Makanan dari tanaman dapat ditingkatkan produksinya dengan bioteknologi. Misalnya dengan mengubah gen agar
tanaman menjadi lebih cepat berbuah.
Bioteknologi dapat meningkatkan kekebalan tanaman terhadap hama. Misalnya dengan rekayasa genetika untuk
menghasilkan tanaman padi yang tahan wereng.
Produk makanan dapat dihasilkan dengan bioteknologi melalui fermentasi menggunakan mikroorganisme. Contoh
makanan dan minuman yang dihasilkan dengan bioteknologi termasuk tempe, kecap, keju, yoghurt dan nata de coco.
Pecemaran lingkungan dapat dikurangi dengan menggunakan mikroba pengurai, seperti bakteri pengurai plastik dan
jamur yang memakan sisa tanaman.
Meski bermanfaat, ada beberapa resiko bioteknologi ini, antara lain adalah resiko terjadinya kontaminasi gen yang
berakibat berkurangnya keanekaragaman hayati.
Gen dari tanaman atau hewan yang mengalami rekayasa genetika dapat masuk ke tanaman atau hewan di alam, melalui
perkembangbiakan seksual, misalnya penyerbukan pada tanaman.
Misalnya, kedelai yang dimodifikasi agar tahan pestisida (Roundup Ready soy) memiliki resiko melakukan perkawinan
silang dengan kedelai alami. Ini akan berakibat pada hilangnya varietas alami akibat perkawinan silang. Padahal varietas
alami memiliki keunggulan, meski tidak tahan pestisida, seperti rasa yang lebih enak atau lebih besar bijinya.
Penggunann bioteknologi yang tidak bertanggung jawab dapat menyebabkan pencemaran, misalnya pembuangan limbah
kecap dan tempe, yang langsung ke saluran air tanpa dikelola dengan baik.