Struktur paling dasar pembentuk ADN dan ARN (monomer) adalah ikatan antara gula dengan

basa nitrogen yang disebut nukleosida. Jika nukleosida ini berikatan dengan dengan fosfat (P)
mereka disebut nukleotida.

Nukleotida pada ADN akan berikatan satu sama lain membentuk rantai panjang yang memiliki
berpasangan. Karena itu ADN sering disebut rantai ganda polinukleotida yang berbentuk
doublehelix (pita terpilin)

Pemanjangan anti parallel

Kedua ujung untai DNA yang berbeda satu sama lain, sehingga setiap untai memiliki
keterarahan(direksionalitas) sendiri. Kedua untai DNA dalam suatu heliks ganda bersifat
antiparalel, berarti menuju ke arah yang berlawanan. Kedua untai baru yang terbentuk saat
replikasi DNA anti-paralel terhadap untai cetakan.

Polimerase membuat polimer DNA baru dengan bahan 4 DNTP deoksiribonukleotida (nukleotida yang
berikatan dengan gula deoksiribosa), yaitu DATP(adenin), DGTP(Guanin),DCTP(Cytocyn), DTTP(Tymin)

Awalnya DNTP masuk ke ujung 3’ dari DNA. Melalui fosfat energi tinggi dari DNTP dan dengan fosfat
energi tinggi ini. DNA polymerase dapat menggabungkan DNTP dengan ujung OH membentuk ikatan
fosfo diester gula fosfat. Reaksi ini dikatalisasi DNA polymerase karena perubahan konformasi enzim
saat DNTP masuk ke situs aktif dari enzim. Setelah digabungkan terbentuk ikatan DNA baru dan gula
fosfat akan dikeluarkan.

DNA polymerase dapat melakukan editing, karena dinamika molekul kimia dalam DNTP,
memungkinkan adanya kesalahan dalam pemasangan. Kesalahan yang terdeteksi akan diperbaiki
oleh DNA polymerase. Perbaikan dilakukan di tempat berbeda dari situs katalitik replikasi. Site
P untuk Polimerasi, Site E untuk editing. Nukleotida yang salah akan dikenali dan dikeluarkan
dari strain DNA yang baru, menyebabkan replikasi yang lebih presisi dan mencegah terjadinya
kesalahan dalam penyalinan DNA.

DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida-nukleotida hanya ke ujung 3’ bebas dari suatu
primer atau untai DNA yang sedang tumbuh.Sintesis untai maju dan untai lamban terjadi secara
bersamaan dengan laju yang sama. Untai lamban dinamai demikian karena sintesisnya yang
sering tertunda daripada sintesis untai maju. Masing-masing fragmen baru pada untai lamban
tidak bisa dimulai sebelum ada cukup banyak cetakan yang terbuka pada garpu replikasi. 

Leading strain searah bukaan helicase dan lagging strain yang berlawanan dengan bukaan helicase.

Pada lagging strain, DNA baru yang dibentuk berupa fragmen okazaki

Replikasi Leading Strand

Di sepanjang salah satu untai cetakan, DNA polimerase III dapat menyintesis suatu untai komplementer
secara terus-menerus dengan memperpanjang DNA baru dari 5’ ke 3’. DNA polimerase III cukup
menempel ke garpu replikasi di untai cetakan itu dan terus-menerus menambahkan nukleotida ke untai
komplementer baru seiring majunya garpu replikasi. Untai DNA yang dibuat melalui mekanisme ini
disebut untai maju (leading strand). Hanya satu primer yang dibutuhkan agar polimerase III dapat
mensintesis untai maju.

Replikasi Lagging Strand

Untuk memperpanjang untai baru DNA yang satu lagi dari 5’ ke 3’, DNA polimerase III harus
bekerja di sepanjang untai cetakan ke arah yang menjauhi garpu replikasi. Untai DNA yang
memanjang ke arah ini disebut untai lamban (lagging strand). Kebalikan dengan untai maju,
yang diperpanjang terus-menerus, untai lamban disintesis tersendat-sendat, sebagai rangkaian
dari segmen-segmen. Segmen untai lamban ini disebut dengan fragmen Okazaki (Okazaki
fragment), berdasarkan nama ilmuwan Jepang yang menemukan fragmen ini. Panjang fragmen
Okazaki pada eukariota sekitar 100 sampai 200 nukleotida. Setiap fragmen Okazaki pada untai
lamban membutuhkan satu primer tersendiri. Sejenis dengan DNA polimerase lainnya, DNA
polimerase I (DNA pol I), menggantikan nukleotida RNA primer dengan nukleotida versi DNA,
menambahkan nukleotida satu demi satu ke ujung 3’ fragmen Okazaki yang bersebelahan. DNA
pol I tidak dapat menggabungkan nukleotida terakhir dari segmen DNA pengganti ini ke
nukleotida DNA pertama pada fragmen Okazaki yang primernya baru saja digantikan. DNA
Ligase menggabungkan gula fosfat dari semua fragmen Okazaki menjadi untai DNA tak
terputus.

Clamp holder menyatukan enzim yang digunakan

SSB membentuk

double helix parsial yang disebut herpin mengganggu proses replikasi

Topoisomerase I yang membantu dalam mengurangi tegangan dengan memotong satu gula fosfat dari
untaian double helix. Berkat potongan ini DNA dapat memutar dan mengurangi tegangan. Setelah
berputar, topoisomerase mengembalikan gula fosfat yang telah diputus.

Masalah berupa DNA membentuk simpul diatasi dengan topoisomerase II. Mengenali daerah yang
mengalami simpul dan memotong keseluruhan dua ikatan gula fosfat di double helix dan mengerahkan
satu untai DNA untuk melewati celah, kemudian menyambungkan Kembali gula fosfat yang dipotong.
Simpul yang dibentuk DNA dapat dihilangkan.

Kesalahan dapat disebabkan oleh fenomena tauomeric, di mana molekul dapat berubah menjadi
molekul lainnya karena adanya pergerakan electron pada molekul tersebut. Misalnya pada gambar
adalah sitosin yang gugus aminonya berubah menjadi gugus imino. Karenanya sitosin dapat dipasangkan
secara salah dengan Adenin dan terlewat dideteksi oleh DNA polymerase.
Kompleks replikasi DNA

Melibatkan banyak protein dan membentuk kompleks. Setiap rantai akan melewati kompleks
protein yang mana proteinnya dipautkan dengan clamp holder. Kemudian masuk dulu ke
iInteraksi protein-protein di bagian garpu menampakkan peran primase yang bekerja sebagai rem
molekular, memperlambat gerak maju garpu replikasi dan mengkoordinasi laju replikasi pada
untai maju dan untai lamban. Kompleks replikasi DNA tidak bergerak sepanjang DNA. RNA
bergerak melalui kompleks itu selama proses replikasi. Pada sel eukariot, salinan kompleks
tersebut tergugus dan tertambat ke matriks nukleus, rangka serat yang membentang sepanjang
interior nukleus. Molekul polimerase DNA mengguling masuk ke DNA parental dan
mengeluarkan molekul DNA anakan yang baru dibuat. Ketika DNA polimerase menyelesaikan
sintesis fragmen Okazaki dan melepaskan diri, DNA polimerase tidak perlu menempuh jarak
jauh untuk mencapai pigmen fragmen berikutnya, di dekat garpu replikasi. Perlengkungan
mundur dari untai lamban memungkinkan lebih banyak fragmen Okazaki yang disintesis dalam
waktu yang lebih singkat

Pengecekan dan perbaikan DNA

Akurasi replikasi DNA disebabkan kespesifikan perpasangan basa. Kesalahan dalam molekul
DNA yang selesai sekitar satu dalam 10 miliar nukleotida kesalahan perpasangan awal yang baru
datang dan nukleotida pada untai cetakan 100.000 kali lebih umum- Kesalahan sebanyak satu di
antara 100.000 nukleotida. Selama replikasi DNA, DNA polimerase mengecek (proofread)
setiap nukleotida terhadap cetakannya setelah nukleotida ditambahkan ke untai yang
dipasangkan secara tidak benar, polimerase menyingkirkan nukleotida itu dan melanjutkan
kembali sintesis. Nukleotida yang salah berpasangan kadangkala menghindari pengecekan oleh
DNA polimerase. Pada perbaikan kesalahan pasangan (mismatch repair), enzim-enzim
menyingkirkan dan menggantikan nukleotida yang dipasangkan secara salah akibat kesalahan
replikasi. Cacat memungkinkan kesalahan-kesalahan penyebab kanker terakumulasi.

Nukleotida yang dipasangkan secara salah atau berubah dapat muncul setelah replikasi.
Pemeliharaan informasi genetik yang dikodekan dalam DNA membutuhkan berbagai macam
perbaikan rutin terhadap kerusakan DNA yang ada. Molekul DNA terus menghadapi agen
kimiawi dan fisik yang berpotensi membahayakan. Emisi radioaktif, sinar-x, sinar ultraviolet,
dan molekul-molekul tertentu dalam asap rokok dapat mengubah nukleotida sehingga
mempengaruhi informasi genetik yang terkodekan. Basa DNA terkadang mengalami perubahan
kimiawi yang spontan dalam kondisi sel yang normal. Perubahan dalam DNA ini biasanya
dikoreksi sebelum menjadi mutasi yang diperbanyak melalui replikasi berturut-turut. Setiap sel
terus-menerus mengawasi dan memperbaiki materi genetiknya. Karena perbaikan DNA rusak
begitu penting, maka terdapat banyak enzim perbaikan, pada manusia sendiri teridentifikasi
terdapat 130 enzim perbaikan.

Sebagian besar sistem selular untuk memperbaiki nukleotida yang dipasangkan secara salah,
karena kerusakan DNA atau kesalahan replikasi, menggunakan mekanisme yang memanfaatkan
struktur perpasangan basa DNA. segmen suatu untaian yang mengandung kerusakan
dipotong(dieksitasi) oleh enzim pemotong DNA-nuklease(nuclease) dan celah yang terbentuk
diisi oleh nukleotida, dengan menggunakan untai yang tidak rusak sebagai cetakan. Enzim-enzim
yang terlibat dalam pengisian celah adalah DNA polimerase dan DNA ligase. Salah satu sistem
perbaikan DNA semacam itu disebut perbaikan dengan pemotongan nukleotida (nucleotide
excision repair). Contoh fungsi penting dari adanya enzim perbaikan DNA dalam sel kulit
manusia adalah memperbaiki kerusakan genetik akibat sinar ultraviolet dalam sinar matahari.
Kerusakan tersebut berupa tautan kovalen basa timin yang bersebelahan pada seuntai DNA.
Dimer Timin semacam itu menyebabkan DNA tertekuk dan mengganggu replikasi DNA.
Kelainan berupa xeroderma pigmentosum, sebagian besar disebabkan oleh cacat turunan pada
enzim perbaikan dengan pemotongan nukleotida.

Proof reading
deoksitimidintrifosfat akan berpasangan dengan adenin pada rantai DNA. Ketika telah berpasangan
dengan adenin dua molekul fosfat akan lepas sehingga terbentuk deoksitimidinmonofosfat pada langkah
pemanjangan (extension/elongasi). Jika basa nitrogen tidak cocok (error) akan dilakukan penggantian
dengan nukleotida yang sesuai (langkah proofreading). Proses ini berlangsung dengan bantuan DNA
polimerase.

Mismatch
Tautomeric berupa molekul berubah menjadi molekul lain karena pergerakan electron dalam molekul
tersebut. Cytocyn berubah dari amino menjadi imino. Dalam molekul tersebut perubahan bersifat
sementara sehingga imino tadi akan berubah lagi menjadi amino. Karena perubahan ini, ikatan hidrogen
yang tadinya ada akan hilang dan memunculkan nick di DNA. Nick dikenali protein muts protein
homolog 5 yang bekerja sama dengan mut l mendeteksi potensi distorsi dalam heliks DNA yang
disebabkan oleh pasangan basa yang tidak cocok. Sistem perbaikan harus mengidentifikasi pangkalan
yang salah dari pangkalan yang ada sebelum mengganti ketidaksesuaian.. fragmen yang salah ini akan
dibuang dan akan sintesis ulang sehingga DNA yang utuh dan benar dapat diperoleh
Mekanisme untuk replikasi DNA kloroplast (cpDNA) belum ditentukan secara konklusif, tetapi dua model
utama yang diusulkan. Hasil eksperimen mikroskopi menyebabkan gagasan bahwa DNA kloroplast
bereplikasi menggunakan loop perpindahan ganda (D-loop). Sebagai D-loop bergerak melalui DNA
melingkar, mengadopsi bentuk perantara theta, juga dikenal sebagai cairns replikasi menengah, dan
menyelesaikan replikasi dengan mekanisme lingkaran bergulir. [18] [20] Replikasi dimulai pada titik-titik
asal tertentu. Beberapa garpu replikasi terbuka, memungkinkan mesin replikasi untuk mereplikasi DNA.
Sebagai replikasi terus, garpu tumbuh dan akhirnya bertemu. Struktur cpDNA baru terpisah,
menciptakan kromosom cpDNA anakan. Model ini juga didukung oleh jumlah deaminasi yang terlihat
dalam CPDNA. [18] peneliti melakukan Pemeriksaan ketika kelompok amino hilang yang merupakan
mutasi yang sering mengakibatkan perubahan dasar. Ketika adenin diperiksa, itu menjadi hypoxanthine.
Hypoxanthine dapat mengikat sitosin, dan ketika pasangan dasar XC(benzo homologated) direplikasi,
terjadi penambahan bada guanin menjadi GC (dengan demikian, perubahan dasar A → G). [21] karena
adanya proses ini, DNA menjadi rentan terhadap peristiwa deaminasi ketika terdampar tunggal. Ketika
bentuk garpu replikasi, untai tidak disalin adalah terdampar tunggal, dan dengan demikian beresiko
untuk A → G deamination. Oleh karena itu, gradien dalam deaminasi menunjukkan bahwa garpu
replikasi kemungkinan besar hadir dan arah yang awalnya mereka buka (gradien tertinggi kemungkinan
besar paling dekat dengan situs awal karena terdampar tunggal untuk jangka waktu terlama). [18]
Mekanisme ini masih merupakan teori terkemuka saat ini; Namun, teori kedua menunjukkan bahwa
sebagian besar cpDNA sebenarnya linier dan bereplikasi melalui rekombinasi homolog. Ini lebih lanjut
berpendapat bahwa hanya minoritas materi genetik yang disimpan dalam kromosom melingkar
sementara sisanya dalam struktur bercabang, linear, atau kompleks lainnya. [18] [20]
Deaminasi adalah suatu reaksi kimiawi pada metabolisme yang
melepaskan gugus amina dari molekul senyawa asam amino. Gugus amina
yang terlepas akan terkonversi menjadi amonia. Pada manusia, deaminasi
terutama terjadi pada hati, walaupun asam glutamat juga mengalami
deaminasi pada ginjal.
Salah satu model utama yang bersaing untuk cpDNA menegaskan bahwa sebagian besar cpDNA linier
dan berpartisipasi dalam rekombinasi homologasi dan struktur replikasi mirip dengan bakteriofag T4.
[20] Telah ditetapkan bahwa beberapa tanaman memiliki cpDNA linier, seperti jagung, dan bahwa lebih
masih mengandung struktur kompleks yang belum dipahami oleh para ilmuwan; pandangan yang
diyakini adalah sebagian besar CPDNA melingkar. Ketika percobaan asli pada cpDNA dilakukan, para
ilmuwan memang memperhatikan struktur linier; Namun, mereka mengaitkan bentuk linier ini dengan
lingkaran yang rusak. [20] Jika struktur bercabang dan kompleks yang terlihat dalam eksperimen CPDNA
adalah nyata dan bukan artefak DNA melingkar yang digabungkan atau lingkaran yang rusak, maka
mekanisme replikasi D-loop tidak cukup untuk menjelaskan bagaimana struktur tersebut akan
bereplikasi. [20] Pada saat yang sama, rekombinasi homolog tidak menjelaskan beberapa gradien A → G
yang terlihat dalam plastom. [18] Kekurangan ini adalah salah satu yang terbesar untuk teori struktur
linier.
DNA mitokondria memeiliki laju mutasi lebih tinggi sekitar 10-17 kali DNA inti. Hal ini
dikarenakan mtDNA tidak memiliki mekanisme reparasi yang efisien [Bogenhagen, 1999], tidak
memiliki protein histon, dan terletak berdekatan dengan membran dalam mitokondria tempat
berlangsungnya reaksi fosforilasi oksidatif yang menghasilkan radikal oksigen sebagai produk
samping [Richter, 1988]. Selain itu, DNA polimerase yang dimiliki oleh mitokondria adalah
DNA polimerase γ yang tidak mempunyai aktivitas proofreading (suatu proses perbaikan dan
pengakuratan dalam replikasi DNA). Tidak adanya aktivitas ini menyebabkan mtDNA tidak
memiliki sistem perbaikan yang dapat menghilangkan kesalahan replikasi. Replikasi mtDNA
yang tidak akurat ini akan menyebabkan mutasi mudah terjadi.

Histon adalah protein yang ditemukan pada inti sel eukariota yang terbungkus DNA, yang kemudian
bersama DNA menyusun struktur nukleosom.

Arah kenapa 3 ke 5

- Dalam polimerase 5 ‘sampai 3′, gugus OH di ujung 3’ dari DNA yang telah disintesis dapat
melakukan serangan nukleofilik SN2 pada nukleotida yang masuk karena posisi beta dan gamma
fosfat dari nukleotida yang masuk memiliki ikatan kimia dengan energi besar.
- Kita mungkin berpikir sulit untuk memutuskan ikatan oksigen-fosfor dalam nukleotida masuk.
Tetapi, gugus fosfat yang merupakan kation divalen membantu mengubah distribusi muatan
ikatan.
- Hal tersebut akan memudahkan reaksi antara gugus -OH di ujung 3′ dengan gugus fosfat pada
nukleotida yang baru (deoxyribonucleotide triphosphate = dNTP).
- Pada kondisi pertumbuhan atau elongasi DNA dari arah 5′ ke 3′, pada saat nukleotida yang salah
dibuang, maka ujung 3′ akan tetap tersisa gugus -OH. Hal ini masih memungkinkan dNTP yang
memiliki gugus trifosfat untuk masuk dan beraksi membentuk ikatan fosfodiester.
- proses replikasi dengan arah sebaliknya yaitu dari 3′ ke 5′. Saat pemanjangan atau
elongasi DNA, maka ujung dari 5′ berupa gugus firofosfat. Pada saat terjadi kesalahan,
maka nukleotida yang salah akan dibuang dan ujungnya adalah berupa gugus
monofosfat.
- Gugus monofosfat ini harus disambung dengan ujung -OH pada dNTP. Namun, gugus
monofosfat ini tidak memiliki cukup energi untuk membentuk ikatan fosfodiester.
Akibatnya, setelah proses pembuangan nukleotida oleh eksonuklease dari DNA
polimerase, maka proses elongasi akan seketika berhenti.
- Proses proofreading atau perbaikan DNA