Penelusuran biaya lingkungan dalam implementasinya memiliki masalah, masalah ini
timbul karena biaya dampak lingkungan dianggap sebagai marginal yang signifikan bagi entitas atau korporasi. Selain itu sangat sedikit perusahaan yang secara terpisah mengungkapkan biaya lingkungannya hal ini bersadarkan pencarian terbatas dari database keuangan Kanada. Banyakya perusahaan yang tidak menghitung biaya lingkungan karena sebagian manager belum mengetahui bahwa biaya marginal untuk pengumpulan informasi lingkungan dan mengurangi dampak lingkungan lebih kecil dari pada biaya marginal dari denda dan masalah citra yang di sebabkan lingkungan. Tugas yang paling penring dari pelacakan dan penelusuran biaya lingkungan adalah untuk menentukan biaya mana yang harus diklasifikasikan sebagai lingkungan dibandingkan biaya umum laiannya. Maka dari itu masalah yang paling penting dalam penelusuran biaya lingkungan meliputi End-of-pipe technologies and integrated technologies, Research and development (R&D) costs, Costs of past and future production. Referensi
Schaltegger, S dan Roger Burritt, 2000. Contemporary Environmental Accounting;
Issues, concept and practice. Greenleaf Publishing Limited.UK