Struktur organisasi PT KAI dibagi berdasarkan fungsi dari masing-masing
bagian. Pembagian ini dimaksudkan untuk mencapai tujuan organisasi secara efektif. Pada struktur fungsional perusahaan PT KAI, head manager berperan sebagai pengontrol jalannya tata kelola perusahaan setiap arus informasi harus melewati bagian-bagian tertentu diperusahaan. Pembagian unit kerja seperti yang terlihat pada bagan juga dimaksudkan agar tercipta struktur kerja yang baik dan mudah dimengerti oleh anggota organisasi. Pada data kasus yang diberikan, terlihat bahwa bagian-bagian yang berada di PT KAI bergerak secara independent sesuai dengan lini tugasnya masing-masing.