Nama : Tri Purwa Ningrum

Kelas : Biologi f 2018

NIM : 18308141064
SOAL MIDTERM
(UJIAN TENGAH SEMESTER)
1. Perbedaan prinsipal sel (Bacteria, Archaea, dan Eukariot)
Jawab :
2. Perbedaan karakteristik : virus, sel tumbuhan dan sel hewan.
3. Jelaskan struktur dan komposisi lipid bilayer, dan sifat semipermiabel
4. Jelaskan fungsi dari protein ekstrinsik, protein integral, dan protein intra membran.
5. Jelaskan mekanisme transport lewat membran sel, endositosis, dan eksositosis
6. Struktur dan fungsi kloroplas, struktur dan fungsi fotosistem, reaksi gelap
Jawab :

Kloroplas

Kloroplas merupakan salah satu rangkaian membran yang di dalamnya mengandung

pigmen pigmen fotosintetik. Secara umum, kloroplas berfungsi sebagai tempat
terjadinya fotosintesis.
 Kloroplas ditutupi oleh suatu membran. Membran ini tersusun oleh membran
dalam fosfolipid, membran luar fosfolipid, dan membran antara kedua membran
itu. Di dalam membran terdapat cairan yang disebut stroma. Stroma
mengandung tumpukan (grana) tilakoid, yang merupakan tempat
berlangsungnya fotosintesis.
 Di dalam stroma juga terdapat lamela-lamela yang bertumpuk-tumpuk
membentuk grana (kumpulan granum). Granum sendiri terdiri atas membran
tilakoid yang merupakan tempat terjadinya reaksi terang dan ruang tilakoid
yang merupakan ruang di antara membran tilakoid. Bila sebuah granum disayat
maka akan dijumpai beberapa komponen seperti protein, klorofil a, klorofil b,
karetonoid, dan lipid. Secara keseluruhan, stroma berisi protein, enzim, DNA,
RNA, gula fosfat, ribosom, vitamin-vitamin, dan juga ion-ion logam seperti
mangan (Mn), besi (Fe), maupun tembaga (Cu).
 Tilakoid berbentuk cakram datar, dilapisi oleh membran dengan lumen atau
ruang tilakoid di dalamnya. Tempat terjadinya fotosintesis adalah membran
tilakoid, yang mengandung kompleks membran integral dan kompleks
membran periferal, termasuk membran yang menyerap energi cahaya, yang
 membentuk fotosistem.
Fotosistem

Fotosistem adalah suatu unit yang mampu menangkap energi cahaya Matahari yang
terdiri dari klorofil a, kompleks antena, dan akseptor elektron. Fotosistem sendiri dapat
dibedakan menjadi dua, yaitu fotosistem I dan fotosistem II.
 Pada fotosistem I ini penyerapan energi cahaya dilakukan oleh klorofil a yang
sensitif terhadap cahaya dengan panjang gelombang 700 nm sehingga klorofil a
disebut juga P700. Energi yang diperoleh P700 ditransfer dari kompleks antena.
 Pada fotosistem II penyerapan energi cahaya dilakukan oleh klorofil a yang
sensitif terhadap panjang gelombang 680 nm sehingga disebut P680. P680 yang
teroksidasi merupakan agen pengoksidasi yang lebih kuat daripada P700.
Dengan potensial redoks yang lebih besar, akan cukup elektron negatif untuk
memperoleh elektron dari molekul-molekul air.
Reaksi Gelap
Reaksi gelap pada tumbuhan dapat terjadi melalui dua jalur, yaitu siklus Calvin-
Benson dan jalur Hatch-Slack.
 Pada siklus Calvin-Benson tumbuhan mengubah senyawa ribulosa-1,5-bisfosfat
(RuBP, senyawa dengan lima atom C) dan molekul karbondioksida menjadi dua
senyawa 3-fosfogliserat (PGA)  Oleh karena PGA memiliki tiga atom karbon.
Tumbuhan yang menjalankan reaksi gelap melalui jalur ini dinamakan
tumbuhan C3. Penambatan CO2 sebagai sumber karbon pada tumbuhan ini
dibantu oleh enzim Rubisco, yang merupakan enzim alami yang paling
melimpah di bumi.

Mekanisme :
Mekanisme siklus Calvin-Benson dimulai dengan fiksasi CO2 oleh ribulosa
difosfat karboksilase (RuBP) membentuk 3-fosfogliserat. RuBP merupakan
enzim alosetrik yang distimulasi oleh tiga jenis perubahan yang dihasilkan dari
pencahayaan kloroplas.
1) Pertama, reaksi dari enzim ini distimulasi oleh peningkatan pH. Jika
kloroplas diberi cahaya, ion H+ ditranspor dari stroma ke dalam tilakoid
menghasilkan peningkatan pH stroma yang menstimulasi enzim
karboksilase, terletak di permukaan luar membran tilakoid.
2) Kedua, reaksi ini distimulasi oleh Mg2+, yang memasuki stroma daun
sebagai ion H+, jika kloroplas diberi cahaya.
3) Ketiga, reaksi ini distimulasi oleh NADPH, yang dihasilkan oleh
 fotosistem I selama pemberian cahaya.Fiksasi CO2 ini merupakan reaksi
gelap yang distimulasi oleh pencahayaan kloroplas. Fikasasi CO2
melewati proses karboksilasi, reduksi, dan regenerasi. Karboksilasi
melibatkan penambahan CO2 dan H2O ke RuBP membentuk dua
molekul 3-fosfogliserat(3-PGA).
Kemudian pada fase reduksi, gugus karboksil dalam 3-PGA direduksi menjadi
1 gugus aldehida dalam 3-fosforgliseradehida (3-Pgaldehida). Reduksi ini tidak
terjadi secara langsung, tetapi gugus karboksil dari 3-PGA pertama-tama diubah
menjadi ester jenis anhidrida asam pada asam 1,3- bifosfogliserat (1,3-bisPGA)
dengan penambahan gugus fosfat terakhir dari ATP. ATP ini timbul dari
fotofosforilasi dan ADP yang dilepas ketika 1,3-bisPGA terbentuk, yang diubah
kembali dengan cepat menjadi ATP oleh reaksi fotofosforilasi tambahan. Bahan
pereduksi yang sebenarnya adalah NADPH, yang menyumbang 2 elektron.
Secara bersamaan, Pi dilepas dan digunakan kembali untuk mengubah ADP
menjadi ATP. Pada fase regenerasi, yang diregenerasi adalah RuBP yang
diperlukan untuk bereaksi dengan CO2tambahan yang berdifusi secara konstan
ke dalam dan melalui stomata. Pada akhir reaksi Calvin, ATP ketiga yang
diperlukan bagi tiap molekul CO2 yang ditambat, digunakan untuk mengubah
ribulosa-5-fosfat menjadi RuBP, kemudian daur dimulai lagi. Tiga putaran daur
akan menambatkan 3 molekul CO2 dan produk akhirnya adalah 1,3-Pgaldehida.
Sebagian digunakan kloroplas untuk membentuk pati, sebagian lainnya dibawa
keluar. Sistem ini membuat jumlah total fosfat menjadi konstan di kloroplas,
tetapi menyebabkan munculnya triosafosfat di sitosol. Triosa fosfat digunakan
sitosol untuk membentuk sukrosa.
 Tumbuhan yang reaksi gelapnya mengikuti jalur Hatch-Slack disebut tumbuhan
C4 karena senyawa pertama yang terbentuk setelah penambatan CO2 adalah
asam oksaloasetat yang memiliki empat atom karbon. Enzim yang berperan
adalah fosfoenolpiruvat karboksilase

Mekanisme :
Enzim phosphophenol pyruvat carboxilase (PEPco) adalah enzim yang akan
mengikat CO2 dari udara dan kemudian akan menjadi oksaloasetat.
Oksaloasetat akan diubah menjadi malat. Malat akan terkarboksilasi menjadi
piruvat dan CO2. Piruvat akan kembali menjadi PEPco, sedangkan CO2 akan
masuk ke dalam siklus Calvin yang berlangsung di sel bundle sheath dan
melibatkan enzim RuBP. Proses ini dinamakan siklus Hatch Slack, yang terjadi
di sel mesofil. Dalam keseluruhan proses ini, digunakan 5 ATP.
7. Struktur dan fungsi mitokondrion, siklus Kreb’s, transport elektron, dan posforilasi
oksidatif.
Jawab :

Mitokondrion/Mitrokondria

Mitokondria adalah tempat berlangsungnya respirasi seluler, yaitu suatu proses kimiawi
yang memberi energi pada sel. Fungsi utamanya adalah memproduksi ATP. Lebih dari
90 % ATP sel dibentuk di sini. Energi kimiawi ATP nantinya dapat digunakan untuk
menjalankan berbagai reaksi kimia dalam sel.
Struktur Mitokondria :
Mitokondria terdiri atas beberapa bagian utama, yaitu :
1) Membran mitokondria.
Membran mitokondria terdiri dari dua lapisan, yaitu membrane sebelah luar
yang bersifat permeable terhadap molekul kecil dan ion, dan membrane sebelah
dalam bersifat tidak permeable. Pada membran sebelah dalam terdapat berbagai
kompleks protein yang terlibat dalam rantai pernafasan, termasuk di dalamnya
adalah ADP-ATP translocase dan ATP sintase. Kompleks tersebut terlibat
dalam transport electron ke O2. Sebagai contoh, dalam 1 sel hati, membrane
sebelah dalam mitokondria-nya mengandung lebih dari 10 000 set system
transport elektron dan molekul-molekul ATP sintase, yang terdistribusi pada
bagian permukaan membrane sebelah dalam mitokondria.
2) Ruang antar membran
Pada ruang antar membrane terdapat enzim adenilil kinase and creatine kinase.
3) Matriks
Di dalam matriks mengandung sejumlah besar enzim yang terlibat dalam siklus
asam sitrat (siklus Krebs). Juga terdapat enzim-enzim yang berperan dalam
oksidasi asam-asam amino dan asam-asam lemak. Selain itu, di dalam matriks
juga terdapat kompleks piruvat dehydrogenase. Karenanya, jalur metabolisme
oksidasi bahan makanan terjadi di matriks, kecuali glikolisis yang terjadi di
sitosol.

Siklus Kreb’s
Definisi  Siklus asam sitrat atau siklus krebs adalah reaksi antara asetil ko-A
dengan asam oksaloasetat, yang kemudian membentuk asam sitrat. Siklus Krebs
disebut juga dengan siklus asam sitrat, karena menggambarkan langkah pertama dari
siklus tersebut, yaitu penyatuan asetil ko-A dengan asam oksaloasetat untuk
membentuk asam sitrat.
Fungsi utama  bekerja sebagai lintasan-akhir bersama untuk oksidasi karbohidrat,
lipid dan protein (lihat gambar 1.2 tentang katabolisme). Pada hakikatnya siklus
tersebut terdiri atas kombinasi molekul asetil-KoA dengan oksaloasetat. Siklus ini pun
merupakan bagian intergral dari proses yang menyediakan sejumlah besar energi bebas
yang terlepas selama oksidasi karbohidrat, lipid dan protein.
Tahapan Siklus Kreb’s :
1) Pertama-tama asetil ko-A hasil dari reaksi antara (dekarboksilasi oksidatif)
masuk ke dalam siklus dan bergabung dengan asam oksaloasetat membentuk
asam sitrat. Setelah "mengantar" asetil masuk ke dalam siklus Krebs, ko-a
memisahkan diri dari asetil dan keluar dari siklus.
2) Kemudian, asam sitrat mengalami pengurangan dan penambahan satu molekul
air sehingga terbentuk asam isositrat. Lalu, asam isositrat mengalami oksidasi
dengan melepas ion H+, yang kemudian mereduksi NAD+ menjadi NADH, dan
melepaskan satu molekul CO 2 dan membentuk asam α-ketoglutarat.
3) Setelah itu, asam α- ketoglutarat kembali melepaskan satu molekul CO 2, dan
teroksidasi dengan melepaskan satu ion H + yang kembali mereduksi NAD +
menjadi NADH. Selain itu, asam α-ketoglutarat mendapatkan tambahan satu
ko-a dan membentuk suksinil ko-a.
4) Setelah terbentuk suksinil ko-a, molekul ko-a kembali meninggalkan siklus,
sehingga terbentuk asam suksinat. Pelepasan ko-a dan perubahan suksinil ko-a
menjadi asam suksinat menghasilkan cukup energi untuk menggabungkan satu
molekul ADP dan satu gugus fosfat anorganik menjadi satu molekul ATP.
5) Kemudian, asam suksinat mengalami oksidasi dan melepaskan dua ion H +,
yang kemudian diterima oleh FAD dan membentuk FADH 2, dan terbentuklah
asam fumarat. Satu molekul air kemudian ditambahkan ke asam fumarat dan
menyebabkan perubahan susunan (ikatan) substrat pada asam fumarat, karena
itu asam fumarat berubah menjadi asam malat.
6) Terakhir, asam malat mengalami oksidasi dan kembali melepaskan satu ion H
+, yang kemudian diterima oleh NAD + dan membentuk NADH, dan asam
oksaloasetat kembali terbentuk. Asam oksaloasetat ini kemudian akan kembali
mengikat asetil ko-a dan kembali menjalani siklus Krebs. Siklus Krebs ini dari
setiap molekul glukosa akan menghasilkan 2 ATP, 6 NADH, 2 FADH 2, dan 4
CO 2. Selanjutnya, molekul NADH dan FADH 2 yang terbentuk akan
menjalani rangkaian terakhir respirasi aerob, yaitu rantai transpor elektron.

Reaksi Kimia dalam Siklus Kreb’s

Pertama-tama asetil ko-a bereaksi dengan

oksaloasetat dan menjadi sitrat dengan
melibatkan enzim sitrat sintase, reaksi
berlangsung dengan terjadinya kondensasi asetil
ko-a dengan oksaloasetat dan membentuk sitril
ko-a, kemudain sitril ko-a dihidrolisis menjadi
sitrat dan ko-a.
Tahap kedua, sitrat menjadi cis-sitrat dengan
melibatkan enzim aconitase, yaitu dengan
menghidrolisis sitrat yang merupakan isomer dari
isositrat dan menghasilkan cis-asositat sebagai
intermedietnya.
Tahap ketiga, cis-aconitate menjadi isositrat,
dalam reaksi ini juga melibatkan enzim aconitase
dengan saling menukarkan atom H dengan gugus
OH dari tahap kedua di atas.

Tahap keempat, terjadinya reaksi isositrat

menjadi α-ketoglutarat dengan melibatkan enzim
isositrat dehidrogenase, melalui proses
dekarboksilasi oksidatif dari isositrat menjadi
oksalosuksinat sebagai intermedietnya. Lalu CO
2 meninggalkan oksalosuksinat yang kemudian
berubah menjadi α- ketoglutarat. Reaksi ini
menghasilkan NADH.

Tahap kelima, α-ketoglutarat menjadi suksinil

ko-a dengan melibatkan enzim α-ketoglutarat
dehidrogenase. Reaksi ini hampir sama dengan
reaksi dekarboksilasi oksidatif dari piruvat
menjadi asetil ko-a oleh kompleks piruvat
dehidrogenase. Reaksi ini menghasilkan 1
NADH.
Tahap keenam, suksinil ko-a menjadi suksinat
yang melibatkan enzim suksinil ko-a sintase,
dengan reaksi fosforilasi ikatan thioester dari
suksinil dan ko-a yang banyak energinya.
Langkah ini merupakan satu-satunya yang
memberikan energi tinggi. GTP dihasilkan oleh
 beberapa reaksi thioester dan fosforilasi dari
GDP.

Tahap ketujuh, suksinat menjadi fumarat dengan

melibatkan enzim suksinat dehidrogenase dengan
reaksi oksidasi dua atom hidrogen dari suksinat
terlepas menuju penerima, FAD. Lalu reaksi ini
menghasilkan fumarat dan FADH 2.

Tahap kedelapan, fumarat menjadi L-malat

dengan melibatkan enzim L- malase, dimana
pada masuknya H 2 O ke dalam fumarat yang
kemudian menghasilkan L-malat.

Tahap kesembilan, L-malat menjadi oksaloasetat

dimana pada reaksi ini terjadi oksidasi malet
yang dihidrogenasi menjadi bentuk oksaloasetat
dengan akseptor NAD. Reaksi ini melibatkan
enzim malat dehidrogenase dan menghasilkan
NADH 2.

Tahap terakhir, reaksi oksaloasetat dengan asetil

ko-a menjadi sitrat dengan melibatkan enzim
sitrat sintase melalui reaksi kondensasi
oksaloasetat dengan asetil ko-a menjadi sitril ko-
a. Lalu sitril ko-a dihidrolisis lagi menjadi sitrat
dan ko-a.

Fosforilasi oksidatif
Fosforilasi oksidatif adalah deretan reaksi redoks yang melibatkan berbagai kompleks
protein yang terikat pada membrane sebelah dalam dari mitokondria. Dalam rangkaian
reaksi redoks ini, elektron dari ekivalen pereduksi (yaitu NADH dan FADH 2)
dipindahkan dengan tujuan akhir ke molekul O2 melalui sejumlah gugus pembawa
elektron yang terikat pada kompleks protein (koenzim). Energi yang dibebaskan dalam
proses redoks ini diubah menjadi molekul berenergi tinggi yaitu ATP. Oleh karena
melibatkan proses reaksi redoks, pembentukan ATP dengan mekanisme ini disebut
sebagai fosforilasi oksidatif. Fosforilasi oksidatif juga disebut rantai transport elektron
karena dalam proses ini melibatkan transfer elektron. Selain itu, sering juga digunakan
istilah rantai pernafasan karena melibatkan oksigen sebagai tujuan akhir dari transfer
elektron. Selain melalui fosforilasi oksidatif, ATP juga dibentuk melalui mekanisme
fosforilasi tingkat substrat.

8. Struktur dan fungsi sitoplasma, organel seluler dan sitoskeleton

Jawab :

Sitoplasma
Fungsi Sitoplasma :
1) Sebagai medium terjadinya reaksi-reaksi kimia sel
2) Sebagai penerima bahan-bahan dasar dari lingkungan eksternal dan
mengubahnya menjadi bahan yang dapat digunakan sebagai energi.
3) Sebagai tempat dimana zat baru disintesis untuk keperluan sel.
4) Sumber bahan kimia penting bagi sel karena di dalamnya terdapat senyawa-
senyawa organik terlarut, ion-ion, gas, molekul kecil seperti garam, asam
lemak, asam amino, nukleotida, molekul besar seperti protein, dan RNA yang
membentuk koloid.
5) Sebagai tempat menampung semua organel sel di luar nukleus.
6) Dapat mengekalkan bentuk dan ketekalan sel.
7) Sebagai tempat simpanan bahan-bahan kimia yang sangat diperlukan untuk
hidup, dan terlibat dalam tindak-tindak balas metabolisme yang penting seperti
glikolisis anaerob dan sintesis protein.
Struktur atau Komponen Penyusun Sitoplasma :
1) Cairan seperti gel (agar-agar atau jeli) yang disebut sitosol.
2) Substansi simpanan dalam sitoplasma. Substansi ini bervariasi tergantung tipe
sel nya. Sebagai contoh, sitoplasma sel hati mengandung simpanan molekul
glikogen, sedangkan sitoplasma sel lemak mengandung tetesan lemak besar.
3) Jaringan yang strukturnya seperti filamen (benang) dan serabut yang saling
berhubungan. Jaringan benang dan serabut disebut sitoskleton.
4) Organel-orgael sel.
Organel Seluler
1) Sitoskeleton
Sitoskeleton adalah kerangka sel. Fungsinya adalah untuk menyokong struktur
sel dan organel lain pada sel. Sitoskeleton juga membentuk sentriol.
Sitoskeleton terdiri dari mikrofilamen, filamen tengah, dan mikrotubulus.
Sitoskeleton dimiliki oleh semua jenis sel.
2) Ribosom
Ribosom adalah organel kecil, padat, dan tidak bermembran namun berperan
penting sebagai tempat sintesis protein. Dalam sebuah sel terdapat banyak
ribosom yang tersebar di sitoplasma dan melekat di retikulum endoplasma
kasar. Ribosom dimiliki oleh semua jenis sel.
3) Retikulum Endoplasma
Retikulum endoplasma atau disingkat RE adalah organel yang berupa kumpulan
 kantung seperti membran. Retikulum endoplasma hanya ada di sel eukariotik.
Terdapat dua jenis RE yaitu RE kasar dan RE halus. RE kasar terdapat banyak
ribosom dan menempel dengan inti sel. Sedangkan RE halus tidak memiliki
ribosom. Fungsi RE kasar adalah untuk sintesis protein. Fungsi RE halus adalah
untuk sintesis lipid, metabolisme karbohidrat, dan detoksifikasi obat-obatan.
4) Badan Golgi
Badan golgi atau aparatus golgi adalah organel terikat membran yang berperan
dalam sistem ekskresi sel. Bentuknya berupa kantung pipih bertumpuktumpuk
mulai dari yang besar maupun kecil. Badan golgi dapat ditemukan di hampir
semua sel eukariotik.
5) Mitokondria
Mitokondria adalah organel yang berperan penting dalam proses respirasi sel.
Mitokondria menghasilkan energi ATP yang sangat berguna bagi kelangsungan
sel. Salah satu keunikan dari mitokondria adalah memiliki DNA sendiri.
Ilmuwan bahkan percaya bahwa mitokondria dahulu pernah hidup bebas.
Mitokondria terdapat pada sel eukariotik.
6) Lisosom
Lisosom adalah organel berwujud kantong agak bulat yang dikelilingi membran
tunggal. Di dalamnya terdapat enzim hidrolitik untuk mengontrol pencernaan
intraseluler. Fungsi lisosom adalah untuk mencerna makromolekul seperti
polisakarida, lipid, fosfolipid, asam nukleat, dan protein. Lisosom dapat
ditemukan di hampir semua sel hewan kecuali sel darah merah.
7) Sentriol
Sentriol adalah organel yang berperan penting dalam pembelahan sel melalui
proses yang disebut mitosis. Sentriol hanya ditemukan pada sel hewan.
Meskipun sel tumbuhan tidak memiliki sentriol, tumbuhan tetap dapat
melakukan pembelahan sel.
8) Plastida
Plastida adalah organel yang menghasilkan warna pada sel tumbuhan. Plastida
hanya terdapat pada sel tumbuhan. Fungsi plastida sangat penting karena
disinilah fotosintesis berlangsung dan menghasilkan energi ATP bagi
tumbuhan. Plastida terdiri dari tiga jenis yaitu kloroplas, kromoplas, dan
leukoplas.
9) Peroksisom
Peroksisom adalah organel mengandung protein reseptor yang terbungkus oleh
membran tunggal yang terbuat dari lipid. Peroksisom dapat ditemukan di
hampir setiap sel eukariotik. Fungsi peroksisom adalah untuk menyederhanakan
rantai asam lemak yang panjang melalui proses beta oksidasi. Selain itu,
peroksisom juga berfungsi mentransfer hidrogen ke oksigen dan menetralkan
racun yang dihasilkan oleh proses transfer tersebut.
10) Vakuola
Vakuola adalah organel berupa rongga diselaputi oleh membran (tonoplas) yang
berisi cairan seperti air, asam organik, enzim, asam amino, lipid, glukosa,
alkaloid, garam mineral, asam, dan basa. Vakuola dapat dijumpai pada hampir
 semua jenis sel. Hanya saja ukuran vakuola pada sel tumbuhan sangat besar
bahkan mendominasi volume sel tumbuhan. Vakuola pada sel hewan berukuran
kecil namun jumlahnya lebih dari satu. Fungsi vakuola adalah sebagai tempat
penyimpanan.
11) Inti Sel
Inti sel atau nukleus adalah bagian yang menyimpan kode genetik dalam bentuk
DNA. Fungsi inti sel adalah untuk mengatur seluruh kegiatan sel dan
menyimpan DNA. DNA disimpan di dalam kromosom. Di dalam nukleus
terdapat cairan yang disebut nukleoplasma. Inti sel hanya terdapat di dalam sel
eukariotik. DNA di dalam sel prokariotik bercampur dengan sitoplasma

9. Struktur dan fungsi nukleus, struktur dan organisasi Kromatin, DNA, gena dan genom,
Jawab :
Nukleus

Nukleus  Merupakan lokasi untuk sebagian besar pembuatan asam nukleat sel,
seperti DNA dan RNA.
Fungsi :
1) Menyimpan gen pada kromosom
2) Mengatur gen dalam kromosom dalam proses pembelahan sel
3) Mentransport faktor regulasi dan produk gen
4) Melewati pori inti
5) Menghasilkan pesan (mRNA) yang mengkode protein
6) Menghasilkan ribosom dalam nukleus
7) Mengatur DNA uncoiling dalam replikasi gen
Struktur Nukleus :
Struktur Nukleus dipisahkan dari sitoplasma dengan selaput inti, suatu sistem membran
yang terdiri dari dua membran kosentrik, membran yang satu berlapis dibawah yang
lain.
 Membran nukleus,
Membran nucleus atau disebut amplop nukleus, didefinisikan sebagai membran
yang mengelilingi materi genetik yang terkandung di dalam inti sel. Fungsi
membran yaitu untuk memisahkan inti sel dari sitoplasma yang
mengelilinginya. Membran sel inilah yang membedakan antara sel eukaripotik
dengan sel prokariotik, dimana pada sel prokariotik tidak
mempunyai membran sel. Membran nukleus terdiri dari membran dalam dan
luar, lamina dan kompleks pori. Amplop atau selubung nukleus terdiri dari
fosfolipid dan mengelilingi inti sel dengan membran berlapis ganda terdiri dari
beberapa pori-pori.
Membran luar
Membran luar dari selaput inti berhubungan langsung dengan sistem membran
sitoplasma yang dikenal dengan reticulum endoplasma. Karena itu membran luar
inti dan reticulum memiliki satu ciri sama yaitu keduanya ditaburi oleh ribosom,
yang merupakan organel yang berperan dalam sintesis protein.
Membran dalam
Dalam membran nukleus terdapat lamina fibrosa yaitu struktur protein yang
berhubungan erat dengan selaput inti, yang variasi ketebalannya antar 80-300 nm
tergantung dari sel yang diamati, namun pori membran nukleus tidak ditutupi oleh
struktur ini. Lamina fibrosa terdiri dari 3 lapis polipeptida, disebut lamin, yang
merupakan bagian dari matriks inti. Di bagian dalam membran inti ada sebuah pori
nukleus yang berperan dala menyatukan nukleoplasma dengan sitosol agar dapat
membantu dalam mempermudah inti sel dan sitoplasma melakukan sebuah proses
pertukaran molekul. Dimana hampir dari setiap molekul tersebut merupakan sebuah
mRNA yang mempunyai fungsi dalam mensintesis protein.

 Nukleoplasma

Nukleoplasma adalah jenis protoplasma yang tersusun atas cairan kental dan
merupakan serat kromatin yang terbuat dari DNA dan biasanya ditemukan dalam
inti sel eukariotik. Cairan ini terutama mengandung air, ion terlarut, dan campuran
molekul yang kompleks. Fungsinya adalah untuk bertindak sebagai media suspensi
untuk organel nukleus. Banyak zat seperti nukleotida dan enzim, yang aktivitas
langsungnya yang terjadi di dalam nukleus dilarutkan dalam nukleoplasma. Bagian
nukleoplasma yang larut dan cair disebut nukleosol atau hyaloplasma.

Komponen nukleoplasma yaitu :

- Nukleolus
Nukleolus adalah pusat produksi utama dalam nukleus. Nukleolus merupakan
tempat berlangsungnya transkripsi gen yang dari proses tersebut didapatkan
molekul rRNA. rRNA adalah salah satu jenis RNA yang merupakan materi
penyusun ribosom. Molekul rRNA yang baru terbentuk segera dikemas bersama
protein ribosom untuk dikeluarkan dari inti sel.
 - Nukleotida
Nukleotida juga ditemukan dalam nukleoplasma. Mereka adalah blok bangunan
DNA dan RNA. Semua nukleotida terdiri dari basa, gugus fosfat, dan gula
deoksiribosa.
- Kromatin
Kromatin adalah kompleks DNA, RNA, dan protein yang membantu pelipatan
DNA. Kromatin mencegah terjeratnya string selama pelipatan DNA dan
meningkatkan efisiensi replikasi. Mereka juga berhubungan dengan proses represi
gen, ekspresi gen dan transkripsi.
- Matriks nukleus
Matriks nucleus akan mempertahankan struktur nukleus dan ditemukan di seluruh
nukleus. Ini juga membantu dalam mengatur materi genetik sel.
- Enzim.
Nukleoplasma terdiri dari berbagai enzim yang mengkatalisasi reaksi yang terjadi
di dalam nukleus. DNA polimerase adalah enzim paling penting yang ditemukan
dalam nukleoplasma. Enzim lain yang ada dalam nukleoplasma termasuk
hexokinase, P-fructokinase, dan 6-P-gluconic dehydrogenase.

Kromatin

DNA dalam nukleus tersusun atas benang-benang halus yang disebut kromatin.
Terdapat 2 macam kromatin, dimana kromatin yang kurang padat disebut eukromatin
sedangkan kromatin yang padat disebut heterokromatin. Benang halus kromatin akan
memadat dan berkumpul membentuk struktur lebih besar yang disebut kromosom
ketika sel akan membelah diri. Gen-gen penentu sifat makhluk hidup terletak pada
tempat khusus di kromosom yang disebut lokus gen. Tiap jenis makhluk hidup
memiliki jumlah kromosom yang khas dengan gen-gen yang berbeda-beda. Kromatin
yang terkandung dalam amplop nukleus. Kromatin berisi DNA dan protein yang
dikombinasikan bentuk kromosom, yang merupakan bahan bangunan sel dan
mengandung kode genetik untuk replikasi sel.
Terdapat 2 macam kromatin:

1) Kromatin yang kurang padat disebut eukromatin

2) Kromatin yang padat disebut heterokromatin.

Eukromatin  dalam RNA, menghasilkan protein untuk  energi. Kromatin ini tersebar
dibandingkan jenis  lainnya. (DNA) atau Deoxyribo Nucleic Acid  pada heterokromatin
disebut genetik tidak aktif. Komponen utama kromatin yaitu protein DNA dan histon.
Dua salinan inti histon (H2A, H2B, H3 & H4) yang menjadi octamer. Yang mana
octamer memiliki 145-147 pasangan basa Deoxyribo Nucleic Acid DNA yang melilit
untuk membentuk inti nukleosom. Nukleosom mengontrol aksesibilitas DNA untuk
mesin transkripsi dan kromatin faktor remodeling. Struktur kromatin tergantung pada
beberapa faktor. Struktur keseluruhan tergantung pada tahap siklus sel. Selama
interfase, kromatin lebih longgar untuk akses ke RNA dan DNA polimerase dan
mereplikasi DNA.

Regulasi Struktur Kromatin

DNA di dalam sel terpacking membentuk kromatin. Dalam packing DNA membentuk
kromatin atau kromosom ada beberapa tahapan. DNA tergulung pada protein yang
disebut dengan protein histon membentuk nukleosom. Kumpulan nukleosom tersebut
digulung lagi membentuk suatu struktur menyerupai fiber. Fiber tersebut digulung lagi
hingga membentuk kromatin. Untuk bisa melakukan transkripsi, kromatin yang
awalnya berbentuk sangat kompak (padat) mengalami perubahan menjadi lebih
terbuka, sehingga transkripsi bisa terjadi
DNA

Struktur DNA secara umum memiliki dua pita spiral melingkar ke kanan dengan arah
berlawanan dengan struktur double helix yang saling berpilin. Di bagian luar terdapat
deretan gula fosfat yang membentuk tulang punggung dari double helix dan dibagian
dalam terdapat basa purin dan pirimidin.

Susunan kimiawi dari DNA yaitu :

1) Gula jenis deoksiribosa

2) Basa nitrogen
dengan derivat purin = adenine dan guanine
dan derivat pirimidin = sitosin dan timin
3) Fosfat = yang menghubungkan satu nukleotida dengan nukleotida lain

Gen dan Genom

Secara fisik, gen adalah urutan senyawa DNA (asam dioksiribonukleat), yang
menyandi suatu protein dan polipeptida, atau untaian RNA (asam ribonukleat) yang
 membawa sifat atau informasi tertentu bagi organisme. Gen adalah bagian-bagian dari
DNA yang mengkode protein. gen merujuk suatu lokasi tertentu pada genom yang
mewariskan sifat menurun dan terkait dengan fungsi regulator (pengendali), pembawa
pesan dan peran fungsional lainnya dalam sel tubuh suatu organisme. 

Secara keseluruhan kumpulan gen-gen yang terdapat di dalam setiap sel individu
organisme disebut sebagai genom. Dengan perkataan lain, genom suatu organisme
adalah kumpulan semua gen yang dimiliki oleh organisme tersebut pada setiap selnya

10. Jelaskan replikasi DNA, dan ekspresi gena eukariot

Jawab :
Replikasi DNA
Replikasi DNA adalah proses penggandaan DNA yang terjadi sebelum sel membelah diri.
Pada mulanya, secara teoritis, diusulkan bahwa replikasi DNA berlangsung melalui tiga
cara, yaitu :
1) Model Konservatif :
Teori ini menjelaskan bahwa DNA induk tidak mengalami perubahan apapun, lalu
urutan basa-basa nitrogennya disalin sehigga terbentuk dua rantai DNA yang sama
persis.
2) Model Semikonservatif :
Mekanisme :
Pada replikasi DNA, mula-mula kedua untai DNA terpisah, kemudian masing-masing
untai berfungsi sebagai templat untuk sintesis untai DNA yang baru, sehingga proses
replikasi menghasilkan dua molekul DNA baru, masing-masing memiliki satu rantai
lama dan satu rantai baru. Di dalam rantai DNA, titik awal dimulainya replikasi DNA
disebut sebagai ori (‘origin of replication”). Replikasi DNA berlangsung ke dua arah.
Helikase merupakan enzim yang memisahkan kedua untai DNA pada proses replikasi
DNA in vitro. Dalam molekul DNA rantai panjang, replikasi terjadi pada potongan-
potongan rantai pendek dan kedua rantai DNA induk 27 terpisah hanya pada titik
awal replikasi membentuk molekul seperti huruf Y yang biasa disebut ’fork’ replikasi.
Rantai DNA baru tumbuh dalam arah 5’→3’ dengan penambahan molekul
 deoksiribonukleotida pada gugus 3’-OH. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim DNA
polimerase. Karena kedua rantai DNA adalah antiparalel, rantai yang berperan
sebagai templat dibaca dari ujung 3’ kearah 5’. Jika kedua rantai disintesis secara
kontinu selama fork replikasi bergerak, salah satu rantai akan mengalami sintesis
dengan arah 3’→5’. Rantai yang disintesis secara kontinu atau ’leading strand’ adalah
rantai yang sintesis 5’→3’nya berlangsung dengan arah yang sama dengan pergerakan
fork replikasi, sedang rantai diskontinu atau ’lagging strand’ adalah rantai yang
sintesis 5’→3’-nya berlangsung berlawanan dengan arah pergerakan fork replikasi
(Gambar 4.3). Panjang fragmen Okazaki berkisar antara ratusan sampai ribuan
nukleotida, tergantung pada tipe sel. Fragmen Okazaki kemudian disambungkan oleh
enzim DNA ligase
3) Model Dispersif :
Teori ini menjelaskan bahwa DNA induk terpotong-potong, kemudian potongan-
potongan tersebut merangkai diri menjadi dua buah DNA baru yangmempnyai urutan
basa-basa nitrogen sama persis seprti urutan basa nitrogen semula.
Regulasi Ekspresi Gen Eukariot :
Regulasi ekspresi gen eukariotik dapat berlangsung di berbagai tahap aliran informasi
genetik, mulai dari DNA sampai protein. Dari Gambar 20 tampak bahwa sebuah sel dapat
mengendalikan protein yang dibuatnya dengan jalan :
1) Mengatur kapan dan berapa sering sebuah gen ditranskripsikan (kontrol transkripsi),
2) Mengatur bagaimana mRNA hasil transkripsi dipotong atau diproses (kontrol
prosesing mRNA)
3) Menentukan mRNA mana yang akan diekspor dari nukleus ke sitosol (kontrol
lokalisasi dan transport RNA)
4) Secara selektif mendegradasi molekul mRNA tertentu (kontrol degradasi RNA)
5) Memilih mRNA mana yang ditranslasikan oleh ribosom (kontrol translasi)
6) Secara selektif mengaktivasi atau mendeaktivasi protein setelah disintesis (kontrol
aktivitas protein). Namun demikian, sama seperti pada sel-sel prokaritik, regulasi
utama ekspresi gen eukariotik adalah kontrol pada tahap inisiasi transkripsi.

Regulasi Transkripsi
Sebagaimana pada sel-sel bakteri, transkripsi dalam sel-sel eukariotik dikendalikan melalui
pengikatan protein-protein tertentu pada sekuens regulator spesifik pada DNA, yang akhirnya
akan memodulasi aktivitas RNA polimerase. Regulasi ekspresi gen pada berbagai jenis sel-
sel eukariotik dalam tubuh organisme multiselular yang sudah berdiferensiasi secara
paripurna ini sangat rumit. Hal ini dilakukan terutama melalui kombinasi aksi berbagai jenis
protein regulator transkripsi. Akan tetapi, ada perbedaan mendasar antara regulasi transkripsi
pada sel prokariotik dan eukariotik. Kalau pada sel-sel prokariotik, protein represor akan
menduduki sekuens operator sehingga transkripsi tidak dapat dimulai, sebaliknya pada sel-sel
eukariotik, protein-protein regulator transkripsi justru berperan untuk mempermudah aktivitas
RNA polimerase, antara lain dengan jalan mengubah densitas atau posisi nukleosom sehingga
sekuens promoter lebih terekspos dan dengan demikian lebih mudah dikenali dan diikat oleh
RNA polimerase (Gambar 21).

Jadi, dapat dikatakan bahwa pada sel-sel prokariotik, posisi dasar (ground state) gen adalah
“on”, artinya siap untuk ditranskripsikan. Apabila ada protein represor, maka transkripsi akan
terhambat. Sebaliknya, pada sel-sel eukariotik, posisi dasar (ground state) gen adalah “off”,
artinya tidak siap untuk ditranskripsikan. Justru, protein regulator diperlukan untuk
mengubah posisi “off” menjadi “on” (gen siap ditranskripsikan). Regulasi transkripsi
merupakan mekanisme terintegrasi yang melibatkan sekuens sekuens yang bekerja secara cis
(cis-acting sequences) dan faktor-faktor yang bekerja secara trans (trans-acting factors). Cis-
acting sequence umumnya terdapat di arah 5' dari situs awal transkripsi (transcriptional start
site). Sekuenssekuens ini merupakan substrat atau pasangan dari trans-acting factors.
Faktorfaktor ini membentuk ikatan dengan cis-acting sequences dan mempersiapkan DNA
dan lingkungannya untuk siap melakukan transkripsi. Karena trans-acting factors merupakan
protein, maka faktor-faktor ini juga harus dikode oleh gen-gen dalam DNA. Dan gen-gen ini
juga dapat dikendalikan oleh interaksi antara cisacting sequences dan trans-acting factors.
Interaksi antara gen dan cis-acting sequences dan trans-acting factors merupakan alur
tahapan-tahapan dalam peristiwa genetik.
Cis-acting Sequences
Sekuens yang berada di arah 5' dari situs awal atau start site transkripsi ini merupakan bagian
yang paling penting dalam inisiasi transkripsi. Disinilah dibentuk kompleks transkripsi.
Secara umum, bagian ini disebut “sekuens promoter”. Dalam genom eukariotik terdapat
beberapa sekuens yang sangat dikonservasi, salah satu di antaranya adalah yang dikenal
sebagai “TATA Box”. Sekuens ini terletak sekitar 30 ke arah upstream (-30) dari situs awal
transkripsi, dan merupakan satu-satunya sekuens yang mutlak ada dalam sekuens promoter.
Sekuens lain yang juga sering ditemukan dalam promoter, tetapi tidak selalu ada, adalah
sekuens CCAAT (disebut “CAT Box”) dan “Box GC”. Karena mutan dari ketiga sekuens ini
hanya mengekspresikan mRNA dalam jumlah sangat kecil, maka diperkirakan ketiganya
merupakan sekuens yang sangat penting dalam kompleks transkripsi. Pada Gambar 22
disajikan contoh sekuens promoter, yaitu dari gen timidin kinase virus Herpes Simplex.

Trans-acting Factors
Trans-acting factors secara fungsional memiliki dua domain. Domain pertama dibutuhkan
untuk berikatan dengan DNA, dan domain yang kedua dibutuhkan untuk aktivasi transkripsi.
Ada beberapa kelas trans-acting factors yang sudah dikenal, dan seluruhnya mengaktivasi
transkripsi dengan jalan berikatan dengan DNA pada sekuens promoter