MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN I

(MIKROBIOLOGI AIR, TANAH, UDARA)

(sumber makalah mahasiswa PPs. Pendidikan Biologi 2018)

MAKALAH KELOMPOK

Untuk Memenuhi Salah Satu Tugas Mata Kuliah Mikrobiologi Lingkungan

Biologi yang diampu oleh
Dr. H. Handoko Santoso, M.Pd dan Dr. Agus Sutanto, MSi.

Disusun oleh:
Kelompok 1

Prita
triayana 19230006
Hendra
Gunawan 19230007
Felzia
Raneza 19230018
Novia cahyati 19230015

MAGISTER PENDIDIKAN BIOLOGI

PROGRAM PASCASARJANA

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH METRO

2019

KATA PENGANTAR

i
 Alhamdulillah, puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah melimpahkan
rahmat-Nya, sehingga dapat menyelesaikan tugas makalah Mikrobiologi
Lingkungan ini dengan baik. Dalam menyusunan tugas makalah ini tentu saja
tidak terlepas dari bantuan berbagai pihak terutama tim dosen pengampu mata
kuliah Mikrobiologi Lingkungan. Oleh karena itu kami dengan segala kerendahan
hati mengucapkan terima kasih kepada:

1. Bapak Dr. H. Handoko Santoso, M.Pd. selaku dosen pengampu Mikrobiologi

Lingkungan.
2. Bapak Dr. Agus Sutanto, M.Si. selaku dosen pengampu Mikrobiologi Lingkungan.
3. Orang tua dan keluarga yang memotivasi dan selalu mendukung sehingga
penyusunan tugas makalah ini dapat selesai dengan baik.
4. Rekan-rekan satu angkatan yang saling memberikan motivasi.
Penulis menyadari bahwa makalah ini masih jauh dari sempurna, untuk itu
penulis mengharapkan saran serta kritik yang membangun guna perbaikan makalah ini.
Semoga makalah ini dapat bermanfaat dan menjadi sumbangan pemikiran bagi pihak
yang membutuhkan, khususnya bagi penulis sehingga tujuan yang diharapkan dapat
tercapai.

Metro, 16 Maret 2019

Penulis

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL .................................................................................... i

KATA PENGANTAR................................................................................... ii
DAFTAR ISI ............................................................................................... iii
DAFTAR GAMBAR..................................................................................... iv

ii
DAFTAR TABEL......................................................................................... v
MIND MAPPING.......................................................................................... vi

BAB I PENDAHULUAN
A. Latar Belakang .............................................................................. 1
B. Rumusan Masalah ......................................................................... 8
C. Tujuan Penulisan Makalah............................................................. 8
D. Manfaat............................................................................................ 9

BAB II PEMBAHASAN
A. Mikrobiologi Air (Aquatik) ................................................................ 10
B. Mikrobiologi Tanah ........................................................................ 38
C. Mikrobiologi Udara........................................................................... 50
D. Ayat-Ayat Al-Qur’an.......................................................................... 54

BAB III PENUTUP

A. Kesimpulan ..................................................................................... 56
B. Saran .............................................................................................. 56

DAFTAR PUSTAKA

DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
1. Crenothrix..................................................................................................18
2. Sphaerotilus...............................................................................................18
3. Chromatium...............................................................................................18
4. Thiobacillus................................................................................................18

iii
5. Mikroalga Hijau..........................................................................................19
6. Halobacterium............................................................................................20
7. Halococus..................................................................................................20
8. Trichodesmium..........................................................................................22
9. Desmocarpa..............................................................................................22
10. Siklus Sulfur.............................................................................................46
11. Siklus Fosfor............................................................................................47
12. Siklus Besi...............................................................................................48
13. Siklus Nitrogen.........................................................................................49
14. Siklus Karbon...........................................................................................50

DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

1. Data Kandungan Mikroba Tanah Kebun (per gram) menurut Kedalaman. 39

2. Komposisi Udara Murni Tanpa Cemaran Mikroorganisme.........................51

iv
MIND MAPPING

v
 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang Masalah

Mikrobiologi merupakan ilmu tentang mikroorganisme, yang mencakup

bermacam-macam kelompok organisme mikroskopik yang terdapat sebagai sel
tunggal maupun kelompok sel, termasuk kajian virus yang bersifat mikroskopik
meskipun bukan termasuk sel. Mikroorganisme (disebut juga mikroba, mikrobia,
atau jasad renik) adalah jasad hidup yang mempunyai ukuran yang sangat
kecil,tanpa bantuan alat perbesaran seperti mikroskop, sulit sekali untuk dilihat
dan diamati bentuknya secara baik. Mikroorganisme mencakup bermacam-
macam kelompok organisme mikroskopik yang terdapat sebagai sel tunggal
maupun kelompok sel, termasuk kajian virus yang bersifat mikroskopik meskipun
bukan termasuk sel.

Mikroorganisme merupakan semua makhluk yang berukuran beberapa mikron

atau lebih kecil lagi. Yang termasuk golongan ini adalah bakteri, cendawan atau jamur
tingkat rendah, ganggang, hewan bersel satu atau protozoa, dan virus yang hanya
nampak dengan mikroskop elektron. Mikroorganisme umumnya terdapat di mana-mana,
seperti di dalam tanah, di lingkungan akuatik, berkisar dari aliran air sampai lautan, dan
atmosfer. Mikroorganisme sangat erat kaitannya dengan alam dan kehidupan manusia,
beberapa diantaranya bermanfaat dan yang lain merugikan.

Mikrobiologi lingkungan adalah cabang ilmu biologi yang mempelajari

interaksi antara mikroorganisme, bumi, dan atmosfer. Mikrobiologi lingkungan
mempelajari interaksi, perilaku, aktivitas serta peranan mikroorganisme pada
berbagai ekosistem seperti perairan, terestrial dan udara. Mikrobiologi
lingkungan lebih fokus pada memanfaatkan potensi mikrob serta meminimalisir
dampak negatif yang dimilikinya untuk kesejahteraan umat manusia.

Mikrobiologi lingkungan membahas antara lain mikrobiologi tanah, udara, dan

mikrobiologi akuatik. Mikrobiologi dimulai sejak ditemukannya mikroskop dan menjadi
bidang yang sangat penting dalam biologi setelah Louis Pasteur dapat menjelaskan

1
proses fermentasi anggur (wine) dan membuat vaksin rabies. Perkembangan biologi
yang pesat pada abad ke-19 terutama dialami pada bidang ini dan memberikan landasan
bagi terbukanya bidang penting lain. Mikrobiologi lingkungan diterapkan pada bidang
pertanian, industri, perikanan, kesehatan, dan lain sebagainya. Subjek utama
mikrobiologi lingkungan adalah mikroorganisme. Mikroorganisme merupakan makhluk
hidup terkecil di bumi, namun memegang peranan penting bagi kehidupan manusia dan
lingkungan.
Mikroorganisme tidak dapat dipisahkan dengan lingkungan abiotik dan
biotik dari suatu ekosistem karena perannya sebagai pengurai. Mikrobiologi
merupakan bagian ilmu dari biologi, tersusun banyak disiplin ilmu sedikitnya ada
21 disiplin atau subbidang mikrobiologi. Peranan mikroba telah dikembangkan
sebagai jasad yang secara langsung atau secara tidak langsung mempengaruhi
lingkungan dan sebagai jasad yang secara langsung maupun secara tidak
langsung dipengaruhi oleh lingkungan. Penggunaan mikroorganisme sebagai
jasad parameter alami (indikator alami) terhadap perubahan didalam lingkungan
telah banyak digunakan, khususnya akibat pencemaran domestik atau
pencemaran non domestik.
Mikroorganisme terdapat di berbagai habitat. Mereka terdapat pada tubuh kita, di
dalam tubuh kita, dan di sekeliling kita. Mikroorganisme juga dapat diperoleh dari
lingkungan air, tanah, udara, substrat yang berupa bahan pangan, tanaman dan hewan.
Mereka merupakan komponen penting dalam ekosistem. Pada habitat alaminya, mereka
hidup dalam suatu komunitas yang terdiri dari berbagai jenis mikroorganisme, bersama
spesies-spesies biologi lainnya. Pada komunitas ini, satu spesies mikroba dapat
mempengaruhi spesies lain, beberapa spesies dapat bersifat menguntungkan dan
beberapa spesies dapat bersifat merugikan. Sehingga dalam lingkungan,
mikroorganisme tersebar sangat luas hampir disetiap tanah, air, dan udara yang kita
hirup.

B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang makalah di atas, maka dapat dirumuskan
makalah ini sebagai berikut:
1. Apa sajakah kajian pada mikrobiologi air?
2. Apa sajakah kajian pada mikrobiologi tanah?
3. Apa sajakah kajian pada mikrobiologi udara?
4. Apakah terdapat hubungan antara mikrobiologi air, tanah, dan udara dengan
ayat-ayat Al-Qur’an?

2
C. Tujuan Penulisan Makalah
Berdasarkan rumusan masalah di atas, maka tujuan dari penulisan
makalah ini adalah sebagai berikut:
1. Untuk mengetahui apa sajakah kajian pada mikrobiologi air
2. Untuk mengetahui apa sajakah kajian pada mikrobiologi tanah
3. Untuk mengetahui apa sajakah kajian pada mikrobiologi udara
4. Untuk mengetahui apakah terdapat hubungan antara mikrobiologi air, tanah, dan
udara dengan ayat-ayat Al-Qur’an

D. Manfaat
Adapun manfaat dari penulisan makalah ini adalah sebagai berikut:

1. Memahami konsep mikrobiologi lingkungan

2. Mengetahui berbagai macam mikroorganisme yang terdapat di air, tanah, dan
udara
3. Mengetahui peranan positif maupun negatif dari mikroorganisme yang terdapat di
air, tanah, dan udara .

4. Memahami pandangan Islam mengenai mikrobiologi air, tanah, dan udara

5. Menanamkan rasa bersyukur atas karunia ciptaan Allah SWT yang telah
menciptakan berbagai mikroorganisme kecil tak kasat mata yang memiliki
peranan penting dalam kehidupan serta semakin mempertebal keimanan dan
ketaqwaan kepada Allah SWT .

BAB II
PEMBAHASAN

A. Mikrobiologi Air (aquatik)

Mikrobiologi adalah studi tentang mikroorganisme yang uniseluler atau sel
cluster organisme mikroskopis. Oleh karena itu mikrobiologi air mengacu pada
studi tentang mikroorganisme yang hidup di air. Kelompok mikroorganisme

3
yang didapatkan hidup di air terdiri dari bakteri, fungi, mikroalga, virus dan
protozoa. Kelompok-kelompok tersebut kehadirannya dalam air ada yang
mendatangkan keuntungan, tetapi juga banyak yang mendatangkan kerugian.
Jasad renik tersebut dapat mempengaruhi kesehatan manusia dan kehidupan
hewan, hal ini karena mereka menepati posisi kunci di dalam rantai makanan
dengan cara menyediakan makanan bagi kehidupan akuatik berikutnya yang
bertaraf lebih tinggi.
Mikrobiologi aquatik memiliki spesifikasi berdasarkan sifat fisika kimianya.
Mikroba yang dijumpai pun beragam. Lingkungan pantai mengandung lebih
banyak mikroba karena kaya akan nutrien yang berasal dari darat, sedangkan
laut lepas populasi mikroba relatif lebih rendah.
1. Faktor-faktor yang Mempengaruhi Pertumbuhan Mikroba Aquatik
a. Pengaruh faktor abiotik pada mikroorganisme aquatik yaitu:
1) Temperatur atau suhu
Temperatur atau suhu air permukaan berkisar antara 0oC di
daerah kutub sampai 40oC di daerah aquator. Di bawah permukaan
lebih dari 90% lingkungan laut memiliki temperatur di bawah 5 oC,
Berdasarkan kisaran suhu pertumbuhannya, mikroba dapat
dikelompokkan menjadi mikroba psikrofil (kriofil), mesofil, dan
termofil. Psikrofil adalah kelompok mikroba yang dapat tumbuh
pada suhu 0-30oC dengan suhu optimum sekitar 15oC. Mesofil
adalah kelompok mikroba pada umumnya, mempunyai suhu
minimum 15oC suhu optimum 25-37oC dan suhu maksimum 45-
55oC. Mikroba yang tahan hidup pada suhu tinggi dikelompokkan
dalam mikroba termofil. Kelompok ini mempunyai suhu minimum
40oC, optimum pada suhu 55-60oC dan suhu maksimum untuk
pertumbuhannya 75oC.
Archaebacteria pyrodictium occutum, diisolasi dari bawah laut
dekat pulau Volcano, Italia dengan air bertemperatur 103oC. Dari
hasil penelitian di laboratorium bakteri tersebut dapat tumbuh
secara optimum pada suhu 105oC dan tidak tumbuh pada
temperatur di bawah 82oC.
2) Cahaya
Sebagian besar bentuk kehidupan bergantung (baik langsung
maupun tidak langsung) pada produk metabolik organism
fotosintetik. Organisme fotosintetik utama dalam sebagian besar

4
 habitat aquatik adalah alga dan Cyanobacteria, pertumbuhannya
dibatasi oleh lapisan permukaan air dimana cahaya dapat
menembus. Bagian dalam air tempat terjadi fotosintesis disebut
zona fotik. Ukuran zona ini berbeda bergantung pada kondisi
daerah seperti posisi matahari, musim, dan khususnya kekeruhan
air.
3) Salinitas
Salinitas atau konsentrasi NaCl air alami berkisar antara 0%
dalam air tawar, dan 32% NaCl dalam danau asin. Air laut
mengandung NaCl sekitar 2,75%, konsentrasi garam total air laut
berkisar 3,3 – 3,7%. Mikroorganisme dari danau dan sungai dapat
dihambat pertumbuhannya dengan konentrasi NaCl lebih dari 1%.
Berdasarkan kebutuhan garam (NaCl) mikroorganisme dapat
dikelompokkan menjadi non halofilik (NaCl 0%), halotoleran
(NaCl<10 %), halofilik (NaCl 10-15%), halofilik ekstrim (NaCl>15%).
4) Turbiditas
Turbiditas air berpengaruh terhadap kehidupan
mikroorganisme akuatik. Hal ini dapat menyebabkan seston, yaitu
jumlah kehidupan total dan materi tersuspensi dalam air yang
membentuk formasi sedimen. Seston sendiri terdiri dari kompenen-
kompenen seperti partikel-partikel mineral dari darat yang terhanyut
ke air, detritus yang berisi bahan-bahan organik dan anorganik,
serta plankton yang mengapung dalam air. Kumpulan antara
mineral dan detritus dinamakan tripton. Turbiditas dapat ditentukan
dengan alat yang dapat mengukur transparansi diantaranya Secchi
disk atau cakram Secchi, sementara kuantitas seston ditentukan
dengan gravimetri.
5) Konsentrasi Ion Hidrogen
Pertumbuhan dan perkembangan mikroorganisme juga banyak
dipengaruhi oleh konsentrasi ion hidrogen misalnya pH media.
Kebanyakan bakteri berkembang pada pH 4-9 namun hanya sedikit yang
dapat berkembang di bawah atau atas rentan tersebut, contohnya bakteri
asidofilik dan bakteri termofilik. pH rata-rata pada danau sungai dan
permukaan laut juga berbeda-beda. Hal ini dikarenakan perbedaan
ketinggian. Secara alamiah, variasi pH mempengaruhi populasi bakteri dan
jamur.

5
6) Bahan-Bahan Anorganik
Bahan-bahan anorganik yang terkandung dalam air
mempengaruhi kehidupan mikroorganisme dalam air tersebut. Bahan-
bahan anorgnik seperti nitrat, nitrit, amoniak, fosfat berkaitan erat dengan
keberadaan fitoplankton. Fitoplankton dapat menjadi biokatalisator
perairan. Dalam danau oligotrofik dan bagian laut yang miskin bahan-
bahan anorganik kompetensi nutrien anorganik terjadi antara bakteri dan
alga planktonik. Dalam danau yang besar atau laut, aktivitas
mikroorganisme heterotrofik menyebabkan kelimpahan nitrat dan fosfat,
akibatnya bagian dalam yang kaya akan nutrien akan terbawa ke
permukaan air yang memiliki produktivitas tinggi dan lebih banyak
pertumbuhan bakteri dan fungi terutama pada zona fotik daerah tropis dan
subtropis. Pertumbuhan fitoplankon menyebabkan komposisi nitrat
menurun drastis.
7) Bahan-bahan Organik
Bahan-bahan organik yang terlarut serta tersuspensi dalam air
merupakan nutrisi bagi mikroorganisme yang berhubungan langsung
dengan kepadatan, serta laju pertumbuhan. Namun, senyawa organik
dapat pula menjadi faktor penghambat. Pantai dan teluk tercemar
kemungkinan memiliki kandungan zat organik lebih tinggi namun masih di
bawah 100 mg zat organik per liter. Hal ini dapat terjadi pula di perairan
dalam. Zat-zat organik dalam air merupakan faktor pembatas pertumbuhan
bakteri saprofit dan fungi. Biasanya ada korelasi positif antara jumlah
mikroorganisme dengan konsentrasi zat-zat organik.
8) Gas-gas Terlarut
Gas-gas terlarut juga secara langsung berpengaruh kehidupan
organisme. Oksigen, karbon dioksida, nitrogen, merupakan gas-gas yang
terdapat dalam air, selain itu dalam kondisi yang normal, gas hidrogen,
sulfida dan hidrokarbon juga terdapat dalam air. Oksigen tidak mutlak
diperlukan mikroorganisme karena ada juga kelompok yang tidak
memerlukan oksigen bahkan oksigen merupakan racun bagi pertumbuhan.
Mikroorganisme terbagi atas empat kelompok berdasarkan kebutuhan
akan organisme, yaitu mikroorganisme aerob yang memerlukan oksigen
sebagai akseptor elektron dalam proses respirasi. Mikroorganisme
anaerob adalah mikroorganisme yang tidak memerlukan O2 karena
oksigen akan membentuk H2O2 yang bersifat toksik dan meyebabkan
kematian. Mikroorganisme anaerob tidak memiliki enzim katalase yang
dapat menguraikan H2O2 menjadi air dan oksigen. Mikroorganisme
fakultatif anaerob adalah mikroorganisme yang tetap tumbuh dalam

6
 lingkungan kelompok fakultatif anaerob. Mikroorganisme mikroaerofilik
adalah mikroorganisme yang memerlukan oksigen dalam jumlah terbatas
karena jumlah oksigen yang berlebih akan menghambat kerja enzim
oksidatif dan menimbulkan kematian.
9) Tekanan Osmosis
Tekanan osmosis sebenarnya sangat erat hubungannya dengan
kandungan air. Apabila mikroba diletakkan pada larutan hipertonis, maka
selnya akan mengalami plasmolisis, yaitu terkelupasnya membran
sitoplasma dari dinding sel akibat mengkerutnya sitoplasma. Apabila
diletakkan pada larutan hipotonis, maka sel mikroba akan mengalami
plasmoptisa, yaitu pecahnya sel karena cairan masuk ke dalam sel, sel
membengkak dan akhirnya pecah.
Berdasarkan tekanan osmosis yang diperlukan dapat
dikelompokkan menjadi mikroba osmofil (mikroba yang dapat tumbuh pada
kadar gula tinggi), mikroba halofil (mikroba yang dapat tumbuh pada kadar
garam halogen yang tinggi), mikroba halodurik (kelompok mikroba yang
dapat tahan atau tidak mati tetapi tidak dapat tumbuh pada kadar garam
tinggi, kadar garamnya dapat mencapai 30%).
b. Pengaruh faktor biotik pada mikroorganisme aquatik.
1) Interaksi dalam Satu Populasi Mikroba
Interaksi antar jasad dalam satu populasi yang sama ada dua
macam, yaitu interaksi positif maupun negatif. Interaksi positif
menyebabkan meningkatnya kecepatan pertumbuhan sebagai efek
sampingnya. Meningkatnya kepadatan populasi, secara teoritis
meningkatkan kecepatan pertumbuhan. Interaksi positif disebut juga
kooperasi. Sebagai contoh adalah pertumbuhan satu sel mikroba menjadi
koloni.
Interaksi negatif menyebabkan turunnya kecepatan pertumbuhan
dengan meningkatnya kepadatan populasi. Misalnya populasi mikroba
yang ditumbuhkan dalam substrat terbatas, atau adanya produk metabolik
yang meracun. Interaksi negatif disebut juga kompetisi.
2) Vitamin, Enzim, dan Antibiotika
Zat-zat pertumbuhan dan zat-zat penghambar yang dihasilkan oleh
organisme hidup juga merupakan faktor biologis yang perlu
diperhitungkan. Substansi tersebut, misalnya vitamin yang tidak dapat
disintesis oleh beberapa alga, atau bakteri yang berbeda dan fungsi itu
sendiri. Penyedia utama adalah alga yang lain, bakteri, dan fungi
(khususnya yeastI). Vitamin yang dibutuhkan oleh diatom laut yang telah
diuji memerlukan vitamin 46%; yang terdiri dari 14% vitamin B 1 (thiamin),

7
 25% vitamin B12 (cobalamin), dan 7% kedua vitamin. Sebagian besar
bakteri akuatik dapat mensintesis vitamin sendiri. Telah diteliti pada air
dari danau liawa (polandia) ditemukan beberapa spesies dari genus
Pseudomonas, Aeromonas, Vibrio, Bacillus, dan Micrococcus.yang dapat
mensintesis vitamin B12 (cobalamin).
3) Interaksi antar berbagai macam populasi mikroba
Apabila dua populasi yang berbeda berasosiasi, maka akan
timbul berbagai macam interaksi. Interaksi tersebut menimbulkan
pengaruh positif, negatif, ataupun tidak ada pengaruh antar populasi
mikroba yang satu dengan yang lain.
a) Netralisme
Netralisme adalah hubungan antara dua populasi yang tidak
saling mempengaruhi. Hal ini dapat terjadi pada kepadatan populasi
yang sangat rendah atau secara fisik dipisahkan dalam mikrohabitat,
serta populasi yang keluar dari habitat alamiahnya. Sebagai contoh
interaksi antara mikroba allocthonous (nonindigenous) dengan
mikroba autochthonous (indigenous), dan antar mikroba
nonindigenous di atmosfer yang kepadatan populasinya sangat
rendah. Netralisme juga terjadi pada keadaan mikroba tidak aktif, misal
dalam keadaan kering beku, atau fase istirahat (spora, kista).
b) Komensalisme
Hubungan komensalisme antara dua populasi terjadi apabila
satu populasi diuntungkan tetapi populasi lain tidak terpengaruh.
Contohnya adalah bakteri Flavobacterium brevis dapat menghasilkan
ekskresi sistein. Sistein dapat digunakan oleh Legionella pneumophila.

c) Sinergisme
Suatu bentuk asosiasi yang menyebabkan terjadinya suatu
kemampuan untuk dapat melakukan perubahan kimia tertentu di
dalam substrat. Apabila asosiasi melibatkan 2 populasi atau lebih
dalam keperluan nutrisi bersama, maka disebut sintropisme. Contoh
sinergisme: Streptococcus faecalis dan Escherichia coli
d) Mutualisme
Mutualisme adalah asosiasi antara dua populasi mikroba yang
keduanya saling tergantung dan sama-sama mendapat keuntungan.
Mutualisme bersifat sangat spesifik (khusus) dan salah satu populasi
anggota simbiosis tidak dapat digantikan tempatnya oleh spesies lain
yang mirip. Contohnya adalah Algae (phycobiont) sebagai produser

8
 yang dapat menggunakan energi cahaya untuk menghasilkan
senyawa organik. Senyawa organik dapat digunakan oleh fungi
(mycobiont), dan fungi memberikan bentuk perlindungan (selubung)
dan transport nutrien / mineral serta membentuk faktor tumbuh untuk
algae.
e) Kompetisi
Hubungan negatif antara 2 populasi mikroba yang keduanya
mengalami kerugian. Peristiwa ini ditandai dengan menurunnya sel
hidup dan pertumbuhannya. Kompetisi terjadi pada 2 populasi mikroba
yang menggunakan nutrien atau makanan yang sama, atau dalam
keadaan nutrien terbatas. Contohnya adalah antara protozoa
Paramaecium caudatum dengan Paramaecium aurelia.
f) Amensalisme (Antagonisme)
Satu bentuk asosiasi antar spesies mikroba yang menyebabkan
salah satu pihak dirugikan, pihak lain diuntungkan atau tidak
terpengaruh apapun. Umumnya merupakan cara untuk melindungi diri
terhadap populasi mikroba lain. Misalnya dengan menghasilkan
senyawa asam, toksin, atau antibiotika. Contohnya adalah bakteri
Acetobacter yang mengubah etanol menjadi asam asetat. Thiobacillus
thiooxidans menghasilkan asam sulfat. Asam-asam tersebut dapat
menghambat pertumbuhan bakteri lain. Bakteri amonifikasi
menghasilkan ammonium yang dapat menghambat populasi
Nitrobacteri.
g) Parasitisme
Parasitisme terjadi antara dua populasi, populasi satu
diuntungkan (parasit) dan populasi lain dirugikan (host atau inang).
Umumnya parasitisme terjadi karena keperluan nutrisi dan bersifat
spesifik. Ukuran parasit biasanya lebih kecil dari inangnya. Terjadinya
parasitisme memerlukan kontak secara fisik maupun metabolik serta
waktu kontak yang relatif lama. Contohnya adalah bakteri Bdellovibrio
yang memparasit bakteri E. coli.
h) Predasi
Hubungan predasi terjadi apabila satu organisme predator
memangsa atau memakan dan mencerna organisme lain (prey).
Umumnya predator berukuran lebih besar dibandingkan prey, dan
peristiwanya berlangsung cepat. Contohnya adalah Protozoa
(predator) dengan bakteri (prey). Protozoa Didinium nasutum
(predator) dengan Paramaecium caudatum (prey).

9
2. Kelompok Mikroba dalam Air
Air merupakan komponen esensial bagi kehidupan jasad hidup. Akan
tetapi dapat juga merupakan suatu substansi yang membawa malapetaka, karena
air dapat membawa mikroorganisme patogen dan zat-zat kimia yang bersifat.
Dalam air baik yang kita anggap jernih, sampai terhadap air yang keadaannya
sudah kotor atau tercemar, di dalamnya akan terkandung sejumlah kehidupan,
yaitu misalnya yang berasal dari sumur biasa, sumur pompa, sumber mata air dan
sebagainya, di dalamnya terdiri dari bakteri, yaitu:
a. Kelompok bakteri besi (misalnya: Crenothrix dan Sphaerotilus)
Mampu mengoksidasi senyawa ferro menjadi ferri. Akibat kehadirannya,
air sering berubah warna kalau disimpan lama yaitu warna kehitam-hitaman,
kecoklat-coklatan, dan sebagainya.

Gambar 1. Crenothrix Gambar 2. Sphaerotilus

(Sumber: sumberbiologi.com) (Sumber: sumberbiologi.com)

b. Kelompok bakteri belerang (misalnya: Chromatium dan Thiobacillus)

Mampu mereduksi senyawa sulfat menjadi H2S. Akibatnya kalau air
disimpan lama akan tercium bau busuk seperti bau telur busuk.

Gambar 3. Chromatium Gambar 4. Thiobacillus

(Sumber: Azizpenabio.com) (Sumber: Azizpenabio.com)
c. Kelompok mikroalga (misalnya: mikroalga hijau, biru dan kersik)

10
 Bila air disimpan lama di dalamnya akan nampak jasad-jasad yang
berwarna hijau, biru atau pun kekuning-kuningan, tergantung kepada dominasi
jasad-jasad tersebut serta lingkungan yang mempengaruhinya.

Gambar 5. Mikroalga Hijau

(Sumber: sumberbiologi.com)

Mikroorganisme di perairan berdasarkan sifat tropiknya meliputi:

a. Mikroba autotrof adalah organisme yang mampu menyediakan/mensintesis
makanan sendiri yang berupa bahan organik dari bahan anorganik dengan
bantuan energi seperti matahari dan kimia. Contohnya : Thiobacillus,
Nitrosomonas, Nitrobacter.
b. Mikroba heterotrof adalah organisme yang memanfaatkan bahan-bahan organik
sebagai makanannya dan bahan tersebut disediakan oleh organisme lain.
Contohnya antara lain: Saprolegnia sp., Candida albicans, Trichopnyton
rubrum.
Mikroba yang terdapat dalam air terdiri dari bakteri, cyanophyta (alga hijau
biru), fungi, virus, dan protozoa.
a. Bakteri
Bakteri yang hidup di perairan umumnya uniseluler, tidak
memiliki klorofil, berkembang biak dengan pembelahan sel secara
transversal atau biner, sebagian besar (± 80%) berbentuk batang,
gram negatif, bergerak secara aktif. Secara umum hidupnya saprofitik
pada sisa buangan hewan atau tanaman yang sudah mati, ada juga
yang bersifat parasitik pada hewan, manusia dan tanaman yang dapat
menyebabkan penyakit.
Bakteri yang ditemukan di dalam air sangatlah bervariasi,
misalnya saja bakteri akuatik ini merupakan bakteri yang paling
banyak hidup didalam air. Bakteri akuatik adalah heterotrofik, yakni
hidup dengan menggunakan zat organik. Secara morfologis bakteri

11
akuatik mempunyai bentuk yang hampir sama dengan tipe bentuk
dasar bakteri yang terdapat di darat yaitu berbentuk seperti batang,
kokus, dan spiral. Beragam bentuk bekteri akuatik yang terdiri dari
beberapa atau banyak sel, koloni tersebut dapat berbentuk seperti
telur, sebuah bintang, sebuah pita, sebuah jala, atau sebuah
lembaran. Kebanyakan bakteri akuatik yang ada di dalam air adalah
motil dan flagela.

1) Bakteri pada Danau-danau Bergaram

Pada dekade tahun terakhir telah ditemukan bakteri yang
dapat hidup di danau besar bergaram di Utah dan laut mati.
Konsentrasi dan komposisi pada setiap danau berbeda antara
danau yang satu dengan yang lainnya hal ini berpengaruh terhadap
komposisi mikrofolra. Jenis bakteri yang hidup di danau bergaram
dengan kadar garam tinggi yang dinamakan bentuk halofilik, yang
dapat berkembang secara optimal pada kadar garam yang berkisar
20-30%. Organisme ini mempunyai pigmen berwarna merah
contohnya adalah Halobacterium dan Halococus. Halobakterium ini
hanya dapat tumbuh pada kadar garam di atas 12% sedangkan
kadar garam optimumnya adalah 25-30% sehingga bakteri ini dapat
berkembang dalam larutan garam jenuh. Pada danau yang memiliki
kadar garam rendah misalnya 5%, bakteri yang toleran dengan
garam ditemukan dalam jumlah yang sangat besar.

12
 Gambar 6. Halobacterium Gambar 7. Halococus
(Sumber: bakteriair.com) (Sumber: bakteriair.com)

2) Bakteri laut
Hampir semua bakteri laut adalah halofilik yakni memerlukan
NaCl untuk perkembangan yang optimal. Pertumbuhan terbaik pada
konsentrasi garam 2,5-4,0%. Laut memiliki konsentrasi garam rata-
rata 3,5% yang merupakan konsentrasi optimal bagi kebanyakan
bakteri-bakteri laut. Bakteri-bakteri tersebut membutuhkan natrium
yang berfungsi untuk membantu transpor zat ke dalam sel dan ion
Cl yang berfungsi untuk membantu pertumbuhan bakteri.
Disamping bakteri halofilik laut juga terdapat bakteri laut lain yang
dinamakan bakteri termotoleran yaitu bakteri yang dapat tumbuh
pada media air tawar. Hampir semua bakteri laut adalah motil.
Contoh bakteri lain yang banyak dijumpai di laut: Pseudomonas,
Vibrio, Flavobacterium, Achromobacter dan Bacterium.

Gambar 8 Pseudomonas gambar 9 Achromobacter

(sumber:gayatempo.com) (sumber:hasilbumidesaku.blogspot.com)

3) Bakteri pada Perairan Dalam

Bakteri flora pada perairan dalam berhubungan dengan flora
bakteri dalam tanah. Sebagian bakteri terikut oleh aliran air yang
berasal dari dalam tanah. Hampir semua bakteri yang terdapat di
mata air, sumber air, dan air yang mengalir juga berasal dari tanah.
Bakteri flora pada permukaan perairan lebih banyak dan bervariasi.
Komposisi bakterinya tergantung dari suplai nutrien-nutrien dalam
air. Pada air mengalir dengan nutrien rendah terdapat bakteri
batang gram negative tidak berspora yang lebih dominan yang

13
 terdiri dari genus Achromobacter dan pada air mengalir yang bersih
yang lebih dominan adalah bakteri yang bertangkai yaitu
Flavobacterium. Jumlah bakteri tanah yang terikut aliran air masih
cukup tinggi. Misalnya, Azobacter chroococcum.
b. Cyanophyta (Alga Hijau Biru)
Alga tidak memiliki akar, batang dan daun yang mempunyai fungsi
seperti tumbuhan darat, wujud alga terdiri dari batang yang disebut thallus.
Umumnya alga hidup secara bebas di air atau bersimbiosis dengan jasad lain.
Mempunyai bentuk uniseluler, filamen yang mengelilingi tubuhnya banyak
diselimuti dengan lendir. Merupakan divisi Cyanophyta dengan beberapa
kelas yaitu: Nostocales, Chroococcales, dan Stigonematales, Hydrodictyon.
Cyanophyta atau alga hijau biru termasuk prokariot . Beberapa spesies
memiliki ciri khas warna hijau biru yang dinamakan fikosianin. Beberapa yang
lain memiliki pigmen hijau kekuningan dan warna merah yang dinamakan
fikoerithrin. Morfologi cyanophyta bermacam-macam bentuknya ada yang
sferis, telur. Perkembangbiakan Cyanophyta dengan cara membelahan diri.
1) Cyanophyta pada Danau Bergaram
Beberapa spesies Cyanophyta relatif toleransi terhadap kadar
garam yang tinggi. Misalnya yang ditemukan di laut kaspia. Diantara
spesies yang menyebabkan blooming plankton adalah Aphanizomenon
flos-aquae, genus Aphanothece, coelospaherium, chroococcus,
gomphosphaeria. Spesies chlorogloea sarcinoides ditemukan dalam
jumlah besar di danau bergaram di Uni Soviet, yang dinyatakan dalam
bentuk halofilik.
2) Cyanophyta Laut
Pada habitat laut, Cyanophyta tidak memainkan peran penting
seperti halnya pada danau perairan dalam, terkecuali didaerah artik dan
antartika. Pada perairan dalam seperti lautan atlantik dan lautan
Indonesia terdapat jenis Noctor dan Dactyliococcopsis. Perbedaan
antara spesies Cyanophyta laut dan air tawar adalah hanya nama
trivialnya. Ada yang murni genus Cyanophyta laut, misalnya
Trichodesmium dan ada juga yang merupakan spesies hidup dilaut yaitu
Desmocarpa.

14
 Gambar 8. Trichodesmium Gambar 9. Desmocarpa.
(Sumber: sumberbiologi.com) (Sumber: sumberbiologi.com)
3) Cyanophyta pada Perairan Dalam
Perairan dalam merupakan habitat utama Cyanophyta dan
memainkan peran sebagai transformasi materi. Keberadaan alga
disungai mengikuti aliran air. Pada air yang mengalir deras terdapat
antara lain pleurocapsa, hidrococcus, dan chamaesiphon yang berada
pada permukaan batu, lumut dan alga.
c. Fungi (jamur)
Fungi atau jamur hidup tersebar luas, berbentuk uniseluler,
umumnya berbentuk filamen atau serat yang disebut miselia atau hifa.
Contoh: Saprolegnia sp., Branchiomyces sanguinis, Icthyophonus hoferi.
Fungi atau jamur adalah jenis organisme heterotrofik, yang tergantung
terhadap kehadiran senyawa-senyawa organik. Fungi dapat hidup di berbagai
macam habitat, fungi tanah dapat tumbuh disungai dan danau, dan beberapa
fungi akuatik juga dapat tumbuh pada tanah. Ada jamur yang hanya sebagai
saprofitik atau parasitik yaitu yang menyerang sebagaian besar tanaman air
dan hewan air, tetapi ada juga yang bersifat parasit fakultatif yaitu yang
mendapatkan makanan dari bahan-bahan yang telah mati. Beberapa jamur
dapat tumbuh pada asam dengan pH 3,2-9,6 misalnya Achlya racemosa dan
Saprolegnia manoica. Fungi memiliki lebih banyak varian morfologis

15
dibandingkan bakteri dan mempunyai sel yang lebih besar. Fungi termasuk
eukariotik, dimana intinya berselubung dan menghasilkan badan-badan buah.
1) Fungi pada Danau Bergaram
Fungi ditemukan pada danau bergaram dengan konsentrasi
garam yang rendah. Misalnya Rhizophydium halophylum tumbuh pada
habitat perairan bergaram atau di sebuah teluk.
2) Fungi Laut
Beberapa fungi yang hanya dapat tumbuh didalam air laut
memerlukan NaCl, disamping fungi halofilik laut, ada beberapa bentukan
yang toleran terhadap garam. Myxcomycetes yang berada dalam laut
dapat menghasilkan suatu jaringan filament sitoplasmik, yang dinamakan
“net plasmodium”. Seperti halnya phycomychetes yang berada pada
perairan dalam, habitat fungi ini tidak hanya sebagai saprofit, tetapi juga
bertindak sebagai parasit yang menyerang sejumlah besar tumbuhan
dan hewan laut lainnya. Organisme dari genus Olpidium, Rozella,
Chytridium, Sirolpidium, dan Ectrogella memainkan peran sebagai
parasit di laut.
3) Fungi pada Perairan Dalam
Dalam air bersih fungi hampir tidak didapatakan karena
kekurangan nutrien. Jamur dapat tumbuh hanya bila terdapat cukup
nutrien. Tetapi fungi dapat berada dalam sumber air bersih dan sungai.
Beberapa koloni dapat tumbuh dengan nutrien yang sedikit atau pada
aliran air eutrofik. Hampir semua genus Saccharomyces didapatkan
pada air bersih dan arus dingin.
4) Virus
Bentuk virus bermacam-macam antara lain: bentuk batang
pendek, batang panjang, bulat, bentuk polihedral. Ukurannya lebih kecil
daripada bakteri. Hanya memiliki satu jenis asam nukleat yakni ADN atau
ARN saja. Virus juga terdapat di dalam hewan air. Virus karena bukan
sebagai organisme yang independen, karena menggunakan sel
tumbuhan atau hewan hidup untuk multiflikasi dan untuk pertumbuhanya.
Ukuran virus kecil sehingga dapat melewati saringan bakteri. Virus juga
ditemukan dalam alga dan hewan air. Virus juga dapat menyebabkan
penyakit pada ikan. Contoh: virus Coli-fag.
5) Protozoa
Protozoa merupakan protista uniseluler, mikroskopis, berukuran
yang bervariasi antara 10–500 mikron, hidup sebagai satu individu ada
pula yang berkoloni. Protozoa terbagi menjadi 3 yaitu amoeba atau

16
 pseudoodia, siliata dan flagelata. Contoh: Cryptocaryon irritans,
Stylonycia sp., Entamoeba histolitika.
Kelompok mikroba dalam air juga terbagi menjadi dua, yaitu mikroba diair
bersih dan air kotor:
a. Mikroba dalam Air Jernih
Pada Air jernih seperti air sumur biasa, sumur pompa, sumber mata air
dan sebagainya. Di dalamnya terdapat berbagai macam jenis bakteri antara
lain adalah kelompok bakteri besi, kelompok bakteri belerang, dan kelompok
mikroalga.
b. Mikroba dalam Air Kotor
Dari beberapa contoh air kotor di lingkungan antara lain: air selokan, air
sungai, air buangan, didalamnya terdapat banyak kelompok bakteri seperti
kelompok mikroba patogen, kelompok mikroba penghasil toksin (racun),
kelompok mikroba pencemar dan kelompok bakteri pengguna.
3. Lingkungan Perairan
a. Lingkungan Perairan Laut
Pada lingkungan perairan laut mikroorganisme terdapat di seluruh
bagian laut dari permukaan air laut sampai dasar relung yang terdalam.
Terdapat 8 habitat atau wilayah yang dihuni oleh mikroorganisme laut, yaitu:
1) Habitat permukaan laut disebut neustona/pleuston (mikrohabitat di
perbatasan antara udara dan air yang kaya polisakarida-protein). Plankton
adalah organisme yang pasif bergerak sebagian besar adalah organisme
fotosintetik yang berdiam di wilayah fotik. Berdasarkan komposisi
penyusunnya plankton dapat dibedakan fitoplankton (plankton tumbuhan),
zooplankton (plankton hewan)/bakterio plankton (bakteri). Berdasarkan
asal-usulnya plankton dibedakan menjadi 2 yaitu: autoplankton (plankton
yang berasal dari habitat tersebut) dan alloplankton (plankton yang
berasal dari luar habitat tersebut.
Sedangkan berdasarkan ukurannya plankton dapat dibedakan
menjadi 2 yaitu: femtoplankton (0,02–0,2 µm), pikoplankton (0,2–2,0 µm),
nanoplankton (2,0–20 µm), mikroplankton (20–200 µm), mesoplankton
(0,2-20 mm), makroplankton (20 – 200 mm) plankton yang dapat dilihat
dengan mata telanjang, megaplankton (200 – 2000 mm).
2) Habitat epibiotik: permukaan benda mati yang dilekati oleh komunitas
mikroorganisme.
3) Habitat endobiotik : lingkungan dalam jaringan tubuh organisme yang
lebih besar.
4) Habitat epipelagik: dari permukaan sampai kedalaman 100 m. Diantara
lapisan epipelagik dan mesopelagik terdapat lapisan termoklin (lapisan

17
 yang selalu mengalami perubahan suhu yang cepat), terutama dijumpai di
perairan dalam daerah iklim sedang.
5) Habitat mesopelagik: sampai kedalaman 2000 m
6) Habitat batipelagi
7) Habitat abisopelagik
8) Habitat bentik/dasar laut : daerah perbatasan antara air laut dengan
sedimen.
b. Lingkungan Perairan Tawar
Pada umumnya lingkungan perairan tawar lebih banyak mengandung
nutrien jika dibandingkan dengan lingkungan perairan laut. Lingkungan
perairan tawar dibagi menjadi 2 kategori yaitu :
1) Habitat lentik contoh: danau, kolam
2) Habitat lotik contoh: mata air, sungai
3) Lingkungan perairan payau
Lingkungan perairan tawar merupakan daerah transisi antara perairan
tawar dan laut. Mikroorganisme yang hidup di perairan payau antara lain:
Vibrio, Psedomonas, Bacillus, Chromobacterium, Cyanobacteria, anggota
actinomycetes, algae, protozoa, dan virus.
Di dalam perairan alami dapat terjadi aliran energi yang kontinu selama
sitem di dalam air tidak terganggu dari bentuk-bentuk pencemaran. Kehadiran
benda-benda asing yang terbawa bersama buangan secara langsung atau tidak
langsung akan menyebabkan perubahan didalamnya. Perubahan tersebut akan
terjadi sesuai dengan adanya interaksi dari dua prinsip yakni :
a. Prinsip-Prinsip Batas Toleransi
Prinsip-prinsip batas toleransi terhadap lingkungan adalah batas
toleransi terhadap jasad hidup yang berada didalamnya dan mempunyai nilai
toleransi tinggi, sehingga organisme yang terbiasa akan tetap hidup tetapi
bagi yang mempunyai nilai toleransi rendah akan dapat tersisih dan musnah.
b. Prinsip Kompetisi
Prinsip kompetisi ditentukan oleh adanya kehidupan baru yang
diakibatkan oleh toleransi, sehingga timbul kompetisi di antara sesama jasad
tersebut. Sehingga organisme yang kuat akan dapat terus tumbuh sedangkan
yang lemah akan musnah.
1. Mikroba dalam Air Jernih
Pada Air jernih seperti air sumur biasa, sumur pompa, sumber mata air
dan sebagainya. Di dalamnya terdapat berbagai macam jenis bakteri antara lain
adalah kelompok bakteri besi, kelompok bakteri belerang, dan kelompok
mikroalga.

18
 2. Mikroba dalam Air Kotor
Dari beberapa contoh air kotor di lingkungan antara lain : air selokan, air
sungai, air buangan, didalamnya terdapat banyak kelompok bakteri seperti
kelompok mikroba patogen, kelompok mikroba penghasil toksin (racun),
kelompok mikroba pencemar dan kelompok bakteri penggunan.

4. Distribusi mikroba pada perairan

Bakteri dan fungi terdapat pada hampir semua jenis air, tetapi memiliki
jumlah dan jenis yang berbeda-beda antara danau, sungai, dan laut.
Mikroorganisme merupakan bagian dari komponen biologis, dimana komposisi dan
ukurannya tergantung dari kondisi fisik dan kimiawi. Hal ini yang menyebabkan
terjadinya perbedaan jenis-jenis bakteri. Bakteri dan fungi heterofilik dapat hidup
hanya dengan mengggunakan bahan-bahan organik, baik yang disintesis dan
diresintesis oleh organisme yang lain dalam mendapatkan nutriennya. Distribusi
mikroorganisme dalam air merupakan hasil dari interaksi semua faktor biotik dan
faktor abiotik. Distribusi mikroba pada perairan terbagi menjadi distribusi mikroba
pada sungai, distribusi pada danau, distribusi pada laut dan juga mempengaruhi
distribusi dari bakteri dan fungi.
a. Distribusi pada Sungai
Air di permukaan bumi yang mengalir disebut dengan air sungai. Air
sungai akan mengalir dari hulu (mata air) ke hilir (muara) karena pengaruh
kemiringan permukaan bumi. Secara fisik, air sungai terlihat berwarna cokelat
dengan tingkat kekeruhan yang tinggi karena bercampur dengan pasir,
lumpur, pelapukan kayu, dan pencemar lainnya. Kualitas air sungai juga
dipengaruhi oleh lingkungan di sekitar aliran sungai. Secara umum, kualitas
air sungai di daerah hilir (muara) lebih rendah dibandingkan di daerah hulu
(mata air). Hal ini terjadi akibat limbah industri dan limbah rumah tangga yang
dibuang langsung ke sungai akan terkumpul di muara sungai. Akibatnya
secara kualitas fisika, kimia, maupun biologi, air di daerah muara sungai
sangat rendah dan tidak layak di jadikan bahan baku air minum.
Pada mata air hanya sedikit bakteri yang dapat ditemukan, karena
jumlah nutriennya sedikit. Jumlah total bakteri berkisar dari ratusan hingga
ribuan per mililiter dan jumlah saprofit umumnya antara 10 sampai beberapa
ribu. Hal ini disebabkan karena mata air mengandung konsentrasi nutrien
yang rendah, biasanya bakteri yang terdapat pada mata air adalah bakteri
yang sangat kecil berbentuk kokus dan batangnya pendek bila dilihat dengan
mengunakan mikroskop cahaya. Cyanophyta juga dapat ditemukan pada
beberapa mata air, khususnya pada tepi mata air.

19
 Temperatur suhu juga dapat menunjukan sebagai batas untuk
kehidupan tumbuhan hijau, pada sumber air panas di atas 500c hanya
bakteri dan Cyanophyta yang dapat hidup. Jumlah bakteri saprofit di
sungai dan mata air tergantung pada musim. Ketika musim panas dan
musim dingin akan memiliki jumlah yang berbeda. Jumlah sel-sel yeast
(ragi) di sungai dapat meningkat karena limbah yang dibuang ke
sungai jumlahnya cukup besar, tetapi pada arus air yang jernih yeast
(ragi) jarang untuk ditemukan karena jumlah limbah yang dibuang ke
sungai jumlahnya sedikit. Spora-spora jamur tingkat tinggi secara
melimpah berada di sungai dan merupakan bagian penting dari
peningkatan limbah. Sedangkan komposisi populasi fungi tingkat
rendah tergantung dari jumlah bahan organik yang masuk.
Berbagai macam organisme hidup dalam air lebih banyak ditemukan
pada air permukaan daripada air tanah, karena proses penyaringan oleh
lapisan tanah. Jenis-jenis organisme yang terdapat dalam air meliputi
organisme mikroskopik. Organisme mikroskopik seperti bakteri dan coliform
dapat ditemukan dalam air. Bakteri yang hidup di perairan umumnya
uniseluler, tidak memiliki klorofil, berkembangbiak dengan pembelahan sel
secara transversal atau biner, sebagian besar (± 80%) berbentuk batang.
Secara umum hidupnya saprofitik pada sisa buangan hewan atau tanaman
yang sudah mati, ada juga yang bersifat parasitik pada hewan dan manusia
sehingga dapat menyebabkan penyakit.
b. Distribusi pada Danau
Banyak jenis bakteri atau fungi di dalam danau berlaku sebagai jasad
decomposer. Mempunyai kemampuan untuk mengurai atau merombak
senyawa yang berada dalam danau. Pada umumnya mikroalga mempunyai
klorofil, sehingga dapat melakukan proses fotosintesis dengan menghasilkan
oksigen. Kehadiran hasil uraian senyawa hasil rombakan bakteri atau fungi,
ternyata digunakan atau dimanfaatkan oleh jasad-jasad lain, antara lain oleh
mikroalgae, bakteri atau fungi sendiri. Kegiatan fotosintesis tersubut akan
menambah jumlah (kadar) oksigen di dalamnya, sehingga nilai kelarutan
oksigen (umumnya disebut DO atau dissolved oxygen) akan naik atau
bertambah.
Jumlah bakteri saprofit di danau tergantung dari tipe danau. Pada danau
tipe oligotrofik berbeda dengan tipe danau mesotrofik, danau eutrofik, dan
distrofik. Jumlah terbesar biasanya pada tipe danau eutrofik. Pada danau
yang jernih jumlah tertinggi bakteri pada saat jumlah nutrien fitoplankton
diproduksi paling tinggi. Distribusi vertikal bakteri tergantung dari perbedaan

20
 musim. Selama musim panas yang paling berkembang adalah alga dan
bakteri. Tidak hanya jumlah total bakteri pada berbagai zona yang berbeda
tetapi juga komposisi dari spesiesnya. Bakteri heterotrofik mencapai jumlah
maksimum bila berada dalam zona termoklin dan yang kedua di atas dasar
danau.
Distribusi mikroba pada danau mesotrofik dipengaruhi oleh persediaan
oksigen. Bakteri Metallogenium personatum ditemukan pada lapisan 10 meter
dari permukaan. Pada kedalaman 10,75 meter, dimana H 2S selalu ada maka
bakteri sulfur seperti Rhodothece conspicua dan Thiocapsa sp. mencapai
jumlah maksimum. Bakteri sulfur hijau, misalnya Pelodictyon luteolum di
bawah kedalaman 11-11,5 meter menjadi paling dominan jumlahnya.
Sejumlah bakteri coklat Chlorochromatium dan Pelodictyon roseoviride juga
didapatkan pada kedalaman 11-12 meter. Bakteri Peloploca pulchra
didapatkan pada kedalaman 13,0-22,5 meter. Jumlah terbesar bakteri
fotototrof yang pernah diobservasi di danau eutrofik bergaram adalah 48 juta
per ml, dan pada danau oligotrofik air tawar mencapai 3,5 juta per ml.
Cyanophyta tersebar luas dalam danau perairan dalam. Pada danau
oligotrofik, fitoplankton ini tergolong sangat kecil. Proses peningkatan dengan
cara eutrofikasi. Dalam danau eutrofik, Cyanophyta terdapat pada musim
panas dan nampak warna kehijauan pada air. Hal ini terjadi pada lapisan
sekitar 1-2 meter. Peningkatan eutrofikasi juga meningkatkan perubahan
populasi Cyanophyta, misalnya Oscillatoria rubescens.
c. Distribusi pada Laut
Bakteri laut adalah salah satu mikroorganisme yang mampu menjaga
kesinambungan kehidupan di laut karena kemampuannya mendegradasi
senyawa organik mulai dari yang sederhana hingga kompleks, yang masuk ke
perairan laut. Bakteri air laut bisa hidup pada konsentrasi salinitas yang tinggi
tanpa adanya komponen garam tersebut pada media maka bakteri air laut
tidak bisa tumbuh dan berkembang.
Jumlah bakteri saprofit pada berbagai bagian laut berbeda-beda. Hal
ini disebabkan karena perbedaan tempat, bahan makan dan fluktuasi musim.
Jumlah bakteri saprofit pada suatu teluk lebih tinggi daripada laut terbuka.
Pantai yang tercemar juga mengandung banyak bakteri soprofit karena
mengandung bahan-bahan organik yang cukup tinggi. Distribusi vertikal
bakteri saprofit mencapai jumlah tertinggi pada zona eufotik, tetapi tidak pada
zona atas dengan kedalaman 10-50 meter. Pada kedalaman di bawah 200
meter hanya kecil jumlah bakteri saprofit yang dapat ditemukan, dan di bawah
1000 meter jumlahnya sangat sedikit.

21
 Di laut jumlah bakteri tertinggi ditandai oleh perbedaan densitas
yang biasaya ditemukan pada daerah termoklin dan zona dengan
perubahan salinitas yang mendadak. Cyanophyta berperan penting
sebagai fitoplankton di laut. Anggota dari genus Trichodesmium
tersebar luas di perairan tropis. Mereka dapat membentuk bunga air
plankton dimana mengandung garam sekitar 3,5% dan temperatur air
lebih dari 250c. Kejadian tersebut dapat terjadi didaerah permukaan
dan dibagian yang lebih dalam atau zona afotik. Cyanophyta tidak
hanya dapat diobservasi dari zona fotik tetapi juga dapat diambil dari
laut yang lebih dalam. Misalnya pada genus Noctoc dan spesies
Dactyliococcopsi dari Samudera Indonesia dan Samudera Atlantik.
Noctoc planktonicum juga dapat ditemukan pada kedalaman 1000
meter.
Distribusi phycomycetes pada laut utara dan laut atlantik
Tenggara didapatkan jumlah tertinggi sebanyak 2000 fungi per liter.
Perbedaan jumlah ini disebabkan karena pengaruh musim. Sedangkan
distribusi yeast di laut relatif tinggi pada pantai yang banyak
limbahnya, namun yeast juga masih dapat ditemukan di laut terbuka
seperti di Samudera Indonesia pada kedalaman 2000 meter.

d. Distribusi Mikroba pada Sedimen Perairan Dalam

Koloni mikroorganisme dalam jumlah besar bisa didapatkan dari
lapisan atas lumpur suatu danau karena memiliki bahan-bahan organik yang
tinggi. Lumpur yang berisi bakteri dan bahan-bahan organik yang telah terurai
dapat didapatkan dari kedalaman lumpur yang hanya beberapa centimeter.
Pada kedalaman 1 meter jumlah bakteri hanya sedikit dibandingkan pada
permukaan.
Hampir semua dalam endapan danau dapat dideteksi adanya
Eubacteria dan Actinomycetes. Jumlah Actinomycetes akan menurun sesuai
dengan kedalaman. Begitu juga dengan jumlah fungi dalam lumpur danau
juga dapat menurun dengan meningkatnya kedalaman sedimen. Fungi akan
dapat tumbuh baik di dalam lumpur sama baik dengan di permukan.

5. Peran Mikroba Air dalam Siklus Unsur dalam Air

Bakteri dan fungi berperan dalam siklus materi di dalam air. Mikroba
tersebut merupakan produksi primer bahan organik dan di bawah kondisi tertentu
memecah senyawa organik alami ke dalam komponen, seperti karbondioksida,

22
air, dan berbagai garam-garam organik lainnya. Kandungan oksigen di dalam air
juga banyak dipengaruhi oleh aktifitas bakteri dan fungi.
a. Siklus Karbon
Diperkirakan terdapat 34.500 ton senyawa karbon didalam laut. Unsur ini
adalah komponen utama penyusun tubuh makhluk hidup. Sekitar 50% berat
kering dari bahan organik adalah karbon. Siklusnya dialam sangat erat
kaitannya dengan peredaran energi, di mana sebagian besar energi yang
diperoleh makhluk hidup dihasilkan dengan merombak atau mereduksi
senyawa yang mengandung karbon. Tumbuh tumbuhan dan hewan laut
setelah mati kembali diuraikan oleh mikroorganisme, terutama dari kelompok
bakeri, yang akan mengembalikan karbon kealam yang salah satunya dalam
bentuk karbon dioksida (CO2).
Karbondioksida berikatan dengan air membentuk asam
karbonat yang akan terurai menjadi ion bikarbonat. Bikarbonat adalah
sumber karbon bagi alga yang memproduksi makanan untuk diri
mereka sendiri dan organisme heterotrof lain.
Kehadiran karbondioksida sebagai syarat untuk kehidupan di
bumi dan berhubungan langsung dengan ekosistem dalam air.
Kandungan mikrooganisme dalam air berperan lebih besar dari pada
habitat terestrial. Produsen bahan organik lebih besar dihasilkan oleh
tumbuhan, sedangkan dalam degradasinya Actinomycetes, fungi dan
hewan tingkat rendah memiliki peran yang lebih besar dari pada
lingkungan akuatik.
Siklus karbon dibagi menjadi 2 bagian besar yaitu asimilasi
dan desimilasi. Dalam siklus karbon terjadi proses timbal balik
fotosintesis dan respirasi seluler. Tumbuhan mendapatkan karbon,
dalam bentuk CO2 dari atmosfer melalui proses fotosintesis yang
dapat menghasilkan O2 yang nantinya akan digunakan oleh tumbuhan
dan hewan untuk berespirasi. Tumbuhan dan hewan membuang
ekskresinya dilingkunga air disekitarnya dan diuraikan menjadi
organisme mati. Dan kemudian bahan organik yang telah mati diubah
menjadi bahan organik terlarut. Hewan dan tumbuhan yang mati,
dalam waktu yang lama akan membentuk batubara di dalam tanah.
Batubara akan dimanfaatkan lagi sebagai bahan bakar yang juga
menambah kadar CO2 di udara.
Karbon yang larut didalam air laut merupakan sentral peralihan karbon
dari dalam air ke atsmosfir. Walaupun karbon dapat larut dalam air, namun

23
 proses kelarutan sekitar 10.000 kali lebih lambat dari pada diudara. Didalam
perairan yang kaya nutrient, ketersediaan bikarbonat atau karbon dioksida
dapat menjadi faktor pembatas produksi perairan. Pada lapisan yang dalam,
kadar oksigen biasanya rendah, bahkan ada yang anaerob, sehingga
penguraian senyawa karbon organik berjalan sangat lambat bila
dibandingkan dengan dalam kondisi aerob.
Produser primer perairan yang paling penting adalah phytoplankton,
terutama alga hijau-biru. Melalui proses fotosintesa mereka akan menfiksasi
karbon dioksida menjadi senyawa karbon organik. Namun dilaut dangkal,
tumbuhan makro seperti rumput laut cukup berperan pula. Bakteri
kemosintetik dan fotosintetik, juga berfungsi sebagai produser, namun
proporsinya lebih kecil.
Bila suatu organisme mati, maka asam amino, peptida dan karbohidrat
sederhana, biasanya terdapat dalam protoplasma, akan diserap lansung oleh
makhluk dekomposer, sehingga resirkulasi karbon berjalan cepat. Senyawa
berupa molekul komplek misalnya pati, lemak, tulang, cangkang ataupun
penyusun dinidng sel, akan diuraikan oleh eksoenzim (enzim yang diekskresi
sel) bakteri dan fungi akan menjadi molekul yang sederhana sehingga dapat
diserap oleh sel. Protozoa dapat mencerna molekul molekul yang lebih
besar, misalnyasel bakteri, alga yang kecil dan spora jamur tingkat rendah.
Penguraian bahan organik ini tentunya tidak hanya melibatkan senyawa
karbon, meliputi pula unsur nitrogen phosphor, besi, mangan, dan lain lain.
b. Siklus Nitrogen
Nitrogen merupakan unsur yang sangat penting sebagai penyusun
dari protein. Unsur yang didapatkan dari tumbuhan hijau dalam bentuk
ammonia dan nitrat. Senyawa nitrogen dalam air jumlahnya sangat sedikit
sehingga nitrogen sebagai faktor pembatas tumbuhan untuk dapat hidup di
danau, sungai dan laut. Sumber nitrogen terbesar berasal dari udara, sekitar
80% dalam bentuk nitrogen bebas yang masuk melalui sistem fiksasi
biologis dalam kondisi aerobik misalnya dalam sungai dan danau.
Keberadaan nitrogen di perairan dapat berupa nitrogen anorganik
dan organik. Nitrogen anorganik terdiri atas ion nitrit (NO 2-), ion nitrat (NO3-),
ammonia (NH3), ion ammonium (NH4+) dan molekul N2 yang larut dalam air,
sedangkan nitrogen organik berupa protein, asam amino dan urea akan
mengendap dalam air. Ikatan nitrogen dalam air sangat mudah berubah
bentuknya.
Didalam ekosistem laut, sirkulasi dan konversi nitrogen adalah yang
terpenting setelah unsur karbon. Nitrogen hampir selalu berada dalam
senyawa organik yang mengandung karbon terutama dalam bentuk protein.

24
 Di dalam sel tumbuhan, kadar protein bekisar 1-10% sedangkan dalam tubuh
hewan sekitar 20-30 %. Siklusnya dialam sangat erat pula kaitannya engan
peredaran energi. Dimana sebagian energi yang diperoleh makhluk hidup
dihasilkan dengan merombak senyawa yang mengandung nitrogen.
Tumbuh tumbuhan dan hewan laut setelah mati kembali diuraikan oleh
mikroorganisme, terutama dari kelompok bakteri, yang mengembalikan unsur
ini kelingkungan sekitarnya. Pada ekosistem laut, mineral senyawa nitrogen
sering menjadi faktor pembatas pertumbuhan organisme didalam ekosistem
tersebut. Hal yang paling penting didalam silklus nitrogen dialam adalah
fiksasi gas nitrogen dari bentuk gas menjadi senyawa anorganik, terutama
dilakukan oleh berbagai organisme prokaryotik.
Transformasi nitrogen secara mikrobiologi mencakup hal-hal sebagai
berikut:
1) Fiksasi gas nitrogen menjadi ammonia dan nitrogen organik oleh
mikroorganisme. Fiksasi gas nitrogen secara langsung dapat dilakukan
oleh beberapa jenis alga Cyanophyta (alga biru) dan bakteri.
2) Amonifikasi nitrogen organik untuk menghasilkan ammonia selama
proses dekomposisi bahan organik. Proses ini banyak dilakukan oleh
mikroba dan jamur yang membutuhkan oksigen untuk mengubah
senyawa organik menjadi karbondioksida. Selain itu, autolisasi atau
pecahnya sel dan ekskresi ammonia oleh zooplankton dan ikan juga
berperan sebagai pemasok ammonia.
3) Nitrifikasi yaitu oksidasi ammonia menjadi nitrit dan nitrat dapat dilakukan
oleh bakteri aerob. Nitrifikasi berjalan secara optimum pada pH 8 dan
berkurang secara nyata pada pH < 7.
NH4+ + 3/2 O2 Nitrosomonas 2 H+ + NO2- + H2O
NO2- + ½ O2 Nitrobacter NO3-
Hasil oksidasi ini sangat reaktif dan mudah sekali larut, sehingga dapat
langsung digunakan dalam proses biologis
4) Denitrifikasi yaitu reduksi nitrat menjadi nitrit (NO 2-), dinitrogen oksida
(N2O) dan molekul nitrogen (N2). Proses reduksi nitrat berjalan optimal
28oC pada kondisi anaerob (tak ada oksigen). Dinitrogen oksida (N 2O)
adalah produk utama dari denitrifikasi pada perairan dengan kadar
oksigen sangat rendah, sedangkan molekul nitrogen (N 2) adalah produk
utama dari proses denitrifikasi pada kondisi anaerob. Proses denitrifikasi
akan berkurang atau lambat pada kondisi pH dan suhu rendah, tetapi
akan berjalan optimum pada suhu rata-rata danau pada umumnya.

c. Siklus Fosfor

25
 Proses daur fosfor yang terjadi di perairan hampir sama dengan proses
daur fosfor yang terjadi di daratan. Fosfat merupakan faktor pembatas
kehidupan tumbuhan pada perairan. Fosfor merupakan unsur penting dalam
semua organisme. Molekul fosfat yang terdapat di dalam air digunakan oleh
fitoplankton, ganggang, dan tumbuhan air untuk metabolisme tubuhnya.
Melalui rantai makanan fosfat masuk ke dalam tubuh hewan di perairan.
Selanjutnya melalui proses dekomposisi organisme mati (zat organik) oleh
bakteri dan fungi, fosfor kembali dilepaskan ke lingkungan perairan.
Beberapa bakteri dan fungi mampu memecah senyawa-senyawa organik
fosfor dan mampu melepaskan fosfat dari dan kembali dalam siklus materi.
Fosfor  merupakan unsur penting dalam  makhluk hidup. Fosfat di
perairan terdapat dalam keadaan terlarut, tersuspensi atau terikat dalam sel.
Secara kimi dapat berupa senyawa ortofosfat (senyawa monomer seperti
H2PO42–  dan PO43– ), polifosfat (senyawa polimer antara lain heksametafosfat
(PO3)63–, pirofosfat P2O74–, tripolifosfat P3O105–) dan fosfat organik (terikat
dalam bahan organik dan tidak larut). Di dalam perairan terutama kolam,
phosfat kedapatan dalam jumlah yang kecil yaitu antara 0,05 – 0,02 ppm dan
phosfat mempunyai mobilatas yang sangat kecil, ini terjadi jika dasar
perairan berupa lumpur atau liat (karena akan terjerap/terikat/teradsorbsi)
dan jika keadaan ini ditumpang oleh situasi asam atau basa maka pospat
tidak tersedia bagi alga karena segera terikat oleh Ca pada situasi basa
menjadi Ca3(PO4)2 dan pada situasi asam akan menjadi Fe3(PO4)2 dan
Al4(PO4). Sedangkan fungsi pospat bagai alga antara lain pembelahan sel,
penyusun lemak dan protein, dan merupakan bagian dari inti sel.
Pospat merupakan bentuk pospor yang dapat dimanfaatkan oleh
tumbuhan. Karakteristik pospor sangat berbeda dengan unsur-unsur utama
lain yang merupakan penyusun biosfer karena unsur ini tidak terdapat di
atmosfer. Keberadaan pospor relatif sedikit dan mudah mengendap.
Beberapa bakteri yang dapat mendekomposisi Ca3(PO 4)2 adalah genus
Pseudomonas, Aeromonas, Escherichia, Bacillus dan Micrococcus. Fosfor
diserap oleh tumbuhan sebagai senyawa pirofosfat dan kemudian diubah
menjadi senyawa fosfor organik, sedangkan fosfat dipakai untuk aktivitas
mikroorganisme.
d. Siklus Besi dan Mangan
Bakteri besi umumnya terdapat pada perairan air tawar dan sering
terdapat pada sumur-sumur dan sumber-sumber air. Kadang-kadang bakteri
tersebut dalam jumlah besar dalam air mengalir dan empang. Bakteri-bakteri
tersebut sering menimbulkan kerusakan pada pipa-pipa besi. Bakteri

26
 Thiobacillus (Ferrobacillus) ferrooxydans dapat mengoksidasi senyawa ferro
menjadi ferri pada reaksi asam.
Bakteri besi yang tersebar luas adalah Leptothrix ochracea dan
Crenothrix polyspora. Mikroorganisme juga mampu membentuk logam
organik dan kompleks mangan (chelat). Berbagai fungi dapat mensintesis
sejumlah kompleks yang berbeda. Senyawa logam organik dan kompleksnya
dapat dipecah lagi oleh mikroorganisme. Dekomposisi ini memainkan peran
dalam siklus besi dan mangan.

6. Mikroba Perairan yang Menguntungkan dan Merugikan

Peran mikroorganisme sangat penting dalam siklus kehidupan air.
Kontribusi mikroorganisme ini mampu menguraikan bahan-bahan organik dan
mempercepat kemungkinan kembalinya unsur-unsur anorganik penting ke dalam
siklus zat organik baru. Kehadiran mikroba di dalam air, mungkin akan
mendatangkan keuntungan tetapi juga mungkin mendatangkan kerugian.
a. Mikroba yang menguntungkan:
1) Banyak plankton, baik yang terdiri dari plankton-tumbuhan (fitoplankton)
ataupun plankton-hewan (zooplankton), merupakan makanan utama ikan-
ikan kecil. Sehingga kehadirannya merupakan tanda kesuburan kolam
ikan misalnya, untuk perikanan. Ini misalnya untuk jenis-jenis microalgae
yaitu Chlorella, Scenedesmus, Hydrodiction, Pinnularia, Sinedra, dan
sebagainya.
2) Banyak jenis bakteri atau fungi di dalam badan air berlaku sebagai jasad
dekomposer. Artinya jasad tersebut mempunyai kemampuan untuk
mengurai atau merombak senyawa yang berada (masuk) ke dalam badan
air. Sehingga kehadirannya telah dimanfaatkan di dalam rangka
pengolahan buangan di dalam air secara biologis.
3) Pada umumnya microalgae mempunyai klorofil, sehingga dapat
melakukan proses fotosintesis dengan menghasilkan oksigen. Di dalam
air, kegiatan fotosintesis tersubut akan menambah jumlah (kadar) oksigen
di dalamnya, sehingga nilai kelarutan oksigen (umumnya disebut DO atau
dissolved oxygen) akan naik atau bertambah.
4) Kehadiran hasil uraian senyawa hasil rombakan bakteri atau fungi,
ternyata digunakan atau dimanfaatkan oleh jasad-jasad lain, antara lain
oleh microalgae, oleh bakteri atau fungi sendiri. Sehingga dalam masalah
ini jasad-jasad pengguna tersebut dinamakan konsumer atau jasad
pemakai. Tanpa adanya jasad pemakai, kemungkinan besar penimbunan
(akumulasi) hasil uraian tersebut dapat mengakibatkan keracunan
terhdap jasad lain, khususnya ikan.

27
 5) Penggunaan bakteri dalam menguraikan detergen
Alkil benzil sulfonat (ABS) adalah komponen detergen, yang merupakan
zat aktif yang dapat menurunkan tegangan muka sehingga dapat
digunkan sebagai pembersih. ABS mempunyai Na-sulfonat polar dan
ujung alkil non-polar. Pada proses pencucian, ujung polar ini menghadap
ke kotoran (lemak) dan ujung polarnya menghadap ke luar (ke-air).
Bagian alkil dari ABS ada yang linier dan non-linier (bercabang). Bagian
yang bercabang ABS-nya lebih kuat dan berbusa, tetapi lebih sukar
terurai sehingga menyebabkan badan air berbuih. Sulitnya peruraian ini
disebabkan karena atom C tersier memblokir beta-oksidasi pada alkil. Hal
ini dapat dihindari apabila ABS mempunyai alkil yang linier. Namun ada
beberapa bakteri yang dapat menguraikan ABS meskipun memakan
waktu yang cukup lama. Bakteri pengurai deterjen antara lain Basilus
subtilus, Vibrio coma, Pseudomonas aeruginosa, dan Escherichia coli
b. Mikroorganisme yang merugikan
Yang paling dikhawatirkan adalah bila di dalam badan air terdapat jasad-
jasad mikro penyebab penyakit, seperti:
1) Salmonella penyebab penyakit tifus adalah bakteri gram negatif
berbentuk batang, tidak membentuk spora namun bersifat patogen, baik
pada manusia ataupun hewan. Dapat menyebabkan demam typhoid
(typoid fever). Sebenarnya penyakit demam typoid dapat dipindahkan
dengan perantara makanan yang terkontaminasi dan dengan kontak
langsung dengan si penderita. Namun yang paling umum sebagai fakta
penyebab adalah air. Air dapat terkontaminasi oleh bakteri ini karena
kesalahan metode pemurnian air atau kontaminasi silang (Cros
contaminant) antara pipa air dengan saluran air limbah.
2) Clostridium prefringens adalah bakteri gram positif pembentuk spora
yang sering ditemukan dalam usus manusia, tetapi kadang-kadang juga
ditemukan di luar usus manusia (tanah, debu, lingkungan dan
sebagainya).
3) Escherichia coli adalah bakteri gram negatif berbentuk batang yang tidak
membentuk spora dan merupakan flora normal di dalam usus. E.coli
termasuk bakteri komensal yang umumnya bukan patogen penyebab
penyakit namun bilamana jummlahnya melampaui normal maka dapat
pula menyebabkan penyakit. E. coli merupakan salah satu bakteri
coliform.
4) Shigella dysentriae adalah basil gram negatif, tidak bergerak. Bakteri ini
menyebabkan penyakit disentri (mejan). Spesies lain seperti S. sonnei
dan S. paradysentriae juga menyebabkan penyakit disentri.

28
 5) Kelompok bakteri besi (contoh, Crenothrix dan Sphaerotilus) yang
mampu mengoksidasi senyawa besi (II) menjadi besi (III). Akibat
kehadiran mikroorganisme tersebut, air sering mengalami perubahan
warna kalau disimpan lama yaitu berwarna kehitam-hitaman, kecoklat-
coklatan, dan lain-lain

7. Mikroorganisme Indikator
a. Kriteria untuk suatu mikroorganisme indikator yang ideal, adalah sebagai
berikut:
1) Harus merupakan anggota mikroflora intestinal hewan berdarah panas.
2) Harus terdapat pada saat pathogen ada dan tidak ada pada sampel yang
tidak terkontaminasi.
3) Harus terdapat dalam jumlah yang lebih besar dari pathogen.
4) Resistensinya terhadap lingkungan dan disiinfeksi dalam system
pengolahan air dan air buangan, paling sedikit sebanding dengan
pathogen.

b. Bakteri coliform ada 2 jenis :

1) Fekal: berasal dari tinja manusia dan mamalia (misal: Escherichia coli)
2) Nonfekal: berasal dari sumber lain (misal: Enterobacter aerogenes,
Klebsiella).
c. Mikroorganisme indicator yang biasa digunakan atau dianjurkan:
1) Coliform total
Kelompok Coliform total termasuk bakteri bentuk batang, Gram-
negatif, tidak membentuk spora, aerobik dan anaerobik fakultatif yang
memfermentasi laktosa dengan menghasilkan gas dalam 48 jam pada
suhu 35oC. Kelompok ini termasuk Escherichia coli, Enterobacter, dan
Citrobacter. Coliform tersebut dikeluarkan dalam jumlah yang besar
(2x109 coliform per hari per kapita) dalam feses manusia dan hewan,
tetapi tidak semua bakteri tersebut berasal dari fekal. Indikator tersebut
sering digunakan untuk menentukan kualitas air minum, kerang air, air
untuk rekreasi.
2) Coliform Fekal
Coliform fekal termasuk semua coliform yang dapat
o
memfermentasi laktosa pada suhu 44,5 C. Kelompok coliform fekal terdiri
dari bakteri E.coli dan Kleibsiella pneumonia. Adanya coliform fekal
menunjukkan adanya bakteri fekal dari hewan berdarah panas.
Coliform fekal kurang resisten terhadap disinfeksi dibandingkan
dengan virus atau kista protozoa. Standar coliform tidak layak digunakan

29
 untuk menunjukkan polusi virus pada kerang dan air yang berhubungan.
Coliform fekal juga tumbuh kembali pada air dan air limbah dalam kondisi
yang memungkinkan.
3) Streptococcus fekal
Kelompok bakteri ini menempati saluran intestinal manusia dan
hewan berdarah panas, sehingga kelompok ini digunakan untuk
menentukan kontaminasi fekal dalam air. Anggota kelompok ini tetap ada
dalam lingkungan tetapi tidak berkembangbiak. Subkelas dari kelompok
Streptococcus fekal dianggap sering digunakan untuk menunjukkan
adanya virus, khususnya dalam lumpur dan air laut.
4) Bakteri anaerobik
a) Clostridium perfringens, mikroorganisme ini merupakan bakteri
bentuk batang, pembentuk spora, gram negative anaerobik yang
menghasilkan spora jika terdapat tekanan lingkungan dan disinfeksi.
Spora yang sangat kuat membuat bakteri ini sangat resisten untuk
digunakan sebagai mikroorganisme indikator. Bakteri ini layak
menjadi indikator untuk mengetahui asal polusi fekal pada
lingkungan laut.
b) Bifidobacteria merupakan bakteri gram positif, tidak membentuk
spora, anaerobik disarankan sebagai indikator fekal. Kelompok
bakteri tersebut dapat membantu membedakan kontaminasi yang
disebabkan oleh manusia ataupun disebabkan oleh hewan.
c) Bacteroides spp bakteri ini terdapat dalam saluran intestinal pada
konsentrasi kira-kira 1010 sel per gram feses, dan ketahanan hidup
bakteri ini dalam air lebih rendah dari E.coli.
d) Bakteriofaga, digunakan sebagai indikator kualitas air di daerah
muara (estuaria), air laut, air bersih untuk rekreasi, dan air minum.
Colifaga juga merupakan indikator untuk menaksir efisiensi
pembersihan sistem pengolahan air limbah dan air.

B. Mikrobiologi Tanah
Tanah (bahaya Yunani: pedon; bahasa latin: solum) adalah bagian kerak bumi
yang tersusun dari mineral dan bahan organik. Tanah sangat vital peranannya bagi
semua kehidupan dibumi karena tanah mendukung kehidupan tumbuhan dengan
menyediakan hara dan air sekaligus sebagai penopang akar. Tanah juga menjadi habitat
hidup berbagai mikroorganisme.
Waluyo (2009:263) menyatakan bahwa mikrobiologi tanah adalah suatu studi
organisme yang hidup dalam tanah yang meliputi aktivitas metabolisme, aliran energi,
dan siklus materi. Umumnya jumlah mikroba dalam tanah lebih banyak dari pada dalam

30
air ataupun udara. Umumnya bahan organik dan senyawa anorganik lebih tinggi dalam
tanah sehingga cocok untuk pertumbuhan mikroba heterotrof maupun autotorof dan
bakteri aerob maupun anaerob. Untuk kehidupannya, setiap jenis mikroba mempunyai
kemampuan untuk merubah satu senyawa menjadi senyawa lain dalam rangka
mendapatkan energi dan nutrien.
Tanah secara umum tersusun atas senyawa anorganik, senyawa organik, udara
dan air serta mengandung bagian yang berbentuk jasad hidup yang terdiri dari
mikroorganisme. Tanah yang subur mengandung sejumlah binatang-binatang mulai dari
bentuk mikroskopis, nematoda, serangga, sampai hewan mamalia seperti tikus. Tanah
banyak mengandung bahan-bahan yang dibutuhkan oleh organisme, karena didalam
tanah juga terkandung bahan organik.
Di tanah terdapat miliyaran mikrobia misalnya bakteri, fungi, alga, protozoa, dan
virus. Tanah merupakan lingkungan hidup yang amat kompleks. Kotoran dan jasad
hewan serta jaringan tumbuhan akan terkubur dalam tanah. Semuanya memberi
kontribusi dalam menyuburkan tanah. Proses penyuburan tanah ini dibantu oleh
mikrobia. Tanpa mikrobia, semua jasad tidak akan hancur. Mikrobia tanah mampu
menyeimbangkan kelangsungan hidup di bumi.
Di dalam tanah juga terjadi interaksi antara tumbuhan dan mikroba yang dapat
merugikan atau menguntungkan tumbuhan. Beberapa mikroorganisme tanah bersifat
patogenik terhadap tumbuhan dan menyebabkan penyakit pada perakaran sehingga
menjadi layu dan busuk. Mikroorganisme tanah juga bermanfaat bagi kehidupan
manusia. Salah satunya adalah bakteri Actinomycetes yang menghasilkan antibiotik.
Sekelompok mikroba secara khusus hidup pada permukaan akar tanaman.
Jumlah, jenis dan sifat mikroba ini berbeda dengan sekelompok mikroba lainnya. Letak
mikroba ini hanya beberapa centimeter saja dari permukaan akar. Mikroorganisme tanah
dapat memberi kesuburan pada tanah, dengan sejumlah cara antara lain adalah :
a. Dengan pembusukan bahan-bahan organik atau sisa-sisa jasad hidup yang mati
sehingga terbentuk humus.
b. Dengan membebaskan mineral-mineral tertentu dari partikel-partikel
tanah sehingga dapat digunakan oleh tumbuhan untuk pertumbuhannya.
c. Dapat membebaskan sejumlah nutrien dalam bentuk mineral yang terikat
dalam bentuk senyawa organik pada tanaman dan hewan yang mati.
d. Memegang peranan penting dalam transformasi senyawa nitrogen.

1. Lingkungan Rhizosfer
Akar tanaman merupakan habitat yang baik bagi pertumbuhan mikroba.
Interaksi antara bakteri dan akar tanaman akan meningkatkan ketersediaan hara
bagi keduanya. Rhizosfer adalah selapis tanah yang menyelimuti permukaan akar

31
 tanaman yang masih dipengaruhi oleh aktivitas akar. Tebal tipisnya lapisan
rhizosfer antar setiap tanaman berbeda. Mikroorganisme tanah kelimpahannya
bervariasi untuk setiap kedalaman tertentu, seperti yang terlihat pada tabel
dibawah ini.
Tabel 1. Data Kandungan Mikroba Tanah Kebun (per gram) Menurut Kedalaman
Kedalaman Bakteri Actino- Jamur Alga
(cm) mycetes
3-8 9.750.000 2.080.000 119.000 25.000
20-25 2.179.000 245.000 50.000 5.000
35-40 570.000 49.000 14.000 500
65-75 11.000 5.000 6.000 100
135-145 1.400 - 3.000 -
(Sumber: mikrobiologi.com)
2. Jenis-Jenis Mikroorganisme Tanah
a. Bakteri
Bakteria dalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti
sel. Organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota dan berukuran sangat
kecil (mikroskopik), serta memiliki peran besar dalam kehidupan di bumi.
Beberapa kelompok bakteri dikenal sebagai agen penyebab infeksi dan
penyakit, sedangkan kelompok lainnya dapat memberikan manfaat dibidang
pangan, pengobatan, dan industri. Bakteri dapat ditemukan hampir semua
tempat seperti: di tanah, air, udara, dalam simbiosis dengan organisme lain
maupun sebagai agen parasit (patogen), bahkan dalam tubuh manusia.
Bakteri yang hidup di dalam tanah memegang peran penting dalam
meningkatkan pertumbuhan dan produksi tanman. Hal ini dikarenakan
berkaitan dengan kemampuannya dalam mengikat nitrogen dari udara dan
mengubah ammonium menjadi nitrat. Pada umumnya bakteri berukuran 0,5-5
μm, tetapi ada bakteri tertentu yang dapat berdiameter hingga 700 μm, yaitu
Thiomargarita. Mereka umumnya memiliki dinding sel, seperti sel tumbuhan
dan jamur, tetapi dengan bahan pembentuk sangat berbeda. Beberapa jenis
bakteri bersifat motil (mampu bergerak) dan mobilitasnya ini disebabkan oleh
flagel. Ada juga bakteri yang berbentuk seperti batang, kokus dan vibrio
beberapa contoh bakteri tersebut adalah Clostridium
pasteruranium,Azotobacter chroococcum, Nitrobacter, Radicicolas, Bacillus,
pseudomonas.
b. Actinomycetes
Actinomycets merupakan salah satu prokariot yang berbentuk mirip
dengan fungi. Yang membedakan Actinomycetes dengan fungi adalah
Actinomycetes tidak mempunyai nukleus, dan bentuk hifa Actinomycetes
berdiameter lebih kecil dari hifa jamur yaitu 0,5- 1,0 mm sehingga
Actinomycetes dimasukkan dalam prokariotik. Actinomycetes adalah saprofit

32
 yang tumbuh dengan mendekomposisi bahan-bahan organik. Actinomycetes
bersifat aerobik, karena itu membutuhkan oksigen untuk pertumbuhannya
sehingga tidak dapat tumbuh dengan baik pada tanah yang basah. Populasinya
akan meningkat bila banyak bahan-bahan organik. Actinomycetes merupakan
kompetitor yang lemah dalam mendegradasi substrat, tetapi hampir semua
Actinomycetes mendegradasi kitin.
c. Jamur
Jamur adalah tumbuhan yang tidak mempunyai klorofil sehingga bersifat
heterotrof. Jamur ada yang uniseluler dan multiseluler. Tubuhnya terdiri dari
benang-benang yang disebut hifa. Hifa dapat membentuk anyaman
bercabang-cabang yang disebut miselium. Jamur menyerap zat organik dari
lingkungan melalui hifa dan miseliumnya untuk memperoleh makanannya.
Setelah itu, menyimpannya dalam bentuk glikogen. Jamur merupakan
konsumen, maka dari itu jamur bergantung pada substrat yang menyediakan
karbohidrat, protein, vitamin, dan senyawa kimia lainnya.
Ada beberapa tipe jamur antara lain Myxomycetes (jamur lendir),
Oomycetes (jamur berflagella), Zygomycetes (jamur gula), Jamur tingkat tinggi,
jamur imperfecti, Misellium steril. Sebagai makhluk heterotrof, jamur dapat
bersifat parasit obligat, parasit fakultatif, atau saprofit. Fungi berperan sebagai
agen utama dalam penguraian bahan-bahan organik. Fungi mendegradasi
molekul kompleks seperti selulosa, hemiselulosa, pektin, pati dan lignin. Untuk
memecah lignin memerlukan fungi akar putih contohnya adalah
Phanaerochaete chysosporium. Jamur dapat juga menyebabkan pathogen
pada tanaman dan hewan misalnya Trychopytonyang menyebabkan penyakit
kaki atletik.
d. Alga
Alga adalah sekelompok organisme autotrof yang tidak memiliki organ
dengan perbedaan fungsi yang nyata. Alga bahkan dapat dianggap tidak
memiliki "organ" seperti yang dimiliki tumbuhan (akar, batang, daun, dan
sebagainya). Alga merupakan organisme yang menggunakan oksigen untuk
fotosintetik, seperti tumbuhan yang berklorofil. Bentuknya pun beragam dari
rumput laut 40 meter hingga organisme mikroskopik di dalam seperti
Chlorellayang memiliki diameter 2-3 mm tanah bukanlah satu kelompok takson
tersendiri.
Alga memiliki peran penting dalam perubahan-perubahan ekologis
sebagai pioner pada ekosistem gurun yang sangat kering dan pada daerah
dingin dimana semua tumbuhan akan bersaing untuk tetap hidup. Alaga
berperan sebagai perombak senyawa-senyawa karbon dan pembentuk struktur
tanah. Kesuburan tanah berkaitan langsung dengan jumlah alga, karena alga

33
 dapat memproduksi karbohidrat sendiri sehingga nutrient tanah membantu
mengontrol pertumbuhan alga. Sehingga populasi herbisida dapat dikurangi
oleh populasi alga dalam lingkungan tanah.
e. Mikrofauna
Mikrofauna adalah hewan satu sel dengan nukleus dan mitokondria yang
mencerna makanan dengan melingkupkan membran selnya.Seperti Protozoa
merupakan tumbhan sel satu yang tidak berfotosintesis dan tidak memiliki
organel penyimpan pati contohnya adalah Euglena. Protozoa memiliki 2 siklus
hidup yaitu fase aktif dan tidak aktif, pada fase tidak aktif protozoa membentuk
kista menyebabkan terlindung dari kondisi lingkungan yang tidak
menguntungkan dan dalam bentuk ini protozoa dapat hidup bertahan selama 1
tahun. Jika kondisi lingkungan sudah normal maka akan merubah bentuk lagi
menjadi aktif dan pergantian fase ini terjadi kurang dari 24 jam.
Protozoa memiliki peran yang terbatas dalam mempengaruhi kondisi
lingkungan misalnya pada pH tanah dan struktur tanah, tetapi protozoa dapat
mengatur populasi mikroba dalam tanah karena protozoa sebagai predator
mikroorganisme. Jadi dekomposisi menjadi lebih cepat karena kehadiran
protozoa yang menyebabkan populasi mikroorganisme berganti mikroba yang
aktif dan masih muda.
f. Mesofauna
Mesafauna dalam tanah memiliki ukuran antara besar sampai kecil,
mesafauna lebih kecil dari makrofauna ukuranya 200-1000 mm sehingga
sebagian ada yang tidak terlihat dengan mata telanjang seperti Nematoda.
Nematoda adalah cacing gilik dan caing rambut, ukuranya bervariasi mulai
yang di dalam tanah yang bersifat mikroskopik lebih kecil dari 50 mm sampai
yang panjangnya 9 meter yaitu Nematoda laut. Jumlah Nematoda terbanyak di
dalam tanah setelah Protozoa. Nematode yang hidup bebas lebih banyak
ditemukan diatas 10 cm.
Populasi Nematoda lebih banyak terdapat di dalam akar tanaman dari
pada di dalam tanah. Beberapa spesies ini hidup parasit di akar dengan
memakan mikroba yang berada di dekat akar. Nemetoda tidak berperan secara
langsung dengan dekomposisi bahan organik karena nematode berperan
sebagai saprofit dan predator. Sehingga Nematoda berperan membantu
mengatur populasi mikroba yang ada di dalam tanah.
g. Makrofauna
Makrofauna berbeda dengan mesofauna dan mikrofauna yang
membedakan adalah ukuranya dan kemampuan biokimiawi di dalam tanah.
Makrofauna terdiri dari cacing tanah, serangga, sedangkan mesofauna terdiri
dari Nematoda dan retifera dan mikrofauna sendiri adalah Protozoa.

34
 Makrofauana berpengaruh terhadap struktur tanah dan pola dekomposisi tanah.
Misalnya pada cacing tanah yang berperan besar terhadap struktur fisik tanah
dengan mengawali akar tumbuh melalui celah-celah, meningkatkan aerasi
tanah,dan menggerakkan bahan organik ke dalam tanah serta mempercepat
dekomposisi bahan organik karena makrofauna juga sebagai predator dalam
tanah.
h. Virus
Virus merupakan organisme yang paling kecil, lebih kecil dari bakteri.
Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksisel organisme.
Virus bersifat parasit, hal tersebut disebabkan karena virus hanya dapat
bereproduksi di dalam material hidup dengan memanfaatkan sel makhluk hidup
karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri.
Dengan kata lain virus merupakan parasit obligat intraseluler karena virus
merupakan makhluk tak hidup tetapi jika berada di dalam sel lain akan
menunjukkan tanda-tanda kehidupan. Penyakit akibat virus pada tanaman
ditularkan oleh Nematoda dan fungi.
i. Viroid
Viroid merupakan potongan kecil dari ARN yang dapat bereplikasi sendiri
dengan berat molekul yang rendah. Virus penyebab "potato spindler tuber"
Pada tahun 1971, ahli patologi tumbuhan O. T. Diener menemukan partikel
RNA infektif yang lebih kecil dari pada virus dan dapat menyebabkan penyakit
pada tumbuhan. Ia menamakannya viroid. Viroid menginfeksi tanaman kentang,
menyebabkan umbi kentang menggelendong (spindle tuber disease). Selain itu
viroid juga dikenal menginfeksi chrysanthemum (sejenis tanaman bunga) dan
menghambat pertumbuhan tanaman tersebut. Viroid juga menyebabkan
kepucatan pada mentimun. Jutaan dolar hilang setiap tahun di ladang akibat
aksi viroid. Viroid mirip dengan virus, yaitu hanya mampu bereproduksi di dalam
sel hidup sebagai partikel RNA. Akan tetapi, viroid berbeda dengan virus
dimana setiap partikel RNA berisi RNA tunggal yang spesifik. Sebagai
tambahan, viroid tidak mempunyai kapsid ataupun dinding luar.
j. Prion
Prion merupakan partikel infektif kecil yang berisi protein. Beberapa
peneliti percaya bahwa prion berisi protein tanpa asam nukleat, karena prion
terlalu kecil untuk menampung asam nukleat dan karena prion tidak dapat
dirusak oleh agen pencerna asam nukleat. Prion menginfeksi otak seseorang
dan membentuk lubang atau celah jaringan seperti spon.
3. Peranan Mikroorganisme Tanah
Menurut Kusnadi, dkk. (2003) mikroorganisme tanah berfungsi merubah
senyawa kimia dalam tanah terutama mengubah senyawa organik yang

35
mengandung karbon, nitrogen, sulfur dan fosfor menjadi senyawa anorganik.
Proses ini disebut mineralisasi yang di dalamnya terlibat sejumlah besar
perubahan senyawa kimia serta peranan bermacam-macam spesies mikroba.
Rangkaian reaksinya dapat digambarkan sebagai suatu proses siklik, misalnya
diawali dengan unsur nitrogen yang mengalami perubahan persenyawaan
anorganik menjadi senyawa organik. Kemudian dibebaskan dari protein dan
proses tersebut berulang kembali.
a. Mikroba Tanah Sebagai Pembunuh Sel Kanker di Dalam Tubuh
Sejumlah ilmuwan dari Inggris dan Belanda mencoba untuk
mengembangkan sebuah metode yang menggunakan Clostridium sporogenes
(bakteri tanah) untuk mengobati penyakit kankerdantumor. Seperti dikutip dari
BBC Clostridium merupakan salah satu bakteri yang normalnya hidup di tanah,
atau hidup di tempat yang rendah kadar oksigennya.
Para peneliti menggunakan karakter bakteri itu untuk memaksimalkan
tugas obat bagi pembunuh sel kanker di dalam tubuh.
Sebelum memasukan bakteri ke dalam tubuh pasien, para peneliti akan
melakukan teknik genetik dari bakteri untuk menghasilkan enzim yang spesifik
yang memiliki kemampuan untuk mengaktifkan obat kanker yang dikonsumsi
oleh para pasien.
Berdasarkan pendalaman dari para peneliti pada konferensi di York
University, Spora dari bakteri itu akan tumbuh di dalam tumor pasien. Spora
hanya tumbuh pada tumor yang padat yang memiliki kadar oksigen rendah
seperti payudara, prostat,dan tumor otak.
Temuan ini merupakan sebuah hasil dari penelitian berdekade lamanya guna
melihat kemungkinan Clostridium untuk bekerja memaksimalkan obat kanker.
“Ini merupakan sebuah fenomena yang sepenuhnya alami, yang tak merusak 
jaringan lain yang sehat,” kata profesor Nigel Minton dari Universitas
Nottingham.

b. Siklus Sulfur
Sulfur merupakan nutrientumbuhan yang penting dan dapat ditemukan
dalam beberapa bentuk dialam misalnya: SO 4, H2S, pengubahan sulfur dari
sulfur oksidasi menjadi bentuk lain dialam, biasanya disebabkan oleh kegiatan
mikroorganisme yaitu melalui proses reduksi sulfat dan oksidasi sulfur.
Tumbuh-tumbuhan dan mikroba dapat mengasimilasi senyawa sulfat dan
mereduksinya menjadi senyawa sulfihidril.
Ketika gas sulfur dioksida yang berada di udara bersenyawa dengan
oksigen dan air, akan membentuk asam sulfat yang ketika jatuh ke tanah akan
menjadi bentuk ion-ion sulfat (SO42- ). Kemudian ion-ion sulfat tadi akan diserap

36
 oleh tumbuhan untuk menyusun protein dalam tubuhnya. Ketika manusia atau
hewan memakan tumbuhan, maka akan terjadi perpindahan unsur belerang
dari tumbuhan ke tubuh hewan atau manusia. Ketika hewan atau tumbuhan
mati, jasadnya akan diuraikan oleh bakteri dan jamur pengurai dan
menghasilkan bau busuk, yaitu gas hidrogen sulfida (H 2S) yang akan dilepas ke
udara dan sebagian tetap ada di dalam tanah. Gas hidrogen sulfida yang ada
di udara akan bersenyawa dengan oksigen membentuk sulfur oksida oleh
Thiobacillus, dan yang di tanah oleh bakteri tanah akan diubah menjadi ion
sulfat dan senyawa sulfur oksida yang nanti akan diserap kembali oleh
tumbuhan. Sulfur terdapat dalam bentuk sulfat anorganik. Sulfur direduksi oleh
bakteri menjadi sulfida dan kadang-kadang terdapat dalam bentuk sulfur
dioksida atau hidrogen sulfida. Hidrogen sulfida ini seringkali mematikan
mahluk hidup di perairan dan pada umumnya dihasilkan dari penguraian bahan
organik yang mati. Tumbuhan menyerap sulfur dalam bentuk sulfat (SO4).
Perpindahan sulfat terjadi melalui proses rantai makanan, lalu semua mahluk
hidup mati dan akan diuraikan komponen organiknya oleh bakteri.

Gambar 10. Siklus Sulfur

(Sumber: siklusbio.com)
c. Siklus Fosfor
Fosfor merupakan unsur kedua setelah nitrogen yang dibutuhkan
oleh tanaman dan mikroba. Fosfor tidak tersedia melimpah di alam.
Fosfor merupakan faktor pembatas nutrien penting bagi tanaman dan
pertumbuhan mikroba. Ketika suatu limbah mengandung fosfat maka
dapat menyebabkan kerusakan lingkungan karena fosfat berkontribusi
terhadap eutrofikasi. Mikroba merubah fosfor anorganik yang tidak dapat
larut menjadi bentuk fosfor yang organik yang dapat larut.
Mikroorganisme berperan besar dalam proses solubilisasi, imobilisasi dan
mineralisasi.

37
 Di alam, fosfor terdapat dalam dua bentuk, yaitu senyawa fosfat organik
(pada tumbuhan dan hewan) dan senyawa fosfat anorganik (pada air dan
tanah). Fosfat organik dari hewan dan tumbuhan yang mati diuraikan oleh
decomposer (pengurai) menjadi fosfat anorganik. Fosfat anorganik yang terlarut
di air tanah atau air laut akan terkikis dan mengendap di sedimen laut. Oleh
karena itu, fosfat banyak terdapat di batu karang dan fosil. Fosfat dari batu dan
fosil terkikis dan membentuk fosfat anorganik terlarut di air tanah dan laut.
Fosfat anorganik ini kemudian akan diserap oleh akar tumbuhan lagi. Siklus ini
berulang terus menerus seperti yang terlihat pada gambar 1 .Fosfor di alam
dalam bentuk terikat sebagai Ca-fosfat, Fe- atau Al-fosfat, fitat atau protein.
Bakeri yang berperan dalam siklus fosfor : Bacillus, Pesudomonas, Aerobacter
aerogenes, Xanthomonas, dll. Mikroorganisme (Bacillus, Pseudomonas,
Xanthomonas, Aerobacter aerogenes) dapat melarutkan P  menjadi tersedia
bagi tanaman.
Daur fosfor terlihat akibat aliran air pada batu-batuan akan melarutkan
bagian permukaan mineral termasuk fosfor akan terbawa sebagai sedimentasi
ke dasar laut dan akan dikembalikan ke daratan

Gambar 11. Siklus Fosfor

(Sumber: siklusbio.com)

d. Siklus Besi dan Mangan

Siklus logam oleh mikroba salah satu indikasi paling jelas menunjukan
bahwa tanah tidak bersifat inert. Tanpa adanya siklus logam, maka transformasi
logam tidak mungkin terjadi. Mikroba pentrasnformsi logam penting dalam
pembentukan tanah dan produksi biji logam. Mikroorganisme memiliki peranan
penting dalam mengekstark logam-logam menjadi bijih logam grade rendah,
mengasamkan limbah, dan mencemari penyediaan air. Logam Fe merupakan

38
 dari logam dlam tanah. Tramformasi Fe adalah dengan oksidasi untuk
memperoleh sumber energi an reuksi yang menggunkan logam tersebut
sebagai elektron aseptor. Besi juga mengubah bahan-bahan organik
(asimilasi/imobilisasi) dan bentuk organik kembali ke bentuk anorganik
(mineralisasi) .(Waluyo,lud. 2009).
1) Oksidasi dan reduksi besi
Dalam kondisis aerobik, bakteri Thiobacillus ferooxidans dapat
menggunakn energi dari mengisolsidasi Fe2+. Contohnya adalah
Thiobacillus ferrpxidarius, proses yang terjadi yaitu:
2Fe2+ + ½ O2 + 2 H+  2Fe3+ + H2O
Oksidasi pyrit (FeS2) menjadi SO42- dan Fe3+ dilakukan
bakteri tersebut jika kondisis lingkungan dengan keasaman tinggi.
Thiobacillus ferroxidans mengoksidasi besi dalam bentuk ferro
sulfat untuk mengahasilkan ferri sulfat. 4FeSO4 + 2 H2SO4 + O2
 2 Fe2 (SO4)3 + 2 H2O Ferri sulfat mempengaruhi keasaman
setelah menghidrolisi ke bentuk ferri hidroksida. 2 Fe2(SO4)3 + 12
H2O  4 Fe (OH)3 + 6 H2SO4
Ion Fe 3+ yang terbentuk secara fisik akan melindungi
mikroba dan meningkatkan stabilitas mikrokoloni pada permukaan
benda padat. (Waluyo,lud. 2009).

Gambar 12. Siklus Besi

(Sumber: siklusbio.com)

e. Siklus Nitrogen di Alam

Udara yang dihirup makhluk hidup 80% mengandung unsurnitrogen,
walaupun kandunganya tinggi hanya beberapa persen saja yang secara
langsung dapat dimanfaatkan oleh tumbuhan. Bentuk nitrogen yang hanya

39
dapat digunakan oleh tumbuhan jika diubah dalam bentuk amonia (NH 3).
Nitrogen masuk ke dalam tanah bersama dengan air hujan. Perubahan bentuk
menjadi amonia dilakukan oleh bakteri tanah melalui proses fiksasi N 2. Nitrogen
yang terdapat di dalam tanah berada dalam molekul-molekul organik, terutama
dalam molekul-molekul protein yang terkandung dalam jasad hidup. Jika jasad
hidup mati maka terjadi proses perombakan molekul protein menjadi asam-
asam amino. Yang kemudian didenitrifikasi oleh bakteri tanah untuk
mengembalikan oksigen ke atmosfer dengan mengubah NO 3 menjadi N2 atau
gas N2O.

Gambar 13. Siklus Nitrogen

(Sumber: siklusbio.com)
1) Tahap pertama
Daur nitrogen adalah transfer nitrogen dari atmosfir ke dalam
tanah. Selain air hujan yang membawa sejumlah nitrogen, penambahan
nitrogen ke dalam tanah terjadi melalui proses fiksasi nitrogen. Fiksasi
nitrogen secara biologis dapat dilakukan oleh bakteri Rhizobium yang
bersimbiosis dengan polong-polongan, bakteri Azotobacter dan
Clostridium. Selain itu ganggang hijau biru dalam air juga memiliki
kemampuan memfiksasi nitrogen.
2) Tahap    kedua
Nitrat yang di hasilkan oleh fiksasi biologis digunakan oleh
produsen (tumbuhan) diubah menjadi molekul protein.
Selanjutnya jika tumbuhan atau hewan mati, mahluk pengurai
merombaknya menjadi gas amoniak (NH3) dan garam ammonium yang
larut dalam air (NH4+). Proses ini disebut dengan amonifikasi. Bakteri
Nitrosomonas mengubah amoniak dan senyawa ammonium menjadi nitrat
oleh Nitrobacter. Apabila oksigen dalam tanah terbatas, nitrat dengan

40
 cepat ditransformasikan menjadi gas nitrogen atau oksida nitrogen oleh
proses yang disebut denitrifikasi.

f. Siklus Karbon
Pada siklus karbon, mikroorganisme mengubah sisa-sisa jasad
tumbuhan dan hewan menjadi karbon dioksida dan bahan organik tanah yang
disebut humus. Humus meningkatkan kapasitas tanah untuk menampung air,
menyediakan nutrisi bagi tumbuhan, dan mendukung pembentukan tanah.
Tahap pertama dalam siklus karbon (fotosintesis) CO bergabung didalm
senyawa-senyawa organic oleh jasad fotoautrotrof seperti tumbuhan hijau,
algae, dan bakteri. Tahap berikutnya pada siklus ini, kemoautotrof yang
menggunakan senyawa-senyawa organic. Hewan-hewan memakan jasad
fotoautotrof terutama tumbuhan hijau dan binatang lain, sehingga dengan
peristiwa makan memakan inilah terjadi transfer karbon dioksida dari jasad
yang satu ke jasad yang lain.

Gambar 14. Siklus Karbon

((Sumber: siklusbio.com)

C. Mikrobiologi Udara
Atmosfer tersusun atas 2 lapisan utama yaitu troposfer dan stratosfer. Troposfer
tersusun atas lapisan laminar, lapisan turbulen, lapisan friksi luar, dan lapisan
konveksi. Atmosfer mengandung partikel-partikel yang disebut sebagai aerosol, salah
satu komponen aerosol yaitu bioaerosol yang terdiri antara lain mikroba dan polen.
Mikroba udara sangat dipengaruhi oleh faktor lingkungan seperti suhu, radiasi, angin
dan kelembaban relatif (RH) serta polutan. Mikroba udara sebagian merupakan jasad
patogen yang merugikan kesehatan tumbuhan hewan maupun manusia.

41
 Mikrooganisme yang paling banyak terdapat di udara bebas adalah
bakteri,jamur, dan mikroalga. Kelompok mikroba yang paling banyak
ditemukan sebagai jasad hidup yang tidak diharapkan kehadiranya umumnya
disebut dengan jasad kontaminan antara lain :
a) Bakteri: bacillus, staphylococcus, streptococcus, pseudomonas, sarcina, dan lain
sebagainya.
b) Kapang: aspergillus, mucor, rhizopus, penicillium, trichoderma, dan lain-lain
c) Khamir: candida, saccharomyces, paecylomyces, dan sebagainya
Banyak jenis dari cendawa kontaminan udara yang bersifat termofilik, yakni yang
tahan pada pemanasan tinggi di atas 80ºC, katahanan ini bila cendawan tersebut dalam
bentuk spora. Hal ini terbukti walaupun suatu medium telah disterilkan, tetapi di dalamnya
tumbuh dan berkembang pula bakteri atau jamur yang tidak diharapkan kehadiranya.
Lautan merupakan sumber mikroba terbanyak yang ada dalam atmosfir. Angin
menimbulkan debu dari tanah, partikel-partikel dari debu tersebut akan membawa
mikroba yang menghuni tanah. Sejumlah besar air dalam bentuk titik-titik air memasuki
atmosfer dari permukaan laut, teluk dan kumpulan air alamiah lainya.
Tabel 1.1
Tipe-Tipe Mikrooragnisme yang Diisolasi dari Udara bagian Atas
Tinggi (feet) Bakteri Cendawan
1.500-4.500 Alcaligenes bacillus Aspergillus,Macrosporium, penicillium
4.500-7.500 Bacillus Aspergillus Cladosporium
7.500-10.500 Sarcina Bacillus Aspergillus Hormodendrum
10.500-13.500 Bacillus Kurthia Aspergillus Hormodendrum
Micrococcus
13.500-16.500 Penicillium
Bacillus
Menurut Unus Suriawiria (1985), kompisisi baku udara yang kita hisap setiap
saat, sudah diketahui sejak lama. Walaupun begitu sejalan dengan semakin kompleknya
masalah pencemaran udara maka komposisi tersebut banyak yang berubah, khususnya
karena terdapat komponen asing/mikroorganisme. Berikut adalah komposisi baku udara
secara kimia sebagai berikut:
Tabel 2. Komposisi Udara Murni Tanpa Cemaran Mikroorganisme

Komponen Komposisi (ppm)

Per Volume Per Berat
Nitrogen 780.900 755.100
Oksigen 209.500 231.500
Argon 9.300 12.800
CO2 300 360

42
 Neon 18 12,5
Helium 5.2 0.72
Metan 2.2 1.2
Kripton 1 2.9
N. Oksida 1 1.5
Hidrogen 0.5 0.08
Xenon 0.08 0.36
(Sumber: Unus Suriawiria, 1985)

Kelompok mikroorganisme yang paling banyak berkeliaran di udara

bebas adalah bakteri, jamur (termasuk didalamnya ragi) dan juga mikroalgae.
Kehadiran jasad hidup tersebut didalam udara, ada yang didalam vegetatif
(tubuh jasad) ataupun dalam bentuk generatif (umumnya spora).
1. Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Keberadaan Mikroba di Udara
Faktor-faktor lingkungan yang mempengaruhi mikroba udara adalah
suhu atmosfer, kelembaban, angin, ketinggian, dan lain-lain. Temperatur dan
kelembaban relatif adalah dua faktor penting yang menentukan viabilitas dari
mikroorganisme dalam aerosol. Studi dengan Serratia marcesens dan E. coli
menunjukkan bahwa kelangsungan hidup mikroba udara terkait erat dengan suhu
(Setyaningsih et al., 2003).
Menurut Hikmatyar (2015), angin juga menentukan keberadaan
mikroorganisme di udara. Pada udara yang tenang, partikel cenderung turun oleh
gravitasi. Tapi sedikit aliran udara dapat menjaga mereka dalam suspensi untuk
waktu yang relatif lama. Angin penting dalam penyebaran mikroorganisme karena
membawa mereka lebih jauh. Angin juga memproduksi turbulensi udara yang
menyebabkan distribusi vertikal mikroba udara. Pola cuaca global juga
mempengaruhi penyebaran vertikal. Ketinggian membatasi distribusi mikroba di
udara.
2. Kandungan mikroba udara
a. Kandungan mikroba dalam ruangan
Tingkat pencemaran udara di dalam ruangan oleh mikroba dipengaruhi
oleh beberapa faktor-faktor diantaranya adalah laju ventilasi, padatnya orang,
dan sifat serta taraf kegiatan orang-orang yang menempati ruangan tersebut.
Titik-titik air yang terhembuskan dari saluran pernapasan mempunyai ukuran
yang beragam dalam mikrometer sampai millimeter. Titik-titik air yang
ukurannya jauh dalam kisaran mikrometer yang rendahan tinggal dalam udara
sampai beberapa lama tetapi yang berukuran besar segera jatuh ke lantai atau

43
 permukaan benda lain. Debu dari permukaaan ini sementara akan berada
dalam udara selama berlangsungnya kegiatan dalam ruangan tersebut.
Dalam debu dan udara di sekolah dan bangsal rumah sakit atau kamar
orang menderita penyakit menular, telah ditemukan mikroba seperti
bakteri tuberkulum, streptokokus, pneumokokus, dan staphylokokus.  Bakteri
ini tersebar di udara melalui batuk, bersin, berbicara, dan tertawa. Pada proses
tersebut ikut keluar cairan saliva dan mukus yang mengandung mikroba. Virus
dari saluran pernapasan dan beberapa saluran usus juga ditularkan melalui
debu dan udara.Patogen dalam debu terutama berasal dari objek yang
terkontaminasi cairan yang mengandung patogen.  Tetesan cairan (aerosol)
biasanya dibentuk oleh bersin, batuk dan berbicara.Setiap tetesan terdiri dari
air liur dan lendir yang dapat berisi ribuan mikroba.Diperkirakan bahwa jumlah
bakteri dalam satu kali bersin berkisar antara 10.000 sampai 100.000.  Banyak
patogen tanaman juga diangkut dari satu tempat ke tempat lain melalui udara
dan penyebaran penyakit jamur pada tanaman dapat diprediksi dengan
mengukur konsentrasi spora jamur di udara. 
b. Kandungan mikroba di luar ruangan (atmosfir)
Mikroba yang ada di udara berasal dari habitat perairan maupun
terestrial. Mikroba di udara pada ketinggian 300-1,000 kaki atau lebih dari
permukaan bumi adalah organisme tanah yang melekat pada fragmen daun
kering, jerami, atau partikel debu yang tertiup angin.
Angin menimbulkan debu dari tanah dan partikel-pertikel debu
tersebut membawa mikroba yang ada di tanah Sejumlah besar air
dalam bentuk titik-titik air memasuki atmosfer dari permukaan laut,
teluk, dan kumpulan air alamiah lainnya. Disamping itu, ada banyak
fasilitas pengolahan industri dan pertanian, yang berpotensi
menghasilkan aerosol berisikan mikroorganisme, diantaranya berikut
ini:
1) Penyiraman air irigasi tanaman pertanian atau daerah hutan dengan
limbah air.
2) Pelaksanaan penambahan air skala besar.
3) Saringan “trickling-bed” di pabrik-pabrik pembersih air.
4) Rumah pemotongan hewan dan peleburan lemak .
Mikroba tanah masih dapat ditemukan di udara permukaan laut sampai
sejauh 400 mil dari pantai pada ketinggian sampai 10.000 kaki.Mikroba yang
paling banyak ditemukan yaitu spora jamur, terutama Alternaria, Penicillium,
dan Aspergillus.Mereka dapat ditemukan baik di daerah kutub maupun tropis.

44
 Mikroba yang ditemukan di udara di atas pemukiman penduduk di bawah
ketinggian 500 kaki yaitu spora Bacillus dan Clostridium, yeast, fragmen dari
miselium, spora fungi, serbuk sari, kista protozoa, alga, Micrococcus, dan
Corynebacterium, dan lain-lain.
3. Sumber Kontaminasi Mikroba di Udara
Mikroorganisme dalam saluran pernafasan sangat mudah disemburkan
ke udara. Mikroorganisme tersebut sebagai penyebab penyakit melalui udara.
Seperti infeksi pernapasan dapat ditularkan melalui kontak langsung dengan orang
yang sudah terinfeksi, dapat juga secara tidak langsung menghirup udara yang
sudah terkontaminasi proses ini disebut dengan infeksi tetesan. Tetesan-tetesan
yang berat cenderung mengendap lebih cepat, tetapi yang kecil akan terapung di
udara tetesan seperti ini dinamakan inti tetesan.
Rumah sakit adalah tempat pengobatan berbagai penyakit, ada kasus
dimana penyakit menular tambahan diderita pasien pada saat rawat inap. Udara di
dalam rumah sakit dapat bertindak sebagai reservoir mikroorganisme patogen
yang ditularkan oleh pasien.  Infeksi yang diperoleh selama perawatan di rumah
sakit tersebut disebut infeksi nosokomial dan patogen yang terlibat disebut sebagai
patogen nosokomial. Infeksi, diwujudkan oleh gejala terkait, setelah tiga hari
dirawat di rumah sakit bisa dianggap sebagai infeksi nosokomial. Terdapat dua
cara utama penyebaran patogen nosokomial, yaitu dengan kontak (baik langsung
atau tidak langsung), dan penyebaran melalui udara.
Infeksi nosokomial di rumah sakit mungkin dibawa oleh staf atau pasien
yang masuk ke rumah sakit. Infeksi nosokomial yang banyak ditemukan yaitu
berasal dari Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus
aureus, Pseudomonas aeruginosa, anggota Enterobacteriaceae dan virus
pernafasan. 
Beberapa infeksi bakteri juga disebarkan melalui udara diantaranya
adalah infeksi streptokokus tonsil dan tenggorokan, difteria, dan maringitis
epidemik. Tuberculosis dapat bertahan lama di luar tubuh, tahan terhadap
kekeringan sampai berbulan-bulan. Selain virus dan bakteri jamur juga dapat
terbawa oleh debu yaitu kokidiomikosis dan histoplasmosis.

4. Pengendalian Penyakit Yang Dibawa Oleh Udara

Mikroorganisme yang ditularkan melalui udara atau sekeresi pernapasan
tidak dapat dikendalikan secara efektif pada sumbernya. Hal ini dikarenakan setiap
orang membawa bakteri pathogen yang potensial dalam saluran pernapasan atas.
Untuk mengendalikan penyebaran penyakit di udara dapat menggunakan cara
yaitu:
a. Imunisasi

45
 Dengan pemberian vaksin rubella pada anak-anak laki-laki dan perempuan
sejak dini
b. Pengubahan kandungan jasad penyebab infeksi di udara dengan penyaringan,
sterilisasi atau pengenceran. 
Terdapat juga metode untuk mengendalikan penyakit yang disebarkan
melalui udara yaitu:
a. Metode Sinar Ultraviolet
Digunakan pada ruangan yang sesak dengan daya tembus jelek, merusak
mata sehingga sinar harus diarahkan ke langit-langit.
b. Metode Aliran Udara Satu Arah
Digunakan di laboratorium industri ruang angkasa dengan batasan mahal,
untuk pemanasan atau pengaturan udara.
c. Metode Sirkulasi Ulang, Udara Tersaring
Digunakan di tempat apa saja dengan batasan penyaring harus sering diganti.
d. Metode Pembakaran
Digunakan pada ventilasi udara dari cerobong yang didalamnya terdapat
organisme yang menginfeksi. (Volk and Wheeler, 1998).

5. Macam-macam penyakit yang ditularkan melalui udara

a. TBC ( Tuberkulosis)
TBC adalah penyakit yang sangat mudah sekali dalam penularannya.
Penderita TBC biasanya mengalami batuk yang berkepanjangan sebagai
gejala utama selama beberapa minggu yang diikuti dengan demam tinggi.
Biasanya demam menyerang pada malam hari, namun ketika siang
demam akan berkurang bahkan cenderung turun dan akan datang lagi bila
mulai menjelang malam. Orang yang terkena TBC, daya tahan tubuhnya
akan menurun secara drastis, nafsu makan berkurang, dan berat badan
juga menurun dengan sangat cepat, rasa lelah dan batuk-batuk.
Pada umumnya penularan TBC terjadi secara langsung ketika sedang
berhadap-hadapan dengan si penderita, yaitu melalui ludah dan dahak
yang keluar dari batuk dan hembusan nafas penderita. Secara tidak
langsung dapat juga melalui debu. Gejala umum yang sering dirasakan
adalah :
1) Batuk lama lebih dari 30 hari yang disertai ataupun tidak dengan dahak
bahkan  bisa disertai juga dengan batuk darah.

46
2) Demam lama dan berulang tanpa sebab yang jelas (bukan tifoid, malaria,
atau infeksi saluran nafas akut), dan terkadang disertai dengan badan yang
berkeringat dimalam hari.
3) Nafsu makan menurun dan bila terjadi pada anak maka terlihat gagal
tumbuh serta penambahan berat badan tidak memadai sesuai dengan usia
anak tersebut.
4) Berat badan menurun dengan drastis tanpa sebab yang jelas disamping
karna nafsu makan yang menurun, pada anak berat badan tidak naik dalam
satu bulan walaupun sudah dilakukan penanganan gizi.
TBC dapat diobati dengan menggunakan obat TBC yang utama
adalah Isoniazid, Rifampisin, Pirazinamid, Streptomisin, dan Etambutol.
Sedangkan jenis obat tambahan yang sering digunakan adalah Kanamisin,
Kuinolon, Makroloid, dan Amoksilin dikombinasikan dengan Klavulanat.
Pengobatan ini dilakukan selama 12 bulan untuk keseluruhan. Faktor
utama dari pada kesembuhan adalah prilaku dan lingkungan dimana
sipenderita itu tinggal, kedisiplinan dalam minum obat dan dan dukungan
orang-orang disekitar si penderita.
Selain obat rekomendasi dari dokter, dapat juga menggunakan
obat tradisional yang bisa digunakan untuk mengobati TBC yaitu :
1) Tembelekan (Lantana camara): bunga kering 6-10 gram ditambah tiga gelas
air lalu direbus hingga setengahnya. Gunakan untuk tiga kali minum setiap
harinya.
2) Sambiloto (Andrographis paniculata): Daun kering digiling ditambah madu
secukupnya kemudian dibuat pil dengan diameter 0,5 cm. Satu hari dua kali
minum, setiap kali minum 15-30 pil.
a. Meningitis
Meningitis adalah peradangan yang terjadi pada meninges, yaitu
membran atau selaput yang melapisi otak dan syaraf tunjang. Meningitis dapat
disebabkan berbagai organisme seperti virus, bakteri ataupun jamur yang
menyebar masuk kedalam darah dan berpindah kedalam cairan otak.Meningitis
yang disebabkan oleh virus umumnya tidak berbahaya, akan pulih tanpa
pengobatan dan perawatan yang spesifik. Namun Meningitis disebabkan oleh
bakteri bisa mengakibatkan kondisi serius, misalnya kerusakan otak, hilangnya
pendengaran, kurangnya kemampuan belajar, bahkan bisa menyebabkan
kematian.
Sedangkan Meningitis disebabkan oleh jamur sangat jarang, jenis ini
umumnya diderita orang yang mengalami kerusakan imun (daya tahan tubuh)

47
seperti pada penderita AIDS.Bakteri yang dapat mengakibatkan serangan
meningitis diantaranya:
1) Streptococcus pneumoniae (pneumococcus).
2) Neisseria meningitidis (meningococcus).
3) Haemophilus influenzae (haemophilus).
4) Listeria monocytogenes (listeria).
5) Bakteri lainnya yang juga dapat menyebabkan meningitis adalah
Staphylococcus aureus dan Mycobacterium tuberculosis.
Gejala yang khas dan umum ditampakkan oleh penderita meningitis
adalah photophobia (takut/menghindari sorotan cahaya terang), phonophobia
(takut/terganggu dengan suara yang keras), mual, muntah, sering tampak
kebingungan, kesusahan untuk bangun dari tidur, bahkan tak sadarkan diri.Pada
bayi gejala dan tanda penyakit meningitis mungkin sangatlah sulit diketahui,
namun umumnya bayi akan tampak lemah dan pendiam (tidak aktif), gemetaran,
muntah dan enggan menyusui.
Adapun beberapa antibiotik yang sering diresepkan oleh dokter pada
kasus meningitis yang disebabkan oleh bakteri Streptococcus pneumoniae dan
Neisseria meningitidis antara lain Cephalosporin (ceftriaxone atau cefotaxime).
Sedangkan meningitis yang disebabkan oleh bakteri Listeria monocytogenes akan
diberikan Ampicillin, Vancomycin, dan Carbapenem (meropenem),
Chloramphenicol atau Ceftriaxone. Treatment atau therapy lainnya adalah yang
mengarah kepada gejala yang timbul, misalnya sakit kepala dan demam
(paracetamol), shock dan kejang (diazepam) dan lain sebagainya.
Meningitis yang disebabkan oleh virus dapat ditularkan melalui batuk,
bersin, ciuman, sharing makan 1 sendok, pemakaian sikat gigi bersama dan
merokok bergantian dalam satu batangnya. Untuk menghindari berbagai macam
penyakit sebaiknya adalah dengan cara mencuci tangan yang bersih sebelum
makan dan setelah ketoilet umum, memegang hewan peliharaan. Menjaga stamina
(daya tahan) tubuh dengan makan bergizi dan berolahraga yang teratur.

b. Pneumonia
Pneumonia atau yang dikenal dengan nama penyakit radang paru-paru
ditandai dengan gejala yang mirip dengan penderita selesma atau radang
tenggorokan biasa, antara lain batuk, panas, napas cepat, napas berbunyi hingga
sesak napas, dan badan terasa lemas.Penyakit ini umumnya terjadi akibat bakteri
Streptococus pneumoniae dan Hemopilus influenzae yang berterbangan di udara
terhirup masuk ke dalam tubuh. Bakteri tersebut sering ditemukan pada saluran
pernapasan, baik pada anak-anak maupun orang dewasa. Selain dapat
menimbulkan infeksi pada paru-paru, bakteri berbahaya itu juga dapat

48
mengakibatkan radang selaput pada otak (meningitis) serta infeksi pembuluh
darah yang amat fatal.
Kasus pneumonia banyak terjadi di daerah yang sistem sanitasinya
buruk. Untuk itu, menjaga kebersihan di lingkungan sekitar menjadi syarat utama
agar terhindar dari penyakit ini, selain membiasakan diri untuk hidup bersih dan
sehat. Biasakan mencuci tangan menggunakan sabun dan segera periksakan diri
ke dokter jika mendapati gejala tersebut di atas.

c. Flu Burung
Avian Influenza atau flu burung adalah suatu penyakit menular yang
disebabkan oleh virus influenza H5N1. Virus yang membawa penyakit ini terdapat
pada unggas dan dapat menyerang manusia. Flu burung terkadang sulit terdeteksi
pada stadium awal, karena gejala klinis penyakit ini sangat mirip dengan gejala flu
biasa, antara lain demam, sakit tenggorokan, batuk, pilek, nyeri otot, sakit kepala,
dan lemas. Namun, dalam waktu singkat penyakit ini dapat menyerang paru-paru
dan menyebabkan peradangan (pneumonia). Jika tidak dilakukan penanganan
segera, pada banyak kasus penderita akan meninggal dunia.
Virus influenza H5N1 merupakan penyebab wabah flu burung pada
unggas dan memiliki sifat dapat bertahan hidup di air hingga empat hari pada suhu
22°c dan lebih dari 30 hari pada 0°c. Penularan virus flu burung berlangsung
melalui saluran pernapasan. Unggas yang terinfeksi virus ini akan mengeluarkan
virus dalam jumlah besar dikotorannya. Manusia dapat terjangkit virus ini bila
kotoran unggas bervirus ini menjadi kering, terbang bersama debu, lalu terhirup
oleh manusia.
Upaya pencegahan penularan virus flu burung adalah senantiasa
menjaga sanitasi lingkungan. Pola hidup yang tidak menjaga kesehatan dan
kebersihan lingkungan akan mempercepat penyebaran virus ini. Selain itu, rajinlah
mencuci tangan, jangan sembarangan mengorek lubang hidung jika jemari belum
dicuci dengan sabun.
d. Sars
Sindrom pernapasan akut parah atau Severe Acute Respiratory
Syndrome (SARS) merupakan penyakit yang ditandai dengan gejala awal
gangguan pernapasan berupa napas pendek dan terkadang disertai batuk.
Penyebab SARS adalah Coronavirus, yaitu virus yang bersifat menular dan
umumnya menyerang saluran pernapasan atas, virus ini juga dapat menyebabkan
flu. Sars adalah stadium lanjut dari pneumonia sehingga gejala awal yang dialami
penderita juga mirip dengan flu biasa. Namun, demam yang menyerang penderita
SARS dapat mencapai 38ºc yang terkadang disertai dengan menggigil, sakit
kepala, perasaan lesu, serta nyeri tubuh.

49
 Pada stadium awal penyakit biasanya penderita akan mengalami
gangguan pernapasan ringan selama tiga sampai tujuh hari. Jika tidak segera
diatasi, besar kemungkinan penderita mengalami batuk kering yang dapat
menimbulkan kekurangan oksigen dalam darah. Pada beberapa kasus, penderita
akan memerlukan napas bantuan mengunakan ventilator (alat bantu pernapasan).
Belum ditemukan vaksin untuk mencegah penyakit ini, sehingga yang dibutuhkan
adalah sikap waspada agar tidak terjangkit. Beberapa cara yang dapat dilakukan
antara lain:
1) Mencuci tangan sesering mungkin. Bila bersentuhan dengan sesuatu yang
banyak mengandung kuman atau kotoran, gunakan alkohol untuk membunuh
bakteri yang menempel di kulit.
2) Hindari menyentuh mulut, mata, hidung dengan tangan yang kotor. Gunakan
masker apabila menderita batuk/pilek agar kuman dan bakteri tidak menyebar
ke orang lain. Sebagian besar infeksi terjadi di rumah sakit, karena itu kurangi
frekuensi mengunjungi ruangan dengan tingkat infeksi tinggi.

D. Ayat-Ayat Al-Qur’an yang Berkaitan dengan Mikrobiologi Air, Tanah, dan

Udara
1. Di dalam Q.S Al-Furqon ayat 2:

Artinya:“yang kepunyaan-Nya-lah kerajaan langit dan bumi, dan Dia tidak

mempunyai anak, dan tidak ada sekutu bagi-Nya dalam kekuasaan(Nya), dan
dia telah menciptakan segala sesuatu, dan Dia menetapkan ukuran-ukurannya
dengan serapi-rapinya”.
Berdasarkan Q.S. Al-Furqon:2 dapat diketahui bahwa Allah
mencipatakan semua makhluk hidup didunia ini tidak ada yang sia-sia. Yang
artinya adalah setiap makhluk yang diciptakan Maksudnya adalah Allah
menciptakan jasad-jasad renik di dunia ini sesuai dengan fungsinya masing-
masing. Allah memiliki manfaat walaupun sekecil apapun ukuran makhluk hidup
tersebut, seperti mikroba yang memiliki banyak manfaat dan berperan bagi
kehidupan.

2. Terdapat juga di dalam Q.S An-Nahl ayat 8:

50
 Artinya: “dan (Dia telah menciptakan) kuda, baghal, dan keledai, agar
kamu menungganginya dan (menjadikannya) perhiasan. Dan Allah
menciptakan apa yang tidak kamu ketahui.” (QS. An-Nahl : 8)
Ayat di atas menjelaskan bahwa tidak semua yang Allah ciptakan
manusia dapat mengetahuinya. Maksudnya adalah segala sesuatu yang
dijadikan Allah diberi-Nya perlengkapan-perlengkapan dan persiapan-
persiapan, sesuai dengan naluri, sifat-sifat, dan fungsinya masing-masing
dalam hidup. Contoh nya seperti penciptaan bakteri. Letaknya terdapat
diberbagai belahan dunia, mungkin ada beberapa jenis yang kita ketahui.
Namun masih terdapat banyak jenis bakteri lainnya yang tidak kita
ketahui. Lewat Al-Qur’an manusia dapat mempelajari lebih dalam, yang
diawali dengan pembuatan mikroskop sehingga manusia sedikit-demi
sedikit dapat menemukan berbagai jenis mikroba.
3. Hadist Nabi SAW
Nabi Muhammad SAW bersabda: “Jika kamu mendengar tha’un disuatu
tempat, maka janganlah kamu memasukinya (tempat itu). Apa bila kamu
(terlanjur) berada di tempat yang terkena wabah itu, maka janganlah kamu keluar
darinya (tempat itu)”. (H.R. Turmuzi dari Sa’id).
Pernah disuatu saat daerah luar Madinah terjangkit wabah tha’un
(pes,sampar, atau penyakit sejenisnya) dan al-masih (sejenis kuman yang
melepaskan kulit-mungkin seperti wabah bergudik, bengkoyok, atau secara
umum penyakit kulit). Rasululloh melarang seapapun yang terkena kedua jenis
penyakit itu masuk ke kota Madinah. Berikut sabda Nabi: …la yadhakulu al-
Maadinah al-masihu wala ath-tha’un(…..Tidak boleh masuk ke Madinah bagi
yang terjangkinga penyakit al-masih dan tha’un).
Beradasarkan ayat di atas dapat diketahui bahwa penyakit tersebut
disebabkan oleh bakteri. Oleh karena itu, kita sebagai manusia harus waspada
terhadap bakteri terkhusus bakteri yang merugikan, karena jika kita terkena
penyakit dari bakteri tersebut, pun kita akan menulari orang-orang yang ada
disekitar kita.

51
 BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
1. Mikrobiologi adalah cabang ilmu biologi yang mempelajari tentang
mikroorganisme dan kelompok-kelompok mikroorganisme mikroskopik yang tidak
dapat dilihat menggunakan mata telanjang, tetapimenggunakan alat bantu
berupa mikroskop. Karena mikroba berukuran sangat kecil sekitar seperseribu
milimeter (1 mikrometer).
2. Mikrobiologi air mengacu pada studi tentang mikroorganisme yang hidup di air.
Kelompok mikroorganisme yang didapatkan hidup di air terdiri dari bakteri, fungi,
mikroalga, virus dan protozoa.

52
 3. Mikrobiologi tanah adalah suatu studi organisme yang hidup dalam tanah yang
meliputi aktivitas metabolisme, aliran energi, dan siklus materi. Umumnya jumlah
mikroba dalam tanah lebih banyak dari pada dalam air ataupun udara.
4. Mikrobiologi udara adalah cabang ilmu yang mempelajari tentang kehidupan
mikroba yang ada di udara. Udara bukan merupakan habitat asli dari mikroba
tetapi udara di sekeliling kita sampai beberapa kilometer di atas permukaan bumi
mengandung bermacam-macam jenis mikroorganisme. Mikrooganisme yang
paling banyak ditemukan di udara bebas adalah bakteri, jamur, dan mikroalga.
5. Faktor-faktor lingkungan yang mempengaruhi mikroba udara adalah suhu
atmosfer, kelembaban, angin, ketinggian, dan lain-lain. Temperatur dan
kelembaban relatif adalah dua faktor penting yang menentukan viabilitas dari
mikroorganisme dalam aerosol. Studi dengan Serratia marcesens dan E. coli
menunjukkan bahwa kelangsungan hidup mikroba udara terkait erat dengan
suhu.
6. Ayat-ayat Al-Qur’an yang berkaitan dengan kajian mikrobiologi air, tanah, dan
udara seperti dalam: Q.S Al-Furqon ayat 2 dan Q.S At-Taahaa ayat 6. Nabi
Muhammad SAW bersabda: “Jika kamu mendengar tha’un disuatu tempat, maka
janganlah kamu memasukinya (tempat itu). Apa bila kamu (terlanjur) berada di
tempat yang terkena wabah itu, maka janganlah kamu keluar darinya (tempat
itu)”. (H.R. Turmuzi dari Sa’id).

B. Saran
1. Hendaknya manusia bersyukur atas berbagai macam makhluk hidup diberikan
Allah SWT, karena tidak semua mikroba merugikan tetapi ada yang
menguntungkan juga.
2. Manusia hendaknya menjaga kesehatan karena mikroba-mikroba terutama bakteri
dan virus selalu ada disekeliling kita.
3. Dalam penyusunan makalah ini kami menyadari bahwa terdapat kekurangan
dalam penyusunan bahkan jauh dari sempurna. Oleh sebab itu kami membutuhkan
saran yang sifatnya memotivasi untuk perbaikan makalah ini.

53
 DAFTAR PUSTAKA

Dwidjoseputro. 2001. Dasar-dasar mikrobiologi. Jakarta: Djambatan.

http://sumberbiologi.blogspot.co.id. Diakses pada 11 Maret 2019, pukul 20:05

WIB.

http://Azizpenabio.blogspot.co.id. Diakses pada 11 Maret 2019, pukul 20:00 WIB.

http://bakteriair.blogspot.co.id. Diakses pada 11 Maret 2019, pukul 20:10 WIB.

http://gayatempo.com. Di akses pada 16 Maret 2019, pukul 10.11 WIB.

http://hasil bumidesaku.blogspot.com. Di akses pada 16 Maret 2019, pukul 10.00

WIB.

http://siklusbio.blogspot.co.id. Diakses pada 11 Maret 2019, pukul 20:03 WIB.

http://WorldBiologi.com. Di akses pada 16 Maret 2019, pukul 09.10 WIB.

Lud Waluyo. 2013. Mikrobiologi Lingkungan. UMM.

Riani.2010. Mikrobiologi udara. http://mikrobiologiudara.blogspot.co.id.

Sari, Ayu Wulan. 2017. Kualitas Mikroba Udara dan Identifikasi Jenis
Mikroorganisme pada Lantai Ruang Intensive Care Unit (ICU) di Rumah

54
 Sakit Umum Daerah Dr. H. Abdoel Moeloek Bandar Lampung. Disertasi
tidak diterbitkan. Lampung: Program Studi Pendidikan Dokter.
Sutanto, Agus. Dan Santoso, Handoko. 2016. Mikrobiologi Lingkungan. Metro:
Pascasarjana UM Metro.

55