BUKU PETUNJUK PRAKTIKUM

BIOTEKNOLOGI FARMASI
2020/2021

Disusun oleh :
Aliyah Purwanti, M.Si
Sholihatil Hidayati, M.Farm., apt.

PROGRAM STUDI FARMASI PROGRAM SARJANA

STIKES dr. SOEBANDI JEMBER
 KATA PENGANTAR

Segala puji syukur ke hadirat Allah SWT atas kesempatan yang diberikan
untuk selesainya penyusunan buku petunjuk praktikum bioteknologi ini. Buku
petunjuk ini disusun berdasarkan kebutuhan mahasiswa Farmasi STIKES Dr. Soebandi Jember
khususnya untuk para mahasiswa yang menempuh mata
kuliah Praktikum Bioteknologi.
Buku petunjuk ini terdiri dari beberapa bagian tetapi secara garis besar
buku petunjuk praktikum ini berisi dasar-dasar praktikum yang dilakukan dalam
bioteknologi baik bioteknologi konvensional maupun bioteknologi modern.
Sebagai dasar praktikum maka diharapkan buku petunjuk ini memberikan
ketrampilan dasar bagi para mahasiswa khususnya mahasiswa yang menempuh
mata kuliah bioteknologi dan umumnya bagi mahasiswa biologi atau mahasiswa
yang serumpun.
Pada akhirnya tak ada gading yang retak. Saran dan kritik untuk
pengembangan lebih lanjut guna penyempurnaan buku petunjuk ini benar-benar
sangat diharapkan dan semoga bermanfaat.

Jember, Oktober 2020

Penyusun

ii
 DAFTAR ISI

Halaman Judul .................................................................................................................... i

Kata Pengantar .................................................................................................................... ii
Daftar Isi ............................................................................................................................. iii
Tata Tertib Praktikum ......................................................................................................... iv
Percobaan 1 Pengenalan Alat dan Bahan Praktikum .......................................................... 1
Percobaan 2 Teknik Dasar Pippeting .................................................................................. 3
Percobaan 3 Persiapan Isolasi DNA : Sterilisasi Alat Bahan & Media .............................. 4
Percobaan 4 Isolasi DNA .................................................................................................... 6
Percobaan 5 Penetapan Kadar DNA ................................................................................... 7
Percobaan 6 Analisis DNA dengan Elektroforesis ............................................................. 8
Percobaan 7 Ekstraksi Protein Intraseluler ......................................................................... 10
Percobaan 8 Bioteknologi Konvensional : Fermentasi Pangan .......................................... 11
Daftar Pustaka ..................................................................................................................... 12

iii
 TATA TERTIB PRAKTIKUM

1. Peserta praktikum (praktikan) Bioteknologi adalah mereka yang telah

terdaftar di Program Studi Farmasi STIKES Dr. Soebandi Jember dan telah mengikuti
mata kuliah Mikrobiologi dan Parasitologi pada semester sebelumnya.
2. Praktikan harus bersikap baik dalam menjalankan praktikum:
a. Berpakaian rapi, bersepatu, tidak diperkenankan memakai sandal kecuali
dengan alasan yang dapat diterima.
b. Keluar masuk ruangan harus berdasar izin dari asisten praktikum yang
sedang bertugas.
c. Menjaga kebersihan ruang praktikum dengan tidak membuang sampah
sembarangan
3. Praktikan diwajibkan memakai jas lab dengan memakai pakaian yang sopan
(kemeja atau kaos berkerah) dan rapi selama praktikum berlangsung (dilarang
makan, memakai sandal dan atau kaos oblong serta tidak boleh merokok).
4. Sebelum pelaksanaan praktikum, hendaknya praktikan telah memahami dan
menguasai acara praktikum yang akan dilaksanakan (akan diadakan test, baik
bersifat pengetahuan umum maupun yang berhubungan dengan acara
praktikum, sebelum atau sesudah praktikum).
5. Praktikan hadir tepat waktu, keterlambatan lebih dari 15 menit tidak diijinkan
mengikuti praktikum.
6. Praktikan diwajibkan menjaga ketertiban, kebersihan dan memelihara alat-alat
dan bahan yang digunakan dalam praktikum. Bagi yang merusakkan atau
menghilangkan alat-alat diwajibkan untuk mengganti sesuai dengan spec
semula.
7. Praktikan menyediakan sendiri alat tulis.
8. Seluruh acara praktikum yang ada harus dilakukan dengan sungguh-sungguh.
9. Laporan praktikum dibuat dalam bentuk tulis tangan.
a. Laporan sementara
Laporan dibuat tulis tangan, dan WAJIB dikumpulkan setiap akan
melaksanakan praktikum. Laporan sementara terdiri atas : Pendahuluan,
Tinjauan Pustaka dan Metodologi.
b. Laporan hasil
Laporan dibuat tulis tangan, dan WAJIB dikumpulkan paling lambat satu
minggu setelah acara praktikum dilaksanakan. Laporan hasil terdiri atas :
Hasil dan Pembahasan, Kesimpulan dan Daftar Pustaka.
Bagi yang mengumpulkan laporan terlambat akan dikenakan sanksi berupa
pengurangan nilai.
10. Penilaian dalam praktikum meliputi pretest/postest, praktikum, laporan (laporan
sementara dan laporan hasil), UTS dan UAS tertulis, dan Ujian Praktikum.
11. Keterlambatan mengikuti praktikum hanya diberi toleransi selama 15 menit.
Bila hadir setelah praktikum berlangsung lebih dari 15 menit, tidak
diperkenankan mengikuti praktikum.

iv
12. Bila tidak dapat mengikuti praktikum, mahasiswa diwajibkan membuat surat
ijin atau menyerahkan surat keterangan dokter bila mahasiswa tidak dapat
mengikuti praktikum karena sakit.
13. Acara praktikum susulan (inhal) PADA PRINSIPNYA TIDAK ADA,
namun dengan alasan khusus, pelaksanaannya dapat bertukar jadwal dengan
praktikan lain. Praktikan yang bertukar jadwal HARUS menyertakan surat
tukar jadwal.
14. Praktikan yang dua kali berturut-turut tidak mengikuti acara praktikum tanpa
alasan tepat, dinyatakan hilang hak praktikumnya.
15. Hal-hal yang belum diatur dalam tata tertib ini akan ditentukan kemudian.

v
 Percobaan 1
Pengenalan Alat & Bahan Praktikum

A. Tujuan
Mengetahui jenis peralatan dan prinsip kerja serta fungsi dari peralatan yang rutin
digunakan untuk laboratorium mikrobiologi dan bioteknologi

B. Alat dan Bahan

Peralatan yang digunakan di laboratorium bioteknologi meliputi:
1. Alat-alat gelas (erlenmeyer, labu takkar, cawan petri, tabung reaksi, beaker glass,
spreader)
2. Alat-alat non gelas (Pinset, jarum ose)
3. Alat ukur (gelas, ukur, pipet ukur+rubber bulb filler, mikropipet)
4. Alat sterilisasi (oven, autoklaf, inkubator)
5. Alat pemanas (hot plate, lampu spirtus, waterbath, microwave)
6. Alta sentrifus (sentrifuga klinik dan mikro berpendingin)
7. Alat ukur keasaman (pH meter, indikator universal, keretas lakmus)
8. Timbangan (timbangan, timbangan analitis)
9. Instrumen : (mesin PCR, UV transilluminator, vortex, sentrifus, shaker incubator,
inkubator, elektroforesis agarosa dan protein)
10. Laminar air flow cabinet (LAF)
11. Lain-lain (alat pendingin, oven)

C. Prosedur Kerja
Setiap praktikan mencatat dan memperhatikan peralatan serta cara kerja dan fungsinya
masing-masing yang terdapat di laboratorium bioteknologi.

D. Pengamatan
1. Alat gelas dan non gelas

2. Instrumen

1
 3. Bahan

E. Soal Latihan
1. Alat apakah yang digunakan untuk melihat DNA ?
2. Alat apakah yang digunakan untuk proses PCR ?
3. Sebutkan dan jelaskan fungsi elektroforesis agarosa ?
4. Sebutkan dan jelaskan fungsi thermalcycler ?
5. Jelaskan prinsip kerja mikropipet ?
6. Apakah fungsi dari mikropipet ?
7. Sebutan bagian – bagian mikropipet ?
8. Sebutkan komposisi media LB cair ?
9. Sebutkan komposisi media LB padat ?
10. Apakah yang anda ketahui tentang Phosphat buffer saline ?
11. Jelaskan apa yang saudara ketahui tentang proses sentrifugasi ?

2
 Percobaan 2
Teknik Dasar Pippeting

A. Tujuan
Mengetahui dan menguasai teknik atau cara menggunakan mikropipet

B. Alat dan Bahan

1. Mikropipet
2. Tips mikropipet
3. Larutan

C. Prosedur Kerja
Praktikan memperhatikan cara menggunakan mikropipet yang sesuai dengan prosedur,
lalu mempraktikkannya dan dievaluasi oleh dosen pengampu.

3
 Percobaan 3
Persiapan Isolasi DNA : Sterilisasi Alat Bahan & Media

A. Tujuan
1. Mahasiswa dapat membuat media yang diperlukan untuk praktikum bioteknologi
2. Mahasiswa dapat menyiapkan dan melakukan sterilisasi alat, bahan, dan media

B. Alat dan Bahan

• Alat :
Tip biru, tip kuning, tip putih, tabung reaksi, beaker gelas, erlenmeyer, mikropipet,
kapas berlemak, kasa, autoklaf, aluminium foil, pipet tetes
• Bahan :
Komponen media LB cair (NaCl, Tryptone, yeast extract), akuades, media LB padat
(NaCl, Tryptonem Yeast Extract, Bacto Agar)

C. Prosedur Kerja
• Pembuatan Media LB Cair
1. Media LB cair dibuat dengan menimbang trypton 0,2 gram (1%); NaCl 0,2 gram
(1%); dan Ekstrak Yeast 0,1 gram (0,5%), kemudian dimasukkan ke dalam
erlenmeyer dan ditambah dengan 20 mL akuades. Campuran dipanaskan
(hotplate) sampai larut sempurna.
2. Media cair dimasukkan ke dalam tabung reaksi sebanyak 5mL dan di tutup
dengan sumbat kapas dan aluminium foil
3. Media cair disterilkan dalam autoklaf suhu 121oC 15-20 menit
4. Media cair diinkubasi 37oC 18-24 jam untuk melihat ada tidaknya kontaminan
(media menjadi keruh)

• Pembuatan Media LB Padat

1. Media LB padat dibuat dengan menimbang trypton 1 gram (1%); NaCl 1 gram
(1%); Ekstrak Yeast 0,5 gram (0,5%), Bacto Agar 1,5 gram (1,5%) dan
dimasukkan ke dalam erlenmeyer
2. Bahan media LB selanjutnya ditambah dengan 100 mL akuades. Campuran
dipanaskan (hotplate) sampai larut sempurna dan ditutup dengan sumbat kapas
dan aluminium
3. Media disterilkan dalam autoklaf suhu 121oC 15-20 menit
4. Media LB padat yang telah diautoklaf selanjutnya di tuang pada 5 buah cawan
petri steril
5. Media LB didiamkan hingga memadat. Media LB selanjutnya diinkubasi 37oC
18-24 jam untuk melihat ada tidaknya kontaminan.

4
D. Pengamatan
Hasil pengamatan sterilisasimedia LB cair dan media LB padat
No. Media Hasil Pengamatan
1. Media LB Cair

2. Media LB Padat

E. Soal Latihan
1. Sebutkan macam-macam metode sterilisasi ?
2. Jelaskan prinsip sterilisasi menggunakan autoklaf ?
3. Sebutkan alat dan bahan yang dapat disterilisasi dengan uap air ?
4. Ose dapat disterilisasi dengan cara apa ?
5. Jelaskan tentang prinsip sterilisasi panas kering ?
6. Sebutkan alat dan bahan yang dapat disterilisasi dengan metode panas kering ?
7. Jelaskan yang saudara ketahui tentang teknik aseptik ?

5
 Percobaan 4
Isolasi DNA

A. Tujuan
Mahasiswa memahami prosedur dalam melakukan isolasi DNA dan mampu melakukan
isolasi DNA

B. Alat dan Bahan

• Alat :
Sentrifuge, vortex, shaker, pemanas air, freezer, tabung reaksi, lampu bunsen,
mikropipet, tip, tabung, mikrosentrifuge 1.5mL, cawan petri, sengkelit, erlenmeyer
• Bahan :
Bakteri E. Coli, media LB cair, PBS (phospat buffer saline), akuabides steril

C. Prosedur Kerja
1. Koloni tunggal bakteri E. Coli diambil dari media LB padat dibiakkan dalam 5mL
media LB cair dan inkubasi selama 18 jam suhu 37oC dalam inkubator goyang dengan
kecepatan 150 rpm (DIKERJAKAN 1 HARI SEBELUM JADWAL PRAKTIKUM)
2. Sebanyak 1mL biakan bakteri dimasukkan ke dalam tabung mikrosentrifus 1,5mL, dan
disentrifugasi selama 5 menit dengan kecepatan 12.000 rpm, supernatan dibuang
dengan membalikkan tabung dan diletakkan di atas kertas tisu dengan posisi terbalik
3. Prosedur di atas diulangi 2 kali hingga 3mL biakan bakteri yang disentrifugasi, untuk
mendapatkan pelet sel bakteri
4. Pelet sel yang diperoleh dicuci dengan 1mL PBS steril kemudian disentrifugasi selama
5 menit dengan kecepatan 12.000rpm. pencucian pelet sel dengan PBS dilakukan 3kali
5. Pelet yang diperoleh disimpan pada suhu -20oC selama 24 jam untuk ekstraksi DNA
genom
6. DNA kromosom diekstraksi dengan mendidihkan pelet beku selama 4menit, kemudian
dilarutkan dengan 50µL akuabides steril dan diresuspensi dengan cara micropipetting
dan vortex
7. Suspensi tersebut disentrifus selama 5 menit, 4 oC, 13.000 rpm. Supernatan yang
diperoleh dipindahkan dalam tabung mikrosentrifus yang baru
8. Supernatan tersebut mengandung DNA kromosom dan disimpan -20oC hingga
digunakan untuk analisis selanjutnya

D. Soal Latihan
1. Sebutkan dan jelaskan metode untuk mengisolasi DNA kromosom ?
2. Jelaskan perbedaan DNA kromosom dengan DNA Plasmid ?
3. Bagaimana cara mengetahui keberhasilan isolasi DNA kromosom ?
4. Jelaskan yang fungsi PBS dalam proses isolasi DNA ?
5. Apa yang saudara ketahui tentang ‘resuspensi dengan cara micropipetting’?

6
 Percobaan 5
Penetapan Kadar DNA

A. Tujuan
1. Mahasiswa mampu menentukan kadar DNA menggunakan spektrofotometer
2. Mahasiswa mampu menentukan kemurnian DNA hasil isolasi

B. Alat dan Bahan

• Alat : spektrofotometer
• Bahan : DNA hasil isolasi, buffer TE, ddH2O

C. Prosedur Kerja
Pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA dengan spektrofotometri
1. Ukur blanko (kuvet diisi 1.000 µL akuabides steril) pada panjang gelombang 260nm
sampai A = 0.00
2. Pipet 5 µL akuabides steril kemudian campur dengan baik
3. Ukur absorbansi sampel pada panjang gelombang 260nm
4. Ulangi pada panjang gelombang 280nm
5. Jumlah DNA ditentukan dengan asumsi 1 Abs260nm = 50µg DNA

Menghitung konsentrasi DNA :

DNA µg/µl= Abs260nm x faktor pengenceran x 50 µL
𝐴260 𝑠𝑎𝑚𝑝𝑒𝑙−𝐴260 𝑎𝑘𝑢𝑎𝑏𝑖𝑑𝑒𝑠
Menentukan kemurnian DNA : 𝐴280 𝑠𝑎𝑚𝑝𝑒𝑙−𝐴280 𝑎𝑘𝑢𝑎𝑏𝑖𝑑𝑒𝑠
𝐴260
Kemurnian tinggi bila pada𝐴280 = 1,8 − 2,0
*Catatan :
𝐴260
a. Apabila pada 𝐴280 nilainya < 1,8 maka kontaminan fenol/protein
𝐴260
b. Apabila pada 𝐴280 nilainya > 2,0 maka kontaminan RNA

D. Hasil Pengamatan
Kadar DNA Kemurnian
Sampel A260 A280
(µg/µl) DNA A260/A280

E. Soal Latihan
1. Mengapa DNA dapat ditentukan kadarnya menggunkan spektrofotometer?
2. Bagaimana cara mengetahui kemurnian DNA
3. Senyawa apakah yang biasanya mengkontaminasi DNA?

7
 Percobaan 6
Analisis DNA dengan Elektroforesis

A. Tujuan
1. Mahasiswa mampu menganalisis DNA plasmid menggunakan elektroforesis agarosa
2. Mahasiswa mampu menentukan ukuran DNA plasmid hasil restriksi

B. Alat dan Bahan

• Alat:
Neraca Analitik, Erlenmeyer, Microwave, Mikropipet Dan Mikrotip, Tabung
Mikrosentrifus, Cetakan Gel, Mesin Elektroforesis, UV Transilliminator
• Bahan:
Loading Dye, Ekstrak DNA, DNA Ladder 1 Kb Sebagai Marker, Agarose, TBE 1x
(Tris Boric EDTA), SYBR Safe

C. Prosedur Kerja
Elektroforesis Agarosa
1. Agarosa ditimbang 0,4g dan dilarutkan dalam 40ml buffer TBE 1x dengan cara
pemanasan sampai semua agarosa larut sehingga diperoleh gel agarosa 1%, kemudian
ditambahkan 1 µL SYBR Safe. Larutan didiamkan hingga suhu ±60oC
2. Cetakan/tray agarosa disiapkan dengan menutup sisi berlubang cetakan dengan selotip
dan menempatkan sisir elektroforesis untuk membentuk sumur
3. Larutan agarosa dituang ke dalam cetakan dan dibiarkan hingga memadat
4. Setelah gel memadat, penutup cetakan dan sisir dilepaskan, kemudian cetakan
ditempatkan dalam tangki elektroforesis yang berisi buffer TBE 1x
5. Sampel 5 µL hasil isolasi (DNA genom/DNA plasmid) yang telah dicampur dengan 2
µL loading buffer (6x) dimasukkan ke dalam salah satu sumur dan 6 µL marka DNA
1kb ke dalam sumur lainnya
6. Elektroforesis dijalankan pada 80V, 400mA selama 60 menit
7. Gel hasil elektroforesis diamati dibawah sinar UV

Penentuan ukuran DNA

1. Dibuat garis regresi antara log BM DNA (x) dengan jarak migrasi (y)
2. Jarak migrasi DNA yang akan ditentrukan diukur dan diinterpolasikan ke dalam garis
regresi yang telah dkibuat sehingga dapat diketahui nilai log BM dari DNA tersebut

D. Hasil Pengamatan
Ukuran marka DNA Jarak migrasi
Jarak migrasi marka
pb Log sampel
Pita 1:
Pita 2:
Pita 3:

8
 Pita 4:
Pita 5:
Pita 6:
Persamaan regresi
Ukuran sampel
(pb)

E. Soal Latihan
1. Apakah yang dimaksud dengan elektroforesis?
2. Sebutkan matriks untuk pemisahan DNA menggunakan elektroforesis!
3. Bagaimana cara mengamati DNA plasmid menggunakan elektroforesis agarosa?
4. Jelaskan K3 yang harus diperhatikan dan dijalankan dalam melakukan analisis
elektroforesis agarosa ?
5. Jelaskan yang saudara ketahui tentang senyawa SYBR Safe?

9
 Percobaan 7
Ekstraksi Protein Intraseluler

A. Tujuan
Mahasiswa mengetahui dan mampu melakukan ekstraksi protein intraselular

B. Alat dan Bahan

• Alat:
Mikropipet, tip biru, tabung conical, tabung mikrosentrifus, sentrifuga dingin, shaker
incubator, ultrasonic homogenizer
• Bahan:
Bakteri E.coli, PBS steril

C. Prosedur Kerja
1. Koloni tunggal bakteri E.coli dibiakkan dalam 10ml media LB dan inkubasi selama 18
jam suhu 37oC dalam shaker incubator dengan kecepatan 150 rpm (DILAKUAKAN 1
HARI SEBELUMNYA)
2. Biakkan bakteri dimasukkan ke dalam conical steril, dan disentrifugasi selama 5 menit
dengan kecepatan 12.000rpm, supernatan dibuang dengan membalikkan tabung dan
diletakkan di atas kertas tisu dengan posisi terbalik
3. Pelet bakteri diresuspensi dengan larutan PBS pH 7,4 hingga sempurna dan
dipindahkan ke tabung mikrosentrifus steril
4. Sel dilisis dengan sonikasi menggunakan frekuensi 2,5-3 Hz selama 30 detik, kemudian
dihentikan selama 30 detik, selanjutnya disonikasi lagi selama 30 detik hingga sel
pecah. Perlakuan ini dilakukan selama 10 kali dalam suhu dingin
5. Suspensi protein dipindahkan ke dalam tabung mikrosentrifus dan disentrifugasi pada
10.000 rps selama 2 menit suhu 4oC
6. Supernatan dikumpulkan untuk proses selanjutnya

D. Soal latihan
1. Sebutkan metode untuk memecah sel!
2. Apakah fungsi PMSF pada isolasi protein?
3. Sebutkan bahan kimia yang dapat digunakan untuk melisiskan dinding sel bakteri!

10
 Percobaan 8
Bioteknologi Konvensional : Fermentasi Pangan (1)

A. Tujuan
Mahasiswa mengetahui dan dapat membuat produk fermentasi pangan sesuai dengan
prosedur

B. Alat dan Bahan

Alat :
Baskom, pengaduk kayu, dandang, kompor, jarum pentul, kardus, kipas angin
Bahan :
Kedelai, kacang tanah, kacang merah, ragi tempe, air, kemasan plastik, daun pisang

C. Prosedur Kerja
Pembuatan Tempe
1. Membersihkan kedelai, kacang tanah, kacang merah dari kotoran – kotoran, lalu
direndam dengan air bersih selama 12-18 jam.
2. Melepaskan biji kedelai, kacang tanah, kacang merah yang telah lunak, kemudian
dicuci dengan air bersih
3. Mengukus masing – masing kedelai, kacang tanah, kacang merah sampai empuk
4. Setelah empuk, menuang masing – masing jenis kacang ke wadah bersih, lalu diangin-
anginkan dengan kipas sambil diaduk hingga biji menjadi hangat
5. Menaburkan ragi tempe pada masing – masing kacang, sambil diadu supaya merata
6. Menyiapkan kantong plastik dan daun pisang.
7. Membungkus masing – masing kacang yang telah diberi ragi dengan kantong plastik,
lalu diberi lubinfadan dengan daun pisang, simpan ke dalam kardus untuk proses
fermentasi
8. Proses fermentasi berlangsung pada suhu ruang, selama 2-3 hari.
9. Amati dan catat hasil fermentasi

D. Hasil Pengamatan
No. Bahan Gambar Hasil fermentasi
1 Kedelai
\

2 Kacang tanah

3 Kacang merah

11
 DAFTAR PUSTAKA

Brown, T.A., 2001, Gene cloning & DNA Analysis an Introduction, Fifth edition, Blackwell
Publishing, USA
Bollag DM and S.J. Edelstein, 1996, Protein Methods, Wiley-Liss, John Wiley & Sons., New
York
Sambrook., Russel., 2001, Molecular Cloning A Laboratory Manual, Third edition, Cold
springharbor laboratory Press, USA
Sudjadi, 2008, Biotenologi Keehatan, Penerbit Kanisius, Yogyakarta

12