ROSI

DAYANI
.11
818
002
0
MODUL3
.DESI
GNPRI
MER

I
nst
ruksiUmu m
1. Nomo r1s ampai4me rupakantugasyanghar usandakerjakanpadalembar /templ
ateyang
telah diberik
an.Le ngkapit ugas ter
s e
bu t dan s u
bmi tj awaban anda v i
ae mai
l
ke:bi
oinformatika3103@gmail
.comdengansu bj
ek“BIOINFORMATI KA3 _
_NAMA_NI M_2 020”
.Gant inamafi l
et emp l
atedengani denti
tasandas e p
ertisubj
ekemai
l.
Deadlinep e
ngirimantugasadalahhariSenin,23Septe
mbe r2 0
202 3.
59
2.J i
kaadap erubahaninformasi
,ak andisamp ai
kandik elasataume l
alu
ip erwaki
lan
prakti
k an(ketuakel
as)

TUGASPENDAHULUAN
1. Ap ak ah yangdi maksudde nganp ri
mer?Unt aidenganu rutanas amnu kl
eatp e
nde kyang
ber fu ngsisebagait i
tikawalu ntukme nsintesi
s DNA.
2. Se but kans yarat-syaratprime ryangbaik !
-Pan jang1 8-24p asangbas a,yangmanabi lat erl
alup e
nde k=t i
daks pesi
fik;terlalupanj
ang=ak an
sulitu ntukme nemp el;
-Tm( me lt
ingt e
mp er
ature)5 2-60 °
C.Diat as6 5°C=s econdaryanne ali
ng.Tm≠Ta( Anneal
ing
Te mp ratu r
e )Ta=±Tm-5 °C;
-∆Tm=±5 °
C;
-De sainp ri
me r,GCc ontent=4 5-55%( Opt i
mal nya50%) ;
-Pe n gulangan1j enisbasamak simal4bas a.Pe ngul
angannu k l
eotida(mis
al:ATATAT)mak simal
4nu kle ot
ida ;
-GCc lambmak simal3.Lebihdar i 3bas
aGat auCp ada5bas at e
r akhi
rujung3 ’ak anmelip
at
me mbe ntukGCc lambyangme ngak i
bat
k anu j
u ng3’p ri
me rtidakt eri
katpadate mp lat
e
5’-CCGATATGCCAGCTATCTGT-3 ’;
-Sp
e s
ifi
k;
-Kompos
isi
bas
amemp
engar
uhike
khu
sus
anhi
bri
dis
asi
dans
uhul
el
ehat
auani
l
;
-Kompos
isi
bas
aac
akl
ebi
hdi
suk
ai;
-Hindariwi
layahyangpanjang(A+T)dan(
G+C)j ikamemugki
nkan;
-Primerdenganjangkapanjangdaris
atupangkalanumumnyaharusdi
hindar
i;
3
. Buatl
ahde s
ainpri
me rdarispes
iesMusmus
c ul
us(solut
ecarri
erfamil
y22( or
gani
ccat
ion
tr
ansporter
),member1( Slc
22a1))(Bu
atme nggunakanPri
mer3Plus)

1
0
4
. Buatlahde sainp ri
me rdar i seku ensdibawahi ni:
DESAI N PRI MER SEKUENS ae Blue+TT ( bu at me nggunakan NCBI )aeBlu e + TT ( 895 bp )
GTTTCTTCGAATTCGCGGCCGCTTCTAGAGat gagt gtgatcgctaaacaaatgac ctacaaggt ttatatgt c
aggcac ggt c
aat ggac actac tttgaggt cgaaggc gat ggaaaaggt aagccctacgagggggagc agac ggtaaagc tc
actgtc acc aagggc ggac ctctgc cat ttgc tt
gggat at tttatcaccacagtgtcagtacggaagc ataccatt c
ac caagt a
c
cctgaagac at ccctgactatgt aaagc agt cattccc
ggagggc t
at acatgggagaggat c
at gaac ttt
gaagat ggt gc ag
tgtgtac tgt cagc aatgattc cagc atcc aaggc aactgt ttcatctaccatgtcaagttctctggt ttgaactttc c
tc c
c aat gg
acctgt cat gcagaagaagac ac agggc t gggaac ccaac actgagc gtctcttt
gcacgagat ggaat gctgc taggaaac aac
ttt
at ggc t ctgaagt tagaa ggaggc ggt cactatttgt gtgaat ttaaaactacttac
aaggc aaagaagc ctgtgaagat gc c
agggt atc act atgttgaccgc aaac tggat gtaaccaat cacaacaaggat tacacttcggttgagc agtgt gaaatt t
c cat tg
cacgcaaac ctgt ggtcgcctaat aatac tagagc caggc atcaaat aaaacgaaaggct c
agt cgaaagac tgggc ctttc gt t
t
tatctgt tgt ttgtcggt gaac gct ctctac tagagtcacac tggc tcaccttcgggtgggcctttct gcgtttataTACTAGTA
GCGGCCGCTGCAGGAAGAAAC

Keter
angan:
ATG–TAATAA( st
opc
odo
n)6
99bpami
lCPBBa_K5
920
09Pr
efi
x
i
GEMPCR
Suffi
xiGEMPCR
TAATAAstopco
don

SCREENTEST

Lakukanp embu atanp r

ime rdenganme mbukahttp
://bl
ast.
ncbi.
nlm.ni
h.gov/Bl
ast.
cgik emudianli
hat
kol
om s pecialized BLAST dan p il
ih Pr i
me r
-BLAST ( Lamp i
rkan Sc reenshot l angkah-
l
angk ahyangdilakukandansebutkanalas
ankenapapri
merte
r s
ebutyangdipi
lih)
Karenapri
me rter
s ebutme
mil
ikisimil
aritasp al
ingtingidenganev al
ue0.0
0
[
1]Ma sukkans ek u
ensde nganme ngcopysekuendi
atas(nomor4 )kekolomEnterac c
e s
sion,
gi ,o
r
FASTAs e qu e
nc e

[
2]Masukkanbasasebelumstartko
dondimul
ais
ebagair
angeawal(
Fro
m)fo
rwar
dpr
ime
r
[
3]MasukkanPCRp roductsi
zemin895danmax100
0
[
4]MasukkanTms es
uaip ar
ame t
erpri
merop
timum
[
5]Pi
li
hnrp adakolo
mdat abase
[
6]Kl
ikGetPr i
me r
s
[
7]Pi
li
hprimeryangte r
baik
[
8]Konfi
rmasike
cocokan

J
AWABANPRIMER!
Fo
rward TCACCAGCTCACCGTCTTTC
Reve
rse GCATGACAGGTCCATTGGGA

1
1
1
2
1
3
 J
awabanPr
ime
r

[
8]Ko
nfi
rmas
ike
coc
okan

1
4
1
5
LANGKAHDESI GNPRI MER
Cths
pesi
es:Saccharumhybr
idc
ult
ivarde
lta1
-pyr
rol
ine
-5-c
arbo
xyl
ates
ynt
het
ase2(
P5CS2
)
mRNA,co
mp l
etec ds

I
. NCBIPr
ime
rBl
astMe
ncar
i

s
eku
ensgenr
eferens
i
1. Bukabrowse
rwww.ncbi
.nl
m.nih.gov
2. Padamenu“searc
h ”ganti“alldatabase
”me nj
adi
“nu
kle
oti
da”.
3. Masukk
anAc ce
ssi
onNu mberat aukeyword(
namagendanorgani
sme
),k
li
k“Se
arc
h”

Ke
yworda t
au
acces
sio
n
nu
mbe r

4
. Pi
li
hge
nyangdi
ingi
nkan

1
6
5
. Ubahseku
ensyangdi
dap
atmenj
adifo
rmat“FASTA”(
kli
kFASTA,
kemu
dians
eku
ensdi
-co
py,
atauSe
nd>File>For
matFASTA>Creat
eFi
le)

1
7
Me
ndesai
nPrimer
1
. Padahalaman“
Home
”NCBI
,pi
li
h“BLAST”p
adabagi
anp
opu
larr
eso
urc
es.
Buk
alahp
ada
t
abbaru

2
. Padafe
atu
re“
Spe
cial
iz
edBl
ast
”pi
li
h“Pr
ime
r-BLAST”

1
8
3
.Is
il
ahs
eku
ensr
efe
rens
idanp
arame
ter
-par
ame
terp
rime
ryangdi
ingi
kan

Sal
ins
eku
ens
FAST

Panjangpr
odukPCRyangdi i
ngi
nkan
J
uml
ahp
rime ryangdi
rek
o mendas
ikan

Mel
ti
ng

DEFAUL

4
. Pil
ih“
AdvanceParame
ter”dani
si
lahkembalipar
ameter
-par
ame
terp
rime
ryangdi
ingi
nkan
pada“Pr
imerParamete
rs”.
Bagi
anlai
ndibiark
andefau
lt

1
9
5
. Pi
li
h“Ge
tPr
ime
r”

6
. Andaak anme
ndap
atkanbebe
rap
apil
ihanp
asanganpri
mer.Pri
mer-pri
meri
nihar
usdiu
ji
ter
lebi
hdahul
umenggunak
an“Si
gmaDNA cal
culat
or”danspe
sifi
kas
inyade
ngan“Pr
imer
BLAST”

1
5
I
I. Pr
ime
r3Pl
us

Me
ndesai
nPrimer
1
. Caril
ahse k
u e
nsge nreferens
isesu
aidenganlangkahyangt el
ahdi
beri
kan
2
. PadaBr owserke t
ik“http
://pri
mer3pl
us.
com/cgi-bin/dev/pri
me r
3plu
s.c
gi”
3
. Masukkans ekuensor
ganismekedalamk o
takdibawaht u
li
s an“Past
esequence
bel
ow.
.
.”
4
. Masukkanp arameter-paramet
erprimeryangdii
nginkan
5
. Pil
ihpic
kp r
ime r

i
si
/pas
tesekuens
yangdii
ngi
nkan

di
is
iji
kaadat ar
getspe
sifi
k
yangdi
ingi
nkan

6
. Set
elahbeberapas
aatakank
elu
arbe
ber
apap
rime
ryangdap
atdi
pi
li
hse
suaide
ngan
kr
iteri
ayangdii
ngi
nkan

Rent
angukuran
pr
odukhas
il
PCRu
kur
anp
rime
ryang
di
ingi
nkan

pr
ime rti
dakakanove
rlap
dengan dae rah
ya
n gdii
ngink
an

1
6
BIgINFBRNATIKA

Pr
ime
r3PI
us ;
Sonme
CMe Abeo
i

.
gicl
che
rs6
oaaDNAs
equ
zac
e

End.
0.
0TB.
9.
0Hf:
36.
63’
5Mb3?Pud1.
0.
D52

8
i13
66 L k2
0bpTm6
00CGC5
00% M›0
0EN 0
0TB7
0HP0
0CSnb4
8Po
i10
D5f

ATGGCAGACG GDGAGGATA TCAGCCACTC GTCTGTGATA

T
5
1
TTCGCTATTA AG€CCACCGT CACTGTCCAC
1
51 OAGGT€CGGA

GGCGCATTT czAAAccccc
TAETCOATCT
TCTAAGCAAC
AAAGTCUGAC

401 AGCAAGGAT TIAGTGITAT

UTTGGTGTGA C
s
on GCTATTATAA AOTTGTTTTC
GCTTTGGTA TTATTTADTC
G

LR vr2/ AGGCATCCACGAAACGAC7
T
End-00TB70HP-003’St
ab-3.
0Per
ial
tv-fi035
&,
g6t- 2:
TCCTCTCAGGTGGAGCTACC
SU:T7
37 2
0bpTm6
0.0CGC6
0.0
% Aax
:0.
0
#añ-R%um’
EWe:
S”’
191bp-

'Le
ftPr
uOe
r'3
: CCGATGCCCTGAAGTCCTTT
SM1
496 Lk2
0bpTm6
00CGC5
50°Amv0
0E«60
0TB7
0HP0
0?'
?ab5
1PwD0
/•C7
GCI
TGGAGCTAAGGCAGI

Si
art
i17
02 Le
ngt
h20bp Tm 6
0.0C GC 5
5.0% q ' End0
0 70HP4
5.63
'St
abs4
.4Pet
als
0.0
36
I
. Sp
esi
fikasiPri
me r(PRI MERBLAST)
’
1
. Masukk ePri
me rBlast
2
. Masuk kansusunans ekue
nspri
merforwar
ddanrever
sepadabagian“Pri
merPar
ameter”
3
. Kosongk anbagian“ PCRpro
ducts
ize
”,“#pri
merret
urns
”,“pri
me rmelt
ingt
emperat
ure
”
4
. Padabagi andat abasegant
imenj
adi“nr”
,danor
gani
smedik
osongkan
5
. Pil
ih“ GetPri
me r”

6
. Pri
meryangbai
khanyaakanme ngamp
li
fik
asige
nyangs
ebe
lumnyat
elahme
njadi
r
efere
nsiat
aubers
ifat
spe
s i
fik

1
8