Teknologi TCM dan Xpert

®
Assay: Xpert MTB/RIF
 GX-infinity

GX-16
GX-2

GX-1 GX-4

2
 Mendifinisikan diagnostik molekuler

Any Test The GeneXpert

Family of Systems
Any Time
Any Sample
Any Place
GeneXpert®
Modulepe
GeneXpert ®
r
Cartridge
SmartCycler®
SmartCycler® Tube
System
ICORE®
Module

3 © Cepheid – Confidential.
 Memberikan yang lebih baik

Delivering a Better Way to Realize the Benefits of Molecular Diagnostics

AKURAT CEPAT MUDAH

Hasil Jawaban Penggunaan
4 © Cepheid – Confidential.
Komponen Sistem TCM
• Modul TCM

• Sistem Komputer:
• Pranti lunak
• Skaner barkode

• Katrid

• Aksesoris yang
direkomendasikan:
• UPS
• Printer
 Modul TCM
Plunger Motor Plunger rod
PCR Slot
Motherboard

I-CORE

Cartridge inserter

Valve Drive Motor

Ultrasonic Horn

Valve drive wedge

Ultrasonic horn
 Katrid TCM
GeneXpert® Cartridge

Penutup (Lid); hanya boleh dibuka dan

ditutup sekali saat akan memasukkan sampel

Proses thermal dan

Kolom pemrosesan deteksi optik

Tabung untuk amplifikasi

Kolom mengandung reagents,
primers, probes, dapar dan
ekstrak sampel Valve body

Kaki (Foot); sebagai Mengatur aliran fluida(cairan) diantara

dudukan katrid kolom-kolom berbeda dan kolom PCR
1
 Cartridge TCM

• Katrid terdiri dari 11 ruang

• Masing-masing ruang berfungsi
untuk preparasi sampel dan
penyimpanan reagen basah &
kering
• Sampel dimasukkan pada ruang
nomor 3
Teknik Pemeriksaan Pada TCM
 Teknologi TCM
• Teknik real-time PCR dengan pembacaan fluoresensi
• Tanpa perpindahan cairan antara cartridge dengan instrumen
(Closed System)
• Teknologi ultrasonic horn untuk melisiskan membran sel bakteri
• Sistem internal kontrol yang terintegrasi di dalam cartridge
(Tidak membutuhkan eksternal positif maupun negatif kontrol
terpisah)
• Smart fluidics - Aliran cairan diarahkan oleh katup mikro –
sehingga sejumlah mikro komponen bereaksi
• Reduksi data dan interpretasi hasil otomatis
 Alur Proses Katrid TCM
Ekstraksi DNA
dengan cara
melisiskan sel
Filter secara ultrasonik Elusi DNA
menangkap bercampur
sample dan dengan dried-
down bead
SPC reagents

Terjadi proses
Sample amplifikasi PCR
bergabung dan pendeteksian
dengan SPC

Masukkan sampel Hasil

yang telah diperoleh
ditreatment, dalam kurun
kemudian masukkan
cartridge ke dalam
waktu ±2 jam
instrument
Video Katrid TCM
 Xpert Assay:
Xpert® MTB/RIF
 Penggunaan:
• Xpert MTB/RIF berfungsi untuk mendeteksi keberadaan dari
kompleks DNA dan resistensi (kekebalan) bakteri M. tuberculosis
(MTB) terhadap pengobatan menggunakan Rifampisin.

• Secara lebih spesifik lagi, Xpert MTB/RIF mendeteksi gen rpoB (dan
mutasi yang terjadi, apabila ditemukan) yang berhubungan dengan
resistensi bakteri MTB terhadap Rifampisin.

• Xpert MTB/RIF merupakan tes in vitro Diagnostik dengan hasil semi kuantitatif

• sampel dahak dan dahak dengan induksi

• Xpert MTB/RIF menggunakan
• Xpert MTB/RIF hanya digunakan untuk diagnosa pasien terduga TB (bukan
untuk monitoring pasien)
 Reaksi: Real–Time Polymerase Chain
This slide may be considered optional for trainings of basic users
DNA Target
• Amplifikasi DNA target secara
simultan dengan PCR, dan deteksi PCR
DNA target diamplifikasi dan dilabel
dengan probe berfluoresensi
• Produk akumulasi dipantau dan diukur
dengan mendeteksi hasil fluoresensi
• Probe yang digunakan dalam teknologi
Xpert disebut "Molecular Beacons“
• Lebih dari satu target bisa diamplifikasi Fluorescence
dan dideteksi (multipleks)
• Setiap target dilabel dengan pewarna Detection
berbeda
 Assay Xpert ® MTB/RIF Molecular Beacon

Molecular beacon adalah segmen pendek dari DNA

beruntai tunggal yang terdiri dari:

Target specific
sequence

Stem

Fluorescent
dye Quencher
 Assay Xpert ® MTB/RIF Molecular Beacon

Molecular Beacon

Target

Fluorescence No Fluorescence
⚫No Target = No Fluorescence
 Mekanisme molekuler resistensi
terhadap rifampisin
▪ Mutasi pada gen rpoB yang menyandi β-subunit RNA
polimerase: Mencegah pengikatan rifampisin ke RNA
polimerase, sintesis protein dan membunuh bakteri

▪ 95% dari semua hasil resisten terhadap rifampisin

disebabkan oleh mutasi pada gen rpoB dan 5% mutasi
di luar gen.

▪ > 90% mutasi pada gen rpoB terletak di 81 daerah

pasang basa (kodon 507 - 533)
 Deteksi mutasi pada gen rpoB oleh
Xpert MTB / RIF

• 5 - Probes berikatan dengan wild type (tidak

berikatan dengan DNA mutant)
• 1 - Probe untuk SPC (Bacillus globigii)
• 6 - fluorescent dyes terdeteksi secara bersamaan
 Algoritma Deteksi TB
Probe Check Control
No Result
Test terhenti

Pass Fail
Jika >2 probe positif
Deteksi Probe Jika <2 probe positif atau ΔCT>2
dan ΔCT<2 antara
ABCDE antara semua probe yang terdeteksi
kedua probe tersebut

SPC
Jika semua probe Jika salah satu probe tidak
terdeteksi dan ΔCT<4 terdeteksi atau ΔCT>4
antara semua probe antara 2 probe Pass/positive No Value

MTB not Invalid

Riff resistance not Detected
29
Detected
TERIMA KASIH