Pekanbaru, 18 Desember 2020

LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA

“VISUALISASI DNA : ELEKTROFORESIS”

OLEH :

NAMA : NUR AZIZAH

NIM : 1903155502
KELAS/KELOMPOK : BIOLOGI B/3
HARI/TANGGAL : SABTU/ 12 DESEMBER 2020
NAMA ASISTEN : FELLY ANDARIYUSTI

LABORATORIUM GENETIKA
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATERMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
ALAM
UNIVERSITAS RIAU
2020
 I. PENDAHULUAN

I.1 Latar Belakang

Setiap sel mahluk hidup terdapat DNA yang mempunyai fungsi penting

sebagai pembawa informasi gen yang diturunkan dari induk ke keturunannya.

Pada DNA terdapat 3 komponen utama yang terdiri dari gula deoksiribosa, basa

nitrogen, dan fosfat yang menyatu membentuk nukleotida. Seiring dengan

perkembangan zaman terdapat beberapa metode yang telah dikembangkan dengan

tujuan untuk mengembangkan teori tentang DNA khususnya dalam ilmu genetika.

Salah satu metode yang digunakan adalah elektroforesis. Elektroforesis

merupakan teknik yang digunakan untuk memisahkan dan memurnikan suatu

makromolekul khususnya protein dan asam nukleat berdasarkan perbedaan

ukuran. Elektroforesis adalah metode yang paling banyak dipergunakan saat ini

dalam percobaan biokimia dan biologi molekuler (Amersham, 2015).

Metode standar yang digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi dan

memurnikan fragmen DNA adalah elektroforesis gel agrosa. Hasil dan berbagai

macam manipulasi DNA dan analisis DNA dan dapat dimonitor melalui proses

elektroforesis yang merupakan suatu teknik atau metode pemisahan senyawa yang

bermuatan dengan cara meletakkannya pada suatu medan yang memiliki energi

listrik. Separasi materi elektroforesis umumnya didasarkan pada letak perbedaan

dalam muatan molekul, ukuran molekul ataupun kombinasi dari keduanya.

Dikarenakan elektroforesis ialah merupakan pergerakan dari molekul bermuatan

listrik pada medan arus listrik maka molekul bermuatan listrik negatif akan

bergerak ke elektroda bermuatan positif (kutub positif) serta molekul yang

bermuatan positif akan bergerak atau bermigrasi dari arah elektroda yang
bermuatan negatif. Pergerakan molekul dalam medan listrik dipengaruhi oleh

bentuk, ukuran besar muatan dan sifat kimia dari molekul (Maydelain, 2015).

Pada dasarnya prinsip kerja elektroforesis gel dimulai dari makromolekul

yang bermuatan listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Dengan

metode ini molekul-molekul akan bermigrasi menuju kutub positif atau kutub

negatif berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya (Faatih, 2016). Adapun

manfaat elektroforesis gel antara lain untuk mengetahui ukuran fragmen DNA

dari produk PCR, memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang berbeda

ukuran, dan juga untuk pemurnian atau purifikasi DNA (Amersham, 2015). Oleh

karena itu, pentingnya dilakukan praktikum ini guna mengetahui teknik dari

visualisasii sel setelah diisolasi dan melewati PCR serta mengetahui kualitas dan

kuantitas fragmen DNA.

I.2 Tujuan

Adapun tujuan dari praktikum ini adalah sebagai berikut :

1. Menentukan kualitas DNA menggunakan teknik elektroforesis

2. Menentukan kuantitas DNA menggunakan teknik elektroforesis

I.3 Manfaat

Adapun manfaat dari praktikum ini adalah sebagai berikut :

1. Praktikan dapat menentukan kualitas DNA menggunakan teknik elektroforesis

2. Praktikan dapat menentukan kuantitas DNA menggunakan teknik

elektroforesis
 II. TINJAUAN PUSTAKA

Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan

memurnikan suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat

berdasarkan perbedaan ukuran. Elektroforesis merupakan metode yang paling

banyak dipakai saat ini dalam percobaan biokimia dan biologi molekuler

(Atmoko, 2015). Elektroforesis gel agarosa adalah teknik paling baik yang

pernah dibuat dan secara rutin digunakan di laboratorium klinis untuk analisis

protein dan DNA pada berbagai cairan biologis (serum, urin, CSF). Teknik ini

merupakan teknik yang menggunakan prinsip elektroforesis zona. Seperti yang

diketahui, molekul protein bermigrasi pada medium padat/gel yang direndam

dengan suatu larutan penyangga di bawah pengaruh medan listrik. Migrasi ini

tergantung pada muatan listrik, titik isoelektrik bersih dan massa molekul protein

(Gaffar, 2017)

Elektroforesis digunakan untuk menyediakan informasi mengenai ukuran,

konfirmasi dan muatan dari protein dan asam nukleat. Elektroforesis dalam skala

besar memungkinkan untuk digunakan sebagai metode pemisahan yang dapat

digunakan untuk menentukan komponen dari protein atau asam nukleat setiap

individu (Jean, 2016). Elektroforesis gel memisahkan makromolekul berdasaran

laju perpindahannya melewati suatu gel di bawah pengaruh medan listrik.

Elektroforesis gel memisahkan suatu campuran molekul DNA menjadi pita-pita

yang masing-masing terdiri atas molekul DNA dengan panjang yang sama (Lee,

2016).

Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan

listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Molekul-molekul tersebut

akan bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif berdasarkan muatan yang

terkandung di dalamnya (Gaffar, 2017). Molekul-molekul yang bermuatan

negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan molekul-

molekul yang bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif

(katoda) (Lee, 2016).

Namun, fragmen yang lebih besar dapat bermigrasi secara lebih cepat

daripada fragmen yang lebih kecil, karena tegangan pada gel yang ditingkatkan.

Selain itu, DNA memiliki muatan yang konsisten untuk rasio massa, sehingga

ukuran molekul DNA merupakan faktor utama yang mempengaruhi migrasi

melalui matriks gel. Terlepas dari kenyataan bahwa penerapan tegangan tinggi

dapat meningkatkan kecepatan migrasi fragmen DNA, tetapi juga dapat

menurunkan resolusi pemisahan (di atas sekitar 5 sampai 8 V/cm). Untuk alasan

itu, resolusi terbaik dari fragmen yang lebih besar dari 2 kb dicapai dengan

menerapkan tidak lebih dari 5 V/cm pada gel (Farchiyah, 2015).

Gel agarosa biasanya digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang

lebih besar (lebih dari 200 bp) dan gel poliakrilamida digunakan untuk fragmen

kecil (kurang dari 200 bp). Jarak antara dua fragmen DNA yang berbeda ukuran

dapat ditentukan berdasarkan konsentrasi matriks agarose. Mobilitas/pergerakan

DNA relatif tergantung pada faktor-faktor tertentu, terutama pada konsentrasi

agarosa dalam gel, kekuatan arus yang digunakan, kekuatan ionik dari larutan

buffer, dan konformasi fragmen DNA itu sendiri. Molekul DNA bermigrasi

melalui pori-pori kecil yang terbentuk dalam padatan gel agarosa. Secara umum,

molekul yang lebih kecil bergerak lebih cepat dan bermigrasi lebih jauh dari

molekul kecil karena memiliki gesekan yang lebih rendah saat bergerak menuju
elektroda positif. Konsentrasi yang rendah pada gel agarosa memberikan resolusi

yang lebih baik untuk fragmen besar, dengan memberikan pemisahan yang lebih

besar antara band yang secara ukuran tidak terlalu jauh berbeda. Konsentrasi gel

yang lebih tinggi, di sisi lain, dapat mengurangi kecepatan migrasi fragmen

panjang yang sementara itu dapat memfasilitasi pemisahan yang lebih baik pada

fragmen DNA kecil (Muladno, 2016).

Dalam elektroforesis juga digunakan bahan-bahan sepert Etidium Bromida

yang bersifat karsinogenik dan Brom Fenol Blue. Hal tersebut karena Etidium

Bromida dapat meningkatkan daya fluoresensi dari DNA sehingga dapat terlihat

jelas, sedangkan Brom Fenol Blue berfungsi sebagai pewarna untuk memantau

kecepatan molekul DNA pada gel. Manfaat elektroforesis gel antara lain untuk

mengetahui ukuran fragmen DNA dari produk PCR, memisahkan produk DNA

dari hasil digesti yang berbeda ukuran, lalu dapat disequencing, dan juga untuk

pemurnian atau purifikasi DNA. Elektroforesis dapat diaplikasikan untuk

berbagai macam kegiatan, antara lain membandingkan gen homolog dari spesies

yang berbeda, mengetahui susunan sekuens berbagai genom, DNA finger printing,

mengetahui ada atau tidaknya gen-gen penyebab kelainan genetik atau penyakit

tertentu, mendeteksi lokasi dan jumlah mRNA dalam sel atau jaringan tertentu,

mengetahui aktivitas gen selama perkembangan berbagai tipe sel organisme atau

aktivitas gen sebelum dan sesudah diberi perlakuan tertentu, mempelajari evolusi

di tingkat molekular, mengetahui variasi genetik dalam populasi natural di alam,

menentukan atau mengidentifikasi berat molekul fragmen DNA, RNA, protein

dan aktivitas enzimatik, menganalisa fragmen DNA yang diamplifikasi melalui

PCR, mengidentifikasi persamaan dan perbedaan genetik antar individu, dan

menentukan jumlah fragmen DNA yang diklon dalam rekombinan plasmid DNA

(Klug, 2014). Namun disamping itu, elektroforesis gel juga memiliki kekurangan

yaitu pada deteksi atau identifikasi amplikon. Penggunaan elektroforesis gel ini

dirasakan kurang efisien karena lama pengerjaannya dan terbatasnya jumlah

sampel yang dapat diperiksa. Disamping itu, kadang kadang hasil PCR dalam gel

muncul pita yang tidak berbentuk (ghost atau smeary bands) atau pita yang

terlampau banyak sehingga hasilnya sulit diinterpretasikan (Lisdiyanti, 2015).

Prinsip kerjanya adalah jika molekul yang bermuatan negatif (DNA)

dilewatkan melalui suatu medium, misalnya gel agarose, kemudian dialiri arus

listrik dari satu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya (positif), maka

molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif (Elektroforesis)

melalui membran matriks gel agarose tersebut. Terdapat dua macam teknik

elektroforesis yang telah berkembang yaitu, elektroforesis horizontal maupun

vertikal (Murtin, 2016). Berdasarkan jenisnya ada dua macam elektroforesis yaitu:

Elektroforesis bebas (free electrophoresis): molekul atau partikel yang akan

dipisahkan tersebar di seluruh larutan. Pemberian arus listrik pada larutan yang

mengandung partikel tersebut akan menyebabkan terbentuknya batas di antara dua

larutan. Elektroforesis zona: merupakan jenis elektroforesis yang paling banyak

digunakan, mempergunakan media penunjang, seperti kertas, selulosa asetat,

agarose atau poliakrilamid. Kelebihan metode ini adalah mudahnya mengamati

reaksi kimia selama proses berlangsung, sampel dapat ditangani dengan baik dan

cepat, gel dari hasil percobaan dapat disimpan dalam kantong plastik dan

didinginkan setelah percobaan, sehingga dapat dipakai untuk dokumentasi penting

(Sambrook, 2015). Gel agrosa digunakan untuk memisahkan asam nukleat yang
lebih besar dari beberapa ratus pasangan basa, mengurangi konsentrasi agarosa

untuk pemisahan fragemn ukuran kecil, agarosa memiliki pori – pori yang relatif

besar sehingga cocok untuk pemisahan molekul yang berukuran besar seperti

molekul DNA yaitu berkisar antara 50 – 2000 bp atau gel agarosa dibuat melalaui

ekstraks alga merah, yaitu gekalium sehingga gel tersebut tidak memiliki sifat

toksin, gel agarosa digunakan dalamm posisi horizontal (Sloane, 2016). Beberapa

faktor tambahan memiliki efek penting pada pergerakan fragmen DNA dalam gel

agarosa. Faktor-faktor utama adalah Konsentrasi agarosa. Perbedaan ukuran

fragmen DNA dapat diatasi dengan menggunakan gel agarosa yang memiliki

konsentrasi berbeda.Konsentrasi gel agarosa yang lebih besar memfasilitasi

pemisahan fragmen DNA yang lebih kecil, sementara konsentrasi agarosa rendah

memungkinkan pemisahan bagi fragmen DNA yang lebih besar.Pada gambar

ditunjukkan pergerakan dari serangkaian fragmen DNA dalam tiga konsentrasi

agarosa, yang semuanya dalam baki gel yang sama dan dielektroforesis pada

tegangan yang sama. fragmen yang lebih besar jauh lebih baik dipaparkan dalam

konsentrasi gel agarosa 0,7% , sedangkan fragmen kecil yang dipisahkan pada

konsentrasi 1,5% agarose. 1000 bp fragmen ditunjukkan di setiap jalur. Tegangan

listrik diberikan untuk meningkatkan kemampuan gel dalam memisahkan fragmen

DNA. Resolusi terbaik fragmen yang lebih besar dari sekitar 2 kb dicapai dengan

memberikan tegangan listrik pada gel agarosa tidak lebih dari 5 volt per cm (nilai

cm adalah jarak antara dua elektroda, bukan panjang gel) (Muwah, 2016).
 III. METODE

3.1 Waktu dan Tempat

Praktikum genetika yang berjudul “Visualisasi DNA : Elektroforesis” ini

dilakukan pada hari Sabtu tanggal 12 Desember 2020, jam 13.30-16.00 WIB di

Tualang, Siak.

3.2 Alat dan Bahan

Adapun alat yang digunakan pada praktikum “Visualisasi DNA :

Elektroforesis” ini yaitu gelas ukur, erlemeyar, hot plate, timbangan analitik,

kamera, UV transiluminator, mikro pipet.

Adapun bahan yang digunakan pada praktikum “Visualisasi DNA :

Elektroforesis” ini yaitu DNA hasil isolasi, bubuk gel agarosa, Etidium Bromida

(EtBr), loading Dye, 1 kb DNA ladder, buffer 1 × TBE.

3.3 Cara Kerja

Adapun cara kerja yang dilakukan pada praktikum ini adalah perangkat

elektroforesis dirakit, 1,2 gram agarosa ditimbang, dilarutkan dalam 100 mL

larutan IX TBE menggunakan labu erlemeyer berukuran 250 mL , dipanaskan

hingga mendidih diatas hot plate, didinginkan hingga suhu 65`C, lalu dituang

kecetakan agar, setelah 10 menit disimpan ke dalam kulkas selama 10 – 30 menit,

setelah memadat sempurna membentuk gel, taruh gel didalam tangki

elektroforesis yang sudah berisi IX TBE, loading larutan DNA (2ul DNA + 1 ul

loading dye) dan marker (1 ul marker + 1 ul loading dye) ke dalam sumur gel,

pada volt 80 di running selama 30 menit, rendam didalam larutan etidium bromida

5 mg/ml selama 5 menit, rendam di dalam akuades selama 5 menit, divisualisasi

pada UV transiluminator, direkam menggunakan kamera berfilter UV.

 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

IV.1 Tahapan Elektroforesis

Adapun tahapan elektroforesis adalah sebagai berikut :

Tabel 4.1 Tahapan elektroforesis

Gambar 1. Bubuk gel Gambar 2. Bubuk gel Gambar 3. Larutan

agrosa sebanyak 0,5 gram agrosa dipindahkan ke TEB diukur ssbanyak
ditimbang dalam erlenmeyer 50 ml

Gambar 4. Larutan TEB Gambar 5. Campuran Gambar 6. Sebanyak

sebanyak 50 ml dilarutkan menggunakan 1,5 ul etidium bromida
dimasukkan ke dalam hot plate (EtBr) ditambahkan ke
erlemeyer yang berisi dalam agar
bubuk gel agrosa
Gambar 7. Agar Gambar 8. Gel yang sudah Gambar 9. Sebanyak 2
dituangkan ke dalam mengeras dimasukkan ul loading dye
cetakan elektrolisis dan kedalam bak elektrolisis
diletakkan diatas
ditunggu sampai
mengeras parafilm

Gambar 10. Sebagai Gambar 11. Sebanyak 2 ul Gambar 12. Sebanyak

penanda digunakan 2ul 1 DNA total + 2 ul loading 2 ul DNA total + 2 ul
Kb DNA ladder + 2ul dye dimasukkan ke dalam loading dye
loading dye dan sumur gel selanjutnya dimasukkan ke dalam
dimasukkan kedalam sumur gel selanjutnya
sumur pertama
 Gambar 13. Gel Gambar 14. Profil pita
divisualisasikan dengan DNA difot menggunakan
meletakkan gel kamera digital Olympus
elektroforesis diatas UV berfilter UV
transluminator

Praktikum elektroforesis gel dimulai dengan pembuatan gel agarosa. proses

pembuatan gel agarosa dilakukan dengan cara mencampurkan bubuk agarosa

dengan larutan 1X TBE buffer solution yang berperan untuk memudahkan migrasi

dari fragmen DNA berdasarkan perbedaan kekuatan ionik,bubuk

dipanaskan,kemudian dinginkan dan ditambahkan etidium bromida,dituangkan ke

dalam cetakan yang telah disiapkan dengan comb-nya dan tunggu sampai

mengeras. Penambahan etidium bromida dilakukan dengan tujuan mewarnai asam

nukleat. Etidium Bromida adalah mutagen dan harus ditangani dengan hati-

hati.Etidium Bromida bersifat karsinogenik dan Brom Fenol Blue. Hal tersebut

karena Etidium Bromida dapat meningkatkan daya fluoresensi dari DNA sehingga

dapat terlihat jelas, sedangkan Brom Fenol Blue berfungsi sebagai pewarna untuk

memantau kecepatan molekul DNA pada gel (Jean, 2016). Setelah gel mengeras,

gel dimasukkan ke dalam ruang elektroforesis dan dilakukan penambahan running

buffer.Penambahan running buffer dilakukan dengan tujuan mempermudah

pengerasan gel saat dilakukan pemanasan. Running elektroforesis dilakukan pada

tegangan 70 Volt selama 120 menit. Tahap selanjutnya adalah mencampurkan

DNA hasil amplifikasi lewat proses PCR dengan loading buffer yang memiliki

fungsi membantu sampel turun ke dalam well dan membantu memonitor berapa

lama proses elektroforesis telah berlangsung.DNA memiliki muatan negatif (DNA

mengandung gugus PO4) sehingga diharapkan akan bergerak menuju kutub

positif.Praktikum dilanjutkan dengan memasang penutup ruang elektroforesis dan

diberikan arus listrik (Lee, 2016). Gel dikeluarkan dari ruang elektroforesis

setelah mengalami perubahan warna dan dilihat dengan sinar UV.Hasil

dokumentasi dilakukan dengan gel doc.Komponen gel doc terdiri dari lampu UV,

kamera dan komputer. Lampu UV berfungsi menerangi bagian dalam dalam dari

gel doc, kamera berfungsi memotret hasil elektroforesis dan komputer berfungsi

menjalankan proses dokumentasi lewat bantuan software.. DNA marker, misalnya

1 Kb Ladder. Marker adalah segmen DNA yang spesifik dan telah diketahui

ukurannya.Marker berfungsi sebagai acuan untuk mengetahui ukuran DNA hasil

amplifikasi.Marker DNA yang terdapat di dalam ruang elektroforesis berfungsi

sebagai penanda posisi pasangan basa dari molekul DNA yang bermigrasi (Klug,

2014).

IV.2 Pita DNA Total Tanaman Faloak

 Gambar 4.2 Profil fragmen pita DNA total tanaman Faloak (a) Isolasi DNA

Genomik pertama, (b) Isolasi DNA Genomik Kedua (Uslan, 2015).

Faloak merupakan tanaman yang tumbuh di lahan kritis. Sebagai upaya

mendukung pemuliaan dan konservasi tanaman faloak diperlukan informasi

keragaman genetiknya. Salah satu metode analisis keragaman genetik adalah

menggunakan penanda DNA yang berbasis PCR. Untuk itu diperlukan kondisi

PCR (Polymerase Chain Reaction) yang tepat sehingga diperoleh hasil yang dapat

dianalisis lebih lanjut. Penelitian ini bertujuan menentukan kondisi optimum PCR-

RAPD (Polymerase Chain Reaction-Random Amplified Polymorphic DNA)

tanaman faloak (Maydelain, 2015).

Hasil PCR dilakukan elektroforesis pada 1,8 % gel agarosa dengan voltase

100 volt selama 40 menit. Sebanyak 10 µL produk PCR dicampur dengan loading

dye dan dimasukkan ke dalam sumur gel. Untuk menentukan ukuran pita DNA

digunakan DNA ladder 100 bp (Vivantis). Pewarnaan dilakukan dengan cara

merendam gel dalam Ethidium Bromide selama 30 menit. Pengamatan produk

PCR dilakukan dengan GelDoc UV Transiluminator (Sambrook). Beberapa

sampel tidak berhasil diekstraksi pada ekstraksi yang pertama sehingga dilakukan

pengulangan). Ketidak berhasilan ini diakibatkan DNA tidak berhasil diekstraksi

yang dapat disebabkan sampel daun yang digunakan terlalu sedikit atau proses

penghancuran melalui pengerusan yang kurang sempurna. Konsentrasi DNA

genomik faloak berkisar antara 50- 250 ng/µL. Beberapa hasil ekstraksi DNA

pada elektroforesis terlihat smear dan juga sampel DNA sedikit tertinggal pada

sumur gel pada saat elektroforesis. Beberapa DNA genomik tanaman faloak hasil

ekstraksi menghasilkan pita DNA yang disertai smear. Amersham (2015),

menyatakan pita smear pada bagian bawah pita DNA genomik merupakan

molekul dengan bobot bervariasi yang berasal dari degradasi DNA. Smear

mengindikasikan bahwa DNA genomik yang diisolasi sudah tidak utuh lagi,

kemungkinan terpotongpotong saat ekstraksi berlangsung (Lee, 2016) Smear

tersebut merupakan DNA yang terdegradasi pada proses isolasi, karena enzim

endonuklease (Lee, 2016). Adanya sampel DNA yang tertinggal di sumur gel

pada saat elektroforesis menunjukkan tingginya kontaminan polisakarida yang

ikut terekstrak (Klug, 2014). Beberapa faktor berpengaruh pada keberhasilan PCR

yaitu konsentrasi DNA cetakan, primer, MgCl2 maupun jumlah siklus termal

untuk menghasilkan pola-pola PCR-RAPD yang dapat dipercaya untuk analisis

keanekaragaman dan hubungan kekerabatan (Lee, 2016).

Pola-pola hasil RAPD selain dipengaruhi oleh konsentrasi MgCl2 juga

dipengaruhi oleh konsentrasi DNA. Dari dua konsentrasi DNA yang digunakan

untuk optimasi yaitu 50 ng dan 100 ng dengan tiga primer yang berbeda yakni

UBC-106, UBC127 dan UBC-250 dalam reaksi PCR, amplifikasi menghasilkan

pita-pita produk PCR namun dengan kualitas yang berbeda. Pada konsentrasi

DNA 50 ng PCR tidak menghasilkan pola pada primer UBC-106 dengan nomor

sampel 3A sedangkan pada primer UBC-250 berhasil menghasilkan produk DNA

yang jelas dengan panjang pita yang berbeda Ketika konsentrasi DNA dinaikkan

menjadi 100 ng, terdapat band DNA yang berhasil teramplifikasi dan ada yang
tidak teramplifikasi. Penggunaan DNA konsentrasi 100 ng menghasilkan pita

produk PCR yang jelas pada primer UBC-127 dan juga primer UBC250

(Amersham, 2015).

4.3 Pita DNA Produk PCR pada Tanaman Tuntun Angin (Elaeocarpus

floribundus)

Gambar 4.2 Profil fragmen produk PCR pada tanaman tuntun angin (Elaeocarpus

floribundus) (Roslim et al, 2019)

Tuntun Angin (Elaeocarpus floribundus) merupakan salah satu tumbuhan

khas paparan banjir. Tujuan penelitian ini untuk memperoleh suhu annealing yang

optimal untuk primer 28S rRNA pada DNA Tuntun Angin (Elaeocarpus

floribundus) untuk PCR. Prosedur penelitian meliputi pengambilan sampel, isolasi

DNA total, elektroforesis, dan PCR, Keberhasilan proses isolasi dan keutuhan

DNA total dideteksi dan dicek melalui elektroforesis (Fisons model fec 360, large

horizontal gel system) pada 1,2 % gel agarosa dalam 1x buffer TBE (Tris-Borate-

EDTA pH 8.0), tegangan65 volt. Gel hasil elektroforesis diwarnai dengan 5 μg/ml
etidium bromida, visualisasi dibawah sinar UV transilluminator. Keberhasilan dari

isolasi DNA total ditunjukkan dengan adanya pita (band) yang jelas dan

utuh.Hasil elektroforesis menunjukkan bahwaDNA total yang diperoleh utuh yang

ditunjukkan dengan pitayang jelas (Gaffar, 2017). Kualitas DNA total Tuntun

Angin yang diperoleh cukup baik. Pita DNA yang diperoleh utuh dan tebal.

Pendaran pita menunjukkan jumlah DNA, semakin tebal pita maka semakin

banyak jumlah DNA genom dan dapat digunakan untuk proses analisis

selanjutnya. DNA merupakan materi genetik yang terdapat pada makhluk hidup.

Daerah ini memuat berbagai informasi penting, penggunaan DNA semakin sering

diterapkan untuk menganalisis dan menyelesaikan berbagai permasalahan(Jean,

2016).

4.4 Tugas dan pertanyaan

1. Apa yang dimaksud dengan elektroforesis?

Jawab :

Elektroforesis adalah teknik pemisahan molekul atau partikel bermuatan

berdasarkan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik

2. Sebutkan unsur penyusun DNA !

Jawab :

Gula deoksiribosa, basa nitogen, fospat.

3. Sebutkan 4 macam basa penyusun DNA !

Jawab :

Adenin (A), Timin (T), Guanin (G), Sitosin (S).

4. Apa yang membuat DNA bermuatan negatif ?

Jawab :
Yang membuat DNA bermuatan negatif adalah DNA memiliki bagian punggung

fospat yang negatif

5. Apa ciri DNA yang baik dan utuh ?

Jawab :

Ciri DNA yang baik dan utuh adalah ditandai dengan tidak adanya smear, tidak

menyebar dan berbentuk pita tebal

6. Apa yang mempengaruhi proses elektroforesis ?

Jawab :

yang mempengaruhi proses elektroforesis antara lain yaitu ukuran molekul

protein, konsentrasi gel, buffer, medium penyangga, kekuatan voltase, temperatur

medium

V. KESIMPULAN DAN SARAN

V.1Kesimpulan

Adapun kesimpulan pada praktikum ini adalah elektroforesis merupakan

bentuk pengujian dari keberhasilan PCR, DNA yang baik dan utuh adalah ditandai

dengan tidak adanya smear, tidak menyebar dan berbentuk pita tebal, yang

mempengaruhi proses elektroforesis antara lain yaitu ukuran molekul protein,

konsentrasi gel, buffer, medium penyangga, kekuatan voltase, dan temperatur

medium. Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang

bermuatan listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik.

5.2 Saran

Adapun saran pada praktikum ini adalah dalam melakukan praktikum

diharapkan praktikan selalu berhati – hati serta teliti dalam melakukan percobaan

agar tidak terjadi hal yang diiinginkan.

DAFTAR PUSAKA
Atmoko, S. 2015. Teknik Analisis Non-invasif Mitokondria DNA Melalui
Polymerase Chain Reaction. Jurnal Primatologi. 7 (1) : 27 – 33

Amersham. 2015. Protein Electrophoresis. USA : Amersham Biosciences.

Faatih, M. 2016. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian Sains
dan Teknologi. 10 (1) : 61 – 67

Farchiyah. 2015. Biologi Molekuler Prinsip Dasar Analisis. Jakarta : Erlangga.

Gaffar. 2017. Buku Ajar Bioteknologi Molekul. Bandung : FMIPA UNPAD.

Jean, F. 2016. Agarose Gel Electrophoresis Aducations in Clinical Chemistry.

Journal of Medical Biochemistry. 29 (1) : 94 – 10

Klug, W. 2014. Consept of Genetic. Ohio : Merril Pubhlishing.

Lee, S. 2016. Modifed Gel Preparation For Distinct DNA fragment Analysis in
Agarose Gel Electro phoresis. Journal of Tropical Biomediane. 27 (2) 351 –
354

Lisdiyanti. 2015. Polymerase Chain Reaction : Cara Mudah Memperbanyak

DNA. Bogor :Warta Biotek .

Maydelain, S. 2015. Gel Electrophoresis – Principle and Basic. Croatia : Rijena

Intech Pubhliser.

Muladno. 2016. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor : Pustaka

Wirausaha Muda.

Murtin, R. 2016. Gel Electroforesis : Nucleid Acids. Oxford : Bros Scientific

Pubhlisher.

Muwah, M. 2016. Analisis Keanekaragaman Genetik dan Diferensial Jawa dan

Madura Berdasarkan Mikrosatelit dan Mendukung Fingerprinting Jati.
Jurnal Biosaintifika. 2 (2) : 101 – 109

Roslim et al. 2019. Isolation of Partial Housekeeping Genes on Tuntun Angin

(Elaeocarpus floribundus). Biosaintifikas : Journal of Biology and Biology
Education. 11 (2) : 194 - 201

Sambrook, J. 2015. Moleculer Cloning, A Laboratory Manual 3rd Edition. New

York : Cold Spring Harbor Laboratory Press.

Sloane. 2016. Biologi Molekuler Kedokteran. Surabaya: Airlangga University

Press.
Uslan, M. 2015. Optimasi Konsentrasi DNA dan MgCl2 pada Reaksi Polimerase
Chain Reaction – Random Amplified Polymorphic DNA Untuk Analisis
Keragaman Genetik Tanaman Faloak (Sterculia quadrifida). Jurnal
Bioslogos. 5 (1) : 28 - 30

SOAL RESPON ELEKTROFORESIS

1. Molekul apa saja yg dapat dielektroforesis?

Jawab :

Molekul-molekul dapat bermuatan positif atau negatif misal protein dan

turunannya, Molekul yang tidak bermuatan : lemak dan karbohidrat, molekul2 yg

bermuatan juga bergerak ke arah kutub-kutubnya dengan kecepatan tertentu yg

dapat berbeda-beda

2. Apa tujuan elektroforesis?

Jawab :

Elektroforesis digunakan dengan tujuan untuk mengetahui ukuran dan bentuk

suatu partikel baik DNA, RNA dan protein.  Selain itu, elektroforesis juga

digunakan untuk fraksionasi yang dapat digunakan untuk mengisolasi masing-

masing komponen dari campurannya, mempelajari fitogenetika, kekerabatan dan

mempelajari penyakit yang diturunkan. Elektroforesis dalam bidang genetika,

digunakan untuk mengetahui ukuran dan jumlah basa yang dikandung suatu

sekuen DNA tertentu

3. Jelaskan fungsi EtBr, loading dye dan ladder dalam elektroforesis!

Jawab :

 EtBr atau Etidium Bromide berfungsi sebagai pewarna yang mana pewarna ini

mengandung fluoresen sehingga dapat digunakan untuk mewarnai asam

nukleat (DNA maupun RNA).

 Loading Dye berfungsi menambah densitas, sehingga DNA berada di bagian

bawah dari sumur (well), memudahkan meletakkan contoh DNA ke dalam

sumur, dan penanda laju migrasi DNA.

 Ladder berfungsi sebagai penyesuai besar pasang baa target yang dicari.

4. Bagaimana cara membuat gel agarosa(komposisi dan proses)?

Jawab :

Cara membuat gel agarosa yaitu agarose powder ditimbang dengan tepat

dan siapkan buffer dengan volume yang akurat, sesuai dengan berapa konsentrasi

gel yang akan dibuat. Campurkan agarose dan larutan buffer, kocok perlahan

sampai bercampur. Tutuplah wadah botol dengan longgar, untuk menghindari

kelebihan tekanan yang bisa menyebabkan peluapan (explosive). Lalu masukkan

dalam pemanas microwave, kira-kira 1 menit. Gunakan sarung tangan, cek sekali

lagi, dan kocoklah perlahan. Jika belum larut sempurna, masukkan lagi ke dalam

microwave, panaskan kira-kira 15-30 detik. Yang terpenting, gel harus larut

sempurna, karena jika gel tidak larut sempurna, maka hasil pemisahan fragmen

DNA tidak akan akurat. Setelah larut sempurna, dinginkan gel sampai 60 derajat

celcius. Hal ini untuk menghindari kerusakan pada tank pencetak gel. Setelah gel

agak dingin, tambahkan cat (staining). Ada 2 macam cat yang digunakan, yaitu

SYBR dan EtBr. EtBr merupakan cat yang umum dan seringkali digunakan. Perlu

diingat bahwa setiap kali kita menggunakan EtBr, kita harus selalu menggunakan

sarung tangan. Karena sifat EtBr yang bisa menyebabkan mutasi (mutagenic).

Segera buang sarung tangan setelah kita menggunakan untuk bekerja dengan

EtBr. Sebelum menuang gel ke dalam pencetaknya (gel tray), terlebih

dulu tape- lah bagian depan dan belakang pencetak. Yakinkan tape melekat erat

dan tidak akan menyebabkan kebocoran. Lalu letakkan pencetak untuk sumur

(comb) yang akan digunakan sebagai tempat loading sample. Selanjutnya tuanglah

gel pada pencetak gel secara perlahan. Gunakan tip untuk menghilangkan

gelembung, terutama di bagian comb. Biarkan gel memadat, yang kira-kira butuh
waktu 20 menit. Perlahan ambillah comb dan tape dengan hati-hati. Gel siap

digunakan.

5. Sebutkan apa saja yg dimasukkan kedalam sumur elektroforesis!

Jawab :

Sebanyak 2 µl DNA total + 2 µl loading dye

6. Berapa ukuran produk PCR yang diperoleh berdasarkan hasil elektroforesis

DNA yang dilakukan dalam video praktikum?

Jawab :

 18S rRNA

 26S rRNA