1.

Scientific computing merupakan bagian dari ilmu komputer yang berhubungan dengan
penerapan komputasi (seperti model matematika dan teknik analisa kuantitatif) untuk
memecahkan masalah yang muncul baik di ilmu komputer sendiri maupun di bidang yang
lain.

2.
0-1 Knapsack Problem :
Greedy Algorithm akan mengurutkan semua objek dari value yang terbesar ke yang terkecil.
pada soal disediakan objek dan value sebagai berikut; 4kg($10) > 12kg($4)> 2kg($2) > 1kg
($2) > 1kg($1). Kemudian Greedy Algorithm akan langsung mengambil value paling besar
yang memungkinkan terjadi pada wadah 15 kg yaitu: 4kg($10) > 2kg($2) > 1kg ($2)> 1kg
($1). Sehingga value yang didapatkan dari wadah 15 kg yaitu : $10 + $2 + $2 + $1 = $15

3. Perbedaan cara kerja pada DFS dan BFS adalah, DFS berprioritas pada kedalaman,
memulai dari simpul akar dan berjalan semakin dalam sampai simpul tujuan ditemukan,
sedangkan BFS, dimulai dari akar, akan lebih memilih untuk memeriksa semua tetangga
dari simpul tersebut, kemudian dicek satu-satu mulai dari simpul terdekatnya, seterusnya,
sampai menemukan tujuan.

4. Big Oh merupakan notasi asymptotic yang menggambarkan batas atas, untuk

menggambarkan worst case. Big Theta merupakan notasi asymptotic yang menggambarkan
batas dari atas dan bawah, untuk menggambarkan average case. Big Omega merupakan
notasi asymptotic yang menggambarkan batas bawah, untuk menggambarkan best case.

5. Genom prokariota umumnya hanya tersusun dari satu kromosom yang besar, terbentuk
dari DNA untai ganda yang berbentuk sirkular, berbeda dengan genom eukariota yang
memiliki beberapa kromosom linier. Selain itu organisme gen pada prokariot sedikit/
tidak mengandung intron berbeda dengan eukariot yang memiliki banyak intron.

6.

• Inisiasi. Molekul DNA terlepas dan terpisah untuk membentuk kompleks

terbuka kecil. RNA polimerase mengikat promotor untai template.
• Pemanjangan. RNA polimerase bergerak di sepanjang untai cetakan, mensintesis
molekul mRNA. Pada prokariota RNA polimerase merupakan holoenzim yang terdiri
dari sejumlah subunit, termasuk faktor sigma (faktor transkripsi) yang mengenali
promotor. Pada eukariota ada tiga RNA polimerase: I, II dan III. Prosesnya mencakup
mekanisme proofreading.
• Penghentian. Pada prokariota ada dua cara di mana transkripsi diakhiri. Dalam
terminasi yang bergantung pada Rho, faktor protein yang disebut "Rho" bertanggung
jawab untuk mengganggu kompleks yang melibatkan untai cetakan, RNA polimerase
dan molekul RNA. Dalam terminasi Rho-independen, sebuah loop terbentuk di ujung
 molekul RNA, menyebabkannya melepaskan dirinya sendiri. Pengakhiran pada
eukariota lebih rumit, yang melibatkan penambahan nukleotida adenin tambahan pada
transkrip RNA 3 '(suatu proses yang disebut poladenilasi).
• Pengolahan. Setelah transkripsi, molekul RNA diproses dengan beberapa cara: intron
dihilangkan dan ekson disambung bersama untuk membentuk molekul mRNA
dewasa yang terdiri dari sekuens pengkode protein tunggal. Sintesis RNA melibatkan
aturan pasangan basa normal, tetapi timin basa diganti dengan urasil basa.
7.

• Inisiasi. Subunit kecil ribosom mengikat ujung 5 'dari molekul mRNA dan bergerak
ke arah 3' sampai bertemu dengan kodon start (AUG). Ini kemudian membentuk
kompleks dengan unit besar kompleks ribosom dan molekul tRNA inisiasi.
• Pemanjangan. Kodon selanjutnya pada molekul mRNA menentukan molekul tRNA
mana yang terkait dengan asam amino yang berikatan dengan mRNA. Enzim peptidil
transferase menghubungkan asam amino bersama menggunakan ikatan peptida.
Proses berlanjut, menghasilkan rantai asam amino saat ribosom bergerak di
sepanjang molekul mRNA.
• Penghentian. Terjemahan dalam diakhiri ketika kompleks ribosom mencapai satu atau
lebih kodon stop (UAA, UAG, UGA). Kompleks ribosom pada eukariota lebih besar
dan lebih rumit daripada pada prokariota. Selain itu, proses transkripsi dan translasi
dibagi dalam eukariota antara nukleus (transkripsi) dan sitoplasma (translasi), yang
memberikan lebih banyak kesempatan untuk pengaturan ekspresi gen.
• Pemrosesan protein post-translation
8.
Messenger RNA (mRNA) : molekul RNA untai tunggal yang melengkapi salah satu
untai DNA gen
Transfer RNA (tRNA) : sejenis molekul RNA yang membantu memecahkan kode
urutan messenger RNA (mRNA) menjadi protein

9. The International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) adalah

foundation yang telah beroperasi lama di antara DDBJ, EMBL-EBI dan NCBI. INSDC
mencakup spektrum data mentah yang dibaca, melalui penyelarasan dan kumpulan hingga
anotasi fungsional, diperkaya dengan informasi kontekstual yang berkaitan dengan
sampel dan konfigurasi eksperimental.

10. SRS adalah interface yang homogen pada lebih dari 80 pangkalan data biologi yang telah
dikembangkan di European Bioinformatics Institute (EBI) di Hinxton, UK. Jenis-jenis
pangkalan data yang tercakup adalah sequens dan sequens yang berhubungan, jalan kecil
metabolik, faktor-faktor transkripsi, hasil-hasil genom, pemetaan, mutasi umum dan mutasi
khusus. Setiap SRS meliputi subset pangkalan data yang berbeda dan perangkat analitis yang
terhubung.
Entrez, merupakan pangkalan data dan sistem temu kembali dalam bidang biologi
molekuler, telah dikembangkan oleh (NCBI). Pangkalan data tersebut merupakan titik entri
untuk menjelajah secara nyata, juga merupakan pangkalan data terpadu. Sistem Entrez
menyediakan akses pangkalan data pada nukleotid dan pangkalan data sequens protein,
sebuah pangkalan data contoh terstruktur 3-D (MMDB), suatu pangkalan data genom, peta
dan literatur.

11. GenBank adalah database urutan genetik NIH, dan merrupakan kumpulan anotasi dari
semua urutan DNA yang tersedia untuk umum. Merupakan bagian dari INSDC, yang
beroperasi diantara DNA DataBank of Japan (DDBJ), the European Nucleotide Archive
(ENA), and GenBank at NCBI. Ketiga organisasi bertukar data sehari – hari.

12. Format FASTA merupakan format berbasis teks untuk mewakili urutan nukleotida atau
urutan asam amino (protein), di mana nukleotida atau asam amino direpresentasikan
menggunakan kode huruf tunggal. Contoh FASTA format yaitu
>MW739943.1 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate SARS-
CoV-2/human/GHA/WACCBIP_nCoV_GS280/2021 ORF1ab polyprotein (ORF1ab),
ORF1a polyprotein (ORF1ab), surface glycoprotein (S), ORF3a protein
(ORF3a), envelope protein (E), and membrane glycoprotein (M) genes,
complete cds; ORF6 protein (ORF6) gene, partial cds; and ORF7a protein
(ORF7a), ORF7b (ORF7b), ORF8 protein (ORF8), nucleocapsid phosphoprotein
(N), and ORF10 protein (ORF10) genes, complete cds
AGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTG...AATGTGTAAAATTAATTTTA
G TAGTGCTATCC

13. Database DNA: berisi detail mengenai gene seperti gene id, sequence, cds, translasi dari
DNA, dan lain lain.
Database protein: berisi detail dari protein yang dihasilkan seperti catalytic activity, activity
regulation, taksonomi, dan masih banyak lagi.