Setelah mengamati metodologi puzzle yang digunakan oleh Agus Mustofa, ternyata

pratik tafsirul-Qur’an bil-Qur’an versinya tidaklah sama sebagaimana yang dikehendaki ulama
tafsir. Pertama-tama beliau mengumpulkan ayat-ayat Al-Qur’an, yang berkenaan dengan topik
tertentu yang tersebar di beberapa surat dalam Al-Qur’an, kemudian beliau menggabungkan
ayat-ayat Al-Qur’an tersebut, dan merumuskannya untuk kemudian mendapatkan gambaran
utuhnya menurut persepsinya.