PERKEMBANGAN TERKINI PENELITIAN KUSTA SECARA

BIOLOGI MOLEKULER

Mudatsir

Abstrak. Penyakit kusta atau Morbus Hansen adalah penyakit kronik yang disebabkan oleh
Mycobacterium leprae (M. leprae). Basil ini pertama menyerang saraf tepi, selanjutnya dapat
menyerang kulit, mukosa mulut, saluran nafas atas, dan organ-organ lainnya. Penyakit kusta
masih menjadi masalah kesehatan terutama di Negara-negara berkembang. Polymerase Chain
Reaction (PCR) mempunyai tingkat spesifitas dan sensitifitas yang tinggi serta dalam waktu
yang cepat dapat mendeteksi M. leprae dari penderita kusta yang menunjukkan gejala klinis
maupun penderita sub klinis. Amplifikasi gen M. leprae dapat dilakukan pada berbagai daerah
gen yang berbeda dari M. leprae dan PCR dapat digunakan untuk medeteksi gen yang
mengkode berbagai macam protein M. leprae. Variasi teknik PCR dilaporkan terus
berkembang mulai dari PCR secara konvensional menggunakan single maupun nested primer
bahkan Real Time PCR untuk mendeteksi M. leprae. Molecular typing untuk sekuensing M.
leprae yang sangat populer adalah metode Variable Number of Tandem Repeats Metode ini
dapat mengetahui strain spesifik dari M. leprae. akan diketahui dan sangat penting khususnya
untuk mempelajari epidemiologi kusta. Berdasarkan hasil pemetaan genom M. leprae yang
telah selesai dilakukan regio dengan koordinat 2.785.435 bp dimana terjadi pengulangan TCC
sekuen nukleotida. Regio TTC ini banyak diteliti untuk kuman M. leprae. Belakangan ini juga
mulai dikembangkan lokus-lokus lain dari genom M. leprae, namun masih dalam tahap
penelitian awal. (JKS 2013; 2: 105-109)

Kata kunci : kusta, polymerase chain reaction, sekuensing, biologi molekuler

Abstract. Leprosy or Morbus Hansen is chronic disease resulting from an infection of

Mycobacterium leprae (M. leprae ) that firstly infect peripheral nerves and then it can infect
skin, oral mucosa and upper respiratory tract and other organs. To date the leprosy disease
constitutes major problem, particularly in the developing countries. Polymerase Chain
Reaction (PCR) has a hight specificity and sensitivity, and can to detect M. leprae in leprosy
patients who showed clinical symptoms and patient sub-clinical. Gene amplification M. leprae
can be done in various regions of different genes of M. leprae and PCR can be used to detect
the genes that encode a variety of proteins of M. leprae. Variety of PCR techniques continue to
evolve from conventional PCR using primers single primer or nested primer and even Real
Time PCR to detect M. leprae. Variable Number of Tandem Repeats is a very popular methot
of molecular typing for sequencing the M. leprae and for studying the epidemiology of leprosy.
Based on the mapping of the genome of M. leprae leprae has been completed with the
coordinates 2.785.435 bp where there is repetition TCC nucleotide sequence. TTC region is
widely studied for the M. leprae. Recently, it also started to develop other loci of the genome of
M. leprae, but still in the early research stage. (JKS 2013; 2: 105-109)

Key words : leprosy, polymerase chain reaction, sequencing, molecular biology

Pendahuluan segera diobati dan dapat menimbulkan

Penyakit kusta (lepra, Morbus Hansen)
adalah penyakit infeksi menahun yang
disebabkan oleh bakteri Mycobacterium
leprae (M. leprae), yang primer menyerang
saraf tepi, selanjutnya menyerang kulit dan
berbagai organ lainnya. Penyakit ini dapat
mengakibatkan kecacatan tubuh bila tidak 1
Mudatsir adalah Dosen Bagian Mikrobiologi
Fakultas Kedokteran Universitas Syiah Kuala
Banda Aceh
masalah psikososial akibat adanya stigma
atau predikat buruk dari penyakit dalam
pandangan masyarakat.1 Penyakit kusta
adalah penyakit setua peradaban manusia,
namun beberapa aspek dari penyakit ini
masih menyimpan berbagai misteri
terutama sebelum akhir abad ke sembilan
belas.2
Sejak tahun 1990-an kemajuan dibidang
biologi molekuler untuk mendeteksi

105
JURNAL KEDOKTERAN SYIAH KUALA Volume 13 Nomor 2 Agustus 2013
berbagai jenis mikroba baik dari penderita
maupun dari lingkungan berkembang
cukup pesat. Metode yang dikembangkan
antara lain ekstraksi DNA dan RNA untuk
penelitian molekuler mikroba yang berasal
dari berbagai sampel.3,4 Salah satu metode
yang berkembang pesat adalah teknik
Reaksi Rantai Polimerasi (RRP) atau
Polymerase Chain Reaction (PCR). Teknik
ini telah banyak juga digunakan untuk
mendeteksi M. leprae dari sampel klinik
ataupun dari lingkungan.4
Metode untuk mendeteksi M. leprae sangat
diperlukan untuk studi epidemiologi,
patogenesis, dan kemoterapi kusta.
Beberapa metode sebelum ditemukan PCR
oleh Kary Mullis, seperti test serologi dan
tes kulit tidak memiliki sensitivitas yang
tinggi sebagai alat diagnostik untuk infeksi
M. leprae. Metode imunodiagnostik belum
juga dapat memuaskan dalam mendeteksi
kusta karena hasil positif masih mungkin
merupakan cerminan dari infeksi masa lalu
atau tidak memberikan informasi yang
tepat tentang status bakteri pada penderita
saat diperiksa.5,6 Perkembangan penelitian
kusta semakin berkembang setelah genom
kusta berhasil dilakukan oleh Institut
Pasteur di Perancis.6
Hasil pemetaan genom M. leprae yang
telah selesai dilakukan pada tahun 2000,
M. leprae mempunyai DNA sepanjang
3.268.203 basepairs (bp).7,8,9 Dari hasil
pemetaan tersebut diketahui adanya regio
dengan koordinat 2.785.435 bp dimana
terjadi pengulangan sekuens nukleotida
TTC. Regio TTC tersebut kini banyak
diteliti untuk membedakan strain kuman
M. leprae.7,9 Salah satu cara untuk
mengetahui molecular typing M.leprae
adalah dengan metode Variable Number of
Tandem Repeats (VNTR) yang dapat
mengetahui penyebaran suatu organisme
berdasarkan pengulangan sekuen
10
nukleotidanya. Metode ini juga dapat
mengetahui strain spesifik dari suatu
mikroba yang berguna untuk mempelajari
epidemiologi kusta.11,12,13
Tulisan ini akan membahas tentang
perkembangan terkini penelitian kusta
secara biologi molekuler. Cakupan
pembahasanan meliputi perkembangan
beberapa metode PCR dalam mendeteksi
M. leprae dan penggunaan metode VNTR
untuk sekuensing M. leprae untuk
mempelajari epidemiologi kusta.
Perkembangan Deteksi Micobacterium
leprae PCR
Polymerase Chain Reaction adalah suatu
metode enzimatik in vitro yang digunakan
untuk menghasilkan gugus DNA spesifik
dalam jumlah besar dan waktu singkat
melalui tahap denaturation, annealing dan
extension pada temperatur yang berbeda.14
Dari beberapa penelitian yang telah
dilakukan, PCR mempunyai tingkat
spesifitas dan sensitifitas yang tinggi serta
waktu yang cepat untuk mendeteksi M.
leprae dari penderita kusta yang
menunjukkan gejala klinis maupun sub
klinis. Amplifikasi dilakukan pada
berbagai daerah gen yang berbeda dari
genom M. leprae. PCR juga dapat
digunakan untuk medeteksi gen yang
mengkode berbagai macam protein M.
leprae (18 kDa, 36 kDa, 65 kDa), leprosy
serum reactive (LSR), rRNA serta
repetitive sequences.4,5,16
Penelitian sekarang ini semakin banyak
menggunakan PCR untuk mendeteksi M.
leprae dari berbagai sampel seperti sampel
dari jaringan biopsi, hapusan mukosa
hidung, jaringan hewan coba bahkan dari
sumber air di lingkungan sekitar tempat
tinggal penderita di daerah endemik
kusta.17,18 Menurut Hatta berdasarkan hasil
analisis dengan PCR bahwa lingkungan
endemik kusta berperan penting dalam
penyebaran penyakit kusta.19
Faktor yang penting dalam PCR adalah
karakteristik primer dan bagaimana
primer tersebut spesifik berikatan dengan
target. Berbagai variasi teknik PCR telah
dilaporkan, meliputi amplifikasi berbagai
rangkaian DNA target yang digunakan
untuk deteksi M. leprae. Rangkaian DNA
yang banyak dilakukan adalah amplifikasi
sebagian besar penyandi antigen atau
rangkaian penyandi non antigen.16,20
106

Penggunaan teknik PCR dalam mendeteksi
DNA M. leprae dapat menggunakan
beberapa cara, salah satunya adalah nested
PCR. Nested PCR menggunakan dua
pasang primer untuk locus DNA.
Penggunaan primer pertama akan
mengamplifikasi locus yang sama seperti
pada single PCR, sedangkan pasangan
primer kedua (nested primer) akan melekat
pada produk PCR pertama dan
menghasilkan produk PCR kedua yang
lebih pendek dari produk PCR pertama.
Probabilitas untuk mengamplifikasi locus
yang salah akan kecil karena akan
diamplifikasi kedua kalinya oleh pasangan
primer kedua sehingga secara teoritis dapat
meningkatkan spesifitas.16,21
Nested PCR untuk mendeteksi DNA M.
leprae menggunakan dua set primer yang
mengamplifikasi regio TTC. Dipilihnya
daerah ini sebagai target amplifikasi
karena urutan nukleotidanya telah
diketahui dan hanya ditemukan pada M.
leprae.22 Primer TTC pertama kali
dikembangkan oleh Shin tahun 2000
adalah single PCR dengan produk
amplikon 201 bp dan dikembangkan
menjadi nested PCR oleh Young pada
tahun 2004 dengan produk amplikon 131
bp.23,24
Analisis Genotip M. leprae
Salah satu terobosan utama dalam genetika
molekuler adalah perkembangan metode
mensekuens potongan DNA secara cepat.
Pada dasarnya ada dua metode yang telah
dikembangkan, yaitu metode Maxam-
Gilbert dan Metode Sanger yang keduanya
diperkenalkan pada tahun 1977. Metode
Sanger lebih sering digunakan karena
lebih mudah, praktis dan efisien serta
jutaan nukleotida dari berbagai spesies
telah berhasil disekuens.23,25
Salah satu cara mengetahui molecular
typing untuk prokariotik dan eukariotik
dengan metode VNTR. Metode ini dapat
mengetahui penyebaran suatu organisme
berdasarkan pengulangan sekuens
nukleotidanya dan strain spesifik suatu
mikroba yang penting untuk mempelajari
Mudatsir, Perkembangan Terkini Penelitian Kusta
epidemiologi kusta.6,10, Di samping itu ada
juga teknik Restriction Fragment Length
Polymorphism (RFLP) untuk membedakan
genotip organisme, namun untuk M.
leprae teknik RFLP tidak dapat digunakan
untuk membedakan genotip kuman ini.9
Menurut beberapa peneliti perbedaan
nukleotida antara isolat M. leprae dengan
teknik RFLP ini kurang dari 0,3%,
sehingga dari berbagai spesimen M. leprae
leprae baik sampel dari pasien, armadillo
dan kera mangabey tidak menunjukkan
perbedaan genotipnya dengan teknik
7,10
ini.
Berdasarkan hasil pemetaan genom M.
leprae yang telah dilakukan pada tahun
2000 diketahui adanya regio dengan
koordinat 2.785.435 dimana terjadi
pengulangan TCC sekuen nukleotida.
Regio TTC tersebut kini banyak diteliti
untuk kuman M. leprae.22,23 Belakangan ini
juga mulai dikembangkan lokus-lokus lain
dari genom M. leprae, namun masih dalam
tahap penelitian awal.11,12
Fenomena pengulangan TTC ini hanya
ditemukan pada M. leprae dan tidak
ditemukan pada spesies dari genus
Mycobacterium lainnya sehingga dianggap
spesifik untuk untuk M. leprae.
Perkembangan terkini penelitian genotip
M. leprae menunjukkan adanya variasi
berdasarkan sekuens TTC tersebut. Di
Filipina variasi pengulangannya TTC 24
kali dan 25 kali.23 Di Amerika pengulangan
TTC 10-15 kali sedangkan di Brazil 12 kali
pengulangan.22 Di Indonesia dilaporkan
oleh Agusni dkk tahun 2005 bahwa
pengulangan TTC 46 kali.26
Kesimpulan
Polymerase Chain Reaction mempunyai
spesifitas dan sensitifitas yang tinggi serta
waktu yang cepat untuk mendeteksi M.
leprae pada penderita kusta yang
menunjukkan gejala klinis maupun
penderita sub klinis. Amplifikasi gen M.
leprae dapat dilakukan pada berbagai
daerah gen yang berbeda dapat dapat
untuk mendeteksi gen yang mengkode
berbagai macam protein M. leprae. Variasi
107
JURNAL KEDOKTERAN SYIAH KUALA Volume 13 Nomor 2 Agustus 2013
teknik PCR terus berkembang mulai dari
PCR konvensional menggunakan single
maupun nested primer bahkan Real Time
PCR untuk mendeteksi M. leprae.
Molecular typing untuk sekuensing M.
leprae yang sangat populer adalah metode
VNTR. Dengan metode ini strain spesifik
dari M. leprae akan diketahui dan penting
untuk mempelajari epidemiologi kusta.
Berdasarkan hasil pemetaan genom M.
leprae diketahui regio dengan koordinat
2.785.435bp dimana terjadi pengulangan
TCC sekuens nukleotida. Regio TTC ini
sekarang digunakan untuk mengetahui
epidemiologi kusta. Belakangan ini juga
mulai dikembangkan lokus-lokus lain dari
genom M. leprae, namun masih dalam
tahap penelitian awal.
Daftar Pustaka
1. World Health Organization. Global
Leprosy Situation 2012. Weekly
Epidemiological Record. 2005. 87 (34) :
317-328.
2. Agusni I. Penyakit Kusta Penyakit Tua
dengan Segudang Misteri. Pidato
Pengukuhan Jabatan Guru Besar dalam
Bidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
pada Fakultas Kedokteran Universitas
Airlangga Surabaya. 2003.19 April 2003.
3. Rudi K. and Jakobsen KS., Protocols for
Nucleic Acid-based Detection and
Quantification of Microorganism. In :
Rochelle, PA (eds). Environmental
Molecular Microbiology : Protocols and
Application. Hirizon, Scientific Press.
California. 2001. 63-74.
4. Hartskeerl R. A. M. Y. L. de Wit, and P.
R. Klatser. Polymerase chain reaction for
the detection of Mycobacterium leprae. J.
Gen. Microbiol. 1989. 135 : 2357-2364.
5. Woods SA. and S T. Cole. A rapid method
for the detection of potentially viable
Mycobacterium leprae in human biopsies :
a novel application of PCR. FEMS
Microbiol. Lett. 1989. 65 : 305-310.
6. Cole, ST; Eigmeier, G and R; Parkhil.
Massive Gene Decay in the Leprosy
Bacillus. Nature. 2001. 409: 1007-1011.
7. Eiglmeir K, Simon S Garnier T. and Cole,
ST. The Integrated Genome Map of
Mycobacterium leprae. Lepr. Rev. 2001.
72 : 462-469.
8. Jones L, Moszer I. And Cole ST. Leproma:
A Mycobacterium leprae Genome
Browser. Lepr. Rev. 2001. 72 : 470-477.
9. Singh P. and Stewart TC. Mycobacterium
leprae : genes, pseudogenes and genetic
diversity. Future Microbiol. 2001. 6 (1) :
57-71.
10. Van. Belkum A. Stuelens M. de Visser A.
Verbugh H. and Tibayrenc, M. Role of
Genomic Typing in Taxonomy,
Evolutionary Genetics, and Microbial
Epidemiology. Clin. Microbiol. Rev. 2001.
14 (3) : 547-560.
11. Fontes AN. Sukamuri RM. Baptista IA.
Ura S. Moraes MO, Martinez, Sarno EN
Brennan PJ and Vissa V., Genetic diversity
of Mycobacterium leprae isolates from
Brazilian leprosy patients. Lepr Rev.,
2009., 80, 302–315.
12. Rocha As. Alexandre AC. Patrícia PJ.
Antônio BM. Diego FS. Amanda NBs,
Alice M, Helen F, Neio B, Maria EN.
Euzenir NS. Maria LW. Oliveira O. and
Philip NS. Genotyping of Mycobacterium
leprae from Brazilian leprosy patients
suggests the occurrence of reinfection or of
bacterial population shift during disease
relapse. J Med Microbiol. 2011. 60 (10) :
1441–1446.
13. Kuruwa S. Vissa V. and Mistry N.,
Distribution of Mycobacterium leprae
Strains among Cases in a Rural and Urban
Population of Maharashtra, India. J Clin
Microbiol. April 2012. 50 (4) : 1406–1411.
14. De Wit. MYL. Feber WR. Krieg SR.
Application of Polymerase Chain Reaction
for the Detection of Mycobacterium leprae
in Skin Tissue. J Clin Microbiol. 1991. 29
(5) : 906-910.
15. Cox RA. Kempsell K. dan Fairclough L.
The 16S Ribosomal RNA of M. leprae
Contains a Unique Sequence which Can be
Used for Idendification by the PCR. J.
Med. Microbiol. 1991. 35 : 384-390.
16. Misra N. Ramesh V. Misra RS. Narayan.
NPS. Coltson MJ. Nat I. Clinical Utility of
LCR/A15 Gene for Mycobacterium leprae
Detection in Leprosy Tissues Using the
Polymerase Chain Raection. International
Journal Leprosy. 1995. 63 (1) : 35-41.
17. Izumi S. Budiawan T. Saeki K. Matsuoka
M. Kawatzu K. An Epidemiological Study
on Mycobacterium leprae Infection and
Prevalence of Leprosy in Endemik
108

Villages by Molecular Biological
Technique. Indian J. Lepr. 1999. 7 : 37-43.
18. Agusni I. Izumi S. Adriaty D. Iswahyudy.
Studi Mycobacterium leprae dari Alam
Lingkungan di Daerah Endemik Kusta.
Maj Kedokt Indon. 2004. 58 (8) : 319-324.
19. Hatta M. Epidemiology of Leprosy :
Molecular and Biological and
Immunological Approach. Adv. Exp. Med.
Biol. 2003. 531: 269-178.
20. Donoghue HD. Mercsik A. Matheson C.
Vernon K. Nuorala E. Malto JE.
Greenblatt CL. and Spigelman M. Co-
infection Mycobacterium leprae and
Mycobacterium tuberculosis in Human
Archaeological Decline of Leprosy. Proc.
R. Soc. B. 2005. 272 : 389-394.
21. Plikaytis BB. Gelber RH. Shinnick TM.
Rapid and Sensitive Detection of
Mycobacterium leprae Using a Nested-
Primer Gene Amplification Assay. J. Clin.
Microbiol. 1990. 28 (9) 1913-1937.
22. Truman R. Fontes AB. Miranda AB.
Suffys P. and Gillis T. Genotypic
Variation and Stability of Four Variable-
Number Tandem Repeats and Their
Suitability for Discriminating Strain of
Mudatsir, Perkembangan Terkini Penelitian Kusta
Mycobacterium leprae. J. Clin. Microbiol.
2004. 42 : 2558-2565.
23. Shin Yc. Lee H. Lee HY. Walsh GP. Kim
JD. and Cho JD. Variable Numbers of
TTC Repeats in Mycobacterium leprae
DNA from Leprosy Patients and Use
Strain Differentiation. J. Clin. Microbiol.
2000. 38 (12) : 4535-4538.
24. Young, SK; Taylor, GM; Jain, S;
Suneetha, LM; Sunetha, S; Lockwood,
DNJ and Young, DB. Microsatellite
Mapping Mycobacterium leprae
Population in Infected Humans. J. Clin.
Microbiol. 2004. 42: 4931-4936.
25. Muladno. Seputar Teknologi Rekayasa
Genetika. Pustaka Wirausaha Muda dan
Esese Fondation. Bogor. 2002.
26. Agusni I, Mudatsir, Iswahyudi, Adriaty D
dan Izumi S. Mycobacterium leprae
yang Berasal dari Penderita Kusta
dengan Pengulangan TTC Sebanyak 46
kali (Laporan Kasus). 2005.
Disampaikan pada Kongres Nasional
Perhimpunan Dokter Spesialis Kulit
dan Kelamin (PERDOSKI) di Jakarta,
6-9 Juni 2005.
109