Nama : Putri Dewangga M.

NIM : H0714114
Kelompok : 12
Co-Ass : Kent Pinaka

1. Proses isolasi DNA

DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik makhluk
hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya. DNA pada sel tanaman dibagi
menjadi dua yaitu  DNA intrakromosomal dan DNA ekstrakromosomal
(Donata, 2007). Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran
(lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari dinding sel, membrane sel dan protein,
serta pemurnian DNA. Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA, salah
satu prinsip isolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik
untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul
yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan
molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung (Muladno, 2002).
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi
ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun
isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis
atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini dikarenakan
adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat
menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah,
maka kadar air pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang
berbeda-beda pula. Semakin tinggi kadar air, maka sel yang terlarut di dalam
ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit
(Kirsman, 2010).
Bahan yang digunakan dalam isolasi DNA biasanya berupa jaringan
tumbuhan atau jaringan hewan, untuk itu langkah pertama yang harus kita
lakukan adalah memecahkan jaringan menjadi sel-sel yang mandiri. Proses
dilakukan secara mekanik atau fisik dengan menumbuk atau menggerus bahan
yang akan kita gunakan dengan mortar atau blender. Kedua adalah memecahkan
dinding sel dan membran sel lapisan pembungkus DNA. Struktur utama
pembentuk membran dan dinding sel adalah lemak, untuk itu kita gunakan
deterjen dan garam dapur. Kedua bahan ini digunakan untuk melubangi dan
 merusak sel sehingga isi inti sel (DNA) bisa keluar. Tahap selanjutnya adalah
pemisahan DNA dari bahan yang lain. Pemisahan dilakukan dengan
menggunakan ethanol/alkohol dingin berkonsentrasi 90-95%. Ethanol/Alkohol
tidak melarutkan DNA dan berat jenis alkohol yang lebih ringan dari air membuat
DNA naik dan melayang-layang di permukaan (Tohib, 2012). Tahapan
selanjutnya adalah ekstraksi DNA yaitu menggunakan EDTA yang dapat
mendenaturasi DNA yang diisolasi. DNA yang telah di ekstraksi dari dalam sel
selanjutnya dipisahkan dari kontaminan komponen penyusun sel lainnya seperti
polisakarida dan protein.
2. Fungi tiap perlakuan pada isolasi DNA
a. Pelisisan menggunakan NLS maupun melalui pemanasan. Pelisisan berfungsi
untuk menghancurkan dinding sel maupun membrane sel.
b. Ekstraksi merupakan penghancuran sel dan dapat dilakukan secara mekanik
yaitu dengan menumbuk sel tersebut. Ekstraksi juga berfungsi untuk
menghancurkan sel sehingga materi yang ada didalam sel dapat keluar.
c. Pengendapan berfungsi untuk memisahkan supernatant dengan pellet,
pengendapan dapat dilakukan menggunakan sentrifugator.
d. Pemurnian berfungsi untuk memurnikan DNA dan biasanya menggunakan
Genomic DNA Mini Kit dan juga adanya presipitasi untuk menghasilkan
supernatant dan pellet (Juwita 2012).
3. Cara mendapatkan DNA yang baik dan sesuai standar adalah dengan
menggunakan prinsip-prinsip komersial yang sama tapi reagen berbeda. Dalam
kit komersial solusi lisis umum mengandung natrium klorida, trometamin, yang
merupakan buffer untuk mempertahankan pH konstan, EDTA yang mengikat ion
logam dan natrium sulfat dodesil (SDS) adalah deterjen. Cara mendapatkannya
yaitu sampel yang sudah di lisis dicampur dengan fenol, kloroform, dan
isoamylalcohol untuk pemisahan DNA dan protein. Protein didenaturasi dengan
campuran organik. Ketika sampel disentrifugasi, DNA dipertahankan dalam air
lapisan, fenol dibagian bawah tabung dan protein didenaturasi membentuk
 antarmuka berawan. Ada juga metode dengan menggunakan garam tinggi (NaCl)
konsentrasi untuk menurunkan DNA, setelah denaturasi protein selular yang
menggunakan deterjen dan protease untuk beberapa jam atau semalam, garam
ditambahkan dan dicampur dengan solusinya. Akibatnya garam asam nukleat
terbentuk dan di hadapan alcohol dapat dipulihkan dengan sentrifugasi sehingga
didapatkan murnian DNA. Metode lainnya untuk pemurnian DNA adalah
melibatkan berbagai macam kolom, yang dikemas dengan pertukaran ion atau
resin berbasis silika atau matriks. Kolom pertukaran ion umumnya bermuatan
positif untuk mengikat DNA bermuatan negatif.
4. Isolasi DNA tanaman ini digunakan daun yang masih muda hal ini dikarenakan
dipucuk daun dapat menekan senyawa polifenol dan polisakarida sehingga dapat
memperbesar kemungkinan keberhasilan untuk melakukan isolasi DNA yang kita
inginkan. Bagian tanaman banyak  memiliki senyawa polifenol dan polisakarida
dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA, senyawa
polifenol dan polisakarida juga dapat mempengaruhi enzim-enzim seperti
polimerase, ligase, endonuklease restriksi (Zubaidah, 2004).
 DAFTAR PUSTAKA

Donata. 2007. Komunikasi pribadi: ciri-ciri DNA murni dan penyebab keberhasilan
serta kegagalan dalam PCR dan elektroforesis. Jakarta: Erlangga.
Juwita dan R.N. Sinaga. 2012. Isolasi DNA dan teknik PCR. J Bioteknologi 3(2): 35-
47.
Kirsman. 2010. Isolasi DNA buah. Yogyakarta: Kanisius.
Muladno. 2002. Seputar teknologi rekayasa genetika. Bogor: Pusataka Wirausaha
Muda.
Tohib. 2012. Macam-macam isolasi DNA. J Bioteknologi 2(2): 10-24.
Yuwono T. 2008. Biologi molekuler. Jakarta: Erlangga.
Zubaidah. 2004. Isolasi dan karakterisasi gen perbaikan DNA baru pada bakteri
radiosistem Deinococcus radiodurans. Prosiding Seminar Nasional Sains dan
Teknik Nuklir. Bandung.