Sistem ekonomi Johor dalam kertas kerja ini dibincangkan daripada dua aspek
iaitu dari segi pekerjaan rakyatnya dan dari segi pengurusan harta. Aspek
pengurusan harta dipecahkan kepada aspek pemilikan dan penjualan tanah negeri
Johor.
Peraturan ini ialah seperti mengarahkan semua perahu atau tongkang yang
membawa gambir dan lada hitam dari Johor melaporkan di Tanjung Puteri dan
mendapat surat kebenaran pelabuhan ke atas barangan yang dibawa. Langkah ini
dilakukan untuk memastikan jumlah barangan yang dibawa keluar dan dibawa masuk
adalah tepat mengikut bilangannya dan langkah ini juga untuk mengelakkan
penyeludupan candu, arak dan senjata.
Pada tahun 1990, pengeluaran gambir dan lada hitam mengalami kemerosotan
akibat perkembangan ladang getah. Revolusi Industri telah meningkatkan permintaan
getah terutamanya untuk perusahaan automobil. Bagi memenuhi permintaan getah,
British memperkenalkan tanaman getah sebagai tanaman komersial di Tanah Melayu.
Usaha memperkembangkan perusahaan getah dijalankan oleh H.N.Ridley. Ridley
selain mengagihkan benih getah secara percuma telah menemui cara menoreh secara
sistem ibidem ( tulang ikan ) yang tidak merosakkan pokok. Perkembangan industri
pembuatan barangan penggunaan seperti kasut, tayar, basikal dan peralatan elektrik
telah meningkatkan permintaan getah.
Perluasan kawasan tanaman juga ada kaitan dengan dasar British yang
memberi galakan dan sokongan kepada pemodal asing. Antara dasar British ialah yang
pertama menyediakan kadar sewa tanah dan tarif yang rendah kepada peladang yang
ingin mengusahakan tanaman getah. Kedua, membina infrastruktur seperti jalan raya
dan jalan keretapi untuk menghubungkan kawasan pertanian dengan pelabuhan dan
pusat pentadbiran. Untuk mengatasui kekurangan buruh, British membawa masuk
pekerja asing terutamanya dari Selatan India untuk bekerja dengan bayaran gaji yang
murah. Industri Getah mengalami kemerosotan semasa Zaman Kemelesetan Ekonomi
Dunia. Dari segi pengurusan harta, yang pertama ialah dari segi pemilikan tanah di
negeri Johor. Sebelum undang-undang tanah diperkenalkan 1910, penduduk penduduk
bebas membuka tanah tanpa sebarang surat kebenaran. Akan tetapi, undang-undang
sekarang mewajibkan penduduk mendaftar tanah mereka terlebih dahulu sebelum
dipindah milikkan. Jika tanah yang diduduki tanpa mendaftar ia dikira menjadi satu
kesalahan.
Manakala, dari segi penjualan tanah pula, undang-undang 1865 mensyaratkan, sesiapa
yang terlibat dalam penjualan tanah atau kebun gambir dan lada hitam, penukaran
nama, penggadaian harta dalam negeri Johor, individu tersebut hendaklah datang ke
pejabat Johor Bahru untuk didaftarkan segala perubahan yang dilakukan itu. Jika gagal
berbuat demikian, dan berbangkit dakwaan mengenai jualan, pindah pemilik atau
gadaian, semua itu tidak akan dilayan oleh mahkamah Johor kelak.
Terdapat banyak isu dan permasalahan yang berlaku dalam negeri Johor. Kerajaan
Johor sukar menjadi sebuah kuasa agung kerana masalah campur tangan negara asing
dan perebutan takhta antara pemerintah dalam negeri itu.
Johor pernah diserang Aceh. Peperangan telah berlaku selama 29 hari di Batu
Sawar dan Kota Sekarang. Peperangan ini berakhir dengan kemenangan dipihak
kerajaan Aceh. Akibat daripada kekalahan ini Sultan Alauddin Riayat Shah III telah
ditawan dan dibawa ke Aceh bersama-sama adindanya Raja Abdullah dan Bendahara
Tun Seri Lanang yang merupakan penuis Sejarah Melayu. Di Acheh mereka mendapat
layanan istemewa daripada Sultan Iskandar Muda Mahkota Alam. Untuk mengeratkan
lagi hubungan antara Johor - Aceh, Sultan Aceh telah mengahwinkan seorang Puteri
Aceh dengan Raja Abdullah. Raja Abdullah kemudiannya dihantar kembali ke Johor
bersama angkatan tentera Aceh dan diberi wang pampasan bagi membangunkan
semula Batu Sawar yang telah diserang Aceh.
Selain itu, Johor juga pernah menjadi sasaran serangan dari Belanda. Sebelum
tahun 1782 ada berlaku Perak perselisihan antara Belanda dan Johor tetapi tidak
mencetuskan petempuran. Sehinggalah peristiwa Belanda merampas kapal British iaitu
Betsy yang membawa muatan sebanyak 1154 buah peti besi yang berisi candu yang
berlabuh di Pulau Bayan (Perairan Riau). Hasil rampasan tersebut di bahagi dua
dengan Nakhoda Perancis. Tindakan ini diketahui oleh Raja Haji yang berada di Pulau
Penyengat segera datang ke Muar berunding dengan Gabenor Melaka untuk menuntut
bahagiannya kerana dalam perjanjian dengan Belanda menyatakan setiap rampasan
oleh Belanda diperairan Johor hendaklah dibahagi bersama tetapi perbincangan
tersebut gagal mencapai kata sepakat.
Dengan ini Raja Haji menolak perjanjian yang pernah dibuatnya dengan
berdasarkan pernyataannya "Apalah gunanya perjanjian yang syaratnya setengah
dipakai dan setengah tidak itu”. Selain itu beliau juga mengganggu perniagaan Belanda
di Selat Melaka. Ini menimbulkan kemarahan Gabenor Belanda di Melaka dengan
menghantar angkatan perang dibawah pimpinan Toger Aboe membawa 6 buah kapal
perang, 910 askar mengepung Riau dan menyerangnya.
Tambahan pula, masalah yang timbul dalam negeri johor ini bukan sahaja
melibatkan masalah dengan negara-negara luar, malah masalah yang berlaku dalam
negeri Johor turut disebabkan oleh pembesar-pembesar negeri Johor itu sendiri.
Contohnya pembunuhan Sultan Abdul Jalil Riayat oleh Raja Kechil. Sultan Abdul Jalil
Rahmat Shah atau juga dikenali sebagai Raja Kecil merupakan sultan Johor ke-12.
Baginda memerintah pada tahun 1718 sehinggalah 1722. Raja Kecil merupakan orang
Minangkabau, yang ingin merebut kuasa sultan dari Sultan Abdul Jalil IV dan 'mengaku'
bahawa baginda adalah waris kepada Sultan Mahmud Shah II yang sah.
Sewaktu pemerintahan Sultan Abdul Jalil IV, keadaan agak kucar kacir kerana
pembesar-pembesar kerajaan bersikap tamak, khianat dan cemburu, ini memberi
peluang kepada Raja Kecil menyerang Johor. Pada tahun 1717, Raja Kecil dan askar
dari Siak (Minangkabau) menyerang Johor. Pada 21 Mac 1718, Raja Kecil menawan
Panchor. Raja Kecil melantik sendiri dirinya sebagai Yang Dipertuan Johor dan bergelar
Sultan Abdul Jalil Rahmat Shah. Walaupun begitu, beliau masih membenarkan Sultan
Abdul Jalil IV menetap di Johor tetapi tiada kuasa memerintah dan diberi jawatan
Bendahara. Kemenangan Raja Kecil adalah atas bantuan pembesar Johor sendiri
kerana yakin Raja Kecil adalah pewaris sultan.
Pada tahun 1719, cubaan merampas semula kuasa oleh Sultan Abdul Jalil IV
dan anaknya Raja Sulaiman dan Tun Abas, yang berkubu di Seluyut gagal. Sultan
Abdul Jalil IV lari ke Kuala Pahang. Raja Kecil telah berpindah ke Riau dan mentadbir
Johor dari Riau. Sultan Abdul Jalil IV berpindah dari Kuala Pahang ke Kuala
Terengganu dan pada tahun 1720 balik semula ke Kuala Pahang. Raja Kecil telah
menitahkan Laksamana Nakhoda Sekam ke Kuala Pahang membunuh Sultan Abdul
Jalil IV. Raja Sulaiman dan Tun Abas dibawa ke Riau tetapi Raja Sulaiman dan Tun
Abas tidak mahu tunduk kepada Raja Kecil dan berpakat dengan Bugis Lima
Bersaudara dan berjaya mengalahkan Raja Kecil dan menghalau beliau balik ke Siak.
Selain itu, timbul juga masalah lain iaitu pembunuhan Sultan Mahmud II oleh Seri
Rama di Johor ini. Pada hari Jumaat, Ogos 1699, Sultan Mahmud Shah II mangkat
dalam usia 24 tahun, dipercayai ditikam oleh Megat Seri Rama ketika Sultan Mahmud.
Pada hari kejadian, Sultan Mahmud Syah II bersama pembesar telah berangkat ke
masjid untuk bersembahyang. Sultan telah diiring oleh pengawal-pengawal istana.
Ketika azan pertama berkumandang di udara, Sultan Mahmud II terkejut melihat
Laksamana berdiri sambil menghalang lalu lintas baginda. Laksamana berkata "Raja
adil raja disembah! Raja zalim raja disanggah!". Sepantas kilat, laksamana terus
menikam Sultan dengan kasarnya.
Akhirnya baginda Sultan Mahmud Syah II lebih dikenali sebagai "Marhum Mangkat Di
Julang" atau "Marhum Kota Tinggi". Baginda dimakamkan di Kota Tinggi.