Anda di halaman 1dari 10

BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Tubuh manusia tersusun atas berbagai macam senyawa organik salah satunyaadalah
apa yang kita kenal sebagai Asam Nukleat. Asam Nukleat terdapat didalaminti sel, hal ini
mengindikasikan pentingnya Asam Nukleat dalam menopang seluruhproses kehidupan dalam
tubuh. Dalam kenyataannya, memang kode genetik yangtesimpan dalam rantaian DNA
digunakan untuk membuat protein, kapan, dimana danseberapa banyak.
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranansangat
penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasigenetik. Asam
nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun darisejumlah molekul
nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyaistruktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basanukleotida (basa N). FriedrichMiescher
(1844-1895) adalah orang yang mengawalipengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada
tahun 1868, dilaboratoriumHoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada
nanah bekas pembalut luka,kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan
dengan cara ini diperolehinti sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Dengan
menambahkan enzimpemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan cara
ekstraksi terhadapinti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam
asam. Kemudian zat ini dinamakan"nuclein"sekarangdikenal dengannamanucleoprotein.
Selanjutnya dibukti kan bahwa asam nukleat merupakan salah satusenyawa pembentuk sel
dan jaringan normal. Oleh karena itu maka penulis sangattertarik untuk menelaah leb ih
mendalam apa sebenarnya Asam Nukleat yangmerupakan suatu bagian penting dari mahkluk
hidup.

1.2 Rumusan Masalah


Berdasarkan latar belakang diatas. Maka penulis dapat merumuskan beberapamasalah
yang akan dibahas selanjutnya. Adapun rumusan masalah tersebut adalah:
1. Apa pengertian Asam Nukleat ?
2. Bagaimana struktur Kimia Asam Nukleat?
3. Apa yang dimaksud Nukleosida dan nukleotida ?
4. Apa yang dimaksud Ikatan fosfodiester ?
5. Bagaimana Sekuens asam nukleat ?
6. Bagaimana Struktur tangga berpilin (doublehelix) DNA danModifikasistruktur
molekul RNA?
7. Apa saja Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat ?
1.3 Tujuan
Sejalan dengan latar belakang dan rumusan masalah diatas, adapun tujuan yangingin
dicapai adalah sebagai berikut.
a) Untuk mengetahui pengertian Asam Nukleat
b) Untuk mengetahui bagaimana struktur kimia Asam Nukleat.
c) Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan Nukleosida dannukleotida.
d) Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan Ikatanfosfodiester.
e) Untuk mengetahui bagaimana sekuens dari Asam Nukleat.
f) Untuk mengetahui bagaimana Struktur tangga berpilin (doublehelix) DNAdan
Modifikasi struktur molekul RNA
g) Untuk mengetahui apa saja sifat-sifat kimia dari Asam Nukleat.
BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Asam Nukleat
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranansangat
penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasigenetik. Asam
nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun darisejumlah molekul
nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyaistruktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (bas a N). Beberapa fungsi
penting asam nukleat adalah menyimpan,menstransmisi, dan mentranslasi informasi genetik;
metabolisme antara(intermediarymetaholism) dan reaksi-reaksi informasi energi: koenzim
pembawa energi; koenzim pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul
lainnya; koenzimreaksi oksidasi reduksi.
2.2 Struktur Kimia Asam Nukleat
Ada dua nukleat, yaitudeoksiribonukleatmacamasam-asamataudeoxyribomucleicacid
(DNA) dan asam ribonuk le at atau ribonucleicacid (RNA)Dilihat dari strukturnya, perbedaan
di antara kedua macam asam nukleat ini terutamaterletak pada komponen gula pentosanya.
Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa,sedangkan pada DNA gula pentosanya meng a lami
kehilangan satu atom O padaposisi C nomor 2' sehingga dinamakan gula 2'-deoksiribosa
(Gambar 2.1.b)
Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. BasaN,
baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromaticheterosiklik
(mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan,yaitu purin dan
pirimidin. Bas a purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik)kalah Asam Nukleatsedangkan
basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, danjuga RNA, purin
terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidinada perbedaan antara
DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atassitosin (C) dan timin (T), pada
RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapaturasil (U). Timin berbeda dengan urasil
hanya karena adanya gugus metil pada posisinomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan
sebagai 5-metilurasil .
Gambar 2.1 komponen-komponen asam nukleat
a) Gula fosfat
b) Gula pentosa
c) Basa N
Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N lahyang
memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens)basa N pada
suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain,
identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutanbasa N-nya sehingga secara
skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asamnukleat hanya dengan menuliskan
urutan basanya saja.

2.3 Nukleosida dan Nukleotida


Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen(1, 2,
dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisipada cincin basa.
Posisi I' pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basapurin atau posisi 1 (N-1)
pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik disinggung bahwa asam nukleat
tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida, yang masingmasing terdiri atas sebuah
gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuahbasa N. Dengan demikian, setiap nukleotida
pada asam nukleat dapat dilihat sebagainukleosida mono fosfat. Namun, pengertian
nukleotida secara umum sebenarnyaadalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat.
Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan
nukleosida dengan tiga gugus fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka
nukleosidanyadapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula,
nukleotidanya akanada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guano sinmonofosfat,
sitidinmonofosfat, dan uridin mono fosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah
deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2'-deoksiribo )nukleos i danya terdiriatas
deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimidin

2.4 Ikatan fosfodiester


Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, padaasam
nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkanantara gugus
hidroksil (OH) pada posisi 5' gula pentosa dan gugus hidroksil padaposisi 3' gula pentosa
nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiesterkarena secara kimia gugus
fosfat berada dalam bentuk diester
Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida
dengangula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus menghubungkan
keduanukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian, akan terbentuk suatu rantai
polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh ikatan
fosfodiester. Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom dan plasmid
bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu ujungnya berupa gugus fosfat
yang terikat pada posisi 5' gula pentosa. Oleh karena itu, ujungini dinamakan ujung P atau
ujung 5'. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yangterikat pada posisi 3' gula pentosa
sehingga ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung3'. Adanya ujung-ujung tersebut
menjadikan rantai polinukleotidalinier mempunyaiarah tertentu. Pada pH netral adanya gugus
fosfat akan menyebabkan asam nukleatbermuatan negatif. Inilah alasan pemberian
nama'asam' kepada molekulpolinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa
N. Kenyataannya,asam nukleat memang merupakan anion asam kuat ataumerupakan polimer
yangsangat bermuatan negatif.
2.5 Sekuens asam nukleat
Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas
suatumolekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu molekul
asamnukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja. Selanjutnya,
dalampenulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan ujung 5' di sebelah
kiri atau ujung 3' di sebelah kanan. Sebagai contoh, suatu sekuens DNA dapatdituliskan 5-
ATGA CCTGAAAC-3' atau suatu sekuens RNA ditulis kan 5'-GGUCUGAAUG-3. Jadi,
spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan olehsekuens basanya, juga harus dilihat dari
arah pembacaannya. Dua asam nukleat yangmemiliki sekenes sama tidak berarti keduanya
sama jika pembacaan sekuens tersebutdilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5'3',
sedangkan yang lain 3'5')

2.1 Struktur tangga berpilin (doublehelix) DNA dan Modifikasi struktur


molekul RNA
Dua orang ilmuwan, J.D.Watson dan F.H .C.Crick, mengajukan model
strukturmolekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan
dasardalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA.
Model tersebut dikenal sebagai tangga berplilin (doublehelix . Secara alami DNA pada
umumnya mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini.
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua
rantaipolinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke
kanan.Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu
pilinan,sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan
yangsangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal ini, basa
Makalah Asam NukleatA pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai
lainnya, sedangkanbasa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini
dihubungkan olehikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh
ikatanhydrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan
hidrogenrangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai
polinukleotidaterikat satu sama lain dan saling komplementer. Artinya, begausekuens basa
padasalah satu rantai diketahui, maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan.19
Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka jarakantara
kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap.Dengan perkataan
lain, kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai yang satudibaca dari arah 5' ke 3',
maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3' ke 5. Jadi,kedua rantai tersebut sejajar tetapi
berlawanan arah (antiparalel)

Jarak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0,34 nm. Sementara itu,
didalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga jarak antara dua basayang
tegak lurus di dalam masing-mas ing rantai menjadi 3,4 nm. Namun, kondisisemacam ini
hanya dijumpai apabila DNA berada dalam medium larutan fisiologisdengan kadar garam
rendah seperti halnya yang terdapat di dalam protoplasma selhidup. DNA semacam ini
dikatakan berada dalam bentuk B atu bentuk yang sesuaidengan model asli Watson-Crick.
Bentuk yang lain, misa Inya bentuk A. Akan dijumpai jika DNA berada dalam medium
dengan kadar garam tinggi. Pada bentuk Aterdapat 11 pasangan basa dalam setiap putaran
spiral. Selain itu, ada pula bentuk Z,yaitu bentuk molekul DNA yang mempunyai arah pilinan
spiral ke kiri. Bermacam-macam bentuk DNA ini sifatnya fleksibel, artinya dapat berubah
dari yang satu keyang lain bergantung kepada kondisi lingkungannya.
Tidak seperti DNA, molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal sehinggatidak
memiliki struktur tangpa berpilin. Namun, modifikasi struktur juga terjadi akibatterbentuknya
ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendini (intramolekuler)Dengan adanya modifikasi
struktur molekul RNA, kita mengenal tiga macam RNAyaitu RNA duta atau messenger RNA
(mRNA), RNA pemindah atau transfer RNA(tRNA), dan RNA ribosomal (rRNA). Struktur
mRNA dikatakan sebagai strukturprimer, sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan
sebagai struktur sekunderPerbedaan di antara ketiga struktur molekul RNA tersebut berkaitan
denganperbedaan fungsinya masing-masing Makalah Asam Nukleat

2.7 Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat


Beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat:
a. Stabilitas Asam Nukleat
Ketika kita melihat struktur tangga berpilinmolexul DNA atau punstruktursekunder RNA,
sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadistabil akibatadanya ikatan hidrogen di
antara basa-basa yang berpasangan.Padahal, sebenarnyatidaklah demikian. Ikatan hidrogen di
antara pasangan-pasangan basa hanya akan samakuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa
danmolekul air apabila DNA berada dalambentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogenjelas
tidak berpengaruh terhadap stabilitasstruktur asam nukleat, tetapi sekedarmenentukan
spesifitas perpasangan basa.Penentu stabilitas struktur asam nukleatterletak pada interaksi
pen empatan(s tackinginteractions) antara pasangan- pasangan basa. Permukaan basa yang
bersifathidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan
basa sehingga perpasangantersebut menjadi kuat.
b. Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HCIO4 dengan suhu lebih dari100°C,
asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen 21komponennya.
Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatanglikosidik antara gula dan basa
purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik.
c. Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya
perubahanbstatustautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan ph akan
menyebabkanbperubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena
molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan X
terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami
denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH
Get netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan
DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.
d. Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleatpada pH
netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) danformamid (COHNH2). Pada
konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawatersebut dapat merusak ikatan hidrogen.
Artinya, stabilitas struktur sekunder asamnukleat menjadi berkurang dan rantai ganda
mengalami denaturasi.
e. Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggikarena
diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapaibeberapa sentimeter.
Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang.Selain itu, DNA merupakan
molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akanmempunyai viskositas yang tinggi.
Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadisangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini
menimbulkan masalah tersendiriutuh.ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.
f. Kerapatan Apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan
apung(bouyantdensity) - nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat denganberat
22 molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CSCI) 8M, DNA mempunyaikerapatan yang
sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7g/em3. Jika larutanini disentrifugasi dengan
kecepatan yang sangat tinggi, maka garam CsCI yangpekat akan bermigrasi ke dasar tabung
dengan membentuk gradien kerapatan.Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju
posisi gradien yang sesuaidengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi
seimbang dalamtingkat kerapatan (equilibriumdensitygradientcentrifugation) atau
sentrifugasiisopiknik.Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada
di dasartabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari
RNAmaupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk keperluananalisis
DNA karena kerapatan apung DNA (p) merupakan fungsi linier bagikandungan GC-nya.
Dalam hal ini, p =1,66+ 0,098% (G + C).
ВАВ Ш
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranansangat
penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasigenetik. Asam
nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun darisejumlah molekul
nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai strukturyang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basaN).
Adaduaasamnukleat, yaitu asam deoksiribonukleatataumacamdeoxyribonucleicacid
(DNA) dan asam ribonuk le at atau ribonucleicacid (RNA).Dilihat dari strukturnya,
perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutamaterletak pada komponen gula
pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa,sedangkan pada DNA gula pentosanya
mengalami kehilangan satu atom O pada posisiC nomor 2' sehingga dinamakan gula 2'-deoks
iribosa.
Nukleosida adalah kompleks gula-basa pada basa pirimidin melalui ikatanglikosidik
atau glikosilik. Sedangkan Nukleotida secara umum sebenamya adalahnukleosida dengan
sebuah atau lebih gugus fosfat.
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, padaasam
nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan antara gugus
hidroksil (OH) pada posisi 5' gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi3' gula pentosa
nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karenasecara kimia gugus
fosfat berada dalam bentuk diester
Sekuens asam nukleat atau pengurutan asam nukleat adalah proses penentuanurutan
nukleotida pada suatu fragmen DNA atau RNA. Sebagai contoh, suatu sekuensDNA dapat
dituliskan 5-ATGACCTGAAAC-3' atau suatu sekuens RNA dituliskan 5*GGUCUGAAUG-
3". Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan olehsekuens basanya, juga harus
dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yangmemiliki sekuens sama tidak berarti
keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebutdilakukan dari arah yang berlawanan (yang
satu 5' 3', sedangkan yang lain 3' 5)
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua
rantaipolinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke
kanan.Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu
pilinan,sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang
sangat khas sebagai pasangan pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal ini, basaA pada
satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya, sedangkan basaG
berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatanhidrogen
yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hydrogenrangkap dua,
sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga.Adanya ikatan
hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satusama lain dan saling
komplementer.
Asam Nukleat memiliki sifat fisika dan kimia antara lain Stabilitas asam
nukleat,Pengaruh Asam, Pengaruh Alkali, Denaturasi kimia, Viskositas dan kerapatan
Apung.
3.2 Saran
Adapun saran yang dapat penulis sampaikan adalah agar pembaca
dapatmenambahkan pengetahuan mengenai Asam Nukleat dari literatur-literatur yang sangat
khas sebagai pasangan pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal ini, basa A pada satu
rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya, sedangkan basa G berpasangan
dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah
(nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hydrogen rangkap dua, sedangkan basa
G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga.
Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu
sama lain dan saling komplementer. Asam Nukleat memiliki sifat fisika dan kimia antara lain
Stabilitas asam nukleat, Pengaruh Asam, Pengaruh Alkali, Denaturasi kimia, Viskositas dan
kerapatan Apung.