Anda di halaman 1dari 15

LAPORAN PRAKTIKUM

BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

ISOLASI DNA TUMBUHAN


Disusun untuk memenuhi sebagian tugas mata kuliah Praktikum Biologi Sel dan Molekuler

Disusun oleh:
Tri Purwa Ningrum (18308141064)

PROGRAM STUDI BIOLOGI


JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA
2021
I. TUJUAN
1. Mengetahui tahapan isolasi dna tumbuhan
2. Mengetahui analisis uji kualitatif dna menggunakan elektroforesis

II. DASAR TEORI


A. Definisi DNA
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan
berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan.
Satu sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan akan diturunkan
pada keturunannya. DNA memiliki struktur helix utas ganda, yang mengandung
komponen-komponen gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan pasangan
basa.
B. Prinsip Isolasi DNA
Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein,
serta pemurnian DNA. Prinsip dasar isolasi DNA yaitu dengan memecah dan
mengekstraksi jaringan sehingga akan terbentuk sel yang terdiri dari sel-sel
jaringan, DNA, dan RNA. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk
memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat.
Ekstrak tersebut kemudian dipurifikasi dan menghasilkan pelet sel yang
mengandung DNA/RNA. Tahapan Isolasi DNA terdiri dari Isolasi sel, lisis
dinding dan membran sel, ekstraksi dalam larutan, purifikasi, dan presipitasi
C. Tahapan Isolasi DNA
Tahapan-tahapan dalam isolasi DNA diantaranya, yaitu :
1. Preparasi sampel
Preparasi sampel dapat diawali dengan proses isolasi bakteri dari
lingkungan (alam sekitar) menjadi kultur murni dalam media penelitian.
Dalam hal ini, preparasi sampel yang dilakukan yaitu isolasi bakteri
asam laktat yang ditumbuhkan pada media MRS cair.
Preparasi DNA yang panjang dan murni merupakan sesuatu
yang sangat diharapkan. Tekanan yang dibutuhkan untuk membuka
dinding sel juga dapat memotong DNA, sehingga diperlukan tindakan
yang harus sungguh-sungguh menjaga DNA yang dihasilkan dan
panjangnya. Nukleus yang utuh merupakan sumber yang baik untuk
DNA tumbuhan yang panjang, nucleus tersebut bisa sulit untuk diisolasi
dalam jumlah yang banyak, dan teknik yang dibutuhkan sangat sulit.
2. Lisis (Ekstraksi)
Pemecahan sel (lisis) merupakan tahapan dari awal isolasi DNA
yang bertujuan untuk mengeluarkan isi sel. Tahap penghancuran sel atau
jaringan memiliki beberapa cara yakni dengan cara fisik seperti
menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle dalam
nitrogen cair atau dengan menggunakan metode freezing-thawing dan
iradiasi. Cara lain yakni dengan menggunakan kimiawi maupun
enzimatik. Penghancuran dengan menggunakan kimiawi seperti
penggunaan detergen yang dapat melarutkan lipid pada membran sel
sehingga terjadi destabilisasi membran sel.
Pada proses lisis dengan menggunakan detergen, sering
digunakan sodium dodecyl sulphate (SDS) sebagai tahap pelisisan
membran sel. Detergen tersebut selain berperan dalam melisiskan
membran sel juga dapat berperan dalam mengurangi aktivitas enzim
nuklease yang merupakan enzim pendegradasi DNA. Sementara cara
enzimatik seperti menggunakan proteinase K seperti untuk melisiskan
membran pada sel darah serta mendegradasi protein globular maupun
rantai polipeptida dalam komponen sel (Holt, 1994).
Pada tahapan ekstraksi DNA, seringkali digunakan chelating
agent seperti Ethylenediamine Tetraacetic Acid (EDTA) yang berperan
menginaktivasi enzim DNAse yang dapat mendenaturasi DNA yang
diisolasi, EDTA menginaktivasi enzim nuklease dengan cara mengikat
ion magnesium dan kalsium yang dibutuhkan sebagai kofaktor enzim
DNAse. DNA yang telah diekstraksi dari dalam sel selanjutnya perlu
dipisahkan dari kontaminan komponen penyusun sel lainnya seperti
polisakarida dan protein agar DNA yang didapatkan memiliki
kemurnian yang tinggi.
Perlakuan sentrifugasi akan membentuk 2 fase yang terpisah
yakni fase organik pada lapisan bawah dan fase aquoeus (air) pada
lapisan atas sedangkan DNA dan RNA akan berada pada fase aquoeus
setelah sentrifugasi sedangkan protein yang terdenaturasi akan berada
pada interfase dan lipid akan berada pada fase organik. Selain fenol,
dapat pula digunakan campuran fenol dan kloroform atau campuran
fenol, kloroform, dan isoamil alkohol untuk mendenaturasi protein.
3. Presipitasi DNA
Tahap presipitasi dilakukan dengan cara meneteskan larutan
presipitasi protein dan kemudian divortex yang bertujuan untuk
menghomogenkan larutan. Larutan presipitasi protein terdiri atas
amonium asetat yang jika berikatan dengan protein mengakibatkan
terbentuknya senyawa baru dengan kelarutan lebih rendah, sehingga
menyebabkan protein mengendap. Pada tahapan presipitasi ini, DNA
yang terpresipitasi akan terpisah dari residu-residu RNA dan protein
yang masih tersisa.
4. DNA Binding
Tahapan ini dilakukan ketika tube sampel mulai dimasukkan ke
dalam CB3 Coloumn (tabung penyaring). Kemudian CB3 Coloumn
disentrifuge selama 2 menit (12.000 rpm), cairan yang tertampung
dalam collection tube dibuang. Tahapan DNA binding diartikan sebagai
proses pengikatan DNA
5. Pencucian
Tahap ini bertujuan untuk membersihkan hasil ekstraksi dari zat-
zat lainnya. Ekstrak DNA yang didapat seringkali juga terkontaminasi
oleh RNA sehingga RNA dapat dipisahkan dari DNA ekstrak dengan
cara pemberian RNAse. Hal tersebut bertujuan untuk mengoptimalkan
kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh temperatur. Penambahan
RNAse berguna untuk menyingkirkan kontaminasi RNA sehingga DNA
dapat diisolasi secara utuh.
6. Elusi DNA
Elusi atau isolasi fragmen tunggal DNA adalah proses
pemisahan fragmen DNA target dari campuran fragmen-fragmen DNA
pengotornya. Hal ini penting dalam rekayasa genetika karena fragmen
tersebut dapat digunakan untuk melacak atau mendeteksi gen DNA lain
dan dapat dicangkokkan ke fragmen DNA lainnya. Fragmen ini
diperoleh melalui beberapa tahap. Tahap pertama adalah pemisahan
fragmen yang ingin diisolasi dari fragmen lainnya dengan pemotongan
menggunakan enzim restriksi atau hasil PCR yang dilanjutkan dengan
elektroforesis menggunakan gel agarose. Tahap selanjutnya adalah
mendeteksi fragmen yang akan diisolasi dan memotong gel agarose
yang mengandung fragmen tersebut. Tahap terakhir adalah mengisolasi
fragmen DNA dari gel agarose. Teknik isolasi atau disebut juga teknik
preparasi gel elektroforesis merupakan teknik isolasi fragmen DNA
plasmid dari gel agarosa (Brown, 1991).
D. Elektroforesis
Elektroforesis adalah suatu proses yang dapat memisahkan atau memigrasikan
fragmen DNA pada matriks berpori di bawah pengaruh medan listrik.
Elektroforesis dilakukan untuk menentukan keutuhan DNA total.
Perlengkapan alat elektroforesis terdiri dari:
1. Cetakan gel yang digunakan untuk membuat gel agarosa
2. Alat pencetak sumur yang digunakan untuk membuat sumur-sumur
pada sisi atasdari gel agarosa, yaitu tempatmemasukkan DNA ke
dalam gel
3. Tangki elektroforesis
4. Sumber arus.
DNA merupakan molekul bermuatan negatif, sehingga bila diletakkan di medan
listrik, DNA akan bergerak (bermigrasi) dari kutub negatif ke kutub positif.
Pergerakan ini kecepatannya tergantung dari:
1. Ukuran molekul DNA
2. Kerapatan media (gel) yang dilalui oleh DNA
3. Arus listrik yang diberikan untuk memigrasikan molekul DNA.
Semakin kecil ukurannya, DNA akan bermigrasi semakin cepat. Semakin rapat
media yang digunakan, yang dicerminkan dari konsentrasi media, semakin
lambat DNA bermigrasi. Semakin besar arus yang digunakan, semakin cepat
DNA bermigrasi. Sebelum dilakukan elektroforesis, suspensi DNA harus
dicampur dengan penyangga muatan pewarna = loading buffer/dye, yang
berfungsi untuk:
1. Menambah densitas, sehingga DNA berada di bagian bawah dari sumur
(well)
2. Memudahkan meletakkan contoh DNA ke dalam sumur
3. Penanda laju migrasi DNA.
III. ALAT DAN BAHAN
Kegiatan 1 : Isolasi DNA

Alat dan Bahan


Mikropipet 100 – 1000 µl
Mikropipet 2 – 20 µl
Mikropipet 0,5 – 10 µl
Tip Kuning 20 – 200 µl
Tip Biru 100 – 1000 µl
Tabung eppendorf 1,5 ml
Sarung tangan
Masker
Plant Genomic DNA Kit
Buffer GP
GP1 + b-mercaptoethanol
Buffer GP2
GD Buffer + ethanol absolute
Buffer PW
Cloroform
Buffer TE

Kegiatan 2 : Elektroforesis

Alat dan Bahan


Agarose 0,25 gram
Gelas Beaker 250 mL
TBE Buffer 0,5
Microwave
DNA (Florosafe DNA Stain)
Loading dye
DNA Ledder
Kertas Parafilm
Mikropipet
Elektroforesis
UV Transiluminator
Aplikasi Gel Documenter
Akuades

IV. PROSEDUR KERJA


Kegiatan 1 : Isolasi DNA
1. Isolasi DNA tanaman diawali dengan mengambil sampel daun anggrek yang
paling muda
2. Daun anggrek disemprot dengan alkohol 70% kemudian diusap-usap dengan
tisu kering
3. Timbang sampel daun tanaman anggrek 0,2 gram dengan timbangan analitik
4. GP1 Buffer 3000 mikrolit  tabung eppendorf 15 ml
5. Ambil 3 mikrolit (0,1 %) b-mercaptoethanol kemudian masukkan ke dalam
larutan buffer GP1 yang ada di dalam tabung eppendorf
6. Kemudian divortex selama 20 detik agar larutan buffer GP1 dan b-
mercaptoethanol homogen
7. Kemudian dipanaskan di dalam waterbath dengan suhu 65 derajat selama 20
menit. Gunakan steroform agar tabung eppendorf dapat berdiri
8. Gunakan alat penggerus mortal yang sudah disterilisasi untuk menggerus
sampel daun anggrek
9. Pipet 350 mikrolit larutan buffer GP1 ke dalam mortal kemudian ambil sampel
daun anggrek lalu digerus secara perlahan
10. Setelah sampel daun setengah hancur tambahkan lagi buffer GP1 sebanyak 350
mikrolit. Total larutan buffer GP1 yang digunakan per sampel adalah 700
mikrolit
11. Ambil sampel daun sedikit demi sedikit kemudian masukkan ke dalam
microtube 1,5 ml
12. Kemudian sampel di vortex selama 10-20 detik. pastikan untuk menghilangkan
gumpalan gumpalan dari daun
13. Sampel diinkubasi dengan waterbath selama 20 menit dengan suhu 65 derajat.
Pastikan sampel di bolak-balik setiap 10 menit
14. Tambahkan 700 mikrolit chloroform (untuk presipitasi) kemudian sampel di
bolak-balik supaya homogen
15. Sampel di sentrifuge selama 5 menit dengna kecepatan 12000 rpm
16. Pipet supernatan (fraksi paling atas) kemudian masukkan ke dalam microtube
1,5 ml baru
17. Tambahkan 700 mikrolit Buffer GP2 kemudian sampel dibolak-balik supaya
homogen
18. Letakkan spin coloumn CB3 ke collection tube. Kemudian diberi kode untuk
masing-masing sampel
19. Ambil semua larutan dari proses sebelumnya kemudian masukkan ke dalam
tabung CB3 yang telah dipasang di atas collection tube
20. Tutup tabung CB3 kemudian di sentrifuge selama 30 detik dengan kecepatan
12000 rpm
21. Buang filtrat hasil sentrifuge kemudian letakkan kembali tabung CB3 ke
collection tube
22. Tambahkan 500 mikrolit buffer GD kemudian sentrifuge selama 30 detik
dengan keceptan 12000 rpm
23. Buang filtrat hasil sentrifuge kemudian letakkan kembali tabung CB3 ke
collection tube
24. Tambahkan 600 mikrolit buffer PW ke tabung CB3 kemudian sentrifuge selama
30 detik dengan kecepatan 12.000 rpm
25. Buang flow through kemudian letakkan kembali tabung CB3 ke tabung
collection tube lalu ulangi lagi step penambahan 600 mikrolit buffer PW
26. Kemudian di sentrifuge selama 30 detik dengan kecepatan 12000 rpm. Lalu flow
through dibuang dan letakkan kembali tabung CB3 ke collection tube
27. Sentrifuge selama 2 menit dengan kecepatan 12000 rpm kemudian buang flow
through
28. Buka tutup CB3 lalu diamkan dalma suhu runagan selama 15 menit untuk
mengeringkan membran dengan sempurna
29. Pindahkan tabung CB3 ke mikrotube 1,5 ml yang baru, pastikan mikrotube baru
yang akan digunakan telah diberi kode sampel
30. Tambahkan 100 buffer TE pastikan saat penambahan benar2 ditambahkan tepat
dibagian tengah membran tabung CB3
31. Inkubasi di suhu ruang selama 5 menit kemudian di sentrifuge selama 2 menit
dengan kecepatan 12000 rpm
32. Buang tabung CB3 kemudian mikrotube yang berisi hasil isolasi DNA ditutup
dan disimpan di dalam filzer

Kegiatan 2 : Elektroforesis
1. Timbang agarose sebanyak 0,25 gram pada timbangan analitik
2. Setelah itu letakkan pada gelas beker ukuran 250 ml
3. Siapkan 25 ml buffer TBE 0,5
4. Kemudian larutkan 0,25 gram agarose pada 25 ml TBE 0,5
5. Panaskan selama 1 menit menggunakan microwave
6. Disamping itu disiapkan cetakan untuk gel agarose
7. Ambil agarose dari microwave dan tambahkan 1 mikrolit DNA staining
8. Pada praktikum ini menggunakan FloroSafe DNA Stain (Genetika Science)
9. Setelah itu homogenkan dengan menggoyangkan gelas beaker, lalu tuangkan
pada cetakan
10. Pastikan agarose tersebar rata ke seluruh cetakan dan tidak ada gelembung udara
11. Setelah gel agarose memadat, lepaskan dari cetakan dan letakkan pada
horizontal submarine tank electrophoresis
12. Pastikan meletakkannya dengan benar yaitu dari kutub negatif kutub positif
13. Setelah gel agarose diletakkan, tambahkan buffer TBE 0,5 sampai gel agarose
tenggelam
14. Siapkan sampel, loading dye, dna ledder dan kertas parafilm
15. Pada praktikum ini, loading dye yang digunakan 2 mikrolit/sampel. Loading dye
diambil menggunakan mikropipet dan diletakkan di atas kerts parafilm
16. Ambil dna ledder 1 kb sebanyak 2 mikrolit menggunakan mikropipet dan
campurkan dengan 2 mikrolit loading dye yang sudah disiapkan di atas parafilm
17. Setelah loading dye dan dna ledder tercampur, masukkan ke dalam sumuran gel
agarose menggunakan mikropipet.
18. Lakukan hal yang sama pada setiap sampel. Untuk komposisi yang digunakan
yaitu 4 mikrolit sampel hasil isolasi + 2 mikrolit loading dye
19. Masukkan juga dna ledder 100 bp, dengan komposisi 2 mikrolit dna ledder + 2
mikrolit loading dye
20. Tutup tank electrophoresis dan sambungkan ke power supply. Kemudian atur
dengan voltase 75 dan waktu 45 menit.
21. Setelah selesai matikan alat electrophoresis dan bawa gel agarose ke UV
Transiluminator
22. Agar hasil lebih jelas, gel agarose di visualisasikan menggunakan Gel
Documenter
23. Bersihkan UV Tray menggunakan akuades. Setelah itu letakkan gel agarose
pada UV Tray.
24. Masukkan UV Tray ke dalam media Gel Documenter. Kemudian buka aplikasi
“Image Lab” pada Komputer
25. Pada aplikasi Image lab klik New > Select Nucleic Acid kemudian pilih
Ethidium Bromide lalu klik Run
26. Hasil Gel Documenter Isolasi DNA Tumbuhan

V. HASIL PENGAMATAN

Tabel 1. Hasil Visualisasi Elektroforesis


Kode Isolat
Hasil
(Dibaca dari kiri  kanan)

 Sumuran 1 : Marker
 Sumuran 2 : Sehat 1
 Sumuran 3 : Sehat 2
 Sumuran 4 : Kuning 1
 Sumuran 5 : Kuning 2
 Sumuran 6 : Marker

Tampilan visualisasi elektroforesis


6 sumuran : 2 marker, 4 isolat
VI. PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Dalam praktikum ini, bahan yang digunakan untuk isolasi dna diantaranya yaitu
Plant Genomic DNA Kit, GP buffer, cloroform, GD buffer, PW buffer, TE buffer dan
gel agarose. Proses isolasi DNA pada praktikum (online) ini dilakukan mengikuti
protokol standar kit dari Plant Genomic DNA Kit. Secara umum tahapan yang
dilakukan ialah persiapan sampel, lisis, pengikatan DNA, pencucian DNA, dan elusi
DNA.
1. Tahap Persiapan Sampel
Tahap persiapan sampel dimulai dengan mensterilkan sampel menggunakan
alkohol. Daun tumbuhan yang paling muda disterilkan dengan cara disemprot
menggunakan alkohol 70% kemudian diusap-usap menggunakan tissue kering.
Selanjutnya, ditimbang sampel daun tanaman anggrek 0,2 gram dengan
timbangan analitik
2. Tahap Lisis (ekstraksi)
Pada tahapan lisis, prosedur kerja dimulai dengan cara GP1 Buffer 3000
mikrolit  tabung eppendorf 15 ml, 3 mikrolit (0,1 %) b-mercaptoethanol
diambil kemudian dimasukkan ke dalam larutan buffer GP1 yang ada di dalam
tabung eppendorf, divortex selama 20 detik agar larutan buffer GP1 dan b-
mercaptoethanol homogen lalu dipanaskan di dalam waterbath dengan suhu 65
derajat selama 20 menit (Gunakan steroform agar tabung eppendorf dapat
berdiri), alat penggerus mortal yang sudah disterilisasi digunakan untuk
menggerus sampel daun lalu pipet 350 mikrolit larutan buffer GP1 ke dalam
mortal kemudian ambil sampel daun anggrek lalu digerus secara perlahan,
setelah sampel daun setengah hancur tambahkan lagi buffer GP1 sebanyak 350
mikrolit. Total larutan buffer GP1 yang digunakan per sampel adalah 700
mikrolit, sampel daun sedikit demi sedikit diambil kemudian dimasukkan ke
dalam microtube 1,5 ml lalu sampel divortex selama 10-20 detik. pastikan untuk
menghilangkan gumpalan gumpalan dari daun, selanjutnya sampel diinkubasi
dengan waterbath selama 20 menit dengan suhu 65 derajat. Pastikan sampel di
bolak-balik setiap 10 menit
3. Presipitasi DNA
Setelah dilakukan ekstraksi, maka proses dilanjutkan dengan presipitasi DNA.
Sampel yang sudah dibolak-balik setiap 10 menit lalu ditambahkan 700 mikrolit
chloroform (untuk presipitasi) kemudian sampel di bolak-balik supaya
homogen. Sampel kemudian disentrifuge selama 5 menit dengan kecepatan
12000 rpm. Pipet supernatan (fraksi paling atas) kemudian masukkan ke dalam
microtube 1,5 ml baru. ditambahkan 700 mikrolit Buffer GP2 kemudian sampel
dibolak-balik supaya homogen, diletakkan spin coloumn CB3 ke collection tube.
Kemudian diberi kode untuk masing-masing sampel, ambil semua larutan dari
proses sebelumnya kemudian masukkan ke dalam tabung CB3 yang telah
dipasang di atas collection tube, tutup tabung CB3 kemudian di sentrifuge
selama 30 detik dengan kecepatan 12000 rpm. Buang filtrat hasil sentrifuge
kemudian letakkan kembali tabung CB3 ke collection tube. Selanjutnya
ditambahkan 500 mikrolit buffer GD kemudian sentrifuge selama 30 detik
dengan keceptan 12000 rpm.
4. DNA Binding
Tahapan ini dilakukan ketika tube sampel mulai dimasukkan ke dalam CB3
Coloumn (tabung penyaring). Kemudian CB3 Coloumn disentrifuge selama 2
menit (12.000 rpm), cairan yang tertampung dalam collection tube dibuang.
Tahapan DNA binding diartikan sebagai proses pengikatan DNA
5. Pencucian (Purifikasi)
Tahapan ini dimulai ketika sampel dalam GD Coloumn ditambahkan 600
mikrolit buffer PW ke tabung CB3 kemudian disentrifuge selama 30 detik
dengan kecepatan 12.000 rpm. Buang flow through kemudian letakkan kembali
tabung CB3 ke tabung collection tube lalu ulangi lagi step penambahan 600
mikrolit buffer PW. Kemudian di sentrifuge selama 30 detik dengan kecepatan
12000 rpm. Lalu flow through dibuang dan letakkan kembali tabung CB3 ke
collection tube. Sentrifuge selama 2 menit dengan kecepatan 12000 rpm
kemudian buang flow through. Buka tutup CB3 lalu diamkan dalma suhu
runagan selama 15 menit untuk mengeringkan membran dengan sempurna.
Pindahkan tabung CB3 ke mikrotube 1,5 ml yang baru, pastikan mikrotube baru
yang akan digunakan telah diberi kode sampel
6. Elusi
Tahapan Elusi atau isolasi fragmen tunggal DNA adalah proses pemisahan
fragmen DNA target dari campuran fragmen-fragmen DNA pengotornya.
Tahapan ini dimulai ketika sampel dari Coloumn CB3 diletakkan pada tabung
eppendorf 1,5 ml kemudian ditambahkan 100 buffer TE, pastikan saat
penambahan benar-benar ditambahkan tepat dibagian tengah membran tabung
CB3. Inkubasi di suhu ruang selama 5 menit kemudian di sentrifuge selama 2
menit dengan kecepatan 12000 rpm. Buang tabung CB3 kemudian mikrotube
yang berisi hasil isolasi DNA ditutup dan disimpan di dalam filzer

Elektroforesis
Elektroforesis merupakan metode yang digunakan dalam praktikum ini untuk
memaparkan uji kualitas DNA yang diisolasikan dengan memvisualisasikannya
menggunakan elektroforesis kit beserta aplikasi Gel Documenter. Elektroforesis adalah
suatu proses yang dapat memisahkan atau memigrasikan fragmen DNA pada matriks
berpori di bawah pengaruh medan listrik. Hasil elektroforesis menunjukkan adanya
garis pita yang panjang dan garis pita yang pendek. Semakin panjang jarak garis pita
yang terbentuk pada gel agarosa dengan sumur, maka panjang DNA pada genom
tersebut semakin pendek. Sedangkan, semakin pendek jarak garis pita yang terbentuk
pada gel agarosa dengan sumur, maka panjang DNA pada genom semakin panjang. Hal
ini dikarenakan fungsi agarosa sebagai benteng pengambat gerakan DNA ketika dialiri
oleh tegangan listrik.
Berdasarkan studi praktikum online (kajian video elektroforesis), didapatkan
hasil bahwa :
i. Sumuran 1 : Pada tampilan hasil visualisasi elektroforesis gel agarose, nilai
tertinggi marker (sumuran 1) sebelah kiri yaitu 10000 bp dan nilai terendah
(paling bawah) yaitu 1000 bp, sedangkan Marker ini berasal dari DNA ledder
dan fungsinya sebagai tolak ukur/pengukuran.
ii. Sumuran 2-5 : kode isolat Sehat1, Sehat2, Kuning1 dan Kuning2, memiliki
panjang nukleotida lebih dari 10000 bp karena terlihat bahwa garis putih pada
sumuran kedua hingga sumuran kelima lebih tinggi dibandingkan marker di
sebelah kirinya (>10000 bp) dan sebelah kanannya (>3000 bp).
iii. Sumuran 6 : Pada sisi paling kanan (sumuran ke enam) disebut marker, marker
pada sisi paling kanan (sumuran 6) memiliki nilai maksimal (tertinggi) yaitu
3000 bp dan nilai terendah (paling bawah) yaitu 100 bp. Sama halnya dengan
sumuran 1, marker ini menggunakan DNA Ledder sebagai penanda/pengukur.

VII. KESIMPULAN
Berdasarkan studi praktikum online (kajian video elektroforesis), dapat disimpulkan
bahwa :
1. Tahapan isolasi dna tumbuhan terdiri atas preparasi sampel, lisis (ekstraksi),
DNA Binding, presipitasi DNA, pencucian (purifikasi), dan elusi DNA.
2. Berdasarkan hasil analisis uji kualitas dna menggunakan elektroforesis,
didapatkan bahwa isolat sehat1, sehat2, kuning1, dan kuning2 memiliki panjang
nukleotida yang lebih panjang dari 10000 bp (berdasarkan marker pada sumuran
1) atau lebih dari 3000 bp (berdasarkan marker pada sumuran 6).

VIII. DAFTAR PUSTAKA


Brown, T.A., 1991. Pengantar Kloning Gena. Yogyakarta. Yayasan Essensia Edica
Holt JG, Krieg NR, Sneath PHA, Staley JT , William ST (1994). Bergey’s manual of
determinative bacteriology, edition 9th. The William & Wilkim Co. Inc. USA
Marnila.L. 2016. Isolat dan Karakteristik Mikroba Isolat Bakteri Asam Laktet (BAL)
Asal Saluran Pencernaan DOC Broiler.Skripsi.Jurusan Ilmu Peternakan
Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Alauddian Makassar
Reddy G, Altaf MD, Naveena BJ, Venkateshwar M, and Kumar EV. 2008.
Amylolytic bacterial lactic acid fermentation, a review. Biotechnology
Advances 26: 22–34
Rustan, R.I. 2013. Studi Isolasi dan Identifikasi Bakteri Asam Laktat dari Fermentasi
Cabai Rawit (Capsicum frutencens L.).Skripsi. Program Studi Teknologi Hasil
Ternak Jurusan Produk Ternak Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin
Makassar
https://biologi.uin-malang.ac.id/wp-content/uploads/2020/07/PRAKTIKUM
TABM.pdf // diakses 7 April 2021 Pukul 10.21 WIB
http://vlm.ub.ac.id/pluginfile.php/43984/mod_resource/content/1/3.%20REPLIKAS
%20DNA%20DAN%20OKAZAKI%20FRAGMENT.pdf // diakses 7 April
2021 Pukul 13. 51 WIB
http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id/files/2012/08/Praktikum-TABM-S1-Biologi-MIPA
UB.pdf // diakses 7 April 2021 Pukul 14.22 WIB
http://research.unissula.ac.id/file/publikasi/210109143/2795Buku_petunjuk_praktik
m_instrumentasi.pdf // diakses 7 April 2021 Pukul 14.41 WIB
https://publikasiilmiah.ums.ac.id/bitstream/handle/11617/7565/14%20-%20Agung.p
f?sequence=1&isAllowed=y // diakses 7 April 2021 Pukul 15.11 WIB
https://simdos.unud.ac.id/uploads/file_pendidikan_dir/f5b44ea268d188279a58b60bf
2f7362.pdf // diakses 7 April 2021 Pukul 16.21 WIB
https://media.neliti.com/media/publications/150849-ID-none.pdf // diakses 7 April
2021 Pukul 16.33 WIB
https://jurnal.unimus.ac.id/index.php/psn12012010/article/viewFile/4249/3940 //
diakses 7 April 2021 Pukul 19.24 WIB

Anda mungkin juga menyukai