Strategi Peningkatan Ekspresi Protein Rekombinan Secara Intraseluler Pada Escherichia Coli Menggunakan Fusi Protein Peningkat Kelarutan
Strategi Peningkatan Ekspresi Protein Rekombinan Secara Intraseluler Pada Escherichia Coli Menggunakan Fusi Protein Peningkat Kelarutan
net/publication/347793916
CITATIONS READS
0 27
1 author:
SEE PROFILE
All content following this page was uploaded by Eva Annisa Nurhakim on 24 December 2020.
ABSTRAK
Escherichia coli masih menjadi salah satu bakteri yang paling banyak digunakan sebagai inang
pada produksi protein rekombinan. Penggunaan E. coli sebagai inang memiliki kelebihan
diantaranya pertumbuhannya yang cepat, biaya produksi relatif murah, dan tingkat ekspresi
protein target yang tinggi. Terlepas dari kelebihan yang telah disebutkan, penggunaan E. coli
sebagai inang juga memiliki kelemahan yaitu protein rekombinan yang diekspresikan pada E.
coli sering kali gagal mencapai konformasi yang benar. Protein-protein dengan pelipatan yang
tidak tepat akan membentuk badan inklusi yang dapat menyebabkan protein menjadi tidak
aktif. Salah satu strategi yang telah dikembangkan untuk mengatasi keterbatasan tersebut
adalah penggunaan fusi protein yang berfungsi untuk meningkatkan perolehan protein larut.
Teknologi fusi protein telah banyak dilaporkan efektif dalam meningkatkan hasil ekspresi
protein rekombinan pada E. coli. Dalam artikel review ini, akan dipaparkan gambaran umum
mengenai fusi protein yang paling sering digunakan. Artikel ini diharapkan dapat menjadi
referensi untuk produksi protein rekombinan pada E. coli menggunakan teknologi fusi protein.
PENDAHULUAN
Teknologi DNA rekombinan pertama kali lebih cepat dan mudah dibandingkan dengan
diperkenalkan pada tahun 1970-an dengan sumber alaminya (Costa et al., 2014).
ditemukannya struktur DNA oleh Watson Escherichia coli masih menjadi salah satu
dan Crick. Pada tahun 1977, ilmuwan dari bakteri yang paling banyak digunakan
Genentech bersama dengan peneliti lain sebagai inang pada produksi protein
berhasil mengekspresikan protein rekombinan (Maksum et al., 2019). E coli
somatostatin manusia menggunakan bakteri diklasifikasikan sebagai bakteri Gram-
sebagai inangnya (Maksum et al., 2017). negatif berbentuk batang yang termasuk ke
Sejak saat itu, protein mulai banyak dalam famili Enterobacteriaceae (Melati et
diekspresikan menggunakan inang dari al., 2019). Penggunaan E. coli sebagai inang
berbagai organisme dengan proses yang produksi protein rekombinan memiliki
beberapa kelebihan diantaranya: (1)
1
Artikel Review
2
Artikel Review
Gambar 2. Ilustrasi peran MBP sebagai holdase dalam meningkatkan kelarutan protein
rekombinan (Raran-Kurussi & Waugh, 2012).
3
Artikel Review
4
Artikel Review
antara tag fusi dengan protein target (Costa struktur protein yang rentan mengalami
et al., 2014). agregasi. NusA dan MBP dilaporkan
memiliki mekanisme yang serupa dimana
NusA bertindak seperti MBP yaitu berperan
secara pasif pada pelipatan protein. Oleh
karena itu, NusA dan MBP digolongkan
sebagai dua fusi peningkat kelarutan protein
target terbaik (Costa et al., 2014).
Raran-Kurussi & Waugh (2014)
membandingkan penggunaan NusA dan
MBP sebagai fusi peningkat kelarutan
terhadap protein G3PDH, GFP, DHFR,
DUSP14, dan protease TEV (Gambar 5).
Gambar 4. Struktur NusA (PDB: 5LM9)
Kedua fusi peningkat kelarutan sama-sama
memberikan hasil yang baik dengan tingkat
Terlepas dari sifat fisikokimia dan
kelarutan protein target berkisar antara 50-
struktur yang berbeda, NusA dan MBP dapat
90%. NusA lebih unggul dalam
meningkatkan kelarutan protein target
meningkatkan kelarutan protein G3PDH dan
secara keseluruhan tanpa mempengaruhi
Gambar 5. Persentase kelarutan protein target dengan penambahan His (tanpa fusi peningkat
kelarutan), His-MBP, dan His-NusA. G3PDH = Glyceraldehyde 3-phosphate
dehydrogenase; GFP = Green Fluorescent Protein; DHFR = Dihydrofolate
Reductase; DUSP14 = Dual Specificity Phosphatase; TEV = Tobacco Etch Virus
(Raran-Kurussi & Waugh, 2014).
5
Artikel Review
GFP, sementara MBP lebih unggul dalam Penggunaan TrxA dapat menghindari
meningkatkan kelarutan protein DHFR, pembentukan badan inklusi dengan
DUSP14, dan protease TEV. Hasil ini memanfaatkan aktivitas oksido-reduktase
menunjukkan bahwa kemampuan NusA dan TrxA untuk pengurangan ikatan disulfida.
MBP dalam meningkatkan kelarutan protein TrxA tidak memiliki sifat yang dapat
target dipengaruhi oleh karakteristik dari digunakan dalam pemurnian sehingga
protein target itu sendiri (Raran-Kurussi & diperlukan tag afinitas seperti His-tag untuk
Waugh, 2014). pemurnian protein (Costa et al., 2014;
Young et al., 2012). Salah satu vektor yang
Thioredoxin A (TrxA) telah tersedia secara komersial yaitu pET32
(His-TrxA) dari Novagen dapat digunakan
Thioredoxin termasuk ke dalam keluarga
untuk produksi dan pemurnian protein
enzim oksido-reduktase yang mengkatalisis
rekombinan (Costa et al., 2014).
reaksi pengurangan ikatan disulfida melalui
Chen et al. 2017 berhasil
pertukaran tiol-disulfida. Salah satu
mengekspresikan protein hairpin yang
thioredoxin pada E. coli, TrxA, merupakan
difusikan dengan Trx pada E. coli BL21
protein termostabil berukuran 11,6 kDa yang
(DE3). Protein Trx-hairpin diekspresikan
menunjukkan kelarutan yang tinggi dalam
dengan berat molekul sebesar ~62 kDa
sitoplasma (Gambar 6). TrxA telah
dengan fraksi terlarut sebesar ~45,3% (85,6
digunakan sebagai protein fusi pada N- atau
mg) dari total protein (189 mg) (Gambar 7).
C-terminal protein target untuk
meningkatkan ekspresi protein larut dari
protein rekombinan (Young et al., 2012).
marker; 1 = Trx-hairpin tanpa (Costa et al., 2014). Protein fusi GST dapat
induksi; 2 = Trx-hairpin
dimurnikan dengan kromatografi afinitas
dengan induksi; 3 = fraksi
terlarut; 4 = fraksi tidak terlarut menggunakan turunan glutation yang
(Chen et al., 2017).
diimobilisasi. GST dapat dielusi
menggunakan glutation di bawah kondisi
Glutathione-S-transferase (GST)
non-denaturasi. GST juga dapat
Glutathione-S-transferase (GST) dari digabungkan dengan tag afinitas lain seperti
Schistosoma japonicum merupakan protein His-tag untuk meningkatkan kelarutan
dengan berat molekul 26 kDa yang dapat protein (Young et al., 2012; Costa et al.,
meningkatkan kelarutan protein rekombinan 2014). Vektor ekspresi GST yang telah
(Gambar 8) (Costa et al., 2014; Young et tersedia secara komersial adalah seri pGEX
al., 2012). GST dapat difusikan pada N- atau dari GE Healthcare yang telah menyertakan
C-terminal protein target namun menjadi situs pembelahan protease di antara tag fusi
lebih efisien jika difusikan pada N-terminal dengan protein target untuk penghilangan
protein target. GST dapat melindungi protein tag selama atau setelah proses pemurnian
target dari degradasi proteolitik dan (Young et al., 2012).
menstabilkan protein target dalam fraksi
larut sebagai monomer atau homodimer
(Costa et al., 2014). Namun, GST dianggap
sebagai fusi peningkat kelarutan yang buruk
karena beberapa protein yang difusikan
dengan GST tidak dapat larut sebagian atau
bahkan seluruhnya. Protein target yang
diperkaya dengan residu hidrofobik, residu
bermuatan, atau memiliki ukuran yang lebih
besar dari 100 kDa berpotensi diekspresikan
sebagai fraksi tak larut (Young et al., 2012). Gambar 8. Struktur GST (PDB: 1M9A)
Glutathione transferase adalah enzim
yang mengkatalisis reaksi adisi nukleofilik Raran-Kurussi & Waugh (2012)
tiol dari glutation ke berbagai molekul membandingkan penggunaan GST dan MBP
ini, pemurnian protein fusi GST dilakukan protein G3PDH, GFP, DHFR, DUSP14, dan
7
Artikel Review
protein target berkisar antara 40-90% protein His-GFP dan His-TEV protease
(Gambar 9). Hasil penelitian menunjukkan lebih besar dibandingkan dengan kelarutan
bahwa fraksi terlarut protein yang difusikan His-GST-GFP dan His-GST-TEV protease.
dengan GST lebih rendah dari pada MBP Hal ini diperkirakan terjadi karena GST
namun lebih tinggi dari pada His (tanpa fusi menghalangi proses pelipatan protein GFP
peningkat kelarutan) terkecuali untuk dan protease TEV (Raran-Kurussi & Waugh,
protein GFP dan protease TEV. Kelarutan 2012).
Gambar 9. Persentase kelarutan protein target dengan penambahan His, His-MBP, dan His-
NusA (Raran-Kurussi & Waugh, 2012).
Small ubiquitin-related modifier (SUMO) protein target (Costa et al., 2014). Dalam
kondisi aslinya, Saccharomyces cerevisiae
Small ubiquitin modified (SUMO) adalah
Smt3 adalah suatu bentuk modifikasi pasca-
protein kecil berukuran 11 kDa yang
translasi yang berperan dalam transportasi
ditemukan dalam ragi (satu gen tunggal yang
nukleus-sitosol, apoptosis, aktivasi protein,
mengkode Smt3) (Gambar 10) dan
respon terhadap stress, dan siklus sel (Young
vertebrata (tiga gen yang mengkode SUMO-
et al., 2012).
1, SUMO-2, dan SUMO-3). SUMO baru-
Ketika digunakan sebagai fusi peningkat
baru ini digunakan sebagai fusi peningkat
kelarutan, SUMO mempromosikan
kelarutan jika difusikan pada N-terminal
pelipatan dan stabilitas struktural yang
8
Artikel Review
9
Artikel Review
Li, J., Han, Q., Zhang, T., Du, J., Sun, Q., &
Pang, Y. (2018) Expression of soluble
native protein in Escherichia coli using
a cold-shock SUMO tag-fused
expression vector. Biotechnology
Reports. 19, 1–8.
10
Artikel Review
Wang, Z., Li, N., Wang, Y., Wu, Y., Mu, T.,
Zheng, Y., Huang, L., & Fang, X.
(2012) Ubiquitin-intein and SUMO2-
intein fusion systems for enhanced
protein production and purification.
Protein Expression and Purification.
82(1), 174–178.
11