TUGAS TERSTRUKTUR BIOKIMIA

KELOMPOK 3
“ASAM NUKLEAT”

Disusun oleh :

Ditta Novitasari (192016083)

Elsa Meilani (192016084)

Inka Sarah Nurbuwati (192016085)

Jilan Ghina Ayu LHS (192016086)

Khoirotul Fajriyah (192016087)

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN ANNASHER

CIREBON

TAHUN 2019
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadiran Tuhan Yang Maha Esa, yang telah memberikan kemudahan bagi
kami penyusun untuk dapat menyelesaikan tugas ini tepat waktu. Makalah ini merupakan
tugas dari mata kuliah Biokimia tentang “ ASAM NUKLEAT” , yang mana dengan tugas
ini kami sebagai mahasiswa dapat mengetahui lebih jauh dari materi yang diberikan
dosen pengampu.

Makalah ini tidak luput dari kesalahan. Kami sangat mengharapkan kritik dan saran untuk
memperbaiki kesalahan yang ada. Kami mengucapkan terima kasih kepada dosen
pengampu yang telah mengarahkan atau mengajarkan kami tentang mata kuliah “ASAM
NUKLEAT” ini dan telah memberikan arahan serta bimbingannya selama kami
mengikuti mata kuliah tersebut.

Cirebon,27 Oktober 2020

Penulis,

ii
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Asam nukleat merupakan makromolekul yang tersusun dari polimer nukleotida.
Terdapat dua jenis asam nukleat, yaitu DNA (Asam Deoksiribonukleat) dan RNA
(Asam Ribonukleat). RNA mirip dengan DNA secara kimiawi, hanya saja RNA
mengandung gula ribosa sebagai pengganti deoksiribosa dan mengandung basa
bernitrogen urasil sebagai pengganti timin. Selain itu, molekul RNA biasanya terdiri
atas satu untai tunggal. Sintesis asam nukleat meliputi Replikasi (pada DNA) dan
Transkripsi (pada RNA). Kedua proses baik replikasi DNA dan transkripsi RNA
memiliki perbedaan pada organisme prokariotik dan eukariotik. Terdapat proses
reparasi DNA jika mengalami kerusakan khususnya ketika proses sintesis sedang
berlangsung.
Tubuh manusia tersusun atas berbagai macam senyawa organik salah satunya
adalah apa yang kita kenal sebagai Asam Nukleat. Asam Nukleat terdapat didalam
inti sel, hal ini mengindikasikan pentingnya Asam Nukleat dalam menopang seluruh
proses kehidupan dalam tubuh. Dalam kenyataannya, memang kode genetik yang
tesimpan dalam rantaian DNA digunakan untuk membuat protein,kapan, dimana dan
seberapa banyak.Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan
informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena
tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida
mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen
atau basa nukleotida (basa N). Friedrich!iescher adalah orang yang mengawali
pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868 dilaboratorium Hoppey
Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka,
kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini diperoleh
inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim
pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap
inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam.
kemudian zat ini dinamakan“nuclein”sekarang dikenal dengan nama nucleoprotein.
Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah satu senyawa
pembentuk sel dan jaringan normal.
1.2 Rumusan Masalah
1. Apa pengertian asam nukleat?
2. Apa Komponen asam nukleat?
3. Jelaskan mekanisme sintesis nukleotida?
4. Jelaskan mekanisme sintesis asam nukleat?
1.3 Tujuan
1. Untuk mengetahui pengertian asam nukleat
2. Untuk mengetahui komponen asam nukleat
3. Untuk mengetahui mekanisme nukleotida
4. Untuk mengetahui sintesis asam nukleat

3
 BAB II
KOMPONEN PENYUSUN ASAM NUKLEAT
Komponen utama asam nukleat ialah fosfor, basa dengan gula dan asam nukleat
disesuaikan pada jenis gula yang dikandungnya. Terdapat 2 jenis gula yang sering
dikenakan yakni ribose dengan deoksiribosa.

 Fosfor sendiri merupakan suatu zat yang bisa memudar, sebab mengalami proses
fosforesens dan fosfor berupa berbagai jenis loga transisi.
 Basa ialah suatu senyawa kimia yang dapat menyerap ion hidronium yang terlarut
dalam air dan basa terbagi menjadi dua yaitu basa kuat dengan basa lemah.
 Gula ialah suatu karbohidrat yang sangat sederhana yang menjadi sumber energi
dan gula bisa digunakan untuk berbagai kebutuhan.

Jenis – Jenis Asam Nukleat

1. Asam Deoksiribosa nukleat (DNA)

Asam Deoksiribosa nukleat merupakan asam nukleat yang molekulnya terbentuk

dari 2 untai polinukelotida atau yang dikenal dengan istilah untai ganda atau double
helix. Pada tiap-tiap polinukleutida dari DNA tersusun atas nukletida yang
disambungkan dengan ikatan phospodiester. Setiap nukleotida dari DNA
mengandung 3 komponen penting yaitu:

 Basa heterosiklik Purin dan Pirimidin. Purin sendiri tersusun atas basa nitrogen
adenine dan guanin, sementara Pirimidin tersusun dari basa nitrogen timin dan
sitosin.
 Gugus fosfat
 Gula pentosa deoksiribosa (deoxyribose)

Sebab adanya gugus gula pentosa deoksribosa inilah maka asam nukleat jenis
dinamai dengan Deoxyribonucleic acid (DNA) atau Asam Deksiribosa Nukleat
(ADN).

2. Asam Ribosa nukleat (RNA)

Asam Ribosa nukleat ialah asam nukleat yang tersusun atas molekul yang
merupakan hasil instruksi DNA yang disintesis melalui mekanisme transkripsi DNA
untuk kemudian dikirim keluar dari inti sel masuk ke dalam sitoplasma. Molekul
RNA merupakan untai tunggal polinukleutida atau yang disebut single stranded.
Dimana nukleotida penyusun RNA terdiri dari beberapa komponen penting yang
nyaris sama dengan yang ada pada DNA, yaitu:

 Basa heterosiklik Purin dan Pirimidin. Namun pada pirimidin, basa nitrogen yang
menjadi penyusunnya adalah urasil dan sitosin.
 Sementara pada Purin, basa nitrogen penyusunnya ialah Adenine dan Guanin.
 Gugus fosfat
 Gula pentosa Ribosa sehingga di sebut sebagai Ribonucleic acid(RNA)

4
 BAB III

SINTESIS ASAM NUKLEAT

Sintesis asam nukleat meliputi Replikasi (pada DNA) dan Transkripsi (pada
RNA).Kedua proses baik replikasi DNA dan transkripsi RNA memiliki perbedaan pada
organisme prokariotik dan eukariotik. Terdapat proses reparasi DNA jika mengalami
kerusakan khususnya ketika proses sintesis sedang berlangsung.
I. ReplikasiDN
Replikasi DNA adalah proses dimana seluruh DNA untaian ganda
didupllikasi untuk menghasilkan DNA untaian ganda kedua yang
identik. Proses replikasi DNA dimulai pada lokasi tertentu di dalam
molekul DNA yang disebut dengan the origin of replication site.
Replikasi DNA sangat penting agar DNA kita tidak termutasi,
dimana DNA menyimpan seluruh informasi genetik untuk aktivitas
sel, sehingga memberi sifat pada suatu organisme. Pada proses
replikasi terdapat pos-pos pengecekan, sehingga jika ada kode yang
salah tercetak, dapat langsung dikenali dan langsung diperbaiki.
Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan bagaimana proses
replikasi DNA ini terjadi.

1. Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah,
berfungsi sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini
mempertahankan molekul dari DNA lama dan membuat molekul
DNAbaru.

2. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai
baru disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai
DNA lama. Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-
masing mengandung satu rantai cetakan molekul DNA lama dan satu
rantai baru hasilsintesis.3.

3. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama
digunakan sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena
itu, hasil akhirnya diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar
pada rantai DNA lama dan baru. Replikasi ini menghasilkan dua molekul
DNA lama dan DNA baru yang saling berselang-seling pada setiapuntai.

5
 Gambar 1. Teori
Replikasi DNA

Proses replikasi pertama kali di mulai pada tahapan inisiasi. Pada tahapan ini
enzim Helikase memutus ikatan kimia yang paling lemah yaitu ikatan hydrogen
diantara basa komplementer (Gambar 2). Hasil pemutusan ikatan hydrogen ini
menghasilkan dua DNA dengan rantai tunggal. Mekanisme replikasi pada kedua rantai
yang telah dipisahkan tersebut adalah sama atau idientik. Masing-masing rantai untaian
tunggal atau rantai polinukleotida tersebut akan menjadi rantai dasar (template) untuk
membentuk dua untai rantai DNA baru. Disaat helicase memisahkan untaian rantai
DNA, masing-masing rantai DNA bereaksi dengan single-strand binding protein agar
masing-masing rantai tersebut menjadi stabil.

Gambar 2. Enzim Helikase memutus ikatan antar nukleotida

6
 Tahapan berikutnya adalah menempelnya RNA primer pada the origin of
replication site dari untaian tunggal dengan bantuan enzim Primase (Gambar 3). Hal ini
dikarenakan enzim DNA polimerase hanya dapat menambahkan nukleotida DNA baru
ke rantai yang sudah ada nukleotida, sehingga diperlukannya RNA primer untuk
meletakan nukleotida sebagai permulaan. RNA primer tersebut terdiri dari sedikit RNA
nukleotida secaraberurutan.

Gambar 3. Menempelnya RNA primer

Setelah RNA primer menepati the origin of replication site, DNA polimerase
III dapat menambahkan nukleotida (Gambar 4). Pada tahapan ini
dimulailah proses konstruksi rantai komplementer yang baru. Proses
kontruksi ini meliputi basa-basanya akan berikatan dengan basa- basa
yang ada di dalam rantai dasar (template), yang berdasarkan aturan
Chargaff, akan berpasangan hanya dengan basa lain yang merupakan

pasangannya. Kedua rantai komplementer dari molekul DNA

terorientasi pada arah yang berlawanan dan DNA polimerase hanya

7
dapat mereplikasi dalam satu arah, (hanya bekerja dari ujung 5’ ke
ujung 3’) sehingga muncul dua mekanisme duplikasi dari rantai DNA.

Gambar 4. DNA polymerase III menambahkan nukleotida

Salah satu rantai direplikasi secara kontinu seiring dengan proses pemisahan
untaian rantai DNA, sementara itu rantai yang lainnya tereplikasi secara diskontinu
dalam arah yang berlawanan dengan dibentuknya sepotong segmen DNA yang disebut
dengan fragmen Okazaki (Gambar 5). Dalam setiap fragmen okazaki mengandung
RNA primer yang terseparasi.

8
 Gambar 5. Replikasi berlangsung berlawanan arah di setiap
nukleotida
Selanjutnya fragmen ozaki tersebut akan terisi oleh nuklotida dari DNA

polymerase III. Setelah itu RNA primer yang telah terpasangkan pada tahapan awal
digantikan dengan DNA nukleotida yang benar. Pergantian ini dilakukan oleh DNA
polimerase I (Gambar 6). Kemudian, DNA ligase menyematkan fosfat kedalam
segmen yang belum lengkap (Gambar 7). Pada proses replikasi secara kontinu rantai
yang dihasilkan disebut leading strain. Sedangkan pada proses replikasi yang terjadi
secara diskontinu, dihasilkan rantai yang disebut dengan lagging strain.
Proses ini terjadi berulang ribuan kali untuk menciptakan duamolekul DNA yang
persis sama dengan molekul DNA asal.

Gambar 6. RNA primer digantikan dengan DNA nukleotida

9
 Gambar 7. Enzim ligase menambungkan antar fragmen

I. Perbedaan Replikasi pada Prokariotik dan Eukariotik

Perbedaan antara replikasi DNA prokariotik dan eukariotik sebagian besar

terkait dengan kontras dalam ukuran dan kompleksitas DNA dan sel-sel dari organisme
ini. Sel eukariotik rata- rata memiliki 25 kali lebih banyak DNA dari sel prokariotik.
Pada sel prokariotik, hanya ada satu titik asal yang disebut Ori, replikasi terjadi dalam
dua arah berlawanan pada saat yang sama, dan berlangsung dalam sitoplasma sel. Sel
eukariotik di sisi lain, memiliki beberapa tempat asal, dan menggunakan replikasi
searah dalam inti sel (Gambar8).
Sel prokariotik memiliki satu atau dua jenis polimerase, sedangkan eukariota
memiliki empat atau lebih. Replikasi juga terjadi pada tingkat yang jauh lebih cepat
dalam sel prokariotik, dibandingkan pada eukariota. Beberapa bakteri mengambil
hanya 40 menit, sementara sel-sel hewan seperti manusia bisa memakan waktu hingga
400 jam. Seperti pada E. coli yang memiliki 4,6 juta pasangan basa dalam kromosom
sirkuler tunggal dan semua itu akan direplikasi di sekitar 42 menit, mulai dari asal
tunggal dari replikasi dan melanjutkan sekitar lingkaran di kedua arah. Pada proses
replikasi tersebut jarang sekali terjadi kesalahan. Hal ini dikarenakan genom pada
prokariot lebih sederhana daripada eukariot.

Gambar 8. Tempat replikasi pada sel prokariotik dan sel eukariotik

Eukariota juga memiliki proses yang berbeda untuk mereplikasi telomere pada
ujung kromosom mereka. Dengan kromosom melingkar mereka, prokariota tidak
memiliki ujung untuk mensintesis. Terakhir, replikasi pendek dalam prokariota terjadi
hampir terus-menerus saat pembelahan sel, tetapi sel eukariotik hanya mengalami

10
replikasi DNA selama S-fase (sintesis) dari siklus sel.

Gambar 9. Replikasi DNA pada prokariotik dan eukariotik

II. TranskripsiRNA

Transkripsi adalah proses dimana DNA dalam sel dalam tubuh manusia akan
diubah menjadi asam ribonukleat (RNA) dalam rangka menciptakan gen dan
memproduksi protein. Transkripsi adalah sintesis RNA dibawah arahan DNA. DNA
dalam sel menyediakan transkrip, atau cetak biru, yang menentukan urutan nukleotida
yang bergabung bersama-sama untuk membuat RNA.
Transkripsi diawali dengan membukanya rantai ganda DNA melalui kerja enzim
RNA polimerase. Sebuah rantai tunggal berfungsi sebagai rantai cetakan atau rantai
sense, rantai yang lain dari pasangan DNA ini disebut rantai anti sense. Tidak seperti
halnya pada replikasi yang terjadi pada semua DNA, transkripsi ini hanya terjadi pada
segmen DNA yang mengandung kelompok gen tertentu saja. Oleh karena itu,
nukleotida-nukleotida pada rantai sense yang akan ditranskripsi menjadi molekul RNA
dikenal sebagai unit transkripsi. Transkripsi meliputi 3 tahapan, yaitu tahapan inisiasi,
elongasi, dan terminasi.

11
 Gambar 10. Tahapan transkripsi RNA

a. Inisiasi ( pengenalan )

Jika pada proses replikasi dikenal daerah pangkal replikasi, pada transkripsi ini dikenal
promoter, yaitu daerah DNA sebagai tempat melekatnya RNA polimerase untuk memulai
transkripsi. RNA polymerase melekat atau berikatan dengan promoter, setelah promoter
berikatan dengan kumpulan protein yang disebut faktor transkripsi. Kumpulan antara
promoter, RNA polimerase, dan faktor transkripsi ini disebut kompleks inisiasi
transkripsi. Selanjutnya, RNA polymerase membuka rantai ganda DNA.

b. Elongasi ( pemanjangan )

Gambar 12. Tahap Elongasi Transkripsi RNA

12
 Setelah membuka pilinan rantai ganda DNA, RNA polimerase ini kemudian
menyusun untaian nukleotida-nukleotida RNA dengan arah 5´ ke 3´. Pada tahap
elongasi ini, RNA mengalami pertumbuhan memanjang seiring dengan
pembentukan pasangan basa nitrogen DNA. Pembentukan RNA analog dengan
pembentukan pasangan basa nitrogen padareplikasi. Pada RNA tidak terdapat basa
pirimidin timin (T), melainkan urasil (U). Oleh karena itu, RNA akan membentuk
pasangan basa urasil dengan adenin pada rantai DNA. Tiga macam basa yang lain,
yaitu adenin, guanin, dan sitosin dari DNA akan berpasangan dengan basa
komplemennya masing-masing sesuai dengan pengaturan pemasangan
basa. Adenin berpasangan dengan urasil dan guanin dengansitosin.

c. Terminasi ( berhenti atau kodon stop )

Penyusunan untaian nukleotida RNA yang telah dimulai dari daerah promoter
berakhir di daerah terminator. Setelah transkripsi selesai, rantai DNA menyatu kembali
seperti semula dan RNA polymerase segera terlepas dari DNA. Akhirnya, RNA terlepas
dan terbentuklah mRNA yang baru. Pada sel prokariotik, RNA hasil transkripsi dari
DNA, langsung berperan sebagai mRNA. Sementara itu, RNA hasil transkripsi gen
pengkode protein pada sel eukariotik, akan menjadi mRNA yang fungsional (aktif) setelah
melalui proses tertentu terlebih dahulu. Dengan demikian, pada rantai tunggal mRNA
terdapat beberapa urut-urutan basa nitrogen yang merupakan komplemen (pasangan)
dari pesan genetik (urutan basa nitrogen) DNA. Setiap tiga macam urutan basa nitrogen
pada nukleotida mRNA hasil transkripsi ini disebut sebagai triplet atau kodon.
Inisiasi transkripsi berikutnya tidak harus menunggu selesainya tahapan
transkripsi sebelumnya. Hal ini dikarenakan, ketika RNA polimerase telah melakukan
pemanjangan 50 hingga 60 nukleotida, promoter dapat mengikat RNA polimerase
yang lain. Pada gen-gen yang ditranskripsi dengan cepat re-inisiasi transkripsi dapat
terjadi berulang-ulang sehingga gen tersebut akan terselubungi oleh sejumlah molekul
RNA dengan tingkat penyelesaian yang berbeda-beda.

13
 III. Perbedaan Proses Transkripsi pada Sel Prokariotik dan Sel Eukariotik

Transkripsi Sel Prokariotik

Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya struktur operon. Operon adalah
organisasi dari beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu promotor. Misal
operon lac, pada metabolisme laktosa pada bakteri E.coli. Pada waktu ditranskripsi
operon lac akan menghasilkan satu mRNA yang membawa kode-kode genetik untuk
polipeptida berbeda yang disebut dengan mRNA polisistronik.
Operon lac mempunyai 3 gen struktural yaitu lac Z, lac Y dan lac A. Masing-
masing dari gen tersebut memiliki kodon permulaan dan kodon akhir yang berbeda.
Namun, ekspresinya tetap dikendalikan oleh operon yg sama. Pada saat transkripsi
hasilnya 1 mRNA yg dibawa oleh kodon- kodon untuk 3 macam polipeptida yg
berbeda. Pada akhirnya akan membentuk 3 polipeptida yang independen.
Ciri utama gen struktural pada prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi
(ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu
TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino. Jadi, pada sel
prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaeatertentu.
Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di
daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan
dengan eukariot). Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir
secara serentak, artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dapat
dimulai.
Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer
dengan cetakannya. Misalnya urutan ATG pada DNA, maka hasil transkripsinya
adalah UAC. Molekul DNA yang ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang
berperan sebagai cetakan, hanya salah satu untaiannya. Tahapan transkripsi pada
prokariot meliputi :
1. Inisiasi transkripsi (terbentuk gelembungtranskripsi).
2. Pemanjangan
3. Terminasi (tergantung faktorrho)

Transkripsi Sel Eukariotik

Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme
pada prokariot. Proses transkripsi diawali oleh proses penempelan faktor-faktor
transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pada daerah promoter. RNA
Polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter,
melainkan melalui perantaraan protein-protein lain, yang disebut sebagai faktor
transkripsi (Trancription Factor = TF).
Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serentak.
Transkripsi berlangsung di dalam nukleus, sedangkan translasi berlangsung di dalam
sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan
translasi, yang disebut sebagai fase pasca-transkripsi. Pada fase ini, terjadi proses:
1. Pemotoongan dan penyambunganRNA.
2. Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung3’mRNA).
3. Penambahan tudung pada ujung 5’mRNA.
4. PenyuntinganmRNA.
Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang
mengkode suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yang tidak mengkode urutan
spesifik (intron). Di dalam nucleus terjadi pematangan atau pemasakan mRNA, yaitu

14
 dengan jalan melepaskan segme- segmen intron dan merangkaikan segmen-segmen
ekson. Gabungan segmen-segmen ekson membentuk membentuk satu rantai atau utas
mRNA yang mengandung sejumlah kodon untuk penyusunan polipeptida. Rantai
mRNA ini dikenal dengan sistron.

V. Translasi

Sintesis RNA
Ada 3 tipe RNA yang berkaitan dengan sintesis protein. Messenger RNA
(mRNA) membawa pesan/perintah dari inti sel (DNA) ke sitoplasma. Ribosomal RNA
(rRNA) dan transfer RNA (tRNA) tergabung dalam proses perangkaian asam amino
untuk memproduksi protein. Proses ini disebut juga translation (penterjemahan). Ketiga
RNA tersebut berupa asam-asam nukleat dan juga membentuk nukleotida-nukleotida.
Struktur Messenger RNA (mRNA) adalah jenis RNA beruntai tunggal (single strand)
membawa informasi yang digunakan untuk mensintesis protein. Nama messenger RNA
diusulkan oleh Jacob dan Monod (1961). Molekul dari mRNA adalah untai tunggal
seperti molekul rRNA dan komposisi dasar dari mRNA sama dengan DNA sehingga isi
GC mRNA sesuai dengan isi GC dari total genom yang ada, perkecualian untuk basa
nitrogen purin dimana pada DNA basa purin terdiri dari sitosin (C) dan timin (T)
sedangkan pada mRNA terdiri dari sitosin (C) dan urasil (U).

Translasi adalah proses penerjemah urutan nucleotida yang ada pada molekul mRNA
menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein.
Hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA tidak ditranslasi.
Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang menyusun suatu gen
dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka). Molekul rRNA adalah
salah satu molekul penyusun ribosom, yakni organel tempat berlangsungnya sintesis
protein, tRNA adalah pembawa asam-asam amino yang akan disambungkan menjadi
rantai polipeptida. Dalam proses translasi, rangkaian nukleotida pada mRNA akan
dibaca tiap tiga nukleotida sebagai satu kodon untuk satu asam amino, dan pembacaan
dimulai dari urutan kodon metionin (ATG pada DNA atau AUG pada RNA).

Kodon (kode genetik)

Kodon (kode genetik) adalah urutan nukleotida yang terdiri atas 3 nukleotida yanq
berurutan sehingga sering disebut sebagai triplet codon, yang menyandi suatu kodon
asam amino tertentu, misalnya urutan ATG (AUG pada mRNA) mengkode asam amino
metionin, Kodon inisiasi translasi merupakan kodon untuk asam amino metionin yang
mengawali struktur suatu polipeptida (protein). Pada prokaryot, asam amino awal tidak
berupa metionin tetapi formil metionin (fMet). Ada beberapa aspek yang perlu
diketahui mengenai kode genetik, yaitu:

• Kode genetik bersifat tidak saling tumpang-tindih (non-overlappind kecuali pada kasus
tertentu, misalnya pada bakteriofag

• Tidak ada sela (gap) di antara kodon satu dengan kodon yang lain.

• Tidak ada koma di antara kodon.

• Kodon bersifat degenerotea, buktinya ada beberapa asam amino yang mempunyai

15
lebih dari satu kodon.

• Secara umum, kodon bersifat hampir universal karena pada beberapa organel jasad
tinggi ada beberapa kodon yang berbeda dari kodon yang digunakan pada sitoplasma.

• Dalam proses translasi, setiap kodon berpasangan dengan antikodon yang sesuai yang
terdapat pada molekul tRNA.

• Sebagai contoh, kodon metionin (AUG) mempunyai komplemennya dalam bentuk

antikodon UAC yang terdapat pada tRNAMet

• Pada waktu tRNA yang membawa asam amino diikat ke dalam sisi A pada ribosom,
maka bagian antikodonnya berpasangan dengan kodon yang sesuai yang ada pada sisi A
tersebut.

• Oleh karena itu, suatu kodon akan menentukan asam amino yang disambungkan
kedalam polipeptida yang sedang disintesis di dalam ribosom .

• Proses Translasi

Dalam proses translasi, setiap kodon berpasangan dengan antikodon yang sesuai yang
terdapat pada molekul tRNA. Sebagai contoh, kodon metionin (AUG) mempunyai
komplemennya dalam bentuk antikodon UAC yang terdapat pada tRNAMet. Pada
waktu tRNA yang membawa asam amino diikat ke dalam sisi A pada ribosom, maka
bagian antikodonnya berpasangan dengan kodon yang sesuai yang ada pada sisi A
tersebut. Oleh karena itu, suatu kodon akan menentukan asam amino yang
disambungkan kedalam polipeptida yang sedang disintesis di dalam ribosom.
Sebelum inisiasi translasi di lakukan, diperlukan molekul tRNA (aminoasil tRNA) yang
berfungsi membawa asam amino spesifik.

✓. Inisiasi translasi (eukariyot) :

•Kodon inisiasi adalah metionin

• Molekul tRNA
inisiator
disebut sebagai tRNAi
Met.

•Ribosom
bersama-sama

16
dengan tRNAi Met dapat menemukan kodon awal dengan cara berikatan dengan ujung
5′ (tudung), kemudian melakukan pelarikan (scanning) transkrip ke arah hilir (dengan
arah 5′  3′) sampai menemukan kodon awal (AUG).

• Menurut model scanning tersebut, ribosom memulai translasi pada waktu menjumpai
sekuens AUG yang pertama kali.
Meskipun demikian, penelitian pada 699 mRNA eukaryot menunjukkan bahwa sekitar
5-0% AUG yang pertama bukanlah kodon inisiasi.

• Pada kasus semacam ini, ribosom akan melewati satu atau dua AUG sebelum
melakukan inisiasi translasi.

• Sekuens AUG yang dikenali sebagai kodon inisiasi adalah sekuens yang terletak pada
sekuens konsensus CCRCCAUGG (R adalah purin: A atau G).

• Pengenalan sekuens AUG sebagai kodon inisiasi banyak ditentukan oleh tRNAi Met.

• Perubahan antikodon pada tRNAi Met menyebabkan dikenalinya kodon lain

✓. Elongasi (Pemanjangan polipeptida)

• Proses pemanjangan
polipeptida
disebut sebagai
proses elongation
yang secara umum
mempunyai
mekanisme
yang serupa pada
prokaryot dan eukaryot.

• Proses pemanjangan terjadi dalam tiga tahapan, yaitu: (1) pengikatan aminoasil-tRNA
pada sisi A yang ada di ribosom,( 2) pemindahan rantai polipeptida yang tumbuh dari
tRNA yang ada pada sisi P ke arah sisi A dengan membentuk ikatan peptida, dan (3)
translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang ada di sisi A. Di
dalam kompleks ribosom, molekul fMet- tRNAi Met menempati sisi P (peptidil).

17
Sisi yang lain pada ribosom, yaitu sisi A (aminoasil), masih kosong pada saat awal
sintesis protein.

• Molekul tRNA pertama tersebut (fMet- tRNAi Met ) berikatan dengan kodon AUG
(atau GUG) pada mRNA melalui antikodon-nya.

• Tahap selanjutnya adalah penyisipan aminoasil-tRNA pada sisi A. Macam tRNA (serta
asam amino yang dibawa) yang masuk pada sisi A tersebut tergantung pada kodon yang
terletak pada sisi A.

• Penyisipan aminoasil-tRNA yang masuk ke posisi A tersebut dilakukan oleh suatu

protein yang disebut faktor pemanjangan Tu (elongotion factor Tu, EF-Tu).

✓. Terminasi

• Translasi akan
berakhir pada
waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi (UAA,UGA, UAG) yang ada pada mRNA
mencapai posisi A pada ribosom.

• Dalam keadaan normal tidak ada aminoasil-tRNA yang membawa asam amino sesuai
dengan ketiga kodon tersebut.

• Oleh karena itu, jika ribosom mencapai salah satu dari ketiga kodon terminasit ersebut,
maka proses translasi berakhir

• Translasi pada prokariota dan eukariota

Walaupun mekanisme dasar transkripsi dan translasi serupa untuk prokariota dan
eukariota, terdapat suatu perbedaan dalam aliran informasi genetik di dalam sel tersebut.
[2] Karena bakteri tidak memiliki nukleus (inti sel), DNA-nya tidak tersegregasi dari
ribosom dan perlengkapan pensintesis protein lainnya.[2] Transkripsi dan translasi
dipasangkan dengan ribosom menempel pada ujung depan molekul mRNA sewaktu
transkripsi masih terus berlangsung.[2] Pengikatan ribosom ke mRNA membutuhkan
situs yang spesifik.[3] Sebaliknya, dalam sel eukariot selubung nukleus atau membran
inti memisahkan transkripsi dari translasi dalam ruang dan waktu.[2] Transkripsi terjadi
di dalam inti sel dan mRNA dikirim ke sitoplasma tempat translasi terjadi.

18
 BAB IV

MEKANISME SINTESIS NUKLEOTIDA

Nukleotida adalah senyawa organik yang berperan sebagai monomer penyusun

polimer asam nukleat — asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA) —
keduanya adalah biomolekul penting yang menyusun makhluk hidup di bumi. Nukleotida
adalah blok pembangun asam nukleat. Nukleotida tersusun dari tiga subunit — gugus
basa nitrogen heterosiklik (basa nukleotida), gula pentosa (ribosa atau deoksiribosa) dan
setidaknya satu gugus fosfat.

Nukleosida adalah senyawa yang tersusun dari gugus basa nitrogen heterosiklik dan
gula pentosa. Karena itu, nukleotida adalah tersusun dari nukleosida dan gugus fosfat.
Nukleotida mempunyai peran penting dalam metabolisme di tingkat dasar dan selular.
Nukleotida mengandung energi kimia dalam bentuk nukleotida trifosfat (adenosin
trifosfat — ATP, guanosin trifosfat — GTP, sitosin trifosfat — CTG dan urasil trifosfat
— UTP). Paket energi ini tersebar di sel sel badan manusia dan menyediakan energi
untuk fungsi metabolisme seperti: sintesis asam amino, protein, membran sel dan organel,
menggerakkan sel dan organel (intraselular dan ekstraselular), pembelahan sel melalui
mitosis dan meiosis.

Selain itu, nukleotida juga berpartisipasi dalam transduksi sinyal seluler (melalui
siklik guanosin monofosfat — cGMP dan siklik adenosin monofosfat —cAMP).
Nukleotida adalah salah satu subunit untuk beberapa kofaktor, seperti CoA, FAD, FMN,
NAD, dan NADP⁺. Dalam sel, kofaktor ini memainkan peran penting dalam fiksasi
energi (misalnya fotosintesis), metabolisme, dan transduksi sinyal seluler. Dalam
eksperimental biokimia, nukleotida bisa bereaksi dengan radionuklida untuk membentuk
radionukleotida. Proses ini dinamakan radiolabel dan sangat penting untung
mengeksplorasi mekanisme reaksi kimia.

Nukleotida dapat disintesis in vitro atau in vivo.

In vitro, gugus pelindung bisa dipakai dalam produksi nukleotida di laboratorium.

Nukleosida yang dimurnikan kemudian dilindungi untuk membentuk fosforamidit, yang
selanjutnya digunakan untuk membentuk analog yang tidak ditemukan di bumi atau
digunakan untuk oligonukleotida sintesisasi.

In vivo, nukleotida bisa disintesis de novo atau didaur ulang melalui jalur reaksi
penyelamatan. Komponen yang digunakan dalam sintesis nukleotida de novo berasal dari
prekursor biosintetik dari metabolisme karbohidrat dan asam amino, dan dari amonia dan
karbon dioksida. Hati adalah organ penting yang melakukan sintesis de novo untuk
semua nukleotida. Sintesis de novo untuk basa pirimidina dan purina melalui dua jalur
yang berbeda. Pirimidina disintesis pertama dari aspartat dan karbamoil fosfat di dalam
sitoplasma, membentuk struktur prekursor cincin umum asam orotik. Gugus ribosil yang
difosforilasi kemudian digabungkan dengan struktur asam orotik tersebut, melalui ikatan
kovalen. Purina disintesis pertama dari templat gula dimana sintesis ring dilakukan.
Sintesis nukleotida pirimidina dan purina dijalankan oleh beberapa enzim di sitoplasma,

19
bukan di dalam organel tertentu. Nukleotida mengalami penguraian dan bagian-bagian
berguna bisa digunakan kembali dalam reaksi sintesis untuk membuat nukleotida baru.

Sintesis Nukleotida Pirimidina

Sintesis UMP — Skema warna: enzim, koenzim, nama substrat, ion logam, molekul
anorganik

Sintesis pirimidina CTP dan UTP dilakukan di sitoplasma dan dimulai dengan
pembentukan karbamoil fosfat dari glutamina dan karbon dioksida, Selanjutnya, enzim
aspartat karbamoil fosfat transferase mengkatalisis reaksi kondensasi antara aspartat dan
karbamoil fosfat untuk membentuk asam karbamoil aspartik, yang kemudian disiklisasi
menjadi 4,5-asam dihidrotik dengan bantuan enzim dihidroorotase. 4,5-asam dihidrotik
dikonversi menjadi orotat oleh enzim dihidroorotate oksidase. Reaksi ini adalah :

(S)-Dihydroorotate + O2 → Orotate + H2O2

Selanjutnya, orotat digabung dengan gugus ribosil yang telah difosforilasi, melalui
ikatan kovalen. Ikatan kovalen antara ribosa dan pirimidina berada di posisi karbon 1
(C1) di gugus ribosa, yang mengandung satu pirofosfat, dan posisi nitrogen 1 (N1), di
cincin pirimidina. Orotate fosforibosyl transferase (PRPP transferase) mengkatalisasi
reaksi yang menghasilkan orotidina monofosfat (OMP):

Orotate + 5-Phospho-α-D-ribose 1-diphosphate (PRPP) → Orotidine 5'-phosphate +

Pyrophosphate

Orotidina 5'-monofosfat kemudian dekarboksilasi oleh orotidina-5'-fosfat

dekarboksilase untuk membentuk uridina monofosfat (UMP). PRPP transferase
mengkatalisasi reaksi ribosilasi dan dekarboksilasi, membentuk UMP dari asam orotik
dalam kandungan PRPP. Nukleotida pirimidina lain diturunkan dari UMP. Kemudian,
UMP difosforilasi oleh dua enzim kinase untuk membentuk uridina trifosfat (UTP)
melalui dua reaksi berurutan dengan ATP. Pertama, difosfat membentuk UDP itu

20
diproduksi, dan kemudian difosforilasi menjadi UTP. Kedua reaksi memakai ATP untuk
energi melalui hidrolisis ATP:

ATP + UMP → ADP + UDP

UDP + ATP → UTP + ADP

Selanjutnya, CTP dibentuk oleh reaksi aminasi UTP melalui aktivitas katalisasi dari
enzim CTP sintetase. Glutamina adalah donor NH3 dan reaksi tersebut memakai energi
melalui hidrolisis ATP.

UTP + Glutamine + ATP + H2O → CTP + ADP + Pi

Sitidina monofosfat (CMP) berasal dari sitidina trifosfat (CTP) melalui kehilangan dua
gugus fosfat.

Sintesis nukleotida purina

Atom yang digunakan untuk membangun nukleotida purina berasal dari berbagai

Sumber:

Sintesis de novo untuk nukleotida purina dijalankan dengan prekursors yang

dimasukkan ke dalam cincin purina melalui jalur 10 langkah ke senyawa perantara IMP,
nukleotida dari basa hipoksantin. AMP dan GMP selanjutnya disintesis dari senyawa
prenantara ini melalui jalur terpisah dua langkah. Karena itu, gugus purin pada awalnya
terbentuk sebagai bagian dari ribonukleotida, dan bukan sebagai basa bebas.

Enam enzim terlibat dalam reaksi sintesis IMP. Di antara enzim itu, tiga enzim
mempunyai peran multifungsi:

GART (reaksi 2, 3 dan 5)

PAICS (reaksi 6 dan 7)

21
ATIC (reaksi 9 dan 10)

Jalur reaksi termulai dengan pembentukan PRPP. PRPS1 adalah enzim yang
mengaktifkan R5P, yang dibentuk oleh jalur pentosa fosfat, menjadi PRPP yang dibuat
reaksi dengan ATP. Reaksi ini tidak biasa karena gugus pirofosforil ditransfer langsung
dari ATP ke C1 dari R5P, dan senyawa yang terbentuk mempunyai konfigurasi α di C1.

Reaksi ini juga berbagi dengan jalur sintesis asam amino Trp, His dan nukleotida
pirimidina. Reaksi ini sangat diatur karena reaksi ini berada di dalam metabolisme utama
dan memakai banyak energi.

Dalam reaksi pertama yang unik hanya untuk sintesis nukleotida purina, PPAT
mengkatalisis perpindahan gugus pirofosfat (PPi) dari PRPP melalui gugus nitrogen
amida disumbangkan oleh glutamina (N), glisina (N dan C), asam aspartat (N), asam folat
(C1) atau karbon dioksida. Ini adalah langkah berkomitmen dalam sintesis purina. Reaksi
ini terjadi dengan inversi konfigurasi di ribosa C1, yang kemudian membentuk β-5-
fosforibosilamine (5-PRA) dan meneguhkan bentuk anomerik nukleotida mendatang.

Selanjutnya, glisina dimasukkan dengan energi dari hidrolisis ATP dan gugus
karboksil membuat ikatan amina dengan NH2 dari sebelumnya. Satu-karbon unit dari
koenzim asam folat N10-formyl-THF kemudia ditambahkan ke gugus amina dari glisina
yang disubtitusi, diikuti dengan penutupan cinicin imidazole. Kemudian, gugus NH2
kedua ditransfer dari glutamina ke karbon pertama dari gugus glisina. Karboksilasi satu-
karbon unit kedua dari gugus glisina ditambahkan secara bersama. Gugus karbon baru ini
kemudian dimodifikasi dengan menambahkan gugus NH2 ketiga, kali ini ditransfer dari
residu aspartat. Akhirnya, satu-karbon unit kedua dari formil THF ditambahkan ke gugu
nitrogen dan cincin itu ditutupkan secara kovalen untuk membentuk gugus prekursor
purina umum inosin monofosfat (IMP).

Inosin monofosfat dikonversi ke adenosin monofosfat melalui dua langkah. Pertama,

hidrolisis GTP menyediakan energi untuk menambahkan aspartat ke IMP oleh enzim
adenilosuccinate sintase, menggantikan oksigen karbonil dengan nitrogen dan
membentuk senyawa perantara adenilosuccinate. Kemudia, fumarat dibelah untuk
membentuk adenosin monofosfat. Langkah ini dikatalisis oleh enzim adenilosuccinate
liase.

Inosin monofosfate dikonversi ke guanosin monofosfate melalui reaksi oksidasi IMP

membentuk xantilat, diikuti dengan penyisipan gugus amina di C2. NAD+ adalah
akseptor elektron di reaksi oksidasi ini. Transfer gugus amida didorong oleh energi dari
hidrolisis ATP.

Degradasi Purina dan PirimidinaSunting

Dalam tubuh manusia, cincin pirimidina (C,T, U) dapat didegradasi sepenuhnya

menjadi karbon dioksida, CO2 dan NH3 (ekskresi urea). Cincin purina (G, A) tidak bisa
didegradasi melalui jalur yang sama. Cincin purina didegradasi menjadi asam urat yang
selanjutnya dikeluarkan dari tubuh. Asam urat terbentuk ketika GMP dibelah menjadi
basa guanina dan ribosa. Guanina dideaminasi menjadi xantin, yang selanjutnya

22
dioksidasi menjadi asam urat. Reaksi terakhir ini permanen. Demikian pula, asam urat
bisa dibentuk ketika AMP dideaminasi untuk membentuk IMP, yang menjadi sumber
gugus ribosa yang dikeluarkan untuk membentuk hipoksantin. Hipoksantin dioksidasi
menjadi xantin dan selanjutnya menjadi asam urat. Guanina dan IMP bisa digunakan
untuk daur ulang untuk reaksi sintesis asam nukleat di dalam kandungan PRPP dan
aspartat (sebagai donor NH3).

BAB V

Kesimpulan

Asam Nukleat merupakan senyawa majemuk yang dibuat dari banyak nukleotida.
Nukleotida mengandung 3 komponen utama yaitu gula pentosa, gugus fosfat dan basa
nitrogen. Terdapat dua jenis asam nukleat yaitu Deoxyribo Nucleid Acid (DNA) dan Ribo
Nucleid Acid (RNA). DNA tersebut dapat melakukan proses sintesis DNA ( replikasi
DNA ). Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi
DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Sedangkan RNA dapat melakukan sintesis yang
tahap pembentukannya ada di dalam tahap sintesis protein yaitu tahap transkripsi.
Transkripsi RNA teridiri atas Inisiasi, elongasi dan terminasi

23
Sintesis asam nukleat yang merupakan sintesis DNA dan RNA memilki beberapa
perbedaan yang terjadi pada sel eukariotik dan prokariotik. Pada replikasi DNA
perbedaan dapat dilihat dari waktu berlangsungnya, kecepatan replikasi,, ukuran dan
kompleksibilitas DNA. Sedangkan pada transkripsi RNA perbedaan dapat diliat dari
tempat pelaksanaan transkripsi nya dengan translasi serta RNA polymerase yang
digunakan.Kesimpulan
Sintesis RNA biasanya dikatalisis oleh enzim DNA-RNA polimerase menggunakan
sebagai template, sebuah proses yang dikenal sebagai transkripsi. Inisiasi transkripsi
dimulai dengan pengikatan enzim ke urutan promotor dalam DNA (biasanya ditemukan
“upstream” dari gen). Sintesis DNA disini dimaksud adalah replikasi DNA yaitu proses
perbanyakan bahan genetic. Pengkopian rangkaian molekul bahan genetik( DNA atau
RNA) sehingga dihasilkan molekul anakan yang sangat identik. Transkripsi adalah
proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada urutan DNA meniadi molekul
RNA. Transkripsi adalah proses yang mengawali ekspresi sifat-sifat genetik yang
nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan nukleotida pada salah satu untaian
molekul RNA digunakan sebagai cetakan (template) untuk sintesis molekul RNA yang
komptementer. Translasi adalah proses penerjemah urutan nucleotida yang ada pada
molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida
atau protein. Hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA tidak
ditranslasi. Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang menyusun
suatu gen dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka). Molekul
rRNA adalah salah satu molekul penyusun ribosom, yakni organel tempat
berlangsungnya sintesis protein, tRNA adalah pembawa asam-asam amino yang akan
disambungkan menjadi rantai polipeptida.

DAFTAR PUSTAKA

Anonim. 2012. Sintesis Protein dan Kode Genetik.http://www.biologi-

sel.com/2012/06/sintesis-protein-dan-kode-genetik.html
Aqila, Larasati. 2014. Perbedaan Replikasi DNA di Prokariota dan Eukariota.
http://hikmat.web.id/biologi-kelas-xii/perbedaan-replikasi-dna-di-
prokariota-dan-eukariota/.
Sridainti. 2014. Tiga Model Replikasi DNA.http://www.sridianti.com/tiga-model-
replikasi-dna.html.
The Mc Graw-Hill Companies. 2007. DNA Replication Fork. http://highered.mcgraw-
hill.com/olcweb/cgi/pluginpop.cgi?
it=swf::535::535::/sites/dl/free/0072437316/120076/micro04
.swf::DNA%20Replication%20Fork.
Warianti, C. 2011. Rekombinasi Genetik.

24
 http://skp.unair.ac.id/repository/Guru-
Indonesia/RekombinasiGenetik_ChaidarWarianto_23.pdf.
Campbell, Neil A, & Reece, Jane B. (2008). Biologi Jilid 1 Ed. 8. Jakarta:
Erlangga.
Mader, S.S. (1998). Biology. 6th Edition. New York: The McGraw-Hill
Companies.

Raven & Johnson. (1996). Biology. Fourth Edition. New York:

WBC/McGraw-Hill Companies, Inc.

25