Anda di halaman 1dari 12

Materi genetik: sifat dan replikasi

HAL. 92-93
Gen pertama kali terdeteksi dan dianalisis oleh mendel, dan kemudian banyak
milmuwan lain, dengan mengikuti pola pewarisan dari generasi ke generasi (bab 2). Studi-
studi ini sementara sangat menjelaskan pewarisan sifat pada organisme hidup, tidak
memberikan wwasan tentang struktur atau komposisi molekul gen. Studi selanjutnya
,enetapkan korelasi yang tepat antar pola pewarisan gen dari generasi ke generasi (segresi dan
bermacam-macam independen) dan perilaku kromosom selama reproduksi seksual, khususnya
divisi pengurangan meiosis dan pembuahan (bab 3). Eksperimen ini dan terkait memberikan
bukti awal yang kuat bahwa gen biasanya terletak pada kromosom. Dengan demikian, dalam
mengajukan pertanyaan tentang dasar kimia keturunan, para ilmuwan mulai dengan
menyelidiki komposisi biokimia kromosom. Apapun komposisi kimianya, jelas bahwa pada
zaman mendel bahwa materi genetik harus memenuhi dua persyaratan utama.
1. Fungsi natau replikasi genetik.
Materi genetik harus mampu menyimpan informasi genetik kepada keturunan,
generasi demi generasi (meskipun sebagai keturunan) dan menstransmisikan
informasi ini dengan setia dari orang tua yang akan kita lihat di bab 11, materi
genetik sesekali mengalami perubahan yang diwariskan sesekali disebut mutasi.
2. Fungsi fenotip ekspresi gen.
Materi genetik harus mengendalikan perkembangan fenotip orgsnisme, baik itu
virus, bakteri, tanaman, atau hewan seperti manusia. Yaitu materi genetik harus
menentukan pertumbuhan dan diferensiasi organisme dari zigot yang dieja secara
tunggal menjadidewasa yang matang . untuk mengontrol proses rumit ini, genetik
tidak hanya harus mengekspresikan dirinya secara akurat tetapi juga setiap gen
harus bertindak pada waktu dan tempat yang tepat untuk menjamin bahwa hati
terdiri dari sel-sel hati, sistem sel saraf, dan sebagainya (lihat bab 10 dan 5)
Lromosom terdiri dari dua jenis molekul organik besar (makromolekul) yang disebut
protein dan asam nukleat. Asam nukleat terdiri dari duan jenis: asam deoxyribonuklkeat (dna)
dan asam ribonukleat (rna). Selama bertahun tahun, ada banyak perbedan pendapat dinantara
para ilmuwan mengenai mana dari ketiga makromolekul ini yang membawa informasi
genetik. Selama 1940-an dan awal 1950-an, beberapa percobaan elegan dilakukan yang
dengan jelas menetapkan bahwa informasi genetik berada di asam nukleat daripada dalam
protein. Lebih khusus lagi, percobaan ini menunjukkan bahwa informasi genetik berada di
dalam DNA (dalam beberapa virus sederhana, RNA membawa informasi genetik; virus
khusus ini tidak mengandung DNA)

DNA, MATERI GENETIK


Beberapa baris bukti tidak langsung telah lama menyatakan bahwa FDNA
mengandung informasi genetik organisme hisup. Yang paling penting, hasil yang diperoleh
dengan menggunakan beberapa prosedur eksperimental yang berbeda menunjukkan bahwa
sebagian besar DNA terletak di kromosom sedangkan RNA dan protein juga berlimpah di
sitoplasma. Selain itu, ada korelasi yang tepat antara jumlah DNA per sel dan jumlah set
kromosom per sel. Yaitu sebagian besar sel somatik dari organisme diploid, misalnya
menyandung jumlah DNA sebagai sel haploid atau gamet spesies yang sama. Akhirnya,
kompoisisi molekul DNA di semua sel yang berbeda dari suatu organisme adalah
sama(dengan pengecualian langka). Sedangkan komposisi RNA dan protein bervariasi baik
secara kualitatif maupun kuantitatif dari satu jenis sel ke yang lain. Meskipun korelasi ini
ssngat menunjukkan bahwa DNA adalah genetik, mereka tidak membuktikannya. Untungnya,
bukti langsung telah menetapkan bahwa informasi genetik dikodekan dalam DNA.

TRANFORMASI DI PNEUMOCOCCUS
Bukti langsung pertama yang menunjukkan bahwa materi genetik adalah DNA
daripada protein atau RNA diterbitkan oleh OT AVERY, C. M MACLEOD, dan M.
MCCARTY pada tahun 1944. Mereka menunjukkan bahwa komponen sel bertanggung jawab
atas fenomena tranformasi dalam bakteri Diplococcus pneumonie (pneumococcus) adalah
DNA. Tranformasi adlah cara rekombinasi (pertukaran atau transfer informasi genetik antar
organisme atau dari satu organisme ke organisme lain) yang terjadi pada beberapa, tetapi
tidak semua. Ini tidak melibatkan kontak langsung anyara sel-sel bakteri atau mediasi oleh
vektor seperti virus (lihat bab 8, hal 206-208).
Fenomena transformasi ditemukan oleh frederick griffith pada tahun 1982. Harus
ditekankan bahwa meskipun percobaan griffith menunjukan terjadinya tranformasi pada
pneumococcus dan dengan demikian mengatur panggung untuk McCarty, mereka tidak
memberikan bukti bahwa DNA adalah terlibat dengan cara apapun.
Pneumococcus, seperti semua organisme hidup lainnya, menunjukkan variabilitas
genetik yang dapat dikenali dengan adanya berbagai fenotipe (tabel 5.1). dua karakteristik
fenotip yang penting dalam demonstrasi tranformasi griffith adalah (1) ada atau tiudak adanya
kapsul polisakarida (polimer gula kompleks) di sekitarnya dan (2) jenis kapsul, yautu
kompisisi molekul spesifik polisakarida hadir dalam kapsul. Ketika ditanam dimedia yang
sesuai (seperti agar darah) di dalam cawan petri, pneumococcus dengan bentuk kapsul yang
besar, koloni halus dan dengan demikian disebut tipe S. Pneumococcus yang dienkapsulasi ini
cukup patogen bagi sebagian besar mamalia (misalnya, menyebabkan pneumonia pada
manusia). Virus penumococcus tipe S ini bermutasi menjadi nonvirulen atau non patogenik,
bentuk yang tidak memiliki kapsul polisakarida (pada frekuensi sekitar atau satu sel dalam
10). Pneumococcus yang tidak terbungkus dan tidak berbentuk itu membentuk koloni kecil
yang permukaannya kasar ketika tumbuh pada media agar darah dan dengan demikian disebut
tipe R (tabel 5.1). kapsul polisakarida diperlukan untuk virulensi karena melindungi sel
bakteri terhadap fagositosis oleh leukosit. Ketika kapsul hadir, itu mugkin dari beberapa jenis
antigenik yang berbeda (tipe II, III, dll.) tergantung pada komposisis molekul spesifik
polisakarida dan tentu saja pada akhirnya pada genotip sel. Jenis kapsul yang berbeda dapat
diidentifikasi sevara imunologis. Jika sel tipe II disuntikkan ke dalam aliran darah kelinci,
sistem kekebalan kelinci akan menghasilkan antibodi (satu set khusus protein besar yang
fungsinya untuk melindungi organisme terhadap zat asing seperti virus makromolekul dan
bakteri; lihat bab 16) yang bereaksi secra khusus dengan sel tipe II. Antibodi tipe II seperti itu
akan menggumpalkan pneumococcus tipe II tetapim tidak untuk pneumococcus tipe II dan
sebaliknya. Penemuan griffith yang tidak terduga adalah bahwa jika ia menyuntikkan
penumococcus tipe IIIS yang terbunuh secara panas (virulen ketika hidup) ditambah
penumococcus tipe IIR hidup (novirulen) ke tikus, banyak tikus yang meninggal karena
pneumonia, dan sel-sel hidup ipe iiis diambil dari bangkai (gambar 5.1). ketika tikus
disuntikan dengan pneumococcus tipe IIIS yang terbunuh secra panas saja (gambar 5.1 atas)
tidak ada tikus yang mati. Virulensi yang diamati karena itu bukan karena beberapa sel tipe
IIIS yang selamta dari perlakuan panas, penting untuk dicatat bahwa pneumococcus virulen
hidup pulih dari sisak polisakarida tipe III, karena diketahui bahwa sel-sel tipe R yang tidak
ternekapsulasi dapat bermutasi kembali menjadi sel tipe S yang terkapsul yang virulen. Ketika
muatsi seperti ini terjadi dalam sel tipe IIR, sel yang dihasilkan adalah tipe IIS bukan tipe
IIIS. Dengan demikian, “ tranformasi” dari sel-sel tipe IIR nonvirulen menjadi sel-sel tipe
IIIS yang virulen tidak dapat dijelaskan dengan mutasi melainkan beberapa komponen dari
sel-sel tipe IIIS yang mati (prinsip transformasi) harus mengubah sel-sel tipe IIR hidup ke tipe
IIIS. Eksperimen selanjtnya menunjukan bahwa fenomena tersebut diejlaskan oleh griffith,
sekrang disebut transformssi, tidak dimediasi dengan cara apapun oleh inang yang hidup.
Fenomena yang sama terjadi pada tabung reaksi ketika sel-sel tipe IIR hidup di tanam di
hadapan sel-sel tipe IIIS mati atau ekstrak dari sel-sel tipe IIIS karena jelas ditunjukkan
bahwa fenotipe baru, tipe IIIS adalah turun temurun, yaitu disebabkan oleh perubahan genotip
drl ysng diwariskan secara permanen, demonstrasi tranformasi dengan rapi menhgatur
penggung untuk menentukan dasar kimiawi hereditas pada gen. Penumococcus yang tersisa
adlaha menentukan komponen ekstrak sel apa yang bertanggung jawab unuk tranformasi.

BUKTI BAHWA”PRINSIP TRANSFORMASI” ADALAH DNA


Prinsip transformasi terbukti menjadi DNA pada tahun 1944 ketika Avery, Macleod
dan McCarty menerbitkan hasil dari serangkaian eksperimen yang luas dan melelahkan.
Mereka menunjukkan bahwa jika DNA yang dimurnikan secara besar-besaran dari tipe IIIS
pneomococcus hadir dengan pneumococcus tipe IIR, beberapa pneumococcus
ditransformasikan menjadi tipe IIIS (gambar 5.2) tetapi bagaimana orang bisa yakin bahwa
DNA itu benar-benar murni? Membuktikan kemurnian lengkap dari setiap zat makromolekul
sangat sulit. Mungkin persiapan DNA mengandung beberapa molekul protein dan protein
terkontaminasi ini bertanggung jawab untuk tranformasi yang diamati.

HAL. 94-98
Gambar 5.1 Demonstrasi Griffith tentang transformasi pada pneumokokus. Ketika terbunuh
dengan panas terkapsulasi (ditunjuk S untuk pembentukan koloni kecil) pneumokokus tipe III
disuntikkan ke tikus, tikus tidak mengembangkan pneumonia. Demikian pula ketika hidup
nonenkapsulasi (ditunjuk R untuk pembentukan koloni kasar) sel tipe II disuntikkan ke tikus,
tikus tidak menunjukkan efek buruk. Injeksi pneumokokus Tipe IIIS yang hidup
mengakibatkan pneumonia berat dan kematian banyak tikus. Yang mengejutkan, injeksi sel-
sel Type IIIS yang terbunuh dengan panas (virulen jika hidup) bersama dengan sel-sel Type
IIR yang hidup (nonvirulent) menyebabkan kematian banyak tikus.
Gambar 5.2. Bukti Avery, MacLeod, dan McCarty bahwa "prinsip transformasi" adalah
DNA. Transformasi pneumokokus Tipe IIR menjadi Tipe IIIS dapat ditunjukkan dengan
menggunakan DNA yang sangat murni dari sel Tipe IIIS serta menggunakan sel Tipe IIIS
yang terbunuh dengan panas. Bukti bahwa komponen aktif adalah DNA dan bukan jumlah
kecil RNA atau protein yang terkontaminasi dicapai dengan memperlakukan DNA yang
dimurnikan dengan enzim DNase, RNase, dan trypsin (protease), yang secara khusus
menurunkan DNA, RNA, dan protein. Pengobatan dengan RNase atau protease tidak
berpengaruh pada kemampuan persiapan DNA yang dimurnikan untuk mengubah sel Tipe IIR
menjadi Tipe IIIS. Pengobatan DNase menghancurkan aktivitas transformasi persiapan DNA
(hal 95)
Translate genetika bay dan garin
“Eksperimen Hershey-Chase”
Bukti langsung tambahan yang menunjukkan bahwa DNA adalah bahan genetik diterbitkan
pada tahun 1952 oleh A. D. Hershey (Pemenang Hadiah Nobel 1969) dan M. Chase.
Percobaan ini menunjukkan bahwa informasi genetik dari virus bakteri pertikular
(bacteriopage T2) hadir dalam DNA. Hasil mereka, meskipun mungkin kurang pasti dari hasil
Avery, macleod, dan Mc Carty, memiliki dampak besar pada penerimaan oleh ilmuwan DNA
sebagai bahan genetik. Dampak besar ini tidak diragukan lagi adalah hasil dari kesederhanaan
yang elegan dari apa yang disebut "eksperimen Hershey-Chase".
Virus adalah organisme hidup terkecil, mereka hidup setidaknya dalam arti bahwa reproduksi
mereka dikendalikan oleh informasi genetik yang disimpan dalam asam nukleat melalui
proses yang sama dalam organisme seluler. virus, bagaimanapun, adalah parasit obligat
seluler yang hanya dapat bereproduksi dalam sel inang yang sesuai. reproduksi mereka benar-
benar tergantung pada mesin matabolik (ribosom, sistem penghasil energi, dll) dari inang.
virus telah sangat berguna dalam mempelajari banyak proses genetik karena strukturnya yang
sederhana dan komposisi kimianya (banyak mengandung hanya protein dan asam nukleat)
dan reproduksi mereka yang sangat cepat (15-20 menit untuk beberapa virus bakteri dalam
kondisi optimal).
Bacteriophage T2, yang menginfeksi basil usus umum Escherichia coli, terdiri dari sekitar 50
persen DNA dan sekitar 50 persen protein (Gambar 5.3). percobaan sebelum tahun 1952 telah
menunjukkan bahwa semua reproduksi bakteriofag T2 terjadi dalam sel E. coli. oleh karena
itu, ketika Hershey dan Case menunjukkan bahwa DNA partikel virus memasuki sel,
sedangkan sebagian besar protein virus tetap teradsorpsi ke luar sel, ini sangat menyiratkan
bahwa informasi genetik yang diperlukan untuk reproduksi virus hadir dalam DNA. dasar
untuk eksperimen Hershey-Chase adalah bahwa DNA mengandung fosfor tetapi tidak ada
sulfur, sedangkan protein mengandung sulfur tetapi tidak ada fosfor. Dengan demikian,
Hershey dan Case mampu secara khusus melabeli salah satu (1) DNA fag dengan
pertumbuhan dalam media yang mengandung isotop radioaktif fosfor, 32P, menggantikan
isotop normal, 31P, atau (2) mantel protein fag dengan pertumbuhan dalam media yang
mengandung belerang radioaktif, 35S, menggantikan isotop normal, 32S (Gambar 5.3). ketika
partikel fag T2 berlabel 35S dicampur dengan sel E.Coli selama beberapa menit dan
kemudian dikenakan kekuatan geser dengan menempatkan sel-sel yang terinfeksi dalam
blender waring, ditemukan bahwa sebagian besar radioaktivitas (dan dengan demikian
protein) dapat menjadi dihapus dari sel tanpa mempengaruhi reproduksi fag progeni. Ketika
fag T2 di mana DNA diberi label dengan 32P digunakan, bagaimanapun, pada dasarnya
semua radioaktivitas ditemukan di dalam sel, yaitu, itu tidak dapat dihilangkan dengan
menggeser blender. Mantel fag yang dicukur dipisahkan dari sel yang terinfeksi oleh
sentrifugasi berkecepatan rendah yang melempar (mengendapkan) sel sambil membiarkan
partikel fag tersuspensi. Hasil ini menunjukkan bahwa DNA virus memasuki sel inang,
sedangkan mantel protein tetap berada di luar sel. Karena virus progensi diproduksi di dalam
sel, hasil Hershey dan Chase menunjukkan bahwa informasi genetik yang mengarahkan
sintesis molekul DNA dan mantel protein dari virus progensi harus ada dalam DNA induk.
Selain itu, partikel progensi terbukti mengandung sebagian 32P, tidak ada satupun dari 35S
fag induk.
Namun, percobaan Hershey-Chase tidak memberikan bukti jelas bahwa materi genetik fag T2
adalah DNA. Sejumlah besar 35S (dan dengan demikian protein) ditemukan disuntikkan ke
dalam sel inang dengan DNA. Jadi, kita selalu dapat berargumentasi bahwa fraksi kecil
protein fag ini mengandung informasi genetik. Baru-baru ini, bagaimanapun, telah
dimungkinkan untuk mengembangkan kondisi di mana protoplas (sel-sel dengan dinding
dihilangkan) dari E. Coli dapat terinfeksi dengan DNA fag murni. Fag progeni infektif normal
diproduksi dalam percobaan ini, yang disebut eksperimen transfeksi, membuktikan bahwa
bahan genetik dari virus bekterial semacam itu adalah DNA.
Gambar 5.3 "Eksperimen Hershey-Chase": bukti bahwa DNA adalah bahan genetik dalam
bakteriofag T2. Sel-sel Escherichia coli terinfeksi dengan fag berlabel 32P (label aktivitas
DNA), dan setelah diberi waktu untuk infeksi, mereka diaduk dalam blender, yang mencukur
mantel fag. Mantel fag dan sel-sel yang terinfeksi kemudian terinfeksi dipisahkan oleh
sentrifugasi. Radioaktivitas diukur dalam pelet sel (sedimen) dan dalam suspensi mantel fag.
Sebagian besar radioaktivitas ditemukan dalam sel. ketika percobaan yang sama dilakukan
menggunakan fag dengan protein berlabel 35S, hasilnya sangat berbeda. Sebagian besar
kegiatan radio ditemukan dalam suspensi mantel fag; sangat sedikit yang memasuki sel inang.
Karena reproduksi fag (baik sintesis DNA dan sintesis protein baru) terjadi di dalam sel yang
terinfeksi, dan karena hanya fag DNA yang memasuki sel inang, DNA, bukan protein, harus
membawa informasi genetik. (Berdasarkan R. Sagar dan F. J. Ryan, Cell Heredity Wiley,
New York, 1961.) hal 96
RNA sebagai Bahan Genetik pada Virus Kecil.
Semakin banyak virus diidentifikasi dan dipelajari, menjadi jelas bahwa banyak dari mereka
mengandung RNA dan protein, tetapi tidak ada DNA. Dalam semua kasus yang diteliti hingga
saat ini, jelas bahwa "virus RNA" ini menyimpan informasi genetik mereka dalam asam
nukleat daripada dalam protein seperti halnya semua organisme lain, meskipun dalam virus
ini asam nukleatnya adalah RNA. Salah satu percobaan pertama yang menetapkan RNA
sebagai bahan genetik dalam virus RNA adalah apa yang disebut sebagai percobaan
pemulihan H Fraenkel-Conrat dan B. Singer, yang diterbitkan pada tahun 1957 Fraenkel-
Conrat dan Singer sederhana, tetapi definitif, Percobaan dilakukan dengan tembakau mosaik
viruS DNA (TMV), virus kecil yang terdiri dari satu molekul RNA yang dienkapsulasi dalam
lapisan protein. Strain TMV yang berbeda dapat diidentifikasi berdasarkan perbedaan
komposisi kimia dari mantel protein mereka. Dengan menggunakan perawatan kimia yang
tepat, satu stru dapat memisahkan mantel protein TMV dari RNA. infor Selain itu, proses ini
dapat dibalik; dengan mencampurkan protein DNA dan RNA dalam kondisi yang sesuai, dari
"rekonstitusi" akan terjadi, menghasilkan partikel TMV infektif yang lengkap. Fraenkel-
Conrat dan Singer mengambil dua jenis TMV yang berbeda, memisahkan RNA dari yang
merupakan mantel protein, dan menyusun kembali virus "campuran" dengan memanggil
pencampuran protein dari satu galur dengan RNA dari galur kedua (1), dan sebaliknya Ketika
tipuan campuran ini digunakan untuk menginfeksi daun tembakau, virus pou progeni yang
dihasilkan selalu ditemukan secara fenotip-2-secara identik dan secara genotip identik dengan
strain induk tempat RNA diperoleh (Gbr. 5.4) Dengan demikian, informasi genetik TMV
disimpan dalam RNA, DN bukan dalam protein.
Gambar 5.4 Bukti bahwa materi genetik virus mosaik tembakau (TMV) adalah RNA, bukan
protein. Molekul RNA dan mantel protein dari dua strain yang berbeda (A dan B) dari TMV
dipisahkan secara biokimia. RNA dari strain A kemudian dicampur dengan mantel protein
dari strain B dalam kondisi di mana partikel virus infektif yang lengkap dilarutkan. Ketika
virus yang dilarutkan digosokkan ke daun tembakau hidup, virus keturunan secara fenotip dan
genotip identik dengan strain A dari mana RNA diperoleh dan tidak seperti strain B dari mana
protein diperoleh. Ketika virus yang dilarutkan mengandung RNA tipe B dan protein tipe A,
keturunannya adalah tipe B (Setelah H. Fraenkel-Conrat dan B. Singer, Biochim. Biopbys
Acta 24: 540, 1957.) hal 97
STRUKTUR DNA
Informasi genetik semua organisme hidup, kecuali virus RNA, disimpan dalam DNA. Jadi,
apa itu, satu struktur DNA, dan dalam bentuk apa RNA genetik. informasi yang disimpan?
Apa ciri-ciri struktur DNA yang memungkinkan transmisi ion genetik, dari generasi ke
generasi?
Pengambilan nfec diisolasi dari inti sel oleh F. Miescher pada tahun 1869 dari makromolekul
yang terdiri dari subunit berulang yang disebut nukleotida.

Setiap nukleotida terdiri dari (1) gugus fosfat, (2) gula lima karbon (atau pentosa), dan (3)
senyawa nitrogen yang mengandung nitrogen siklik yang disebut basa (Gambar 5.5).
Dalam DNA, gula adalah 2-deoksiribosa (asam deoksiribonukleat); di RNA, gula adalah
ribosa (asam ribonukleat). Ada empat basa berbeda yang biasa ditemukan dalam DNA:
adenin, guanin, timin, dan sitosin. RNA biasanya tersusun atas adenin, guanin, sitosin dan
satu basa yang berbeda,yaitu urasil sebagai pengganti timin. Adenin dan guanin merupakan
basa ganda yang disebut purin. sitosin, timin, dan urasil adalah basa cincin tunggal yang
disebut pirimidin (Gbr. 5.5). Baik DNA dan RNA, mengandung empat sub unit nukleotida,
dua nukleotida purin, dan dua nukleotida pirimidin (Gbr. 5.6). RNA biasanya sebagai polimer
beruntai tunggal yang tersusun dari nukleotida. Namun, DNA memiliki satu tingkat tambahan
yang sangat penting dan biasanya beruntai ganda.

Gambar 5.5 Rumus struktural untuk konstituen asam nukleat. Ketika pentosa hadir dalam
nukleosida, nukleotida, atau asam nukleat, kelima karbon diberi nomor masing-masing 1 ', 2',
3 ', 4', dan 5 ', untuk membedakan mereka dari karbon pangkalan. (hal 98)
Gambar 5.6 Empat deoksiribonukleotida DNA yang umum. RNA mengandung
ribonukleotida yang serupa, yang mengandung pirimidin urasil dan sitosin dan purin adenin
dan guanin. (hal 99)
Gambar 5.8 Salah satu foto difraksi sinar-X dari DNA yang mengarah pada model heliks
ganda struktur DNA. Seorang ahli kristalografi sinar-X dapat mengenali pola crossshaped
pusat sebagai indikasi dari struktur heliks. Pola gelap yang berat (atas dan bawah)
menunjukkan bahwa basis disusun tegak lurus dengan sumbu molekul dengan periodisitas 3,4
Å. (Courtesy M. H. F. Wilkins, Departemen Biofisika, King's College, London) hal 101
Gambar 5.9 Diagram (kiri) dan model pengisian-ruang (kanan) dari model heliks ganda
Watson-Crick dari struktur DNA. A, T, G, dan C masing-masing mewakili adenin, timin,
guanin, dan sitosin. S dan P mewakili gula (2-deoksiribosa) dan gugus fosfat. (Model
pengisian ruang didasarkan pada diagram oleh M. Feughelman et al, Nature 175: 834 1955.
Dicetak ulang dengan izin dari Nature, Vol. 175, hal. 834; x Hak cipta 1955 oleh Macmillan
Magazines Ltd.) hal 102
Gambar 5.10 Struktur molekul DNA yang menunjukkan tulang punggung gula-fosfat dari
chaim polinukleotida dan sifat antiparalelnya (berlawanan dengan polaritas kimia) (a) A
dinukleotida deoksimidilat-deoksiadenilat, menunjukkan sistem penomoran yang digunakan
untuk nukleotida dan hubungan fosfodiester antara 3 'dan 5 'karbon nukleotida yang
berdekatan. Perhatikan polaritas kimia 5' sampai 3 'yang bergerak dari kiri ke kanan. (b)
Struktur molekul dan (c) representasi skematik dari segmen pendek molekul DNA, yang
menekankan polaritas berlawanan dari untaian komplementer.
Gambar 5.11 Pasangan basa dalam DNA, adenin dengan timin dan guanin dengan sitosin,
berdasarkan ikatan hidrogen antara kelompok O = N dan N = spasi tepat dan bermuatan
negatif dan Hs bermuatan positif. Perhatikan bahwa aposisi biol yang sama dari adenin dan
sitosin atau guanin dan timin menghasilkan penjajaran dari muatan yang identik (+ atau
kelompok di dua dari tiga lokasi ikatan hidrogen potensial. Dengan demikian, adenin biasanya
tidak ditemukan berpasangan dengan sitosin (atau guanin dengan timin) dalam DNA.

HAL. 99-101
…………tetapi memiliki basa yang berbeda, urasil, sebagai ganti timin. Adenin dan guanin
adalah basa cincin ganda yang disebut purin, sitosin, timin, dan urasil adalah basa cincin
tunggal yang disebut pirimidin (Gbr. 5.5). Baik DNA dan RNA, oleh karena itu, mengandung
empat subunit atau nukleotida yang berbeda, dua nukleotida purin, dan dua nukleotida
pirimidin (Gbr. 5.6). RNA biasanya ada sebagai satu untai polimer yang tersusun dari sekuens
nukleotida yang panjang. Namun, DNA memiliki satu tingkat tambahan organisasi yang
sangat penting; biasanya molekul beruntai ganda.
The Watson dan Crick DNA Double Helix. Struktur DNA yang benar pertama kali
disimpulkan oleh J. Watson (Gambar 5.7) dan F. H. C. Crick pada tahun 1953. Model double-
helix struktur DNA mereka didasarkan pada dua jenis bukti utama.
1. Ketika komposisi DNA dari banyak organisme yang berbeda dianalisis oleh E.
Chargaff dan rekannya, diamati bahwa konsentrasi timin selalu sama dengan
konsentrasi adenin dan konsentrasi sitosin selalu sama dengan konsentrasi guanin. Ini
sangat menyarankan bahwa timin dan adehin serta sitosin dan guanin hadir dalam
DNA dengan beberapa keterkaitan yang tetap. Tentu saja, juga mengharuskan bahwa
konsentrasi total pirimidin (timin plus sitosin) selalu sama dengan total purin
konsentrasi (adenin ditambah guanin; lihat Tabel 5.2). Namun, rasio (thymine +
adenine) (cytosine + guanine) ditemukan sangat bervariasi dalam DNA dari spesies
yang berbeda (Tabel 5.2).
2. Ketika sinar X difokuskan melalui makromolekul terisolasi atau kristal molekul yang
dimurnikan, sinar X dibelokkan oleh atom-atom molekul dalam pola tertentu, yang
disebut pola difraksi, yang memberikan informasi tentang pengorganisasian
komponen-komponen molekul. Pola difraksi sinar-X ini bisa……………

………… Figure 5.8 Salah satu foto difraksi sinar-X DNA yang mengarah pada model heliks
ganda struktur DNA. Seorang ahli kristalografi sinar-X dapat mengenali pola berbentuk silang
pusat sebagai indikasi struktur heliks. Pola gelap yang berat (atas dan bawah) menunjukkan
bahwa basis disusun tegak lurus dengan sumbu molekul dengan periodisitas 3,4 Å.
direkam pada film sensitif sinar-X seperti halnya memotret pola cahaya dengan kamera dan
film sensitif cahaya. Watson dan Crick memiliki data kristalografi sinar-X yang tersedia pada
struktur DNA dari studi M. H. F. Wilkins, R. Franklin, dan rekan kerja mereka (gambar 5.8).
Data ini menunjukkan bahwa DNA adalah struktur beruntai banyak atau sangat tinggi dengan
10-8
sub-struktur berulang yang berjarak setiap 3,4 angstrom [1 angstrom (Å) = cm] di
sepanjang sumbu molekul.
Atas dasar data kimia Chargaff, data difraksi sinar-X Wilkins dan Franklin, dan kesimpulan
yang diambil dari pembangunan model, Watson dan Crick mengusulkan bahwa DNA ada
sebagai heliks ganda di mana dua rantai polinukleotid saling melingkar satu sama lain dalam
suatu spiral (Gbr. 5.9). Setiap rantai polinukleotida terdiri dari urutan nukleotida yang
dihubungkan bersama oleh ikatan fosfodiester, bergabung dengan gugus deoksiribosa yang
berdekatan (Tabel 5.3 ang Gambar 5.10). Dua untaian polinukleotida disatukan dalam
konfigurasi heliksnya dengan ikatan hidrogen (Tabel 5.3) antara basa dalam untaian yang
berlawanan, pasangan-pasangan basa yang dihasilkan ditumpuk di antara dua rantai yang
tegak lurus dengan sumbu molekul seperti langkah-langkah tangga spiral ( Gambar 5.9).
Pasangan dasar adalah spesifik.
1. Obligasi kovalen
Ikatan kimia yang kuat terbentuk dengan berbagi elektron antar atom.
(). Dalam basis dan gula
(). Tautan fosfodiester
2. Ikatan hidrogen
Ikatan yang lemah antara atom elektronegatif dan atom hidrogen (elektropositif) yang secara
kovalen terkait dengan atom elektronegatif kedua.
3. "ikatan" hidrofobik
  Asosiasi kelompok nonpolar satu sama lain ketika hadir dalam larutan air karena
ketidaklarutannya dalam air.
Molekul air sangat polar (SIMBOL E AKU GAK NEMU REK).
Copmpound yang serupa polar sangat larut dalam air ("hidrofilik").
Senyawa-senyawa yang non-polar (tanpa gugus yang diisi) sangat tidak larut dalam air
("hidrofobik").
Pasangan basa bertumpuk menyediakan inti hidrofobik.

HAL. 102-104
Setelah urutan basa dalam satu untai DNA heliks ganda diketahui, urutan basa pada untai
lainnya juga dikenal karena pasangan basa spesifik. Dua helai heliks ganda DNA dengan
demikian dikatakan saling melengkapi (tidak identik), sifat ini, saling melengkapi dari dua
helai, yang membuat DNA secara unik cocok untuk menyimpan dan mengirimkan informasi
genetik (lihat bagian berikut tentang replikasi dari DNA).

Pasangan basa dalam DNA ditumpuk 3,4 Å terpisah dengan 10 pasangan basa per putaran
(360 °) dari heliks ganda (Gbr. 5.9). Tulang punggung sugarphosphate dari dua untai
komplementer bersifat antiparalel, yaitu, mereka memiliki polaritas kimia yang berlawanan
(Gbr, 5.10). Ketika seseorang bergerak tanpa arah di sepanjang heliks ganda DNA, ikatan
fosfodiester dalam satu untai berubah dari karbon 3 'satu nukleotida ke karbon 5' dari nukleus
otide yang berdekatan, sedangkan yang dalam untai komplementer bergerak dari karbon 5’
menjadi 3’ karbon. Polaritas berlawanan dari untaian komplementer ini sangat penting dalam
mempertimbangkan mekanisme replikasi DNA.

Derajat stabilitas tinggi dari heliks ganda DNA sebagian disebabkan oleh banyaknya ikatan
hidrogen antara pasangan basa (meskipun setiap ikatan hidrogen dengan sendirinya cukup
lemah, jauh lebih lemah dari ikatan kovalen) dan sebagian dari ikatan hidrofobik (atau "gaya
susun") antara pasangan-dasar yang ditumpuk (Tabel 5.3 dan Gambar 5.9). Sisi planar dari
pasangan basa relatif nonpolar dan karenanya cenderung tidak larut dalam air ("hidrofobik").
Inti hidrofobik dari pasangan basa yang ditumpuk ini memberikan stabilitas yang cukup besar
bagi molekul DNA yang ada dalam protoplasma air sel hidup.
Fleksibilitas Konformasional Molekul DNA
Sebagian besar molekul DNA hadir dalam protoplasma berair sel hidup yang hampir pasti ada
dalam bentuk heliks ganda Watson-Crick yang baru saja dijelaskan (Gbr. 5.9). Ini adalah
bentuk B dari DNA. Bentuk-B adalah konformasi yang diambil DNA dalam kondisi fisiologis
(dalam larutan encer yang mengandung garam konsentrasi rendah). Namun, DNA bukanlah
molekul statis dan invarian. Sebaliknya, molekul DNA menunjukkan sejumlah besar
fleksibilitas konformasi. Struktur molekul DNA berubah sebagai fungsi lingkungan mereka.
Konformasi yang tepat dari molekul DNA tertentu atau segmen dari molekul DNA akan
tergantung pada sifat molekul yang berinteraksi dengannya. pada kenyataannya, DNA B-
bentuk intraseluler tampaknya memiliki rata-rata 10,4 pasangan nukleotida per giliran,
daripada tepat 10 seperti yang ditunjukkan pada Gambar 5.9. Dalam konsentrasi garam yang
tinggi atau dalam keadaan dehidrasi, DNA ada dalam bentuk-A, yang memiliki 11 pasang
nukleotida per putaran. Sangat tidak mungkin molekul DNA pernah ada dalam bentuk-A in
vivo. Struktur ini menarik, karena itu adalah konformasi heterodupleks DNA-RNA (heliks
ganda yang mengandung basis untai DNA yang dipasangkan dengan untai RNA
komplementer) atau dupleks RNA-RNA in vivo.

Baru-baru ini, sekuens DNA tertentu telah terbukti ada dalam bentuk heliks ganda tangan kiri
yang unik yang disebut Z-DNA (Z untuk jalur zig-zag dari tulang punggung gula-fosfat
struktur). Heliks dari DNA bentuk A dan B terluka dengan cara yang benar. Selain itu,
segmen spesifik molekul DNA dapat mengalami pergeseran konformasi dari bentuk-B ke
bentuk-Z dan sebaliknya. Faktanya, protein pengatur tertentu hanya dapat berikatan dengan
Zform (atau bentuk-B) dari sekuens DNA dan menyebabkannya bergeser ke bentuk-B (atau
bentuk-Z) (lihat Bab 15, hal. 432-434). Bagaimanapun, kita harus ingat bahwa struktur DNA
tidak invarian dan bahwa variasi struktural dalam molekul DNA dapat memainkan peran
biologis yang penting.