Hydrolysis Hidrolisis

This is the breaking of bonds by the addition of water. Ini adalah terputusnya ikatan dengan
penambahan air. The DNA double helix can be broken by either of two methods, chemical or
enzymatic hydrolysis. Helix ganda DNA bisa dipatahkan oleh salah satu dari dua metode, kimia
atau hidrolisis enzimatik.

Chemical Hydrolysis Kimia Hidrolisis

DNA is stable to bases (alkaline hydrolysis). DNA stabil untuk basis (hidrolisis basa). This is
one of the features which distinguish DNA from RNA (RNA is not stable under alkaline
conditions). Ini adalah salah satu fitur yang membedakan DNA dari RNA (RNA tidak stabil di
bawah kondisi alkali).

Strong acids at a high temperature (eg 6M HCl at 110 o C for 18 hours), are capable of breaking
the DNA molecule into its components. asam kuat pada suhu tinggi (misalnya HCl 6M pada 110
o
C selama 18 jam), mampu memecahkan molekul DNA ke dalam komponen-komponennya.
These conditions break both of the phosphate ester bonds and also the N-glycosidic bond
between the deoxyribose and the purines and pyrimidine bases. Kondisi ini mematahkan kedua
obligasi ester fosfat dan juga ikatan N-glikosidik antara deoksiribosa dan basa purin dan
pirimidin. The products of this mixture are the 4 bases, phosphoric acid, and deoxyribose which
then polymerises to produce a brown sticky tar. Produk dari campuran ini adalah 4 dasar, asam
fosfat, dan deoksiribosa yang kemudian polymerises untuk menghasilkan tar lengket coklat.

The bases resulting from acid hydrolysis can be separated by paper chromatography, and then
quantified. Dasar yang dihasilkan dari hidrolisis asam dapat dipisahkan dengan kromatografi
kertas, kemudian diukur. This means the percentage composition of the bases in the DNA strand
can be calculated. Ini berarti persentase komposisi dasar dalam untai DNA dapat dihitung.

Enzymatic Hydrolysis Hidrolisis enzimatik

This is performed by enzymes called "nucleases". Hal ini dilakukan oleh enzim yang disebut
"nucleases". Some of these enzymes can carry out similar reactions on RNA. Beberapa enzim
dapat melakukan reaksi yang sama pada RNA.

EXONUCLEASES EXONUCLEASES
These proteins cleave nucleotides from the ends of the DNA molecule. Protein ini bersatu
nukleotida dari ujung-ujung molekul DNA. There are 5' exonucleases (cleave the DNA from the
5'-end of the DNA chain) and 3' exonucleases (cleave the DNA from the 3'-end of the chain).
Ada 'exonucleases (memotong DNA dari ujung 5'-dari rantai DNA) dan 3' 5 exonucleases
(memotong DNA dari ujung 3'-dari rantai).

Different exonucleases can hydrolyse single-strand or double strand DNA. exonucleases berbeda
dapat menghidrolisis DNA untai-untai tunggal atau ganda. (Remember the exonuclease activities
of DNA polymerase.) (Ingat kegiatan exonuclease dari DNA polimerase.)

ENDONUCLEASES Endonuklease
The endonucleases have the capablity to cleave the bonds within a DNA strand. Para
endonuklease memiliki capablity memotong obligasi dalam untai DNA. Endonucleases may also
be specific for either DS-DNA or SS-DNA. Endonuklease mungkin juga spesifik untuk baik DS-
DNA atau SS-DNA. Endonuleases can either cleave randomly within the DNA or can cleave at
specific sequences. Endonuleases bisa memotong secara acak dalam DNA atau dapat memotong
pada urutan tertentu. Endonucleases which cleave double strand DNA at random often make
interactions with the backbone of DNA. Endonuklease yang memotong DNA untai ganda secara
acak sering membuat interaksi dengan tulang punggung DNA. This can be seen in the close
proximity of certain amino acids (polar amino acids) around the DNA in the following image.
Hal ini dapat dilihat pada dekat asam amino tertentu (asam amino polar) sekitar DNA dalam
gambar berikut. . . This image is of a deoxyribonuclease called DNAaseI which cleaves bonds in
double strand DNA more or less at random. Gambar ini adalah sebuah deoxyribonuclease
disebut DNAaseI yang memotong obligasi dalam DNA untai ganda kurang lebih secara acak.
The products of the reaction with DNA are oligo/polynucleotides. Produk-produk dari reaksi
dengan DNA oligo / polynucleotides.

The interaction of the polar amino acid side chains (green) with the backbone groups of the DNA
can be seen more clearly if the rotation function is started. Interaksi antara rantai samping asam
amino polar (hijau) dengan kelompok tulang punggung DNA bisa dilihat lebih jelas jika fungsi
rotasi dimulai. The phosphorous atoms of the DNA backbone are the gold spheres. Atom fosfor
tulang punggung DNA bola emas.

Restriction Endonucleases Pembatasan endonuklease

These are endonucleases which recognise specific sequences within double-strand DNA and
cleave both strands either within or close to the recognition sequence. Ini adalah endonuklease
yang mengakui sekuens tertentu dalam DNA untai ganda dan memotong kedua untai baik di
dalam atau dekat dengan urutan pengakuan. You will hear a lot more about them in later sections
of the course when the topic of recombinant DNA manipulations is covered. Anda akan
mendengar lebih banyak tentang mereka dalam bagian berikutnya tentu saja ketika topik
manipulasi DNA rekombinan ditutupi.

For instance, EcoRV Misalnya, EcoRV (A restriction endonuclease found in E.coli ) recognises
the sequence below, and cleaves at the arrows... (A endonuklease pembatasan ditemukan pada
E.coli) mengakui urutan bawah, dan memotong di panah ...
The image in the frame to the left shows the backbone of the enzyme protein in blue. Gambar
dalam rangka sebelah kiri menunjukkan tulang punggung protein enzim dengan warna biru. The
enzyme actually is a dimer of two identical subunits which are both shown in the image. Enzim
sebenarnya adalah sebuah dimer dari dua subunit identik yang keduanya ditunjukkan pada
gambar. The DNA substrate bound to the enzyme contains the sequence of base pairs recognised
by EcoRV. DNA substrat terikat enzim berisi urutan pasangan basa diakui oleh EcoRV. The
enzyme is thought to bind initially in a non sequence-specific manner to the DNA by interactions
with the deoxyribose-phosphate backbone and move along the double helix until it reaches a
target site. Enzim diperkirakan untuk mengikat awalnya secara urutan khusus non DNA akibat
interaksi dengan tulang punggung deoksiribosa-fosfat dan bergerak sepanjang helix ganda
hingga mencapai situs target.

When this occurs some of the amino acid side chains of the protein which are close to the DNA
make specific contacts with the sides of the base-pairs in the major and minor grooves of the
DNA. Ketika ini terjadi beberapa rantai samping asam amino dari protein yang dekat dengan
DNA membuat kontak spesifik dengan sisi pasangan basa-dalam alur major dan minor dari
DNA. These are shown in green in the image. Ini ditampilkan dalam warna hijau pada gambar. If
the "rotation" function is turned on then the way in which these side chains interact in the
grooves of the DNA can be seen. Jika "rotasi" fungsi diaktifkan maka cara ini rantai samping
berinteraksi dalam alur DNA dapat dilihat. (The backbone of the DNA strands is marked by the
yellow phosphorous atoms.) (Tulang punggung dari untaian DNA ditandai dengan atom fosfor
kuning.)

As the molecule rotates you can see that there are some side chains which are close to the
backbone atoms. Sebagai molekul berputar Anda dapat melihat bahwa ada rantai samping
beberapa yang dekat dengan atom backbone. These are the groups responsible for the non-
specific interactions by which the enzyme initially interacts with the DNA. Ini adalah kelompok
bertanggung jawab atas interaksi non-spesifik oleh yang enzim awalnya berinteraksi dengan
DNA.

The Supercoil The supercoil

Some DNA molecules are circular,with the two strands being covalently closed circles in the
double helix, for instance: Beberapa molekul DNA adalah lingkaran, dengan dua untai yang
lingkaran kovalen ditutup pada heliks ganda, misalnya:

Most bacterial and many eukaryotic viruses. Paling banyak bakteri dan virus
eukariotik.
Chromosomal DNA of most prokaryotes. Kromosom DNA prokariota paling.
 Organelle (mitochondria & chloroplast) DNA of eukaryotes. Organel
(mitokondria dan kloroplas) DNA eukariota.

Relaxed DNA has 10 base pairs per turn of the helix (see previous tutorial if you are unsure).
Santai DNA memiliki pasangan basa 10 per pergantian helix (lihat tutorial sebelumnya jika Anda
tidak yakin). If the DNA helix is wound tighter/looser, it has more/less base pairs per turn. Jika
heliks DNA luka ketat / longgar, telah lebih / kurang pasang basa per giliran. This induces some
strain on the molecule, which can be relieved by partial separation of the strands or by the helix
twisting around itself in a supercoil. Hal ini menyebabkan beberapa ketegangan pada molekul,
yang dapat dikurangi dengan pemisahan parsial dari untaian atau oleh memutar heliks sekitar
dirinya dalam sebuah supercoil.

The native state of DNA is negatively supercoiled (unwound, with fewer turns than expected for
the number of base pairs). Keadaan asli DNA negatif superkoil (dibatalkan, dengan ternyata
lebih sedikit dari yang diharapkan untuk jumlah pasangan basa). Positively supercoiled DNA is
overwound with more turns than expected for the number of base pairs. DNA positif superkoil
adalah overwound dengan berubah lebih dari yang diharapkan untuk jumlah pasangan basa. The
phenomenon of supercoiling also applies to eukaryotic chromosomes. Fenomena supercoiling
juga berlaku untuk kromosom eukariotik. Although the DNA in eukaryotic chromosomes is
linear it is fixed to a protein matrix every so often, resulting in DNA loops where the ends of the
DNA is fixed and not free to rotate. Meskipun DNA dalam kromosom eukariotik linear itu
adalah tetap dengan protein setiap matriks begitu sering, menghasilkan DNA loop dimana ujung
DNA adalah tetap dan tidak bebas untuk memutar. This allows the DNA to be supercoiled, even
though it is linear. Hal ini memungkinkan DNA yang akan superkoil, meskipun linier.

So now you know something about the interactions which maintain the DNA in the
double helix and how these interactions may be broken by relatively small changes in
the environment of the DNA. Jadi sekarang Anda tahu sesuatu tentang interaksi yang
mempertahankan DNA dalam double helix dan bagaimana interaksi ini mungkin rusak
oleh perubahan yang relatif kecil di lingkungan DNA. Breaking the primary structure of
DNA requires quite severe chemical conditions but can be accomplished in vivo quite
readily by enzymes. Melanggar struktur utama DNA memerlukan kimia kondisi parah
cukup tetapi dapat dicapai dalam vivo cukup mudah oleh enzim.

Move on to find out how some proteins which bind to DNA can bring about separation of the
two strands to allow access to the genetic code for DNA replication and for expression of the
genes. Pindah ke mengetahui bagaimana beberapa protein yang mengikat DNA dapat membawa
pemisahan dari dua alur untuk memungkinkan akses ke kode genetik untuk replikasi DNA dan
ekspresi gen. Pust the NEXT button, or refresh your memory of the helix structure by pressing
BACK if you feel you need to revisit this. Pust tombol NEXT, atau menyegarkan ingatan Anda
dari struktur heliks dengan menekan KEMBALI jika Anda merasa Anda perlu untuk
mengunjungi ini.