Nama : Irwandi Waitina

Nim : 19101101019

Tugas Kimia Medisinal

A. Ikatan Van Der Waals

Ikatan van der waals merupakan kekuatan tarik menarik antara molekul atau atom yang tidak
bermuatan, dan letaknya berdekatan atau jaraknya + 4-6 Å. Ikatan ini terjadi karena sifat
kepolarisasian molekul atau atom. Meskipun secara individu lemah tetapi hasil penjumlahan
ikatan van der waal‟s merupakan faktor pengikat yang cukup bermakna, terutama untuk
senyawa-senyawa yan mempunyai berat molekul tinggi. Ikatan van der waal‟s terlibat pada
interaksi cincin benzen dengan daerah bidang datar reseptor dan pada interaksi rantai
hidrokarbon dengan makromolekul atau reseptor.

B. Ikatan Hidrogen
Ikatan hidrogen merupakan suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan positif
parsial dengan atom lain yang bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas
dengan oktet lengkap seperti O,N,F. Ikatan hidrogen terjadi pada senyawa yang memiliki gugus-
gugus seperti OH...O, NH...O, NH...H, OH...N, NH...F, OH...F. Ada dua ikatan hidrogen yakni
ikatan hidrogen intramolekul (terjadi dalam suatu molekul) dan ikatan hidrogen intermolekul
(terjadi antar molekul-molekul). Kekuatan ikatan intermolekul lebih lemah dibandingkan dengan
intramolekul.

C. Interaksi Ion-Dipol dan Dipol-Dipol

Adanya perbedaan keelektronegatifan atom C dengan atom yang lain, seperti O dan N, akan
membentuk distribusi elektron tidak simetris atau dipol yang mampu membentuk ikatan dengan
ion atau dipole lain, baik yang 9 mempunyai daerah kerapatan elektron tinggi maupun rendah.
1. Struktur Kimia

Struktur kimia adalah suatu pemodelan struktur senyawa kimia yang memberikan informasi
tentang bagaimana suatu atom yang berbeda membentuk suatu molekul, atau agregat atom.
Informasi ini termasuk geometri molekul, konfigurasi elektron dan, jika sesuai, struktur kristal.

Dalam bentuk molekul dikenal adanya teori ikatan valensi. Teori ini menyatakan bahwa
ikatan antar atom terjadi dengan cara saling bertindihan dari orbital-orbital atom. Elektron dalam
orbitalyang tumpang tindih harus mempunyai bilangan kuantum spin yang berlawanan.

Pertindihan antara dua sub kulit s tidak kuat, oleh karena distribusi muatan yang berbentuk
bola, oleh sebab itu pada umumnya ikatan s – s relatif lemah. Sub kulit “p” dapat bertindih
dengan sub kulit “s” atau sub kulit “p” lainnya, ikatannya relatif lebih kuat, hal ini dikarenakan
sub kulit “p” terkonsentrasi pada arah tertentu.

Contoh:

a. Molekul HF: - konfigurasi atom H : 1s1

- konfigurasi atom F: 1s2 2s2 2Px2 2py2 2pz1

Tumpang tindih terjadi antara sub kulit 1s dari atom H dengan orbital 2pz dari aton, F.
Pertindihan demikian disebut pertindihan sp.
b. Molekul H2O: - konfigurasi atom H : 1s1

- konfigurasi atom O: 1s2 2s2 2Px2 2py1 2pz1

Dalam atom O terdapat 2 elektron dalam keadaan yang tidak berpasangan (orbital 2py
dan 2pz), masing-masing orbital ini akan bertindihan dengan orbital 1s dari 2 atom H.
Kedudukan orbital- orbital p saling tegak lurus, diharapkan sudut ikatannya sebesar 90o,
tetapi karena adanya pengaruh pasangan elektron 2px, maka kedua ikatan tersebut akan
tertolak dan membentuk sebesar 104.5o.

c. Molekul CH4 - konfigurasi atom H: 1s1

- konfigurasi atom C: 1s2 2s2 2Px1 2py1 2pz0
Untuk mengikat 4 atom H menjadi CH4, maka 1 elektron dari orbital 2s akan
dipromosikan ke orbital 2pz, sehingga konfigurasi elektron atom C menjadi: 1s1 2s1
2px1 2py1 2pz1 . Orbital 2s mempunyai bentuk yang berbeda dengan ketiga orbital 2p,
akan tetapi ternyata kedudukan keempat ikatan C-H dalam CH4 adalah sama. Hal ini
terjadi karena pada saat orbital 2s, 2px, 2py dan 2pz menerima 4 elektron dari 4 atom H,
keempat orbital ini berubah bentuknya sedemikian sehingga mempunyai kedudukan yang
sama. Peristiwa ini disebut “hibridisasi”. Karena perubahan yang terjadi adalah 1 orbital
2s dan 3 orbital 2p, maka disebut hibridisasi sp3. Bentuk molekul dari ikatan hibrida sp3
adalah tetrahedron.
BEBERAPA BENTUK GEOMETRI IKATAN, ANTARA LAIN :
Jenis ikatan Jumlah ikatan maksimum Bentuk geometrik

sp 2 Linier

sp2 3 Segitiga datar

sp3 4 Tetrahedron

dsp3 5 Trigonal bipiramid

sp2d ; dsp2 4 Segiempat datar

d2sp3 ; sp3d2 6 Oktahedron

1. Teori Domain Elektron

● Bentuk molekul tergantung pada susunan ruang pasangan elektron
ikatan (PEI dan pasangan elektron bebas (PEB) atom pusat dalam
molekul. Dapat dijelaskan dengan teori tolakan pasangan elektron kulit
valensi atau teori VSEPR (ValenceShell Electron Pair Repultion)
● Molekul kovalen terdapat pasangan-pasangan elektron baik PEI
maupun PEB. Karena pasangan-pasangan elektron mempunyai muatan
sejenis, maka tolak- menolak antarpasangan elektron. Tolakan (PEB –
PEB) > tolakan (PEB – PEI) >tolakan (PEI – PEI)
● Adanya gaya tolak-menolak menyebabkan atom-atom yang berikatan
membentuk struktur ruang yang tertentu dari suatu molekul dengan
demikian bentuk molekul dipengaruhi oleh banyaknya PEI maupun PEB
yang dimiliki padaatom pusat.
● Bentuk molekul ditentukan oleh pasangan elektron
ikatannyaContoh molekul CH4 memiliki 4 PEI

2. Merumuskan Tipe Molekul

1) Atom pusat dilambangkan dengan A
2) Domain elektron ikatan dilambangkan dengan X
3) Domain elektron bebas dinyatakan
dengan E

Tabel tipe molekul

Jumlah Jumlah Pasangan Rumus Bentuk Molekul Contoh
Pasangan Elektron Bebas (E) (AXnEm)
Elektron Ikatan
(X)

2 0 AX2 Linear CO2

3 0 AX3 Trigonal planar BCl3

2 1 AX2E Bengkok SO2

4 0 AX4 Tetrahedron CH4

3 1 AX3E Piramida trigonal NH3

2 2 AX2E2 Planar bentuk V H2 O

5 0 AX5 Bipiramida trigonal PCl5

4 1 AX4E Bipiramida trigonal SF4

3 2 AX3E2 Planar bentuk T IF3

2 3 AX2E3 Linear XeF2

6 0 AX6 Oktahedron SF6

5 1 AX5E Piramida sisiempat IF5

4 2 AX4E2 Sisiempat datar XeF4

Dengan menggunakan teori VSEPR maka kita dapat meramalkan bentuk geometri
suatu molekul. Dalam artikel ini maka akan di contohkan menentukan bentuk
geometri molekul XeF2, XeF4, dan XeF6. Diantara molekul-molekul tersebut ada
yang memiliki pasangan elektron bebas dan ada yang tidak, jadi molekul-molekul
tersebut adalah contoh yang bagusuntuk lebih memahami teori VSEPR.
Pertama kita harus mementukan struktur lewis masing-masing molekul. Xe memiliki
jumlahelektron valensi 8 sedangkan F elektron valensinya adalah 7.(lihat gambar dibawah)
Struktur Lewis XeF2 seperti gambar sebelah kiri, dua elektron Xe masing-masing
diapakai untuk berikatan secara kovalen dengan 2 atom F sehingga meninggalkan 3
pasangan elektronbebas pada atom pusat Xe. Hal yang sama terjadi pada molekul
XeF4 dimana 4 elektron Xe dipakai untuk berikatan dengan 4 elektron dari 4 atom F,
sehingga meninggalkan 2 pasanganelektron bebas pada atom pusat Xe.

Lihat gambar diatas XeF2 memiliki 2 pasangan elekktron terikat (PET) dan 3
pasangan elektron bebas (PEB) jadi total ada 5 pasangan elektron yang terdapat pada
XeF2, hal ini menandakan bahwa geometri molekul atau kerangka dasar molekul XeF2
adalah trigonal bipiramid. Karena terdapat 3 PEB maka PEB ini masing masing akan
menempati posisi ekuatorial pada kerangka trigonal bipiramid, sedangkan PET akan
menempati posisi aksial yaitu pada bagian atas dan bawah. Posisi inilah posisi yang
stabil apabila terdapat atom dengan 2 PET dan 3 PEB sehingga menghasilkan bentuk
molekul linear. Jadi bentul molekul XeF2 adalah linier.(lihat gambar dibawah).

Lihat gambar strutur lewis XeF4 memiliki 4 pasangan elekktron terikat (PET)
dan 2 pasangan elektron bebas (PEB) jadi total ada 6 pasangan elektron yang terdapat
 pada XeF4, hal ini menandakan bahwa geometri molekul atau kerangka dasar
molekul XeF4 adalah oktahedral. Karena terdapat 2 PEB maka PEB ini masing
masing akan menempati posisi aksial pada kerangka oktahedral, sedangkan PET akan
menempati posisi ekuatorial. Posisi inilah posisi yang stabil apabila terdapat atom
dengan 4 PET dan 2 PEB sehingga menghasilkan bentuk molekul yang disebut
segiempat planar. Jadi bentul molekul XeF2 adalah segiempat planar.(lihat gambar
dibawah).

2. Sifat Fisika dan Kimia

 Sifat Fisika
Sifat fisika adalah sifat yang dapat diukur tanpa mengubah komposisi kimia materi. Sifat-
sifat ini dapat digunakan untuk menggambarkan penampilan dan dimensi materi. Sifat-sifat
fisika ini juga dapat digunakan untuk mengamati dan membandingkan berbagai bentuk
materi.
Sifat fisika dapat ditemukan terutama dalam dua jenis yaitu: sifat intensif dan sifat
ekstensif. Sifat intensif adalah sifat fisika yang tidak tergantung pada jumlah zat. Sifat yang
luas tergantung pada jumlah zat. Ini berarti sifat yang luas berubah ketika jumlah substansi
berubah.
Sifat-sifat yang menyangkut penampilan substansi adalah sifat-sifat yang intensif.
Misalnya, warna adalah sifat yang intensif. Titik leleh dan titik didih suatu zat adalah nilai
yang ditetapkan (diukur sebagai nilai standar) yang hanya bergantung pada jenis zat, bukan
pada jumlah zat. Kepadatan juga merupakan sifat intensif yang tidak tergantung pada jumlah
zat karena ditentukan sebagai massa volume unit.
Sifat yang luas tergantung pada jumlah zat yang sedang dipertimbangkan. Sifat-sifat
ini berubah ketika jumlah materi berubah. Misalnya, massa adalah sifat fisika karena diukur
tanpa mengubah komposisi kimia suatu zat. Massa adalah sifat yang luas karena merupakan
ukuran jumlah zat. Demikian juga, volume, panjang atau dimensi lain yang diubah ketika
jumlah materi diubah dianggap sebagai sifat yang luas.
 Sifat Fisika Yang Terlihat :
Sifat ini dapat diamati dari:
1. Wujud zat : padat, cair, dan gas
2. Kekerasan zat : keras atau lunak
3. Warna zat : hitam, putih, merah, kuning, dan berbagai warna lainnya
4. Bau zat : harum, anyir, busuk, dan sebagainya
5. Bentuk : bulat, bundar, persegi, segitiga, empat persegi panjang, balok, kubus,
dan sebagainya.
6. Tetapan fisika : massa jenis, titik lebur, titik uap, titik beku, titik didih, indeks
bias, dan sebagainya.
 Sifat Perubahan Fisika :
Sifat ini dapat dilakukan dengan cara;
1. Melarutkan zat : mudah larut di air atau tidak
2. Mengalirkan arus listrik : dapat mengalirkan arus listrik atau tidak
3. Mengalirkan panas : dapat mengalirkan panas atau tidak
4. Menguapkan : mudah menguap atau tidak
5. Mendekatkan ke magnet: dapat ditarik magnet atau tidak
6. dan berbagai kegiatan fisika lainnya.
 Sifat Kimia
Sifat kimia adalah sifat yang dapat diukur dengan mengubah komposisi kimia suatu zat.
Komposisi kimia suatu zat adalah seperti identitas substansi itu; jika komposisi kimia
berubah, substansi menjadi zat yang berbeda. Sifat kimia mengukur perubahan kimia yang
dapat dialami suatu zat ketika ia mengalami reaksi kimia. Oleh karena itu, struktur sampel
harus diubah agar sifat-sifat kimia menjadi nyata.
Sifat kimiawi materi dapat ditentukan dengan mengamati reaksi zat-zat terhadap asam,
basa, air atau bahan kimia lainnya. Sebagai contoh, jika suatu zat tertentu dapat bereaksi
dengan zat pengoksidasi atau zat pereduksi, maka keadaan oksidasi unsur-unsur dalam zat itu
berubah. Oleh karena itu, keadaan oksidasi adalah sifat kimia. Demikian juga, ada banyak
sifat kimia lainnya seperti reaktivitas unsur, elektronegativitas, nomor koordinasi, entalpi
pembakaran, dll.
Sifat kimia suatu zat memiliki hubungan yang kuat dengan ikatan kimia yang ada dalam
zat itu. Untuk mengubah identitas suatu zat, kita harus membentuk ikatan kimia baru atau
memecah ikatan kimia yang ada. Oleh karena itu, mengamati sifat kimia akan selalu
mencakup pertukaran energi antara zat dan sekitarnya.

 Perbedaan Antara Sifat Fisika dan Kimia

1. Definisi
 Sifat Fisika: Sifat fisika adalah sifat yang dapat diukur tanpa mengubah komposisi kimia
materi.
 Sifat Kimia: Sifat kimia adalah sifat yang dapat diukur dengan mengubah komposisi
kimia suatu zat.

2. Komposisi kimia
 Sifat Fisika: Sifat fisika dapat diukur tanpa mengubah identitas suatu zat.
 Sifat Kimia: Sifat kimia diukur dengan mengubah identitas suatu zat.

3. Ikatan kimia
 Sifat Fisika: Sifat fisika tidak memiliki hubungan langsung dengan ikatan kimia suatu
zat.
 Sifat Kimia: Sifat kimia memiliki hubungan langsung dengan ikatan kimia.

4. Jumlah Zat
 Sifat Fisika: Sifat fisika mungkin atau mungkin tidak tergantung pada jumlah zat.
 Sifat Kimia: Sifat-sifat kimia tidak tergantung pada jumlah zat.
 5. Contoh
 Sifat Fisika: Contoh untuk sifat fisika meliputi massa, kepadatan, warna, volume, dll.
 Sifat Kimia: Contoh untuk sifat kimia termasuk reaktivitas bahan kimia, tingkat oksidasi,
jumlah koordinasi, dll.

3. Stereokimia

Stereokimia: studi mengenai molekul-molekul dalam ruang tiga dimensi, yakni bagaimana
atom-atom dalam sebuah molekul ditata dalam ruangan satu relatif terhadap yang lain.
Stereoisomer: senyawa berlainan yang mempunyai struktur sama, berbeda hanya dalam hal
penataan atom-atom dalam ruangan
Isomer geometrik atau isomer cis-trans : stereoisomer yang berbeda karena gugus-gugus
berada pada satu sisi atau pada sisi-sisi yang berlawanan terhadap letak ketegaran molekul

Konformasi : penataan atom atau gugus-gugus yang terikat oleh ikatan sigma dalam ruang
secara berlainan akibat rotasi atom/ gugus tersebut mengelilingi ikatan tersebut.
 Obyek apa saja yang tak dapat diimpitkan pada bayangan cerminnya dikatakan kiral,
sebaliknya obyek yang dapat diimpitkan pada bayangan cerminnya disebut akiral.
 Sebuah molekul akiraldan molekul bayangan cerminnya yang dapat diimpitkan adalah yang
sama, tetapi sebuah molekul kiral tidak dapat diimpitkan pada bayangannya cerminnya,
merupakan dua senyawa berlainan yang disebut enantiomer.
 Atom karbon kiralatau atom karbon asimetrik: atom karbon yang mengikat empat gugus
yang berlainan.

Proyeksi Fischer : rumus proyeksi untuk menunjukkan penataan ruang dari gugus-gugus
disekitar atom kiral.

Penetapan konfigurasi : sistem (R) dan (S)

(R)-1-bromo-1-kloroetana
Urutan penataan keempat gugus di sekitar suatu atom karbon kiral disebut konfigurasi mutlak
disekitar atom itu. Sepasang enantiomer mempunyai konfigurasi yang berlawanan. Sistem yang
digunakan adalah sistem (R) dan (S) atau sistem Chan-Ingold-Prelog. R= rectus = kanan, S=
sinister = kiri.
4. Hidrofilik dan Hidrofobik
Hidrofilik diambil dari dua kata yaitu hidro yang berarti air dan filik yang berarti suka. Jadi
hidrofilik adalah zat yang dapat dilarutkan dalam air.
Sedangkan hidrofobik diambil dari kata hidro (air) dan fobik (tidak suka). Zat-zat yang bersifat
hidrofobik adalah zat yang tidak dapat larut dalam air tetapi dapat larut dalam minyak.
Sifat kelarutan di sini ditinjau dari sifat kepolarannya. Dimana air adalah senyawa polar dan
minyak adalah non polar. Jadi ketika suatu zat dicampurkan dengan suatu zat lain dengan sifat
kepolaran yang sama maka zat tersebut dapat bercampur (larut). Hal ini pula yang menjelaskan
kenapa air dan minyak tidak dapat bercampur, karena meraka memiliki sifat yang berbeda (polar
& non polar).
 Koloid Hidrofilik dan Hidrofobik
Koloid memiliki dua sifat yang berlawanan, yaitu hidrofilik dan hidrofobik. Tentu saja
satu koloid tak memiliki.

sifat tersebut bersamaan. tetapi ada yang bersifat koloid hidrofilik dan koloid hidrofobik.
Koloid hidrofobik ialah koloid yang tak menyukai air, sedangkan koloid hidrofilik ialah
 koloid yang menyukai air. Sifat hidrofilik dan hidrofobik ini biasanya didasari oleh
kepolaran. Senyawa yang polar akan menyukai air sedangkan senyawa yang non polar
tidak menyukai air, kerjasama antara koloid hidrofobik dan hidrofilik terjadi didalam
tubuh. misalnya pada koloid hidrofobik yang menyimpan substrat penting seperti enzim
dan antibodi, dibiarkan tetap tersuspensi dengan air. koloid hidrofilik akan mengelilingi
koloid hidrofobik di permukaan dan berinteraksi dengan air
Koloid hidrofobik dapat berada dalam air hanya jika mereka distabil dengan beberapa
cara. Jika tidak,

 Kestabilan koloid
kurangnya mereka afinitas terhadap air menyebabkannya terpisah dari air. Koloid
hidrofobik dapat distabilkan dengan adsorpsi ion pada permukaannya, seperti yang
ditunjukkan pada Gambar . Ion-ion teradsorpsi dapat berinteraksi dengan air, sehingga
menstabilkan koloid. Pada saat yang sama, Tolakan antara partikel koloid dengan ion
teradsorpsi dari muatan yang sama Mencegah partikel bertabrakan untuk menjadi lebih
besar.

5. Ikatan Kimia

Antara dua atom atau lebih dapat saling berinteraksi dan membentuk molekul. Interaksi ini
selalu disertai dengan pelepasan energi. Adapun gaya-gaya yang menahan atom-atom dalam
molekul merupakan suatu ikatan yang dinamakan ikatan kimia. Ikatan kimia terbentuk karena
unsure-unsur cenderung membentuk struktur elektron stabil. Struktur elektron stbil yaitu struktur
elektron gas mulia ( Golongan VIII A ) Seperti dalam tabel 3.1 berikut.

Unsur No Atom K L N M O P
 He 2 2
Ne 10 2 8
Ar 18 2 8 8
Kr 36 2 8 18 8
Xe 54 2 8 18 18 8
Rn 86 2 8 18 32 18 8

Walter Kossel dan Gilbert Lewis pada tahun 1916 menyatakan bahwa terdapat hubungan
antara stabilnya gas mulia dengan cara atom berikatan. Mereka mengemukakan bahwa jumlah
elektron terluar dari dua atom yang berikatan, akan berubah sedemikian rupa sehingga susunan
kedua elektron kedua atom tersebut sama dengan susunan gas mulia. Kecenderungan atom-atom
untuk memiliki struktur atau konfigurasi elektron gas mulia atau 8 elektron pada kulit terluar
disebut kaidah oktet.

Contoh: Br + Br Br Br Atau Br - Br

Sementara itu,atom-atom yang mempunyai nomor atom kecil dari hydrogen sampai
dengan boron cenderung memiliki konvegurasi elektron gas helium atau mengikuti kaidah
Duplet.

Elektron yang berperan dalam reaksi kimia yaitu elektron pada kulit terluar atau elektron
valensi. Elektron valensi menunjukan kemampuan suatu atom untuk berikan dengan atom lain.
Contoh elektron valensi dari beberapa unsur dapat dilihat dalam tabel berikut.

Tabel 3.2 Elektron Valensi Beberapa Unsur

 Susunan Elektron
Unsur
elektron valensi
6C 2. 4 4
8O 2.6 6
12Mg 2.8.2 2
13Al 2.8.3 3
15P 2.8.5 5
17Cl 2.8.7 7

Unsur – unsur dari golongan alkali dan alkali tanah , untuk menyapai kestabilan
cenderung melepaskan elektron terluarnya sehingga membentuk ion positif . unsnr – unsnr yang
mempunyai kecendrungan membentuk ion positif termasuk unsur elektro positif . unsnr – unsur
dari golongan halogen dan khalkhogen mempunyai kecendrungan menangkap elektron untuk
mencapai kestabilan sehingga membentuk ion negative. Unsur - unsur yang demikian termasuk
unsur elektronnegative .