367 Evy Widiastuti 1B
367 Evy Widiastuti 1B
Nim : 24185367A
Praktikum : 1B
SOAL :
MALSNSTTVLPFLASLWQETDEPGGNMSADLARRSQLRDDSKLE
ALYILMVLGFFGFFTLGIMLSYIRSKKLEHSHDPFNVYIESDAWQEKGKALFQARVLE
SFRACYVIENQAAVEQPATHLPELKPLS
2.Siapkan data-data yang dibutuhkan untuk memperbanyak PROTEIN diatas (alasan memilih data
tersebut ,hasil yang didapat ketika menggunakan data tersebut)
JAWAB :
CARA KERJA :
A.
1. ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian
2.klik BLAST , merupakan suatu alat pencari yang dapat mencari sekuen yang mirip
3.klik tblastn , untuk membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database
sekuen nukleotida secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan
4.masukkan data , klik BLAST
5.dari 100 sekuen pilih dan klik data yang memiliki Query coverage dan per ident 100%
B.
1. ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian
2.Pada menu search ganti all database menjadi nukleotida
3.tuliskan jenis nukleotida yang ingin diketahui pada kotak pencarian, klik search, didapatkan
hasil seperti berikut
4.hasil pencarian , klik cds (CoDing Sequence)
5.pada bagian ORIGIN , pilih 10 basa awal dan 10 basa terakhirnya
PERHITUNGAN :
ATGGCCCTG TACTGTCATGA
Tm primer = (2x (A+T)) + (4x (G+C))
= (2X10) + ( 4X10)
= 20 + 40 = 600C
10
= ×100 %=50 %
20
GC Clamp
5’ A T G G C C C T G T A C T G T C A T G A 3’
3’ A G T A C T G T C A T G T C C C G G T A 5’ 5’ T C A T G A C A G T A C A G G G C C A T 3’
TCATGACAGTACAGGGCCAT
= (2X10) + ( 4X10)
= 20 + 40 = 600C
10
= ×100 %=50 %
20
ANALISIS HASIL :
1. Primer yang dibuat BAIK ( 600C), karena memenuhi syarat Tm primer yang baik yakni
berkisar 500C– 650C , serta memenuhi GC content (50%) didalam primer yang ideal sekitar
40% - 60%
2. Query coverage 100% , persentasi dari panjang nukleotida yang selaras dengan database
yang terdapat pada BLAST
3. Per ident 100% , mengindikasikan bahwa isolat memiliki spesies yang sama
4.