MODUL PEMBELAJARAN EKSPERIMEN BIOFISIKA

MODUL I :
SIMULASI STUDI KINETIKA ENZIM

Penyusun :

Niken Dwi Wulandari (181810201004)

LABORATORIUM BIOFISIKA
PROGRAM STUDI FISIKA (S1)
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS JEMBER
2020
I. Tujuan Percobaan
a. Untuk mengetahui pengaruh temperature terhadap kecepatan reaksi.
b. Untuk mengetahui pengaruh pH terhadap kecepatan reaksi.
II. Alat dan Bahan
a. Laptop/ PC
b. Web simulasi
c. Koneksi Internet
III. Dasar Teori
Enzim merupakan suatu protein yang memiliki fungsi untuk mengkatalisis
suatu reaksi. Enzim memiliki sifat spesifik, dimana suatu enzim hanya
mengkatalisis suatu reaksi tertentu saja. Proses katalisis terjadi pada sisi aktif
enzim. Aktivitas katalisis enzim bergantung pada molekul kecil yang disebut
kofaktor. Kofaktor enzim terbagi menjadi dua kategori yaitu kofaktor logam
dan kofaktor molekul organik yang dikenal dengan istilah koenzim. Sebuah
enzim tanpa kofaktor disebut dengan apoenzim sedangkan enzim yang
memiliki kofaktor disebut dengan holoenzim. Mekanisme kerja enzim adalah
dengan mencari jalan lain untuk menurunkan energi energi aktivasi atau dalam
kata lain enzim memfasilitasi pembentukan fase transisi. Terdapat dua teori
mengenai mekanisme kerja enzim dan substrat. Teori pertama adalah teori lock
and key yang menyatakan bahwa sisi aktif enzim dan substrat memiliki bentuk
yang komplemen. Teori kedua adalah teori induced fit yang menyatakan bahwa
sisi aktif enzim menyesuaikan terhadap bentuk substrat.
Laju awal dari reaksi yang dikatalis enzim meningkat dengan
bertambahnya konsentrasi substrat hingga suatu kondisi dimana penambahan
substrat tidak lagi meningkatkan laju awal reaksi. Kondisi ketika laju awal
maksimum dicapai pada keadaan substrat jenuh. Reaksi berlangsung melalui
pembentukan kompleks enzim-substrat (ES). Apabila semua enzim dalam
keadaan kompleks enzim substrat maka laju reaksi akan memiliki nilai
maksimum. Reaksi enzim dan substrat mengikuti kinetika Menten Michaeli
dan merupakan reaksi dua langkah. Pada reaksi fase pertama Enzim (E)
bereaksi dengan Substrat (S) membentuk ES (kompleks Enzim-Substrat).
 Reaksi ini relatif cepat dan bersifat reversibel. Kompleks ES kemudian
diuraikan menjadi produk dan enzim dilepaskan. Reaksi di atas dapat ditulis
sebagai berikut:

Kecepatan (V) reaksi di atas diukur dengan laju dekomposisi kompleks

'ES' yang merupakan reaksi yang lebih lambat di antara dua reaksi (1 & 2)
yang dijelaskan di atas. Kecepatan 'V' secara teoritis dapat dijelaskan dengan
persamaan Menten Michaeli seperti yang ditunjukkan sebagai berikut:
V = Vmax S / (Km + S)
dimana:
V : Kecepatan reaksi
Vmax : Kecepatan maksimum reaksi Substrat Enzim
S : Konsentrasi substrat
Km : Konstanta Menten Michaelis
Kecepatan reaksi secara eksperimental diukur dengan pengukuran laju
hilangnya substrat (ds/dt) atau kemunculan produk (dp/dt). Variasi kecepatan
reaksi substrat enzim dapat dipelajari secara eksperimental.
IV. Tata Laksana Eksperimen
Kegiatan sebelum Simulasi
a. Siapkan laptop/PC untuk melakukan simulasi, pastikan koneksi internet
lancar.
b. Bukalah web (http://209.211.220.205/model/sek/theory.html) pilih menu
animation, lalu amati proses kerja simulasi dari video tersebut.
Kegiatan dalam Simulasi
a. Ambil air suling dalam gelas kimia 500 ml, panaskan hingga mendidih
sampai suhu 100֯C.
b. Ambil piring kaca dan timbang secara akurat jumlah tepung pati yang
sesuai dalam timbangan analitik untuk membuat larutan standar pati
(misalnya 500 mg / L), yakni sebesar 15gr.
c. Tambahkan sedikit tepung kanji dari piring kaca ke dalam air hangat
dalam gelas kimia sambil diaduk dengan spatula. Harap dipastikan bahwa
tidak ada pembentukan gumpalan yang terjadi dan larutan pati transparan
yang bening disingkirkan. Dinginkan hingga mencapai suhu kamar
(25°C). Pindahkan larutan starter dari gelas kimia ke labu ukur dan
tingkatkan volumenya dengan menambahkan air suling dari botol secara
bertahap.
d. Kocok labu ukur untuk mendapatkan larutan yang homogen. Lakukan
pengenceran larutan kanji 500 mg / L. Untuk ini, ambil 5 ml larutan kanji
dan 5 ml air suling dalam tabung reaksi bersih.
e. Simpan tabung di vortex mixer untuk mencampur isinya dengan
sempurna, lalu ambil 5 ml larutan pati encer (250 mg / L) dari tabung
reaksi B dan pindahkan ke tabung reaksi bersih A. Tambahkan 5 ml air
suling ke dalamnya dengan pipet dan campur dengan vortex mixer untuk
mendapatkan larutan pati (125mg/L). Untuk melakukan pengenceran.
Setiap kali konsentrasi pati akan berkurang menjadi setengah dari aslinya.
f. Enam pengenceran pati yang telah siap untuk percobaan.
g. Siapkan larutan enzim. Untuk ini ambil tablet enzim (tablet Amilase
Komersial tersedia atas nama Unizyme) dan masukkan ke dalam tabung
reaksi yang berisi 10 ml air suling dan campurkan ke dalam pencampur
votex untuk melarutkan tablet.
h. Pindahkan larutan ini dengan hati-hati ke dalam labu ukur 100 ml dan
susun volumenya. Kocok isi labu ini untuk mendapatkan larutan enzim
yang homogen.
i. Ambil 1 ml larutan enzim dan 2 ml larutan substrat dengan konsentrasi
berbeda di tabung reaksi terpisah dan campur isinya di dalam vortex
mixer.
j. Inkubasi campuran enzim substrat (ditempatkan dalam enam tabung reaksi
yang berbeda) dalam bak air pengocok yang dipertahankan pada suhu 25 °
C selama 30 menit.
k. Pindahkan 1 ml (E + S) sampel campuran reaksi C, 1 ml air suling dan 3
ml reagen DNS dalam tabung reaksi bersih seperti yang ditunjukkan di
atas. Siapkan juga 4 sampel lainnya. Untuk pembacaan kosong, ambillah
air suling sebagai ganti sampel sementara reagen lainnya tetap sama.
Untuk persiapan kurva standar, konsentrasi glukosa yang berbeda diambil
di dalam tabung reaksi alih-alih sampel.
l. Pencampuran blanko, sampel dan tabung sampel yang tidak diketahui
secara menyeluruh tersebut kemudian dilakukan campuran dalam pusaran.
m. Ikat semua tabung reaksi dengan karet gelang dan letakkan semua tabung
reaksi di dalam gelas kimia yang berisi air suling.
n. Masukkan gelas kimia berisi tabung reaksi ke dalam penangas air
mendidih dan inkubasi selama 10 menit pada suhu 100°C. Keluarkan
sampel kosong dan tabung glukosa standar dari gelas kimia dan letakkan
pada dudukan tabung reaksi untuk pendinginan pada suhu kamar (25 ° C)
selama setengah jam untuk pendinginan.
o. Pengaturan nol spektrofotometer dilakukan dengan menggunakan sampel
kosong.
p. Masukkan sampel ke dalam spektrofotometer untuk mengukur kerapatan
Optik.
q. Ambil air suling dalam gelas kimia 500 ml, panaskan hingga mendidih
mencapai 100֯C.
r. Catat hasil data yang dihasilkan dari proses semuanya, sebagai data hasil
pengamatan.
Kegiatan Pengambilan Data
a. Larutan standar substrat (300 mg / l) diambil dari larutan pati.
b. Konsentrasi substrat yang berbeda diambil dengan menjaga konsentrasi
enzim konstan.
c. Volume diubah hingga 2 ml menggunakan air suling.
d. 0.5 ml larutan enzim (amilase) ditambahkan di setiap titik dan diinkubasi
pada 370C selama 20 menit.
e. Reaksi dihentikan dengan menjaga titik dalam penangas es.
 f. Sampel dianalisis untuk konsentrasi glukosa menggunakan metode DNS.
V. Tugas Resmi Laporan
1. Bagaimana kondisi temperature terhadap kecepatan reaksi dalam percobaan
simulasi?
2. Bagaimana kondisi pH terhadap kecepatan reaksi dalam percobaan
simulasi?
 LAPORAN EKSPERIMEN BIOFISIKA
MODUL I
SIMULASI STUDI KINETIKA ENZIM

Penyusun :

Niken Dwi Wulandari (181810201004)

LABORATORIUM BIOFISIKA
PROGRAM STUDI FISIKA (S1)
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS JEMBER
2020
I. Tujuan
a. Untuk mengetahui pengaruh temperature (suhu) terhadap kecepatan
reaksi.
b. Untuk mengetahui pengaruh pH terhadap kecepatan reaksi.
II. Hasil dan Pembahasan
Pengaruh suhu terhadap kecepatan reaksi substrat enzim ini dapat
ditunjukkan bahwa kecepatan (V) reaksi enzimatik sangat bergantung
pada suhu reaksi. Oleh karena itu, studi tentang 'V' vs Suhu (seperti yang
ditunjukkan di bawah) sangat penting untuk mengidentifikasi suhu yang
tepat dari reaksi Enzim - Substrat untuk mencapai kecepatan reaksi
tertinggi.

Gambar 1. Grafik plot suhu terhadap kecepatan (V)

Pengaruh pH pada kecepatan reaksi substrat enzim ini
menunjukkan bahwa kecepatan (V) reaksi enzimatik sangat bergantung
pada pH campuran reaksi. Oleh karena itu, studi tentang 'V' vs pH
(seperti yang ditunjukkan di bawah) sangat penting untuk
mengidentifikasi kondisi pH yang tepat untuk reaksi Enzim Substrat
untuk mencapai kecepatan reaksi tertinggi.

Gambar 2. Grafik plot pH terhadap kecepatan (V)

 Gambar 3. Grafik plot antara Vmax terhadap Km(S)
Dari grafik diatas ini dapat ditentukan dari langkah kerja yang telah
dilakukan bahwa :
Vmaks = 44,44 µ mol / menit.
Km = 171 mg / l
Dengan peningkatan konsentrasi substrat awal, nilai pembentukan
produk meningkat tajam pada awalnya dan setelah itu terkadang menjadi
konstan. Yang dapat dijelaskan dengan persamaan Michaelis - Menton.