PENDAHULUAN Klebsiella pneumoniae pertama kali dijelaskan oleh Carl Friedlander pada

tahun 1882 sebagai bakteri yang diisolasi dari paru-paru pasien yang telah meninggal
karena pneumonia (Friedlaender, 1882). Spesies Klebsiella ditemukan di mana-mana di
alam, termasuk pada tumbuhan, hewan, dan manusia. Mereka adalah agen penyebab
beberapa jenis infeksi pada manusia, termasuk infeksi saluran pernafasan, infeksi saluran
kemih (ISK), dan infeksi aliran darah (Podschun dan Ullmann, 1998). Secara klasik, infeksi
ini terjadi pada pasien rawat inap atau pasien immunocompromised dan secara rutin diobati
dengan β-laktam dan antibiotik lain yang efektif melawan Enterobacteriaceae (Mandell,
2005).

Namun, strain K. pneumoniae yang resistan terhadap antibiotik dan K. pneumoniae yang
hipervirulen telah muncul secara terpisah di seluruh dunia. Selain itu, kemajuan terbaru
dalam kemampuan molekuler telah menunjukkan bahwa sebagian dari isolat klinis yang
diidentifikasi sebagai K. pneumoniae sebenarnya adalah spesies Klebsiella lainnya (Brisse
dan Verhoef, 2001; Brisse et al., 2004; Maatallah et al., 2014; Berry et al., 2014; Berry et
al. ., 2015; Long et al., 2017a). Ulasan ini akan fokus pada epidemiologi oportunistik
endemik, resistensi antibiotik epidemi, dan strain hipervirulen K. pneumoniae yang muncul,
dan peran genom aksesori di setiap patotipe. Memahami bagaimana strain dan spesies
yang muncul ini serupa dan bagaimana mereka berbeda satu sama lain, serta faktor genetik
yang berkontribusi terhadap epidemiologi mereka, diperlukan untuk berhasil memerangi
infeksi ini.

KLEBSIELLA PNEUMONIAE: INFEKSI YANG DIPERLUKAN DI RUMAH SAKIT YANG

PELUANG Klebsiella pneumoniae adalah bakteri patogen Gram-negatif. Pada media agar-agar
memiliki fenotipe mukoid yang diberikan oleh kapsul polisakarida yang menempel pada membran
luar bakteri, dan memfermentasi laktosa. K. pneumoniae merupakan bagian dari famili
Enterobacteriaceae, yang terdiri dari patogen familiar lainnya seperti Escherichia coli, spesies
Yersinia, spesies Salmonella, dan spesies Shigella. K. pneumoniae, penyebab utama infeksi yang
didapat di rumah sakit (HAI) di Amerika Serikat (Magill et al., 2014), secara klasik telah dianggap
sebagai patogen oportunistik, karena biasanya menyebabkan infeksi pada individu yang dirawat di
rumah sakit atau dengan sistem imun yang terganggu (Podschun dan Ullmann, 1998). Karena
virulensi bakteri ini dan ciri demografis pasien yang mereka infeksi mulai bergeser, pemahaman
tentang bagaimana K. pneumoniae ditularkan dan faktor yang bertanggung jawab terhadap
patogenisitas menjadi penting dalam merawat pasien yang terinfeksi. Spesies Klebsiella telah
diidentifikasi sebagai penyebab utama ketiga HAI di Amerika Serikat (9,9%) di belakang Clostridium
difficile dan Staphylococcus aureus (Magill et al., 2014). K. pneumoniae menyebabkan infeksi serius
termasuk pneumonia, ISK, dan infeksi aliran darah (Magill et al., 2014). Faktanya, spesies Klebsiella
telah diidentifikasi sebagai penyebab pneumonia HA nomor tiga di Amerika Serikat, yang
didefinisikan sebagai pneumonia yang terjadi ≥48 jam setelah masuk rumah sakit (Magill et al.,
2014). Spesies Klebsiella juga merupakan penyebab utama pneumonia terkait ventilator (VAP) di
antara pasien di unit perawatan intensif (ICU) (Kalanuria et al., 2014; Selina et al., 2014), dan VAP
bertanggung jawab atas 83% rumah sakit- didapat (HA) pneumonia (Richards et al., 2000). Angka
kematian pada K. pneumoniae pneumonia telah dilaporkan mencapai 50% (Podschun dan Ullmann,
1998).

K. pneumoniae adalah penyebab infeksi aliran darah (BSI) kedua yang disebabkan oleh bakteri Gram-
negatif, di belakang hanya E. coli (Podschun dan Ullmann, 1998; Magill et al., 2014). Kanker adalah
penyakit utama yang mendasari terkait dengan BSI yang didapat di rumah sakit, sedangkan penyakit
hati dan diabetes mellitus memiliki hubungan tertinggi di antara yang didapat dari komunitas (CA) K.
pneumoniae BSI (Kang et al., 2006). BSI dapat menjadi infeksi primer tanpa sumber yang dapat
diidentifikasi. Namun, BSI seringkali merupakan infeksi sekunder yang dihasilkan dari penyebaran ke
aliran darah dari sumber yang diketahui. Sumber umum BSI sekunder termasuk saluran kemih,
saluran pencernaan, kateter intravena atau saluran kemih, dan tempat pernapasan (Montgomerie dan
Ota, 1980). Angka kematian kasus BSI akibat K. pneumoniae adalah 20-30%, dan angka kematian
populasi diperkirakan 1,3 per 100.000 orang (Podschun dan Ullmann, 1998; Meatherall et al., 2009).
Saluran kemih adalah tempat paling umum terjadinya infeksi oleh K. pneumoniae (Podschun dan
Ullmann, 1998). Seperti infeksi lain, ISK akibat K. pneumoniae berhubungan dengan diabetes
mellitus (Lye et al., 1992). ISK terkait kateter (CAUTIs) adalah infeksi lain yang disebabkan oleh K.
pneumoniae. Diperkirakan bahwa ini difasilitasi oleh kemampuan untuk membentuk biofilm dan
mematuhi kateter (Schroll et al., 2010). Klebsiella juga bertanggung jawab atas infeksi luka / tempat
pembedahan. Situs ini mewakili ∼13% dari semua infeksi yang disebabkan oleh Klebsiella
(Podschun dan Ullmann, 1998; Magill et al., 2014). Bersama-sama, infeksi K. pneumoniae di masing-
masing bagian tubuh ini merupakan patogen oportunistik endemik yang merupakan beban penting
untuk perawatan kesehatan. Klebsiella pneumoniae Umumnya Mengkolonisasi Permukaan Mukosa
Manusia Lingkungan kemungkinan bertindak sebagai reservoir untuk akuisisi K. pneumoniae oleh
manusia, baik sebagai kolonisasi atau infeksi. K. pneumoniae sering ditemukan di air, limbah, tanah,
dan permukaan tanaman (Bagley, 1985; Podschun et al., 2001). Beberapa penelitian telah
menunjukkan bahwa K. pneumoniae di lingkungan sangat mirip dengan rekan klinis mereka dalam
pola biokimia, virulensi dan patogenisitas, dan pola kerentanan bakteriosin (Matsen et al., 1974;
Podschun et al., 1992; Podschun dan Ullmann, 1996 ; Struve dan Krogfelt, 2004), meskipun
representasi jenis kapsul berbeda antara sumber klinis / feses dan lingkungan (Podschun, 1990).
Namun, lingkungan K. pneumoniae secara signifikan lebih rentan terhadap antibiotik daripada K.
pneumoniae klinis (Matsen et al., 1974), menunjukkan bahwa tekanan selektif ada dalam pengaturan
klinis. Menariknya, suhu lingkungan dan titik embun secara positif memprediksi peningkatan infeksi
aliran darah yang disebabkan oleh K. pneumoniae, menunjukkan bahwa perolehan dari lingkungan
dapat bervariasi dengan musim dan iklim (Anderson et al., 2008). Di rumah sakit terdapat beberapa
sumber penularan yang potensial dari K. pneumoniae. Salah satu sumber penularan adalah kontak
orang-ke-orang antara petugas kesehatan dan pasien, dengan tangan petugas kesehatan menjadi
sumber yang signifikan (Casewell dan Phillips, 1977; Jarvis et al., 1985). Permukaan dan
instrumentasi yang terkontaminasi juga telah diidentifikasi sebagai sumber penularan (Jarvis et al.,
1985). Setelah didapat, K. pneumoniae menjajah permukaan mukosa pada manusia, termasuk
nasofaring dan saluran pencernaan (Podschun dan Ullmann, 1998). Bakteri ini dapat ditemukan di
kulit, tetapi dianggap sementara di situs ini daripada berkoloni (Kloos dan Musselwhite, 1975).
Tingkat kolonisasi berbeda menurut lokasi tubuh dan apakah K. pneumoniae didapat dari komunitas
atau di rumah sakit. Secara khusus, tingkat kolonisasi CA pada nasofaring telah dilaporkan dari 3
hingga 15% (Davis dan Matsen, 1974; Wolf et al., 2001; Farida et al., 2013; Dao et al., 2014), dan
biasanya lebih tinggi. pada orang dewasa dibandingkan anak-anak (Wolf et al., 2001; Farida et al.,
2013). Kolonisasi nasofaring juga dikaitkan dengan konsumsi alkohol (Fuxench-Lopez dan Ramirez-
Ronda, 1978; Dao et al., 2014). Tingkat kolonisasi nasofaring HA sedikit lebih tinggi, hingga 19%
(Pollack et al., 1972). Berbeda dengan nasofaring, tingkat kolonisasi CA gastrointestinal bervariasi
tetapi dapat mencapai 35% (Davis dan Matsen, 1974). Selain itu, tingkat kolonisasi gastrointestinal
meningkat di antara pasien yang dirawat di rumah sakit dan telah dilaporkan setinggi 77% (Podschun
dan Ullmann, 1998), meskipun studi terbaru menunjukkan angka tersebut sekitar 20% (Martin et al.,
2016; Gorrie et al., 2017) . Variasi yang luas dalam tingkat kolonisasi mungkin disebabkan oleh
perbedaan populasi pasien yang dijadikan sampel beberapa dekade yang lalu (Rose dan Schreier,
1968; Thom, 1970; Selden et al., 1971; Pollack et al., 1972). Tingkat kolonisasi juga meningkat
setelah pengobatan antibiotik (Rose dan Schreier, 1968). Di antara lokasi tubuh, kolonisasi
gastrointestinal kemungkinan merupakan reservoir umum dan signifikan dalam hal risiko penularan
dan infeksi (Dorman dan Short, 2017). Tingkat kolonisasi yang dipublikasikan didasarkan pada
kolonisasi yang dapat dideteksi dengan pengambilan sampel nasofaring, rektal, atau feses. Ada
kemungkinan bahwa lebih banyak orang yang benar-benar terjajah, tetapi kolonisasi itu hanya
terdeteksi oleh budaya ketika kepadatannya melebihi ambang tertentu.

Perkembangan dari Kolonisasi ke Infeksi Beberapa dekade yang lalu, serotipe berdasarkan kapsul
Klebsiella menunjukkan bahwa kolonisasi gastrointestinal merupakan reservoir penting untuk strain
yang menyebabkan infeksi terkait perawatan kesehatan (Selden et al., 1971; Montgomerie, 1979).
Namun, serotipe tidak memberikan resolusi yang cukup untuk membedakan strain yang berkerabat
dekat. Dalam upaya untuk memahami bagaimana infeksi K. pneumoniae berkembang, dua penelitian
terbaru telah menyelidiki hubungan antara kolonisasi dengan K. pneumoniae dan infeksi berikutnya
(Martin et al., 2016; Gorrie et al., 2017). Kereta gastrointestinal K. pneumoniae secara signifikan
dikaitkan dengan infeksi berikutnya pada pasien yang dirawat di rumah sakit (rasio Odds> 4), bahkan
setelah disesuaikan dengan faktor risiko lain untuk infeksi, dan ∼5% pasien yang dijajah melanjutkan
untuk mendapatkan infeksi. Kedua studi menggunakan metode genomik untuk menyelidiki apakah
infeksi disebabkan oleh strain pasien yang menjajah dan masing-masing menemukan kesesuaian 80%
antara isolat yang menginfeksi dan menjajah K. pneumoniae dalam pasien yang terinfeksi. Memahami
kolonisasi sebagai langkah penting dalam perkembangan menjadi infeksi memberikan dasar
pemikiran untuk mengidentifikasi pasien yang terjajah dan berpotensi menetapkan protokol intervensi
untuk mencegah infeksi berikutnya. Jika kolonisasi adalah satu langkah dalam perkembangan menjadi
infeksi, maka pemahaman mekanisme perkembangan itu penting. Sebuah studi tahun 1990 mencatat
bahwa serotipe kapsul dari isolat klinis Klebsiella lebih mirip dengan serotipe sampel tinja daripada
sampel lingkungan, menunjukkan bahwa kolonisasi dan infeksi mungkin terkait (Podschun, 1990).
Beberapa penelitian telah menyarankan bahwa saluran usus adalah reservoir untuk patogen yang
didapat di rumah sakit dan memiliki mekanisme lebih lanjut untuk penyebaran, namun sebagian besar
telah difokuskan pada patogen selain K. pneumoniae (Donskey, 2004). Meskipun mekanisme
perkembangan dari kolonisasi K. pneumoniae usus menjadi infeksi tidak dipahami dengan jelas, ada
beberapa faktor risiko yang terlihat. Dominasi usus oleh Proteobacteria, yang secara taksonomi
mencakup K. pneumoniae, menyebabkan peningkatan lima kali lipat dalam risiko bakteremia pada
pasien transplantasi sel induk hematopoietik alogenik (Taur et al., 2012), menunjukkan bahwa
kepadatan bakteri dari strain yang berkoloni berperan dalam perkembangan menjadi penyakit.
Prosedur seperti endoskopi merupakan sumber potensial lebih lanjut dari infeksi endogen (Spach et
al., 1993). Beberapa penyakit yang mendasari juga telah diidentifikasi sebagai faktor risiko infeksi,
karena mereka melemahkan pertahanan tubuh dan karena itu meningkatkan kerentanan terhadap
infeksi. Secara khusus, kanker, diabetes mellitus, dan alkoholisme dikaitkan dengan infeksi CA dan
HA K. pneumoniae (Tsay et al., 2002; Happel dan Nelson, 2005; Tsai et al., 2010), meskipun apakah
mereka terkait dengan perkembangan dari kolonisasi atau hanya dengan infeksi tidak jelas.
Dibandingkan dengan kolonisasi usus, gangguan cairan dan elektrolit, gangguan neurologis, dan
sebelum masuk rumah sakit telah diidentifikasi secara signifikan dan independen terkait dengan
infeksi pada pasien rawat inap (Martin et al., 2016). Sedangkan berbagai faktor risiko infeksi K.
pneumoniae telah telah diidentifikasi, faktor risiko yang secara khusus terkait dengan perkembangan
dari kolonisasi menjadi infeksi belum dijelaskan. Studi lebih lanjut diperlukan untuk memahami
bagaimana perkembangan ini terjadi dan faktor risiko apa yang mungkin terlibat. Selain faktor risiko
epidemiologis, variasi dalam genom aksesori dapat memodulasi risiko perkembangan penyakit.
Genom Aksesori Di dalam spesies bakteri, biasanya ada sekumpulan gen yang dikonservasi di antara
semua anggota. Kumpulan gen ini dianggap sebagai genom inti. Dalam K. pneumoniae genom inti,
didefinisikan sebagai hadir di> 95% dari isolat, saat ini diperkirakan terdiri dari ∼2.000 gen (Holt et
al., 2015). Gen yang bervariasi antar isolat disebut sebagai genom aksesori. Ini termasuk gen yang
dikodekan secara kromosom dan gen pada plasmid. Karena genom K. pneumoniae biasanya antara
5.000 dan 6.000 gen, ini berarti bahwa sebagian besar genom terdiri dari gen aksesori. Gen dalam
genom aksesori dapat membantu dalam proses tertentu, seperti fiksasi nitrogen (Fouts et al., 2008).
Mereka juga dapat menyandikan faktor virulensi tertentu, seperti yang dibahas di bawah ini. Genom
aksesori juga membawa gen yang mengkode berbagai enzim dan mekanisme resisten antibiotik (Bi et
al., 2015). Gen aksesori dapat diperoleh karena transfer gen horizontal antar spesies bakteri,
sebagaimana dibuktikan dengan adanya pulau genom dan elemen genetik bergerak pada banyak
isolat. Gen yang dikodekan dalam pulau genom dapat membantu isolat beradaptasi dengan situs
infeksi atau kolonisasi tertentu (Chen et al., 2010; Zhang et al., 2011; van Aartsen et al., 2012).
Elemen genom aksesori dapat diidentifikasi atau diprediksi menggunakan berbagai aplikasi in silico,
termasuk penghitungan konten GC dan analisis genomik komparatif (Ou et al., 2007; Zhang et al.,
2014). Sebuah studi baru-baru ini dari 328 isolat Klebsiella mengidentifikasi hampir 30.000 urutan
penyandi protein yang unik (Holt et al., 2015), memperkirakan Klebsiella "pangenome" yang
diketahui saat ini. Para penulis selanjutnya mendemonstrasikan bahwa pangenome terbuka, yang
menunjukkan bahwa ada lebih banyak gen pelengkap yang belum diidentifikasi dan dikarakterisasi.
Tidak semua strain K. pneumoniae menyebabkan penyakit pada hewan model infeksi (Fouts et al.,
2008; Fodah et al., 2014). Demikian pula, tidak semua strain koloni terus menyebabkan penyakit pada
manusia (Martin et al., 2016). Faktanya, bakteri ini secara tradisional dianggap patogen komensal dan
oportunistik (Lau et al., 2008). Dari mereka yang menyebabkan penyakit, gen tertentu, operon, dan
pulau dengan patogenisitas tinggi yang mengkode yersiniabactin (dibahas di bawah) telah
diidentifikasi di K. pneumoniae yang terkait dengan virulensi (Lau et al., 2007; Lawlor et al., 2007;
Fodah et al., 2014; Holt et al., 2015). Hal ini menunjukkan bahwa perkembangan penyakit tidak
hanya bergantung pada imunokompetensi inang, tetapi juga pada gen yang dimiliki oleh bakteri.

Genom Aksesori dalam Perkembangan ke Penyakit dan Virulensi Faktor virulensi K.

pneumoniae dikodekan oleh gen baik dalam genom inti maupun aksesori. Faktor virulensi
yang mapan pada K. pneumoniae termasuk kapsul, lipopolisakarida, siderofor, dan pili
(Podschun dan Ullmann, 1998). Pemanfaatan allantoin, sistem pengambilan zat besi
lainnya, pompa limbah, dan sistem sekresi tipe VI telah diidentifikasi sebagai faktor virulensi
baru-baru ini. Penggunaan allantoin akan dibahas dengan strain hipervirulen. Gen ini dapat
menentukan tingkat keparahan infeksi, dan oleh karena itu virulensi strain yang menginfeksi.
Mereka juga dapat menentukan kemampuan strain yang berkoloni untuk berkembang
menjadi infeksi, menentukan potensi patogen dari strain tertentu. Kapsul polisakarida adalah
salah satu faktor virulensi terpenting yang digunakan oleh K. pneumoniae. Ini terutama
digunakan untuk membantu menghindari sistem kekebalan selama infeksi, dengan
melindungi bakteri dari opsonofagositosis (Domenico et al., 1994) dan pembunuhan serum
(Merino et al., 1992). Kapsul dihasilkan oleh lokus capsular polysaccharide synthesis (cps)
di K. pneumoniae, dan merupakan struktur yang terletak di luar sel bakteri yang menempel
pada membran luar. Ini terdiri dari subunit berulang dari empat sampai enam gula, serta
asam uronat (Podschun dan Ullmann, 1998). Berdasarkan pengujian serologis, 77 jenis
kapsul telah diidentifikasi (Ørskov dan Ørskov, 1984). Kemajuan terbaru dalam teknik
molekuler telah menyebabkan diskriminasi lebih lanjut antara jenis K. pneumoniae serta
sekuens lengkap lokus cps di semua serotipe (Pan et al., 2015). Contoh peningkatan
diskriminasi terlihat pada pengetikan wzi, yang mengidentifikasi jenis berdasarkan
perbedaan alel dalam gen wzi dari lokus cps (Brisse et al., 2013). Metode ini awalnya
mengidentifikasi 135 jenis wzi berbeda yang sesuai dengan jenis K serologis tradisional.
Banyak dari gen ini dilestarikan, tetapi gen cps dan alel gen lain ada atau tidak ada
tergantung pada jenis kapsulnya. Jadi, sintesis kapsuler dilakukan dengan kombinasi gen
inti dan gen aksesori. Lipopolisakarida (LPS), juga disebut endotoksin, adalah komponen
utama yang menghiasi membran luar bakteri Gram-negatif. LPS secara luas dikenal sebagai
mediator paling kuat untuk syok septik yang disebabkan oleh bakteri. Penginderaan host
dari LPS melalui Tolllike receptor 4 (TLR4) menyebabkan kaskade inflamasi (Roger et al.,
2009). Respon host inilah, bukan LPS itu sendiri, yang mengarah pada patogenesis sepsis
dan syok septik yang menghancurkan. Molekul LPS terdiri dari lipid A, domain inti, dan
antigen O. Variasi dalam struktur antigen-O menghasilkan berbagai serotipe-O. Pada K.
pneumoniae ada sembilan serotipe-O utama. Tiga di antaranya, O1, O2, dan O3,
bertanggung jawab atas hampir 80% dari semua infeksi Klebsiella (Trautmann et al., 1997;
Hansen et al., 1999; Follador et al., 2016). Isolat K. pneumoniae dengan antigen O pendek
atau tidak ada (LPS kasar) sensitif terhadap komplemen serum, sedangkan isolat dengan
antigen O panjang penuh (LPS halus) resisten terhadap komplemen serum (Merino et al.,
1992). Variasi LPS juga dapat berperan dalam melindungi bakteri dari peptida antimikroba,
termasuk antibiotik polimiksin (Papo dan Shai, 2005; Cheng et al., 2015). Sebagai
komponen utama membran luar K. pneumoniae, LPS dianggap sebagai bagian dari genom
inti. Siderophores adalah afinitas tinggi, molekul ironchelating dengan berat molekul rendah
yang disekresikan oleh berbagai bakteri untuk membantu akuisisi besi (Griffiths, 1988). K.
pneumoniae mengeluarkan beberapa jenis siderofor (Holden dan Bachman, 2015). Salah
satu katekolat umum yang disekresikan oleh K. pneumoniae adalah enterobactin (Ent), yang
dikodekan dalam genom inti K. pneumoniae (O'Brien dan Gibson, 1970; Pollack dan
Neilands, 1970). Karena Ent adalah siderofor yang umum, sistem kekebalan bawaan telah
mengembangkan cara untuk mengikat Ent, mencegah bakteri memperoleh zat besi (Smith,
2007). Oleh karena itu, bakteri telah mengembangkan siderofor lain, yang dikodekan dalam
genom aksesori, untuk melawannya. Siderofor katekolat kedua adalah turunan Ent
glukosilasi, salmochelin (Sal). Sal, merupakan mekanisme untuk menghindari sistem imun
bawaan (Hantke et al., 2003). Siderofor tipe campuran seperti yersiniabaktin (Ybt) dan
aerobaktin (Aer) juga biasa disekresikan oleh K. pneumoniae. Berbagai siderophores
dikaitkan dengan berbagai tempat dan tingkat keparahan infeksi, dan fungsi patogeniknya
melampaui akuisisi zat besi saja. Ybt pertama kali diidentifikasi pada spesies Yersinia, dan
gen yang mengkode biosintesis, transpor, dan regulasi molekul ini terletak pada fragmen
kromosom transposabel yang disebut "pulau dengan patogenisitas tinggi" (Carniel, 2001).
Sekresi dan pemanfaatan Ybt dikaitkan dengan infeksi saluran pernafasan pada pasien dan
cukup untuk mempromosikan pneumonia dalam model murine (Bachman et al., 2011). Di
seluruh dunia, Ybt adalah faktor virulensi paling umum yang terkait dengan infeksi K.
pneumoniae pada manusia (Holt et al., 2015). Aer juga telah diidentifikasi sebagai faktor
virulensi utama pada infeksi K. pneumoniae. Aer biasanya bersandi-plasmid (Nassif dan
Sansonetti, 1986). Selain menyediakan zat besi untuk replikasi K. pneumoniae, sekresi
siderofor oleh isolat K. pneumoniae juga menginduksi inflamasi dan penyebaran bakteri.
Perkembangan Siderophoredependent dari pneumonia menjadi bakteremia membutuhkan
protein pengatur transkripsi HIF-1α yang diaktivasi oleh kelasi besi (Holden et al., 2016).
Sistem siderofor seringkali bergantung pada TonB, protein yang mengatur pengangkutan
besi melintasi membran luar bakteri (Moeck dan Coulton, 1998). Faktanya, TonB sendiri
dianggap sebagai faktor virulensi pada K. pneumoniae (Hsieh et al., 2008). TonB dikodekan
oleh gen pada kromosom bakteri.
Itu disimpan di antara K. pneumoniae, dan digunakan sebagai salah satu gen rumah tangga untuk
pengetikan urutan multilokus pada bakteri ini (Diancourt et al., 2005). Sedangkan Ent dan TonB
adalah bagian dari genom inti, Sal, Ybt dan Aer adalah bagian dari genom aksesori. Langkah penting
dalam perkembangan infeksi adalah bakteri menempel pada permukaan inang. Pada K. pneumoniae,
ini sering dicapai dengan menggunakan pili (fimbriae). Pili adalah struktur berserabut yang
memanjang dari permukaan bakteri. Mereka bisa sepanjang 10µm dan berdiameter antara 1-11 nm
(Ofek dan Doyle, 1994). Ada dua jenis pili yang umum ditemukan pada K. pneumoniae: tipe 1 (fim)
pili dan tipe 3 (mrk) pili. Pili tipe 1 dianggap membantu virulensi melalui kemampuannya untuk
melekat pada permukaan mukosa atau epitel manusia. Pili tipe 3 juga melekat pada permukaan sel,
tetapi yang penting telah diidentifikasi sebagai promotor kuat pembentukan biofilm (Schroll et al.,
2010). Baik fim dan mrk pili dianggap sebagai bagian dari genom inti (Andrade et al., 2014; Lery et
al., 2014). Diperkirakan bahwa kedua jenis pili berperan dalam kolonisasi kateter urin, yang
menyebabkan ISK terkait kateter (Murphy et al., 2013). Selain fim dan mrk pili, sejumlah pili tipe
usher tambahan telah diidentifikasi di K. pneumoniae, dengan rata-rata ∼8 cluster pili per strain (Wu
et al., 2010; Khater et al., 2015). Berdasarkan frekuensi gen yang bervariasi, beberapa di antaranya
tampak sebagai bagian dari genom aksesori.

Pompa eflux sering dikaitkan dengan resistensi antibiotik pada K. pneumoniae karena
kemampuannya untuk mengekspor antibiotik dari sel bakteri (Filgona et al., 2015).
Menariknya, pompa eflux AcrAB berkontribusi terhadap virulensi pada infeksi saluran
pernapasan murine yang disebabkan oleh K. pneumoniae (Padilla et al., 2010). Pada bakteri
lain, pompa limbah telah dibuktikan memediasi resistensi terhadap peptida antimikroba yang
diturunkan dari inang, yang merupakan aspek penting dari sistem imun bawaan inang
(Shafer et al., 1998; Bengoechea dan Skurnik, 2000; Tzeng et al., 2005 ; Pamp et al., 2008).
Ada kemungkinan bahwa mekanisme ini memainkan peran serupa dalam virulensi K.
pneumoniae. Sistem sekresi tipe VI (T6SS), pertama kali diidentifikasi pada V. cholerae
(Pukatzki et al., 2006), adalah alat mirip jarum suntik yang ditambatkan di dalam membran
sel bakteri yang berfungsi untuk menyuntikkan berbagai molekul efektor dan racun ke dalam
sel lain (Journet dan Cascales, 2016). Hadir dalam beberapa spesies Gram-negatif, T6SS
telah terbukti menargetkan bakteri lain serta sel eukariotik, menunjukkan peran ganda dalam
kompetisi dan patogenesis. Analisis bioinformatika genom K. pneumoniae telah
mengidentifikasi keberadaan kluster gen T6SS yang diduga, dengan hingga 3 lokus per
galur, meskipun jumlah dan kandungan gennya bervariasi (Sarris et al., 2011). Studi yang
lebih baru mulai mengkarakterisasi efektor T6SS di K. pneumoniae. Pada strain hipervirulen
Kp52.145, fosfolipase PLD1 diperlukan untuk virulensi dalam model pneumonia, dan pada
strain HS11286 yang memproduksi karbapenemase, fosfolipase Tle1KP mempromosikan
pembunuhan antar dan intra-spesies dan antibiotik menginduksi sekresi (Lery et al., 2014;
Liu et al., 2017). Sistem sekresi T6SS tampaknya ada di genom inti dan aksesori,
mendorong persaingan dengan bakteri lain di tempat kolonisasi, dan meningkatkan
kebugaran di tempat infeksi.

MUNCULNYA KETAHANAN ANTIBIOTIK DI KLEBSIELLA PNEUMONIAE Pusat

Pengendalian dan Pencegahan Penyakit memperkirakan bahwa lebih dari dua juta orang tertular
infeksi akibat mikroorganisme yang kebal antibiotik setiap tahun di Amerika Serikat. Dari mereka
yang terinfeksi, ∼23.000 meninggal (CDC, 2014). Ada banyak faktor yang diyakini berkontribusi
pada penyebaran resistensi antibiotik, termasuk penggunaan antibiotik yang tidak tepat dalam
perawatan kesehatan dan pertanian, dan kurangnya terapi antimikroba baru (CDC, 2014). K.
pneumoniae adalah salah satu dari beberapa bakteri yang telah mengalami peningkatan resistensi
antibiotik yang dramatis dalam beberapa dekade terakhir. Beberapa mekanisme resistensi antibiotik
ditemukan pada K. pneumoniae, dengan resistensi terhadap β-laktam memiliki dampak terbesar pada
pengobatan yang efektif. Kolonisasi dengan K. pneumoniae yang resistan terhadap antibiotik telah
dikaitkan dengan infeksi selanjutnya dengan K. pneumoniae yang resistan terhadap antibiotik pada
pasien rawat inap, meskipun perkembangan dari kolonisasi menjadi infeksi belum sepenuhnya
dipahami. Genom aksesori adalah pusat resistensi antibiotik pada K. pneumoniae, dengan gen
resistensi berbasis plasmid dengan cepat mengurangi persenjataan antibiotik yang efektif melawan
patogen ini.

Klebsiella pneumoniae Penghasil β-Laktamase Resistensi bakteri terhadap antibiotik β-

laktam muncul sebelum penisilin digunakan secara luas untuk mengobati infeksi. Alexander
Fleming adalah orang pertama yang mencatat bahwa E. coli dan bakteri lain tidak dihambat
oleh penisilin (Fleming, 1929), resistensi yang kemudian dikaitkan dengan enzim yang
diproduksi oleh bakteri ini (Abraham dan Chain, 1940). Resistensi terhadap antibiotik β-
laktam dicapai melalui hidrolisis cincin β-laktam antibiotik oleh β-laktamase. Dalam K.
pneumoniae, resistensi terhadap beberapa β-laktam adalah intrinsik karena enzim
dikodekan dalam genom inti spesies. Misalnya, SHV secara konsisten ditemukan dalam
kromosom, dan resistensi ampisilin yang sesuai adalah ciri khas spesies (Babini dan
Livermore, 2000; Bialek-Davenet et al., 2014). Β-laktamase lainnya adalah bagian dari
genom aksesori. Pada tahun 1960-an β-laktamase bermediasi plasmid pertama, TEM-1,
ditemukan di E. coli (Datta dan Kontomichalou, 1965). K. pneumoniae juga diketahui
mengandung β-laktamase yang dimediasi plasmid, seperti enzim AmpC yang memberikan
resistensi terhadap sebagian besar antibiotik penisilin (Jacoby, 2009). Enzim β-laktamase
diperkirakan telah berevolusi dari protein pengikat penisilin karena tekanan selektif di
lingkungan (Medeiros, 1984; Kelly et al., 1986; Massova dan Mobashery, 1998; Meroueh et
al., 2003).

Extended-Spectrum β-Lactamases Extended-spectrum β-lactamases (ESBL) adalah

mekanisme resistensi berbasis plasmid yang merupakan bagian dari genom aksesori. K.
pneumoniae penghasil ESBL pertama kali diidentifikasi di Eropa pada tahun 1983 (Knothe et
al., 1983) dan di Amerika Serikat pada tahun 1989
(Quinn et al., 1989). ESBL mampu menghidrolisis oxyiminocephalosporins, seperti
sefalosporin generasi ketiga dan aztreonam, tetapi dihambat oleh asam klavulanat (Bush et
al., 1995). Seringkali plasmid yang mengkode β-laktamase juga memiliki gen resisten
terhadap antibiotik lain serta logam berat (Jacoby dan Sutton, 1991). Oleh karena itu, ESBL
terkait erat dengan gen aksesori lain yang dapat meningkatkan kesesuaian strain di
dalamnya. Dan mekanisme resistensi berbasis plasmid dikaitkan dengan garis keturunan
tertentu yang mungkin memiliki genom aksesori yang khas. Misalnya, penelitian terbaru
mengidentifikasi bahwa K.pneumoniae clonal group 307 (CG307) dikaitkan dengan infeksi
ESBL (Long et al., 2017b). Karbapenem biasanya menjadi obat pilihan untuk mengobati
infeksi parah yang disebabkan oleh bakteri penghasil ESBL.

Klebsiella pneumoniae yang Tahan Karbapenem (CR-Kp) Mungkin karena tekanan selektif dalam
mengobati infeksi ESBL dengan karbapenem, resistensi terhadap karbapenem telah muncul dan K.
pneumoniae adalah Enterobacteriaceae (CRE) yang resisten terhadap karbapenem (CRE) yang paling
umum. Pada 2013, CDC menyatakan CRE sebagai ancaman mendesak bagi kesehatan masyarakat di
Amerika Serikat (CDC, 2014). Dari ∼9.000 infeksi karena CRE, spesies Klebsiella bertanggung
jawab atas ∼80% infeksi (CDC, 2014). Resistensi karbapenem terutama didorong oleh genom
aksesori, terkadang dikombinasikan dengan mutasi pada genom inti. Resistensi karbapenem pada K.
pneumoniae dapat dimediasi sebagian melalui regulasi pompa limbah (Filgona et al., 2015) dan
perubahan porins membran luar dalam genom inti (Kaczmarek et al., 2006), dan hiperproduksi enzim
ESBL atau AmpC β-laktamase dalam genom aksesori (Bush dan Jacoby, 2010). Misalnya,
hiperproduksi enzim ESBL atau AmpC yang dikombinasikan dengan mutasi porin dapat
menyebabkan fenotipe resistensi, terutama untuk ertapenem (Bradford et al., 1997; García-Fernández
et al., 2010). Mekanisme resistensi karbapenem yang paling mengkhawatirkan adalah melalui
karbapenemase yang dimediasi oleh plasmid. K. pneumoniae karbapenemase (KPC) β-laktamase
adalah karbapenemase serin kelas A dan karbapenemase yang paling sering ditemukan pada K.
pneumoniae. Karbapenemase KPC dikaitkan dengan kelompok klonal 258 (CG258) (Samuelsen et al.,
2009; Breurec et al., 2013). Jenis urutan yang menonjol dalam CG258 termasuk ST258 yang
ditemukan di Eropa dan Amerika Utara dan Selatan, dan ST11 di Asia (Baraniak et al., 2009; Kitchel
et al., 2009; García-Fernández et al., 2012; Liu et al. , 2012; Nicoletti dkk., 2012). Pada 2015, 22
varian KPC telah diidentifikasi di seluruh dunia menurut situs web Lahey Clinic
(http://www.lahey.org/studies/other.asp#table1). Hubungan antara gen KPC dan kelompok klonal
tertentu menunjukkan bahwa plasmid yang resisten ini telah menjadi anggota yang stabil dari genom
aksesori di garis keturunan K. pneumoniae tertentu. Jenis karbapenemase tambahan juga muncul
dalam genom aksesori K. pneumoniae. Metaloβ-laktamase-1 New Delhi (NDM-1) adalah metaloβ-
laktamase (MBL) kelas B berkode-plasmid. MBL ditandai dengan kebutuhan seng di situs aktif
mereka dan infeksi dengan strain penghasil MBL sering dikaitkan dengan perjalanan ke dan rawat
inap di daerah endemik (van der Bij dan Pitout, 2012). Misalnya, NDM-1 ditemukan dalam isolasi
kultur urin klinis K. pneumoniae dari pasien Swedia yang baru-baru ini melakukan perjalanan ke
India (Yong et al., 2009). Sejak itu, akuisisi isolat NDM-1 sangat terkait dengan individu keturunan
India yang melakukan perjalanan ke atau tinggal di anak benua India (Yong et al., 2009; Kumarasamy
et al., 2010; Chen et al., 2017). K. pneumoniae yang membawa metaloβ-laktamase karbapenemase
(VIM) berkode integron-Verona pertama kali terdeteksi di Amerika Serikat pada tahun 2010 (Pusat
Penyakit dan Pencegahan, 2010). VIM-encoding isolates are endemic to Greece and Italy, and
infections in the United States are associated with travel to and been hospitalization in these countries
(Lauretti et al., 1999; van der Bij and Pitout, 2012; Lascols et al., 2013). VIM variants (blaVIM) are
carried on integrons that can be integrated into either the chromosome or carried on plasmids (Lauretti
et al., 1999; Pournaras et al., 2005). Imipenemase (IMP) type MBLs are endemic in Japan (Osano et
al., 1994), but have been detected worldwide (Limbago et al., 2011). Similar to blaVIM, genes
encoding IMP variants (blaIMP) are carried on integrons and can be encoded on either chromosomes
or are plasmidmediated (Arakawa et al., 1995; Docquier et al., 2003). OXA carbapenemases are class
D enzymes are characterized by their ability to hydrolyze cloxacillin or oxacillin (Bush and Jacoby,
2010). The plasmid encoded OXA-48 (blaOXA-48) is found in K. pneumoniae and confers a high
level of resistance to imipenem (Poirel et al., 2004).
Colistin Resistance in Klebsiella pneumoniae Colistin resistance in K. pneumoniae is
commonly caused by mutations in the core genome, but transmissible resistance genes in
the accessory genome are a grave concern. Colistin is among the polymyxin class of
antibiotics, used to treat Gramnegative infections in the 1960s and 1970s. Their use was
discontinued due to renal- and neurotoxicity (Jerke et al., 2016). However, the recent
emergence of CRE has made it necessary to return to colistin as a drug of last resort.
Colistin resistance in K. pneumoniae typically occurs through mutations in regulatory genes
such as mgrB that regulate modification of bacterial lipid A, the target of polymyxin
antibiotics, decreasing the ability of polymyxins to interact (Cannatelli et al., 2013; Jayol et
al., 2014, 2015; Olaitan et al., 2014; Poirel et al., 2015; Wright et al., 2015). In 2015,
plasmid-mediated resistance to colistin was discovered in an E. coli isolate in China (Liu et
al., 2016), conferred by the mcr-1 gene. This discovery heralds the potential for easily
transmissible genes leading to pan-resistance. The prevalence of mcr-1 in K. pneumoniae
BSI isolates in China is rare, and found more often in E. coli (Quan et al., 2017). The first
reported incidence of mcr-1 in the United States occurred in 2016 in E. coli(McGann et al.,
2016). In September of 2016 a pan-resistant isolate of K. pneumoniae was isolated (Chen et
al., 2017), but colistin resistance in this isolate was not mediated by mcr-1.

Colonization as a Reservoir of Antibiotic-Resistant K. pneumoniae in Hospitals Similar to

recent findings across K. pneumoniae in general, intestinal colonization by antibiotic-
resistant K. pneumoniae can precede infection with the same strain (Selden et al., 1971). A
1971 prospective study determined that patients colonized with antibiotic-resistant K.
pneumoniae after hospital admission developed infection with antibiotic-resistant K.
pneumoniae at a higher percentage within 21 days compared to those who did not become
intestinal carriers. They further compared serotypes of colonization isolates and subsequent
infecting isolates, finding that 14 of 31 (45.2%) patients colonized after admission were
infected with the same serotype, indicating that hospitalized patients are often colonized with
the same isolate they become infected with. There were, however, two predominant
serotypes circulating and causing infection [serotype 30 (n = 11) and serotype 63 (n = 8)],
confounding the significance of these findings. Serotype 30 was also the most common
serotype identified in both rectal (n = 23/34) and antibiotic-resistant infecting (n = 18/20)
isolates from a previous collection within the same facility (Selden et al., 1971). In a cohort
study of ESBL-KP colonized patients, 22% progressed to a positive clinical culture, with a
median time of 2.7 days from a positive rectal swab (Harris et al., 2007). For CR-Kp,
colonization can persist and spread silently for years in long-term care facilities (Viau et al.,
2012). CR-Kp colonization can also trigger a clonal outbreak and newly colonized patients
can develop fatal infections (Snitkin et al., 2012).

Risk Factors for Infections Caused by Antibiotic-Resistant Klebsiella pneumoniae Risk

factors for colonization and infection with antibioticresistant K. pneumoniae are often
considered together, so the risk factors for infection specifically are unclear (Selden et al.,
1971; Pollack et al., 1972; Asensio et al., 2000). Risk factors associated with ESBL
colonization and infection include prior treatment with antibiotics, prolonged hospitalization,
prolonged ICU stay, and mechanical ventilation (Jacoby, 1998; Lautenbach et al., 2001;
Nathisuwan et al., 2001). Intestinal colonization with ESBL bacteria has also been
associated with ESBL infection. Risk factors associated with carbapenemresistant K.
pneumoniae colonization and infection include prior antibiotic treatment, renal dysfunction,
older age, surgical procedures, and ICU admission (Kofteridis et al., 2014; Jiao et al., 2015).
As with endemic strains of K. pneumoniae, hospitalization seems to be a key factor
associated with infection. Though antibiotic-resistant strains can infect an array of body sites
similar to endemic strains, they frequently cause UTIs (Selden et al., 1971; Lautenbach et
al., 2001). This may represent inoculation of the urinary tract with K. pneumoniae from the
gastrointestinal tract across the perineum.

COMMUNITY-ACQUIRED HYPERVIRULENT STRAINS In the 1980s and 1990s, reports

began to emerge from the Asian Pacific Rim detailing severe infections due to K.
pneumoniae (Liu et al., 1986; Cheng et al., 1991; Wang et al., 1998). These infections were
unique in that they were communityacquired (CA), a departure from the classic presentation
of K. pneumoniae infections in hospitalized patients. Common infections due to these
hypervirulent K. pneumoniae (hvKP) include pyogenic liver abscess (PLA); endophthalmitis,
an infection inside the eye; meningitis; and bloodstream infections (Fang et al., 2007).
Symptoms of PLA vary between individuals and are frequently non-specific. Diagnosis
requires radiographic imaging (Johannsen et al., 2000). The incidence of PLA rose sharply
in Taiwan, from 11.1 to 17.6 per 100,000 people from 1996 to 2004 (Fung et al., 2012).
Approximately 3–11% of patients with PLA will go on to develop endophthalmitis (Sng et al.,
2008; Sheu et al., 2011). Patient risk factors for severe infection with hvKP include being
aged 55–60 years, male, and having diabetes mellitus (Lee et al., 2008; Siu et al., 2012;
Shon et al., 2013). Throughout China there is a high prevalence of hvKP strains among K.
pneumoniae isolates that cause infection (31–37.8%), though the rate varies based on
geographic location within China (Liu et al., 2014; Zhang et al., 2016). Reported mortality
rates (14–30 days) vary among patients in Asia who are infected with hvKP (4.5%-31%)
(Wang et al., 1998; Ko et al., 2002; Liu et al., 2014). Since hvKP strains emerged from the
Asian Pacific Rim and are overrepresented in individuals of Asian descent (Wang et al.,
1998), it has also been suggested that infection with these strains is associated with an
individual's ethnicity, or that it may be a geographically-specific pathogen, though it is
unclear if this is a significant association (Shon et al., 2013). Alarmingly, these strains have
begun to emerge worldwide, including in the United States (Lederman and Crum, 2005;
Nadasy et al., 2007; Pastagia and Arumugam, 2008; Frazee et al., 2009; McCabe et al.,
2010; Fierer et al., 2011). However, individuals from Western countries who become infected
with hvKP are frequently either of Asian descent and/or have recently traveled to or been in
contact with someone from an Asian country (Lederman and Crum, 2005; Keynan et al.,
2007; Frazee et al., 2009; Gunnarsson et al., 2009; McCabe et al., 2010; Decré et al., 2011;
Pomakova et al., 2012). Fortunately, hvKP isolates are typically highly susceptible to most
antibiotics (Fang et al., 2007). Recently, however, an outbreak due to a carbapenemresistant
ST11 hvKP isolate occurred in China, heralding the potential for dual-risk isolates that both
cause severe infections and are increasingly difficult to treat or are fatal due to antibiotic
resistance (Gu et al., 2017).

Hypervirulent K. pneumoniae Possess Unique Virulence Factors The most striking aspect of
hvKP isolates is their ability to cause severe infections in otherwise healthy patients. This
severity is attributed to virulence factors encoded by the accessory genome.HvKP have a
hypermucoviscous phenotype characterized by a positive “string” test: attempting to pick a
colony with a loop results in a strand of bacteria that clings to the agar media. This
phenotype has been determined to be conferred by two proteins: RmpA, which regulates
capsule production (Hsu et al., 2011; Shon et al., 2013), and MagA, which is associated with
the hypermucoviscous phenotype (Yu et al., 2006). Genes encoding RmpA and MagA are
highly associated with hvKP, especially in Asia, and are considered virulence factors.
Capsule types K1 and K2 are also highly associated with hvKP and may play a more
important role in virulence than rmpA and magA (Yeh et al., 2007). Frequently, hvKP strains
are K1 or K2 capsule type (Fung et al., 2002; Chung et al., 2007; Yu et al., 2008; Shon et al.,
2013). They are also often sequence type 23 (ST23) a phylogroup strongly associated with
the K1 capsule type (Liu et al., 2014). The siderophore Ybt has also been associated with
hypervirulent strains (Holt et al., 2015), although it should be noted that Ybt is also found in
many non-hypervirulent strains and is considered a general virulence factor in K.
pneumoniae, as discussed above (Lawlor et al., 2007). Furthermore, the siderophore Aer
has been distinguished as the most common siderophore secreted by hypervirulent K.
pneumoniae (Russo et al., 2015). Allantoin has been identified as a source of nitrogen in
various bacterial species and as both a nitrogen source and a carbon source in K.
pneumoniae (Cusa et al., 1999; Chou et al., 2004; Navone et al., 2014). Allantoin is a
metabolic intermediate of purine degradation by various organisms including microbes
(Vogels and Van der Drift, 1976). An allantoin utilization operon has been associated with
hypervirulent K. pneumoniae strains that cause pyogenic liver abscesses (Chou et al.,
2004). Deletion of a regulator gene in the operon corresponds to decreased virulence in a
mouse model, indicating that the ability to use as a nitrogen source increases virulence in K.
pneumoniae at certain sites of infection. Allantoin metabolism genes are variably encoded
chromosomally in K. pneumoniae, and part of the accessory genome (Chou et al., 2004).
Colonization as a Reservoir for hvKP Colonization appears to be a reservoir for hvKP that
cause PLA and other severe infections. PFGE typing of liver and fecal isolates from patients
with PLA demonstrates little or no differences within patients but discernable differences
between patients. But each of these strains may have colonized many people, as a random
sampling of fecal isolates from asymptomatic patients revealed some of the same PFGE
types seen in PLA isolates (Fung et al., 2012). These findings suggest that, similar to
opportunistic K. pneumoniae, hvKP infections are caused by endogenous colonizing strains.
If colonization is a potential reservoir for infection with hvKP strains, then understanding the
community carriage rates is important. With that in mind, a recent study sought to identify the
fecal carriage rate of K1 K. pneumoniae in healthy Koreans in order to identify this potential
reservoir (Chung et al., 2012). They determined that 4.9% of individuals tested carry K1 K.
pneumoniae. Of these, 94.7% were found to be ST23, which is strongly associated with
PLA. The overall K. pneumoniae colonization rate was 21.1%. They further determined that
the K1 carriage rate was higher in foreigners who lived in Korea compared to those of
Korean descent who lived outside of Korea (24.1 vs. 5.6%, P = 0.024), suggesting that
exposure to the Korean peninsula plays a role in K1 colonization. A similar study was
undertaken where stool isolates from healthy Chinese adults living in various Asian countries
were collected over 6 years and tested for the presence of K. pneumoniae with a K1/K2
serotype, both of which are associated with PLA (Lin et al., 2012). It was determined that
9.8% of K. pneumoniae isolates recovered were K1/K2. Rates were similar for Chinese living
in all countries tested except Thailand and Vietnam. Strikingly, the overall K. pneumoniae
colonization rate was also significantly higher than that seen in Western counties, with rates
of >50% in cohorts from Taiwan and China. These findings establish that hvKP can be a
significant proportion of K. pneumoniae colonization, and with high overall colonization rates,
many people may be colonized with potentially deadly strains.

Convergence of Hypervirulence and Carbapenemase Accessory Genes The most obvious

concern about K. pneumoniae and its flexible accessory genome is a dual-risk isolate, one
that is both antibiotic-resistant and hypervirulent. With treatment options already limited, this
result could be devastating. These isolates will cause severe disease but will be difficult or
impossible to treat. Genomic analyses of strains worldwide have already detected the
convergence of hypervirulence and carbapenemase genes in a number of isolates (Bialek-
Davenet et al., 2014; Holt et al., 2015) As proof of the legitimacy of these concerns, a recent
study identified a fatal outbreak of VAP due to a hypervirulent carbapenem-resistant K.
pneumoniae ST11 isolate in China (Gu et al., 2017). These isolates had acquired portions of
the hypervirulent virulence plasmid pLVPK, and contained several virulence factors
associated with hypervirulent strains including genes encoding the siderophore Aer and the
mucoid phenotype regulator gene rmpA. Alarmingly, no antibiotics were effective in treating
the infections caused by these hv CRE K. pneumoniae strains. The ST11 strains identified in
this study also included genes encoding the siderophore Ybt. Interestingly, Ybt is also found
in a subset of ST11 across Asia (Holt et al., 2015). These CRE K. pneumoniae isolates
already encode a critical virulence factor in Ybt and can acquire more through acquisition of
hypervirulence plasmids

KLEBSIELLA SPECIES VARY IN THEIR ACCESSORY GENOME CONTENT Improved

molecular epidemiology and sequencing capabilities have recently demonstrated that isolates
frequently identified as K. pneumoniae can be divided into three distinct Klebsiella species (Brisse
and Verhoef, 2001; Brisse et al., 2004, 2014; Maatallah et al., 2014; Berry et al., 2015). Although
initially distinguished by variations in their core genome, these species can also be separated by the
content of their accessory genome (Holt et al., 2015). Phylogroup KpI represents ∼80% of
opportunistic isolates and is the species K. pneumoniae (sensu stricto). Phylogroup KpII is identified
as Klebsiella quasipneumoniae and KpIII as Klebsiella variicola. As three distinct species, these
groups may vary in their epidemiology of colonization and infection. Not much is known about the
least frequently isolated of the three Kp phylogroups, K. quasipneumoniae. Approximately 94% of K.
quasipneumoniae isolates have been recovered from humans, with over 50% of human isolates being
associated with intestinal carriage rather than infection (compared to 24 and 39% intestinal carriage in
KpI and KpIII, respectively; Holt et al., 2015). The most common sites of K. quasipneumoniae
infections are the urinary and respiratory tracts, and some isolates are ESBL-producers (Holt et al.,
2015). Klebsiella variicola was proposed as a new, distinct species based on both genetic and
biochemical differences from K. pneumoniae (Rosenblueth et al., 2004; Brisse et al., 2014). A
consistent trait of K. variicola is the ability of this species to fix nitrogen, which explains their
endophytic relationship with several plants such as maize, banana, sugarcane, and wheat. Genes
responsible for nitrogen fixation, such as those in the nif operon, can be considered part of the core
genome of K. variicola, but can also be found in related Klebsiella species as part of the inter-species
accessory genome (Fouts et al., 2008). While colonization of plants is common, colonization rates in
humans is unknown. Though this species is associated with environmental sources, the clinical
importance of K. variicola is becoming more apparent. In fact, a recent study determined that patients
with bloodstream infections due to K. variicola demonstrate a higher 30-day mortality rate (29.4%)
compared to K. pneumoniae (13.5%) and K. quasipneumoniae (11.1%) species (Maatallah et al.,
2014). This increased mortality was not due to any known virulence factors and was significant after
controlling for patient co-morbidities, suggesting that K. variicola harbors yet undiscovered and
potentially clinically relevant genes. A comparison of the antimicrobial resistance patterns of clinical
isolates of the three Kp phylogroups (n = 420) to 10 antimicrobial agents showed that K. pneumoniae
(KpI) has the highest resistance levels, K. quasipneumoniae (KpII) has intermediate resistance levels,
and K. variicola (KpIII) has the lowest resistance, with KpI having a resistance rate of two- to three-
fold higher than KpIII (Brisse et al., 2004). A more recent study of isolates from the three
phylogroups collected worldwide
(n = 328) determined that ∼50% of KpII isolates display an ESBL phenotype (Holt et al., 2015).
Since it is only relatively recently that these species have been differentiated, there is a paucity of
information in the literature regarding colonization rates and virulence factors in K. quasipneumoniae
and K. variicola. Along with K. pneumoniae, these three distinct but related species vary in their
epidemiology of infection and antimicrobial resistance, likely due to the variation in genes each
species possesses, indicating that exploration of the Klebsiella accessory genome is imperative for
better understanding the nuances of how these bacteria cause disease. Indeed, genetic exchange across
these three species can occur (Holt et al., 2015; Long et al., 2017a).
SUMMARY AND GAPS IN KNOWLEDGE Though classically considered an opportunistic,
hospitalacquired pathogen that infects only immunocompromised hosts, two additional types of K.
pneumoniae have emerged: carbapenem-resistant and hypervirulent. Across these three types,
intestinal colonization rates are significant and serve as a reservoir for isolates capable of causing
infection. For hospital-onset infections, the association between colonization and subsequent infection
is established and strong. For hvKP and CR-KP the association between colonization and subsequent
infection is unclear. And for all types of K. pneumoniae, the risk factors for progression to infection in
colonized patients are poorly understood. Understanding colonization and infection as two distinct
stages with potentially varying risk factors will further aid in understanding the pathogenesis of K.
pneumoniae. The accessory genome is likely critical in determining the differences in infection risk
and outcomes of endemic, antibiotic-resistant, and hypervirulent K. pneumoniae. Several K.
pneumoniae virulence factors identified to date are based on association with hypervirulent
phenotypes, such as PLA. Furthermore, most studies involving K. pneumoniae tend to focus on one
clonal group, such as carbapenem-resistant or hypervirulent isolates. While understanding of
pathogenesis for each distinct type is important, a broad understanding of how K. pneumoniae causes
the common infections of pneumonia, bacteremia, and UTIs could better aid in targeting common
factors for diagnosis and treatment. Finally, it is only recently that we have begun to recognize that
∼20% of nosocomial isolates identified as K. pneumoniae are actually K. variicola and K.
quasipneumoniae. These species may have distinct epidemiological and resistance profiles based on
the composition of their accessory genome. However, it is becoming evident that there is a reservoir
of genes that are exchanged and assembled to create strains with varying infectious and antibiotic-
resistant potential (Figure 1). Therefore, it is increasingly clear that Klebsiella can assemble a large
accessory genome from a larger pool of available genes to determine their ability to colonize, infect,
and resist antibiotics in humans.

AUTHOR CONTRIBUTIONS RM and MB: conceived design of the review, drafted, and
critically revised the work, and provided final approval for publication. FUNDING RM and MB
received support from the National Institutes of Health R01AI125307 to MB.
ACKNOWLEDGMENTS Thank you to Nicholas W. Lukacs, Harry LT Mobley, Gabriel Núñez,
and Evan S. Snitkin for reading an early draft of the review.