Rifka Ayu Irma Erviana

12212183051

TKIM-6B

MIKROBIOLOGI

Ilmu mikrobiologi adalah tentang mikroorganisme dan bagaimana mereka bekerja,

terutama bakteri, sekelompok besar sel yang sangat kecil yang memiliki kepentingan dasar
dan praktis yang sangat besar. Ilmu mikrobiologi memilki dua tema yaitu: (1) memahami
sifat dan fungsi dunia mikroba, dan (2) menerapkan pemahaman kita tentang dunia
mikroba untuk kepentingan umat manusia dan planet Bumi. mikroorganisme
mempengaruhi kehidupan manusia sehari-hari dengan cara yang menguntungkan dan
merugikan. Mikroorganisme sudah ada di Bumi selama milyaran tahun sebelum tumbuhan
dan hewan muncul, dan kita akan melihat nanti bahwa keragaman genetik dan fisiologis
kehidupan mikroba lebih kecil daripada tumbuhan dan hewan. Meskipun mikroorganisme
adalah bentuk kehidupan terkecil. Dengan tidak adanya mikroorganisme, bentuk
kehidupan yang lebih tinggi tidak akan pernah muncul dan tidak dapat dipertahankan.

1. Struktur dan aktivasi Sel mikroba

Sel mikroba adalah kompartemen hidup yang berinteraksi dengan lingkungannya dan
dengan sel lain secara dinamis.

a. Elemen Struktur Mikroba

Semua sel memiliki banyak kesamaan dan mengandung banyak komponen
yang sama. Semua sel memiliki penghalang permeabilitas yang disebut membran
sitoplasma yang memisahkan bagian dalam sel, sitoplasma, dari luar. Sitoplasma
adalah campuran makromolekul protein, lipid, asam nukleat, dan polisakarida,
molekul organik kecil (terutama prekursor makromolekul), berbagai ion anorganik,
dan ribosom, struktur penyintesis protein sel. Sel tumbuhan pada mikroorganisme
memiliki dinding sel, sedangkan sel hewan, dengan pengecualian langka, tidak.
Pemeriksaan struktur internal sel mengungkapkan dua pola, yang disebut prokariota
dan eukariota. Prokariota termasuk Bakteri dan Archaea dan terdiri dari sel-sel
kecil dan secara struktural agak sederhana. Eukariota biasanya jauh lebih besar dari
 prokariota dan mengandung bermacam-macam struktur sitoplasma yang tertutup
membran yang disebut organel.

Mikroorganisme eukariotik termasuk alga, protozoa dan protista lainnya, serta

jamur. Sel tumbuhan dan hewan juga bersifat eukariotik. Terlepas dari perbedaan
struktural yang jelas antara prokariota dan eukariota. kata "prokariota"tidak
menyiratkan keterkaitan evolusioner. Seperti yang akan kita lihat di bagian selanjutnya,
meskipun spesies Bakteri dan Archaea mungkin terlihat serupa, mereka tidak terkait erat
dalam pengertian evolusi.

b. Gen, genom,dan nukleotida

Proses kehidupan sel dikendalikan oleh komplemennya gen, genomnya. Gen
adalah segmen DNA yang mengkode protein atau molekul RNA. Genom
adalah  keseluruhan informasi genetik yang dimiliki suatu sel atau organisme, atau
khususnya keseluruhan asam nukleat yang memuat informasi tersebut. Genom
prokariota dan eukariota diatur secara berbeda. Pada eukariota, DNA hadir sebagai
molekul linier di dalam inti yang tertutup membran. Sebaliknya, genom Bakteri dan
Archaea adalah kromosom melingkar tertutup (beberapa prokariota memiliki
kromosom linier). Kromosom berkumpul di dalam sel untuk membentuk nukleoid,
massa yang terlihat di mikroskop elektron.

c. Aktivitas sel mikroba

 Semua sel menunjukkan beberapa bentuk metabolisme dengan mengambil
nutrisi dari lingkungan dan mengubahnya menjadi bahan sel baru dan produk
limbah. Selama transformasi ini, energi yang disimpan dapat digunakan oleh sel
untuk mendukung sintesis struktur baru. Di sisi genetik, genom sel direplikasi, dan
protein yang diperlukan untuk mendukung pertumbuhan di bawah serangkaian
kondisi tertentu dibiosintesis dalam proses berurutan transkripsi dan translasi.
Beberapa sel mikroba mengalami diferensiasi, yaitu dapat mengakibatkan
pembentukan sel yang dimodifikasi yang dikhususkan untuk pertumbuhan,
penyebaran, atau kelangsungan hidup. Evolusi adalah proses keturunan dengan
modifikasi di mana varian genetik (mutan) dipilih berdasarkan kesesuaian
reproduksinya. evolusi dalam sel mikroba bisa sangat cepat bila tekanan selektif
kuat.

2. Evolusi Dan Keberagaman Sel Mikroba

Mikroorganisme adalah entitas pertama di Bumi yang menunjukkan sifat-sifat yang kita
asosiasikan dengan kehidupan. Bagaimana sel mikroba berasal dan bagaimana sel
mikroba yang masih ada terkait satu sama lain?.

a. Sel pertama dan awal evolusi

Semua sel dibangun dengan cara yang serupa, diperkirakan bahwa semua sel merupakan
keturunan dari sel nenek moyang yang sama, leluhur bersama universal terakhir
(LUCA). Setelah sel pertama muncul dari materi tak hidup, proses yang terjadi selama
ratusan juta tahun, pertumbuhan selanjutnya membentuk populasi sel dan ini mulai
berinteraksi dengan populasi sel lain untuk membentuk komunitas mikroba.

b. Kehidupan di bumi selama berabad-abad

Bumi berusia 4,6 miliar tahun dan bukti menunjukkan bahwa sel mikroba pertama
kali muncul antara 3,8 dan 3,9 miliar tahun yang lalu. Selama 2 miliar tahun pertama
keberadaan Bumi, atmosfernya anoksik (O2 tidak ada), dan hanya nitrogen (N2), karbon
dioksida (CO2), dan beberapa gas lain yang hadir. Hanya mikroorganisme yang mampu
melakukan metabolisme anaerobik yang dapat bertahan dalam kondisi ini Saat
peristiwa evolusi terjadi, tiga garis keturunan utama mi- sel krobial Bakteri, Archaea,
dan Eukarya dibedakan; mikroba Eukarya adalah nenek moyang tumbuhan dan hewan.
 Garis keturunan sel utama ini disebut domain. Selama periode waktu yang sangat lama,
seleksi alam mengisi setiap lingkungan yang sesuai di Bumi dengan mikroorganisme
yang nenek moyangnya dapat ditelusuri kembali ke salah satu dari tiga domain ini.

c. Keanekaragaman mikroba
Menilai sejarah filogenetik dari dunia mikroba — dan dengan demikian
mengungkapkan keragaman yang sebenarnya — harus menunggu sampai alat tersedia
yang dapat melakukan pekerjaan itu. Tidak seperti tumbuhan dan hewan yang tulang,
fosil, daun, dan sejenisnya dapat digunakan untuk membantu rekonstruksi filogeni, sisa-
sisa tersebut tidak tersedia untuk memandu pembangunan dari pohon evolusi mikroba
Karena pohon kehidupan filogenetik RNA ribosom telah disempurnakan, telah
ditunjukkan bahwa ribuan spesies Bakteri dan Archaea ada serta ratusan spesies
mikroba Eukarya

3. Mikroorgamnisme dan lingkungannya

Di alam, sel mikroba hidup berhubungan dengan sel lain. Populasi adalah
sekelompok sel yang diturunkan dari satu sel indukoleh pembelahan sel yang
berurutan. Lingkungan terdekat tempat tinggal populasi mikroba disebut habitatnya.
Populasi sel berinteraksi dengan populasi lain dalam komunitas mikroba. Kelimpahan
dan keragaman komunitas mikroba sangat dikendalikan oleh sumber daya (makanan)
yang tersedia dan kondisi (suhu, pH, ada atau tidaknya oksigen, dan sebagainya) yang
berlaku di komunitas tersebut.

a. Ekosistem mikroba

Populasi mikroba dapat berinteraksi satu sama lain secara menguntungkan,

netral, atau berbahaya. Misalnya, produk sisa metabolisme dari satu kelompok
organisme dapat menjadi nutrisi atau bahkan racun bagi kelompok organisme lain.
Ekosistem mikroba utama adalah akuatik (lautan, kolam, danau, sungai, es, mata air
panas), terestrial (tanah permukaan, bawah permukaan dalam), dan organisme yang
lebih tinggi (di dalam atau di atas tumbuhan dan hewan). Suatu ekosistem sangat
dipengaruhi oleh aktivitas mikroba. Mikroorganisme yang melakukan proses
metabolisme menghilangkan nutrisi dari ekosistem dan menggunakannya untuk
membangun sel baru. Pada saat yang sama, mereka mengeluarkan produk
limbah kembali ke lingkungan hidup.

b. Mikroorganisme di lingkungan alam

Mikroorganisme hadir di mana-mana di Bumi yang akan mendukung
kehidupan pelabuhan. Ini termasuk habitat yang kita semua kenal yaitu tanah, air,
hewan, dan tumbuhan serta hampir semua bangunan yang dibuat oleh manusia. Di
dalam tubuh manusia saja, sel mikroba melebihi jumlah sel tubuh kita dengan faktor
sepuluh. Sterilitas (ketiadaan bentuk kehidupan) dalam sampel alami sangat jarang.
 Di beberapa habitat mikroba, organisme yang lebih tinggi tidak dapat
bertahan hidup karena habitatnya terlalu panas atau terlalu dingin, terlalu asam
atau terlalu kausis, terlalu asin atau menimbulkan tekanan osmotik, atau
memiliki tekanan yang sangat besar. Meskipun orang dapat meramalkan bahwa
“lingkungan ekstrem” seperti itu akan menimbulkan tantangan bagi semua
bentuk kehidupan, habitat yang menghukum ini sering kali penuh dengan
mikroorganisme mikroorganisme disebut ekstremofil dan termasuk kelompok
besar dan luar biasa yang terutama terdiri dari Bakteri dan Archaea, yang sifat
kolektifnya menentukan batas fisiokimia kehidupan.

4. Dampak mikroorganisme pada manusia

Selama bertahun-tahun, ahli mikrobiologi telah membuat langkah besar dalam
menemukan cara kerja mikroorganisme, dan penerapan pengetahuan ini telah sangat
memajukan kesehatan dan kesejahteraan manusia. Selain memahami mikroorganisme
sebagai agen penyakit, mikrobiologi telah membuat kemajuan besar dalam memahami
peran penting mikroorganisme dalam pangan dan pertanian, dan ahli mikrobiologi
telah mampu memanfaatkan aktivitas mikroba untuk menghasilkan produk manusia
yang berharga, menghasilkan energi, dan membersihkan lingkungan.

a. Mikroorganisme sebagai penyakit

Dalam 100 tahun terakhir. Pada awal abad kedua puluh, filePenyebab utama
kematian manusia adalah penyakit infeksi yang disebabkan oleh bakteri dan virus
patogen. Pada masa itu, anak-anak dan orang lanjut usia pada khususnya banyak
yang meninggal karena penyakit mikroba.Sekarang, bagaimanapun, penyakit menular
jauh lebih mematikan, setidaknya di negara maju. Pengendalian penyakit menular
berasal dari kombinasi kemajuan termasuk peningkatan pemahaman kita tentang proses
penyakit, peningkatan praktik sanitasi dan kesehatan masyarakat, kampanye vaksin
aktif, dan penggunaan luas agen antimikroba, seperti antibiotic

Meskipun sekarang banyak penyakit menular dapat dikendalikan, banyak

penyakit lain yang masih dapat menjadi ancaman, terutama di negara berkembang.
Misalnya, penyakit seperti malaria, tuberkulosis, kolera, penyakit tidur Afrika, campak,
pneumonia dan penyakit pernapasan lainnya, serta sindrom diare masih umum terjadi di
negara berkembang. Selain itu, manusia di seluruh dunia berada di bawah ancaman
penyakit yang dapat dengan cepat muncul, seperti flu burung atau babi, atau demam
berdarah Ebola
Statistik dirangkum dalam menunjukkan bagaimana ahli mikrobiologi dan kedokteran
klinis bergabung untuk menaklukkan penyakit menular
 Gambar Tingkat kematian untuk penyebab utama kematian di Amerika Serikat: 1900
dan saat ini. Penyakit menular adalah penyebab utama kematian pada tahun 1900,
sedangkan saat ini penyakit tersebut menyebabkan kematian yang relatif sedikit.
Penyakit ginjal dapat disebabkan oleh infeksi mikroba atau sumber sistemik (diabetes,
kanker, toksisitas, penyakit metabolik, dll.). Data berasal dari Pusat Statistik Kesehatan
Nasional Amerika Serikat dan Pusat Pengendalian dan Pencegahan

b. Mikroorganisme, pertanian, dan nutrisi manusia

Pertanian mendapat manfaat dari siklus nutrisi oleh mikroorganisme.
Misalnya, sejumlah tanaman utama yang memberi makan manusia dan hewan
peliharaan adalah kacang-kacangan. Kacang-kacangan hidup dihubungan erat
dengan bakteri yang membentuk struktur yang disebut nodul pada akarnya. Dalam
bintil, bakteri ini mengubah nitrogen di atmosfer (N2) menjadi amonia (NH3, proses
fiksasi nitrogen) yang digunakan tanaman sebagai sumber nitrogen untuk pertumbuhan.
Pertanian utama yang juga penting adalah mikroorganisme yang menghuni rumen
hewan ruminansia, seperti sapi dan domba. Rumen adalah ekosistem mikroba di
mana populasi besar mikroorganisme mencerna dan memfermentasi selulosa
polisakarida,komponen utama dinding sel tumbuhan. Tanpa mikroorganisme simbiosis
ini, ruminansia tidak dapat hidup dengan makanan kaya selulosa (tetapi miskin nutrisi),
seperti rumput dan jerami Usus besar mengikuti lambung dan usus kecil di saluran
pencernaan, tetapi tidak seperti rumen, usus besar kekurangan sejumlah besar
 mikroorganisme pengurai selulosa. Jumlah sel mikroba rendah di lambung yang sangat
asam (pH 2) (sekitar 104 per gram) tetapi meningkat menjadi sekitar 108 per gram di
dekat ujung usus kecil (pH 5) dan kemudian mencapai jumlah maksimal di usus besar
(pH 7) (Gambar 1.10).
Mikroorganisme di usus besar membantu dalam proses pencernaan dengan
mensintesis vitamin tertentu dan nutrisi penting lainnya tetapi juga bersaing untuk
mendapatkan ruang dan sumber daya dengan mikroorganisme patogen yang dapat
memasuki saluran GI dalam makanan dan air yang terkontaminasi. Dengan demikian,
hanya dengan jumlah mereka yang banyak, mikro-flora kolon membantu mencegah
patogen mendapatkan pijakan.

Selain menguntungkan pertanian, mikroorganisme juga berdampak negatif

bagi industri. Penyakit mikroba tanaman dan hewan yang digunakan untuk
makanan manusia menyebabkan kerugian ekonomi yang besar setiap tahun.
Kadang-kadang suatu produk makanan menyebabkan penyakit manusia yang
serius, seperti ketika Escherichia coli atau Salmonella patogen ditularkan dari
daging yang terinfeksi, atau ketika mikroba patogen tertelan dengan buah dan
sayuran segar yang terkontaminasi. Mikroorganisme dengan demikian secara
signifikan mempengaruhi industri pertanian baik secara positif maupun negatif.

c. Mikroorganisme pangan, energi, dan lingkungan

Mikroorganisme memainkan peran penting dalam industri makanan,
termasuk pembusukan makanan, keamanan, dan produksi. Pembusukan makanan
saja mengakibatkan kerugian ekonomi yang besar setiap tahun, dan industri
pengalengan, makanan beku, dan makanan kering dikembangkan sebagai cara
untuk mengawetkan makanan yang sebaliknya akan mengalami pembusukan
mikroba. Keamanan pangan memerlukan pemantauan terus-menerus terhadap
produk pangan untuk memastikan bahwa produk tersebut bebas dari patogen dan
pelacakan wabah penyakit untuk mengidentifikasi sumber patogen.
Mikroorganisme dapat digunakan untuk membersihkan polusi dalam proses yang
disebut bioremediasi. Dalam bioremediasi, mikroorganisme digunakan untuk
mengkonsumsi minyak yang tumpah, pelarut, pestisida, dan polutan beracun
lingkungan lainnya. Bioremediasi mempercepatproses pembersihan dengan
menambahkan mikroorganisme khusus ke lingkungan yang tercemar atau dengan
menambahkan nutrisi yang merangsang mikroorganisme asli untuk mendegradasi
polutan. Dalam kedua kasus, tujuannya adalah untuk mempercepat hilangnya polutan.
Mikroorganisme juga dapat dimanfaatkan untuk menghasilkan produk yang sangat
berharga. Dalam mikrobiologi industri, mikroorganisme alami tumbuh dalam skala
masif hingga menjadi besar enzim, dan bahan kimia tertentu. Sebaliknya,
bioteknologi menggunakan mikroorganisme hasil rekayasa genetika untuk
mensintesis produk bernilai tinggi, seperti insulin atau protein manusia lainnya,
biasanya dalam skala kecil. Genomics telah sangat meningkatkan baik mikrobiologi
industri dan bioteknologi dengan membuatnya memungkinkan untuk memeriksa
genom dari hampir semua organisme untuk gen yang berpotensi untuk kepentingan
komersial.
 MIKROBIOLOGI DALAM KONTEKS SEJARAH

1. Penemuan Mikroorganisme

Meskipun keberadaan makhluk yang terlalu kecil untuk dilihat dengan mata
telanjang telah diduga selama berabad-abad, penemuan mereka harus menunggu
penemuan mikroskop. Ahli matematika Inggris dan sejarawan alam Robert Hooke
(1635-1703) adalah ahli mikroskop yang sangat baik. Dalam bukunya yang terkenal
Micrographia (1665), buku pertama yang membahas pengamatan mikroskopis, Hooke
mengilustrasikan, di antara banyak hal, struktur buah dari cetakan. Ini adalah deskripsi
mikroorganisme pertama yang diketahui.

Orang pertama yang melihat bakteri, sel mikroba terkecil, adalah tukang kain
Belanda dan ahli mikroskop amatir Antoni van Leeuwenhoek (1632-1723). Van
Leeuwenhoek membuat mikroskop yang sangat sederhana yang berisi satu lensa
untukdalam berbagai bahan alami untuk mikroorganisme. Mikroskop ini kasar menurut
standar sekarang, tetapi dengan manipulasi dan pemfokusan yang cermat, van
Leeuwenhoek dapat melihat bakteri. Dia menemukan bakteri pada tahun 1676 saat
mempelajari infus air lada, dan melaporkan pengamatannya dalam serangkaian surat
kepada Royal Society of London yang bergengsi, yang menerbitkannya dalam
terjemahan bahasa Inggris pada tahun 1684. Gambar dari beberapa "wee animalcules,
wee animalcules," karya van Leeuwenhoek. ”Sebagaimana yang dirujuknya, ditunjukkan
pada, dan foto yang diambil melalui mikroskop van Leeuwenhoek.
2. Pasteur dan pembangkit spontan

Kemajuan besar dalam mikrobiologi dibuat pada abad kesembilan belas karena
muncul dari karya dua raksasa di bidang mikrobiologi yang masih muda: ahli kimia
Prancis Louis Pasteur dan ahli kimia Jerman dokter Robert Koch. Kami mulai dengan
karya Pasteur.

a. Isomer optik dan fermentasi

Pasteur adalah seorang ahli kimia dengan pelatihan dan merupakan salah satu orang
pertama yang menyadari pentingnya isomer optik. Sebuah molekul aktif secara
optimal jika larutan murni atau kristal hanya mendifraksi cahaya. arah. Pasteur
mempelajari kristal asam tartarat yang dia pisahkan dengan tangan menjadi
kristal yang membengkokkan sinar terpolarisasi ke kiri dan yang
membengkokkan sinar ke kanan. Pasteur menemukan bahwa jamur Aspergillus
memetabolisme d-tartrat, yang membengkokkan cahaya ke kanan, tetapi tidak
memetabolisme isomer optiknya, l-tartrat.
b. Generai spontan
Pasteur menjadi lawan yang kuat dari generasi spontan. Menyusul
penemuannya tentang asam tartarat dan fermentasi alkohol, Pasteur meramalkan
bahwa mikroorganisme dalam bahan yang membusuk adalah keturunan dari sel
yang masuk dari udara atau sel yang telah berada di bahan yang membusuk.
Lebih lanjut Pasteur beralasan bahwa jika makanan diperlakukan sedemikian
rupa untuk menghancurkan semua organisme hidup yang ada yaitu, jika dianggap
steril dan kemudian dilindungi dari kontaminasi lebih lanjut, makanan tersebut
tidak boleh membusuk. Pasteur menggunakan panas untuk membunuh dengan
menyegelnya agar tidak membusuk. Para pendukung generasi spontan
mengkritik eksperimen ini dengan menyatakan bahwa “udara segar” diperlukan
agar fenomena tersebut terjadi. Pada tahun 1864 Pasteur menjawab keberatan ini
secara sederhana dan cemerlang dengan membangunlabu berleher angsa, sekarang
disebut labu Pasteur.

c. Prestasi lainnya dari pastur

Pasteur melanjutkan dari karyanya yang terkenal tentang generasi spontan ke

banyak keberhasilan lain dalam mikrobiologi dan kedokteran. Beberapa sorotan
termasuk perkembangan vaksin untuk penyakit. antraks, kolera unggas, dan
rabies. Karya Pasteur tentang rabies adalah kesuksesannya yang paling terkenal,
yang memuncak pada Juli 1885 dengan pemberian pertama vaksin rabies kepada
manusia, seorang anak lelaki Prancis bernama Joseph Meister yang telah digigit
anjing gila. Pada masa itu, gigitan hewan rabies selalu berakibat fatal. Berita
menyebar dengan cepat tentang keberhasilan vaksinasi Meister, dan salah
satunya diberikan tidak lama kemudian kepada seorang anak gembala muda,