TUGAS MIKROBIOLOGI ANALISIS

NAMA : RANI SEFTIANA

STAMBUK : G 701 18 154
KELAS :B

JURUSAN FARMASI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS TADULAKO
PALU
2020
Metode PCR mencakup serangkaian prosedur molekuler termasuk
1) persiapan sampel,
2) amplifikasi asam nukleat dengan uji PCR tertentu,
3) visualisasi hasil, dan
4) interpretasi data.
Amplifikasi PCR adalah teknik enzimatik in vitro untuk dengan cepat
meningkatkan jumlah segmen asam nukleat spesifik yang ada dalam sampel kecil
atau kompleks ke tingkat yang cukup tinggi untuk memungkinkan pendeteksiannya
dengan metode optik, fisik, dan lainnya. PCR telah digunakan secara rutin dalam
mikrobiologi klinis dan makanan selama bertahun-tahun. Untuk tinjauan rinci
metode PCR, silakan lihat (Sambrook dan Russell 2001 McPherson dan Moller
2006).
Saat mempertimbangkan metode PCR tertentu untuk validasi, penting untuk secara
jelas menentukan tujuan penggunaan metode, cara analisis data dan matriks
lingkungan atau matriks yang diminati. Keputusan untuk memilih metode analisis
berbasis PCR untuk validasi juga harus mempertimbangkan kriteria yang ditentukan
dalam Bagian 2.2 dari laporan utama. Kriteria yang mungkin sangat penting dalam
memutuskan antara PCR atau metode berbasis budaya untuk tujuan yang
dimaksudkan adalah akurasi, ketepatan, dan biaya relatif serta tingkat pelatihan yang
diperlukan untuk setiap pendekatan. Secara umum, justifikasi untuk metode PCR ini
membutuhkan instrumentasi, dengan keuntungan yang diharapkan dalam
sensitivitas, spesifisitas, kecepatan, dan hasil; atau dengan tidak tersedianya metode
kultur yang sebanding untuk mikroorganisme target yang diinginkan. Pertimbangan
lain mungkin adalah tujuan mendeteksi organisme yang dapat hidup. Metode PCR
umumnya tidak akan dapat membuat perbedaan ini meskipun modifikasi yang lebih
baru telah menjanjikan dalam hal ini, misalnya, reverse transkripsi PCR untuk
mendeteksi molekul RNA kurir labil atau zat antara pemrosesan RNA ribosom dan
pretreatment sampel dengan pewarna interkalasi (seperti propidium monoazide)
yang mungkin hanya menembus membran seluler organisme nonviable (Nocker et
al . 2007).
Pengembangan metode PCR biasanya dimulai dengan desain primer uji PCR dan,
dalam kasus PCR waktu nyata, probe. Primer adalah untaian asam nukleat yang
berfungsi sebagai titik awal replikasi DNA. Pengujian PCR biasanya memerlukan
dua primer untuk menargetkan wilayah genom tertentu. Primer PCR adalah
oligonukleotida pendek yang disintesis secara kimiawi, dengan panjang sekitar 20
basa. Mereka dirancang untuk berhibridisasi dengan target DNA, yang kemudian
disalin oleh DNA polimerase. Probe adalah jenis oligonukleotida lain yang
digunakan dalam banyak aplikasi PCR waktu nyata kuantitatif . Probe biasanya
dirancang untuk anil dalam wilayah genom yang diperkuat oleh satu set primer PCR
tertentu, yang dapat digunakan untuk meningkatkan spesifisitas uji PCR, Probe
biasanya mengandung molekul fluorofor dan quencher. Molekul pemadam
memadamkan fluoresensi yang dipancarkan oleh fluorofor selama eksitasi saat
berada dalam jarak dekat. Tren fluoresensi yang dapat diprediksi ini kemudian dapat
digunakan untuk memperkirakan konsentrasi molekul DNA target setelah setiap
langkah amplifikasi.
Analisis Data
Untuk sebagian besar aplikasi PCR kuantitatif waktu nyata , pengukuran ambang
siklus (CT) digunakan untuk memperkirakan konsentrasi target DNA dalam sampel
lingkungan tertentu. Karena PCR kuantitatif real-time didasarkan pada premis
teoritis bahwa terdapat hubungan log-linier antara jumlah awal target DNA dalam
reaksi dan nilai CT yang diperoleh, nilai CT kemudian dapat digunakan untuk
memperkirakan konsentrasi awal. target DNA dari sampel yang tidak diketahui. Dua
strategi umum sering digunakan untuk membuat perkiraan ini, termasuk pendekatan
relatif dan absolut (ABI: Essentials of Real Time PCR. Applied Biosystems 2006).
Pendekatan kuantifikasi relatif mengukur perubahan konsentrasi DNA target relatif
terhadap sampel referensi lain. Sebaliknya, pendekatan kuantifikasi absolut dicapai
dengan menggunakan kurva standar, yang dibangun dengan memperkuat jumlah
DNA target yang diketahui dalam rangkaian reaksi paralel (ABI: Panduan Memulai
Kuantitas Absolut Menggunakan Kurva Standar . Biosystems Terapan 2006).
Pendekatan yang dipilih harus dijelaskan dengan jelas dan harus mengatasi
ketidakpastian yang terkait dengan metode PCR tertentu secara memadai.