Asam Nukleat
Asam Nukleat
PENDAHULUAN
1.2 Tujuan
Menjelaskan tentang struktur dasar, jenis, dan peranan asam nukleat, struktur,
dan replikasi DNA pada sel prokaryotik dan eukaryotic, serta menjelaskan struktur,
jenis dan fungsi RNA.
1
2
BAB II
PEMBAHASAN
a. Struktur Primer
Struktur utama asam nukleat adalah urutan linear nukleotida, yang
dihubungkan satu sama lain dengan sambungan fosfodiester. Nukleotida terdiri dari
tiga komponen - dasar nitrogen, gula 5-karbon dan gugus fosfat.
Basa nitrogen yang purin (adenin, guanin) dan pirimidin {sitosin, timin
(hadir dalam DNA saja), urasil (hadir dalam RNA saja)}. Gula 5 karbon adalah
deoksiribosa untuk DNA dan dan gula ribosa pada RNA. Dasar purin, membentuk
ikatan glikosidik antara mereka nitrogen dan 9 '9 - OH kelompok molekul gula.
Dasar pirimidin, mereka membentuk ikatan glikosidik antara 1 'nitrogen dan 9' OH
dari deoksiribosa tersebut. Dalam kedua purin dan pirimidin basis kelompok fosfat
membentuk ikatan dengan molekul gula antara satu kelompok oksigen bermuatan
negatif dan 5 'OH dari gula. Nukleotida membentuk hubungan fosfodiester antara 5
'dan 3' atom karbon, ini membentuk asam nukleat. Urutan nukleotida saling
melengkapi satu sama lain.
Contoh komplementer urutan AGCT adalah TCGA.
4
b. Struktur sekunder
Struktur sekunder adalah interaksi antara dasar. Struktur ini menunjukkan
bagian mana helai terikat satu sama lain. Dua untai DNA dalam double helix DNA
terikat satu sama lain dengan batas hidrogen. Nukleotida pada satu untai pasangan
basa dengan nukleotida untai lainnya. Struktur sekunder DNA didominasi pasangan
dasar dua helai polinukleotida membentuk heliks ganda.
c. Struktur tersier
Struktur tersier adalah bentuk tiga dimensi di mana seluruh rantai dilipat.
Tersier pengaturan struktur berbeda dalam empat bentuk struktural:
Kiri atau kanan wenangan.
Panjang pergantian heliks.
Jumlah pasangan basa per giliran.
Perbedaan ukuran antara utama dan alur kecil.
d. Struktur Kuarter
Struktur Kuarter adalah tingkat yang lebih tinggi dari organisasi asam
nukleat. Struktur ini mengacu pada interaksi asam nukleat dengan molekul lain.
Organisasi paling sering terlihat adalah bentuk kromatin yang menunjukkan
interaksi dengan protein histon kecil.
penyusun asam nukleat adalah adenine atau 6-aminopurina dan guanine atau 2-
amino-6-oksipurina.
c. Pirimidina dan turun-turunannya
Pirimidina atau pirimidin termasuk senyawa heterosiklik sederhana lingkar
6, dengan 2 atom nitrogen sebagai heteroatomnya. Turunan-turunan pirimidina yang
meupakan penyusun asam nukleat adalah sitosin atau 2-oksi-4-aminopirimidina
yang disingkat C, timin atau 2, 4-dioksi-5-metilpirimidina yang disingkat T dan
urasil atau 2, 4-dioksipirimidina yang disingkat U.
d. Pentosa atau Gula Penyusun
Pentose yang menyusun asam nukleotida adalah ribose dan 2-deoksiribosa.
Dalam struktur kimia asam nukleat, kedua pentose tersebut terdapat dalam bentuk
lingkar furanosa. Ribose merupakan penyusun RNA dan 2-deoksiribosa merupakan
penyusun DNA.
e. Fosfat Penyusun
Fosfat penyusun asam nukleat adalah asam fosfat atau asam ortofosfat.
Fosfat ini berupa kristal berbentuk orto-rombik, tak stabil dan melebur pada suhu
42,350C. Fosfat ini tergolong asam lemah atau sedang dan bervalensi tiga jenis
garam natrium. Garam natrium tersebut dapat terbentuk pada suhu kamar yaitu,
Natrium fosfat Na3PO4, Natrium hidrogen fosfat Na2HPO4, dan Natrium dihidrogen
fosfat NaH2PO4.
Gambar 3. Pseudouridin
Tabel 1. Nama Trivial dari Nukleosida
Basa Ribonukleosida Deksiribonukleosida
Adenin Adenosin Deoksiadenosin
Guanin Guanosin Deoksiguanosin
Urasil Uridin Deoksiuridin
Sitosin Sitidin Deoksistidin
Timin Ribotimidin Deoksitimidin/ timidin
2.5 Nukleotida
Merupakan ester fosfat (asam fosforik) dari nukleosida. Terdapat beberapa kelas
nukleotida karena ester fosfat dapat berada pada karbon 2’-, 3’- atau 5’- dari suatu
ribonukelotida atau pada karbon 3’- atau 5’- dari suatu deoksiribonukleotida.
Nukleotida yang terdapat secara alamiah lazimnya merupakan 5’- monofosfat.
Derivat di- dan tri- fosfat dari monofosfonukleosida juga terdapat secara
alamiah. Nukelosida trifosfat merupakan substrat untuk sintesis asam nukleat dan
trifosfat dari ribonukleosida (ATP, GTP, CTP, dan UTP) menyediakan energi yang
diperlukan untuk banyak reaksi biokimiawi. Adenosin 5’-mono, di- dan trifosfat
merupakan kelompok biomolekul yang secara kritis penting, karena peranan kunci
yang dimilikinya dalam pelestarian dan pemanfaatan energi kimiawi dalam semua
sistem biologis.
2.6 Polinukleotida
2.8 DNA
2.8.1 Pengertian DNA
DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN)
merupakan tempat penyimpanan informasi genetik. Pada tahun 1953, Frances Crick
dan James Watson menemukan model molekul DNA sebagai suatu struktur heliks
beruntai ganda, atau yang lebih dikenal dengan heliks ganda Watson-Crick. DNA
merupakan makromolekul polinukleotida yang tersusun atas polimer nukleotida
yang berulang-ulang, tersusun rangkap, membentuk DNA haliks ganda dan berpilin
ke kanan.
Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada
rantai lainnya, sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan
basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T
dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C
dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen tersebut
menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling
komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui, maka
sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan.
11
Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka
jarak antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu
tetap. Dengan perkataan lain, kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai
yang satu dibaca dari arah 5’ ke 3’, maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3’ ke
5’. Jadi, kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel).
Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi,
yang memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator
DnaA. Mereka mengikat molekul DNA di tempat asal, sehingga mengendur untuk
docking protein lain dan enzim penting untuk replikasi DNA. Sebuah enzim yang
disebut helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses penguraian) heliks
dalam alur tunggal.
Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang
tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu
replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk
ketika DNA bereplikasi). Setelah heliks yang unwound, protein yang disebut untai
tunggal mengikat protein (SSB) mengikat daerah unwound, dan mencegah mereka
untuk annealing (penempelan). Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu
replikasi dilanjutkan dalam dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.
14
b. Sintesis Primer
Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain
replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan
rekombinasi.
Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara
independen, dan membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan
nukleotida komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase
yang merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan
pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri
dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang
diperlukan untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada
kedua untai, DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA
baru.
Unwinding DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti spiral
yang mengganggu) di wilayah berikut garpu. Ini superkoil DNA Unwinding oleh
enzim khusus yang disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA depan
garpu replikasi. Ini menciptakan nick di untai DNA dalam rangka untuk
meringankan supercoil tersebut.
15
c. Sintesis leading strand
Gambar 12.
Menghilangkan Primer RNA
f. Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah
atau nick antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan
segel nick tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3′
gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.
g. Pemutusan
18
Replikasi mesin ini menghentikan di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari
urutan nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang
disebut tus yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur
helikase. Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh bersama dengan terdekat
untai tunggal protein pengikat.
Salah satu jenis asam ribonukleat (RNA) merupakan bagian dari struktur ribosom,
sedangkan dua jenis RNA hanya hadir dalam sel ketika mereka sedang digunakan
untuk membuat protein baru.
Dalam transkripsi, enzim yang disebut RNA polimerase menggunakan gen
dalam DNA sebagai template untuk membuat untai RNA (mRNA). RNA polimerase
pada dasarnya membuka ritsleting bagian dari DNA yang akan disalin. Kemudian
polimerase membaca molekul dasar DNA dan menciptakan untai mRNA
menggunakan molekul basa komplementer.
Translasi terjadi di ribosom sel, di mana ribosom RNA (rRNA) berada. Sel
menggunakan mRNA dan RNA transfer (tRNA) untuk membuat asam amino, yang
kemudian digunakan untuk membentuk protein. Ada 20 asam amino esensial, yang
masing-masing diwakili oleh bagian 3-basa mRNA disebut kodon. Helai tRNA
spesifik ada untuk sesuai dengan masing-masing kodon, dan setiap segmen tRNA
membawa asam amino.
Sebuah ribosom, yang terdiri dari rRNA dan protein, menempel pada sebuah
untai mRNA. Segmen dari tRNA yang sesuai dengan masing-masing kodon pada
mRNA untai juga melampirkan untuk itu. Seperti ikatan tRNA dengan mRNA, asam
amino yang dibawa oleh tRNA mengikat satu sama lain untuk mulai membentuk
rantai asam amino baru.
2.9 RNA
2.9.1 Pengertian RNA
RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan makromolekul
yang berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik. RNA sebagai
penyimpan informasi genetik misalnya pada materi genetik virus, terutama
golongan retrovirus. RNA sebagai penyalur informasi genetik misalnya pada proses
translasi untuk sintesis protein. RNA juga dapat berfungsi sebagai enzim ( ribozim )
yang dapat mengkalis formasi RNA-nya sendiri atau molekul RNA lain. RNA
merupakan rantai tunggal polinukleotida.
20
Gambar
15. Struktur DNA dan RNA
pertama, sebuah segmen kecil dari DNA tiruan dan kedua, RNA polimerase, bukan
DNA polimerase, membuat tiruannya.
Pembentukan RNA yang spesifik oleh suatu segmen DNA yang spesifik (gen)
disebut transkripsi. Transkripsi memerlukan enzim RNA polimerase, trifosfat
ribonukleosida yang tepat (ATP, GTP, CTP, dan UTP) dan cetakan DNA. DNA
mentranskripsi kode genetiknya pada pembentukan RNA, yakni kode-kode yang
merupakan rumusan urutan asam amino dari protein yang akan disintesis.
Ketika melakukan transkipsi, suatu segmen dari “double helix” DNA terbuka.
Segmen DNA ini adalah gen yang akan diekspresikan. Salah satu rantai DNA yang
telah terbuka melakukan transkripsi. Rantai DNA ini disebut antisense strand.
Rantai pasangannya yang sudah terbuka tidak mengalami transkripsi, disebut sense
strand.
DNA terlihat dalam pita kromosom metafase, walaupun kebanyakan terlihat
jelas pada replikasi penambahan kromosom pada “salivary gland cell of flies”. Pada
interfase inti DNA terlihat lebih awal pada granula kromatin yang memberikan
reaksi positif dengan tes Feulgen.
Proses transkripsi berjalan sebagai berikut. Enzim RNA polimerase
melekatkan diri pada bagian khusus dari molekul DNA dan membuka spiral ganda.
Kemudian kedua rantai yang tadinya membentuk double helix terpisah pada ikatan
atom H yang menghubungkan kedua basa N.
RNA polimerase kini bergerak melalui antisense strand dari arah 3′ –> 5′,
sambil memasang ribonukleotida (terdapat di medium sekitarnya dalam bentuk
trifosfat, misalnya ATP) pada rantai RNA yang sedang terbentuk, dengan urutan
basa N yang komplementer dengan urutan basa N pada rantai antisense strand dari
DNA.
Dengan demikian, setiap C pada DNA yang ditranskripsikan akan disisipkan
G ke rantai mRNA; setiap G pada DNA disisipkan C ke mRNA; setiap A pada
DNA disisipkan U pada mRNA; dan setiap T pada DNA disisipkan A pada RNA.
23
lain yang dapat digunakan untuk pengobatan penyakit viral. Pencegahan lebih
efektif untuk pengendalian penyakit viral. Saat ini telah dikembangkan berbagai
metode diagnosis virus diantaranya metode konvensional seperti histopatologi,
dotblot, hibridisasi, in situ dan PCR dan RT-PCR. Metode diagnosis dengan PCR
merupakan salah satu metode yang cepat dan menjanjikan tingkat akurasi yang
tinggi dibandingkan metode lain. Dengan cara mengambil otak ikan. Sampel dapat
disiapkan dalam awetan alkohol 70% dalam potongan kecil (0,5 cm), untuk PCR
dan penggunaan formalin 10% untuk pemeriksaan histopatologi. (Nguyen, 1997).
Beberapa sistem diagnosa yang efektif dari VNN :
Berdasarkan Asan Nukleat misalnya RT-PCR dan PCR serta Hibridisasi
secara in situ
Berdasarkan Protein misalnya IFA, penandaan IHC, ELISA, Western Blot dan
One-step Immunochromatography
Berdasarkan Virion misalnya Kultur Sel (Chi, 2006).
• Digunakan Sebagai Teknik Rekombinasi untuk Tujuan Pemuliaan Ikan
Pemuliaan ikan merupakan kegiatan untuk menghasilkan ikan unggul
melalui perbaikan sifat yang terukur. Pemuliaan dapat dilakukan dengan melalui
cara atau proses seleksi, Prinsip dasar dari seleksi adalah mengeksploitasi sifat aditif
dari allela-allela pada semua lokus yang mengontrol sifat terukur untuk
memperbaiki suatu stain ikan (Gustiano et al.,1999 dalam Kristanto dan Eni, 2007).
Salah satu pemuliaan ikan dapat dilakukan dengan rekombinasi gen. Pengertian dan
arti definisi rekombinasi gen merupakan penggabungan beberapa gen induk jantan
dan betina ketika pembuahan ovum oleh sperma yang menyebabkan adanya
susunan pasangan gen yang berbeda dari induknya. Akibatnya adalah lahirnya
varian spesies baru. Ilmu ini mempelajari berbagai aspek yang menyangkut
pewarisan sifat dan variasi sifat pada organisme maupun suborganisme (seperti
virus dan prion). Di Inggris manipulasi gen didefinisikan sebagai pembentukan
kombinasi baru materi yang dapat diturunkan dengan memberlakukan penyisipan
26
molekul-molekul asam nukleat, yang dihasilkan dengan cara apapun diluar sel,
kedalam suatu virus, plasmid bakteri atau sistem pembawa lainnya yang
memungkinkan inang secara tidak alami tetapi selanjutnya mampu melakukan
penggandaan lagi (Old dan Primrose, 2003).
BAB III
KESIMPULAN
DAFTAR PUSTAKA