LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

“PERSAMAAN KINETIKA ENZIM”

Disusun Oleh

Nama : Mohamad Fikri Alfian

NIM : 205040207111151

Kelas : P

Asisten : Rusdi Ali Sabar Simatupang

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2021
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Enzim berasal dari semua sel makhluk hidup seperti sel hewan, tumbuhan
dan mikroba. Enzim merupakan senyawa protein yang diproduksi oleh sel-sel
makhluk hidup dan berfungsi sebagai biokatalisator. Enzim termasuk bagian
penting ditubuh manusia karena enzim dapat meningkatkan laju reaksi
metabolisme tetapi tidak ikut bereaksi. Peningkatan laju reaksi yang terjadi paling
kecil adalah 106 kali dibandingkan jika tidak dikalaisis. Zat yang dipengaruhi oleh
enzim disebut substrat, sedangkan hasil reaksinya disebut produk.
Inhibitor merupakan bahan-bahan yang dapat meningkatkan aktivitas
enzim atau yang biasa disebut kofaktor atau aktivator serta bahan-bahan yang
dapat menurunkan aktivitas enzim. Setiap inhibitor memiliki perannya masing-
masing, hal tersebut bergantung kepada enzim mana yang berikatan dengan
inhibitor tersebut. Jika enzim diberi inhibitor maka kecepatan enzim akan
berkurang hingga mencapai titik jenuh yang disebut dengan Vmaks. Untuk
menghitung laju reaksi enzim dapat menggunakan persamaan Michaelis Menten
yang dapat dibedakan kembali menjadi yaitu Lineweaver Burk Plot, Hanes Woolf,
dan Eadie Hofstee.

1.2 Tujuan
Tujuan pembuatan laporan praktikum persamaan kinetika enzim, yaitu:
1. Untuk mengetahui penurunan rumus Michaelis Menten
2. Untuk mengetahui penurunan rumus Lineweaver Burk
3. Untuk mengetahui penurunan rumus Eadie Hofstee
4. Untuk mengetahui penurunan rumus Hanes Woolf
5. Untuk mengetahui perbandingan kelebihan dan kekurangan masing-asing
persamaan

1.3 Manfaat
Manfaat yang didapatkan setelah melakukan praktikum ini adalah
memahami penurunan rumus Michaelis Menten, memahami penurunan rumus
Lineweaver Burk, memahami penurunan rumus Eadie Hofstee, memahami
penurunan rumus Hanes Woolf, dan memahami perbandingan kelebihan dan
kekurangan masing-masing persamaan.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Penurunan Rumus Michaelis Menten

Reaksi enzim berjalan dengan 2 tahapan. Tahap yang pertama yakni,
enzim akan membentuk kompleks dengan substrat yang disebut dengan ES.
Kemudian, enzim akan bekerja mengkatalis reaksi dan melepaskan produk.
Kecepatan enzim dalam membentuk kompleks dengan substrat sebanding
dengan kecepatan katalis enzim pada reaksi hingga menghasilkan produk.
Kecepatan maksimal (Vmax) dicapai apabila ES jenuh atau semuah enzim
berada dalam bentuk ES (Kenneth & Roger, 2011).

(Sumber : Kenneth & Roger, 2011)

Dalam rumus Michaelis Menten terdapat Vmax dan Km. Dimana, Vmax
merupakan kecepatan reaksi yang diekstrapolasikan ke konsentrasi substrat tak
terhingga dan Km adalah konsentrasi substrat saat kecepatan awal setara dengan
setengah Vmax. Rumus Michaelis menten adalah salah satu model yang
dinamai dari biokimiawan Jerman Leonor Michaelis dan fisikawan Kanada
Maud Menten. Menurut Megawati (2020), pada persamaan Michaelis Menten
bahwa laju awal reaksi enzimatis dapat ditentukan berdasarkan konsentrasi
substrat dan parameter yang berpengaruh dalam enzim.
Ikatan ini terjadi dengan cepat, tetapi dengan cara reversibel (k1 dan k2
konstanta laju reaksi). Kompleks substrat enzim selanjutnya diubah menjadi
produk yang terlepas dari enzim, proses yang reversibel (konstanta laju k3 dan
k4). Kemampuan katalitik suatu enzim terhadap suatu substrat melibatkan dua
variabel yaitu KM, yang merupakan nilai afinitas dari enzim terhadap
substratnya dan VMAX, merupakan nilai kecepatan maksimal katalisis
enzimatik (Kenneth & Roger, 2011). Efek dari konsentrasi substrat terhadap
laju reaksi dapat di formulasikan menggunakan persamaan Michaelis-Menten:

Vmaks[S]
V= Km+[S]
Keterangan :
V : Laju reaksi (M/s)
Vmaks : Laju maksimum (M/s)
[S] : Konsentrasi substrat (M)
Km : Konstanta Michaelis (M)
2.2 Penurunan Rumus Lineweaver Burk
Persamaan yang digunakan untuk menentukan nilai yang penting dalam
kinetika enzim seperti Km dan Vmax. Diciptakan oleh Hans Lineweaver dan
Dean Burk pada 1934. Lineweaver Burk bisa digunakan untuk mengestimasi
Vmax melalui nilai sumbu y. Persamaan Lineweaver Burk merupakan
persamaan yang biasanya paling tidak akurat, karena tidak bisa memasukkan
data dengan konsentrasi substrat yang tinggi. Satyanarayana (2017),
menjelaskan bahwa penurunan rumus Lineweaver Burk adalah sebagai berikut.

1 Km+[S]
=
v Vmax [S ]

1 Km 1 [S]
= × +
v Vmax [ S] Vmax [S]

1 Km 1 1
= × +
v Vmax [ S] Vmax
Setelah di dapatkan persamaan tersebut maka akan mudah dianalisis
dengan metode linier sedehana Sekarang y = 1/V; x = 1/[S] a = 1/Vmaks; b =
Km/Vmax dapat dianalisis dengan y = a + bx. Jika 1/V terpenuhi dengan 1/[S],
suatu garis lurus akan dihasilkan yang memotong sumbu y pada 1/Vmax dan
sumbu x pada -1/Km serta membentuk sudut terhadap sumbu x sebesar
Km/Vmax. Menurut Aryal (2018), persamaan ini memberikan garis lurus,
dengan titik potong pada sumbu y sama dengan 1/V maks , dan titik potong
pada sumbu x sama dengan Km/V maks. Kemiringan garis sama dengan Km/V
max.

2.3 Penurunan Rumus Eadie Hofstee

Eadie Hofstee merupakan semi resiprokal dengan laju reaksi dirancang
sebagai fungsi perbandingan antara laju atau v dengan konsentrasi substrat.
Menurut pernyataan Risdianto & Wirawan (2018), bahwa nilai konstanta (Km)
dan kecepatan maksimum(Vmaks) dapat ditetapkan dengan beberapa persamaan
seperti persamaan Lineweaver-Burk (1), Hanes- Woolf (2) dan Eadie-Hofstee
(3). Rumus persamaan Eadie Hofstee yaitu:

KmV
V=- [S ]
+Vmax

Persamaan Eadie Hofstee ini merupakan salah satu rumus turunan dari
persamaan Michaelis- Menten. Persamaan ini diturunkan dari persamaan
Michaelis-Menten dengan membalik dan mengalikan dengan Vmax. Menurut
Davis (2020), penurunan rumus Eadie Hofstee adalah sebagai berikut.

Vmax [S ]
V= Km+[S]

Vmax
V= Km
+1
[S]

Km
Vmax = V ( [S ] + 1)

V
Vmax = [ S ] Km +V

V
V = −Km [ S ] +Vmax

Sehingga, didapatkan y = V; x = V/[S]; a = Vmaks; b = -Km dapat

dianalisis dengan y = a + bx. Jika V terapkan dengan V/[S], suatu garis lurus
akan dihasilkan yang memotong sumbu y pada Vmax dan sumbu x pada
Vmax/Km serta membentuk sudut terhadap sumbu x sebesar Km Vmax.
2.4 Penurunan Rumus Hanes Woolf
Persamaan Hanes Woolf yaitu persamaan dimana konsentrasi substrat
awal dibandingkan dengan kecepatan reaksi. Menurut pernyataan Desmiarti &
Hazmi (2018), bahwa metode Hanes-Woolf mempermudah pencocokan kurva
karena titik data yang lebih dapat diandalkan pada konsentrasi substrat yang lebih
rendah dan memberikan makna yang lebih besar pada ekstrapolasi. Dalam
biokimia, persamaan Hanes Woolf adalah representasi grafis dari kinetika enzim
di mana rasio konsentrasi awal substrat [S] terhadap kecepatan reaksi V diplot
terhadap [S]. Hal ini didasarkan pada pengaturan kembali persamaan Michaelis-
Menten ditunjukkan di bawah ini:

Vmax [S ]
V = Km+[S]

1 Km 1 1
= +
V Vmax [S] Vmax

1 Km 1 1
[ S] = [S]+ [S ]
V Vmax [S ] Vmax

[S ] Km +1
= [ S]
V Vmax Vmax

Sehingga didapatkan y = [S]/V; x = [S]; a = Km/Vmaks; b = 1/Vmax

dapat dianalisis dengan y = a + bx Jika [S]/V dibuat dengan [S], suatu garis
lurus akan dihasilkan yang memotong sumbu y pada Km/Vmax dan sumbu x
pada -Km serta membentuk sudut terhadap sumbu x sebesar 1/Vmax.

2.5 Perbandingan Kelebihan dan Kekurangan Masing-Masing Persamaan

Pada umumnya persamaan Michaelis-Menten digunakan untuk
mempelajari kinetika katalisis reaksi oleh enzim serta kinetika transportasi melalui
transporter. Dikarenakan Vmax dicapai pada konsentrasi substrat yang tak
terhingga, tidak mungkin untuk memperkirakan Vmax dan karenanya Km dari
plot hiperbolik. Oleh karena itu, persamaan Michaelis-Menten diubah menjadi
persamaan garis lurus oleh Lineweaver dan Burk (Aryal, 2018).
Persamaan Lineweaver Burk merupakan persamaan yang biasanya paling
tidak akurat, karena tidak bisa memasukkan data dengan konsentrasi substrat yang
tinggi. Hal ini sesuai dengan pernyataan Davis (2020) bahwa plot Lineweaver-
Burk banyak digunakan untuk menentukan istilah penting dalam kinetika enzim,
seperti Km dan Vmax, Ketika digunakan untuk menentukan jenis inhibisi enzim,
plot Lineweaver-Burk dapat membedakan inhibitor kompetitif, non-kompetitif
dan tidak kompetitif. Plot ini merupakan persamaan yang biasanya paling tidak
akurat, karena tidak bisa memasukkan data dengan konsentrasi substrat yang
tinggi. Plot timbal balik ganda mendistorsi struktur kesalahan data, dan oleh
karena itu tidak dapat diandalkan untuk penentuan parameter kinetik enzim.
Selanjutnya, yaitu persamaan Eadie hofstee. Persamaan ini dinilai lebih
teliti atau lebih akurat dikarenakan terdapat batas antara konsentrasi substrat
dengan laju reaksi Namun kekurangannya adalah ordinat dan absis masing-masing
tidak memiliki variabel yang independen dan tergantung pada laju reaksi. Hal ini
sesuai dengan pernyataan Davis (2020) bahwa plot Eadie-Hofstee digunakan
untuk identifikasi cepat istilah kinetik penting seperti Km dan Vmax , tetapi telah
digantikan oleh metode regresi nonlinier yang secara signifikan lebih akurat dan
tidak lagi tidak dapat diakses secara komputasi. Ini juga lebih kuat terhadap data
yang rawan kesalahan daripada plot Lineweaver-Burk, terutama karena
memberikan bobot yang sama pada titik data dalam berbagai konsentrasi substrat
atau laju reaksi (plot Lineweaver-Burk memberi bobot yang tidak merata pada
titik-titik tersebut). Salah satu kelemahan dari pendekatan Eadie-Hofstee adalah
bahwa baik ordinat maupun absis tidak mewakili variabel independen.
Kemudian, terdapat persamaan Hanes Woolf. Dimana persamaan tersebut
merupakan persamaan yang dapat menjelaskan hasil paling akurat.
Kekurangannya yakni masing-masing ordinat dan absis tidak ada yang
independen dan semuanya tergantung dari konsentrasi substrat. Hal ini sesuai
dengan pernyataan Davis (2020) bahwa plot Hanes-Woolf digunakan untuk
penentuan cepat parameter kinetik Km, V, dan V/Km. tetapi sebagian besar telah
digantikan oleh metode regresi nonlinier yang secara signifikan lebih akurat dan
tidak lagi tidak dapat diakses secara komputasi. Bisa dikatakan bahwa persamaan
ini merupakan persamaan yang paling akurat. Kekurangannya yaitu masing-
masing ordinat dan absis tidak ada yang independen dan semuanya tergantung
dari konsentrasi substrat.
 BAB III
PEMBAHASAN

3.1 Data Konsentrasi Substrat dan Laju reaksi

Tabel 1. Data Konsentrasi Substrat dan Laju reaksi

No [S] (µM) V (unit)

1 50 3.647
2 100 6.962
3 250 11.272
4 500 16.244
5 750 16.907
6 1000 16.907
7 1250 16.907

3.2 Perhitungan Persamaan (Berdasarkan Data)

3.2.1 Lineweaver Burk (Sertakan Nilai Km dan Vmax nya)
Tabel 2. Perhitungan Persamaan Lineweaver Burk

No [S] (µM) V (unit) x y x2 xy

1 50 3,647 0,020 0,274 0,0004000 0,005484

2 100 6,962 0,010 0,144 0,0001000 0,001436

3 250 11,272 0,004 0,089 0,0000160 0,000355

4 500 16,244 0,002 0,062 0,0000040 0,000123

5 750 16,907 0,001 0,059 0,0000018 7,89E-05

6 1000 16,907 0,001 0,059 0,0000010 5,91E-05

7 1250 16,907 0,001 0,059 0,0000006 4,73E-05

TOTAL 0,039 0,746 0,001 0,008

KUADRAT 0,002      

Tabel 3. Km dan Vmax Persamaan Lineweaver Burk

a 11,21193
 b 0,043828

Vma
1/b 22,81672
x
Km a/b 255,8195
R2 (R2) = b × ∑xy / ∑y2 0,993038

3.2.2 Eadie Hofstee (Sertakan nilai Km dan Vmaxnya)

Tabel 4. Perhitungan Persamaan Eadie Hofstee

No [S] (µM) V (unit) x y x2 xy

1 50 3,647 0,073 3,647 0,0053 0,266012

2 100 6,962 0,070 6,962 0,0048 0,484694

3 250 11,272 0,045 11,272 0,0020 0,508232

4 500 16,244 0,032 16,244 0,0011 0,527735

5 750 16,907 0,023 16,907 0,0005 0,381129

6 1000 16,907 0,017 16,907 0,0003 0,285847

7 1250 16,907 0,014 16,907 0,0002 0,228677

TOTAL 0,273 88,846 0,014 2,682

KUADRAT 0,075      

Tabel 5. Km dan Vmax Persamaan Eadie Hofstee

a -219,209

b 21,24491
Vma
B 21,24491
x
Km -a 219,209
R2 (R2) = b × ∑xy / ∑y2 0,941396

3.2.3 Hanes Woolf (Sertakan nilai Km dan Vmaxnya)

 Tabel 6. Perhitungan Persamaan Hanes Woolf

No [S] (µM) V (unit) X y x2 xy

1 50 3,647 50 13,710 2500 685,4949

2 100 6,962 100 14,364 10000 1436,369

3 250 11,272 250 22,179 62500 5544,713

4 500 16,244 500 30,781 250000 15390,3

5 750 16,907 750 44,360 562500 33270,24

6 1000 16,907 1000 59,147 1000000 59147,1

7 1250 16,907 1250 73,934 1562500 92417,34

TOTAL 3900 258,474 3450000 207891,558

KUADRAT 15210000      

Tabel 7. Km dan Vmax Persamaan Hanes Woolf

a 0.050021367

b 9,055856935
Vmax 1/a 19.99145685
Km b/a 181,0397732
0,991827
R2 (R2) = b × ∑xy / ∑y2

3.3 Analisis Rumus

Berdasarkan hasil perhitungan dengan menggunakan rumus persamaan
Lineweaver- Burk di atas, diperoleh nilai Vmax sebesar 178.94 unit dan nilai
Km sebesar 0.073 μM. Sedangkan pada persamaan Eadie Hofstee diperoleh
nilai Vmax sebesar 21.24 unit dan nila Km sebesar 219.20 μM. Jika
menggunakan rumus persamaan Hanes Woolf diperoleh nilai Vmax sebesar
19.99 unit dan nilai Km sebesar 181.03 μM. Dari masing-masing rumus
diketahui bahwa nilai Vmax tertinggi adalah 178.94 unit yang dihitung
menggunakan persamaan lineweaver-Burk dan nilai Vmax terkecil adalah
19.99 unit yang dihitung menggunakan rumus Hnes Woolf.
 Diketahui juga nilai Km tertinggi adalah 219.20 μM yang dihitung
menggunakan persamaan Eadie Hofstee dan nilai Km terkecil adalah 0.073 μM
yang dihitung menggunakan rumus Lineweaver-Burk. Dapat dilihat pada
grafik diatas bahwa terdapat perbedaan nilai Vmax dan nilai Km yang
diperoleh dari masing-masing persamaan. Hasil perhitungan Lineweaver Burk
menyimpang, dikarenakan ketidakmampuan untuk menghitung konsentrasi
substrat yang terlalu tinggi. Semakin rendah nilai numerik dari Km, maka
semakin tinggi afinitasnya untuk substrat yaitu, dibutuhkan konsentrasi
substrat rendah. Sebaliknya, semakin tinggi nilai numerik Km, semakin rendah
afinitas semu untuk substrat yaitu, dibutuhkan konsentrasi substrat yang lebih
tinggi.

BAB IV
PENUTUP
4.1 Kesimpulan
Apabila diketahui Km dan Vmaks pada persamaan Michaelis-Menten,
maka dapat dihitung kecepatan reaksi suatu enzim pada setiap konsentrasi
substrat. Persamaan Michaelis- Menten memiliki tiga turunan yaitu persamaan
Lineweaver-Burk, persamaan Eadie Hofstee, serta persamaan Hanes Woolf.
Dimana, lineweaver burk merupakan persamaan yang biasanya paling tidak
akurat, karena tidak bisa memasukkan data dengan konsentrasi substrat yang
tinggi. Pada persamaan Eadie Hofstee dinilai lebih teliti atau lebih akurat
dikarenakan terdapat batas antara konsentrasi substrat dengan laju reaksi
Kekurangannya adalah ordinat dan absis masing-masing tidak memiliki variabel
yang independen dan tergantung pada laju reaksi. Sedangkan, pada persamaan
Hanes Woolf dinilai merupakan persamaan yang dapat menjelaskan hasil paling
akurat. Kekurangannya yakni masing-masing ordinat dan absis tidak ada yang
independen dan semuanya tergantung dari konsentrasi substrat.

4.2 Saran
Laporan praktikum persamaan kinetika enzim ini sangat berguna bagi
mahasiswa, khususnya mahasiswa pertanian. Diharapkan semua mahasiswa
pertanian untuk fokus dalam pembelajaran maupun praktium karena sangat
bermanfaat dan sangat penting untuk pembelajaran dan menambah pengetahuan
untuk mata kuliah biokimia.
 DAFTAR PUSTAKA

Aryal, S. (2018). Lineweaver–Burk Plot. https://microbenotes.com/lineweaver-

burk-plot/. Diakses pada tanggal 24 Maret 2021.

Davis. (2020). The Equations of Enzyme Kinetics. General Principles of

Catalysis.

Kenneth, A., & Roger, S. (2011). The original Michaelis constant : translation of
the 1913 Michaelis-Menten paper. Biochemistry, 50(39), 8264–8269.

Megawati, S. (2020). Kinetika Hidrolisis Mikroalga Dengan Enzim. Deepublish.

Risdianto, H., & W. (2018). Studi Kinetika Lakase untuk Proses Biorefining Pulp
Kimia. Universitas Pembangunan Nasional Veteran Yogyakarta.

Satyanarayana, U. (2017). Biochemistry. Elsevier Health Sciences.

LAMPIRAN