BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

DNA sebagai materi genetik adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu
mengatur pertumbuhan dan diferensiasi individu organisme sehingga dihasilkan suatu
fenotipe tertentu. Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya
adalah proses transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA menjadi urutan basa
molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan proses sintesis RNA
menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan (templat)nya. Transkripsi
mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi DNA, yaitu:
1. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya dengan sumber basa
untuk sintesis DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya yang tidak berupa deoksiribosa
tetapi ribosa dan tidak adanya basa timin tetapi digantikan oleh urasil. Jadi, keempat
nukleosida trifosfat yang diperlukan adalah adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat
(GTP), sitidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP).
2. Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah satu di antara
kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis molekul RNA.Untai
DNA ini mempunyai urutan basa yang komplementer dengan urutan basa RNA48 hasil
transkripsinya, dan disebut sebagai pita antisens. Sementara itu, untai DNA pasangannya,
yang mempunyai urutan basa sama dengan urutan basa RNA, disebut sebagai pita sens.
Meskipun demikian, sebenarnya transkripsi pada umumnya tidak terjadi pada urutan basa di
sepanjang salah satu untai DNA. Jadi, bisa saja urutan basa yang ditranskripsi terdapat
berselang-seling diantara kedua untai DNA.
3. Sintesis berlangsung dengan arah 5’→ 3’ seperti halnya arah sintesis DNA.
4. Gugus 3’- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5’- trifosfat pada
nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan membebaskan dua atom
pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama dengan reaksi polimerisasi
DNA. Hanya saja enzim yang bekerja bukannya DNA polimerase, melainkan RNA
polimerase. Perbedaan yang sangat nyata di antara kedua enzim ini terletak pada kemampuan
enzim RNA polimerase untuk melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa adanya molekul primer.
Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam 4 tahap, yaitu pengenalan promoter, inisiasi,
elongasi, dan terminasi
 Proses transkripsi pada eukariot terjadi di dalam inti sel (nukleus). DNA tetap berada
di dalam nukleus, sedangkan hasil transkripsinya dikeluarkan dari nukleus menuju sitoplasma
dan melekat pada ribosom. Namun pada sel tumbuhan, transkripsi terjadi di dalam matriks
pada mitokondria dan plastida. Pada proses transkripsi, rantai DNA digunakan untuk
mencetak rantai tunggal mRNA dengan bantuan enzim RNA polimerase. Enzim tersebut
menempel pada bagian yang disebut promoter, yang terletak sebelum gen. Pertama-tama,
ikatan hidrogen di bagian DNA yang akan disalin terbuka. Akibatnya, dua rantai DNA
berpisah. Salah satu DNA berfungsi sebagai pencetak atau sense, yang lain sebagai antisense.
Pada prokaryotik, rantai RNA langsung ditranslasikan sebelum transkripsi selesai. Sedangkan
pada eukaryotik, rantai di bawah menuju sitoplasma (ribosom) untuk ditranslasi menjadi
produk gen. Pembentukan RNA pada proses transkripsi melibatkan enzim RNA polymerase.
Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang terdapat
pada molekul DNA menajadi RNA. Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA
yang disalin menjadi urutan nukleotida RNA (transkip RNA). Urutan nukleotida pada
transkrip RNA bersifat komplemeter dengan urutan DNA cetakan (DNA template), tetapi
identik dengan urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode.  

Transkripsi merupakan pembentukan/sintesis RNA dari salah satu rantai DNA,

sehingga terjadi proses pemindahan informasi genetik dari DNA ke RNA. Fungsi ini
disebut fungsi heterokatalis DNA karena DNA mampu mensintesis senyawa lain yaitu
RNA. Sebuah rantai DNA digunakan untuk mencetak rantai tunggal mRNA dengan
bantuan enzim polimerase. Enzim tersebut menempel pada kodon permulaan, umumnya
adalah kodon untuk asam amino metionin. Pertama-tama, ikatan hidrogen di bagian DNA
yang disalin terbuka. Akibatnya, dua utas DNA berpisah. Salah satu polinukleotida
berfungsi sebagai pencetak atau sense, yang lain sebagai gen atau antisense. Misalnya
pencetak memiliki urutan basa G-A-G-A-C-T, dan yang berfungsi sebagai gen memiliki
urutan basa komplemen C-T-C-T-G-A. Karena pencetaknya G-A-G-A-C-T, maka RNA
hasil cetakannya C-U-C-U-G-A. Jadi, RNA C-U-C-U-G-A merupakan hasil kopian dari
DNA C-T-C-T-G-A (gen), dan merupakan komplemen dari pencetak.

Transkripsi DNA akan menghasilkan mRNA (messenger RNA). Pada organisme

eukariot, mRNA yang dihasilkan itu tidak langsung dapat berfungsi dalam sintesis
polipeptida, sebab masih mengandung segmen-segmen yang tidak berfungsi yang
disebut intron. Sedangkan segmen-segmen yang berfungsi untuk sintesis protein
disebut ekson. Di dalam nukleus terjadi pematangan/pemasakan mRNA yaitu dengan jalan
melepaskan segmen-segmen intron dan merangkaikan segmen-segmen ekson. Gabungan
segmen-segmen ekson membentuk satu rantai/utas mRNA yang mengandung sejumlah
kodon untuk penyusunan polipeptida. Rantai mRNA ini dikenal sebagai sistron.

B. Rumusan Masalah

C. Tujuan
Adapun tujuan penulisan makalah ini yakni untuk mengetahui perbedaan trankripsi
organisme prokariotik dan eukariotik.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
A. Teori Dasar

 TRANSMISI

MEKANISME TRANSKRIPSI PADA PROKARYOT

1. Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali (promoter);
bagian struktural dan terminator. Promoter merupakan bagian gen yang berperanan
dlm mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5’.
Promoter pd prokariot juga terdiri atas operator. Bagian Struktural adalah bagian gen
yang terletak disebelah hilir (downstream) dari promoter. Bagian inilah yg
mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode genetik) yg akan ditranskripsi.
Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari bagian struktural yg
berperanan dlm pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Fungsi terminator adalah
memberikan sinyal pd enzim RNA polimerase agar menghentikan proses transkripsi.
Proses terminasi transkripsi pd prokariot dpt dikelompokkan menjadi 2 kelas, yaitu
terminasi yg ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-independent) dan diatur
oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent.
2. Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Contoh : operon lac
(operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri Escherichia
coli). Adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen
struktural.
3. Saat ditranskripsi, operon lac menghasilkan satu mRNA yg membawa kode-kode
genetik untuk 3 macam polipeptida yg berbeda : mRNA polisistronik, artinya dalam
satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu rangkaian kodon (sistron) untuk
polipeptida yang berbeda. Dengan demikian, masing-masing polipeptida akan
ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yg sama.
4. Ciri utama gen struktural pd prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi
(ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu
TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino.
Jadi, jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut akan mengkode
 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens nukleotida yang
berurutan. Jadi, pada prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip) kecuali pada
beberapa archaea tertentu.
5. Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah
promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan
eukariot)
6. Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak,
artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dpt dimulai.
7. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer
dengan cetakannya. Misal : urutan ATG pada DNA, maka hasil transkripsinya adalah
UAC. Molekul DNA yg ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang berperanan
sebagai cetakan, hanya salah satu untaiannya
8. Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi:
 Inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi),
Tahapan proses inisiasi transkripsi meliputi 4 langkah yaitu: (1) pembentukan
kompleks promoter tertutup, (2) pembentukan kompleks promoter terbuka, (3)
penggabungan beberapa nukleotida awal (sekiatar 10 nukleotida), dan (4)
perubahan konfirmasi RNA polimerase karena subunit σ dilepaskan dari
kompleks holoenzim. Subunit σ tersebut selanjutnya dapat digunakan lagi dalam
proses inisiasi transkripsi selanjutnya. Bagian DNA yang terbuka setelah RNA
polimerase menempel biasanya terjadi pada daerah sekitar -9 sampai +3 sehingga
menjadi struktur untai tunggal. Bagian DNA yang berkaitan dengan RNA
polimerase membentuk suatu struktur gelembung transkripsi (transcription
bubble) sepanjang kurang lebih 17 pasang basa. Setelah struktur promoter terbuka
secara stabil, maka selanjutnya RNA polimerase melakukan proses inisiasi
transkripsi dengan menggunakan urutan DNA cetakan sebagai panduannya.
Dalam proses transkripsi, nukleotida RNA digabungkan sehingga membentuk
transkrip RNA. Nukleotida pertama yang digabungkan hampir selalu berupa
molekul purin. Kajian pada 88 promoter menunjukkan bahwa 51% molekul RNA
diawali dengan basa A, 42% diawali dengan G, 5% diawali dengan C, dan 2%
diawali dengan U. pada awalnya basa-basa RNA yang digabungkan membentuk
ikatan hidrogen dengan basa DNA cetakan, sehingga jika urutan DNA cetakan
adalah ATG, maka basa RNA yang digabungkan adalah UAC.
 Subunit σ mempunyai peranan dalam menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi tidak
mempercepat laju pertambahan untaian RNA. Proses inisiasi transkripsi
merupakan prose yang menentukan laju transkrpisi. Inisiasi transkripsi dapat
dihambat oleh pemberian antibiotic rifampisin, tetapi antibiotic ini tidak
menghambat proses pemajangan transkrip. Penelitian yang dilakukan oleh Alfred
Heil dan Walter Zilig pada tahun 1970 membuktikan bahwa subunit RNA
polimerase yang menentukan kepekaan atau ketahanan terhadap antibiotik
rifampisin adalah subunit β.

Setelah proses inisiasi transkripsi terjadi, selanjutnya subunit σ terlepas dari

enzim inti dan dapat digunakan oleh enzim inti RNA polimerase yang lain.siklus
subunit σ tersebut pertama kali diungkapkan oleh Travers dan Burgess pada tahun
1969. Mereka menunjukan bahwa jika transkripsi berlangsung pada kekuatan
ionic yang rendah, maka RNA polimerase inti tidak terlepas dari DNA cetakan
pada ujung suatu gen. Hal ini menyebabkan inisiasi transkrisi berhenti. Jika ke
dalam  sistem tersebut dimasukkan  RNA polimerase inti yang baru maka,
transkripsi kemudian berjalan kembali. Keadaan ini menunjukkan bahwa RNA
polimerase inti yang baru tersebut kemudian bergabung dengan subunit σ yang
sebelumnya telah dilepaskan dari enzim RNA polimerase inti lainnya.

 Pemanjangan

Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa molekul RNA membentuk

hibrid dengan DNA cetakan sepanjang kurang lebih 12 nukleotida. Hibrid RNA-
DNA ini bersifat sementara sebab setelah RNA polimerasenya berjalan, maka
hibrid tersebut akan terlepas dan bagian DNA yang terbuka tersebut akhirnya
akan menutup lagi. RNA polimerase akan berjalan membaca DNA cetakan untuk
melakukan proses pemanjangan (elogation) untaian RNA. Laju pemanjangan
maksimum molekul transkrip RNA sekitar anatara 30 samapai 60 nukleotida
perdetik, meskipun laju rata-ratanya dapat lebih rendah dari nilai ini. Secara
umum, berdasarkan atas nilai laju semacam ini, suatu gen yang mengkode protein
akan disalin menjadi RNA dalam waktu sekitar satu menit. Meskipun demikian,
laju pemanjangan transkrip dapat menjadi sangat rendah (sekitar 0,1 nekleotida
perdetik) jika RNA polimerase melewati sisi jeda (pause site) yang biasanya
 mengandung banyak basa GC. Proses pemanjangan transkrip dapat dihambat oleh
antibiotic streptoligin. Kepekaan atau ketahanan terhadap streptoligin juga
ditentukan oleh subunit β pada RNA polimerase.

Dalam pemanjangan transkrip, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada

ujung 3’ molekul RNA yang baru terbentuk. Nukleotida RNA yang ditambah
tersebut bersifat komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA cetakan.
Sebagai contoh, jika nukleotida pada DNA cetakan adalah A, maka nukleotida
RNA yang ditambahkan adalah U.

Dalam proses pemanjangan transkrip ada dua hipotesis yang diajukan

mengenai perubahan topologi DNA. Hipotesis pertama menyatakan bahwa enzim
RNA polimerase bergerak melingkari untaian DNA sepanjang perjalananya.
Dengan cara demikian maka dapat dihindari terjadinya pelintiran pada stuktur
DNA, tetapi untaian RNA hasil transkripnya akan melintir sepanjang untaian
DNA. Sebaliknya, hipotesis kedua menyatakan bahwa enzim RNA polimerase
bergerak lurus sepanjang untaian DNA sehingga RNA yang terbentuk tidak
mengalami pelintiran, tetapi untaian DNA yang ditranskripsi harus mengalami
puntiran. Untaian DNA yang ada di depan RNA polymerase akan membuka
sedangkan DNA yang berada di belakangnya akan memutir kembali untuk
menutup.

 Terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho)

Pengakhiran Transkripsi yang Tidak Tidak Tergantung pada Faktor Rho

Pengakhiran terminasi yang tidak tergantung pada rho dilakukan tanpa harus
melibatkan suatu protein khusus, melainkan ditentukan oleh adanya suatu urutan
nukleotida tertentu pada bagian terminator. Sinyal yang akan mengakhiri
transkripsi dengan mekanisme semacam ini ditentukan oleh daerah yang
mengandung banyak urutan GC yang dapat membentuk struktur batang dan
lengkung (stem-and-loop) pada RNA dengan panjang sekitar 20 basa di sebelah
hulu dari ujung 3’ –OH dan diikuti oleh rangkaian 4-8 residu uridin berurutan.
Struktur batang lengkung tersebut menyebabkan RNA polimerase berhenti dan
merusak bagian 5’ dari hibrid RNA-DNA. Bagian sisa hibrid RNA-DNA tersebut
 berupa urutan oligo (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan dengan dA.
Akibatnya ujung 3’ hibrid tersebut akan terlepas sehingga transkripsi berakhir.
Eksperimen yang dilakukan oleh Peggy Farnham dan Terry Platt menunjukkan
bahwa pengakhiran transkripsi tanpa melibatkan factor rho mempunyai 2 ciri
utama, yaitu, (1) adanya rangkaian basa berulang-balik (inverted repeat) yang
dapat membentuk lengkungan, dan (2) adanya rangkaian basa T pada untaian
DNA bukan cetakan (nontemplate strand) sehingga membentuk pasangan basa
yang lemah antara rU-dA yang menahan transkrip RNA pada untaian DNA
cetakan. Pada waktu lengkungan RNA terbentuk, maka RNA polimerase 
berhenti dan ikatan basa yang lemah menyebabkan RNA yang baru terbentuk
akan lepas.

Pengakhiran Transkripsi yang Tergantung pada Faktor Rho

Mekanisme pengakhiran transkripsi semacam ini memerlukan protein ρ (rho).

Pengakhiran transkripsi yang memerlukan faktor rho hanya terjadi pada daerah
jeda yang terletak pada jarak tertentu dari promoter. Dengan demikian jika ada
daerah jeda yang terletak di dekat promoter, maka daerah itu tidak dapat
berfungsi sebagai daerah pengakhiran transkripsi. Terminator yang tergantung
pada rho terdiri atas suatu urutan berulang-balik yang dapat membentuk
lengkungan (loop), tetapi tidak ada rangkaian basa T seperti pada daerah
terminator yang tidak melibatkan faktor rho. Faktor rho diduga ikut teriakat pada
transkip dan mengikuti pergerakan RNA polimerase sampai akhirnya RNA
polimerase  berhenti pada daerah terminator yaitu sesaat setelah menyintesis
lengkungan RNA. Selanjutnya, faktor rho menyebabkan destabilitasasi ikatan
RNA-DNA sehingga transkrip RNA terlepas dari DNA cetakan.

MEKANISME TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT

Tanskripsi terjadi di dalam inti sedang translasi terjadi di sitoplasma. Pada

eukariot proses transkripsi dan translasi tidak terjadi secara bersamaan, karena
transkripsi terjadi pada inti sedangkan translasi terjadi pada sitoplasma. Berbeda
dengan proses transkripsi dan translasi pada prokariot yang dapat terjadi secara
bersamaan. Proses transkripsi dan translasi pada eukariot lebih kompleks daripada
prokariot. mRNA pada eukariot berasal dari transkrip gen primer yang melalui
beberapa tipe proses, antara lain:
1. Pembelahan sebagian besar mRNA prekursor (pre-mRNAs) menjadi molekul
mRNA yang lebih kecil.
2. Penambahan kelompok 7-methyl guanosin (mRNA “caps”) pada ujung 5’
molekul.
3. Penambahan kira-kira 200 nukleotida panjang yang merupakan urutan
nukleotida adenilet (“poly-A tails”) pada ujung 3’ molekul.
4. Melengkapi formasi atau susunan dengan protein yang spesifik.

Pembelahan termasuk dalam konversi pre-mRNAs menjadi mRNAs yang sering

kali diikuti pemindahan leader sequences (urutan dari ujung 5’ sampai kodon inisiasi
translasi) dan noncoding sequences (intervening sequences or introns yang berada di
antara coding sequences). Masing-masing gen transkrip dapat melakukan beberapa
atau seluruh tipe proses tersebut. Tidak semua mRNA mengandung 5’cap dan tidak
semuanya mengandung poly-A.
Sebagian besar RNAs nonribosom yang disintesis dalam nukleus sel eukariot
mengandung sebagian besar molekul yang berbeda ukurannya. RNA ini disebut
RNA inti heterogen (hnRNA).

Proses cepat pada hnRNA besar atau molekul pre-RNA dalam nukleus terjadi
setelah hasil transkripsi jelas kelihatan dalam:
1. Sebagian besar RNA nonribosom yang disintesis dalam nukleus menurun
dengan cepat
2. Susunan molekul mRNA yang lebih kecil dipindahkan menuju sitoplasma.

Translasi pada eukariot dianalogkan dengan translasi pada prokariot kecuali:

1. Kelompok protein dari methyonil-dRNAi Afet tidak dibentuk
2. Sebagian besar mRNA eukariot dipelajari untuk memperoleh monogenik.

Transkripsi pada eukariot

1. Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu: Gen kelas I meliputi gen-gen yg
mengkode 18SrRNA, 28SrRNA dan 5,8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA polimerase
I);
Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara (spacer
promoter) dan promoter utama. Gen kelas II : meliputi semua gen yg mengkode
protein dan bbrp RNA berukuran kecil yg terdpt di dlm nukleus (ditranskripsi oleh
RNA polimerase II); Promoter gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu sekuens
pemulai (initiator) yg terletak pd daerah inisiasi transkripsi, elemen hilir
(downstream) yg terletak disebelah hilir dari titik awal transkripsi, kotak TATA dan
suatu elemen hulu (upstream) Gen kelas III : meliputi gen-gen yg mengkode tRNA,
5S rRNA dan bbrp RNA kecil yg ada di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA
polimerase III). Sebagian besar gen kelas III merupakan suatu cluster dan berulang
2. Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan
seluruh gen struktural.
3. Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg dihasilkan
hanya mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA hanya membawa satu
macam rangkaian kodon untuk satu macam polipeptida).
4. Pada gen struktural eukariot, keberadaan intron merupakan hal yang sering
dijumpai meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron.
5. Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme
pada prokariot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktor-
faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pd daerah promoter. RNA
polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter,
melainkan melalui perantaraan protein-protein lain, yg disebut faktor transkripsi
(transcription factor = TF). TF dibedakan 2, yaitu : (1) TF umum dan (2) TF yg
khusus untuk suatu gen. TF umum dalam mengarahkan RNA polimerase II ke
promoter adalah TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFIIJ.
6. Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara
serentak. Transkripsi berlangsung di dalam nukleus , sedangkan translasi
berlangsung di dlm sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu antara
transkripsi dengan translasi, yg disebut sebagai fase pasca-transkripsi.

Pada fase ini, terjadi proses :

 Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing);

 Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’mRNA);
 Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA dan
  Penyuntingan mRNA
7. Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang
mengkode suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yg tidak mengkode urutan
spesifik (intron).

 KLASIFIKASI

PERBEDAAN TRANSKRIPSI PROKARIOTIK DAN EUKARIOTIK

Transkripsi Prokariotik

Prokariota tidak memiliki inti terorganisir, sehingga bahan inti atau DNA
dalam sitoplasma. Oleh karena itu, transkripsi terjadi dalam sitoplasma dan semua
prekursor yang diperlukan untuk transkripsi ditemukan di sitoplasma.

Transkripsi prokariotik membutuhkan enzim polimerase RNA agar transkripsi

berhasil diselesaikan. enzim berisi lima subunit (α, β, β ‘, ω) dan mengikat faktor
sigma dan wilayah promotor, dan kemudian memulai transkripsi dengan
menyelesaikan holoenzyme tersebut.
 Pada prokariota, DNA tidak terikat histon. Dengan demikian, transkripsi
memulai langsung. Ini bisa menjadi menguntungkan ketika gen prokariota telah
tumpang tindih.

Transkripsi dimulai pada daerah promotor dan memanjang melalui daerah

coding dan berakhir ketika RNA polimerase membaca sinyal terminasi.

Ada dua jenis sinyal terminasi, Rho-dependent dan independent. Ditranskripsi

mRNA akan benar-benar diterjemahkan selama transkripsi, dan tidak ada proses
pasca-transkripsi.

Transkripsi Eukariotik

Transkripsi eukariotik lebih kompleks dari transkripsi eukariotik dan terjadi di

dalam nukleus. Tidak seperti prokariota, eukariota mengandung lima jenis RNA
polimerase sesuai dengan kebutuhan transkripsi dan mengandung 10-17 subunit.
Misalnya, RNA polimerase I menuliskan mRNA besar dan RNA polimerase II
menuliskan snRNA, snoRNA, dan Mirna, dll. Kelima enzim yang ditemukan berbeda
dalam organisme, misalnya, RNA polimerase IV dan V hadir hanya pada tanaman.

Pertama-tama, DNA melepaskan dari protein histon dan terurai di dekat

wilayah promotor. RNA polimerase dan faktor transkripsi lainnya termasuk enhancer
akan terikat pada daerah promoter.

Transkripsi dimulai di lokasi inisiasi transkripsi dan naik ke sinyal terminasi

transkripsi. Tidak seperti prokariota, transkrip ini sangat panjang dan melewati proses
yang luas. mRNA yang baru terbentuk disebut pre-mRNA.

Ini diproses dengan memotong non-coding, dan daerah coding akan bergabung
kembali bersama-sama. Ini disebut mRNA matang, dan siap untuk diterjemahkan. Ini
adalah proses lengkap transkripsi.

Perbedaan Transkripsi Prokariotik dan eukariotik

 Transkripsi prokariotik terjadi dalam sitoplasma sel.

 Transkripsi eukariotik terjadi di dalam inti sel.
 Dalam transkripsi prokariotik, transkripsi dan translasi terjadi secara simultan.
 Dalam transkripsi eukariotik, transkripsi dan translasi berbeda dalam ruang
dan waktu (transkripsi terjadi di inti, translasi terjadi di sitoplasma)
 Dalam transkripsi prokariotik, mRNA ditranskripsi langsung dari template
molekul DNA.
 Dalam transkripsi eukariotik, awalnya molekul pra-mRNA (transkrip primer)
terbentuk dan kemudian diproses untuk menghasilkan mRNA matang.
 Dalam transkripsi prokariotik, jenis RNA polimerase tidak berbeda dengan
jenis bakteri.
 Pada eukariota transkripsi, jenis RNA bervariasi. Misalnya RNA polimerase I,
II, III hadir di semua eukariota, tetapi RNA polimerase IV dan V hanya hadir pada
tumbuhan
 Satu jenis RNA polimerase, yang memiliki enzim inti dan subunit lainnya,
yang terlibat dalam transkripsi prokariotik.
 Jenis RNA polimerase bervariasi sesuai dengan jenis RNA yang ditranskripsi
dalam sel eukariotik. (Mis Mereka mengidentifikasi berbagai jenis promotor)
 Dalam Prokariotik, RNA polimerase terdiri dari lima subunit (α, β, β ‘, ω)
 Dalam Eukariotik, RNA polimerase terdiri dari 10-17 subunit.
 Pada prokariota, holoenzyme (RNA polimerase + faktor sigma) mengakui dan
mengikat langsung ke promotor.
 Pada eukariota, pengakuan promotor tidak dapat dilakukan oleh RNA
polimerase saja, tetapi protein aksesori di sel harus mengenali promotor, sehingga
merekrut RNA polimerase spesifik untuk promotor.
 Pada eukariotik, sebuah kompleks protein histon dan DNA harus dapat
diakses, sebelum transkripsi.
 Pada prokariotik, DNA tidak terikat pada protein histon. Oleh karena itu,
transkripsi terjadi secara langsung.
 DNA eukariotik diidentifikasi oleh RNA polimerase II memiliki dua bagian
dari promotor yang dikenal sebagai promotor inti dan promotor peraturan.
 Dalam promotor prokariotik, tidak ada pembedaan yang dapat dilihat.
 Sel prokariotik memiliki dua jenis terminator transkripsi; terminator Rho-
dependent dan terminator Rho-independen.
 Pada eukariotik transkripsi, tiga polimerase RNA menggunakan mekanisme
yang berbeda untuk terminasi. Misalnya RNA polimerase I – faktor kebutuhan
 terminasi yang mengikat hilir situs DNA terminasi. RNA polimerase II – ditranskrip
urutan terminasi dan kemudian menghasilkan serangkaian uracil.
 Faktor Rho mengikat molekul RNA tumbuh di transkripsi prokariotik.
 Faktor terminasi pada eukariota mengikat molekul DNA template.
 Transkripsi eukariotik dapat ditingkatkan dengan protein yang disebut
enhancer yang mengikat ke tempat yang berbeda dari DNA yang jauh dari wilayah
transkrip.
 Hal tersebut tidak dilaporkan dalam transkripsi prokariotik.

 SIKLUS

Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu

pengenalan promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Masing-masing tahap akan
dijelaskan secara singkat sebagai berikut.

1. Pengenalan promoter
Agar molekul DNA dapat digunakan sebagai cetakan dalam sintesis RNA,
kedua untainya harus dipisahkan satu sama lain di tempat-tempat terjadinya
penambahan basa pada RNA. Selanjutnya, begitu penambahan basa selesai dilakukan,
kedua untai DNA segera menyatu kembali. Pemisahan kedua untai DNA pertama kali
terjadi di suatu tempat tertentu, yang merupakan tempat pengikatan enzim RNA
polimerase di sisi 5’ (upstream) dari urutan basa penyandi (gen) yang akan
ditranskripsi. Tempat ini dinamakan promoter.

2. Inisiasi
Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat
pada suatu tempat di dekat promoter, yang dinamakan tempat awal
polimerisasi atau tapak inisiasi (initiation site). Tempat ini sering dinyatakan
sebagai posisi +1 untuk gen yang akan ditranskripsi. Nukleosida trifosfat pertama
akan diletakkan di tapak inisiasi dan sintesis RNA pun segera dimulai.

3. Elongasi
 Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai
DNA cetakan membentuk kompleks transkripsi. Selama sintesis RNA berlangsung
kompleks transkripsi akan bergeser di sepanjang molekul DNA cetakan sehingga
nukleotida demi nukleotida akan ditambahkan kepada untai RNA yang sedang
diperpanjang pada ujung 3’ nya. Jadi, elongasi atau polimerisasi RNA berlangsung
dari arah 5’ ke 3’, sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3’ ke 5’
di sepanjang untai DNA cetakan.

4. Terminasi

Berakhirnya polimerisasi RNA ditandai oleh disosiasi kompleks transkripsi

atau terlepasnya enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya dari untai DNA
cetakan. Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil sintesis. Hal ini terjadi ketika
RNA polimerase mencapai urutan basa tertentu yang disebut dengan terminator.
Terminasi transkripsi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi
yang hanya bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi diri) dan
terminasi yang memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein rho). Di antara
keduanya terminasi diri lebih umum dijumpai. Terminasi diri terjadi pada urutan
basa palindrom yang diikuti oleh beberapa adenin (A). Urutan palindrom adalah
urutan yang sama jika dibaca dari dua arah yang berlawanan. Oleh karena urutan
palindom ini biasanya diselingi oleh beberapa basa tertentu, maka molekul RNA yang
dihasilkan akan mempunyai ujung terminasi berbentuk batang dan kala (loop) .
Inisiasi transkripsi tidak harus menunggu selesainya transkripsi sebelumnya.
Hal ini karena begitu RNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50 hingga 60
nukleotida, promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain. Pada gen-gen yang
ditranskripsi dengan cepat reinisiasi transkripsi dapat terjadi berulang-ulang sehingga
gen tersebut akan terselubungi oleh sejumlah molekul RNA dengan tingkat
penyelesaian yang berbeda-beda
BAB III
PENUTUP
 DAFTAR PUSTAKA

http://nichalittlestar.blogspot.com/2012/03/transkripsi.html

http://budisma.net/2016/06/perbedaan-transkripsi-prokariotik-dan-eukariotik.html

https://biomol.wordpress.com/bahan-ajar/transkripsi/

https://imvidiandryka.wordpress.com/2012/08/02/transkripsi/