KULTUR

JARINGAN

5 fakta
BIOKIMIA
UNIK
Asam Nukleat

PPs UNM PENDIDIKAN BIOLOGI A 2019

C ONTENTS

i
APA
ITU ASAM NUKLEAT ??
Asam nukleat adalah suatu
polimer yang terdiri atas banyak
molekl nukleotida.Asam nukleat
ada dua macam yaiut DNA dan
RNA . Asam nukleat ini terdiri dari
jaringan-jaringan tubuh sebagai
nukleoprotein, yaitu gabungan
antara asam nukleat dengan
protein. Untuk memperoleh asam
nukleat dari jaringan-jaringan
tersebut dapat dilakukan
ekstraksi terhadap nukleoprotein
terlebih dahulu menggunakan
larutan garam 1M.

Setelah nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan atau dipecah menjadi protein-

protein dan asam nukleat dengan menambah asam-asam lemak atau alkali secara
hati-hati, atau dengan menambahNaCl hingga larutan menjadi jenuh. Setelah
terpisah dari protein yang mengikatnya, asam nukelat dapat diendapkan dengan
penambahan alkohol perlahan-lahan. Disamping itu penambahan NaCl hinggan
jenuh akan mengendapkan protein.

1
 Asam nukleat biasanya tersusun atas DNA dan RNA yang terdiri darimonomer
nukleotida,dimana nukleotida ini biasanya tersusun atas gugus fosfat,basa
nitrogen,dan gula pentosa serta kelompok basa purin dan piridin seperti:adenine,
guanine, sitosin, timin dan danurasil.

S Truktur
Asam Deoksiribonukleat
Asam ini adalah polimer yang terdiri atas molekul-molekul deoksiribonukleotida
yang terikat satu sama lain sehingga membentuk rantai polinukleotida yang panjang.
Molekul DNA yang panjang ini terbentuk oleh ikatan antara atom C nomor 3 dengan
atom C nomor 5 pada molekul deoksiribosa dengan perantaraan gugus fosfat. Secara
kimia DNA mengandung karakteri/sifat sebagai berikut:

1. Memiliki gugus gula deoksiribosa.

2. Basa nitrogennya guanin (G), sitosin (C), timin (T) dan adenin (A).
3. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel
4. Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan
berpasangan spesifik satu dengan lain. Guanin selalu berpasangan
dengan sitosin (G±C),dan adenidan adenin berpasangan dengan timin (A
- T), sehingga jumlah guanin selalu sama dengan jumlah sitosin.
Demikian pula adenin dan timin.

2
Basa purin yang terdapat pada DNA ilah adenin dan guanin. Sitosin dan
timin adakalah basa pirimidin yang terdapat pada asam nukelat ini molekul
DNA yang panjang ini terbentuk oleh ikatan antara atom CC nomor 3 dengan
atom C nomor 5 pada molekul deoksiribosa dengan perantaraan gugus
fosfat. Dalam tubuh bentuk laktam terdapat lebih banyak daripada bentuk
laktim, oleh karena basa tersebut ditulis dalam bentuk laktam. Dalam rumus
DNA tersebut dapat pula dilihat bahwa karakteristik atau ciri khas suatu
asam nukelat terletak pada urutan basa purin dan pirimidin yang terdapat
pada molekul asam nukleat tersebut

R N
A
(Ribonukleat acid)
 Asam ribonukleat adalah salah
satu polimer yang terdiri atas
molekul ribonukleotida. Seperti
DNA, asam ribonukleat ini
terbentuk oleh adanya ikatan
antara atom C nomer 3 dengan
atom C nomer 5 pada molekul
ribosa dengan perantaraan
gugus fosfat. Dibawah ini
adalah gambar struktur
sebagian dari molekul RNA :

Meskipun banyak persamaan dengan DNA, RNA mempunyai

beberapa perbedaan dengan DNA yaitu;

1. Bagian pentosa RNA dalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA

adalah deoksiribosa.
4
2. Bentuk molekul DNA ilah heliks gand
3. Bentuk molekul RNA bukan heliks ganda, tetapi berupa rantai
tunggal yang terlipat sehingga menyerupai ganda.
4. RNA mengandung basa adenim, guanim dan sitosin seperti DNA,
tetapi tidak mengandung timin. Sebagai gantinya, RNA mengandung
urasil. Dengan demikian bagiab basa pirimidin RNA berbeda
dengan bagian basa pirimidin DNA.
5. Jumlah guanim dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan
sitosin, demikian pula jumlah adenin tidak harus sama dengan
urasil.
Ada tiga macam RNA, tRNA (transfer RNA),
mRNA (messenger RNA) dan rRNA
(ribosomal RNA). Ketiga macam RNA ini
mempunyai fungsi yang berbeda-beda,
tetapi ketiganya secara bersama-sama

R
mempunyai peranan penting dalam sintesi

eplikasi protein. 5

D N A
 S etiap sel mengandung

“buku resep” DNA yang

memberikan informasi lengkap
mengenai bagaimana membuat
dan mempertahankan sel
tersebut. Ketika bereproduksi sel
harus menduplikasi informasi
ini, menyediakan satu salinan
kepada sel keturunan yang baru
seraya menyimpan satu salinan
untuk dirinya sendiri.

Gambar. 1 Pasangan basa DNA dan ikatan hidrogen

Dengan demikian, setiap sel harus memiliki cara menyalin instruksi DNA. Dalam suatu
demonstrasi yang jelas mengenai bagaimana struktur sistem biologis dapat memberi wawasan
tentang fungsinya, model DNA Watson and Crick menunjukkan bahwa tampaknya setiap untai
DNA berperan sebagai cetakan atau template untuk memandu reproduksi untai satunya lagi.
Bila kita mengetahui sekuens basa-basa pada salah satu untai heliks ganda, kita bisa dengan
sangat mudah menentukan sekuens basa-basa pada untai satunya lagi dengan cara
mengaplikasikan aturan-aturan perpasangan basa: A pasangan dengan T (dan T dengan A), dan
G pasangan dengan C (dan C dengan G).

Replikasi diawali dengan membuka Kedua untaian heliks ganda membuka dan masing-
masing menentukan untaian anak yang baru, dengan
pilihanan salah satu ujung DNA karena 6
memasangkan basanya.
kerja enzim. Pilinan memisah menjadi
benang atau untauan tunggal karen
aikatan hidrogen yang lemah.
Sementara pilinan benang rangkap ini terurai,
Selanjutnya, masing-masing benang ini
nukleotida baru terpasang sejajar sepanjang tiap
berlaku sebagai cetakan tempat
benang (untaian). Nukleotida-nukleotida ini
menempel benang kedua berikutnya.
digabungkan satu-persatu, dengan cara saling
Jadi, benang pertama menjadi cetakan
melengkapi secara tepat, timin berseberangan
benang baru dan benang kedua juga
dengan adenin dan sitosisn berseberangan dengan
menjadi cetakan benang kedua yang
guanin. Polimerase nukleotida-nukleotida ini
Karena tiap benang atau untaian baru merupakan komplemen salah satu komponen lama, untaian baru yang
menempel ini mempunyai susunan tepat sama seperti untaian semula. Hasilnya adalah pasangan spiral (heliks
ganda) yang identik. Dengan cara ini,sifat—sifat gen diturunkan dari satu generasi ke generasi berikutnya.

Secara sederhana, tingkat-tingkat replikasi DNA dapat

dijelaskan pada Gambar. 2 Pembentukan rantai polinukleotida
baru dalam replikasi DNA dari nukleotida-nukleotida adalah
melalui pembentukan ikatan 3`,5`-fosfodiester. Dalam hal ini dua
nukleotida membebaskan pirofosfat atau difosfat sehingga kedua
nukelotida tersebut bergabung menjadi satu. Proses berlangsung
terus sehingga terbentuk polinukleotida yang baru.

7
 Gambar. 2 Replikasi DNA

Mekanisme replikasi DNA telah

diteliti oleh Meselson dan Stahl.
Hasil penelitian mereka
menunjukkan bahwa replikasi DNA
berlangsung dengan mekanisme
semikonservatif yaitu dua pita dari
heliks ganda (induk) memisahkan
diri dan selama proses replikasi,
masing-masing pita membentuk
pita komplemennya dari nukleotida-
nukleotida yang ada. Hasilnya
adalah masing-masing pita yang
lama mendapatkan pasangan pita
baru seperti pasangan yang lama. Gambar. 3 Model Replikasi DNA
Setelah replikasi terbentuk dua pita
DNA baru yang mirip.

T RANSKRIPSI 8

Sebagian besar sekuens DNA yang ditranskripsi menghasilkan mRNA yang

kemudian ditranslasi menjadi protein. Pertumbuhan rantai RNA terjadi
 pada arah 5`-3`.Untuk mentranskripsikan sebagian sekuens tertentu, RNA
polimerase terikatpada tapak DNA yang disebut promoter, tepat di hulu 5`
pada tapak awal transkripsi.

Hasil transkripsi dimodifikasi secara kimiawi sebelum terbentuk sebagai mRNA

fungsional. Hal ini dikarenakan gen eukariotik yang akan diekspresikan sebagai
protein mengandung sekuens-sekuens penghalang yang tidak ditranslasikan
yang disebut intron. Intron tersebut dieksisi atau dipotong, sehingga tersisa
sekuens-sekuens yang berhubungan dengan segmen-segemn yang akan
ditranslasi, atau ekson dalam mRNA.

Gambar Transkripsi: inisiasi, elongasi, dan terminasi

TRANSLASI
9

RNA duta (mRNA)

Bahan penting pertama yang dibutuhkan untuk translasi adalah mRNA yang dihasilkan
oleh transkripsi. Begitu ada mRNA, mekanisme yang digunakan untuk mentranslasi
mRna membutuhkan enzim-enzim dan sumber-sumber energi kimia, misalnya ATP.
Selain itu, translasi membutuhkan dua komponen penting lainnya: ribosom dan sejenis
RNA yang disebut RNA transfer

RNA transfer (tRNA)

Translasi pesan genetik yang dibawa dalam mRNA menjadi asam amino protein
membutuhkan penerjemah. Guna mengonversi kata-kata tiga huruf (kodon) pada asam
nukleat menjadi kata-kata asam amino pada protein, sel menggunakan penerjemah
molekular berupa sejenis RNA yang disebut RNA transfer (tRNA) yang ditunjukkan oleh
Gambar berikut ini

Gambar Struktur tRNA

Molekul-molekul tRNA
bertugas memasangkan asam
amino dengan kodon-kodon
yang sesuai guna membentuk
. polipeptida baru. Dua fungsi
tRNA, yakni: (1) mengambil
asam amino yang sesuai dan (2)
mengenali kodon yang sesuai
pada mRNA. Struktur unik
molekul tRNA
memungkinkannya bisa
melakukan kedua tugas ini
Seperti yang ditunjukkan di
bagian kiri Gambar, molekul
tRNA terbuat dari seuntai tunggal
10
RNA – satu rantai polipeptida –
tersusun atas sekitar 80
nukleotida. Di satu ujung
molekul yang melipat terdapat
triplet basa khusus yang disebut
antikodon. Triplet antikodon
bersifat komplementer terhadap
triplet kodon pada mRNA.
 R IBOSOM
Ribosom adalah organel dalam sitoplasma
yang mengkoordinasikan berfungsinya
mRNA dan tRNA yang membuat polipeptida.
Seperti yang terlihat pada Gambar, ribosom
terdiri atas dua subunit. Setiap subunit terdiri
atas protein-protein dan satu RNA lain lagi.
RNA Ribosom rRNA, dalam jumlah yang
cukup banyak. Sebuah ribosom yang telah
terakit sempurna memiliki satu situs

Gambar Diagram ribosom pengikatan bagi mRNA pada subuit kecilnya

dan situs-situs pengikatan bagi tRNA pada

PROSES subunit besarnya.

11

TRANSLASI

Inisiasi
Fase pertama ini menyatukan mRNA, asam amino pertama dengan tRNA-nya yang
melekat, dan kedua subunit ribosom. (1) molekul mRNA berikatan ke subunit
kecil ribosom. tRNA inisiator khusus kemudian berikatan ke kodon start, di
mana translasi akan dimulai pada mRNA. tRNA inisiator membawa asam amino
metionin (Met); antikodonnya, UAC, berikatan ke kodon start, AUG. (2)
subunit besar ribosom berikatan ke subunit kecil, menciptakan ribosom yang
fungsional. tRNA inisiator masuk ke situs P pada ribosom.

Elongasi

Begitu selesai inisiasi, asam-asam amino ditambahkan satu per satu ke asam
amino pertama. Setiap penambahan terjadi dalam tiga langkah proses elongasi
yang ditunjukkan pada Gambar. (1) antikodon pada molekul tRNA yang baru
datang membawa asam aminonya berpasangan dengan kodon mRNA di situs A
ribosom. (2) polipeptida meninggalkan tRNA di situs P dan melekat ke asam
amino pada tRNA di situs A. ribosom menciptakan satu ikatan peptida baru.
(3) tRNA di situs P kini meninggalkan ribosom, dan ribosom memindahkan tRNA
sisanya yang membawa polipeptida yang sedang bertumbuh, ke situs P. mRNA
dan tRNA bergerak sebagai satu kesatuan. Perpindahan ini membawa kodon Mrna
berikutnya yang akan ditranslasikan ke situ A, dan proses itu bisa dimulai
lagi dengan langkah 1.

12
 Gambar Translasi:
inisiasi, elongasi dan terminasi

Terminasi

Elongasi berlanjut sampai sebuah kodon stop mencapai situs A ribosom.

Kodon-kodon stop – UAA, UAG, dan UGA – tidak mengkode asam amino
melainkan menginstruksikan agar translasi dihentikan. Polipeptida yang
sudah selesai, biasanya berpanjang beberapa ratus asam amino, kemudian
dilepaskan dan ribosom memisah kembali menjadi subunit-subunitnya.

13

UNIK
 DAFTAR
14
PUSTAKA

Simon et al.2006.Campbell Intisari Biologi. Erlangga:Jakarta.

Kuchel,Philip and Gregory, Ralston. 2006.Schaum’s Biokimia. Erlangga.

Poedjiadi,Anna.2012. Dasar-dasar Biokimia.UI Press. Jakarta.