Efek Cacing Tanah pada Transformasi Nitrogen dan Gen Yang Sesuai (Amoa dan Nirs) dalam

Pembuatan Kompos Lumpur Limbah dan Jerami Padi

Efek cacing tanah pada transformasi nitrogen dan gen fungsional yang bertanggung jawab selama
pembuangan lumpur limbah dan jerami padi diselidiki dalam penelitian ini. Vermicomposting menghasilkan pH
dan total karbon organik (TOC) yang lebih rendah dibandingkan dengan perlakuan kontrol tanpa cacing tanah.
Selain itu, keberadaan cacing tanah dapat mempromosikan proses mineralisasi nitrogen dan nitrasi dalam
pembuatan kascing. Cacing tanah meningkatkan aktivitas amonia monooksigenase dan melimpahnya nitrat
amoA dan mengurangi keanekaragamannya, sedangkan mereka mengurangi kepadatan bakteri denitrifikasi nirS
tetapi meningkatkan keanekaragamannya. Nitrosospira adalah nitrat amoA-dominan dan cacing tanah
merangsang pertumbuhannya dalam pembuatan kascing. Kehadiran cacing tanah juga dapat mempengaruhi
komposisi komunitas bakteri denirrifikasi nirS meskipun sebagian besar nirSdenitrier tidak diklasifikasi pada
tingkat genus. Kesimpulannya, keberadaan cacing tanah memiliki pengaruh yang signifikan terhadap
keragaman dan kelimpahan gen amoA dan nirS dan mempengaruhi bio-transformasi nitrogen dalam pembuatan
kascing.

Vermicomposting adalah metode yang berguna untuk pembuangan berbagai limbah padat organik,
seperti lumpur limbah, kotoran ternak, jerami tanaman, limbah buah dan puing sayuran (Fu et al., 2015; Huang
et al., 2017; Lazcano et al., 2008). Vermicomposting dapat mengubah yang mudah rusak
dan limbah organik yang dapat terbiodegradasi menjadi zat mirip humus yang stabil. Selain itu, produk akhir
vermicomposting (vermicompost) adalah pupuk organik yang baik karena mengandung asam humat yang
melimpah dan bakteri menguntungkan (Diaz et al., 2017; Sharmaand Garg, 2018). Selain itu, vermicomposting
ditandai oleh konsumsi energi yang rendah, manajemen yang sederhana dan memiliki prospek yang besar untuk
perawatan kecil.

skala sampah organik padat di daerah pedesaan (Lazcano et al., 2008; Prakash dan Karmegam, 2010).
Siklus nitrogen merupakan komponen penting dari transformasi material selama proses pengomposan dan
vermicomposting (Cáceres et al., 2018). Nitrifikasi dan denitrifikasi adalah proses kunci dalam siklus nitrogen,
karena memainkan peran penting dalam pasokan nutrisi, amonia (NH4 +-N) volatilisasi dan emisi gas rumah kaca
untuk berbagai ekosistem (Cáceres et al., 2018; Chen et al., 2014a). Dalam lingkungan aerobik, amonium
teroksidasi menjadi asam nitrat oleh bakteri amoniaoxidizing (AOB) dan lebih lanjut dikonversi menjadi asam
nitrat oleh bakteri nitrit-oxidizing (NOB) (Cáceres et al., 2018; Zhang et al., 2016). Proses amonia-oksidator yang
didorong oleh AOB dianggap sebagai langkah ratelimiting proses nitrifikasi dalam sistem pengomposan (He et al.,
2018; Yamada et al., 2013). Selain itu, asam nitrat dan asam nitrat dapat ditransformasikan menjadi nitrogen gas
oleh bakteri denitrifikasi di lingkungan anaerobik (Chen dan Whalen, 2016). Secara umum, gen dari amonia
monooksigenase (amoA) yang terlibat dalam oksidasi NH4 +-N dapat digunakan sebagai biomaker untuk nitrifier
dan narG, nirK, nirS dan nosZ, yang masing-masing berpartisipasi dalam pengurangan nitrat (NO3 −-N), nitrit
(NO2 −-N) dan nitrous oxide, dapat dianggap sebagai denitrifier (Dambreville et al., 2006; Wang et al., 2014).
Enzim dan gen yang bertanggung jawab untuk nitrifikasi dan denitrifikasi sebelumnya dipelajari dengan
menentukan amoA, nirS dan nosZ selama pengomposan aerobik tradisional (Chen et al., 2014b; Zeng et al., 2018).
Meskipun perubahan dalam NH4 +-N, NO3 −-N dan Total nitrogen selama vermicomposting telah dilaporkan,
variasi dan suksesi enzim fungsional dan gen yang melibatkan transformasi nitrogen dalam proses ini jarang
dilaporkan. Vermicomposting memanfaatkan efek sinergis cacing tanah dan mikroba pada mineralisasi bahan
organik dan mikroorganisme memainkan peran kunci dalam proses tersebut (Lazcano et al., 2008). Oleh karena
itu, informasi enzim dan gen Bakteri nitrifikasi dan denitrifikasi dapat memberikan wawasan baru ke dalam
transformasi nitrogen dalam proses vermicomposting. Studi sebelumnya melaporkan bahwa masyarakat Bakteri
nitrifikasi dan denitrifikasi berubah secara signifikan dalam proses pengomposan karena mereka dipengaruhi
oleh beberapa faktor lingkungan seperti pH, oksigen, kelembaban, suhu, dan substrat (Yamada et al., 2013 tidak
ada; Yan et al., 2016; Zhang et al., 2015). Earthworm adalah pendorong penting dari vermicomposting karena
mereka dapat secara signifikan meningkatkan fungsi biologis mikroba (Lazcano et al., 2008). Peran cacing tanah
pada nitrifikasi dan AOB dalam sistem vermicomposting atau vermifiltrasi diselidiki. Yang et al. (2014)
melaporkan bahwa vermicomposting memfasilitasi kinerja nitrifikasi dalam pengobatan limbah Lumpur. Huang
et al. (2017) menemukan bahwa cacing tanah Dipromosikan jumlah dan keragaman AOB selama
vermicomposting limbah buah-buahan dan sayuran. Wang et al. (2016) melaporkan bahwa cacing tanah jelas
dapat mempengaruhi keanekaragaman nirS-denitrifier dalam filter ekologi untuk pemurnian air limbah domestik
pedesaan. Selain itu, dampak dari cacing tanah pada pergeseran nitrifier dan denitrifier populasi di tanah juga
dilakukan (Horn et al., 2006; Nebert et al., 2011). Namun demikian, aktivitas dan komposisi gen nitrifikasi dan
denitrifikasi fungsional masih belum jelas untuk proses vermicomposting. Dalam terang fakta di atas, campuran
limbah Lumpur dan jerami beras disiapkan dan dikenakan vermicomposting dan kontrol tanpa cacing tanah.
Variasi enzim fungsional dan gen untuk transisi nitrogen dalam vermicomposting diselidiki dengan menentukan
gen amoA dan nirS dengan kuantitatif PCR (qPCR) dan highthroughput sequencing. Selain itu, efek cacing tanah
pada transformasi nitrogen dan gen yang sesuai dieksplorasi dalam studi ini.

2. bahan dan metode

2,1. bahan sumber dan vermicomposting

Lumpur limbah dan jerami padi Diperoleh dari salah satu perawatan air limbah kota dan sebuah
peternakan di Shanghai, Cina. Sifat dasar bahan baku asli tercantum dalam bahan tambahan. Jerami beras
dihancurkan menjadi remah sebelum percobaan. Campuran air limbah Lumpur dan jerami padi yang disiapkan
dengan rasio 1:2 (w/w berat kering) digunakan dalam studi ini. Bahan campuran diserahkan sekali sehari dalam
14days pertama untuk mengurangi gas beracun untuk cacing tanah. Eisenia fetida makan dengan jerami dan
kotoran sapi di laboratorium dipilih untuk vermicomposting. Vermicomposting dilakukan dalam plastik Polivinil
barel (16cm diameter × 20cm kedalaman) dan setiap wadah yang terkandung 800g (basah berat) substrat
campuran. Kemudian, 30 cacing tanah dewasa diperkenalkan ke dalam wadah. Pengobatan tanpa cacing
ditetapkan sebagai kontrol. Kontainer ditutupi oleh tutup menusuk dan ditempatkan dalam gelap pada 23 ± 2 ° c.
Air suling digunakan untuk menjaga kelembaban di kisaran 70 – 80%. Sekitar 30g sampel basah dihomogenisasi
dikumpulkan pada hari 0, 30 dan 60 dan disimpan pada − 40 ° c untuk ekstraksi DNA.

2,2. analisis physico-Chemical dan biokimia

Tentang contoh 2g beku-kering diekstrak dengan 1:10 w/v rasio

deionizedwaterinashakeratroomtemperaturefor24h. ThepHmeter dan conductivity meter yang diterapkan untuk
mengukur pH dan konduktivitas listrik (EC). Kandungan Total karbon organik (TOC) dan Total nitrogen (TN)
ditentukan dengan Penganalisis unsur (Elemental Vario EL, Jerman). Konsentrasi NH4 +-N, NO2 −-N dan NO3 −
N ditentukan oleh Spektrofotometer menurut studi sebelumnya (yang et al., 2014; Zeng et al., 2018). Aktivitas
amonia monooksigenase (AMO) dan nitrat reduktase (NR) diukur atas dasar Zheng et al. (2011).

2,3. analisis mikroba

2.3.1. ekstraksi DNA sekitar 0.3 g sampel digunakan untuk ekstraksi DNA genom dengan FastDNA® SPIN
kit untuk tanah (MP Biomedicals, Illkirch, France). Kemurnian dan konsentrasi DNA dievaluasi dengan
menentukan absorbansi pada 260 dan 280nm dengan Micro-Spektrofotometer. DNA berkualitas disimpan pada
suhu − 40 ° c sebelum analisis berikutnya.

2.3.2. PCR kuantitatif (qpcr) analisis dari amoa dan nirs gen amoa dan nirs gen masing-masing dipilih
untuk menentukan Bakteri nitrifikasi dan denitrifikasi. Amplifikasi dilakukan onaTIB8600PCRThermocycler
(TIB, Cina) withtheprimersamoB-F/amoB-R dan cd3aF/R3cdR, masing-masing. Urutan primer dapat ditemukan
di bahan tambahan. Setiap tabung qpcr mengandung 10μl sybr hijau Master Mix (vazyme Biotech, Nanjing,
China), 0,4 μL dari eachprimer, 1μlofdnasample, dan 8.2 μlofsterilewater. thosepcr reaksi dilakukan di rangkap
dan diprogram sebagai berikut: 95 ° c untuk 2min, kemudian 40 siklus di 95 ° C untuk 15s dan 60 ° c untuk 30-an.
Kurva standar untuk qpcr disiapkan oleh sepuluh kali lipat dilusi serial plasmid berisi kloning amoa dan nirs gen.
Lingkup pengujian kurva standar adalah 103 – 108 eksemplar/mL. Kurva peleburan digunakan untuk
memverifikasi spesifisitas reaksi qPCR. Dalam studi ini, linearitas (R2) kurva standar untuk gen amoA dan nirS
adalah 0,9993 dan 0,9897, masing-masing.

2.3.3. pengurutan High-throughput dan klasifikasi filogenetik masyarakat komposisi amoa dan nirs gen
dalam sampel weredeterminedbymiseqsequencingplatformwiththeprimersamobf/amob-R dan cd3aF/R3cdR,
masing-masing. Wawasan kuantitatif ke ekologi mikroba (QIIME) digunakan untuk menyaring pembacaan
berkualitas rendah, adaptor, dan barcode, dll (Caporaso et al., 2010). Urutan yang tersisa dikelompokkan ke
dalam unit taksonomi operasional (OTUs) oleh Usearch dengan ketidaksamaan 0,03 (Edgar, 2010). Chao1
(richness index) andShannon (diversityindex) basedonOTUswerecalculatedby QIIME juga. Urutan representatif
yang paling melimpah untuk setiap OTU dipilih sebagai identifikasi forphylogenetic. Taxonomic tugas dilakukan
dengan RDP classifier di QIIME melalui FunGene database di ambang keyakinan 0,7 (ikan et al., 2013).
Kelimpahan relatif oftaxonwas dihitung astheratio ofspessequence ' nomor untuk jumlah total urutan per sampel.

2,4. analisa Statistik

 Sebuah analisis satu arah varians (ANOVA) dilakukan untuk menilai efek cacing tanah pada parameter
physico-kimia dan Mikrobiologi dalam vermicomposting. Uji HSD tukey lebih lanjut digunakan untuk
menganalisis perbedaan parameter di antara perawatan. Semua analisis statistik yang dilanjutkan di SPSS 19,0
perangkat lunak.

3. hasil dan diskusi

3,1. kinerja umum dari vermicomposting

Perubahan biomassa di cacing tanah dapat mengevaluasi kelayakan vermicomposting. Dalam studi ini,
berat tunggal rata dari cacing tanah meningkat pesat dari 0.25 g untuk 0,61 g setelah 30days vermicomposting,
sementara itu menolak untuk 0,32 g di akhir percobaan. Kenaikan berat badan cacing tanah menunjukkan bahwa
mereka memakan bahan organik tertentu, dan ini membantu untuk stabilisasi organik untuk vermicomposting.
Selain itu, penurunan berat badan cacing tanah adalah karena kekurangan bahan baku organik karena dikurangi
dengan pengolahan. Kepompong itu ditemukan dari hari ke 20 dan cacing tanah menghasilkan Total 87
kepompong dalam vermicomposting. Selanjutnya, beberapa telur cacing wasrecordedatthelaterstageofexperiment.
Itu cacing tanah dapat bertahan hidup di substrat dan vermicomposting maju dengan baik. Variasi pH, EC dan
TOC di vermicomposting dan perawatan kontrol ditunjukkan pada tabel 1. Perubahan signifikan dalam substrat
telah terjadi dalam dua perawatan. pH dan TOC menurun berturut-turut, sedangkan EC sampel meningkat
secara stabil selama masa percobaan. Selain itu, vermicomposting menunjukkan pH dan TOC yang lebih rendah
dibandingkan dengan perlakuan kontrol. Temuan ini dalam perjanjian dengan studi sebelumnya tentang Lumpur
limbah, sayuran limbah dan vermicomposting jerami tanaman (Huang et al., 2017; Prakash dan Karmegam, 2010;
Sharma dan Garg, 2018). PH yang lebih rendah dan TOC menunjukkan bahwa lebih organik terurai di
vermicomposting daripada perawatan kontrol. Oleh karena itu, vermicomposting bermanfaat bagi stabilisasi
limbah organik melalui interaksi antara cacing tanah dan mikroba.

3,2. transformasi nitrogen

Nitrifikasi dan denitrifikasi adalah komponen yang paling penting untuk transformasi nitrogen dalam
vermicomposting. Dalam studi ini, NH4 +-N wastheprevalentinorganicnitrogenintheinitialsubstratesandterutama

berasal dari hidrolisis senyawa nitrogen organik dalam limbah Lumpur. Kandungan NH4 +-N menurun secara
mantap dari 0,82 GKG − 1 hingga 0,24 GKG − 1 selama proses vermicomposting (Tabel 1). Zeng et al. (2018)
ditemukan NH4 +-N meningkat pesat selama tahap awal pengomposan karena amonifikasi, dan mereka dapat
menyebabkan hilangnya nitrogen sebagai NH3. Dan tidak ada akumulasi NH4 +-N di vermicomposting dapat
menyebabkan hilangnya nitrogen kurang dibandingkan dengan pengomposan (Cáceres etal., 2018).
Thedecompositionoforganicnitrogenandtransformation dari NH4 +-N ke NO2 −-N dan NO3 −-N berhasil selama
seluruh tahap vermicomposting. Perubahan NH4 +-N dalam pengobatan kontrol mirip dengan vermicomposting.
Selain itu, isi dari NH4 + N dalam vermicomposting sedikit lebih rendah dari pada perlakuan kontrol. Huang et al.
(2017) juga melaporkan hasil yang sama dalam buah dan sayur limbah vermicomposting. Berbeda dengan NH4 +-
N, konsentrasi NO3 −-N meningkat jelas dari 0.34 GKG − 1 sampai 6.10 GKG − 1 dalam proses vermicomposting
(Tabel 1). Penurunan NH4 +-N dan peningkatan NO3 −-N dilaporkan sebelumnya dalam vermicomposting (Fu et
al., 2015; Huang et al., 2017; Yang et al., 2014). Kinerja ini menunjukkan kondisi yang menguntungkan yang
diberikan dalam vermicomposting untuk konversi NO2 −-N ke NO3 −-N oleh NOB. Lebih penting lagi,
vermicomposting berisi konten yang lebih tinggi dari NO3 −-N daripada kontrol pengobatan. Temuan tersebut
menegaskan bahwa cacing tanah dapat meningkatkan kondisi aerobik dan meningkatkan nitrifikasi di
vermicomposting oleh menggali dan shuttling. NO3 −-n dapat dikurangi menjadi NO2 −-n dan nitrogen gas
(N2O/N2) oleh bakteri denitrifikasi di lingkungan anaerobik (Zeng et al., 2018). Oleh karena itu, nitrat yang lebih
tinggi mungkin juga disebabkan oleh invermicomposting yang lebih lemah. Selanjutnya, theprofilesof baik
nitrifier dan denitrifier diberikan dalam hal berikut. Seperti yang diberikan pada tabel 1, nilai NO2 −-N sangat
rendah pada limbah awal. Kedua vermicomposting dan perlakuan kontrol meningkatkan isi dari NO2 −-N, dan
tidak ada perbedaan yang signifikan ditemukan di antara kedua perawatan tersebut. Konsentrasi NO2 −-N jelas
lebih rendah dibandingkan dengan NO3 −-N karena merupakan produk intermediate dari proses nitrifikasi oleh
AOB (Zeng et al., 2018). Dalam studi ini, perubahan nitrogen mineral Total mirip dengan NO3 −-N meskipun NH4
+-N mendominasi nitrogen mineral di awal. Hasil itu jelas berbeda dengan Zeng et al. (2018) sebagai NH4 +-N
adalah nitrogen mineral yang berlaku dalam tahap thewhole pengomposan. NH4 +-N berasal dari amonifikasi
protein dapat transformasi ke NO3 −-N segera di vermicomposting dan kemudian mengurangi kerugian nitrogen
sebagai NH3.

3,3. kegiatan enzim kunci

Transformasi nitrogen secara kritis dikatalisis oleh enzim fungsional. AMO dan NR sangat penting untuk
nitrifikasi dan denitrifikasi dalam proses pengomposan dan vermicomposting (Zeng et al., 2018). Seperti dapat
dilihat di Fig. 1a, aktivitas AMO jelas lebih tinggi dalam vermicomposting dari pada perlakuan kontrol. Huang et
al. (2017) juga menemukan tingkat tinggi nitrifikasi bersih dalam reaktor cacing tanah diobati untuk pembuangan
buah-buahan dan sayuran limbah. Hasil ini lebih lanjut menunjukkan bahwa kehadiran cacing tanah dapat
mempromosikan nitrifikasi dengan meningkatkan aktivitas enzim kunci. Selain itu, studi sebelumnya melaporkan
aktivitas protease yang lebih tinggi dalam sistem yang vermifiltrasi untuk domestic. stabilisasi air limbah Lumpur
(Li et al., 2013). Senyawa yang mengandung N dapat dengan cepat dihidrolisis menjadi
availablenitrogenfornitrifyingbacteria organik atau anorganik yang terlarut. Oleh karena itu, theactivity cacing
tanah mungkin mempercepat mineralisasi nitrogen organik pertama dan kemudian mempromosikan nitrifikasi di
vermicomposting. Aktivitas NR menunjukkan kecenderungan penurunan dalam sistem vermicomposting dan
kontrol karena konsumsi yang mudah degradable Organics (Gbr. 1b). Selain itu, tidak ada perbedaan yang
signifikan adalah foundbetweenthosetwotreatment forNRactivitieseventhoughthere lebih NO3 −-N tersedia untuk
denitrifikasi dalam vermicomposting. Namun demikian, Chen et al. (2014a) menemukan bahwa aktivitas enzim
denitrifikasi tanah meningkat secara signifikan ketika cacing tanah yang hadir
althoughthenumberofnirsgeneswasinmenghambat. theearthwormscould mempromosikan pelepasan karbon labil
untuk denitrifier sebagai sumber energi dan merangsang aktivitasnya di tanah. Namun, efek mempromosikan ini
tidak jelas dalam sistem pembuangan organik sebagai beberapa studi melaporkan karbon organik terlarut yang
lebih rendah di vermicomposting dibandingkan dengan sistem tanpa cacing diobati (Cui et al., 2018; Lazcano et
al., 2008; Yang et al., 2014).

3,4. kelimpahan gen amoA dan nirS

Gbr. 2A menunjukkan kelimpahan gen amoA di vermicomposting dan pengobatan kontrol. Signifikansi dari
amoAgenecopieswasfound setelah vermicomposting. Jumlah gen amoA adalah 2,65 × 105 eksemplar/g pada
substrat awal, sedangkan meningkat secara signifikan untuk 1.39 × 107 eksemplar/gin30daysvermicomposting,
despiteits kelimpahan berkurang sedikit di akhir percobaan. Perlu dicatat kehadiran cacing tanah dapat
mempromosikan pertumbuhan nitrifier sebagai salinan gen amoA di vermicomposting sangat lebih tinggi dari itu
dalam pengobatan kontrol. Huang et al. (2017) melaporkan bahwa cacing tanah memperkaya nomor AOB dalam
vermicomposting limbah buah-buahan dan sayuran. Selain itu, penelitian sebelumnya juga menunjukkan cacing
tanah memiliki

fungsi promosi penting pada AOB dalam vermifiltrasi dan tanah (Wang et al., 2013). Perilaku penggerek cacing
tanah mungkin meningkatkan porositas dan mengurangi lingkungan anaerobik di dalam bahan baku dan
meningkatkan kondisi pertumbuhan bakteri nitrat (Huang et al., 2017; Li et al., 2013; Yang et al., 2014). Selain
itu, Wang et al. (2013) menemukan bahwa nitrifikasi NH4 +-N dapat ditingkatkan dengan produksi cor cacing
tanah. Hasil ini menunjukkan bahwa cacing tanah secara signifikan dapat merangsang Bakteri nitrifikasi dan
kemudian mempromosikan kinerja nitrifikasi dalam vermicomposting. Gen nirS lebih melimpah daripada gen
amoA dalam sistem vermicomposting (Gbr. 2B). Bakteri nitrifying adalah mikroba autotrofik dan tumbuh lebih
lambat daripada mikroba heterotrofik, seperti Bakteri denitrifikasi. Dalam studi ini, kelimpahan dari gen nirS
menurun berturut-turut dari 4.93 × 109 eksemplar/g untuk 1.01 × 108 eksemplar/g dan 4.30 × 108 eksemplar/g
setelah vermicomposting dan kontrol pengobatan, masing-masing. Hal ini mungkin disebabkan oleh pengurangan
karbon yang tersedia bagi bakteri denitrifikasi sejak cukup substrat nitrit tersedia. Selain itu, gen nirS dengan
kelimpahan yang lebih rendah terdeteksi di vermicomposting dibandingkan dengan kontrol pengobatan pada
akhir percobaan. Bakteri denitrifying tumbuh baik di lingkungan anoxic, dan kelimpahan yang lebih tinggi nirS
gen menyarankan lebih anoxic pengobatan incontrol lingkungan (Huang et al., 2017). Cacing tanah mungkin
memiliki efek negatif pada nirS-denitrifier di vermicomposting. Chen et al. (2014a) juga menemukan bahwa
kelimpahan gen nirS di tanah tanpa cacing tanah lebih dari itu dalam pengobatan cacing tanah. Namun demikian,
beberapa penelitian dilaporkan cacing tanah secara signifikan dapat enhancethemelimpah
anceofdenitrifiercommunityinsoilsviamemasukkan residu tanaman segar ke dalam tanah dan memasok sumber
karbon labil mantap (chenandwhalen, 2016; Nebert etal., 2011). Hasil yang kontradiktif mungkin karena
perbedaan sifat dari berbagai substrat, terutama tingkat gizi yang berbeda dan komposisi organik, seperti
Lumpur limbah dan jerami padi yang digunakan dalam penelitian ini mengandung banyak organik secara
biologis karbon bagi bakteri denitrifikasi. Keanekaragaman mikroba dan kekayaan ama dan nirS gen

Dengan Sekuensing Miseq, Total 83.628 dan 71.534 urutan berkualitas tinggi diperoleh untuk gen amoA dan nirS,
masing-masing. Mereka membaca secara acak dinormalkan ke nomor Baca terendah untuk setiap sampel untuk
memfasilitasi perbandingan keragaman antara sampel yang berbeda. Seperti yang ditunjukkan dalam tabel 2 dan
3, 24-33 OTUs dan 198 – 298 OTUs dikelompokkan untuk gen amoA dan nirS, masing-masing. Cakupan gen amoa
dan nirs di semua Perpustakaan melebihi 0,9928, menunjukkan bahwa kedalaman pengurutan cukup untuk
mencerminkan masyarakat nitrifier dan denitrifier. Nilai dari Chao1 kekayaan dan Shannon indeks amoA gen
yang ditunjukkan pada tabel 2. Kekayaan dan keragaman gen amoA

ditingkatkan dengan vermicomposting dan pengobatan kontrol, dan sampel C60 berisi OTUs maksimum. Selain
itu, vermicomposting menunjukkan kekayaan bakteri amoA gen lebih rendah daripada kontrol. Pengamatan ini
dibuktikan oleh Estimator Ace. Selain itu, perbedaan yang signifikan (p = 0.033) inShannonindex ofamoAgene
diamati antara vermicomposting dan pengobatan kontrol, menunjukkan bahwa aktivitas cacing tanah
menghambat keragaman fungsional amoA gen selama vermicomposting. Hasil kami tidak setuju dengan laporan
sebelumnya bahwa masyarakat AOB secara signifikan diperluas oleh cacing tanah di vermicomposting dan
vermifiltrasi (Huang et al., 2017; Wang et al., 2013). Hasil yang berlawanan ini mungkin akan dianggap sebagai
perbedaan dalam bahan baku kompos karena limbah Lumpur mengandung lebih banyak nitrogen daripada
limbah nabati. Tingginya kandungan nitrogen dipromosikan thegrowthofsomeindividualhostsof amoagene,
otherthanthewhole nitrifikasi takson (Bassin et al., 2015; Gao et al., 2016). Tabel 3 menunjukkan kekayaan dan
keragaman gen nirS. Dalam studi ini, kekayaan nirS gen adalah hampir sepuluh kali lebih tinggi daripada amoA
gen, menyarankan lebih denitrifier daripada nitrifier di vermicomposting. Selain itu, keragaman bakteri nirS gen
kekayaan menunjukkan kecenderungan yang berlawanan dengan yang amoA gen. Banyak lagi OTUs terdeteksi
untuk gen nirS di vermicomposting dibandingkan dengan perlakuan kontrol pada 30days. Nilai indeks Shannon
juga menunjukkan bahwa vermicomposting memiliki keragaman gen nirS yang lebih tinggi (Tabel 3). Oleh
karena itu, penambahan cacing tanah mungkin memperluas nirs-denitrifier selama lumpur kotoran dan stabilisasi
PADI jerami. Dilaporkan bahwa segar berisi sejumlah besar gen nirS karena lingkungan khusus di nyali cacing
tanah (Chapuis-Lardy et al., 2010; Depkat-Jakob et al., 2010; Majeed et al., 2013). Selain, NO3 −-N adalah
substrat Bakteri denitrifikasi, dan konsentrasinya memiliki korelasi negatif dengan gen nirs dalam vermifiltrasi
(Wang et al., 2016). Hasil kami tidak konsisten dengan itu sebagai lebih tinggi NO3 −-N isi juga terdeteksi di
vermicomposting. Temuan ini lebih membuktikan efek cacing tanah pada keragaman dan fungsi denitrifier di
vermicomposting.

3,6. komposisi phylogenetic dari gen amoA dan nirS

Gen amoA yang terdeteksi terutama dianggap berasal dari Nitrosospira, Nitrosomonas dan Nitrosococcus pada
tingkat genus (Gbr. 3). Selain itu, bakteri norank unclassified dan Nitrosomonadaceae unclassified juga
merupakan komponen dari amoA-nitrifier di vermicomposting. AmoAnitrifier berisi tiga genera utama. Satu
genus berkaitan erat dengan Nitrosococcus dan milik Gammaproteobacteria sedangkan dua genera lainnya adalah
Nitrosomonas dan Nitrosospira. Dalam percobaan, Nitrosomonas adalah genus yang paling dominan dalam bahan
awal dan menyumbang lebih dari 80% dari amoA-nitrifier. Namun demikian, Nitrosomonas turun tajam dalam
periode percobaan dan kelimpahan kurang dari 2,0% setelah 60days vermicomposting. Selain itu, cacing tanah
memiliki efek negatif yang kuat pada Nitrosomonas karena kelimpahan relatifnya secara signifikan lebih rendah
di vermicomposting (1,97 – 16.57%) dibandingkan dengan kontrol (13.06-25.91%). Nitrosospira meningkat secara
signifikan dari 1,31% menjadi 91,58%, menunjukkan dominasinya selama vermicomposting. Selanjutnya,
vermicomposting mengandung Nitrosospira lebih melimpah daripada perlakuan kontrol, menunjukkan bahwa
cacing tanah memfasilitasi pengayaan spesies nitrifier ini. Hasil tersebut tersirat bahwa masyarakat nitrifier
berubah dalam proses vermicomposting karena perubahan parameter fisikokimia dan kegiatan cacing tanah
(Huang et al., 2017). Temuan sebelumnya menunjukkan bahwa Nitrosomonas dan Nitrosospira adalah spesies
dominan dari amoA-nitrifier dalam pengomposan dan vermicomposting (Yamada et al., 2013; Yan et al., 2016;
Zeng et al., 2018). Hasil kami

asalkan bukti lebih lanjut bahwa nitrosospira adalah Bakteri nitrifikasi dominan dan memainkan peran penting
dalam nitrifikasi selama vermicomposting. Lebih dari 56% dari urutan gen nirS milik Proteobacteria pada tingkat
filum. Selain itu, persentase dari Alphaproteobakteri, Betaproteobacteria dan Gammaproteobacteria berkisar dari
6,4 untuk 25.8%, 4.5 untuk 11,4% dan 12.1 untuk 30.1%, masing-masing (Lihat bahan tambahan). Studi
sebelumnya melaporkan bahwa Bakteri denitrifikasi nirs-jenis terutama milik proteobacteria dalam kompos dan
diaktifkan Lumpur (Chen et al., 2014b; Remmas et al., 2016). Distributionof nirS-typedenitrifying
bakteratthegenuslevelisshownin Fig. 4. Sekitar 20% dari urutan gen nirS bisa lebih diidentifikasi pada tingkat
genus, sedangkan 80% dari sekuens gen nirS adalah kelompok groupsorunclassified mappedtounknown,
menunjukkan bahwa tingkat besar nirS-denitrifier tidak dapat ditugaskan sesuai database genomik saat ini. Hasil
ini mencerminkan kompleksitas masyarakat Bakteri denitrifikasi di vermicomposting, dan isolasi dan identifikasi
denitrifier spesifik yang diperlukan dalam studi lebih lanjut. Gammaproteobakteri unclassified, Proteobakteri
unclassified, dan bakteri norank unclassified adalah orang yang dominan, nirS-denitrifier genus, yang
menyumbang 20.49-80.18% dari total dibaca. Paracoccus, Pseudomonas, Rhodanobacter, Betaproteobacteria
unclassified, Brachymonas, Acidovorax, Bordetella dan Alicycliphilus menyumbang besar proporsi nirS gen dalam
vermicomposting juga. Pseudomonadaceae, Rhodocyclacea dan Paracoccus sering terdeteksi sebagai nirS-
denitrifier dominan dalam pengomposan (Chen et al., 2014b). Meskipun nirs yang sama denitrifikasi bakteri
terdeteksi di vermicomposting dan kontrol pengobatan, kelimpahan relatif mereka secara signifikan berbeda di
antara dua perawatan. Relatif berlimpah Proteobacteria unclassified, dislassifikasi bakteri norank Miscellaneous,
Paracoccus, dan Bordetella di vermicomposting lebih rendah dibandingkan dengan yang dalam pengobatan
kontrol (Gbr. 4). Kehadiran cacing tanah Dipromosikan pertumbuhan Burkholderiaceae unclassified, tidak
diklasifikasikan Betaproteobacteria, dan unclassified Gammaproteobacteria, dll. Oleh karena itu, cacing tanah
dapat mempengaruhi komposisi komunitas nirS gen dalam vermicomposting. Temuan kami sesuai dengan
beberapa studi. Wang et al. (2016) melaporkan bahwa cacing tanah dapat secara signifikan mempengaruhi
keragaman gen nirS dalam vermifiltrasi untuk mengobati air limbah domestik pedesaan. Selain itu, usus cacing
dapat memilih dan merangsang komunitas gen nirS tertentu meskipun denitrifier di
earthwormgutandcastwerederivedfromthesamematrix (Hornetal., 2006).

4. kesimpulan

Vermicomposting limbah Lumpur dan jerami padi menghasilkan nilai pH yang lebih rendah dan TOC dan lebih
tinggi NO3 −-N daripada kontrol pengobatan tanpa cacing tanah. Kehadiran cacing tanah dapat meningkatkan
kegiatan AMO dan amoA gen kelimpahan dan kemudian mempromosikan proses nitrifikasi. Nitrosospira
mendominasi komposisi gen amoA dan cacing tanah dapat merangsang pertumbuhan di vermicomposting.
Proteobacteria unclassified adalah yang dominan nirS-denitrifier dan cacing tanah memiliki efek negatif di
atasnya. Dalam semua, cacing tanah dapat mempromosikan mineralisasi nitrogen dan nitrifikasi dengan
mengubah aktivitas, kelimpahan dan komposisi gen nitrifikasi dan denitrifikasi dalam proses vermicomposting.

Pengakuan

Penelitian ini didanai oleh National Natural Science Foundation dari Cina (51508318), yang "ChenGuang
program" (15CG53) dari Shanghai pendidikan pengembangan Yayasan & Shanghai Municipal Education
Commission, yang Open pendanaan dari Shanghai Key Lab untuk perkotaan Proses ekologi dan restorasi eko dari
East China Normal University (SHUES2017A04).