Anda di halaman 1dari 19

LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI SEL MOLEKULER


PERCOBAAN 2
ANALISIS GEN DAN HOMOLOGI PROTEIN

Pengampu : Drs. H. Ibrahim Arifin, M.Sc.,Apt

Asisten dosen : Endang Simuryati

Hari/Tanggal Praktikum : Sabtu, 30 Maret 2019

Kelas : A

Golongan/Kelompok : 1 / C

Disusun Oleh :

Nama Mahasiswa : Febriani fitrianingrum

Nim : 175010023

LABORATORIUM FARMAKOLOGI
FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS WAHID HASYIM
SEMARANG
2019
LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI SEL MOLEKULER

PERCOBAAN 2

ANALISIS GEN DAN HOMOLOGI PROTEIN

I. TUJUAN PRAKTIKUM
1. Mampu melakukan analisis terhadap ekspresi gen dan dapat mendeteksi hasil
ekspresi gen.
2. Dapat mencari homologi gen penghasil protein tertentu dari manusia dengan gen
beberapa organisme lain.

II. DASAR TEORI


Pada organisme yang inti selnya berdinding (eukaryote) ADN terdapat
didalam kromosom, artinya di dalam inti sel. ADN akan tetap berada di dala, inti sel,
sedangkan protein dibuat di dalam sitoplasma. Berhubung dengan itu ADN tidak
mungkin ikut berperan secara langsung pada sintesa protein. Enzim yang menjadi
katalisator dalam proses transkripsi adalah enzim RNA polymerase berbantung DNA,
yang biasanya disingkat menjadi enzim RNA polymerase (Suryo, 2005).

Pada prokaryot yaitu makhluk yang memiliki inti tanpa dinding ribosom-
ribosom tersebar di dalam sitoplasma. Tetapi pada eukaryote ribosom-ribosom kerap
kali berkumpul pada reticulum (rangka) endoplasma. Bagian kecil disebut subunit
30S, sedang yang besar disebut subunit 50S. Pada eukaryote ribosom mempunyai
ukuran lebih besar, yaitu 80S. Namun ukuran ini bervariasi dari spesies ke spesies
(Suryo, 2005).

Gen adalah suatu sekuens basa spesifik yang menyandikan instruksi


mensintesis suatu protein. Walaupun gen mendapatkan perhatian lebih banyak untuk
diteliti dan dibahas, namun sesungguhnya protein lah yang mempunyai peran utama
dalam melaksanakan fungsi-fungsi kehidupan dan menyusun mayoritas struktur
seluler. Jika suatu gen diganggu sehingga menyebabkan protein yang disandikannya
menjadi tidak mampu untuk melaksanakan fungsi normalnya, maka akan
mengakibatkan suatu cacat genetis (Malik, 2005).
RNA adalah suatu asam ribonukleat yang terdapat dalam alur informasi
genetik organisme yang berupa dogma sentral dari DNA —> RNA —> Protein, yaitu
DNA ditranskripsi menjadi RNA, dan selanjutnya RNA ditranslasi menjadi protein.
Di dalam sel terdapat tiga jenis RNA yaitu mRNA, tRNA dan rRNA. RNA dalam
keadaan normal merupakan untai tunggal, namun pada kenyataannya untai tunggal ini
dapat membentuk dupleks dengan membentuk ikatan hidrogen, sebagaimana DNA,
jika terdapat untai yang komplemen dalam urutan basa nukleotidanya. Bentuk dupleks
RNA akan mengakibatkan terhalangnya proses translasi sehingga sintesis protein
terganggu, atau posttranscriptional gene silencing (PTGS), atau gene silencing. Gene
silencing adalah suatu proses membungkam ekspresi gen yang pada mulanya
diketahui melibatkan mekanisme pertahanan alami pada tanaman untuk melawan
virus (Malik, 2005).

Ekspresi gen adalah proses penentuan sifat dari suatu organisme oleh gen.
suatu sifat yang dipunyai oleh suatu organisme merupakan hasil proses metabolism
yang terjadi di dalam sel. Proses metabolism dapat berlangsung karena adanya enzim
yang berfungsi sebagai katalisator proses-proses biokimia. Enzim dan protein lainnya
diterjemahkan dari urutan nukleotida yang ada pada molekul mRNA, dan mRNA itu
sendiri disintesis berdasarkan utas cetakan DNA. Gen tersusun dari molekul DNA,
sehingga gen menentukan sifat organisme (Suharsono, 2014).

Ekspresi dari informasi yang disimpan di dalam bahan genetic merupakan


suatu proses yang rumit / kompleks yang berdasarkan pada konsep aliran informasi di
dalam sel. Awalnya proses ekspresi adalah transkripsi dari informasi genetic yang
disimpan dalam molekul DNA yang menghasilkan 3 jenis molekul RNA, hanya
molekul mRNA yang ditranslasikan ke dalam protein (Suharsono, 2014).

III. ALAT DAN BAHAN


Alat : 1. Laptop
Bahan : 1. Situs NCBI
2. Data genetic
IV. CARA KERJA
A. Analisis Ekspresi Gen
1. Buka situs NCBI di https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.

2. Kotak search All Database diganti dengan nucleotide.


3. Nama gen dimasukan pada kotak search, gen NM_002693.2 kemudian klik
Search
4. Copy sekuens dalam region CDS.

5. Buka situs NCBI lagi kemudian klik Data & Software, kemudian klik pada
ORF Fnder.
6. Masukkan sekuens CDS yang telah dicopy ke kolom FASTA Format-V.
7. Klik frame tersebut satu persatu maka akan muncul sekuen asam amino hasil
transkripsi dari CDS yang telah dimasukki tadi. Carilah frame mana yang
merupakan sekuen gen pengkode protein terget dengan mencocokkan sekuen
asam amino yang didapat dengan sekuen asam amino pada tampilan awal
identitas gen (Features).
B. Homologi Protein
1. Buka situs NCBI, isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen)
yang akan dianalisis (beri keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah gen
pada Homosapiens).
2. Tentukan suatu gen yang akan dianalisis homologi proteinnya

3. Setelah masuk ke halaman Page Sequence Viewer, klik Link Protein. Copy
sekuens asam aminonya.

4. Keluar dari halaman tersebut atau buka lagi situs yang sama, klik menu
BLAST.
5. Pilih Protein-protein blast (blastp), klik Paste sekuens asam amino pada kotak
QUERY untuk mencari homolofinya.

6. Tekan BLAST. Setelah muncul halaman baru, tekan FORMAT. Akan muncul
hasil format pada new window.
7. Lakukan analisis lebih lanjut mengenai homologi protein terhadap sekuens
asam amino yang dimasukan tadi, yaitu pada organisme selain Homo sapiens,
perhatikan Score-nya. Klik masing-masing organisme yang sehomolog untuk
membandingkan residu asam aminonya dengan query.
V. DATA PENGAMATAN
A. Analisis Ekspresi Gen
LATIHAN
Kode Gen : NM_002693.2
Nama gen : Homo sapiens estrogen receptor 1 (ESR1), ranscript variant 1,
mRNA
CDS :235.. 2022
Deskripsi

ORF Jumlah AA Start Kodon Stop Kodon


ORF 1 595 27 TGA
ORF 2 81 4 TGA
ORF 3 58 2 -
ORF 4 28 1 TGA
ORF 5 26 1 TAA
ORF 6 38 1 TAA
ORF 7 92 2 TGA
ORF 8 28 1 TAA
ORF 9 153 9 TGA
ORF 10 80 3 TAG
ORF 11 40 1 TGA

TUGAS
Kode Gen : NM_002693.2
Nama gen : Homo sapiens DNA polymerase gamma, catalytic subunit
(POLG), transcript variant 1, mRNA
CDS :283.. 4002
Deskripsi
ORF Jumlah AA Start Kodon Stop Kodon
ORF 1 1239 32 TAG
ORF 2 35 2 TGA
ORF 3 60 2 TGA
ORF 4 63 5 TGA
ORF 5 29 2 TGA
ORF 6 33 2 TGA
ORF 7 29 2 TAA
ORF 8 25 1 TAA
ORF 9 92 1 TGA
ORF 10 88 2 TAG
ORF 11 35 1 TAA
ORF 12 29 1 TAG
ORF 13 25 5 TAG
ORF 14 124 3 TAG
ORF 15 57 2 TAG
ORF 16 40 3 TAG
ORF17 38 2 TAG
ORF 18 63 2 TGA
ORF 19 73 2 TAA
ORF 20 64 3 TAA
ORF 21 73 6 TGA
ORF 22 65 2 TAG
ORF 23 75 1 TGA
ORF 24 41 1 TGA
ORF 25 65 1 TGA
ORF 26 209 2 -

B. Homologi Protein
LATIHAN
Kode Gen : NM_002693.2
Nama gen : estrogen receptor isoform 1 (Homo sapiens)
Kode protein : NP_00116.2
Deskripsi

No Deskripsi Score Accession


.
1. estrogen receptor isoform 1 (Homo 1241 NP_00116.2
sapiens)
2. estrogen receptor isoform 2 (Homo 1236 NP_001278159.1
sapiens)
3. estrogen receptor isoform 3 (Homo 1234 NP_001278170.1
sapiens)

TUGAS
Kode Gen : NM_002693.2
Nama gen : DNA polymerase subunit gamma-1 (Homo sapiens)
Kode protein : NP_002684.1
Deskripsi

No. Deskripsi Score Accession


1. DNA polymerase subunit gamma-1 2559 NP_002684.1
(Homo sapiens)
2. DNA polymerase subunit gamma-1 2459 XP_025247323.1
(theropithecus gelada)
3. DNA polymerase subunit gamma-1 2454 XP_011750584.1
(Macaca nemestrina)
4. DNA polymerase subunit gamma-1 2454 XP_023042868.1
(Piliocolobus tephrosceles)
5. DNA polymerase subunit gamma-1 2333 XP_012319292.1
(Aotus nancymaae)
6. DNA polymerase subunit gamma-1 2256 XP_003788714.2
(Otolemur garnettii)
7. DNA polymerase subunit gamma-1 2253 XP_008068808.1
(Carlito syrichta)
8. DNA polymerase subunit gamma-1 2253 XP_027775556.1
(Marmota flaviventris)
9. DNA polymerase subunit gamma-1 2249 XP_012644340.1
(Microcebus murinus)
10. DNA polymerase subunit gamma-1 2243 XP_001503097.1
(Equus caballus)
VI. PEMBAHASAN
Praktikum ini dilakukan pengenalan terhadap situs bioformatika NCBI dan
penggunaannya dalam memahami proses ekspresi gen. Prinsip kerja dari praktikum
ini adalah dengan membandingkan sekuen nukleotida yang dimiliki dengan database
sekuen nukleotida untuk didapatkan identitas dari nukleotida yang kita ragukan
tersebut baik nama gen dan spesies penghasil dari sekuen lengkapnya (Yuwono,
2008).

Ekspresi gen disebut juga dengan rangkaian atau varian asam amino. Proses
ekspresi dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA yang diawali dengan DNA
ditranskripsi menjadi mRNA, kemudian ditranslasi menjadi asam amino. Asam amino
ini yang kemudian menjadi protein. Analisis ekspresi gen dilakukan dengan cara
melihat sekuens suatu gen yang diekspresikan melalui sintesis protein dalam proses
translasi. Setiap organisme memiliki gen yang merupakan sekuen DNA yang
menyandi kode genetic yang dapat diekspresikan menjadi protein gen. Gen ini tidak
selalu di ekspresikan, terganyung pada pengaturan nomostatis yang terjadi pada setiap
organisme (Susanto, 2002)

Praktikum kali ini menggunakan kode gen latihan yaitu NM_000125.3 dan
kode gen tugas yaitu NM_002693.2. Percobaan pertama dalam menentukan Analisis
Ekspresi Gen, dengan nama gen pada latihan Homo sapiens estrogen receptor 1
(ESR1), ranscript variant 1, mRNA dengan daerah yang diambil yaitu 235.. 2022.
Sedangkan nama gen pada kode tugas yaitu Homo sapiens DNA polymerase gamma,
catalytic subunit (POLG), transcript variant 1, mRNA dengan daerah CDS yang
diambil yaitu 283.. 4002. Dalam percobaan yang pertama digunakan ORF Finder
(Opening Reading Frame) pada Data & Software yang terdapat pada situs NCBI.

Hasil analisis dari kode gen latihan terapat 11 ORF dimana setiap ORF
memiliki start kodon sedangkan pada ORF 3 tidak terdapat stop kodon, dan pada kode
gen tugas terdapat 26 ORF dimana setiap ORF memiliki start kodon atau kodon
pertama yang diterjemahkan pada saat translasi atau disebut juga kodon inisiasi
(AUG) dan stop kodon merupakan salah satu dari tiga kodon (TGA, TAG, TAA),
tetapi pada ORF 26 tidak terdapat stop kodon yang artinya gen tersebut merupakan
homo sapiens.

Percobaan kedua yaitu menganalisis Homologi Protein dari gen yang telah kita
analisis dengan menggunakan blastp (protei-protein blast) yang terdapat dalam situs
NCBI. Fungsi dari blastp adalah membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita
miliki dengan database sekuen protein (Nuswantara, 2000). Kemiripan protein dapat
dilihat dari jumlah Query coverage yang ditampilkan dalam blastp. Hasil blastp dari
percobaan kedua yaitu menunjukkan banyak sekali protein hewan yang sehomolog
dengan protein pada kode gen tersebut.

Hasil blastp pada kode gen latihan yaitu NM_000125.3 dengan nama gen
estrogen receptor isoform 1 (Homo sapiens) kode protein NP_00116.2, diperoleh
hasil yaitu terdapat 2 protein homo sapiens lainnya yang sehomolog dengan homo
sapiens. Sedangkan pada kode gen tugas yaitu NM_002693.2 nama gen yaitu DNA
polymerase subunit gamma-1 (Homo sapiens), kode protein NP_002684.1,
menghasilkan protein yang hampir mirip dengan gen homo sapiens yaitu
Theropithecus gelada dengan score yang paling tinggi yaitu 2459.

VII. KESIMPULAN
1. Kode gen NM_000125.3 terdapat 11 ORF dan semua memiliki start kodon, 10
ORF terdapat stop kodon pada ORF 3 tidak terdapat stop kodon yang artinya gen
tersebut merupakan homo sapiens.
Kode gen NM_002693.2 terdapat 26 ORF dan semua memiliki start kodon, 25
ORF terdapat stop kodon pada ORF 26 tidak terdapat stop kodon yang artinya gen
tersebut merupakan homo sapiens.
2. Kode gen NM_000125.3 dengan kode protein NP_000116.2 menghasilkan 3
protein yang sehomolog dengan homo sapiens.
Kode NM_002693.2 dengan kode protein NP_002684.1 menghasilkan protein
yang hampir mirip dengan gen homo sapiens yaitu Theropithecus gelada dengan
score yang paling tinggi yaitu 2459.

VIII. DAFTAR PUSTAKA


Malik. Amarila, 2005, RNA Therapeutic, Pendekatan Baru Dalam Terapi Gen,
Universitas Indonesia, Depok.

Suharsono, 2014, Struktur dan Ekspresi Gen, Institut Pertanian Bogor, Bogor.

Suryo, 2005, Genetika, Gadjah Mada University Press, Yogyakarta.

Susanto. A.H, 2002, Buku Ajar Genetika Dasar, Fakultas Biologi UNSOED,
Purwekerto.

Yuwono.Triwibowo, 2008. Biologi Molekuler. Erlangga, Jakarta.


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/