REGULASI EKSPRESI GEN PADA PROKARIOTIK

Resume Ke - 18
disusun untuk memenuhi tugas matakuliah Genetika Lanjutyang dibimbing oleh
Prof. Dr. agr. H. Mohamad Amin, S.Pd., M.Si.

Oleh
Offering G
Maria Angelina Genere Koban (200342857002)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
NOVEMBER 2020

ISI RESUME
Induksi Dan Represi Pada Prokariotik

Produksi gen tertentu, seperti molekul tRNA, molekul rRNA, protein ribosom,
komponen RNA polymerase (polipeptida), dan enzim yang mengkatalisis proses metabolisme
yang sering disebut sebagai fungsi ''housekipping ’’, merupakan komponen penting dari
hampir semua sel hidup. Gen yang menentukan produk jenis ini terus diekspresikan di
sebagian besar sel disebut dengan constitutive gene. Produk gen yang dibutuhkan untuk
pertumbuhan sel hanya pada kondisi lingkungan tertentu. Proses sintesis dengan
menggunakan energi yang bisa digunakan untuk pertumbuhan dan reproduksi yang lebih
cepat di bawah kondisi lingkungan yang ada.
Escherichia coli dan bakteri lainnya mampu tumbuh dengan menggunakan salah satu
dari beberapa karbohidrat (contoh glukosa, sukrosa, galaktosa arabinosa, laktosa) sebagai
sumber energi. Jika terdapat glukosa di lingkungan, baik untuk metabolism pada sel E. coli.
Dengan tidak adanya glukosa, sel E. coli tetap dapat tumbuh dengan karbohidrat. Sel-sel
tersebut tumbuh di dalam medium yang mengandung gula laktosa, sebagai contoh karbon
tunggal sebagai sintesis kedua enzim, β-galaktosidase dan β-galaktosida permease, yang
dibutuhkan secara khusus untuk katabolisme dari laktosa. (enzim ketiga yaitu β-galaktosida
transacetylase, berperan dalam sintesis. Namun tidak berfungsi dalam metabolic). β-
galaktosidase memecah lactose menjadi glukosa dan galaktosa dan β-galaktosida
permeasememompa β-galaktosida kedalam sel. Kedua enzim ini tidak berguna bagi E.
colibila dilingkungan tidak tersedia laktosa. Sintesis dari kedua enzim ini, tentu
membutuhkan pemanfaatan energi yang cukup besar (dari ATP dan GTP). Dengan demikian,
sel E. coli telah mengembangkan mekanisme pengaturan dimana sintesis enzim katabolase
laktosa ini dihidupkan dengan adanya laktosa dan dimatikan dalam ketidakhadirannya.

Gambar 1. Induction (a) and repression (b) sintesis enzim pada bakteri.
Induksi adalah karakteristik jalur katabolik (degralatif). Represi merupakan ciri khas jalur
biosintesis anabolik. Berdasarkan gambar diatas, (a) induksi enzim sintesis yang diperlukan
untuk pemanfaatan gula laktosa sebagai sumber energi di E. coli ilustrasi. Dengan tidak
adanya laktosa di lingkungan sel E. coli hanya mensintesis enzim dalam jumlah laktosa.
Ketika sel-sel tersebut dipindahkan ke lingkungan yang mengandung laktosa pada sumber
karbon tunggal (yang terjadi pada waktu yang ditunjukkan oleh tanda panah yang diberi
laktosa ditambahkan), sintesis enzim yang dibutuhkan untuk metabolisme laktosa cepat
diinduksi (dinyalakan). sintesis enzim repression yang dibutuhkan untuk biosintesis triptofan
pada sel E. coli yang diilustrasikan. Saat triptofan tidak ada di lingkungan. Sel E. coli
mensintesis enzim yang dibutuhkan untuk biosintesis triptofan. jika tryptophan ditambahkan
ke lingkungan sel tersebut (mis., pada waktu yang ditunjukkan oleh tanda panah bertanda
tryptophan ditambahkan). Sintesis enzim biosintesis triptofan ditekan dengan cepat
dimatikan. Kinetika yang ditampilkan hanya perkiraan.
Enzyme yang mengandung komponen anabolic (biosintetik) berpasangan dengan jalur
repression (are repressible) hampir sama seperti induksi yang terjadi tingkat transkripsi.
Repression sebaiknya tidak tercampur dengan feedback inhibition, yang mana ikatan dari
sebuah produk akhir pada enzyme pertama dalam jalur biosintetik menghambat aktivitas dari
enzyme (namun tidak mempengaruhi pada proses sintesisnya).

The Operon Model

Induksi dan repression dari gen ekspresi diselesaikan pada mekanisme yang sama.
Mekanisme ini ditemukan pertama kali pada tahun 1961 ketika F. Jacob and J. Monod, kedua
pada tahun 1965 oleh Nobel, mengusulkan ‘’Operon Model’’ yang menjelaskan tentang
regulasi dari gen encoding, enzyme utamanya dari pemanfaatan laktosa di dalam sel E. coli.
Jacob dan Monob mengusulkan bahwa transkripsi satu atau sebuah set dari struktur gen
saling berdekatan (gen coding untuk polypeptides) adalah regulasi dari 2 elemen control. Satu
dari elemen tersebut disebut repressor, dengan kondisi yang tepat, repressor mengikat elemen
kedua yang disebut dengan operator atau operator sequence.
Represor akan mengikat operator dan mengubah transkripsi gen struktural dalam
operon ditentukan oleh ada atau tidak adanya molekul efektor (molekul kecil seperti asam
amino dan gula) yang ada di lingkungan. Dalam sebuah kasus operon dapat diinduksi,
molekul efektor ini disebut inducer. Inducer yang aktif pada operon yang represif disebut
co-repressor. Molekul efektor ini (induser co-repressor) bertindak dengan mengikat (atau dari
sebuah kompleks dengan) represor. Perbedaan antara operon yang dapat diinduksi dan
operon repressible (tidak dapat diinduksi) adalah represor telanjang atau kompleks molekul
efektor represor aktif dalam mengikat operator.
(1) Dalam kasus operon yang dapat diinduksi, represor bebas berikatan dengan operator,
mematikan transkripsi. Ketika molekul efektor (induser) saat ini, ia mengikat
represor, melepaskan represor dari operator, yaitu repressor-inducer yang kompleks
tidak dapat mengikat operator. Dengan demikian penambahan menginduksi
transkripsi gen struktural di operon.
(2) Dalam kasus operon yang represif, situasinya kebalikan dari situasi yang pertama.
Represor bebas tidak bisa mengikat operator. Hanya represor-molekul efektor
(co-repressor) yang aktif mengikat ke operator. Dengan demikian, transkripsi gen
struktural dalam operon repressible dihidupkan tanpa adanya dan dimatikan dengan
adanya molekul efektor (co-repressor). Kecuali perbedaan dalam perilaku pengikat
operator operon represor, inducible dan repressible ini sebanding.
Berikut ini akan disajikan gambar peraturan ekspresi gen oleh mekanisme operon

(a) Komponen operon: satu atau lebih gen struktural (tiga, SG1, SG2, dan SG3, diperlihatkan) dan
urutan operator (O) dan promotor (P) yang berdampingan. Satu operator dan satu promotor
diperlihatkan; Namun, beberapa operon memiliki banyak operator dan promotor. Transkripsi gen
regulator (R) diprakarsai oleh RNA polimerase, yang mengikat promotornya (PR). Ketika represor
terikat pada operator, secara steril mencegah RNA polimerase untuk memulai transkripsi gen
struktural.Perbedaan antara operon yang dapat diinduksi
Gambar (c) adalah represor bebas berikatan dengan operator operon yang dapat diinduksi, sedangkan molekul
represor / efektor kompleks mengikat operator operon yang dapat ditindas. . Dengan demikian, operon yang
dapat diinduksi dimatikan tanpa adanya molekul e fforor (inducer), dan operon yang tidak bereaksi dihidupkan
tanpa adanya molekul efektor (co-represoror).

Transkrip mRNA tunggal membawa informasi pengkodean dari keseluruhan operon.

Dengan demikian, mRNA operon yang terdiri lebih dari pada gen struktural bersifat
poligenik. Misalnya mRNA operan triptofan dari E.coli adalah makromolekul besar yang
membawa urutan pengkodean yang menentukan lima polipeptida yang berbeda. Karena co-
transcription mereka, semua gen struktural dalam operon dinyatakan secara terkoordinasi.
Karena produk dari gen pengatur, represor, bertindak dengan mematikan transkripsi
gen stuktural, model operon, seperti yang semula diusulkan oleh jacob dan monod, disebut
sebagai sistem kontrol negatif. Pada sistem kontrol positif, produk gen regulator perlu
menyalakan transkripsi.
Lac, Operon yang Bisa Diinduksi
Jacob dan monod mengusulkan model operon sebagian besar sebagai hasil studi
mereka terhadap operon lac E. coli. Lebih banyak yang diketahui tentang operon lac daripada
operon lainnya. Operon lac berisi promotor, dan operator, dan tiga gen struktural, z, y, dan a,
pengkodean untuk enzim β-galaktosidase, β-galaktosida permease, dan β-galaktosida
transacetylase.
Gen regulator lac, yang disebut gen i, kode untuk represor yang panjangnya 360 asam
amino. Yang aktif dari represor lac, adalah tetramer yang mengandung empat salinan produk
gen i. Dengan tidak adanya induser, represor berikatan dengan urutan operator lac, mencegah
polimerase RNA mengikat ke promotor dan mentranskripsikan gen structural. Beberapa
molekul z, y, dan a produk gen disintesis dalam keadaan tidak diinduksi, memberikan tingkat
aktivitas enzim latar belakang yang rendah. Namun, aktivitas ini penting untuk induksi
operon lac, karena induser operon, allolactose berasal dari laktosa dalam reaksi yang
dikatalisis oleh β-galaktosidase. Setelah terbentuk, allolactose mengikat represor,
menyebabkannya dilepaskan dari operator, dengan melakukan hal itu, menginduksi
transkripsi z, y, dan agen structural.

Gambar 2. operon lac dari E. coli sebuah operon yang dapat diinduksi.

Berdasarkan gambar diatas diketahui bahwa Operon lac terdiri dari 3 gen structural, z, y, dan
a, ditambah daerah promoter (P) dan operator (O) yang bersebelahan gen z. Gen regulator (i)
bersebelahan dengan operon dalam kasus lac. gen regulator operon lain sering berada pada
jarak yang cukup jauh dari operon. (Perhatikan bahwa gen regulator biasanya tidak dianggap
sebagai bagian dari operon yang tepat, yang terdiri dari gen struktural ditambah promotor dan
operatornya).Gen regulator memiliki promotor sendiri (P (i)). angka di bawah berbagai gen
menunjukkan perkiraan panjang pasangan nukleotida. Urutan nukleotida untuk(P (i)), P, dan
O diketahui. Dengan allolactose turunan yang terbentuk dari laktosa dengan adanya β-
galaktosidase, bertindak sebagai induser. Dengan demikian, induktor lacdihasilkan oleh
sejumlah kecil β-galaktosidase dan permasida β-galaktosida yang hadir dalam sel yang tidak
diinduksi.
Gen lac i, operator dan promotor semuanya pada awalnya diidentifikasi secara genetis
oleh isolasi mutasi dalam unit genetik yang membuatnya tidak berfungsi. Mutasi dalam gen i
dan operator sering menghasilkan sintesis konstitutif enzim pengaktif laktosa. Mutasi ini
masing-masing dilambangkan dengan i- dan oc. Mutasi i- dan ockontinu dapat dibedakan tidak
hanya oleh posisi peta, tetapi juga oleh perilaku mereka di merchagine F 'di mana mereka
berada di cis- dan trans-konfigurasi relatif terhadap mutasi pada gen struktural lac.
Mutasi promoter tidak mengubah inducibility lac opeorn, sebaliknya mereka
memodifikasi tingkat ekspresi gen dalam keadaan yang diinduksi dan tidak diinduksi dengan
transkripsi (yaitu efisiensi pengikatan polimer RNA). Promoter lac sebenarnya adalah
komponen distrik (1) situs pengikatan RNA polimerase dan (2) tempat pengikatan untuk
protein lain, yang disebut protein aktivasi katabolit (CAP), yang berfungsi agar operon lac
tidak menuliskan dengan adanya glukosa pada Konsentrasi cukup untuk menunjang
pertumbuhan optimal. Rangkaian kontrol kedua ini memastikan pemanfaatan glukosa sebagai
sumber energi saat tersedia.

trp, Repressible Operon

Operan trp (tryptophan) dari E. coli mungkin adalah operon repressibel yang paling
terkenal. Pengorganisasian lima gen struktural dan urutan peraturan yang berdekatan dari
operon trp telah dianalisis secara rinci oleh Charles yanofsky dan rekannya. c trp operon
represor adalah produk trpR gen yang tidak terkait erat dengan operon trp. Tidak adanya
triptofan (co-represoror), RNA polimerase berikatan dengan daerah promotor dan menuliskan
gen structral operon. Dengan adanya triptofan, kompresor co-represoror / represor mengikat
ke wilayah operator dan mencegah pengikatan polimerase RNA ke promotor. Urutan operator
operon trp terletak seluruhnya di dalam wilayah promoter.
 Laju transkrip operon trp pada keadaan derepressed (tidak ada triptofan) adalah 70
kali laju yang terjadi pada keadaan tertekan (adanya triptofan). Pada mutan trpR yang tidak
dapat membuat represor, laju sintesis enzim biosintesis triptofan, produk gen struktural
operon trp masih berkurang sekitar 10 kali lipat dengan penambahan triptofan ke medium.
Pengurangan ini disebabkan oleh tingkat kedua regulasi ekspresi operon trp yang disebut
atenuasi. Atenuasi terjadi dengan penghentian transkripsi tryptophan transkripsi di wilayah
trpL (mRNA leader) dari operon.

Gambar 4. pengorganisasian operkon triptofan (trp) E. coli

Berdasarkan gambar diatas diketahui bahwa operon mengandung lima gen struktural yang
mengkodekan enzim yang terlibat dalam biosintesis triptofan seperti yang ditunjukkan di
bagian bawah. Gen trpR, yang mengkode trp represoror, tidak terkait erat dengan operon trp
(atas). operator (o) wilayah operon trp terletak seluruhnya di dalam daerah promoter primitif
(p1). Ada juga promotor lemah (p2), pada ujung distal operator gen trpD, yang menghasilkan
tingkat basal transkripsi yang agak meningkat dari gen trpC, B dan A. Ada urutan pemutusan
twotranscription (t dan t') downsteram frpm trpA.wilayah trpl menentukan urutan pemimpin
mRNA 162-nukleotida yang panjang, mengandung atenuator (a) daerah yang menyediakan
kontrol tingkat kedua dari ekspresi operon trp. Promotor p1 secara akseptif memanjang
sekitar 18 pasang nukleotida menjadi trpl. Panjang masing-masing gen atau daerah diberikan
pada pasangan nukleotida, jarak intergenik diberikan pada pasangan nukleotida di bawah
urutan gen. Singkatan yang digunakan adalah: PRA = phosphoribosyl anthranilate, CDRP =
carboxyphenylamino-deoxyribulose phosphate, InGP = indole-gliserol fosfat.
Kontrol Positive dari lac Operon oleh CAP dan siklus AMP
Model operon yang dikemukan oleh jacob dan monod untuk menjelaskan induksi
biosintesis enzim yang terlibat dalam pemanfaatan laktosa saat glukosa ditambahkan ke
media di mana sel E. coli tumbuh. Keberadaan glukosa, diketahui untuk mencegah induksi
operon lac, serta operon lain yang mengendalikan enzim yang terlibat dalam katabolisme
karbohidrat (misalnya operon arabinosa dan glukosa). Fenomena ini, yang disebut represi
katabolit (atau efek glukosa), telah berevolusi untuk memastikan bahwa glukosa di
metabolisme saat ini, dibandingkan dengan sumber energi lain yang kurang efisien. CAP
dikenal berfungsi sebagai dimer, sehingga seperti represor lac multimeric dalam keadaan
fungsinya.
Diketahui bahwa hanya kompleks CAP-cAMP yang mengikat promotor lac. Dengan
tidak adanya CAMP, CAP tidak mengikat CAMP ini bertindak sebagai molekul efektor, yang
menentukan efek CAP pada transkripsi lac operon. Konsentrasi cAMP intraseluler sensitif
terhadap adanya atau tidak adanya glukosa. Konsentrasi tinggi glukosa menyebabkan
penurunan tajam pada konsentrasi intraseluler cAMP. Enzim yang mengkatalisis
pembentukan cAMP dari ATP. Dengan tidak adanya (atau di hadapan konsentrasi rendah)
cAMP, CAP tidak dapat mengikat promotor lac operon. Pada gilirannya, RNA polimerase
tidak dapat mengikat secara efisien ke promotor lac tanpa adanya CAP. Hasil keseluruhan
dari kontrol positif transkripsi operon lac oleh kompleks CAP-cAMP adalah bahwa dengan
adanya transkripsi glukosa, lac operon tidak pernah melebihi tingkat yang diinduksi yang
tidak diketahui dengan tidak adanya glukosa. Urutan pasangan molekul lengkap dari wilayah
peraturan lac operon (urutan promotor dan operator) sekarang diketahui. Melaui studi urutan
nukleotida komparatif promoter dan opertor mutan dan wild type (plus in vitro CAP-cAMP,
RNA polimerase, dan teknik pengikatan represif) dapat mengetahu sifat interaksi asam amino
protein-nuclei.

Gambar 5. urutan organisasi dan nukleotida wilayah operator promotor operon lac. promotor terdiri
dari dua komponen: (1) situs yang mengikat protein aktivator katabolisasi (disingkat CAP)
- siklik AMP atau cAMP) kompleks dan (2) situs pengikatan RNA polimerase.
Regulasi kompleks operon ara
Operaon lain dari E. coli seperti operon araabinosa (ara) menunjukkan patokan
peraturan yang jauh lebih kompleks. Dalam operon lac dan trp, produk dari gen regulator,
represor, berfungsi dengan cara yang negatif, mematikan transkripsi operon. Di sisi lain,
protein aktivator katabolisme (CAP) memberikan kontrol positif terhadap operon lac dengan
merangsang transkripsi operon. Protein pengatur utama dari operon ara menunjukkan efek
regulasi negatif dan positif pada transkripsi gen struktural operon tergantung pada kondisi
lingkungan. Selain itu, komponen peraturan yang mengendalikan transkripsi operon ara
mencakup satu elemen yang bertindak karena lebih dari 200 pasangan nukleotida dari
promotor yang membantu mengendalikannya.
Operon E. coli arabinosa (ara) mengandung tiga gen struktural (araB, araA dan araD)
yang mengkodekan tiga enzim yang terlibat dalam katabolisme arabinosa. Ketiga gen ini
ditransversikan pada mRNA tunggal yang dimulai pada promotor yang disebut PBAD.
(Transport aktif arabinosa ke dalam sel dilakukan dengan produk gen arE, araB dan araG.
Protein pengatur utama dari operon ara (protein araC) diperoleh dari transkrip yang dimulai
pada promotor yang disebut Pc. Promotor Pc hanya sedikit di atas 100 pasang nukleotida dari
Pbad, namun kedua promotor memprakarsai transkripsi dalam arah yang berlawanan. Protein
araC bertindak sebagai regulator negatif (resresor) transkripsi gen struktural araB, araA, dan
araD dari promotor Pbad saat arabinose dan CAMP hadir.Dengan demikian, tergantung pada
ada tidaknya molekul efektor arabinosa dan CAMP, produk gen pengatur araC dapat
memberikan efek positif atau negatif pada transkripsi gen struktural araB, araA, dan araD.
Karena operon ara tunduk pada represi katabolit seperti operon lac dan dengan demikian
mengendalikan positif CAP dan CAMP, induksi operon ara bergantung pada efek regulasi
positif dari dua protein, protein araC dan CAP (Protein penggerak catabolite pengikatan
CAMP). Situs pengikat untuk kedua protein ini dan untuk RNA polimerase semuanya
nampak terletak di wilayah operon ara yang secara historis disebut araI (I untuk induksi),
terletak di antara tiga gen struktural operon dan gen regulator (araC)
Dengan jelas, regulasi transkripsi operon ara E.coli jauh lebih kompleks daripada
regulasi transkripsi operon lac dari bakteri ini. Akan menarik untuk menentukan apakah
mekanisme pembentukan loop ini biasanya ditaati dalam regulasi transkripsi operon lain
dalam prokariota atau gen pada eukariota.
Represi Dosis Lambda Selama Lysogeny
Dalam percobaan di mana daerah operator dan promotor dari fag lambda berurutan,
masing-masing operator secara tak terduga ditemukan mengandung tiga tempat pengikatan
represor dengan urutan 17 pasang nukleotida yang sama namun tidak identik. Setiap situs
pengikatan represor memiliki simetri dua bagian parsial di sekitar pasangan dasar pusat.
Interaksi lambda represor dengan urutan DNA OLPL dan ORPR baik menjelaskan
bagaimana gen lambda profag diselenggarakan dalam keadaan tertekan. Mekanisme yang
bertanggung jawab atas keputusan antara pengembangan litik dan perkembangan lisisme
setelah infeksi sel E.coli dengan fag lambda jauh lebih kompleks, melibatkan interaksi antara
beberapa gen peraturan lambda lainnya.

PENGENDALIAN OPERON trp OLEH ATTENUASI

Represi dan derepresi dapat mengubah tingkat ekspresi gen struktural operon trp
sekitar 70 kali lipat. Ada tingkat kedua peraturan ekspresi operon trp. Tingkat regulasi trk
operon kedua ini disebut atenuasi, dan urutan dalam trpL yang mengendalikan fenomena ini
disebut attenuator.Atenuasi terjadi dengan kontrol penghentian transkripsi di sebuah lokasi di
dekat akhir urutan pemimpin mRNA. Penghentian transkrip trp operon "prematur" ini terjadi
hanya dengan adanya tRNAtrp triptofan dan menghasilkan transkrip urutan panjang 140-
nukleotida.
Daerah atenuator memiliki urutan nukleotida yang pada dasarnya sama dengan sinyal
terminasi transkripsi yang ditemukan di ujung kebanyakan operon bakteri. Sinyal
penghentian ini mengandung GC kaya palin-drome diikuti oleh beberapa AT pasangan basa.
Transkripsi sinyal penghentian ini menghasilkan RNA yang baru lahir dengan potensi dari
struktur "hairpin" berikat hidrogen yang diikuti oleh beberapa benda U. Ketika sebuah
transkrip yang baru lahir dari struktur jepit rambut ini, diyakini menyebabkan perubahan
konformasi pada penghambat RNA terkait, yang mengakibatkan penghentian transkripsi
sebagai berikut,Lebih lemah ikatan hidrogen [(A U)n] Daerah pasangan basis DNA-RNA.
Urutan nukleotida dari attenuator oleh karena itu menjelaskan adalah kemampuan untuk
menghentikan transkripsi trp operon secara prematur.
Dua kodon trp diposisikan sedemikian rupa sehingga dengan tidak adanya triptofan
(dan dengan demikian tidak adanya Trp-tRNAtrp), ribosom akan terhenti sebelum
menemukan struktur berpasangan yang dibentuk oleh urutan pemimpin 74-85 dan 10-119.
Pasangan ini menghalangi pembentukan jepitan terminasi transkripsi. Dengan demikian,
dengan tidak adanya triptofan, transkripsi akan berlanjut melewati atenuator ke gen trpE.
Dengan adanya triptofan, ribosom dapat menerjemahkan kodon Trp ke kodon
terminator peptida pemimpin. Dalam prosesnya, akan mengelompokkan pasangan dasar
antara urutan pemimpin 74-85 dan 108-119. Hingga pada akhirnya membebaskan urutan 114-
121, yang memungkinkannya memasangkan pasangan dengan urutan 126-134 dan dari
jepitan rambut transkripsi-terminator. Dengan demikian, di hadapan triptofan, transkripsi
sering berakhir pada atenuator, mengurangi jumlah mRNA untuk gen struktural trp.
Transkrip operon trp dapat diatur pada kisaran hampir 700 kali lipat oleh efek gabungan dari
represi (sampai 70 kali lipat) dan redaman (hingga 10 kali lipat). Pengaturan transkripsi
dengan atenuasi tidak terlepas dari operon trp. Enam operon (trp, tbr, ilv, leu, phe, dan his)
diketahui diatur oleh atenuasi, dari ini, trp dan mungkin juga diatur oleh represi.his operon

INHIBISI FEEDBACK DAN ENZYM ALLOSTERIK

Mekanisme yang menggambarkan transkripsi gen bakteri yang mengkode enzim
dalam jalur biosintesis ditekan saat produk akhir jalur berada dalam medium di mana sel
tumbuh. Penyesuaian kedua metabolisme yang cepat terjadi pada tingkat aktivitas enzim.
Adanya konsentrasi yang cukup dari produk akhir (seperti histidin atau triptofan) dari jalur
biosintesis akan mengakibatkan penghambatan enzim pertama di jalur. Fenomena ini disebut
inhibisi umpan balik penghambatan .
Penghambatan umpan balik-enzim sensitif telah terbukti memiliki situs pengikatan
produk akhir (atau situs) di samping situs pengikatan substrat (atau situs). Dalam kasus
beberapa enzim multimerik, produk akhir atau situs pengikat pengatur berada pada subunit
berbeda (polipeptida) daripada pada substrat. Setelah mengikat produk akhir, enzim tersebut
mengalami perubahan konformasi yang disebut transisi allosteric dan dapat mengurangi
afinitas terhadap substrat. Protein yang mengalami perubahan konformen disebut protein
alosterik.

PERBEDAAN SIFAT GENE EXPRESSION SELAMA INFEKSI FAG

Regresi ekspresi gen selama siklus hidup litik bakteriofag cukup berbeda dari
karakteristik saklar on-off reversibel dari operns bakteri. Sebagai gantinya, gen virus
diekspresikan dalam urutan yang diprogram secara genetis, mungkin serupa dengan urutan
ekspresi gen terprogram yang dipaparkan dalam diferensiasi pada organ yang lebih tinggi.
Meskipun virus bakteri yang berbeda menunjukkan variasi mekanisme spesifik yang terlibat.
Satu set gen fag, biasanya disebut gen "awal", segera diungkapkan setelah infeksi. Produk
dari satu atau lebih gen "awal" bertanggung jawab untuk mematikan ekspresi gen "awal" dan
mengaktifkan ekspresi gen berikutnya, dan seterusnya.dua sampai empat set gen, tergantung
pada virus, secara karakteristik peraturan ekspresi gen berurutan selama infeksi fag terjadi
terutama pada tingkat transkripsi.
 Pada tiga virus bakteri yang paling banyak dipelajari - foli E.coli T4 dan T7 dan
Bacillus subtilis phage SP01 - ekspresi gen seuqential dikendalikan dengan memodifikasi
speciticy promoter RNA polimerase, baik dengan sintesis RNA polymerase (T7) baru, atau
dengan alterasi fag yang diinduksi f RNA polimerase sel inang (T4 dan SP01). Dari Tiga
virus bakteri, Fage T4 menunjukkan pola ekspresi gen sekuensial yang lebih kompleks, yang
melibatkan beberapa modifikasi yang berbeda dari RNA polimerase sel inang. Dengan
demikian, dalam kasus virus bakteri ini, kontrol ekspresi gen sekuensial yang diamati terjadi
secara akurat dan dimediasi oleh interaksi urutan polimer RNA polimerase tertentu.

PERTANYAAN
1. Bagaimana bakteri memanfaatkan laktosa?
Jawaban:
Bakteri E.coli dalam hidupnya dapat memanfaatkan baik Laktosa maupun glukosa
tergantung gula mana yang tersedia dilingkungan. Bakteri E.coli mempunyai
kemampuan untuk mensintesis β-galaktosidase sehingga bila laktosa yang
dimanfaatkan sebagai sumber karbon maka bakteri tersebut akan mampu mengubah
laktosa menjadi glukosa dan galaktosa. Namun apabila tersedia laktosa dan glukosa
maka bakteri akan memilih glukosa sebagai sumber karbon, karena glukosa
merupakan gula yang lebih langsung dimanfaatkan dalam proses metabolisme.
2. Apakah represor akan mengikat operator dan mengubah transkripsi gen struktural
dalam operon ditentukan oleh adanya atau tidak adanya molekul efektor (molekul
kecil seperti asam amino dan gula) yang ada di lingkungan?
Jawab :
Dalam sebuah kasus operon dapat diinduksi, molekul efektor ini disebut inducer.
Mereka yang aktif pada operon yang represif disebut co-repressor. Molekul efektor ini
(induser co-repressor) bertindak dengan mengikat (atau dari sebuah kompleks
dengan) represor. Satu-satunya perbedaan penting antara operon yang dapat diinduksi
dan operon repressible (tidak dapat diinduksi) adalah represor telanjang atau
kompleks molekul efektor represor aktif dalam mengikat operator. (1) dalam kasus
operon yang dapat diinduksi, represor bebas berikatan dengan operator, mematikan
transkripsi. Ketika molekul efektor (induser) saat ini, ia mengikat represor,
melepaskan represor dari operator, yaitu repressor-inducer yang kompleks tidak dapat
mengikat operator. Dengan demikian penambahan menginduksi transkripsi gen
struktural di operon. (2) dalam kasus operon yang represif, situasinya kebalikan dari
 situasi yang pertama. Represor bebas tidak bisa mengikat operator. Hanya represor-
molekul efektor (co-repressor) yang aktif mengikat ke operator. Dengan demikian,
transkripsi gen struktural dalam operon repressible dihidupkan tanpa adanya dan
dimatikan dengan adanya molekul efektor (co-repressor). Kecuali perbedaan dalam
perilaku pengikat operator operon represor, inducible dan repressible ini sebanding.

3. Jelaskan bagaimana peranan tryptophan pada pengendalian oleh operon trp attenuasi?
Jawab :
Dengan adanya triptofan, ribosom dapat menerjemahkan kodon Trp ke kodon
terminator peptida pemimpin. Dalam prosesnya, ia harus mengelompokkan pasangan
dasar antara urutan pemimpin 74-85 dan 108-119. ini, pada gilirannya membebaskan
urutan 114-121, yang memungkinkannya memasangkan pasangan dengan urutan 126-
134 dan dari jepitan rambut transkripsi-terminator. Dengan demikian, di hadapan
triptofan, transkripsi sering berakhir pada atenuator, mengurangi jumlah mRNA untuk
gen struktural trp.transkrip operon trp dapat diatur pada kisaran hampir 700 kali lipat
oleh efek gabungan dari represi (sampai 70 kali lipat) dan redaman (hingga 10 kali
lipat).

DAFTAR RUJUKAN

Gardner, E.J., dkk. 1991. Principles of Genetics Sixth Edition. United States: John Wiley &
Sons, Inc.
 REGULASI EKSPRESI GEN PADA EUKARIOTIK

Resume Ke - 19
disusun untuk memenuhi tugas matakuliah Genetika Lanjutyang dibimbing oleh
Prof. Dr. agr. H. Mohamad Amin, S.Pd., M.Si.

Oleh
Offering G
Maria Angelina Genere Koban (200342857002)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
NOVEMBER 2020
 ISI RESUME

Ekspresi gen eukariotik dapat diatur di tingkat transkripsi, pemrosesan, atau translasi.
Regulasi ekspresi gen pada eukariotik berbeda dengan prokariotik. Regulasi dapat terjadi di
nukleus baik pada tingkat DNA atau RNA, atau di dalam sitoplasma baik pada tingkat RNA
atau polipeptida.
Pada prokariota, ekspresi gen diatur terutama dengan mengontrol transkripsi DNA
menjadi RNA. Gen yang tidak ditranskripsi sama sekali tidak diekspresikan. Transkripsi
terjadi pada prokariota ketika molekul pengatur negatif seperti protein penekan lac telah
dikeluarkan dari sekitar gen dan molekul pengatur positif seperti katabolit aktivator protein
(CAP) / kompleks AMP siklik telah terikat. Kontrol transkripsi lebih kompleks pada
eukariota daripada pada prokariota. Salah satu alasannya adalah bahwa gen terdapat di dalam
nukleus. Sebelum sinyal lingkungan dapat berpengaruh pada tingkat transkripsi, sinyal
tersebut harus dikirim dari permukaan sel, tempat sinyal biasanya diterima, selanjutnya
melalui sitoplasma dan diterskan hingga melewati membran inti, dan kemudian sinyal
tersebut mencapai DNA untuk meregulasi ekspresi DNA tersebut..
Sel eukariotik membutuhkan sistem pensinyalan internal yang cukup rumit untuk
mengontrol transkripsi DNA. Oleh karena itu komunikasi antar sel merupakan aspek penting
dari regulasi transkripsi eukariotik. Regulasi transkripsi eukariotik dan prokariotik dimediasi
oleh interaksi protein-DNA. Salah satu Protein regulator positif dan negatif yang mengikat
daerah spesifik DNA dan merangsang atau menghambat transkripsi disebut sebagai faktor
transkripsi.
Alternatif splicing pada RNA. Splicing merupakan pembuangan intron dan
penggabungan ekson. Pada proses ini terkadang ketika intron dibuang eksonnya juga di
buang atau seluruh ekson dipertahankan. Alternatif splicing menyebabkan suatu gen
menghasilkan lebih dari satu protein. Salah satu contohnya adalah ekspresi gen troponin T,
pada otot rangka vertebrata; ukuran protein ini berkisar dari sekitar 150 hingga 250 asam
amino. Pada tikus, gen troponin T lebih dari 16 kb dan mengandung 18 ekson berbeda.
Transkrip gen ini disambung dengan berbagai cara untuk membuat sejumlah besar mRNA.
Ketika diterjemahkan, banyak polipeptida troponin T yang berbeda dihasilkan. Semua
polipeptida ini berbagi asam amino dari ekson 1–3, 9–15, dan 18. Namun, daerah yang
dikodekan oleh ekson 4–8 mungkin ada atau tidak ada, tergantung pada pola penyambungan.
Variasi tambahan disediakan oleh ada atau tidaknya daerah yang dikodekan oleh ekson 16
dan 17; jika 16 ada, 17 tidak, dan sebaliknya. Bentuk troponin T yang berbeda ini mungkin
berfungsi dengan cara yang berbeda di dalam otot, dan berkontribusi pada variabilitas aksi sel
otot.

Gambar 1. Penyambungan transkrip alternatif dari tikus troponin Gen T. Hanya 3 dari 64 mRNA yang
mungkin ditampilkan. (Snustad, 2012)

Kontrol sitoplasmik stabilitas mRNA. mRNA dapat ditranslasikan lebih dari satu kali
siklus. Umur dari mRNA menentukan banyaknya protein yang dihasilkan akan tetapi ada
protein yang apabila menghasilkan terlalu banyak akan menjadi racun bagi sel tersebut,
Sehingga jika menginginkan protein yang sedikit maka umur mRNA harus pendek. Salah
satu cara agar mRNA stabil dari nuclease dengan penambahan poli A. Urutan dari 3 wilayah
yang tidak diterjemahkan (3 UTR) sebelum ekor poli (A) juga tampaknya mempengaruhi
stabilitas mRNA. Beberapa mRNA berumur pendek memiliki urutan AUUUA yang diulang
beberapa kali di 3 wilayahnya yang tidak diterjemahkan. Ketika urutan ini secara artifisial
ditransfer ke 3 wilayah mRNA yang lebih stabil yang tidak diterjemahkan, mereka juga
menjadi tidak stabil. Faktor kimiawi, seperti hormon, juga dapat memengaruhi stabilitas
mRNA. Pada katak Xenopus laevis, gen vitellogenin diaktivasi secara transkripsi oleh
hormon steroid estrogen. Namun, selain memicu transkripsi gen ini, estrogen juga
meningkatkan umur mRNA-nya. Selain itu, Umur mRNA juga diatur oleh keberadaan
mRNA yaitu miRNA dan siRNA.

INDUKSI AKTIFITAS TRANSKRIPSI OLEH FAKTOR LINGKUNGAN DAN

BIOLOGI
Ekspresi gen eukariotik dapat diinduksi oleh faktor lingkungan seperti panas dan
dengan memberi sinyal pada molekul seperti hormon dan faktor pertumbuhan.
1. Temperatur: gen-gen kejutan panas
Kondisi lingkungan panas bertindak sebagai sinyal dalam regulasi ekspresi gen di
eukariotik. Ketika organisme mengalami tekanan suhu tinggi, mereka merespons
dengan mensintesis sekelompok protein yang membantu menstabilkan lingkungan sel
internal. Ekspresi protein kejutan panas diatur pada tingkat transkripsi; yaitu, tekanan
panas secara spesifik menginduksi transkripsi gen yang mengkode protein. Pada
drosophila menghasilkan protein HSP70 ketika suhu mencapai 33 0C. Fungsi HSP
adalah untuk menjaga sel dari kerusakan ketika panas terjadi. HSP dihasilkan ketika
faktor transkripsi (HSTF) menempel di HSE pada DNA. Urutan yang mengikat HSTF
terfosforilasi disebut elemen respons kejut panas (HSEs). HSTF dapat aktif ketika
mengalami fosforilasi dan fosforilasi terjadi ketika suhu udara mencapai 330C.

Gambar 2. Induksi transkripsi dari gen Drosophila hsp70 dengan kejutan panas. HSE terletak
di antara 40 dan 90 pasangan basa di bagian hulu situs inisiasi transkripsi
(Snustad, 2012)

2. Molekul Sinyal: Gen-gen yang merespon Hormon

Pada organisme eukariota multiseluler, satu jenis sel dapat memberi sinyal pada yang
lain dengan mengeluarkan hormon. Hormon bersirkulasi ke seluruh tubuh, melakukan
kontak dengan sel targetnya, dan kemudian memulai serangkaian kejadian yang
mengatur ekspresi gen tertentu. Pada hewan terdapat 2 tipe hormone yaitu hormon
steroid dan hormon peptide.
 Hormon Steroid
Hormon steroid, adalah molekul kecil yang larut dalam lemak yang berasal dari
kolesterol. Karena sifat lipidnya, mampu melewati membran sel. Contohnya adalah
estrogen dan progesteron, yang berperan penting dalam siklus reproduksi wanita;
testosteron, hormon diferensiasi dan perilaku pria; glukokortikoid, yang terlibat
dalam pengaturan kadar gula darah; dan ecdysone, hormon yang mengontrol
peristiwa perkembangan pada serangga. Saat hormon-hormon ini memasuki sel,
mereka berinteraksi dengan protein sitoplasma yang disebut reseptor hormon.
Kompleks reseptor / hormon yang terbentuk kemudian berinteraksi dengan DNA
yang berfungsi sebagai faktor transkripsi untuk mengatur ekspresi gen tertentu.

Gambar 3. Pengaturan ekspresi gen oleh hormon steroid. Hormon berinteraksi dengan
reseptor di dalam sel targetnya. Dalam contoh ini reseptor berada di dalam
sitoplasma; reseptor hormon steroid lainnya terletak di nukleus. Kompleks
reseptor steroid / hormon bergerak ke dalam nukleus di mana ia
mengaktifkan transkripsi gen tertentu. (Snustad, 2012)

 Hormon Peptide
Hormon peptida, adalah rantai linier asam amino. Contohnya adalah insulin, yang
mengatur kadar gula darah, somatotropin, yang merupakan hormon pertumbuhan,
dan prolaktin, yang menargetkan jaringan di payudara mamalia betina. Hormon
peptida berukuran besar sehingga untuk melewati membran sel dengan bebas,
sinyal yang disampaikan harus ditransmisikan ke bagian dalam sel oleh protein
reseptor yang terikat membrane. Ketika hormon peptida berinteraksi dengan
reseptornya, menyebabkan perubahan konformasi pada reseptor yang pada
akhirnya menyebabkan perubahan pada protein lain di dalam sel. Melalui
 serangkaian perubahan semacam itu, sinyal hormonal ditransmisikan melalui
sitoplasma sel dan ke dalam nukleus, yang pada akhirnya memiliki efek mengatur
ekspresi gen tertentu. Proses transmisi sinyal hormonal melalui sel dan ke dalam
inti disebut transduksi sinyal.

Gambar 4. Pengaturan ekspresi gen oleh hormon peptida. Hormon (sinyal ekstraseluler)
berinteraksi dengan reseptor di membran sel targetnya. Hormon / kompleks
reseptor yang dihasilkan mengaktifkan protein sitoplasma yang memicu
aliran perubahan intraseluler. Perubahan ini mengirimkan sinyal ke dalam
nukleus, di mana faktor transkripsi menstimulasi ekspresi gen tertentu.
(Snustad, 2012)

Hormon penginduksi ekspresi gen dimediasi oleh sekuen gen tertentu pada DNA.
Sekuen ini disebut dengan elemen repon hormone (HREs). Elemen respon hormone
ini mengikat protein tertentu, ketika bertindak sebagai faktor transkripsi.
Dengan Hormon steroid seperti estrogen, HRE terikat oleh kompleks hormon /
reseptor, yang kemudian merangsang transkripsi. Kekuatan respons transkripsi ini
bergantung pada jumlah HRE yang ada. Ketika ada beberapa elemen respon,
kompleks hormon / reseptor saling mengikat satu sama lain, secara signifikan
meningkatkan kecepatan transkripsi; yaitu, gen dengan dua elemen respons
ditranskripsi lebih dari dua kali lebih kuat daripada gen yang hanya memiliki satu.
Dengan hormon peptida, reseptor biasanya tetap berada di membran sel, bahkan
setelah itu telah membentuk kompleks dengan hormon tersebut. Oleh karena itu,
sinyal hormonal dibawa ke nukleus oleh protein lain, beberapa di antaranya terikat
pada urutan di dekat gen yang diatur oleh hormon. Protein ini kemudian bertindak
sebagai faktor transkripsi untuk mengontrol ekspresi gen.
KONTROL MOLEKULER TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT
Transkripsi gen eukariotik diatur oleh interaksi antara protein dan sekuens DNA di
dalam atau di dekat gen.
1. Sekuen DNA yang terlibat dalam pengontrolan transkripsi
Pada transkripsi terdapat promoter yang merupakan sekuen DNA tempat menempelnya
faktor transkripsi. Selain promoter terdapat sekuen lain yang terlibat pada regulasi yaitu
sekuen enhancer. Enhancer merupakan sekuens DNA yang dapat meningkatkan laju
transkripsi gen targetnya. Enhancer akan ditempeli oleh protein tertentu dan kompleks
enhancer protein tersebut akan mempermudah polymerase menempel di promoter, karena
polymerase mudah menempel maka laju transkripsi akan meningkat. 3 karakteristik
enhancer adalah sebagai berikut: jaraknya jauh dari sel target, tempatnya bebas
(independen of location) dan orientasinya bebas (independen of orientation). Enhancer
dikatakan spesifik terhadap jaringan karena hanya bekerja pada jaringan tertentu saja
misalnya pada drosophila.

Gambar 5: The tissue-specific enhancers of the Drosophila yellow gene.(Snustad, 2012)

2. Protein yang terlibat dalam pengontrolan transkripsi: faktor Transkripsi

Faktor transkripsi eukariotik memiliki motif struktural khas yang dihasilkan dari
asosiasi antara asam amino dalam rantai polipeptida mereka. Faktor transkripsi mengenali
dan mengikat urutan DNA tertentu di dalam enhancer. Secara garis besar faktor
transkripsi memiliki 4 motif yaitu:
a) Zinc-finger motif, memiliki 2 sistein asam amino dan 2 histidin yang berikatan
menjadi satu dengan ion zinc. Ruas peptida antara dua pasang asam amino kemudian
menonjol keluar dari tubuh utama protein sebagai semacam jari.
b) Helix-turn-helix motif, setiap 2 heliks terpisahkan oleh turn (belokan). Merupakan
bentangan tiga heliks pendek asam amino yang dipisahkan satu sama lain secara
bergantian. Segmen heliks yang paling dekat dengan ujung karboksi diperlukan untuk
pengikatan DNA; heliks lain tampaknya terlibat dalam pembentukan dimer protein.
Dalam banyak faktor transkripsi, motif heliks-putar-heliks bertepatan dengan wilayah
yang sangat terkonservasi dari sekitar 60 asam amino yang disebut homeodomain.

c) Leucine zipper motif, merupakan bentangan asam amino dengan leusin di setiap
posisi ketujuh. Polipeptida dengan fitur ini dapat membentuk dimer melalui interaksi
antara leusin di setiap daerah resletingnya.

d) Helix-loop-helix motif, merupakan bentangan dua regio heliks asam amino yang
dipisahkan oleh loop nonhelikal. Daerah heliks memungkinkan dimerisasi antara dua
polipeptida. Terkadang motif heliks-loop-heliks berdekatan dengan hamparan asam
amino basa (bermuatan positif), sehingga saat terjadi dimerisasi, asam amino ini dapat
berikatan dengan DNA yang bermuatan negatif. Protein dengan fitur ini
dilambangkan dengan HLH dasar, atau bHLH, protein.
REGULASI PASCA TRANSKRIPSI EKSPRESI GENETIK YANG MELIBATKAN
RNA INTERFERENCE

Meskipun banyak regulasi gen eukariotik terjadi pada tingkat transkripsi, penelitian
terbaru menunjukkan bahwa mekanisme posttranscriptional juga memainkan peran penting
dalam mengatur ekspresi gen eukariotik. RNA pendek tanpa kode dapat mengatur ekspresi
gen eukariotik dengan berinteraksi dengan RNA pembawa pesan yang diproduksi oleh gen
ini. Interferensi RNA digunakan sebagai alat penelitian untuk melumpuhkan atau
merobohkan ekspresi gen dalam sel dan seluruh organisme.
Fenomena interferensi RNA, berdasarkan gambar 6, melibatkan molekul RNA kecil
yang disebut RNA interferensi pendek (siRNA) atau microRNA (miRNA). Molekul-molekul
ini, panjangnya 21 sampai 28 pasang basa, dihasilkan dari molekul RNA untai ganda yang
lebih besar oleh aksi enzimatis protein yang merupakan endonuklease beruntai ganda RNA
khusus. Karena endonuklease ini “memotong” RNA besar menjadi potongan-potongan kecil,
mereka disebut enzim Dicer. SiRNA dan miRNA yang dihasilkan oleh aktivitas Dicer
berpasangan basa sepanjang panjangnya kecuali pada 3 ujungnya, di mana dua nukleotida
tidak berpasangan. Dalam sitoplasma, siRNA dan miRNA bergabung ke dalam partikel
ribonukleoprotein. SiRNA untai ganda atau miRNA dalam partikel-partikel ini tidak terikat,
dan salah satu untaiannya dihilangkan secara istimewa. Untai tunggal RNA yang masih hidup
kemudian dapat berinteraksi dengan molekul RNA pembawa pesan tertentu. Interaksi ini
dimediasi oleh pasangan basa antara untai tunggal RNA dalam kompleks RNA-protein dan
urutan komplementer dalam molekul RNA kurir. Karena interaksi ini mencegah ekspresi gen
yang menghasilkan mRNA, partikel RNA-protein disebut RNA-Induced Silencing Complex
(RISC).
 Gambar 6. Ringkasan peristiwa yang terlibat dalam jalur interferensi RNA.

Beberapa molekul RNA kecil yang menginduksi RNAi berasal dari transkrip gen
microRNA. Gen-gen ini biasanya dilambangkan dengan mir. Ketika gen mir
didefenisikan oleh mutasi lalu dianalisis pada tingkat molekuler, diketahui memiliki
protein coding yang sedikit. Pada masing-masing gen terdapat bentangan pendek
nukleotida berulang yang berlawanan. Ketika ditranskrip, struktur tersebut menghasilkan
RNA yang dapat melipat kembali untuk membentuk batang untai ganda pendek di dasar
loop beruntai tunggal seperti pada gambar berikut:
 Gambar 7. Pengaturan ekspresi gen dengan interferensi RNA. (a) Struktur batang-loop dari
transkrip dari gen microRNA C. elegans lin-4. (b) Pasangan basa antara
microRNA yang diturunkan dari transkrip lin-4 dan urutan di 3 wilayah yang
tidak diterjemahkan dari RNA pembawa pesan lin-14.

EKSPRESI GENETIC DAN ORGANISASI KROMATIN

Kromosom eukariotik terdiri dari bagian yang sama dengan DNA dan protein.
Karakteristik kimia kromatin bervariasi sepanjang kromosom. Pada beberapa daerah
misalnya histon merupakan sebagian besar protein dalam kromatin adalah asetil, dan di
daerah lain, beberapa nukleotida dalam DNA adalah metil. Modifikasi kimia ini berpengaruh
terhadap aktivitas transkripsi gen
1) Euchromatin dan Heterochromatin
Variasi dalam kepadatan kromatin di dalam inti sel menyebabkan pewarnaan yang
berbeda pada bagian-bagian kromosom. Bahan pewarnaan dalam disebut heterokromatin,
dan bagian pewarnaan ringannya disebut eukromatin. Kombinasi analisis genetik dan
molekuler telah menunjukkan bahwa sebagian besar gen eukariotik terletak di
eukromatin. Selain itu, ketika gen eukromatik ditransposisikan secara artifisial ke
lingkungan heterokromatik, cenderung berfungsi secara tidak normal, dan, dalam
beberapa kasus, tidak berfungsi sama sekali. Kemampuan yang terganggu ini dapat
menghasilkan campuran karakteristik normal dan mutan pada individu yang sama, suatu
kondisi yang disebut variegasi efek posisi. Istilah ini digunakan karena variabilitas dalam
fenotipe disebabkan oleh perubahan posisi gen eukromatik, khususnya dengan merelokasi
ke heterokromatin. Banyak contoh variegasi efek posisi telah ditemukan di Drosophila,
biasanya terkait dengan inversi atau translokasi yang memindahkan gen eukromatik ke
dalam heterokromatin.
2) Organisasi Molekul dan Transkripsi DNA Aktif
Apa organisasi molekuler DNA yang aktif secara transkripsi? Apakah DNA ini lebih
"terbuka" daripada DNA yang tidak ditranskripsi? Pertanyaan-pertanyaan ini telah
dijawab dengan mengukur kepekaan DNA dalam kromatin terhadap aksi
deoksiribonuklease I (DNase I) pankreas, suatu enzim yang membelah molekul DNA dan
mendegradasinya menjadi nukleotida penyusunnya. Pada tahun 1976, Mark Groudine dan
Harold Weintraub menunjukkan bahwa DNA yang aktif secara transkripsi lebih sensitif
terhadap DNase I daripada DNA yang tidak ditranskripsi.
Penelitian selanjutnya telah menunjukkan bahwa sensitivitas nuklease dari gen yang
aktif secara transkripsi bergantung pada setidaknya dua protein nonhiston kecil, HMG14
dan HMG17 (HMG untuk kelompok mobilitas tinggi, karena mereka memiliki mobilitas
tinggi selama elektroforesis gel). Ketika protein ini dikeluarkan dari kromatin aktif,
sensitivitas nuklease hilang; ketika mereka ditambahkan lagi, itu dipulihkan. Perlakuan
kromatin terisolasi dengan konsentrasi DNase I yang sangat rendah menyebabkan DNA
terpotong di beberapa situs tertentu, yang disebut dengan situs hipersensitif DNase I.
Beberapa dari situs ini telah terbukti berada di hulu gen yang aktif secara transkripsi, baik
di wilayah promotor atau peningkat.
3) Remodeling Kromatin
Kombinasi pendekatan genetik dan biokimia telah menunjukkan bahwa DNA yang
ditranskripsi memang dikemas ke dalam nukleosom. Namun, dalam DNA yang
ditranskripsi, nukleosom diubah oleh kompleks multiprotein yang pada akhirnya
memfasilitasi aksi RNA polimerase. Perubahan nukleosom dalam persiapan transkripsi
ini disebut pemodelan ulang kromatin. Dua tipe umum kompleks pemodelan ulang
kromatin telah diidentifikasi. Satu jenis terdiri dari enzim yang mentransfer gugus asetil
ke asam amino lisin pada posisi tertentu dalam histon nukleosom. Sebagai suatu kelas,
enzim ini disebut histone acetyl transferases (HATs). Sejumlah penelitian telah
menunjukkan bahwa asetilasi histon berkorelasi dengan peningkatan ekspresi gen,
mungkin karena penambahan gugus asetil melonggarkan hubungan antara DNA dan
oktamer histon dalam nukleosom. Kinase -enzim yang mentransfer gugus fosfat ke
molekul juga berperan bersama dengan kompleks pemodelan ulang kromatin ini.
Tipe lain dari kompleks pemodelan ulang kromatin mengganggu struktur nukleosom
di sekitar promotor gen, misalnya kompleks SWI / SNF yang ditemukan di ragi pembuat
roti. Kompleks ini dinamai untuk dua jenis mutasi (switching-inhibited dan sukrosa
nonfermenter) yang mengarah pada penemuan protein penyusunnya. Kompleks terkait
 telah ditemukan dalam sel organisme lain, termasuk manusia. Kompleks SWI / SNF
terdiri dari setidaknya delapan protein. Pergeseran nukleosom yang dikatalisis oleh
kompleks SWI / SNF tampaknya memberikan akses faktor transkripsi ke DNA. Faktor-
faktor ini kemudian merangsang ekspresi gen. Kromatin aktif juga dapat diubah
modelnya menjadi kromatin tidak aktif. Pemodelan ulang ini tampaknya melibatkan dua
modifikasi biokimia pada histon dalam nukleosom: deasetilasi, yang dikatalisis oleh
histone deacetylases (HDACs), dan metilasi, yang dikatalisasi oleh histone methyl
transferases (HMTs). Beberapa nukleotida dalam DNA juga dapat dimetilasi oleh
sekelompok enzim yang disebut DNA methyl transferases (DNMTs). Kromatin yang
telah mengalami modifikasi ini cenderung diam secara transkripsi.
4) Metilasi DNA
Modifikasi kimiawi nukleotida juga tampaknya penting untuk regulasi gen pada beberapa
eukariota, terutama mamalia. Dari sekitar 3 miliar pasangan basa dalam genom mamalia
yang khas, sekitar 40 persen adalah pasangan basa G: C, dan sekitar 2 hingga 7 persen di
antaranya dimodifikasi dengan penambahan gugus metil ke sitosin. Sebagian besar sitosin
termetilasi ditemukan pada pasangan basa ganda berstruktur
5’ mC pG 3’
3’ GpCm 5’
di mana mC menunjukkan metilsitosin dan p antara C dan G menunjukkan ikatan
fosfodiester antara nukleotida yang berdekatan di setiap untai DNA. Struktur ini sering
disingkat dengan memberikan komposisi satu untai, jadi mCpG. Dinukleotida CpG
termetilasi dapat dideteksi dengan mencerna DNA dengan enzim restriksi yang sensitif
terhadap modifikasi kimiawi dari situs pengenalannya.
Wilayah genom mamalia yang berisi urutan berulang, termasuk wilayah yang kaya
akan unsur transposabel, juga dimetilasi, mungkin sebagai cara melindungi organisme
dari efek merusak ekspresi dan pergerakan transposon. Mekanisme yang menyebabkan
DNA yang termetilasi menjadi diam secara transkripsi tidak sepenuhnya dipahami; akan
tetapi, setidaknya dua protein yang menekan transkripsi diketahui mengikat DNA yang
termetilasi, dan salah satunya, dilambangkan dengan MeCP2, telah terbukti menyebabkan
perubahan dalam struktur kromatin. Jadi, ada kemungkinan bahwa dinukleotida CpG
yang dimetilasi mengikat protein tertentu dan protein ini membentuk kompleks yang
mencegah transkripsi gen tetangga. Keadaan termetilasi ditransmisikan secara klonal
melalui pembelahan sel. Ketika urutan DNA dimetilasi, kedua untai urutan memperoleh
 gugus metil. Setelah DNA direplikasi, setiap dupleks anak akan memiliki satu urutan
DNA induk yang dimetilasi dan satu urutan yang tidak termetilasi.
DNA metil transferase, enzim yang mengikat gugus metil ke DNA, dapat mengenali
asimetri ini dan menambahkan gugus metil ke urutan yang tidak termetilasi. Dengan
demikian, keadaan termetilasi penuh dibangun kembali pada dupleks DNA anak. Dengan
cara ini, pola metilasi dapat ditularkan dengan kurang lebih tepat melalui setiap putaran
replikasi DNA yaitu, melalui setiap pembelahan sel. Dalam pengertian ini, metilasi DNA
adalah modifikasi epigenetik kromatin. Asetilasi histon juga dianggap sebagai modifikasi
epigenetik, meskipun belum jelas bagaimana pola asetilasi ditransmisikan melalui
pembelahan sel.
5) Imprinting
Metilasi DNA pada mamalia juga bertanggung jawab atas kasus yang tidak biasa di mana
ekspresi gen dikontrol oleh asal orang tuanya. Misalnya, pada tikus, gen Igf 2, yang
mengkode faktor pertumbuhan mirip insulin, diekspresikan ketika diturunkan dari ayah
tetapi tidak dari ibu. Sebaliknya, gen yang dikenal sebagai H19 diekspresikan ketika
diwariskan dari ibu tetapi tidak dari ayah.
Analisis molekuler terbaru telah menunjukkan bahwa tanda yang mengkondisikan
ekspresi gen adalah metilasi dari satu atau lebih dinukleotida CpG di sekitar gen.
Dinukleotida termetilasi ini awalnya terbentuk di garis germinal induk. Jadi, misalnya,
gen Igf 2 dimetilasi dalam garis germinal betina tetapi tidak di dalam garis germ jantan.
Saat pembuahan, gen Igf 2 yang dimetilasi dan dikontribusikan secara maternal
digabungkan dengan gen Igf 2 yang tidak termetilasi dan berkontribusi secara ayah.
Selama embriogenesis, keadaan termetilasi dan tidak termetilasi dipertahankan setiap kali
gen bereplikasi. Karena gen yang dimetilasi adalah diam, hanya gen Igf 2 yang
berkontribusi secara ayah yang diekspresikan pada hewan yang sedang berkembang. Hal
sebaliknya terjadi pada gen H19, yang dimetilasi dalam garis germinal jantan tetapi tidak
pada garis germinal betina.
PERTANYAAN
1. Hal Apa yang membedakan antara regulasi ekpresi gen pada proses transkripsi prokariotik
dan eukariotik?
Jawab: Pada eukariot tidak dikenal adanya operon seperti yang terdapat pada prokariot,
tiap gen mempunyai promotor dan terminator masing-masing. Pada eukariot
terdapat lebih banyak protein dan lebih banyak segmen DNA yang terlibat dalam
regulasi, protein-protein ini disebut faktor transkripsi. Pada eukariot protein-protein
 lebih berperan sebagai aktivator dibandingkan sebagai represor. Selain itu,
aktivator pada aktivitasnya akan berinteraksi dengan segmen DNA yang disebut
(enchancer). Berbeda dengan operator prokariot, enhancer mempunyai jarak yang
cukup jauh dari promotor, mungkin berada di sebelah hilir atau sebelah hulu dari
gen. selain itu Kontrol transkripsi lebih kompleks pada eukariota daripada pada
prokariota. Hal ini dikarenakan gen terdapat di dalam nukleus. Sebelum sinyal
lingkungan dapat berpengaruh pada tingkat transkripsi, sinyal tersebut harus
dikirim dari permukaan sel, tempat sinyal biasanya diterima, selanjutnya melalui
sitoplasma dan diterskan hingga melewati membran inti, dan kemudian sinyal
tersebut mencapai DNA untuk meregulasi ekspresi DNA tersebut..
2. Jelaskan bagaiman mekanisme pengaturan ekspresi gen oleh hormon steroid?
Jawab:
Mekanisme pengaturan ekspresi gen dimulai ketika hormon berinteraksi dengan
reseptor di dalam sel targetnya. Dalam hal ini reseptor berada di dalam sitoplasma;
reseptor hormon steroid lainnya terletak di nukleus. Kompleks reseptor steroid /
hormon bergerak ke dalam nukleus di mana ia mengaktifkan transkripsi gen
tertentu. Contohnya adalah estrogen dan progesteron, yang berperan penting dalam
siklus reproduksi wanita; testosteron, hormon diferensiasi dan perilaku pria;
glukokortikoid, yang terlibat dalam pengaturan kadar gula darah; dan ecdysone,
hormon yang mengontrol peristiwa perkembangan pada serangga. Saat hormon-
hormon ini memasuki sel, mereka berinteraksi dengan protein sitoplasma yang
disebut reseptor hormon. Kompleks reseptor / hormon yang terbentuk kemudian
berinteraksi dengan DNA yang berfungsi sebagai faktor transkripsi untuk mengatur
ekspresi gen tertentu. Secara singkat tahapan regulasi ekspresi gen oleh hormon
steroid sebagai berikut: (1) hormon steroid masuk ke dalam sel target dan
bergabung dengan protein reseptor; (2) Hormon/reseptor kompleks berikatan pada
elemen respon hormon pada DNA; (3) kompleks ikatan memicu terjadinya
transkripsi; (4) setelah transkripsi kemudian hasilnya ditranser ke sitoplasma; (5)
mRNA ditranslasi membentuk protein.

 DAFTAR RUJUKAN
Simmons, M. J. dan Snustad, D. P. 2012. Principles of Genetics Sixth Edition. United States:
John Wiley & Sons, Inc.