Klebsiella pneumoniae menyebabkan infeksi saluran kemih pada hewan dan manusia

pendamping: struktur populasi, resistensi antimikroba dan gen virulensi Ca´tia Marques 1,
Juliana Menezes1, Adriana Belas1, Catarina Aboim1, Patrı´cia Cavaco-Silva2,3, Grac¸a
Trigueiro4, Luı ´s Telo Gama1 dan Constanc¸a Pomba 1 *

Pendahuluan Infeksi saluran kemih (ISK) umumnya didiagnosis pada hewan pendamping
dan manusia dan seringkali memerlukan pengobatan antimikroba.1,2 Meskipun lebih jarang
daripada Escherichia coli, ISK pada manusia dan hewan pendamping dapat terjadi.
disebabkan oleh Klebsiella pneumoniae.1,3 Lebih lanjut, K. pneumoniae adalah patogen
utama dari infeksi nosokomial, termasuk ISK, yang sering dikaitkan dengan resistansi
terhadap antimikroba prioritas tertinggi yang sangat penting.4

Baru-baru ini, WHO menerbitkan daftar prioritas global bakteri tahan antibiotik, di mana
generasi ketiga sefalosporin (3GC) - dan / atau Enterobacteriaceae yang resisten terhadap
karbapenem, termasuk K. pneumoniae, termasuk dalam kelompok Prioritas 1.5 Oleh karena
itu, deteksi K. pneumoniae penghasil ESBL / AmpC dalam kedokteran hewan merupakan
masalah penting karena hewan dapat berkontribusi untuk penyebarannya.6 Selain itu,
Enterobacteriaceae penghasil ESBL sering MDR, memberikan terapi yang hebat
tantangan.4

Beberapa penelitian mengenai infeksi K. pneumoniae penghasil ESBL pada hewan

pendamping telah melaporkan bahwa bakteri ini mungkin termasuk dalam garis keturunan
klonal berisiko tinggi yang ditemukan pada manusia.7-14 Namun, pengetahuan epidemiologi
K. pneumoniae saat ini dalam kedokteran hewan masih terbatas jika dibandingkan dengan
pengobatan manusia.

K. pneumoniae mungkin menyimpan beberapa gen virulensi yang berkontribusi pada

patogenisitasnya. Sebuah studi terbaru, menggunakan WGS, mendeteksi beberapa faktor
virulensi yang secara signifikan lebih sering terjadi di antara K. pneumoniae invasif, seperti
yersiniabactin, aerobactin dan regulator fenotipe mukoid.15 Selain itu, beberapa faktor
virulensi diketahui berperan penting dalam infeksi ISK. , seperti fimbriae tipe-1 dan
aerobaktin.1,16 Namun, penelitian yang melaporkan frekuensi gen virulensi K. pneumoniae
tersebut terbatas pada isolat dari hewan pendamping dan manusia dengan ISK.17-20

Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi resistensi antimikroba dan gen virulensi
strain K. pneumoniae penyebab ISK pada hewan pendamping (anjing dan kucing) dan
manusia. Selain itu juga untuk mengkarakterisasi struktur populasi Klebsiella spp. diisolasi
dari hewan pendamping dan manusia dengan ISK.

Bahan dan Metode Isolat bakteri Dua puluh lima K. pneumoniae dan dua Klebsiella oxytoca
diisolasi di Laboratorium Resistensi Antimikroba di Fakultas Kedokteran Hewan Universitas
Lisbon, dari 24 anjing dan kucing dengan ISK yang tinggal di daerah Lisbon. Tujuh puluh
enam K. pneumoniae dan satu K. oxytoca dikumpulkan dari pasien manusia dengan ISK di
laboratorium analisis klinis swasta dan dari laboratorium mikrobiologi rumah sakit di daerah
Lisbon. Data epidemiologi mengenai jenis ISK tidak tersedia. Klebsiella spp. dari hewan
pendamping dan dari laboratorium analisis pribadi manusia diisolasi secara berurutan
selama 2002-15 dan 2014, masing-masing. Isolat dari laboratorium mikrobiologi rumah sakit
merupakan bagian dari kumpulan bakteri yang tidak penting secara acak yang disimpan dari
tahun 2006 hingga 2015. Sampel dari laboratorium pribadi manusia (n "58) diperoleh dari
manusia dengan ISK yang didapat dari komunitas. Sampel laboratorium rumah sakit (n" 19)
diperoleh dari pasien rawat inap dengan ISK; Namun, asal nosokomial infeksi tidak pasti
karena data pasien tidak mencukupi.

Metode bakteriologi Kultur urin kuantitatif standar dilakukan, dan identifikasi spesies awal
dilakukan dengan uji fenotipikal (API20E atau VITEK II, BioMe´rieux, Marcy-l'E´toile,
Prancis). Identifikasi bakteri dikonfirmasi dengan PCR spesifik spesies.21,22

Pengujian kerentanan Pengujian kerentanan dilakukan dengan metode difusi cakram sesuai
dengan pedoman CLSI dengan antimikroba berikut: (Oxoid, Hampshire, UK) ampisilin 10 lg,
amoksisilin / klavulanat 30 lg, cephalothin 30 lg, cefoxitin 30 lg, cefotaxime 30 lg, ceftazidime
30 lg, cefovecin 30 lg, piperacillin / tazobactam 110lg, cefepime 30 lg, imipenem 10 lg,
meropenem 10 lg, aztreonam 30 lgic, ertapenem 10 lg ciprofloxacin 5 lg, enrofloxacin 5 lg,
norfloksasin 10 lg, levofloxacin 5 lg, gentamicin 10 lg, kanamycin 30 lg, netilmicin 30 lg,
tobramycin 10 lg, amikacin 30 lg, chloramphenicol 30 lg, lorfgenicolycfline lg, nitrofurantoin
300 lg dan trimethoprim / sulfamethoxazole 25 lg. 2324,25

breakpoint CLSI veterinerdigunakan untuk sefalothin, sefovecin dan enrofloxacin.

Florfenicol (senyawa berfluorinasi yang digunakan untuk infeksi saluran pernapasan sapi)
berasal dari breakpoint CLSI hewan untuk infeksi babi.24 Hasil fosfomisin diinterpretasikan
menurut Societe´ Franc¸aise de Microbiology.26 Titik putus CLSI manusia27 digunakan
untuk antimikroba yang tersisa. .

Kategori antimikroba digunakan untuk mengkarakterisasi resistensi multidrug seperti yang

diusulkan sebelumnya.28 Klebsiella spp. dianggap sebagai MDR ketika sepenuhnya
resisten terhadap tiga atau lebih kategori antimikroba.

Penentu resistensi antimikroba b-tahan laktam / intermediet Klebsiella spp. (tidak termasuk
hanya isolat tahan ampisilin) diuji keberadaan gen blaTEM dan blaOXA.29 Klebsiella spp
resisten 3GC / intermediate. selanjutnya disaring untuk gen b-laktamase ESBL (tipe blaCTX-
M) dan AmpC (tipe blaCIT, tipe blaDHA, tipe blaMOX, tipe blaACT, tipe blaFOX dan tipe
blaMIR) oleh PCR dan sekuensing.30, 31 Isolat tahan 3GC / intermediate yang tidak
memiliki gen tipe blaCTX-M atau AmpC dikarakterisasi dengan sekuensing nukleotida untuk
mendeteksi gen ESBL blaTEM dan blaSHV. Kehadiran ISEcp1 di hulu gen tipe blaCTX-M
diselidiki dengan PCR dan sekuensing.32,33

Keberadaan gen yang memberikan resistensi terhadap aminoglikosida [aphAI-IAB, aac (60)
-Ib, aac (30) -IV] , 34-36 tetrasiklin [tet (A), tet (B)], 37 fenikol (floR), 35 fluoroquinolones
(qnrA, qnrB, qnrC, qnrD, qnrS) 38-40 dan trimetoprim / sulfametoksazol [sul1, sul2, sul3,
dfrA12, dfrIa (menargetkan dfrA1, dfrA5, dfrA15, dfrA15b, dfrA16, dfrA16b)] 35,41-44
dievaluasi pada semua isolat resisten / menengah. Selanjutnya semua Klebsiella spp. diuji
keberadaan gen pompa eflux oqxAB45 dan gen protein membran luar ompK35 dan
ompK36.46virulensi

GenKlebsiella spp. disaring dengan PCR untuk mengetahui gen virulensi berikut: adhesin
tipe1 (fimH-1); tipe-3 (mrkD) adhesin dan FimH-like (kpn) adhesin; 18,47 membran luar
lipoprotein (ycfM); 18 catecholate siderophore receptor (iroN); 48 enterobactin (entB); 47
aerobactin (iutA); 47 pengangkut besi dengan fungsi fosfotransferase (kfu); 47 pulau
patogenisitas tinggi yersiniabaktin (YHPI) (fyuA, irp-1, irp-2, ybtS); 47,49,50 serum
resistensi-terkait lipoprotein membran luar (traT); 49 pengatur fenotipe mukoid A (rmpA); 47
sitotoksik necrotizing factor-1 (cnf-1); 51 dan gen terkait metabolisme allantoin (allS) .47 Gen
virulensi

Klebsiella spp. disaring dengan PCR untuk mengetahui gen virulensi berikut: adhesin tipe1
(fimH-1); tipe-3 (mrkD) adhesin dan FimH-like (kpn) adhesin; 18,47 membran luar lipoprotein
(ycfM); 18 catecholate siderophore receptor (iroN); 48 enterobactin (entB); 47 aerobactin
(iutA); 47 pengangkut besi dengan fungsi fosfotransferase (kfu); 47 pulau patogenisitas
tinggi yersiniabaktin (YHPI) (fyuA, irp-1, irp-2, ybtS); 47,49,50 serum resistensi-terkait
lipoprotein membran luar (traT); 49 pengatur fenotipe mukoid A (rmpA); 47 sitotoksik
necrotizing factor-1 (cnf-1); 51 dan gen terkait metabolisme allantoin (allS) .47

Analisis data Analisis statistik dilakukan dengan paket perangkat lunak statistik SAS untuk
Windows, versi 9.3 (SAS Institute, Cary , NC, AS). Uji eksak Fisher digunakan dengan nilai
0,05. Software eBURSTv3 digunakan untuk menganalisis K. pneumoniae ST yang
ditemukan dalam penelitian ini. Interpretasi Klebsiella spp. Pola PFGE dilakukan dengan
perangkat lunak Bionumerics, versi 6.6 (BioMe´rieux, Marcy-l'E´toile, Prancis) menggunakan
metode pengelompokan Dice UPGMA dengan toleransi 1,5% dan batas pengelompokan
80%.

Hasil Klebsiella spp. Resistensi antimikroba K. pneumoniae dari hewan pendamping

menunjukkan resistensi antimikroba yang tinggi, terutama terhadap cephalothin, 3GC,
fluoroquinolones, kanamycin, tetracycline dan trimethoprim / sulfamethoxazole (0,60%). K.
pneumoniae dari manusia menunjukkan frekuensi resistensi yang lebih tinggi terhadap
nitrofurantoin dan trimetoprim / sulfametoksazol. Fosfomisin, amikasin dan karbapenem
adalah antimikroba dengan frekuensi resistansi terendah di semua K. pneumoniae (Tabel 1).
Gen blaTEM dan blaOXA-1 b-laktamase sering ditemukan di antara K. pneumoniae yang
tidak rentan b-laktam (strain yang dikategorikan sebagai resisten antimikroba atau
menengah) (Tabel 2) dan 41.3Marques et al.

(n "19/46) menyimpan keduanya. Gen ESBL blaCTX-M-15 terdeteksi pada 0,80% strain
yang resisten terhadap 3GC (Tabel 2). Dua K. pneumoniae dari hewan pendampingnya
menyimpan blaCTX-M-15 dan AmpC gen secara bersamaan (blaCTX-M-15 / blaDHA-1,
blaCTX-M-15 / blaCMY-2). Genotipe blaTEM / blaOXA-1 / blaCTX-M-15 adalah yang paling
umum (56,2%, n "18/32 ) di antara semua strain yang resisten terhadap 3GC. ISEcp1
terletak di hulu dari semua gen blaCTX-M-15 kecuali dalam dua strain. Di antara gen qnr
yang diuji, qnrB adalah yang paling umum dan secara signifikan lebih sering di antara K.
pneumoniae yang tidak rentan fluoroquinolone dari manusia (P "0,0284) (Tabel 2). Sebagian
besar K. pneumoniae positif qnrB (86,7%, n" 13 / 15) juga menyimpan blaCTX-M-15.
Kanamycin adalah aminoglikosida dengan frekuensi resistansi tertinggi, diikuti oleh
tobramycin dan gentamicin (Tabel 1). K. pneumoniae yang tidak rentan aminoglikosida dari
hewan pendamping dan manusia sering menyimpan aac (60) -Ib (80,0%) dan lebih sedikit
yang positif untuk aphAi-iAB (25,7%) (Tabel 2). Semua strain negatif untuk aac (30) -IV.
Trimethoprim / sulfamethoxazole-non-kerentanan K. pneumoniae sering mengandung sul1,
sul2 dan / atau dfrIa (Tabel 2). Genotipe sul1 / sul2 / dfrIa adalah yang paling umum pada
hewan pendamping (37,5%, n "6/16) diikuti oleh sul1 / sul2 / dfrA12 (18,8%, n" 3/16) dan
sul2 saja (18,8%, n " 3/16). Pada K. pneumoniae dari manusia, sul2 sering terdeteksi sendiri
(40,9%, n "9/22) dan dalam genotipe sul1 / sul2 / dfrIa (22,7%, n" 5/22). Kebanyakan
tetrasiklin- K. pneumoniae yang tidak rentan dari hewan pendampingnya mengandung tet
(A) atau tet (B) saja (88,2%, n "15/17). Hanya tet (A) yang terdeteksi pada K. pneumoniae
yang tidak rentan terhadap tetrasiklin dari manusia; Namun, mayoritas negatif untuk kedua
gen (50,0%, n "9/18) (Tabel 2). Resistensi K. pneumoniae kloramfenikol tinggi (Tabel 1);
namun, hanya satu K. pneumoniae dari hewan pendamping yang berasal dari K.
pneumoniae tinggi Klon berisiko pada hewan pendamping dengan ISK

mengandung gen floR (Tabel 2 dan Tabel S1, tersedia sebagai data tambahan di JAC
Online). Semua K. pneumoniae positif untuk gen ompK35 dan ompK36, kecuali satu yang
negatif untuk ompK35 (FMV4919 / 09). Pompa pengeluaran oqxAB juga umum (95.0%, n
"96/101) dan kemungkinan dikodekan kromosom.15 Delapan puluh persen K. pneumoniae
dari hewan pendamping adalah MDR dan sebagian besar strain resisten terhadap lebih dari
lima kategori antimikroba (Tabel S2). Frekuensi MDR K. pneumoniae dari manusia juga
tinggi (30%, n "23/76) (Tabel S2). Khususnya, semua produsen ESBL / AmpC adalah MDR,
kecuali satu jenis dari infeksi manusia (Tabel S1). K .Oxytoca dari hewan pendamping
keduanya MDR (resisten terhadap 9 dari 12 kategori antimikroba yang diuji) dan memiliki
beberapa gen resisten, termasuk blaDHA-1 (Tabel S3).

virulensi K. pneumoniae Semua K. pneumoniae positif untuk fimH-1, mrkD dan entB.
Selanjutnya ycfM, kpn dan kfu juga sering ditemukan (Tabel S4). Terdeteksi dua genotipe
virulensi utama (VGs) yaitu VG1 [fimH-1 / mrkD / ent (B) / ycfM / kfu; 52.5%, n "53/101] dan
VG2 [fimH-1 / mrkD / ent (B) / ycfM / kpn; 40,6%, n "41/101] (Tabel 3). K. pneumoniae dari
hewan pendamping memiliki frekuensi VG1 yang jauh lebih tinggi (P" 0,0023) dan frekuensi
VG2 (P "0,0045) yang lebih rendah daripada isolat dari manusia. . pneumoniae dari
manusia, frekuensi VG1 (43,4%, n "33/76) dan VG2 (48.7%, n" 37/76) adalah serupa (Tabel
3). Meskipun frekuensi gen YHPI lebih tinggi pada K. pneumoniae dari manusia (P "0,0165),
itu juga terdeteksi pada strain dari hewan pendamping (16%) (Tabel 3 dan Tabel S4). Gen
virulensi yang tersisa tidak ada atau jarang terdeteksi (Tabel S4).

Struktur populasi Hewan pendamping K. pneumoniae tahan-MDR 3GC dimiliki terutama

oleh ST15 (73,3%, n "11/15), tetapi ST37, ST11, ST147 dan ST348 juga terdeteksi (Gambar
1 dan Tabel S1). . pneumoniae dari manusia termasuk dalam sejumlah besar garis
keturunan klonal (n "14), tetapi juga termasuk MDR ST15 (n" 2), ST348 (n "1) dan ST11 (n"
1) (Gambar 1 dan Tabel S1). K. pneumoniae yang rentan terhadap 3GC dari hewan
pendamping menunjukkan keragaman garis keturunan tambahan; namun, dua ST15 juga
ditemukan (Gambar 1 dan Tabel S1). Semua ST15 K. pneumoniae dari hewan atau
manusia resisten fluoroquinolon terlepas dari kerentanan 3GC (Tabel S1 dan Gambar S1)
Tujuh ST baru dijelaskan (ST3027-ST3033) (Gambar 1 dan Tabel S1) Dalam analisis eBurst
dua ST baru dari hewan pendamping (ST3027 dan ST3030) adalah varian lokus tunggal
atau ganda dari ST35, yang terdeteksi di tiga strain ISK manusia (Gambar 1). Analisis PFGE
menghasilkan 19 cluster (C1-C19) dan 43 jenis (S1 – S43) (Gambar S1). Empat kelompok
termasuk strain K. pneumoniae dari masyarakat dan pasien rumah sakit dengan ISK. Selain
itu, enam kelompok termasuk strain dari hewan pendamping dan manusia (C1, C2, C4, C5,
C16, C18) yang berisi setidaknya satu strain manusia dan hewan pendamping yang berbagi
kesamaan 80% -86,7% (Gambar S1). Strain K. pneumoniae ST15 dari hewan pendamping
terutama termasuk dalam dua kelompok (C4 dan C5) yang juga termasuk strain dari
manusia (Gambar S1). Semua strain C4 dan C5 berbagi VG1 (Gambar S1). Empat ST15 K.
pneumoniae diperoleh dari tiga sampel urin yang dikumpulkan dari hewan yang sama
dengan interval 2 bulan (FMV3133 / 08, FMV4290 / 08, FMV5704 / 08A dan FMV5704 /
08B). Meskipun dengan beberapa variabilitas genetik, semua strain berkumpul bersama
dengan 0,85% kesamaan (Gambar S1). Dalam satu sampel urin manusia, dua strain serupa
100% dengan antimikroba yang berbeda

Gambar 1. Potret populasi dengan analisis eBURST dari semua strain K. pneumoniae yang
diketik dalam penelitian ini terhadap semua K. pneumoniae ST yang diketahui pada 24
November 2017. Kompleks klonal yang terdeteksi (CCs) ) ditugaskan berdasarkan ST
pendiri yang diprediksi dan dikelompokkan dengan garis putus-putus. Setiap ST diwakili oleh
lingkaran dan garis menghubungkan varian lokus tunggal. Ukuran lingkaran yang relatif
menunjukkan prevalensi setiap ST. Kotak hitam menunjukkan K. pneumoniae ST yang
ditemukan dalam penelitian ini. CAS, K. pneumoniae yang rentan 3GC dari hewan
pendamping dengan ISK; CAR, K. pneumoniae yang resisten terhadap 3GC dari hewan
pendamping dengan ISK; HCA, K. pneumoniae yang resisten terhadap 3GC dari ISK yang
didapat dari komunitas manusia; HHA, K. pneumoniae yang resistan terhadap 3GC dari
pasien penderita ISK di rumah sakit manusia. ST3027-ST3033 adalah ST baru yang
dijelaskan dalam penelitian ini.

resistensi terhadap 3GC diisolasi (GTAFD58A, GTAFD58B) (Gambar S1). Strain FMV3133 /
08 dan FMV4290 / 08 100% mirip dengan strain lain (FMV338 / 08 dan FMV4300 / 08,
masing-masing) yang dikumpulkan dari hewan pendamping yang tidak terkait pada tahun
yang sama. Strain ST11 yang resisten terhadap 3GC dari satu kucing dan satu manusia
yang tidak berkerabat berbagi kesamaan 81,1%, memiliki resistensi MDR dan profil virulensi
yang serupa dan keduanya diisolasi pada tahun 2007 (Tabel S1 dan Gambar S1). Strain
ST348 dari manusia dan kucing adalah 86,7% serupa dan berbagi beberapa gen virulensi;
Namun, profil resistensi antimikroba sangat berbeda (Tabel S1 dan Gambar S1). Analisis
PFGE terhadap K. oxytoca mengungkapkan bahwa kedua strain hewan pendamping MDR
berkumpul bersama tetapi tidak terkait dengan strain manusia (Gambar S2).

Diskusi Jumlah K. pneumoniae yang resistan terhadap MDR 3GC tinggi di antara strain
hewan pendamping, sehingga menciptakan keterbatasan terapeutik yang besar. Deteksi
sering blaCTX-M-15 di antara galur hewan dan manusia yang resisten 3GC sesuai dengan
data yang diterbitkan sebelumnya.7,54 Menariknya, genotipe blaCTX-M-15 / blaOXA-1 /
blaTEM telah dilaporkan di K strain pneumoniae dari manusia di Portugal.55 K. pneumoniae
yang resisten terhadap 3GC dan rentan yang diisolasi dari hewan pendamping dalam
penelitian ini terutama dimiliki oleh ST15. Hasil ini sesuai dengan penelitian sebelumnya
yang menunjukkan bahwa produsen K. pneumoniae ST15-CTX-M-15 tersebar luas di antara
hewan pendamping dengan beberapa infeksi.7,8 K. pneumoniae ST15 juga telah
dideskripsikan pada infeksi yang terjadi di masyarakat dan rumah sakit pada manusia. dari
Portugal, termasuk ISK. 54,56 K. pneumoniae ST11 adalah garis keturunan klonal risiko
tinggi yang tersebar di seluruh dunia yang dikaitkan dengan infeksi yang didapat di rumah
sakit pada manusia dan dengan penyebaran karbapenemase.52 ST11 sebelumnya telah
terdeteksi pada pasien rumah sakit di Portugal , 57 seperti dalam penelitian ini. Deteksi
ST11 pada hewan pendamping mengkhawatirkan dan juga telah dilaporkan di Jerman,
Spanyol, Italia, Swiss, Taiwan dan Jepang.9–14,58,59 Sayangnya, tidak mungkin untuk
menyelidiki kemungkinan hubungan epidemiologi antara kucing yang terinfeksi. dan
pengaturan rumah sakit manusia. Hebatnya, K. pneumoniae ST11 dan ST15 penghasil
karbapenemase telah dilaporkan sebelumnya pada hewan pendamping.59,60
Silsilah klonal berisiko tinggi K. pneumoniae ST147 juga tampaknya disebarluaskan ke
seluruh dunia pada hewan pendamping karena telah dilaporkan di Cina, Spanyol , Swiss,
Jepang dan sekarang di Portugal.8,13,14,58,61 Perlu dicatat bahwa ST147 adalah salah
satu garis keturunan klonal K. pneumoniae penghasil KPC-3 yang dominan pada infeksi
yang didapat di rumah sakit pada pasien manusia di Portugal. 52 K. pneumoniae ST348
mulai dilaporkan di antara K. pneumoniae penghasil karbapenemase ESBLand, 52,56,62,63
termasuk di infeksi yang didapat di rumah sakit di Portugal.52,56 Sepengetahuan kami, ini
adalah laporan pertama dari K. pneumoniae ST348 pada hewan pendamping dan K.
pneumoniae ST37 penghasil MDR CMY-2 di Portugal. Menariknya, K. pneumoniae ST37
yang resisten tigecycline telah terdeteksi pada hewan pendamping dari Asia.61 Sementara
K. pneumoniae yang resisten 3GC dari hewan pendamping menunjukkan garis keturunan
klonal utama (ST15), isolat manusia lebih beragam. Hal yang sama juga terjadi dalam
analisis PFGE secara keseluruhan, menunjuk pada epidemiologi klonal yang berbeda. Fakta
bahwa strain K. pneumoniae dari manusia dan hewan berhubungan dengan periode waktu
yang berbeda merupakan batasan dari penelitian ini yang dapat menghambat pendeteksian
kemiripan tambahan. Meskipun demikian, deteksi K. pneumoniae ST15 pada sampel dari
hewan pendamping yang tidak berkerabat selama rentang waktu yang luas menunjukkan
penyebarannya. Meskipun PFGE adalah metode pengetikan yang lebih diskriminatif
daripada MLST, PFGE masih kurang memiliki resolusi yang cukup untuk membangun
hubungan yang pasti antara strain asal manusia dan hewan. Namun demikian, deteksi
beberapa kelompok PFGE yang terdiri dari strain K. pneumoniae dari hewan pendamping
dan manusia yang termasuk dalam garis keturunan klonal berisiko tinggi merupakan temuan
yang mengkhawatirkan. Studi WGS diperlukan di masa depan untuk mengklarifikasi peran
sebenarnya dari hewan pendamping sebagai reservoir K. pneumoniae bagi manusia yang
bersentuhan langsung dan sebaliknya. Analisis beberapa strain dari hewan yang sama (tiga
kumpulan urin selama periode 4 bulan), mengungkapkan persistensi strain MDR K.
pneumoniae ST15. Hasil ini menyoroti pentingnya melakukan pengujian kerentanan
antimikroba dan mengobati semua penyakit penyerta yang menyebabkan ISK untuk
mempromosikan penyembuhan yang pasti dan dengan demikian mengurangi penyebaran
garis keturunan klonal berisiko tinggi tersebut. Hubungan antara ST15 K. pneumoniae dan
resistensi terhadap semua fluoroquinolones diamati dalam penelitian ini, termasuk resistensi
terhadap levofloxacin, yang merupakan fluoroquinolone generasi ketiga. Resistensi
fluoroquinolone pada K. pneumoniae kemungkinan besar karena mutasi kromosom; namun,
qnrB terdeteksi pada manusia dan hewan pendamping K. pneumoniae. Hubungan antara
blaCTX-M-15 ESBL dan gen qnrB yang diamati dalam penelitian ini telah dilaporkan
sebelumnya.64 Beberapa ST15 K. pneumoniae yang resistan terhadap fluoroquinolone juga
positif untuk aac (60) -Ib. Meskipun gen ini tidak diurutkan dalam penelitian ini, K.
pneumoniae telah terbukti sering menyimpan aac (60) -Ib-cr varian7 dan dengan demikian
mekanisme resistensi ini juga dapat terlibat. K. pneumoniae yang resisten trimetoprim /
sulfametoksazol sering mengandung sul1 dan / atau sul2. Hal yang sama telah dilaporkan
mengenai K. pneumoniae dari manusia dan hewan pendamping.7,15 Frekuensi tinggi
keseluruhan tet (A) di K. pneumoniae sejalan dengan temuan sebelumnya yang
menunjukkan bahwa tet (A) adalah gen tet yang paling tersebar, diikuti oleh tet (D) .15
Fosfomisin dan amikasin adalah antimikroba untuk digunakan manusia yang sesuai untuk
pengobatan ISK.65 Frekuensi resistensi amikasin yang rendah dalam penelitian ini sesuai
dengan laporan sebelumnya pada manusia dengan K. pneumoniae ISK dari Aveiro,
Portugal. 66 Resistensi K. pneumoniae yang rendah terhadap amikasin dan fosfomisin
membuat penggunaan rasionalnya kritis, karena antimikroba ini mungkin menjadi penting di
masa depan untuk menghindari penggunaan karbapenem dalam pengobatan MDR K.
pneumoniaeUTI yang muncul pada manusia. Dua genotipe virulensi utama terdeteksi (VG1,
VG2) yang bervariasi dalam komposisi gen virulensi yang kurang umum. Meskipun frekuensi
VG1 dan VG2 bervariasi secara signifikan antara K. pneumoniae dari hewan pendamping
dan manusia, VG1 dan VG2 terdeteksi pada keduanya. fimH-1 dan mrkD dianggap ada di
mana-mana di antara K. pneumoniae15,18 dan sebenarnya terdeteksi di semua K.
pneumoniae dalam penelitian ini. Selain itu, adhesin tipe-1 merupakan faktor virulensi
penting untuk ISK dan adhesin tipe-3 sangat mendorong pembentukan biofilm. 16,67
Meskipun pada tingkat yang lebih rendah daripada pada E. coli, K. pneumoniae fimH-1
tampaknya mengalami mutasi patoadaptif .16 Oleh karena itu, di masa depan, sekuensing
isolat fimH-1 dari hewan pendamping dan manusia dapat membantu pemahaman lebih
lanjut tentang potensi sifat zoonosis K. pneumoniae di ISK.

Frekuensi gen yang mengkode yersiniabactin siderophore telah terbukti lebih tinggi di antara
K. pneumoniae invasif dan merupakan prediktor kuat dari infeksi manusia.15 Selain itu,
yersiniabaktin telah dianggap sebagai faktor virulensi penting dalam sistitis yang disebabkan
oleh E. coli. 68 Dalam studi ini, meskipun lebih sering di antara strain yang diisolasi dari
manusia, gen penyandi yersiniabactin juga terdeteksi pada K. pneumoniae dari hewan
pendamping, termasuk keturunan klonal risiko tinggi ST11 dan ST15. Sesuai dengan
penelitian sebelumnya, gen virulensi yang tidak termasuk dalam VG1 / VG2 kurang
umum.17,18,50 Namun demikian, beberapa gen virulensi penting, 15,47 seperti allS dan
iutA, terdeteksi pada K. pneumoniae yang diisolasi dari hewan pendamping. dari penelitian
ini. Dua K. oxytoca yang diisolasi dari hewan pendamping menunjukkan fenotipe MDR yang
signifikan dan memiliki beberapa gen resistensi antimikroba utama. Oleh karena itu,
meskipun dianggap sebagai bakteri oportunistik, K. oxytoca dapat menciptakan tantangan
terapeutik yang signifikan dan bertindak sebagai reservoir gen resistensi antimikroba utama.
Sepengetahuan kami, ini adalah laporan pertama dari garis keturunan klonal K. pneumoniae
yang mempengaruhi hewan pendamping dari Portugal. Khususnya, sebagian besar garis
keturunan klonal K. pneumoniae yang resisten terhadap 3GC yang diisolasi dari hewan
pendamping dengan ISK tumpang tindih dengan garis keturunan klonal berisiko tinggi yang
paling sering terdeteksi sebelumnya dari infeksi manusia di Portugal dan di seluruh
dunia.52,54,56,69 Meskipun penelitian lebih lanjut diperlukan untuk mengeksplorasi potensi
zoonosis sebenarnya dari K. pneumoniae yang diisolasi dari hewan pendamping, hasil ini
menunjukkan perlunya pendekatan One Health untuk mengontrol penyebaran garis
keturunan klonal berisiko tinggi MDR K. pneumoniae yang penting. K. pneumoniae dari
hewan pendamping sering MDR dan mengandung gen resistensi antimikroba yang relevan
secara klinis, sehingga menyoroti peran hewan pendamping sebagai reservoir penentu
resistensi utama. Hal ini menimbulkan keprihatinan besar dalam kedokteran hewan karena
penelitian sebelumnya telah menunjukkan bahwa K. pneumoniae rentan terhadap
penyebaran nosokomial.7 Perhatian disarankan saat menangani hewan pendamping
dengan ISK yang disebabkan oleh MDR K. pneumoniae untuk menghindari penyebaran
garis keturunan klonal berisiko tinggi ini. .
Ucapan Terima Kasih Kami berterima kasih kepada Profesor Vicent Perreten karena telah
memberikan kontrol positif untuk skrining PCR sul3. Kami berterima kasih kepada tim
kurator sistem MLST Institut Pasteur (Paris, Prancis) karena telah mengimpor alel, profil,
dan isolat baru di http://bigsdb.web.pasteur.fr.

Pendanaan Pekerjaan ini didanai oleh dana FEDER melalui Programa Operacional Factores
de Competitividade (COMPETE) dan oleh dana Nasional melalui Fundac¸ao para a Cie ~
ˆncia ea Tecnologia (FCT) melalui Proyek UID / CVT / 00276/2013 dan oleh Joint
Programming Initiative on Antimicrobial Resistance Project JPIAMR / 0002/2016 (PET-Risk
Consortium). AB (SFRH / BD / 113142/2015) dan CM (SFRH / BD / 77886/2011) memegang
hibah PhD.

Deklarasi transparansi Tidak ada untuk dideklarasikan.

Data tambahan Tabel S1 hingga S4 dan Gambar S1 dan S2 tersedia sebagai data
tambahan di JAC Online.