MODUL PERKULIAHAN

BIOKIMIA TANAMAN
SEL MAKHLUK HIDUP, METABOLISME DAN ENZIM

Disusun Oleh :
Inti Mulyo Arti, S.TP., M.Sc

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI

FAKULTAS TEKNOLOGI INDUSTRI
UNIVERSITAS GUNADARMA
JAKARTA
2019

1|Biokimia Tanama n
 PENGANTAR

Mata kuliah ini membahas tentang ruang lingkup biokimia tanaman meliputi sel
mahkluk hidup terutama pada perkembangan sel tumbuhan dan sel hewan, proses
metabolisme dan peran enzim sebagai biokatalisator dalam reaksi metabolisme yang terjadi
di dalam sel mahkluk hidup. Bikimia Tanaman mempelajari tentang struktur sel dan proses-
proses biologis yang berlangsung di dalamnya. Biokimia sebagai ilmu yang membahas tentang dasar-
dasar kimia dari kehidupan, juga membahas tentang zat-zat kimia penyusun tubuh makhluk hidup,
serta reaksi-reaksi dan proses kimia, yang berlangsung di dalam tubuh makhluk hidup. Tujuan utama
mempelajari biokimia adalah untuk mendapatkan pemahaman yang komprehensif pada tataran
molekuler, tentang berbagai proses kimia yang berlangsung di dalam tubuh makhluk hidup.
Materi mata kuliah Biokimia Tanaman dalam modul ini mencakup :
I. SEL MAKHLUK HIDUP
II. METABOLISME
III. ENZIM
Modul ini masih banyak kekurangan sehingga kami mengharapkan adanya kritik dan
saran yang bersifat membangun demi perbaikan dan penyempurnaan untuk penulisan
selanjutnya.

Penulis

2|Biokimia Tanama n
 DAFTAR ISI

Halaman Judul ........................................................................................................ 1

Kata Pengantar ....................................................................................................... 2
Daftar Isi ................................................................................................................. 3
I. Sel Mahkluk Hidup
1.1 Pengertian Sel ............................................................................................. 4
1.2 Sruktur dan Bagian Sel ............................................................................... 6
DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................ 22
II. Metabolisme
2.1 Pengertian Metabolisme ........................................................................... 23
2.2 Anabolisme ................................................................................................ 24
2.3 Katabolisme ............................................................................................... 27
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 31
III. Enzim
3.1 Pengertian Enzim ......................................................................................32
3.2 Tata Nama dan Klasifikasi Enzim ..............................................................32
3.3 Kinetika Reaksi Enzim ...............................................................................35
3.4 Mekasnisme Reaksi Enzim.........................................................................39
DAFTAR PUSTAKA ...........................................................................................42
BIODATA PENULIS ..................................................................................................43

3|Biokimia Tanama n
 BAB I
SEL MAKHLUK HIDUP

Tujuan Umum :
Mahasiswa memahami bagian-bagian struktur yang terdapat pada sel makhluk hidup
terutama pada sel tumbuhan dan mampu membedakannya dengan sel hewan,

1.1 Pengertian Sel

Sel merupakan katan latin cella. Artinya ruangan kecil, yang ditemukan oleh Robert
Hooke, pengamatan terhadap sayatan gabus (terdapat ruangan-ruangan kecil yang
menyusun gabus tsb).
Sel merupakan ruangan kecil yang dibatasi oleh membrane yang didalamnya
terdapat cairan (prootoplasma).
Protoplasma terdiri dari plasma sel (sitoplasma) dan inti sel (nukleus). Di
dalam inti sel terdapat plasma inti atau nukleoplasma.
Sel merupakan satuan terkecil makhluk hidup yang dapat melaksanakan
kehidupan (tidak dapat dibagi-bagi lagi). Secara struktural sel merupakan
unit terkecil penyusun makhluk hidup, sedangkan secara fungsionalsel
berfungsi untuk menjalankan fungsi kehidupan (menyelenggarakan
kehidupan jika sel-sel penyusunnya berfungsi). kemudian membentuk
organisme. Sel berkembang biak dengan cara membelah diri (secara
mitosis). Selain itu sel juga, mengandung materi genetik, yaitu materi
penentu sifat makhluk hidup, maka sifat makhluk hidup dapat diwariskan
kepada keturunannya.

Sejarah dan Teori Sel

Tokoh-tokoh penemu teori sel :
1. Robert Hooke (1635 –1703)
Orang yang pertama menyebutkan istilah sel yaitu cellulae merupakan
ruangan kecil yang kosong dan mengamati sayatan gabus tutuip botol
(Quercus suber), merupakan sel mati yang tidak memilki isi sel.
2. Antonie Van Leeuwenhoek(1723)

4|Biokimia Tanama n
 Seroang ahli asah lensa dari Belanda, membuat mikroskop sederhana.
Memeriksa cairan setetes air kolam microscopic “animalcules” (hewan kecil)
merupakan sel bakteri dan orang yang pertama kali melukiskan bentuk-
bentuk bakteri.
3. Robert Brown(1833)
Ilmuwan Skotlandia yang pertama kali menemukan inti sel pada sayatan sel
anggrek Inti sel disebutnya sebagai nukleus. Nukleus ini merupakan struktur
sel yang sangat penting bagai kehidupan
4. Felix Durjadin (1835)
Tokoh berkebangsaan Perancis yang pertama kali menemukan cairan sel
yang hidup (sarkode) yang merupakan bagian penting dari sel Menururtnya
bagian terpenting dari sel adalah isi sel yang berupa cairan hidup yang
berada dalam suatu lumen.
5. Johanes Purkinje
Merupakan ilmuan yang menyatakan bahawa isi sel adalah protoplasma.
Protoplasma merupakan bahan penting pada sel yang melangsungkan
kehidupan.

Teori Sel
Ada beberapa teori tentang sel diantaranya:
1. Sel merupakan kesatuan struktural dari makhluk hidup, semua makhluk
hiudp terususn atas sel. Tokoh pencetus teori iniadalah:
- M. Schleiden (1804-1881) : sel tumbuhan
- Theodore Schwann (1810 -1882) : sel hewan
2. Sel merupakan kesatuan fungsional makhluk hiudp
- Dikemukakan oleh Max Schulze tahun1861
- Sel mengatur fungsi-fungsi pda makhluk hidup
3. Sel adalah kesatuan pertumbuhanm dari makhluk hiudp
- dikemukakan oleh Rudolf Virchow (1858)
- dia menyatakan bahwa makhluk hiudp berasal dari pertumbuhan sel
sebelumnya “omne cellulae acellulae”
4. Sel merupakan kesatuan herediatas (sifat menurun) makhluk hidup

5|Biokimia Tanama n
 - dikemukakan oleh biarawan Austria Gregor Mendel(1822-1884)
- sel mengandung sifat keturunan (genetik) atau hereditas yang
diwariskan pada keturunanya.

3. JENIS-JENIS SEL
a. Sel Prokariotik
 Ukuran relatif kecil (sekitar 0,5 - 1µm)
 Tidak memiliki membran nukleus (inti)
 DNAnya kontak dengan sitoplasma secara tidak langsung
 Sitoplasmanya menggandung ribosom
 Sel dibungkus oleh plasma membran, dinding luar sel yang kompleks, pili,
kadang-kadang berflagela
 Contoh : bakteri dan ganggang biru.

Sel Prokariot mempunyai 3 Struktur Dinding Yang Berbeda :

a. Mycoplasmas
Mycoplasmas merupakan sel yang paling kecil ukuran diameternya
yaitu sekecil 0,12 µm dan memiliki sekitar 20% DNA dari DNA E.coli.
b. Bakteri Gram Negatif
Bakteri gram- negatif memiliki membran luar yang kompleks yang
mengelilingi dinding selnya sehingga menghalangi pewarnaan gram.
c. Bakteri Gram Positif
Bakteri gram-positip tidak memiliki membran luar ini sehingga
tidak menghalangi perwarnaan gram.

6|Biokimia Tanama n
 Prokariot Terbagi Menjadi :
a. Bacteria (Eubacteria)
Bacteria mendiami tanah, permukaan air, dan jaringan
organisme hidup atau organisme pembusuk. Kelompok ini
termasuk bakteri gram-positip seperti purple bacteria
(proteobacteria), cyanobacteria, dan flavobacteria. Bakteri yang
paling banyak dipelajari dengan baik adalah Escherichia coli. Bakteri
ini telah setengah abad menjadi model sistem biologi.
b. Archaea (Archaebacteria)
Banyak Archaea dikenal sebagai domain yang berbeda oleh
Carl Woese pada tahun 1980-an. Archae merupakan kelompok
prokariot yang umumnya ditemukan pada lingkungan ekstrim,
seperti danau dengan kadar garam tinggi, sumber air panas, rawa
dengan keasaman tinggi, dan laut dalam dengan kadar garam yang
sangat tinggi. Archaea awalnya muncul terdiri dari tiga jenis
mikroorganisme yang berbeda yang merupakan organisme yang
tidak biasa ditemukan sebelumnya, yaitu methanogens, kelompok
prokariot anaerob yang menghasilkan metana oleh reduksi CO 2
dengan H2; halobacteria, kelompok prokariot yang dapat hidup hanya
pada konsentrasi air garam yang tinggi (>2M NaCl) dan
thermomoacidophile, mikroorganisme yang mendiami lingkungan
panas berasam (sekitar 90ºC dan pH<2). Walaupun demikian,
beberapa Bacteria juga ditemukan pada daerah ekstrim. Tabel 1
dimuat kelompok Bacteria dan Archaea yang ditemukan pada daerah
ekstrim, yaitu pada suhu tinggi dan suhu rendah, pada pH rendah
dan pH tinggi, tekanan tinggi, dan pada garam konsentrasi tinggi.

b. Struktur Sel Eukariotik (memiliki membran inti)

 Ukurannya relatif besar (sekitar 10 – 100 µm)
 Bagaian dalam sangat kompleks dengan organel-organel yang dibatasi membran

7|Biokimia Tanama n
 maupun yang tidak dibatasi membran
 Memiliki inti sejati yang dibatasi membran
 Organel lain yang dibatasi membran adalah endoplasmik retikulum, golgi
aparatus, mitokondria, lisosom, dan mikrobodies
 Organel yang tidak dibatasi membran adalah ribosom, mikrotubul, sentriol,
flagela, sitoskeleton

Eukariot Terbagi Menjadi :

1. Protista
Protista adalah mikroorganisme eukariota yang bukan hewan,
tumbuhan, atau fungus. Mereka pernah dikelompokan dalam satu kerajaan
bernama protista, namun sekarang tidak dipertahankan lagi. Protista hidup
dihampir semua lingkungan yang mengandung air. Banyak protista, seperti
algae, adalah fotosintetik dan produsen primer vital dalam ekosistem,
khususnya dilaut sebagai bagian dari planton. Protista lain seperti
kinetoplastid dan apicomplexsa, adalah penyakit yang berbahaya bagi
manusia seperti malaria dan tripanosomiasis.
2. Fungi
Fungi adalah nama regnum dari sekelompok besar mahluk hidup
eukariotik heterotrof yang mencerna makanannya di luar tubuh dari
menyerap molekul nutrisi ke dalam sel-selnya. Kalangan ilmuan kerap
menggunakan istilah cendawan sebagai sinonim bagi fungi. Fungi terkadang
disebut juga sebagai jamur, kapang, khamir, atau ragi. Fungi memperbanyak
diri secara seksual dan aseksual. Perbanyakan seksual dilakukan dengan cara :
dua hiva dari jamur berbeda melebur lalu membentuk zigot, kemudian zigot
tumbuh menjadi tubuh buah. Sedangkan perbanyakan aseksual dilakukan
dengan cara membentuk spora, berguna atau fragmentasi hiva. Jamur
memiliki kotak spora yang disebut sporangium. Contoh jamur yang
membentuk spora adalah rizhopus, dan contoh jamur yang membentuk
tunas saccharomyces.

8|Biokimia Tanama n
 3. Plantae
Dalam ilmu biologi, plantae/tumbuhan adalah organisme eukariota
multiseluler yang tergolong kedalam kerajaan Plantae. Didalamnya terdiri
atas beberapa klad yanki, tanman berbunga, gymnospermae atau tumbuhan
berbiji terbuka, licopodiopsida, paku-pakuan, lumut, serta sejumlah alga
hijau.
Tanman hijau memiliki dinding sel yang kokoh dan mengandung
selulosa, hampir semua anggota tumbuhan bersifat autotrof, yakni
memproduksi energi sendiri dengan mengubah energi cahaya matahari
melalui proses yang disebut fotosintesis. Fotosintesis terjadi di dalam organel
sel bernama kloroplas. Karena warna hijau yang dominan pada anggota
kerajaan ini, nama lain yang dipakai adalah Viridiplantae (tetumbuhan hijau).
4. Animalia
Hewan, binatang, fauna, margasatwa atau satwa adalah organisme
eukariotik multiseluler yang termasuk kedalam kerajaan animalia. Dengan
sedikit pengecualian, hewan mengkonsumsi bahan organik, menghirup
oksigen, dapat bergerak, bereproduksi secara seksual, dan tumbuh dari pola
sel yang berongga, blastula, selama perkembangan embrio. Sebagian besar
spesies hewan yang hidup diklasifikasikan dalam Bilateria, klad yang
anggotanya memiliki bangun tumbuh simetris bilateral. Bilateria mencakup
protostoma, didalamnya terdapat banyak kelompok inveterbrata seperti
nematoda antropoda moluska dan deutorostoma, yang mencakup
echinodermata dan chordata (termasuk vertebrata). Filum hewan modern
menjadi jelas dalam catatan fosil sebagai spesies laut selama ledakan
Kambrium sekitar 542 juta tahun yang lalu. 6,331 kelompok gen yang dimiliki
hewan hidup telah diidentifikasi ini mungkin muncul dari satu nenek moyang
yang sama serta hidup 650 juta tahun yang lalu.

1.2 Struktur Dan Fungsi Organel Sel

1) Membran Sel (Plasmalemma atau Selaput Plasma)

9|Biokimia Tanama n
 Merupakan membran sel atau selaput yang letaknya paling luar yang
terbentuk dari senyawa kimia Lipoprotein (gabungan protein dan lemak) dengan
perbandingan 50:50. Lipid penyusun membran yaitu pospolid.
Protein yang ada di permukaan luar dan dalam disebut protein instriksik
yang mempunyai sifat hidrofilik (larut dalam air) dan yang ada dan menembus
kedua lapis lipid disebut protein instriksi yang mempunyai sifat hidrofobik (tidak
larut dalam air). Oleh karenanya membran sel bersifat Selektif Permeabel (Semi
Permeabel) yang artinya hanya bisa dilewati oleh molekul tertentu saja.

Fungsi dari Membran Sel:

 Melindungi sel
 Mengatur keluar masuk (pertukaran) zat dari sel satu ke sel lainnya
 Penerima rangsang dari luar sel
 Tempat berlangsungnya reaksi-reaksi kimia
Khusus sel tumbuhan, selain selaput plasma terdapat satu struktur yang
letaknya diluar selaput plasma yaitu Cell Wall atau Dinding Sel. Tersusun dari
dua lapisan senyawa Selulosa. Diantara kedua lapisan selulosa terdapat rongga
yang dinamakan Lamel Tengah (Middle Lamel) yang bisa terisi oleh zat penguat
(contoh: chitine, pektin, suberine, lignin).
Pada sel tumbuhan terkadang juga terdapat celah yang disebut Noktah.
Di notah/pit ini sering dijumpai penjuluran Sitoplasma yang disebut
Plasmodesma yang mempunyai fungsi hampir sama dengan fungsi saraf pada
hewan.

10 | B i o k i m i a T a n a m a n
 2) Sitoplasma dan Organel Sel

Bagian cair dalam sel disebut dengan Sitoplasma yang ada dalam dua
bentuk yaitu Fase Sol (padat) dan Fase Gel (cair) dan khusus cairan yang berada
di dalam inti sel disebut Nukleoplasma. Sitoplasma disusun oleh 90% air dimana
air menjadi penyusun utamanya, dan berfungsi melarutkan zat-zat kimia dan
tempat reaksi kimia sel.
Organel sel sendiri merupakan benda-benda solid yang ada di dalam
sitoplasma dan menjalankan fungsi kehidupan (bersifat hidup). Terdapat
berbagai macam organel sel, organel sel tersebut yaitu:

a) Retikulum Endoplasma (RE.)

Retikulum Endoplasma merupakan organel yang berupa sistem

membran berlipat-lipat menghubungkan membran sel dengan membran inti

11 | B i o k i m i a T a n a m a n
 berbentuk seperti benang-benang jala. Ikut berperan juga dalam proses
transpor zat intra sel. Ada dua macam Retikulum Endoplasma yaitu RE
Kasar dan RE Halus. Struktur Retikulum Endoplasma hanya bisa dilihat
dengan mikroskop elektron.
Fungsi RE Halus:
 Sebagai transpor atau pengangkut sintesis lemak dan steroit.
 Tempat menyimpan fospolipid, glikolipid, dan steroid
 Melaksanakan detoksifikasi drug dan racun
 Tidak terdapat ribosom di RE Halus
Fungsi RE Keras: transpor atau pengangkut sintetis protein, terdapat juga di
ribosom.

b) Ribosom (Ergastoplasma)

Ribosom merupakan organel pen sintensis protein. Ribosom kerap

menempel satu sama lain dan membentuk rantai yang sering disebut
polisom atau pololiribosom. Struktur ribosom berbentuk bulat bundar
terdiri dari dua partikel besar dan kecil, ada yang soliter dan ada yang
melekat sepanjang R.E.
Ribosom adalah organel sel terkecil yang tersuspensi dalam
sel. Antara satu ribosom dengan yang lainnya diikat oleh mRNA. Menurut
kecepatan sedimentasi dibedakan menjadi ribolom sub unit kecil (40s) dan
ribosom sub unit besar (60s)
Fungsi Ribosom: Sebagai tempat berlangsungnya sintesis protein dan
contoh organel tidak bermembran. Oleh penyusun utamanya yaitu asam

12 | B i o k i m i a T a n a m a n
 ribonukleat dan berada bebas di dalam sitoplasma ataupun melekat pada
RE.

c) Mitokondria (The Power House)

Di dalam biologi Mitokondria diberi julukan The Power House karena

merupakan organel yang mempunyai fungsi sebagai tempat respirasi aerob
untuk pembentukan ATP sebagai sumber energi sel. Mitokondria memiliki
dua lapisan membran yaitu membran dalam dan membran luar.
Membran dalam membentuk tonjolan-tonjolan ke arah dalam
(membran krista). Krista mempunyai fungsi memperluas permukaan agar
proses pengikatan oksigen dalam respirasi sel berlangsung semakin efektif.
Terdapat Mastrik Mitokondria yang terletak diantara membran krista
dan banyak mengandung enzim pernafasan atau sitokrom, protein, dna dan
ribosom yang memungkinkan sintesis enzim-enzim respirasi secara otonom.
Untuk melintasi membran mitokondria memerlukan mekanisme transpor
aktif. Mastrik Mitokondria berfungsi sebagai tempat berlangsungnya
respirasi untuk menghasilkan energi.

d) Lisosom
Lisosom dihasilkan oleh aparatus golgi yang penuh dengan protein.
Berbentuk kantong-lantong kecil dan menghasilkan enzim-
enzim hidrolitik seperti fosfatase, lipase, dan proteolitik. Enzim hidrolitik

13 | B i o k i m i a T a n a m a n
 mempunyai fungsi untuk mencerna makanan yang masuk ke dalam sel
secara fagositosis.

Lisosom menghasilkan zat kekebalan sehingga banyak ditemui pada

sel darah putih, bersifat autofagi, autolisis, dan menghancurkan makanan
secara edsosistosis. Fungsi organel sel lisosom ini ialah sebagai penghasil
dan penyimpan enzim pencernaan seluler. Salah satunya yaitu Lisozym.
Ada dua macam lisosom yaitu lisosom primer dan sekunder, lisosom
primer memproduksi enzim yang belum aktif. Berfungsi sebagai vakuola
makanan. Lisosom sekunder adalah lisosom yang terlibat dalam kegiatan
mencerna, berfungsi sebagai autofagosom.
Lisosom mempunyai peran dalam peristiwa:
 Pencernaan instrasel: mencerna materi secara fagositosis
 Eksositosis: pembebasan sekrit keluar sel
 Autofagi: penghancuran organel sel yang telah rusak
 Autolisis: penghancuran diri sel dengan cara melepas enzim pencerna
dari dalam lisosom ke dalam sel, contoh proses ini yaitu hilangnya ekor
berudu ketika proses menuju dewasa.

14 | B i o k i m i a T a n a m a n
 e) Badan Golgi (Aparatus Golgi = Diktiosom)

Badan golsi terdiri dari kumpulan vesikel pipih yang mempunyai

bentuk berkelok-kelok (sisternae) atau berbentuk seperti kantong pipih.
Badan golgi yang ada di dalam sel tumbuhan disebut diktiosom, dimana
kebanyakan berada di dekat membran sel.
Di dalam badan golgi terdapat banyak enzim pencernaan yang belum
aktif, seperti koenzim dan zimogen. Dihasilkan juga lendir yang disebut
musin, badan golgi juga dapat membentuk lisosom. Badan golgi bisa
bergerak mendekati membran sel untuk mensekresikan isinya ke luar sel,
karena ini disebut juga organes sekresi.
Organel sel ini dihubungkan dengan fungsi ekskreasi sel, dan struktur
nya dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop cahaya biasa. Badan golgi
banyak ditemui di organ tubuh yang melaksanakan fungsi eksresi atau sel-
sel penyusun kelenjar (contoh: ginjal).

f) Sentrosom (Sentriol)
Hal yang sangat penting yaitu setrosom hanya bisa ditemukan pada sel
hewan. Sentrosom disaat reproduksi sel akan membelah menjadi sentriol.
Struktur sentrosom berbentuk bintang dengan fungsi untuk pembelahan sel
(Meiosis maupun Mitosis).

15 | B i o k i m i a T a n a m a n
 Sentriol berbentuk layaknya tabung dan tersusun oleh mikrotubulus
yang terdiri 9 triplet, terletak disalah satu kutub inti sel. Sentriol berperan
dalam kegiatan pembelahan sel dengan membentuk benang spindel.
Benang ini yang menarik kromosom menuju ke kutub sel berlawanan.

g) Plastida

Plastida ialah organel yang umumnya berisi pigmen. Plastida yang

berisi pigmen klorofil disebut kloroplas, fungsinya yaitu sebagai organel
utama dalam proses fotosintesis. Kroloplas berasal dari proplastida,
proplastida berukuran lebih kecil dari kloroplas dimana terdapat sedikit
bahkan tanpa membran internal.
Kloroplas terbungkus membran ganda, membran yang berperang
mengatur keluar masuk senyawa atau ion ke dandari dalam kloroplas. Di

16 | B i o k i m i a T a n a m a n
 membran internal kloroplas ada pigmen fotosintesis yang banyak ditemui di
permukaan luar membran internal yang disebut thilakoid.
Sedangkan plastida yang berisi pigmen selain klorofil (contoh:
fikoerithin, xantofil, karoten) disebut dengan Kromoplas. Plastida yang tidak
mempunyai warna (tidak berwarna) disebut leukoplas.
Ada macam-macam leukoplas berdasarkan bahan yang
dikandungnyam yaitu elaioplas (lipoplas) berisi lemak, amiloplas berisi
amilum, dan proteoplas berisi protein. Yang dapat dilihat dengan mikroskop
cahaya biasa.
Tiga jenis plastisida, yaitu:
1. Lekoplas yaitu plastida berwarna putih yang berfungsi sebagai tempat
menyimpan makanan. terdiri dari:
 Amiloplas: tempat menyimpan amilum
 Elaioplas (Lipidoplas): tempat menyimpan lemak/minyak
 Proteoplas: tempat menyimpan protein
2. Kloroplas yaitu plastida berwarna hijau yang berfungsi menghasilkan
klorofil dan tempat berlangsungnya fotosintesis
3. Klomoplas yaitu plastida yang mengandung pigmen, misalnya:
 Fikodanin (biru)
 Fikosantin (kuning)
 Karotin (kuning)
 Fikoeritrin (merah)

h) Vakuola (RonggaSel)
Vakuola tidak dimasukan dalam organel sel oleh beberapa ahli, benda
ini bisa dilihat melalui mikroskop cahaya biasa. Vakuola berisi garam-garam
organik, tanin (zat penyamak), glikosida, minyak eteris, enzime, alkaloid, dan
butir-butir pati. Selaput pembatas antara vakuola dengan sitoplasma disebut
Tonoplas. Pada beberapa spesies terdapat vakuola kontraktil dan vakuola
nonkontraktil.

17 | B i o k i m i a T a n a m a n
 Pada beberapa terdapat vakuola kecil atau bahkan tidak ada, kecuali
hewan bersel satu. Hewan bersel satu terdapat dua jenis vakuola yaitu
vakuola makanan dengan fungsi dalam proses pencernaan intrasel dan
vakuola kontraktil yang berfungsi sebagai osmoregulator.

i) Mikrotubulus

Mikrotubulus berbentuk benang silindris, kaku dan mempunyai

fungsi untuk membentuk silia, flagela, sentriol dan benang-benang spindel,
serta mempertahankan bentuk sel dan sebagai rangka sel. Contoh organel
ini antaranya yaitu benang-benang gelembung pembelahan.
Mikrotubulus ini disusun oleh protein yang disebut tubulin. Diameter
mikrotubulus kira-kira 25 nm. Organel ini merupakan serabut penyusun
sitoskeleton terbesar.

18 | B i o k i m i a T a n a m a n
 j) Mikrofilamen

Organel mikrofilamen mirip seperti mikrotubulus tetapi mempunyai

diameter yang lebih kecil. Bahan pembentuk mikrofilamen
adalah miosin dan aktin seperti yang ditemui pada otot. Berdasarkan hasil
penelitian, mikrofilamen ikut andil dalam proses pergerakan sel, eksositosis,
dan endositosis. Contohnya yaitu gerakan amuba.
k) Peroksisom (Badan Mikro)

Peroksisom atau badan mikro mempunyai ukuran sama seperti

Lisosom dan dibentuk dalam Retikulum Endoplasma Granular. organel

19 | B i o k i m i a T a n a m a n
 peroksisom ini terus menerus berasosiasi dengan organel sel lain, banyak
juga mengandung enzim katalase dan oksidae yang banyak disimpan dalam
sel-sel hati.
Peroksisom memiliki fungsi mengurangikan peroksida (H2O2)
dimana ini merupakan sisa metabolisme yang bersifat toksik menjadi
oksigen dan air. Badan mikro pada tumbuhan disebut Gliosisom, ikut andil
dalam proses pengubahan senyawa lemak menjadi sukrosa.

3) Inti Sel (Nukleus)

Nukleus merupakan bagian sel yang berukuran lebih besar dibandingkan
dengan organel selseperti biasanya, mempunyai ukuran 10 – 20 nm. Letak inti
sel (nukleus) terkadang di bagian tepi atau di tengah, mempunyai bentuk bulit
atau lonjong seperti cakram.
Inti sel atau Nukleus merupakan bagian sel yang mempunyai fungsi
sebagai pusat pengendali aktivitas atau pusat perintah sel karena adanya
benang-benang kromosom di dalam nukleus. Umumnya sel-sel mempunyai satu
nukelus inti.

Inti sel (nukelus) dibatasi oleh membran inti atau selaput inti yang
mempunyai kontrol keluar masuk nukleus. Nukleus diperlukan untuk
mengontrol reaksi-reaksi kimia, pembelahan sel, dan pertumbuhan.

20 | B i o k i m i a T a n a m a n
 Tetapi sesuai dengan fungsinya, ada juga sel yang mempunyai dua atau
lebih inti. Nukelus juga mempunyai tugas untuk membawa perintah sintesis di
inti DNA dikarenakan terdapat sandi DNA (DNA code) di dalamnya untuk
menentukan urutan asam amino protein.
Nukleus terdiri dari bagian-bagian:
 Nukleoplasma (Kariolimfa)
 Kromatin / Kromosom
 Selaput Inti (Karioteka)
 Nukleolus(anak inti)

Perbedaan sel tumbuhan dan sel hewan (Rahmawati, 2015):

Bagian sel Sel tumbuhan Sel hewan
Membrane plasma Ada Ada
Dinding sel Ada Tidak Ada
Nucleus Ada Ada
Sitoplasma Ada Ada
Reticulum endoplasma Ada Ada
Ribosom Ada Ada
Badan golgi Ada Ada
Lisosom Tidak Ada Ada
Mitokondria Ada Ada
Kloroplas Ada Tidak Ada
Vakuola Ada Tidak Ada
Sentriol Tidak Ada Ada
Sentrosom Tidak Ada Ada
Plastida Ada Tidak Ada

21 | B i o k i m i a T a n a m a n
 Perbedaan sel prokariot dan sel eukariot (Kusuma et al., 2017):
Bagian sel Prokariot Eukariot
Dinding sel Ada Ada di sel tumbuhan,
tidak ada di sel hewan
Sentriol Tidak ada Ada di sel hewan, tidak
ada di sel tumbuhan
Kloroplas Ada Ada
Retikulum endoplasma Tidak ada Ada
Badan golgi Tidak ada Ada
Lisosom Tidak ada Ada
Mitokondria Tidak ada Ada
Membran plasma Ada Ada
Inti sel Ada Ada
Ribosom Ada Ada

DAFTAR PUSTAKA
Azhar, M. 2016. Biomolekul Sel. Padang : UNP PRESS
Yuksinau. 2017. ORGANEL SEL Struktur, Gambar, dan Fungsi [Internet]. Diakses pada tanggal
28 September 2018. Tersedia pada : http://www.yuksinau.id/struktur-fungsi-
organel-organel-sel/
Kusuma A, Nur FM, Adip MS, Pratiwi Y, Triyani. 2017. Strategi Sukses SBMPTN Saintek 2018.
Solo: Genta Smart Publisher.
Kusnadi, dkk. 2018. Struktur dan Fungsi Sel. Diakses pada tanggal 26 September 2018.
Tersedia pada
http://file.upi.edu/Direktori/FPMIPA/JUR._PEND._BIOLOGI/196805091994031KUSN
ADI/BUKU_SAKU_BIOLOGI_SMA,KUSNADI_dkk/Kelas_XI/1._S_sel_%26_transport/Ba
b_struktur_dan_fungsi_sel.pdf.
Rahmawati D. 2015. Sel. Tangerang: UIN Syarif Hidayatullah.

22 | B i o k i m i a T a n a m a n
 BAB II
METABOLISME

Tujuan :
Mahasiswa dapat memahami tentang metabolism yang terjadi pada mahkluk
hidup terutama pada sel tumbuhan

2.1 Pengertian Metabolisme

Metabolisme merupakan keseluruhan proses kimia yang terjadi di dalam tubuh
makhluk hidup. Pada metabolisme terjadi proses pembentukan atau pengurain zat di
dalam sel hidup yang di sertai dengan adanya perubahan energi. Proses pembentukan zat
terjadi pada proses fotosintesis dan kemosintesis. Proses penguraian zat dapat berupa
respirasi sel dan fermentasi sel (Wahjuni, 2013).
Pencernaan (digestion) adalah Proses dimana organisme hidup memecah makanan
yang dicerna dalam saluran pencernaan menjadi produk yang lebih mudah diserap dan
berasimilasi menggunakan enzim dan bahan kimia lainnya. Pencernaan dapat terjadi
dalam kondisi aerobik, di mana limbah terurai oleh
aksi mikroba di hadapan oksigen, atau dalam kondisi anaerob ketika limbah
didekomposisi di bawah aksi mikroba tanpa adanya oksigen. Dalam kondisi anaerob
seperti di fasilitas hewan besar (mis., Peternakan sapi perah), produk sampingannya,
biogas berenergi rendah yang dibuat dengan kombinasi metana dan karbon dioksida,
dapat digunakan sebagai sumber energi. Dengan kata lain, pencernaan (digestion) adalah
sebuah proses metabolisme di mana suatu makhluk hidup memproses sebuah zat, dalam
rangka untuk mengubah secara kimia atau mekanik sesuatu zat menjadi nutrisi.
Pencernaan terjadi pada organisme multi sel dan tingkat sub-sel, biasanya pada hewan
(Sridanti, 2019)
Dalam metabolisme ada dua proses yaitu proses pembentukan dan penguraian.
Proses pembentukan dalam metabolisme di sebut juga proses anabolisme. Sedangkan
proses penguraian disebut dengan proses katabolisme. Kedua proses ini disebut juga
sebagai arah lintasan dari proses metabolisme. Kedua arah lintasan metabolisme
diperlukan setiap organisme untuk dapat bertahan hidup. Arah lintasan metabolisme
ditentukan oleh suatu senyawa yang disebut sebagai hormon, dan dipercepatkan oleh

23 | B i o k i m i a T a n a m a n
 senyawa organik yang disebut sebagai enzim. Pada senyawa organik, penentu arah reaksi
kimia disebut promoter dan penentu percepatan reaksi kimia disebut katalis (Wahjuni,
2013).
Lebih lanjut Lehninger (1982), metabolisme adalah aktivitas sel yang amat
terkordinasi, mempunyai tujuan dan mencakup berbagai kerjasama banyak sistem multi
enzim. Metabolisme memiliki tiga fungsi spesifik: Metabolisme memiliki empat fungsi
spesifik, yaitu:
1. Untuk memperoleh energi kimia dari degradasi sari makanan
yang kaya energi dari lingkungan atau dari energi solar.
2. Untuk mengubah molekul nutrien menjadi prekusor unit Pembangun
bagi makro molekul nutrien menjadi prekusor unit pembangun makro
molekul sel.
3. Untuk menggabungkan unit-unit pembangun ini menjadi protein, asam
nukleat, lipid, polisakarida, dan komponen sel lainnya.
4. Untuk membentuk dan mendegradasi biomolekul yang diperlukan di
dalam fungsi khusus sel
Pada proses anabolisme, energi yang dibutuhkan lebih banyak sehingga reaksinya
dapat berlangsung cepat dan efisien serta memerlukan energi dalam bentuk energi
panas. Proses ini memerlukan energi yang lebih besar karena, dalam proses anabolisme
proses yang terjadi lebih banyak dan prosesnya yang cepat dan efisien sehingga energi
yang di perlukan lebih besar. Reaksi seperti ini disebut juga reaksi endergonik atau reaksi
endoterm. Sedangkan dalam proses katabolisme energi yang di butuhkan lebih sedikit.
Hal ini terjadi dikarenakan pada reaksi katabolisme hanya menguraikan zat dan
melepaskan energi. Jadi energi yang diperlukan lebih sedikit. Suatu proses di mana
terjadi pelepasan energi disebut juga reaksi eskergonik atau reaksi eksoterm
(Kusumawati, 2012).

2.2 Anabolisme
Anabolisme merupakan proses penyusunan senyawa kompleks dari senyawa-
senyawa yang lebih sederhana. Proses ini membutuhkan energi bebas dari
lingkungannya. Energi yang digunakan dalam reaksi ini berupa energi cahaya ataupun
energi kimia. Energi tersebut selanjutnya digunakan untuk mengikat senyawa-senyawa

24 | B i o k i m i a T a n a m a n
 sederhana tersebut menjadi senyawa yang lebih kompleks sehingga dalam proses ini
energi yang diperlukan tersebut tidak hilang, tetapi tersimpan dalam bentuk ikatan-
ikatan kimia pada senyawa kompleks yang terbentuk. misalnya asam amino menjadi
protein(Wahjuni, 2013).
Reaksi yang termasuk dalam reaksi anabolisme yaitu fotosintesis dan kemosintesis.
Fotosintesis ialah reaksi anabolisme yang menggunakan energi cahaya. Sedangkan
kemosintesis ialah reaksi anabolisme yang menggunakan energi kimia

a. Fotosintesis
Fotosintesis adalah proses pengubahan zat-zat anorganik yaitu H2O dan CO2
oleh klorofil menjadi zat organik yaitu karbohidrat dengan pertolongan cahaya.
Tumbuhan menangkap cahaya menggunakan pigmen yang disebut klorofil. Pigmen
inilah yang memberi warna hijau pada tumbuhan. Klorofil terdapat dalam organel yang
disebut kloroplas. klorofil menyerap cahaya yang akan digunakan dalam fotosintesis.
Meskipun seluruh bagian tubuh tumbuhan yang berwarna hijau mengandung kloroplas,
namun sebagian besar energi dihasilkan di daun.

1. Reaksi Terang
Reaksi terang terjadi jika ada cahaya. Warna cahaya yang paling efektif diserap
klorofil adalah merah dan biru. Reaksi terang terjadi pada membran tilakoid. Pada
membran tersebut terdapat fotosistem yang tersusun dari pigmen-pigmen seperti
klorofil a, klorofil b, dan karotenoid. Fotosistem yang terlibat dalam fotosintesis adalah
fotosistem I dan II. Fotosistem I (P700), mengandung klorofil a yang menyerap kuat
energi cahaya dengan panjang gelombang 700 nm. Fotosistem II (P680), mengandung
klorofil a yang menyerap kuat energi cahay dengan panjang gelombang 680 nm.
Pigmen-pigmen dalam fotosistem berfungsi untuk menangkap energi cahaya.
Energi tersebut digubakan oleh klorofil a untuk melepaskan elektronnya. Ada dua
macam aliran elektron, yaitu :
1. Jalur Elektron Siklik
Elektron yang dilepaskan oleh fotosistem I akan ditangkap oleh transport
elektron. Elektron tersebut selanjutnya diteruskan menuju sistem feredoksin

25 | B i o k i m i a T a n a m a n
 (Fd) dan selanjutnya diteruskan menuju kompleks sitokrom dan akhitnya
kembali fotosistem I. Jalur elketron siklik menghasilkan ATP.
2. Jalur Elekton Nonsiklik
Reasksi ini dimulai ketika fotosistem II menyerap enegri cahaya. Energi
tersebut ditangkap oleh klorofil untuk memecah molekul air (fotolisis). Elektron
yang dilepaskan dari hasil fotolisis diteruskna menuju akseptor elektron ke
sistem transport elektron. Dalam proses ini terbentuk ATP. Pada akhirnya
eletron tersebut akan diterima oleh fotosistem I. Pada saat yang bersamaan,
fotosistem I menyerap energi cahaya dan juga melepaskan eletron. Elektron
tersebut diteruskan menuju akseptor elektron ks istem transport elektron
(feredoksin). Pada akhirnya, elektron tersebut akan ditangkap oleh NADP+, ion
H+ hasil fotosintesis akan diikat oleh NADP+ membentuk NADPH2. Reaksi terang
dan gelap menghasilkan ATP dan NADPH2. Kedua senyawa tersebut akan
disunakan dalam reaksi gelap.
2. Reaksi Gelap
Reaksi gelap berlangsung di dalam stroma tanpa memerlukan energi cahay. Reaksi
ini memiliki tiga tahapan, yaitu fiksasi, reduksi dan regenerasi.
1. Tahap Fiksasi
Pada tahap ini CO2 berikatan dengan ribulosa bifosfat (RuBP) membentuk dua
molekul 3-fosfogliserat (PGA) dengan bantuan enzim RuBP karboksilase (rubikso).
2. Tahap Reduksi
Pada tahap ini PGA dirubah menjadi DPGA (1,3-difosfogliserat) melalui
penambahan gugus fosfat dari ATP. Selanjutnya, NADPH mereduksi DPGA menjadi
fosfogliseraldehid (PGAL).
3. Tahap Regenerasi
Pada tahap ini molekul PGAL disusun ulang menjadi 3 molekul RuBP. Untuk
menyelesaikna proses ini, siklus membutuhkan 3 ATP. Adapun PGAL yang lain
digunakan untuk membentuk glukosa.

b. Kemosintesis
Kemosintesis adalah anabolisme yang menggunakan energi kimia. Energi kimia yang
digunakan pada reaksi ini adalah energi yang dihasilkan dari suatu reaksi kimia, yaitu

26 | B i o k i m i a T a n a m a n
 reaksi oksidasi. Kemosisntesis terjadi pada berbagai kelompok bakteri. Pelakunya disebut
sebagai organisme kemosintetik atau kemoautotrof, misalnya bakteri nitrifikasi, bakteri
belerang, bakteri besi, bakteri hidrogen, dan bakteri metana (Wahjuni, 2013).

2.3 KATABOLISME
Proses penguraian senyawa kompleks menjadi senyawa-senyawa yang lebih
sederhana disebut dengan katabolisme. Proses ini menghasilkan energi yang dapat
digunakan oleh makhluk hidup sehingga disebut reaksi eksogernik. Tujuan utama
katabolisme adalah untuk membebaskan energi yang terkandung di dalam senyawa
sumber. Proses pembongkaran ini dibedakan menjadi dua macam.yaitu sebagai berikut :
1. Apabila pembongkaran suatu zat dalam lingkungan memerlukan cukup oksigen
(aerob) disebut proses respirasi.
C6H12O6 + O2 ——————> 6CO2 + 6H2O + 688KKal.
(glukosa)
Proses respirasi aerob mengubah energi kimia yang terkandung dalam sari makanan
(glukosa) menjadi energi kimia dalam bentuk ATP. Pada proses respirasi aerob
terdapat 4 tahap utama yaitu;

1. Glikolisis
Glikolisis merupakan proses pengubahan molekul glukosa menjadi asam piruvat
menghasilkan NADH dan ATP. Glikolisis terjadi di sitosol. Dalam glikolisis, satu
molekul glukosa akan dihasilkan 2 asam piruvat, 2 NADH, dan 2 ATP. Asam piruvat
selanjutnya memasuki tahap dekarboksilasi oksidatif di dalam mitokondria.

Glukosa + 2ADP + 2P + 2NAD → 2 asam piruvat + 2ATP + 2NADH

27 | B i o k i m i a T a n a m a n
 Sumber: https://www.dosenpendidikan.co.id/anaerob-dan-aerob/

2. Dekarboksilasi Oksidatif atau Pembentukan Asetil Co-A

Pada tahap ini asam piruvat diubah menjadi asetil Co-A dengan menghasilkan
NADH dan melepaskan CO2. Pada organisme eukariotik, dekarboksilasi oksidatif
berlangsung dalam matriks mitokondria. Pada organisme prokariotik, tahap
berlangsung dalam sitosol (cairan sitoplasma)

+ 2NADH
2NAD

2C3H4O3 + 2CoA 2C2H3O-CoA + 2CO2

3. Siklus Kreb
Siklus kreb berfungsi menghasilkan enrgi dan berbagai senyawa antara yang
akan digunakan untuk sintesis senyawa lain. Tahap ini berlangsung didalam matriks
mitokondria. Dari 2 asetil Co-A yang masuk siklus akan menghasilkan 4 CO2, 2 ATP, 6
NADH, dan 2 FADH2.

28 | B i o k i m i a T a n a m a n
 Sumber; https://www.dosenpendidikan.co.id/anaerob-dan-aerob/

4. Sistem Transpor Elektron

Setiap transpor elektron berfungsi mengoksidasi NADH dan FADH2 dari tahap
sebelumnya. Tahap ini berlangsung dimembran dalam mitokondria. Elektron dan
nitrogen dari senyawa yang bergabung dalam NADH dan FADH2 dialirkan melalui
senyawa penerima elektron seperti NAD, FAD, koenzim, dan sitokrom. Oksigen
berfungsi sebagai penerima elektron terakhir pada proses tersebut. Selanjutnya,
oksigen bergabung dengan H+ membentuk H2O. Setiap perpindahan elektron yang
terjadi, energi yang terlepas dignakan untuk membentuk ATP (Albert L.Lehninger,
2000).
Pembentukan ATP dalam sistem transpor elektron terjadi melalui reaksi
fosforilasi oksidatif. Oksidasi 1 NADH menghasilkan 3 ATP, oksidasi 1 FADH
menghasilkan 2 ATP. Ada perbedaan antara jumlah ATP yang dihasilkan organisme
eukariotik dan prokriotik pada organisme eukariotik, oksidasi NADH dan FADH 2
terjadi dalam membran mitokondria. Namun, NADH hasil glikolisis dibentuk didalam
sitosol. Akibatnya, NADH tersebut harus dimasukkan kedalam mitokondria.
Pemindahan 2NADH hasil glikolisis tersebut memerlukan 2 ATP. Dengan demikian,
jumlah total ATP yang dihasilkan sebanyak 36 (Albert L.Lehninger, 2000).

29 | B i o k i m i a T a n a m a n
 Pada organisme prokariotik tidak memilik mitokondria, sehingga tidak terjadi
pengurangan ATP untuk pemindahan NADH kedalam mitokondria. Jumlah total ATP
yang dihasilkan sebanyak 38.

Sumber; https://www.dosenpendidikan.co.id/anaerob-dan-aerob/

2. Apabila pembongkaran suatu zat dalam dalam lingkungan tanpa memerlukan

oksigen (anaerob) disebut proses fermentasi. Reaksi-reaksi yang terjadi serta
organel yang berperan dalam respirasi anaerob sama seperti pada respirasi aerob.
Namun, dalam respirasi anaerob peran oksigen digantikan dengan zat lain, contoh
NO3 dan SO4. Respirasi anaerob hanya dapat dilakukan oleh mikroorganisme
tertentu, misal bakteri. Respirasi anaerob merupakan reaksi fermentasi. Fermentasi
adalah proses penguraian karbohidrat menjadi senyawa lain tanpa bantuan oksigen.
Fermentasi terdiri dari 2 tahap, yaitu glikolisis dan pembentuka NAD+. Pada proses
ini asam piruvat hasil glikolisis tidak diubah menjadi asetil Co-A tetapi direduksi
menjadi senyawa lain dengan bantuan NADH. Contoh fermentasi ialah, fermentasi
asam laktat dan fermentasi alkohol.

30 | B i o k i m i a T a n a m a n
 Contoh Fermentasi : C6H12O6 ——————> 2C2H5OH + 2CO2 + Energi.
(glukosa) (etanol)
Metabolisme juga dibagi menjadi dua bagian, yaitu:

 Metabolisme Primer: melibatkan ratusan enzim, tetapi jika dicermati lebih lanjut,
sebenarnya memiliki lintasan tertentu umumnya sama dengan pada semua makhluk
hidup (Sidik, 2002).
Contoh : lintasan glikolisis yang memecah molekul glukosa menjadi asetil koenzim A.
 Metabolisme sekunder: lintasan/jalur yang terjadi bukan dalam kehidupan tertentu
misal: mikroba dan tanaman.
Contoh: pembentuk alkaloid pada tanaman dan pembentukkan molekul karbohidrat
khusus pada Inulin (polimer fruktosa linear),dengan pada semua makhluk hidup. Seperti
lintasan glikolisis yang memecah molekul glukosa menjadi asetil koenzim A
(Kusumawati, 2012).

Daftar Pustaka
Albert,L.Lehninger. 2000. Bioihemistry Fundament,Carbohydrat. Protein, Lipid
Metabolism.,The Johns Hopkins University.
https://www.dosenpendidikan.co.id/anaerob-dan-aerob/. [Online].
Kusumawati, Rohana. 2012. Biologi Kelas XII. Klaten: Intan Pariwara.
Lehninger. 1982. Dasar Dasar Biokimia. Terjemahan dari: Principles of Biochemistry.
Penerjemah: Maggy Thenawijaya. Erlangga: Jakarta.
Sadikin M. Seri biokimia. 2002 .biokimia enzim. Jakarta: Widya Medika
Sridianti. 2019. https://www.sridianti.com/dwkb/apa-yang-dimaksud dengan
pencernaan- intraseluler [Online]. Diakses 28 September 2019
Wahjuni Sri. 2013. Metabolisme Biokimia. Bali: Udayana Press

31 | B i o k i m i a T a n a m a n
 BAB II
ENZIM

Tujuan Umum :
Mahasiswa memahami proses dan senyawa atau molekul yang terlibat dalam sintesis enzim.

3.1 Pengertian Enzim

Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai katalis
(senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi
kimia organic (Smith et al, 1997). Molekul awal yang disebut substrat akan
dipercepat perubahannya menjadi molekul lain yang disebut produk. Jenis produk
yang akan dihasilkan bergantung pada suatu kondisi/zat, yang disebut promoter
Semua proses biologis sel memerlukan enzim agar dapat berlangsung dengan cukup
cepat dalam suatu arah lintasan metabolisme yang ditentukan oleh hormon sebagai
promoter (Grisham et al, 1999)
Kebanyakan enzim adalah protein (sedikit ribonukleoprotein ditemukan dan
beberapa dari kelompok ini, aktifitas katalitiknya lebih dominan RNA ketimbang
protein).Enzim mengkatalis reaksi kimia yang berlangsung didalam tubuh.Katalisator
didefinisikan sebagai percepatan reaksi kimia oleh beberapa senyawa dimana
senyawanya tidak mengalami perubahan kimia secara permanen.Enzim terikat
sementara pada reaktan yang dikatalisisnya, dan kembali seperti semula setelah
terbentuk produk (Saryono, 2011).

3.2 Tata Nama dan Klasifikasi Enzim

Penamaan dan klasifikasi enzim secara sistematik, telah dikemukakan oleh
suatu badan internasional yaitu CEIUB ( Commission on enzymes of the International
Union of Biochemistry). Dalam sistem ini enzim dibagi menjadi enam golongan
utama.
Pada tahun 1958, dua enzimolog Dixon dan Webb mengklasifikasikan enzim
berdasarkan jenis reaksi yang dikatalisis ke dalam 3 kelompok. Kelompok A adalah
kelompok enzim yang melakukan hidrolisis, kelompok B mengkatalisis pemindahan
gugus, serta kelompok C adalah enzim lain selain kelompok A dan B. Klasifikasi Dixon

32 | B i o k i m i a T a n a m a n
 dan Webb belum menghasilkan tata nama yang deskriptif dan informatif, serta tidak
adanya ketegasan pengelompokan dengan adanya kelompok “lain-lain”. Menyadari
pentingnya klasifikasi dan tata nama enzim, pada tahun 1955 International Union of
Biochemistry (IUB) bekerja sama dengan International Union of Pure and Applied
Chemistry (IUPAC) membentuk komisi pakar untuk mengklasifikasikan enzim. Dasar
pengklasifikasian yang dilakukan komisi pakar IUB adalah jenis reaksi. Komisi ini
mengelompokkan semua jenis enzim yang ada ke dalam 6 kelas (Tabel 3). Keenam
kelas disusun dalam urutan tertentu dan diberi nomor yang tetap dan tidak boleh
diubah-ubah. Keenam kelompok/kelas utama enzim tersebut adalah
oksidoreduktase (kelompok 1), transferase (kelompok 2), hidrolase (kelompok 3),
liase (kelompok 4), isomerase (kelompok 5) dan ligase (kelompok 6).
Klasifikasi enzim secara internasional meliputi: nama golongan dan macam
reaksi yang dikatalisisnya (Wirahadikusumah, 1989). Menurut Poedjadi (1994), enzim
yang dibagi kedalam enam golongan tersebut digolongkan berdasarkan pada jenis
reaksi yang dikatalisis, keenam golongan enzim tersebut yaitu :
a) Oksido-reduktase
Enzim yang berperan dalam reaksi oksidasi-reduksi. Enzim yang termasuk
dalam golongan ini ada dua yaitu dehidrogenase dan oksidase. Contoh enzim
dehidrogenase yaitu : alkohol dehidrogenase dan glutamat dehidrogenase.
Contoh enzim oksidase yaitu : glukosa oksidase dan glisin oksidase
b) Transferase
Enzim yang berperan dalam reaksi pemindahan gugus tertentu. Contoh
enzim yang termasuk golongan ini adalah metiltransferase,
hidroksimetiltransferase dan aminotransferase.
c) Hidrolase
Enzim yang berperan dalam reaksi hidrolisis. Ada tiga jenis enzim hidrolase,
yaitu jenis yang memecah ikatan ester, memecah glikosida, dan yang
memecah ikatan peptida. Contoh enzim hidrolase yaitu esterase, lipase,
amilase, aminopeptidase, karboksipeptidase, pepsin, tripsin, dan kimotripsin.
d) Liase
Enzim yang termasuk golongan ini mempunyai peranan penting didalam
reaksi pemisahan suatu gugus dari suatu substrat (bukan cara hidrolisis) atau

33 | B i o k i m i a T a n a m a n
 sebaliknya. Contoh enzim golongan ini yaitu: dekarboksilase, aldolase, dan
hidratase.
e) Isomerase
Enzim yang termasuk dalam golongan ini bekerja pada reaksi perubahan
intramolekular misalnya reaksi perubahan glukosa menjadi fruktosa. Contoh :
ribulosafosfat epimerase, dan glukosafosfat isomerase.
f) Ligase
Enzim yang berperan pada reaksi penggabungan dua molekul, oleh
karenanya enzim-enzim tersebut juga dinamakan sintetase. Ikatan yang
terbentuk adalah ikatan C-O, C-S, C-N, atau C-C. Contoh: glutamin dan piruvat
karboksilase.

No. Kelompok/Kelas Sifat Biokimia Contoh Enzim

1. Oksidoreduktase Mengkatalisis reaksi reduksi-
oksidasi terhadap berbagai
gugus
2. Transferase Mengkatalisis berbagai reaksi
transfer gugus fungsional dari
molekul donor ke molekul
akseptornya. Salah satu
subkelompok enzim
transferase adalah enzim-
enzim kinase yang
mengendalikan metabolisme
dengan jalan mentransfer
Enzim yang termasuk dalam
golongan ini ada dua yaitu
dehidrogenase dan oksidase.
Contoh enzim dehidrogenase
yaitu : alkohol dehidrogenase
dan glutamat dehidrogenase.
Contoh enzim oksidase yaitu :
glukosa oksidase dan glisin
oksidase
metiltransferase,
hidroksimetiltransferase dan
aminotransferase.

34 | B i o k i m i a T a n a m a n
 gugus fosfat dari ATP ke
molekul lain.
3. Hidrolase Mengkatalisis reaksi Ada tiga jenis enzim hidrolase,
penambahan molekul air pada yaitu jenis yang memecah
suatu ikatan, yang kemudian ikatan ester, memecah
dilanjutkan dengan reaksi glikosida, dan yang memecah
penguraian (hidrolisis) ikatan peptida. Contoh enzim
hidrolase yaitu esterase,
lipase, amilase,
aminopeptidase,
karboksipeptidase, pepsin,
tripsin, dan kimotripsin
4. Liase Mengkatalisis reaksi Dekarboksilase, aldolase, dan
penambahan molekul air, hidratase.
ammonia atau karbon
dioksida pada suatu ikatan
rangkap, atau melepaskan air,
ammonia, atau karbon
dioksida dan membentuk
ikatan rangkap.
5. Isomerase Mengkatalisis berbagai reaksi ribulosafosfat epimerase, dan
isomerisasi, antara lain glukosafosfat isomerase
isomerisasi L menjadi D, reaksi
mutasi (perpindahan posisi
suatu gugus), dan lain-lain.
6. Ligase Mengkatalisis reaksi dimana glutamin dan piruvat
dua gugus kimia disatukan karboksilase.
atau diikatkan (ligasi) dengan
menggunakan energi yang
berasal dari ATP.

35 | B i o k i m i a T a n a m a n
 3.3 Kinetika Reaksi Enzim
Kinetika enzim berkaitan dengan pengukuran laju reaksi enzimatik, serta
dengan factor-faktor yang mempengaruhi laju reaksi tersebut.Factor-faktor penting
yang mempengaruhi laju reaksi enzimatik adalah konsentrasi substrat dan enzim, ph,
suhu dan adanya kofaktor serta ion logam.Penting untuk mempelajari mengenai
factor-faktor ini.Ada kalanya diperlukan optimalisasi laju reaksi tertentu.Laju yang
tergantung pada variable percobaan juga memungkinkan untuk memilih model-
model yang mungkin untuk memperkirakan bagaimana enzim berfungsi.
Reaksi-reaksi kimia dalam tubuh secara tidak langsung dipengaruhi oleh
enzim.Katalis-katalis ini, adalah spesifik untuk reaksi-reaksi tertentu. Akan tetapi,
katalis-katalis ini sering berubah-ubah (tidak tetap), pada beberapa ribu enzim yang
sekarang dikenal dapat berperan dalam beberapa reaksi seperti hidrolisis,
polimerisasi, pemindahan gugus fungsi, oksidasi reduksi, dehidrasi dan isomerisasi,
untuk menjelaskan hanya beberapa kelompok umum dari reaksi yang dipengaruhi
enzim. Enzim-enzim bukanlah merupakan permukaan pasif pada mana reaksi
berlangsung tetapi merupakan mesin molekul kompleks yang terus bekerja melalui
rasikan mekanisme reaksi yang berbeda beda. Sebagai contoh, beberapa enzim
hanya bekerja pada molekul-molekul substrat tunggal; lainnya bekerja pada dua atau
lebih molekul-molekul substrat yang berbeda yang akan mengatur terjadi atau
tidaknya suatu ikatan.
Beberapa enzim membentuk ikatan kovalen yang menjadi perantara untuk
membentuk kompleks dengan substratsubstratnya, tetapi ada juga yang
tidak.Pengukuran kinetik dari reaksi-reaksi katalis enzimatik merupakan teknik-
teknikyang sangat penting untuk menerangkan mekanisme katalis enzim.Pada
bahagian ini sebagian besar akan menguraikan mengenaiperkembangan parameter-
parameter kinetik yang sangat berguna pada penentuan mekanisme-mekanisme
enzimatik.
Kinetika enzim adalah perihal bagaimana enzim mengikat substrat dan
mengubahnya menjadi produk. Pada kinetika enzim dikenal dengan kurva saturasi
yang menunjukkan hubungan antara konsentrasi substrat (S) dan laju (v). Enzim
dapat mengkatalis reaksi hingga beberapa juta reaksi per detik.

36 | B i o k i m i a T a n a m a n
 Dalam kinetika enzim dikenal dengan keberadaan konstanta Michaelis-
Menten (Km). Yang merupakan konsentrasi substrat yang diperlukan untuk enzim
mencapai setengah kecepatan maksimum (Vmax). Setiap enzim memiliki karakteristik
Km tertentu untuk substrat tertentu juga. Km sendiri menunjukkan seberapa ketat
pengikatan substrat untuk enzim. Konstanta lain pada pembahasan kinetika enzim
adalah Kcat yang memberikan nilai dari jumlah molekul substrat yang ditangani oleh
satu situs aktif per detik. Sedangkan efisiensi dari enzim dinyatakan oleh Kcat/Km
(Marzuki, 2014).
Salah satu kontribusi utama Henri-Michaelis-Menten pada kinetika enzim
adalah memandang reaksi enzim sebagai dua tahapan. Pada tahap pertama, subtrat
terikat ke enzim secara reversible, membentuk kompleks enzim-substrat. Kompleks
ini kadang-kadang disebut sebagai kompleks Michaelis. Enzim kemudian
mengatalisasi reaksi kimia dan melepaskan produk.
Reaksi enzim pada substrat berlangsung melalui pembentukan
kompleks enzim-substrat (ES). Nilai maksimal atau Vmax akan tercapai jika
sistem/keadaan ES dijenuhkan oleh substrat.
Postulat reaksi : +P
Dengan : E = Enzim
S = Substrat
P = Produk

Untuk persamaan Michaelis-Menten:

Dengan : = laju awal

= laju maksimum
[S] = Konsentrasi Substrat
= Konstanta Michaelis Menten

3.4 Struktur Enzim

Apoenzim merupakan bagian protein dari enzim dan bersifat tidak tahan
panas (termolabil).Gugus prostetik merupakan bagian nonprotein dari enzim dan

37 | B i o k i m i a T a n a m a n
 bersifat tahan panas.Jika gugus prostetik berupa molekul anorganik, seperti logam
seng dan besi, disebut kofaktor. Adapun jika berupa molekul organik, seperti vitamin
B1 , B2 , dan NAD+ (ion Nicotinamide Adenine Dinucleotide) disebut koenzim.Enzim
pada umumnya ialah senyawa protein globular yang cukup besar.Struktur enzim
disebut sebagai holoenzim yang menggambarkan penyusun enzim itu
sendiri.Holoenzim tersusun atas apoenzim dan cofactor.Apoenzim ialah senyawa
protein globular yang menyusun sebagian besar enzim. Sementara kofaktor
merupakan senyawa nonprotein yang akan berikatan secara permanen atau tidak
dengan apoenzim dalam suatu enzim tertentu. Kofaktor dapat berupa koenzim,
gugus prostetik atau ion logam. Macam – macam kofaktor dibedakan sebagai
berikut:
1. Koenzim merupakan senyawa organik non protein yang tidak berikatan
secara permanen dengan protein penyusun enzim. Koenzim dapat berupa
vitamin, lemak, dan lainnya yang dapat diekstrak atau dipisahkan dengan
enzim pada suatu waktu tertentu dalam reaksi kimia
2. Gugus prostetik merupakan senyawa organik non protein yang berikatan
permanen (kuat) dengan apoenzim (protein). Sehingga gugus prostetik sulit
dipisahkan dengan komponen apoenzim.
Ion logam adalah senyawa non organik berupa ion – ion logam yang
bermuatan seperti magnesium (Mg2+), besi (Fe2+), dan lainnya yang berikatan pada
sisi aktif enzim. ion logam bertindak sebagai aktivator enzim.
Enzim memiliki sisi aktif sebagai tempat untuk berikatan dengan substratnya.
Enzim dapat pula memimiliki sisi allosterik yaitu sisi di luar sisi aktif yang
memungkinkan terjadinya ikatan enzim dengan aktivator yang dapat meningkatkan
kerja enzim atau justru menghambat kerja enzim. Pada umumnya, enzim berukuran
lebih besar dibanding substrat. Baik apoenzi maupun kofaktor tidak memiliki
aktivitas katalitik, namun, ketika apoenzim dan kofaktor berikatan menjadi
holoenzim maka akanmemiliki kemampuan untuk mengkatalisis senyawa lainnya
dalam suatu reaksi kimia. (Redhana et al, 2004)

38 | B i o k i m i a T a n a m a n
 3.5 Mekanisme Reaksi Enzim
Terikatnya substrat pada sisi aktif enzim menyebabkan berubahnya keadaan
substrat sehingga berada dalam keadaan transisi dan akibatnya molekul substrat
mengalami perubahan konformasi transisi yang diperlukan agar dapt diubah menjadi
produk. Beberapa ion logam yang merupakan kofaktor juga membantu terjadinya
ikatan sustrat dengan enzim (Wheeler, 1994). Jika enzim telah melakukan
pembentukan ikatan antara enzim dengan substrat dengan membentuk molekul
kompleks enzim substrat, pembentukan molekul ini sangat dipengaruhi oleh bentuk
sisi aktif enzim dan kespesifikan substrat.
Menurut Shahib (2005) ada dua teori yang mendukung dalam penjelasan
pembentukan kompleks enzim substrat, teori pertama yang diajukan oleh Fisher
yaitu teori Kunci dan Gembok / “Lock and Key” yang menjelaskan bahwa adanya
kespesifikan enzim terhadap substrat tertentu yang bentuknya sesuai dengan sisi
aktif enzim. Teori kedua adalah teori yang diajukan oleh Koshland yaitu teori “
Induced Fit” yang menjelaskan bahwa substrat akan menginduksi suatu perubahan
bentuk sisi aktif enzim sehingga dapat dengan mudah berikatan
1) Lock and key (gembok dan kunci)
Menurut teori kunci-gembok, terjadinya reaksi antara substrat dengan
enzim karena adanya kesesuaian bentuk ruang antara substrat dengan situs aktif
(active site) dari enzim, sehingga sisi aktif enzim cenderung kaku.Substrat
berperan sebagai kunci masuk ke dalam situs aktif, yang berperan sebagai
gembok, sehingga terjadi kompleks enzim-substrat. Pada saat ikatan kompleks
enzim-substrat terputus, produk hasil reaksi akan dilepas dan enzim akan
kembali pada konfigurasi semula. Berbeda dengan teori kunci gembok. Jika
enzim mengalami denaturasi (rusak) karena panas, maka bentuk sisi aktif
berubah sehingga substrat tidak sesuai lagi.

39 | B i o k i m i a T a n a m a n
 2) Teori Kecocokan Induksi (Daniel Koshland)
Menurut teori kecocokan induksi reaksi antara enzim dengan substrat
berlangsung karena adanya induksi substrat terhadap situs aktif enzim
sedemikian rupa sehingga keduanya merupakan struktur yang komplemen atau
saling melengkapi. Menurut teori ini situs aktif tidak bersifat kaku, tetapi lebih
fleksibel.

3. Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Enzim

a) Temperatur
Suhu inkubasi sangat mempengaruhi kerja dari enzim, suhu inkubasi yang
lebih tinggi dari suhu optimum kerja enzim dapat menyebabkan terjadinya
perubahan konformasi sisi aktif enzim yang disebabkan adanya denaturasi
protein enzim (Arbianto, 1989). Sebagian besar enzim terdenaturasi pada
suhu diatas 50 ºC (Wolfe, 1993). Dalam batas-batas suhu tertentu, kecepatan
reaksi yang dikatalisis enzim akan naik bila suhunya naik. Reaksi yang paling
cepat terjadi pada suhu optimum (Rodwell, 1987). Pada suhu 0 oC enzim

40 | B i o k i m i a T a n a m a n
 menjadi tidak aktif dan dapat kembali aktif pada suhu normal (Lay and Sugyo,
1992).
b) pH (Derajat Keasaman)
pH (Derajat Keasaman) enzim pada umumnya bersifat amfolitik, yang berarti
enzim mempunyai konstanta disosiasi pada gugus asam maupun gugus
basanya, terutama pada gugus residu terminal karboksil dan gugus terminal
amino. Perubahan kereaktifan enzim diperkirakan merupakan akibat dari
perubahan pH lingkungan (Winarno, 1989). Perubahan pH dapat
mempengaruhi asam amino kunci pada sisi aktif, sehingga menghalangi sisi
aktif enzim membentuk kompleks dengan substratnya (Page, 1989).
c) Konsentarasi Enzim
Kecepatan laju reaksi enzimatik berhubungan langsung antara konsentrasi
enzim dengan substrat (Orten and Neuhaus, 1970). Konsentrasi enzim secara
langsung mempengaruhi kecepatan laju reaksi enzimatik, laju reaksi
meningkat dengan bertambahnya konsentrasi enzim (Poedjiadi, 1994).
d) Konsentrasi substrat
Kecepatan reaksi enzimatis pada umumnya tergantung pada konsentrasi
substrat. Kecepatan reaksi akan meningkat apabila konsentrasi substrat
meningkat. Peningkatan kecepatan reaksi ini akan semakin kecil hingga
tercapai suatu titik batas yang pada akhirnya penambahan konsentrasi
substrat hanya akan sedikit meningkatkan kecepatan reaksi (Lehninger,
1982).
e) Aktivator dan inhibitor
Beberapa enzim memerlukan aktivator dalam reaksi katalisnya. Aktivator
adalah senyawa atau ion yang dapat meningkatkan kecepatan reaksi
enzimatis. Komponen kimia yang membentuk enzim disebut juga kofaktor.
Kofaktor tersebut dapat berupa ion-ion anorganik seperti Zn, Fe, Ca, Mn, Cu,
Mg atau dapat pula sebagai molekul organik kompleks yang disebut koenzim
(Martoharsono dan Soeharsono, 1997). Menurut Wirahadikusumah (2001)
inhibitor merupakan suatu zat kimia tertentu yang dapat menghambat
aktivitas enzim. Pada umumnya cara kerja inhibitor adalah dengan

41 | B i o k i m i a T a n a m a n
 menyerang sisi aktif enzim sehingga enzim tidak dapat berikatan dengan
substrat dan fungsi katalitik enzim tersebut akan terganggu (Winarno, 1989).

DAFTAR PUSTAKA
Anna Poedjiadi, 1994. Dasar-Dasar Biokimia. Penerbit UI-Press: Jakarta.
Arbianto, P. 1989. Biokimia Konsep-konsep Dasar. Departemen Pendidikan dan Kebudayaan
Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Jakarta. 222-225
Smith AL (Ed); et al. (1997).Oxford dictionary of biochemistry and molecular biology. Oxford
[Oxfordshire]: Oxford University Press.
Ngili,Y.(2013) Biokimia dasar,Bandung: Rekayasa Sains
Grisham, Charles M.; Reginald H. Garrett (1999).Biochemistry. Philadelphia: Saunders
College Pub. hlm. 426–7.
Lay, B. W. and Sugyo,H. 1992. Mikrobiologi. Rajawali Pers. Jakarta. 107-112.
Lehninger, A. L., 1982, Dasar-dasar Biokimia, Jlilid 1, Alih bahasa, Maggi Thenawijaya,
Erlangga, Jakarta.
Martoharsono, Soeharsono. 1997. Biokimia Jilid I. UGM Press. Yogyakarta. 91.
Orten, J. M. and O.W. Neuhaus. 1970, Biochemistry C. V. Mosby Company. Saint Louis. 430-
435.
Page, D.S. 1989. Prinsip-Prinsip Biokimia. Erlangga. Jakarta.
Redhana, I Wayan. 2004. Buku Ajar Biokimia.Singaraja: IKIP N Singaraja
Rodwell, V.W. 1987. Harper’s Review of Biochemistry. EGC Kedokteran. Jakarta
Saryono. (2011) Biokimia Ezim, Yogyakarta: Nuha Medika
Winarno, F.G. 1989. Enzim Pangan dan Gizi. PT. Gramedia Pustaka Utama. Jakarta. 155
halaman
Wirahadikusumah, M. 1989. Biokimia: Protein, Enzim dan Asam Nukleat. ITB. Press.
Bandung. 91 halaman.
Wirahadikusuma, Muhammad. 2001. Biokimia Protein, Enzim dan Asam Nukleat. Bandung:
ITB.
Wolfe, S.L. 1993. Molecular and Cellular Biology. Wadsworth Publishing Company. California

42 | B i o k i m i a T a n a m a n
 BIODATA PENULIS
Inti Mulyo Arti, STP, MSc lahir di kota Nganjuk dari pasangan
Rahimahullah Mulyono, S.Sos dan Ibu Sarmiyati, SPd. Pada tahun
2015, penulis dinikahi oleh Hernowo, ST dan kini dikaruniai dua
orang anak.
Penulis memulai masa pendidikan di TK Pertiwi dan melanjutkan
sekolah dasar di SDN Sengkut. Sekolah menengah penulis
diperoleh di SLTPN 1 Berbek dan dilanjutkan di SMAN 2 Nganjuk.
Penulis menempuh program sarjana (2008-2012) di Fakultas
Teknologi Pertanian, Universitas Brawijaya dengan bidang keahlian Teknologi Hasil
Pertanian. Program Magister ditempuh di Fakultas Teknologi Pertanian, Universitas Gadjah
Mada. Pasca lulus program magister, penulis bekerja sebagai dosen di Program Studi
Agroteknologi dan Teknik Industri, Fakultas Teknologi Industri, Universitas Gunadarma.

43 | B i o k i m i a T a n a m a n