikatalisis oleh molekul RNA, bukan protein. Pandangan lain
adalah bahwa pengeditan RNA adalah mekanisme primitif untuk mengubah pola gen
ekspresi. Pengeditan RNA memainkan peran utama dalam ekspresi gen di mitokondria
tripanosom dan tumbuhan.

Snustad, D. P. & Simmons, M. J. 2012. Principles of Genetics 6th Edition. New York: John
Wiley & Sons, Inc.