Saat ini, biokimia metabolisme sel telah banyak dipelajari. Bidang lain dalam biokimia di
antaranya sandi genetik (DNA, RNA), sintesis protein, angkutan membran sel,
dan transduksi sinyal.
Daftar isi
[sembunyikan]
1 Perkembangan biokimia
2 Biomolekul
o 2.1 Karbohidrat
o 2.2 Lipid
o 2.3 Protein
o 2.4 Asam nukleat
3 Karbohidrat
o 3.1 Monosakarida
o 3.2 Disakarida
o 3.3 Oligosakarida dan polisakarida
o 3.4 Penggunaan karbohidat sebagai
sumber energi
3.4.1 Glikolisis (anaerob)
3.4.2 Aerob
3.4.3 Glukoneogenesis
4 Protein
5 Lipid
6 Asam nukleat
7 Lihat pula
8 Pranala keluar
9 Referensi
[sunting]Perkembangan biokimia
Kebangkitan biokimia diawali dengan penemuan pertama molekul enzim, diastase,
pada tahun 1833 oleh Anselme Payen. Tahun 1828,Friedrich Wöhler menerbitkan
sebuah buku tentang sintesis urea, yang membuktikan bahwa senyawa organik dapat
dibuat secara mandiri. Penemuan ini bertolak belakang dengan pemahaman umum
pada waktu itu yang meyakini bahwa senyawa organik hanya bisa dibuat oleh
organisme. Istilah biokimia pertama kali dikemukakan pada tahun 1903 oleh Karl
Neuber, seorang kimiawan Jerman. Sejak saat itu, biokimia semakin berkembang,
terutama sejak pertengahan abad ke-20, dengan ditemukannya teknik-teknik baru
seperti kromatografi, difraksi sinar X, elektroforesis, RMI (nuclear magnetic resonance,
NMR), pelabelan radioisotop, mikroskop elektron, dan simulasi dinamika molekular.
Teknik-teknik ini memungkinkan penemuan dan analisis yang lebih mendalam berbagai
molekul dan jalur metabolik sel, seperti glikolisis dan siklus Krebs. Perkembangan ilmu
baru seperti bioinformatika juga banyak membantu dalam peramalan dan pemodelan
struktur molekul raksasa.
[sunting]Biomolekul
Sebuah trigliserida dengan satu molekul gliserol (kiri) dan 3 molekul asam lemak.
Struktur umum dari asam α-amino, dengan grup aminodi sebelah kiri dan grup karboksil di sebelah
kanan.
Protein merupakan molekul yang sangat besar-atau makrobiopolimer- yang tersusun
dari monomer yang disebut asam amino. Ada 20 asam amino standar, yang masing-
masing terdiri dari sebuah grup karboksil, sebuah grup amino, danrantai
samping (disebut sebagai grup "R"). Grup "R" ini yang menjadikan setiap asam amino
berbeda, dan ciri-ciri dari rantai samping ini akan berpengaruh keseluruhan terhadap
suatu protein. Ketika asam amino bergabung, mereka membentuk ikatan khusus yang
disebut ikatan peptida melalui sintesis dehidrasi, dan menjadi Polipeptida, atau protein.
[sunting]Asam nukleat
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Asam nukleat, DNA, RNA, dan Nukleotida
[sunting]Karbohidrat
Ketika beberapa (sekitar 3-6) monosakarida bergabung menjadi satu, maka akan
disebut sebagaioligosakarida (oligo- artinya "sedikit"). Jika banyak monosakarida
bergabung menjadi satu, maka akan disebut sebagai polisakarida. Monosakarida dapat
bergabunf membentuk satu rantai panjang, atau mungkin bercabang-cabang. 2 jenis
polisakarida yang paling dikenal adalah selulosa danglikogen, dua-duanya terdiri dari
monomer glukosa.
Glukosa merupakan sumber energi utama bagi makhluk hidup. Contohnya, polisakarida
akan dipecah menjadi monomer-monomernya (fosforilase glikogen akan membuang
residu glukosa dari glikogen). Disakarida seperti laktosa atau sukrosa akan dipecah
menjadi 2 komponen monosakaridanya.
[sunting]Glikolisis (anaerob)
Glukosa akan dicerna dalam tubuh dalam reaksi respirasi. Tahapan pertama dalam
reaksi respirasi adalah glikolisis. Tahapan glikolisis dimulai dari satu molekul glukosa
sampai tahap akhirnya akan dihasilkan 2 molekul piruvat. Tahap ini juga akan
menghasilkan 2 ATP dan memberikan dua elektron dan satu hidrogen
pada NAD+ sehingga menjadi NADH. Tahap ini tidak membutuhkan oksigen. Jika
persediaan oksigen dalam tubuh tidak cukup, maka NADH akan digunakan untuk
mengubah piruvat menjadi asam laktat (dalam tubuh manusia]] atau menjadi etanol dan
karbon dioksida.
[sunting]Aerob
Dalam respirasi aerob, sel yang mendapat cukup oksigen, piruvat yang dihasilkan dari
tahap glikolisis akan dicerna kembali dan diubah menjadiAsetil Ko-A. Piruvat akan
membuang satu atom karbonnya (menjadi karbon dioksida) dan akan memberikan
elektronnya lagi pada NAD+sehingga menjadi NADH. 2 molekul Asetil Ko-A akan
memasuki tahap siklus Krebs, dan akan menghasilkan lagi 2 ATP, 6 molekul NADH,
dan 2 ubiquinon (FADH2), serta karbon dioksida. Energi di NADH dan FADH2 nantinya
akan digunakan di transpor elektron. Energi ini dipakai dengan cara dilepaskannya
elektron dan H+ dari NADH dan FADH2 secara bertahap di sistem transpor elektron.
Sistem transpor elektron akan memompa H+ keluar dari membran dalam mitokondria.
Konsentrasi H+ di luar membran dalam mitokondria akan menyebabkan gradien proton,
sehingga H+ akan masuk kembali ke membran dalam mitokondria melalui ATP
sintase. Oksigen bertugas sebagai penerima elektron akhir, sehingga proses
pembentukan ATP terus berlanjut. Oksigen yang bergabung dengan H + akan
membentuk air. NAD+ dan FAD akan digunakan kembali dalam sistem respirasi, seperti
yang telah dijelaskan sebelumnya. Hal ini yang menyebabkan mengapa kita menghirup
oksigen dan melepaskan karbon dioksida. Dalam 1 molekul glukosa akan dihasilkan
total 36 ATP, dan satu ATP dapat melepaskan 7,3 kilokalori.
[sunting]Glukoneogenesis
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Glukoneogenesis
Dalam tubuh vertebrata, otot lurik yang dipaksa bekerja keras (misalnya selagi angkat
beban atau lari), tidak akan mendapatkan oksigen yang cukup sehingga akan
melakukan metabolisme anaerob, maka akan mengubah glukosa menjadi asam laktat.
Organ hati akan menghasilkan kembali glukosa tersebut, melalui proses yang
dinamakan glukoneogenesis. Proses glukoneogenesis sebenarnya membutuhkan
energi 3 kali lebih banyak daripada yang dihasilkan dalam proses glikolisis (ada 6 ATP
yang dibuat, sedangkan glikolisis hanya menghasilkan 2 ATP).
[sunting]Protein
Skema dari hemoglobin. Pita warna merah dan biru adalah protein globin; sedangkan struktur hijau
adalah grup heme.
Seperti karbohidrat, beberapa protein juga memiliki fungsi vital dalam tubuh.
Contohnya, pergerakan dari proteinaktin dan miosin sangat berperan bagi kontraksi otot
lurik. Salah satu ciri dari kebanyakan protein adalah mereka hanya dapat mengikat
secara spesifik, hanya satu molekul tertentu atau satu grup molekul, sehingga sangat
selektif. Antibodi adalah satu contoh protein yang hanya dapat mengikat satu tipe
molekul saja. Salah satu jenis protein yang paling penting adalah enzim. Molekul enzim
hanya dapat mengenali satu jenis molekul reaktan saja, reaktan ini disebut
sebagai substrat. Enzim akan mengkatalis reaksi, sehingga energi aktivasi akan
menurun, dan kecepatan reaksi dapat berlangsung lebih cepat sampai 1011 kalinya.
Sebuah reaksi mungkin akan memakan waktu 3.000 tahun untuk betul-betul selesai,
tapi dengan enzim mungkin menjadi kurang dari satu detik. Enzim sendiri tidak
digunakan dalam proses reaksinya, sehingga akan langsung mengkatalis substrat
lainnya.
Pada dasarnya, protein terdiri dari rantai asam amino. Sebuah asam amino terdiri dari
satu atom karbon yang berikatan dengan 4 grup. Grup pertama dalah gugus amino, —
NH2, grup kedua adalah asam karboksilik, —COOH (meskipun eksisnya sebagai —
NH3+ dan —COO− dalam kondisi fisiologis). Grup yang ketiga adalah atom hidrogen.
Grup yang keempat biasanya disingkat sebagai "—R", dan grup inilah yang
membedakan antar asam amino. Ada 20 macam asam amino standar. Beberapa dari
mereka mempunyai fungsi sendiri-sendiri, misalnya, fungsi glutamat adalah
sebagai neurotransmiter.
Asam amino (1) dalam bentuk netral, (2) dalam bentuk fisiologis, dan (3) dalam bentuk gabungan
bersama sebagai dipeptida.
Asam amino dapat bergabung melalui ikatan peptida. Dalam sintesis dehidrasi ini,
sebuah molekul air akan dilepaskan dan ikatan peptida akan menghubungkan atom
nitrogen dari asam amino yang satu dengan atom karbon dari gugus asam karboksil
lain. Maka, hasilnya adalah dipeptida. Rangkaian beberapa asam amino (biasanya lebih
kecil dari 30) disebut polipeptida. Untuk rangkaian yang lebih panjang, biasanya disebut
sebagai protein. Sebagai contoh, protein albumin pada plasma darah terdiri dari 585
residu asam amino.
Struktur dari protein bisa dijelaskan melalui empat tingkatan. Struktur utamadari protein
terdiri dari rangkaian linear asam amino, misalnya, "alanin-glisin-triptofan-serin-
glutamat-asparagin-glisin-lisin-…". Struktur sekunderlebih kepada morfologi lokal.
Beberapa kombinasi dari asam amino akan cenderung membentuk gulungan yang
disebut dengan α-helix atau menjadi lembaran yang disebut dengan β-sheet. Struktur
tersier adalah bentuk 3 dimensi protein tersebut secara keseluruha. Bentuk ini akan
ditentukan oleh urutan asam amino. Jika ada satu perubahan saja maka akan
mengubah keseluruhan struktur. Rantai alfa hemoglobin terdiri dari 146 residu asam
amino, jika residu glutamat di posisi ke-6 digantikan dengan valin, maka akan
mengubah sifat hemoglobin tersebut, dan mengakibatkan penyakit anemia sel
sabit. Struktur kuartener lebih memfokuskan pada struktur dari protein dengan
beberapa subunit peptida. Contohnya, hemoglobin dengan keempat subunitnya. Tidak
semua protein memiliki lebih dari satu subunit.
Protein yang masuk ke dalam tubuh akan dipecah menjadi asam amino atau dipeptida
di dalam usus halus, baru kemudian bisa diserap oleh tubuh. Nantinya, asam amino ini
dapat bergabung kembali untuk membentuk protein yang baru. Produk antara dari
glikolisis, siklus asam sitrat, dan jalur fosfat pentosa dapat digunakan untuk membentuk
kedua puluh macam asam amino. Manusia dan mamalia lainnya hanya dapat
mensintesa separuh dari ke-20 macam amino tersebut. Tubuh manusia tidak dapat
mensintesa isoleusin, leusin, lisin, metionin, fenilalanin,treonin, triptofan, dan valin.
Asam amino ini merupakan asam amino esensial, karena penting bagi tubuh. Mamalia
dapat mensintesa asam amino non esensial,
yaitu alanin, asparagin, aspartat, sistein, glutamat, glutamin, glisin, prolin, serin,
dan tirosin. Arginin dan histidin juga dapat disintesa mamalia, tapi hanya dapat
diproduksi dalam jumlah terbatas, sehingga terkadang juga disebut sebagai asam
amino esensial.
Jika gugus amino dilepaskan dari sebuah asam amino, maka akan menyisakan asam
keto-α. Enzim transaminase akan mudah memindahkan gugus amino yang lepas ini ke
asam keto-α lainnya. Hal ini penting di dalam biosintesis dari asam amino, seperti
dalam banyak jalur, zat antara dari jalur biokimia lainnya akan diubah menjadi asam
keto-α, lalu sebuah gugus amino ditambahkan lewat transaminasi. Maka, asam amino
dapat digabung-gabungkan untuk membentuk protein.
Proses yang mirip digunakan untuk memecah protein. Pertama-tama, protein akan
terhidrolisa menjadi komponen-komponennya, yaitu asam amino. Amonia bebas (NH3),
berada dalam bentuk ion amonium (NH4+) di dalam darah, akan berbahaya bagi tubuh,
maka harus dikeluarkan. Organisme uniseluler hanya tinggal melepaskan saja amonia
ini keluar tubuh. Di dalam tubuh mamalia, amonia akan diubah menjadi urea,
lewatsiklus urea.
[sunting]Lipid
[sunting]Asam nukleat
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Asam nukleat
Monomer dari asam nukleat disebut nukleotida, dan tiap nukleotida terdiri dari 3
komponen: basa nitrogen (purin dan pirimidin), gula pentosa/senyawa gula karbon-5,
dan gugus fosfat. Perbedaan tipe asam nukleat dapat ditemukan di jenis gula pada
rantainya (contohnya, DNA terdiri dari 2 deoksiribosa). Juga, jenis basa nitrogen yang
mungkin ada di asam nukleat juga bisa berbeda: adenin, sitosin, dan guanin bisa ada di
RNA dan DNA, timin hanya pada DNA, dan urasil hanya pada RNA.
[sunting]Lihat pula
Portal Kimia
[sunting]Referensi