Titis Sukma Yunika 20120015 D4TLM 3Biokimia-AsamAmino&Protein-dikonversi
Titis Sukma Yunika 20120015 D4TLM 3Biokimia-AsamAmino&Protein-dikonversi
NIM : 20120015
Prodi : D4 Teknologi Laboratorium Medis/1 Semester 2
1. Asam Amino
Asam amino yang merupakan monomer (satuan pembentuk) protein adalah suatu
senyawa yang mempunyai dua gugus fungsi yaitu gugus amino dan gugus karboksil.
Dalam biokimia seringkali pengertiannya dipersempit: keduanya terikat pada satu atom
karbon (C) yang sama Gugus karboksil memberikan sifat asam dan gugus amina
memberikan sifat basa.
Dalam bentuk larutan, asam amino bersifat amfoterik yaitu cenderung menjadi asam
pada larutan basa dan menjadi basa pada larutan asam. Perilaku ini terjadi karena asam
amino mampu menjadi zwitter-ion. Asam amino termasuk golongan senyawa yang paling
banyak dipelajari karena salah satu fungsinya sangat penting dalam organisme, yaitu
sebagai penyusun protein.
Pada asam amino, gugus amino terikat pada atom karbon yang berdekatan dengan
gugus karboksil (C-α) atau dapat dikatakan juga bahwa gugus amina dan gugus karboksil
dalam asam amino terikat pada atom karbon yang sama.
Struktur asam amino secara umum adalah satu atom C yang mengikat
empat gugus: gugus amina (NH2), gugus karboksil (COOH), atom
hidrogen (H), dan satu gugus sisa (R, dari residue) atau disebut juga
gugus atau rantai samping yang membedakan satu asam amino
Oleh karena gugus dengan asamterikat
amina juga amino lainnya. AtomCα
pada atom C pusat tersebut dinamai
ini, senyawa tersebutatom Cα (“C-
merupakan
asam α-amino. Asam alfa”) sesuaibiasanya
amino dengan penamaan senyawaberdasarkan
diklasifikasikan bergugus karboksil, yaitu atom
sifat kimia rantaiC
yang berikatan langsung dengan gugus karboksil.
samping tersebut menjadi empat kelompok. Rantai samping dapat membuat asam amino
bersifat asam lemah, basa lemah, hidrofilik jika polar, dan hidrofobik jika nonpolar.
2. Protein
Protein berasal dari kata protos (bahasa Yunani) yang berarti “yang paling utama”.
Protein adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan
polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan
ikatan peptida.
Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang kala
sulfur serta fosfor. Protein terdapat pada semua sel hidup, kira-kira 50% dari berat
keringnya dan berfungsi sebagai pembangun struktur, biokatalis, hormon, sumber energy,
penyangga racun, pengatur pH, dan sebagai pembawa sifat turunan dari generasi ke
generasi. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan
virus.
Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain berperan
dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang membentuk batang
dan sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi,
sistem kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen penyimpanan (dalam biji) dan
juga dalam transportasi hara. Sebagai salah satu sumber gizi, protein berperan sebagai
sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino tersebut
(heterotrof).
Struktur Protein
a. Struktur tersier protein. Protein ini memiliki banyak struktur sekunder beta-sheet dan
alpha-helix yang sangat pendek. Model dibuat dengan menggunakan koordinat dari
Bank Data Protein.
b. Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer (tingkat
satu), sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat empat).
Struktur primer protein. Merupakan urutan asam amino penyusun protein yang
dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). Struktur primer protein bisa ditentukan
dengan beberapa metode:
• Hidrolisis protein dengan asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi
asam amino ditentukan dengan instrumen amino acid analyzer,
• Analisis sekuens dari ujung-N dengan menggunakan degradasi Edman,
• Kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri massa, dan
• Penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.
Struktur sekunder protein. Adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai
rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Struktur
sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular dichroism
(CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD dari puntiran-alfa
menunjukkan dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng-beta
menunjukkan satu puncak negatif sekitar 210-216 nm.
Struktur tersier. Merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder.
Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat
berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil
(misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener.
Struktur kuartener. Contoh dari struktur ini yang terkenal adalah enzim Rubisco dan
insulin. Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri
dari 40-350 asam amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain.
Pada protein yang lebih kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya.
Klasifikasi Protein
Klasifikasi protein pada biokimia didasarkan atas fungsi biologinya terdiri atas:
Enzim, merupakan golongan protein yang terbesar dan paling penting. Berfungsi
sebagai katalisator reaksi kimia dalam jasad hidup. Contoh enzim: ribonuklease,
sitokrom, tripsin.
Protein Pembangun, berfungsi sebagai unsur pembentuk struktur. Beberapa contoh
misalnya: protein pembukus virus, glikoprotein, struktur membrane, α-Keratin,
sklerotin, fibroin, kolagen, elastin, mukroprotein.
Protein Kontraktil, merupakan golongan protein yang berperan dalam proses gerak.
Sebagai contoh misalnya; miosin, dinei, terdapat dalam rambut getar dan flagel (bulu
cambuk).
Protein Pengangkut, mempunyai kemampuan mengikat molekul tertentu dan
melakukan pengangkutan berbagai macam zat melalui aliran darah. Sebagai contoh
misalnya: hemoglobin, hemosianin, mioglobin, serum albumin, β-lipoprotein,
seruloplasmin.
Protein Hormon, termasuk protein yang aktif. Sebagai contoh misalnya: insulin,
hormon adrenokortikotrop, hormon pertumbuhan.
Protein Bersifat Racun, beberapa protein yang bersifat racun terhadap hewan kelas
tinggi yaitu misalnya: racun dari Clostridium botulimum, racun ular, risin.
Protein Pelindung, umumnya terdapat dalam darah vertebrata. Sebagai contoh
misalnya: antibodi, fibrinogen, trombin,
Protein Cadangan disimpan untuk berbagai proses metabolisme dalam tubuh. Sebagai
contoh, misalnya: ovalbumin dan kasein,