BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

A. Bakteri

Bakteri berkembang biak dengan membelah diri, dan karena begitu kecil maka hanya
dapat dilihat menggunakan mikroskop. Bakteri mempunyai beberapa organel yang dapat
melaksanakan beberapa fungsi hidup (Waluyo, 2004).Spesies bakteri dapat dibedakan
berdasarkan morfologi (bentuk), komposisi kimia (umumnya dideteksi dengan reaksi biokimia),
kebutuhan nutrisi, aktivitas biokimia, dan sumber energi (sinar matahari atau bahan kimia)
(Pratiwi, 2008).
Dinding sel bakteri yang kaku dapat mempertahankan bentuknya dan melindungi sel dari
perubahan tekanan osmotik antara sel dengan lingkungannya. Dinding sel Gram-positif memiliki
lapisan peptidoglikan yang tebal dan membran sel, sementara dinding sel Gram-negatif memiliki
tiga lapisan: membran dalam, membran luar, dan lapisan peptidoglikan yang lebih tipis.Bakteri
merupakan organisme prokariot, yaitu memiliki kromosom tunggal dan tidak memiliki nukleus.
Untuk mengemas kromosom di dalam sel, DNA menggulung (coil dan supercoil); suatu proses
yang diperantarai oleh sistem enzim DNA girase. Ribosom bakteri berbeda dengan ribosom
eukariot, menjadikannya target untuk terapi antibakteri. Bakteri juga mengandung DNA
tambahan dalam bentuk plasmid (Gillespie, 2008).

1. Ukuran Bakteri

Ukuran tubuh bakteri sangat kecil, umumnya bentuk tubuh bakteri dapat dilihat
menggunakan mikroskop dengan perbesaran 1000 kali atau lebih. Satuan ukuran tubuh bakteri
umumnya mikrometer atau mikron. Lebar tubuhnya antara 1-2 mikron sedangkan panjangnya
antara 2-5 mikron. Bakteri yang berumur 2-6 jam umumnya lebih besar dari bakteri yang
4
berumur lebih dari 24 jam (Waluyo, 2004).

2. Bentuk Bakteri 3
 Menurut Gillespie (2008) bakteri diklasifikasikan berdasarkan bentuknya: kokus
berbentuk sferis, basilus berbentuk panjang dan tipis, dengan kokobasilus diantara bentuk
keduanya; dan ada juga basilus berbentuk melengkung dan spiral dengan panjang lengkungan
yang berbeda. Sedangkan menurut Pratiwi (2008) bentuk-bentuk bakteri, yaitu bulat (tunggal:
coccus, jamak: cocci), batang atau silinder (tunggal: bacillus, jamak: bacilli), dan spiral yaitu
berbentuk batang melengkung atau melingkar-lingkar.
Bentuk cocci umumnya bulat atau oval. Bila cocci membelah diri, sel-sel dapat tetap
melekat satu sama lain. Cocci yang tetap berpasangan setelah membelah disebut diplococci.
Cocci yang membelah namun tetap melekat membentuk struktur menyerupai rantai disebut
streptococci. Cocci yang membelah dalam dua bidang dan tetap melekat membentuk kelompok 4
coccus disebut tetrad. Cocci yang membelah dalam tiga bidang dan tetap melekat membentuk
kubus dengan 8 coccus disebut sarcina, sedangkan cocci yang membelah pada banyak bidang
dan membentuk kumpulan yang menyerupai buah anggur disebut staphylococci (Gillesie, 2008).
Bacilli membelah hanya melalui sumbu pendeknya.Sebagian besar bacilli tampak sebagai
batang tunggal.Diplobacilli muncul dari pasangan bacilli setelah pembelahan dan streptobacilli
muncul dalam bentuk rantai.Beberapa bacilli tampak menyerupai cocci, dan disebut
coccobacilli(Pratiwi, 2008).
Bentuk spiral bakteri memiliki satu atau lebih lekukan dan tidak dalam bentuk lurus.
Bakteri berbentuk spiral ini dibedakan menjadi beberapa jenis. Bakteri yang berbentuk batang
melengkung menyerupai koma disebut vibrio. Bakteri yang berpilin kaku disebut spirilla,
sedangkan bakteri yang berpilin fleksibel disebut spirochaeta (Pratiwi, 2008).
5
3. Kelompok bakteri yang penting secara medis

Kokus Gram positif dibagi menjadi dua kelompok utama: stafilokokus (katalase positif),
contoh patogen utamanya yaitu Staphylococcus aureus dan streptokokus (katalase negatif),
contoh patogen utamanya yaitu Streptococcus pyrogenes, yang merupakan agen penyebab nyeri
tenggorokan dan demam neonates dan pneumoni. Kokus Gram negatif meliputi Neisseria
meningitides yang patogenik, merupakan penyebab penting meningitis dan
septikemia.Kokobasilus Gram negatif meliputi patogen saluran nafas Haemophilus dan
Bordetella, agen zoonotik seperti Brucella dan Pasteurella (Gillespie, 2008).
 Basilus Gram positif di bagi menjadi basilus yang membentuk spora dan basilus yang
tidak membentuk spora. Kelompok yang membentuk spora dibagi menjadi organisme aerob
(bacillus) dan organisme anaerob (Clostridium). Patogennya meliputi Bacillus anthracis yang
menyebabkan antraks dan klostridia yang menyebabkan gas gangrene, tetanus, kolitis
pseudomembranosa dan botulismus. Patogen yang tidak membentuk spora meliputi Listeria dan
Corynebakteria(Gillespie, 2008).
BasilusGram negatif meliputi keluarga bakteri fakultatif Enterobacteriaceae yang
merupakan bagian dari flora normal pada manusia dan hewan dan dapat ditemukan di
lingkungan. Termasuk dalam kelompok ini yaitu Salmonella, Shigella, Escherichia, Proteus dan
Yersinia.Bakteri spiral termasuk Helicobacter, suatu patogen kecil saluran gastrointestinal yang
berkoloni di lambung menyebabkan ulkus lambung dan ulkus duodenum serta kanker lambung.
Campylobacter sp yang menyebabkan diare akut (Gillespie, 2008).

4. Nutrisi Bakteri

Nutrisi merupakan substansi yang diperlukan untuk biosintesis dan pembentukan

energi.Berdasarkan kebutuhannya, nutrisi dibedakan menjadi dua yaitu makroelemen meliputi
elemen-elemen nutrisi yang diperlukan dalam jumlah banyak (gram) dan mikroelemen meliputi
6
elemen-elemen nutrisi yang diperlukan dalam jumlah sedikit (mg hingga ppm) (Pratiwi, 2008).
Makroelemen meliputi karbon, oksigen, hidrogen, nitrogen, sulphur, fosfor, kalium,
magnesium, kalsium, besi.CHONSP diperlukan dalam jumlah besar (takaran gram) untuk
pembentukan karbohidrat, lemak, protein dan asam nukleat.P, K, Ca, dan Mg diperlukan dalam
jumlah yang lebih kecil dan berperan sebagai kation dalam sel. Mikroelemen meliputi mangan,
zinc, kobalt, molybdenum, nikel, dan tembaga. Mikroelemen kadang merupakan bagian enzim
atau kofaktor yang membantu katalisis dan membentuk protein (Pratiwi, 2008).
Berdasarkan variasi akan kebutuhan nutrisinya mikroorganisme digolongkan menjadi
mikroorganisme yang fleksibel yaitu mampu menggunakan berbagai macam karbon dan
mikroorganisme yang hanya mampu menggunakan beberapa macam sumber karbon. Kebutuhan
nutrisi bervariasi antarspesies dan dapat pula berubah dalam spesies yang sama akibat mutasi.
Organisme prototrof merupakan organisme yang menggunakan semua nutrisi yang dibutuhkan
oleh hampir semua spesies yang sama. Organisme auksotrof merupakan organisme yang tidak
dapat menyitensis nutrisi esensial yang dibutuhkan sehingga membutuhkan prekusor dari
lingkungannya (Pratiwi, 2008).

B. Penyakit Infeksi
Penyakit infeksi adalah suatu penyakit yang disebabkan karena masuknya bibit penyakit.
Salah satu penyebab penyakit infeksi yang paling utama diantaranya adalah bakteri dan jasad
hidup (organisme). Penyakit infeksi ini merupakan penyakit yang menular. Penularan penyakit
infeksi ini dapat terjadi terjadi ketika di rumah sakit. Infeksi yang didapat ketika berada di rumah
sakit disebut dengan infeksi nosokomial. Penyebab infeksi nosokomial yang utama adalah
adanya bakteri yang resisten terhadap antibiotik. Penyebaran bakteri yang resisten berasal dari
lingkungan disekitar kamar maupun didalam kamar pasien, penyediaan makanan, suplai udara
dan suplai air (Gillespie, 2008).

C. Isolasi bakteri
7
Mikroorganisme pada suatu lingkungan alami merupakan populasi campuran dari
berbagai jenis, baik mikroorganisme pada tanah, air, udara, makanan, maupun yang terdapat
pada tubuh hewan maupun tumbuhan. Pemisahan bakteri diperlukan untuk mengetahui jenis,
mempelajari kultural, morfologi, fisiologi, dan karakteristik. Teknik pemisahan tersebut disebut
isolasi yang disertai dengan pemurnian (Soeroso,1999).
Pengertian isolasi bakteri yaitusuatu proses mengambil bakteri dari medium atau dari
lingkungan asalnya lalu menumbuhkannya di medium buatan sehingga diperoleh biakan yang
murni(Singleton dan Sainsbury, 2006). Isolasi dapat dilakukan dengan metode direct
plantingyaitu dengan meletakkan sampel pada permukaan medium, dan metode dilution planting
yaitu pengambilan sampel yang disuspensikan dengan air steril. Konsentrasi pada suspensi dapat
ditambah hingga konsentrasi yang diperlukan (Carg, 2005; Barrow dan Feltham, 1993).

D. Identifikasi bakteri

Pada identifikasi bakteri uji biokimia yang biasa dilakukan yaitu pengujian katalase
(untuk mengetahui bakteri yang dapat menghasilkan enzim katalase), pengujian oksidase
fermentatif (untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam menguraikan glukosa), pengujian
oksidase (untuk mengetahui adanya enzim oksidase pada bakteri), pengujian H2S (untuk
mengetahui kemampuan bakteri untuk memproduksi H2S), pengujian hidrolisis gelatin (untuk
mengetahui kemampuan bakteri menghasilkan enzim gelatinase), pengujian indol dan ornithin
(untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam menghasilkan indol dari tryptophan), pengujian
Methyl Red (untuk mengetahui kemampuan bakteri memfermentasikan glukosa untuk
menghasilkan asam), pengujian Vogest Proskauer (untuk menentukan bakteri yang mampu
menghasilkan acetymethyl carbinol dari fermentasi glukosa) (Irianto, 2006).
Karakteristik mikroskopik bakteri terdiri dari bentuk sel, ukuran sel, dan pewarnaan.
Bentuk sel bakteri meliputi basil, kokus, dan spiral. Pengukuran bakteri secara mikroskopik
dilakukan menggunakan mikrometer. Pewarnaan yang dilakukan meliputi pewarnaan gram dan
pewarnaan endospora (Carg, 2005).
8

E. Uji Daya Hambat Bakteri

Metode yang di pakai adalah metode difusi, pada metode ini terdapat berbagai macam
teknik yaitu metode disc diffusion, E-testdan Cup-plate technique. Metode disc diffusion, Metode
ini digunakan untuk menentukan adanya aktivitas dari agen antimikroba. Metode ini dilakukan
dengan cara meletakkan kertas cakram yang berisi agen antimikroba pada media Agar yang telah
ditanami mikroorganisme kemudian diinkubasi selama 18-48 jam pada suhu 37o C. Agen
antimikroba tersebut akan berdifusi pada media Agar, kemudian zona hambatnya diukur.
Parameter untuk mengetahui zona hambat yaitu adanya area jernih yang mengindikasikan
adanya hambatan pertumbuhan mikroorganisme oleh agen antimikroba pada permukaan media
Agar (Pratiwi, 2008).
E-test, metode E-test digunakan untuk mengestimasi KHM (kadar hambat minimum),
yaitu konsentrasi minimum suatu agen antimikroba untuk dapat menghambat pertumbuhan
mikroorganisme. Ditch-plate technique, pada metode ini sampel uji berupa agen antimikroba
yang diletakkan pada parit yang dibuat dengan cara memotong media Agar dalam cawan petri
pada bagian tengah secara membujur dan mikroba uji (maksimum 6 macam) di goreskan kearah
parit yang berisi agen antimikroba (Pratiwi, 2008).
 Cup-plate technique, metode ini serupa dengan metode disc diffusion, dimana dibuat
sumur pada media Agar yeng telah ditanami dengan mikroorganisme dan pada sumur tersebut
diberi agen antimikroba yang akan di uji. Gradient-plate technique, pada metode ini konsentrasi
agen antimikroba pada media Agar secara teoritis bervariasi dari 0 hingga maksimal. Media Agar
dicairkan dan larutan uji ditambahkan. Campuran kemudian dituang dalam cawan petri dan
diletakkan dalam posisi miring. Nutrisi kedua selanjutnya dituang diatasnya. Plate diinkubasi
9
selama 24 jam untuk memungkinkan agen antimikroba berdifusi dan permukaan media
mengering. Mikroba uji (maksimum 6 macam) digoreskan pada arah mulai dari konsentrasi
tinggi ke rendah. Hasil diperhitungkan sebagai panjang total pertumbuhan mikroorganisme
maksimum yang mungkin dibandingkan dengan panjang pertumbuhan hasil goresan (Pratiwi,
2008).
Diameter zona hambat (mm) merupakan parameter yang digunakan untuk menentukan
resistensi bakteri. Menurut Pratiwi (2008), Area jernih mengindikasikan adanya hambatan
pertumbuhan mikroorganisme oleh agen antimikroba pada permukaan media Agar. Interprestasi
zona hambat Kirby-bauer terhadap pengujian antibiotik dapat dilihat pada tabel 1.

Tabel 1 Diameter zona hambat resistensi bakteri

Antibiotik Konsentrasi Resistant Intermediate Susceptible
(µg) (mm) (mm) (mm)
Oksitetrasiklin 10 ≤ 14 15-18 ≥ 19
Kloramfenikol 30 ≤ 13 14-18 ≥ 19
Gentamisin 30 ≤ 12 13-14 ≥ 15
Amoksisilin 10 ≤ 13 14-16 ≥ 17
Siprofloksasin 5 ≤ 15 16-20 ≥ 21
(Hudzicki, 2009; Barry, 1985)

F. Pewarnaan Bakteri

Sebagian besar mikroorganisme tidak berwarna, maka untuk dapat melakukan

pengamatan di bawah mikroskop cahaya diperlukan pewarnaan mikroorgansime dengan
menggunakan pewarna. Pewarnaan mikroorganisme pada dasarnya adalah prosedur mewarnai
mikroorganisme menggunakan zat warna yang dapat menonjolkan struktur tertentu dari
mikroorganisme yang ingin kita amati. Sebelum mikroorganisme dapat diwarnai,
mikroorganisme tersebut harus terlebih dahulu difiksasi agar terikat pada kaca objek. Tanpa
adanya fiksasi, maka pemberian zat warna pada mikroorganisme yang dilanjutkan dengan
10
prosedur pencucian zat warna dengan air mengalir dapat menyebabkan mikroorganisme ikut
tercuci (Brown, 2005).
Pewarna merupakan garam-garam yang tersusun atas ion positif dan ion negatif, yang
salah satunya berwarna dan disebut kromofor. Bila kromofor berada pada ion positif, disebut
sebagai pewarna basa dan bila kromofor berada pada ion negatif disebut sebagai pewarna asam.
Bakteri akan bermuatan negatif pada pH 7, sehingga pewarnaan basa akan terikat pada muatan
negatif sel bakteri. Yang termasuk pewarna basa adalah kristal ungu, metilen biru, malasit hijau
dan safranin. Pewarna asam seperti eosin dan fuchsin acid, tidak terikat sel bakteri karena
muatan keduanya saling bertolak belakang, sehingga pewarna asam ini hanya mewarnai bagian
latar belakang spesimen. Prosedur pewarnaan dimana sel bakteri yang tidak berwarna diamati
dengan latar belakang pewarna negatif disebut pewarnaan negatif. Pewarnaan negatif ini
umumnya digunakan untuk mengamati kapsul bakteri. Kapsul bakteri tidak menyerap zat warna
sehingga dalam pewarnaan negatif akan terlihat sebagai daerah jernih disekeliling sel bakteri
dengan latar belakang gelap (Gillespie, 2008).
Ada tiga prosedur pewarnaan yaitu pewarnaan sederhana, pewarnaan diferensial, dan
pewarnaan khusus. Pada pewarnaan sederhana hanya digunakan satu macam pewarna dan
bertujuan mewarnai seluruh sel mikroorganisme sehingga bentuk seluler dan struktur dasarnya
dapat terlihat. Biasanya suatu bahan kimia ditambahkan ke dalam larutan pewarna untuk
mengintensifkan warna dengan cara meningkatkan afinitas pewarna pada spesien biologi. Bahan
kimia ini disebut mordant (Pratiwi, 2008).
Pewarnaan diferensial menggunakan lebih dari satu pewarna dan memiliki reaksi yang
berbeda untuk setiap bakteri, sehingga digunakan untuk membedakan bakteri. Pewarna
diferensial yang sering digunakan adalah pewarna gram. Pewarna gram ini mampu membedakan
dua kelompok besar bakteri, yaitu Gram positif dan Gram negatif. Pada pewarnaan gram ini,
bakteri yang telah difiksasi dengan panas sehingga membentuk noda pada kaca objek diwarnai
dengan pewarna basa yaitu kristal ungu. Karena warna ungu memenuhi semua sel, maka
pewarnaan ini disebut pewarnaan primer. Selanjutnya pewarna dicuci dan pada noda spesimen
ditetesi iodine yang merupakan mordant (penajam). Setelah iodin dicuci, baik bakteri Gram
positif maupun Gram negatif tampak berwarna ungu. Selanjutnya noda spesimen dicuci dengan
 11

alkohol yang merupakan senyawa peluntur warna yang pada spesies bakteri tertentu dapat
menghilangkan warna ungu dari sel. Setelah alkohol dicuci, noda spesimen diwarnai kembali
dengan safranin yang merupakan pewarna basa berwarna merah. Bakteri yang tetap berwarna
ungu digolongkan ke dalam Gram positif, sedangkan bakteri yang berwarna merah digolongkan
ke dalam Gram negatif. Perbedaan warna antara bakteri Gram positif dan bakteri Gram negatif
disebabkan oleh adanya perbedaan struktur pada dinding selnya. Dinding bakteri Gram positif
banyak mengandung peptidoglikan, sedangkan dinding bakteri Gram negatif banyak
mengandung lipoposakarida. Kompleks kristal ungu-iodin yang masuk ke dalam sel bakteri
Gram positif tidak dapat tercuci oleh alkohol karena adanya lapisan peptidoglikan yang kokoh
pada dinding sel, sedangkan pada bakteri Gram negatif alkohol akan merusak lapisan
lipopolisakarida. Kompleks kristal ungu-iodin pada bakteri Gram negatif dapat tercuci dan
menyebabkan sel bakteri tampak transparan yang akan berwarna merah setelah diberi safranin
(Pratiwi, 2008).
Pewarnaan khusus digunakan untuk mewarnai dan mengisolasi bagian spesifik dari
mikroorganisme misalnya endospora, kapsul, dan flagella. Endospora bakteri tidak dapat
diwarnai dengan metode pewarnaan sederhana seperti pada pewarnaan gram. Hal ini disebabkan
karena endospora memiliki selubung yang kompak sehingga zat warna sulit mempenetrasikan
dinding endospora dan diperlukan pemanasan dan mordant untuk mengikat zat warna (Pratiwi,
2008).

G. Antibiotik

Antibiotik ialah zat yang dihasilkan oleh suatu mikroba yang dapat menghambat atau
membasmi mikroba lain. Banyak antibiotik dewasa ini yang dibuat secara semisintetik atau
sintetik penuh.Namun dalam praktek sehari-hari antimikroba sintetik yang tidak diturunkan dari
produk mikroba (misalnya sulfonamid dan kuinolon) juga sering digolongkan sebagai antibiotik
(Anonim, 2008). 12

1. Gentamisin
Gentamisin termasuk dalam golongan Aminoglikosida yang bekerja dengan mencegah
translasi mRNA menjadi protein. Obat ini diberikan secara parenteral dan terbatas pada cairan
ekstraseluler. Aminoglikosida diekskresikan melalui urin. Aminoglikosida dalam jumlah
mendekati kadar terapeutik bersifat toksik terhadap ginjal dan saraf cranial ke delapan, sehingga
penggunaannya memerlukan pemantauan konsentrasi serum secara teliti (Gillespie, 2008).
Aminoglikosida merupakan kelompok antibiotik yang gula aminonya tergabung dalam
ikatan glikosida. Antibiotik ini memiliki spektrum luas dan bersifat bakterisidal dengan
mekanisme penghambatan pada sintesis protein. Antibiotik ini berikatan pada subunit 30S
ribosom bakteri (beberapa terikat juga pada subunit 50S ribosom) dan menghambat translokasi
peptidil tRNA dari situs A ke situs P dan menyebabkan kesalahan pembacaan mRNA dan
mengakibatkan bakteri tidak mampu menyintesis protein vital untuk pertumbuhannya (Pratiwi,
2008).

2. Amoksisilin
Antibiotik ini adalah antibiotik yang merusak lapisan peptidoglikan yang menyusun
dinding sel bakteri Gram positif maupun Gram negatif.Penisilin memiliki struktur yang
mengandung inti berupa cincin laktam.Molekul-molekulnya dibedakan oleh rantai samping yang
melekat pada intinya. Mekanisme kerjanya adalah dengan mencegah ikatan silang peptidoglikan
pada tahap akhir sintesis dinding sel, yaitu dengan cara menghambat protein pengikat penisilin
(Pratiwi, 2008).
Amoksisilin merupakan turunan dari penisilin dan merupakan inhibitor β laktam.
Penisilin cepat disekresi oleh ginjal dan waktu paruhnya sangat singkat. Penisilin terdistribusi
dalam cairan ekstraseluler tidak melintasi sawar darah ke otak kecuali jika terjadi radang selaput
otak (Gillespie, 2008).

3. Siprofloksasin
Siprofloksasin merupakan antibiotik golongan kuinolon yang bersifat bakterisidal,
bekerja dengan cara menghambat enzim DNA girase pada replikasi DNA sehingga akan
menghambat proses replikasi DNA dan transkripsi mRNA. Antibiotik ini hanya digunakan untuk
pengobatan saluran kencing.Siprofloksasin ini berspektrum luas dan mampu13mempenetrasi
jaringan (Pratiwi, 2008).

4. Oksitetrasiklin
 Oksitetrasiklin merupakan antibiotik golongan Tetrasiklin.Tetrasiklin merupakan
antibiotik berspektrum luas yang di produksi oleh Streptomyces sp. Antibiotik ini dapat
mempenetrasi jaringan tubuh sehingga dapat melawan Rickettsia dan Chlamydia intraseluler.
Tetrasiklin berperan dalam menghambat sintesis protein bakteri dengan cara berikatan pada
bagian 16S ribosom subunit 30S sehingga mencegah aminoasil tRNA terikat pada situs A pada
ribosom. Ikatan ini secara alami bersifat reversible (Pratiwi, 2008).

5. Kloramfenikol
Kloramfenikol merupakan antibiotik dengan struktur sederhana sehingga mudah dibuat
secara sintetik dibandingkan dengan mengisolasinya dari Streptomyces. Ukurannya relatif kecil
sehingga mudah berdifusi ke dalam tubuh.Efek negatif kloramfenikol adalah dapat menekan
pembentukan sel darah merah. Antibiotik ini memberikan efek dengan carabereaksi pada subunit
50S ribosom dan menghalangi aktivitas enzim peptidil transferase. Enzim ini berfungsi untuk
membentuk ikatan peptida antara asam amino baru yang masih melekat pada tRNA dengan asam
amino terakhir yang sedang berkembang. Sebagai akibatnya, sintesis protein bakteri akan
terhenti seketika (Pratiwi, 2008).