Sebagian besar bayi dengan malformasi anorektal memiliki satu atau lebih kelainan
yang mempengaruhi sistem organ yang lain antara lain:
1) Fistula Tracheo-esophageal Trakeoesofageal fistula (TEF) merupakan kelainan
esofagus yang bersifat kongenital ditandai dengan fistula antara trakea dan
esofagus yang merupakan koneksi abnormal yang dapat disertai putusnya antara
distal dan proksimal esofagus.
2) Atresia duodenal Kondisi dimana duodenum tidak berkembang baik
3) Undescended testis Undesensus testis (undescended testis atau UDT), sering
disebut juga kriptorkidismus, adalah kondisi tidak adanya testis di dalam salah
satu atau kedua skrotum.
4) Hypospadia Kondisi ketika uretra tidak berada pada posisi yang seharusnya.
5) Down syndrome.
6) Refluks Vesicoureteral Aliran balik urine dari kandung kemih menuju ginjal.
Normalnya, urine mengalir dari ginjal menuju uretra untuk ditampung dalam
kandung kemih.
7) VACTERL (Vertebra, Anal, Cardiac, Tracheal, Esophageal, Renal, Limb)