LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

“ISOLASI DNA”

DISUSUN OLEH:
NAMA : Siska B Siregar
NIM : 195040200111021
KELAS : R-1
ASISTEN : Gabriela Kezia Wiliani

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2020
Analisis cara kerja:
Hal pertama yang dilakukan dalam melakukan praktikum isolasi DNA adalah
menyiapkan alat dan bahan adapun alat dan bahan yang digunakan adalah brokoli
segar, 300 ml air keran, 10 ml alkohol, cairan detergen, garam dapur, wadah kecil,
wadah besar, bejana, sendok teh, corong, blender, pisau, kain saring, pengaduk,
pengaduk kopi.
Langkah pertama adalah memecah brokoli menjadi potongan-potongan kecil.
Potong bagian kepala brokoli menggunakan pisau. Bagian batang brokoli dibuang
karena sulit untuk mengekstaksi DNA. Yang digunakan adalah kepala bunga
brokoli. Kemudian masukkan potongan-potongan tersebut ke wadah yang besar
yang berisi air keran. Blender potongan-potongan brokoli untuk menghaluskan
brokoli. Setelah diblender, campur semua dengan sendok untuk mencampur bagian
bawah dan bagian atas. Brokoli dihaluskan supaya dinding sel pecah. Perusakan
dinding sel merupakan langkah utama dalam ekstraksi DNA (Syafaruddin, et al.,
2011). Jika brokoli dihancurkan terlalu halus atau lebih kecil dari 1 milimeter maka
DNA dapat rusak. Tuang sedikit air, tambahkan 1 sendok teh garam dapur
kemudian dicampur/diaduk. Campuran disaring menggunakan kain saring dan
corong ke dalam wadah dengan volume 10 ml. Larutan yang tersaring hanya
mengandung cairan dengan DNA terlarut. Tuangkan sedikit cairan detergen ke
dalam bejana yang terpisah, lalu celupkan pengaduk kopi ke dalamnya hingga
unjungnya terbenam. Masukkan pengaduk dengan cairan detergen diujungnya ke
dalam larutan, dan campur dengan sangat pelan supaya tidak jatuh. Biarkan
pengaduk dengan detergen direndam dalam larutan dan cairan melarut secara
perlahan. Tunggu sekitar 2-3 menit. Ambil pengaduk dengan hati-hati dari larutan
dan tambahkan alkohol ke dalam larutan. Tambahkan alkohol dengan sangat pelan,
menuangkannya dari dinding wadah. Pada larutan dan alkohol akan terlihat 2 sisi.
Sisi bawah lebih gelap dan sisi yang lebih cerah yaitu alkohol di bagian atas. Sesuai
dengan pendapat Murtiyaningsih (2017), hal ini terjadi karena alkohol berfungsi
untuk memisahkan DNA dari kontaminan (larutan lain). DNA yang larut dengan
baik dalam air tidak terlihat dalam larutan. Tetapi larutan mulai larut dengan
alkohol. Larutan mulai mengendap dan terlihat menjadi benang DNA. Semakin
lama benang DNA akan terlihat semakin jelas. Tunggu hingga 10 menit supaya
benang DNA terlihat sangat jelas.
Soal:
1. Jelaskan perbedaan DNA dan RNA!
2. Mengapa pada praktikum ini menggunakan spesimen brokoli?
3. Ciri apa yang menunjukkan bahwa asam nukleat pada brokoli tampak dan
praktikum tersebut berhasil?
4. Apa fungsi detergen, garam, dan alkohol pada praktikum ini?
5. Apakah spesimen brokoli dapat diganti dengan sayuran yang lainnya? Jelaskan
alsannya!

Jawaban:
1. Perbedaan DNA dan RNA:
Berdasarkan hasil penelitian Aisah, et al., (2017), DNA merupakan substansi
genetik yang terdiri dari 3 macam molekul, yaitu deoksiribosa, asam pospat, dan
basa nitrogen yang dibedakan atas pirimidin (cytosine dan thymine) dan purin
(adenine dan guanine). DNA terletak di dalam nucleus dan berstruktur semacam
pita ganda atau double helix. Sedangkan RNA merupakan substansi genetik yang
terdiri dari 3 macam molekul, yaitu ribosa, asam pospat, dan basa nitrogen yang
dibedakan menjadi pirimidin (cytosine dan urasil) dan purin (adenine dan
guanine). RNA berstruktur semacam pita atau helix.
2. Spesimen brokoli memiliki dinding yang tipis dan muda berwarna hijau sehingga
kemungkinan besar dapar menekan senyawa polisakarida dan polifenol yang
meningkatkan keberhasilan isolasi DNA (Nugroho, et al., 2016).
3. Ciri yang menunjukkan bahwa asam nukleat pada brokoli tampak dan praktikum
tersebut berhasil adalah terlihat benang DNA yang saling mengikat.
4. Fungsi detergen pada praktikum ini adalah untuk melarutkan lipid sebagai
penyusun membran, sehingga DNA terekspos ke luar sel (Murtiyaningsih,
2017).
Fungsi garam dalam praktikum ini adalah untuk berinteraksi dengan DNA yang
bermuatan negatif sehingga menyebabkan DNA bersifat hidrofob (menggumpal)
dan mengendap (Murtiyaningsih, 2017).
 Fungsi alkohol dalam praktikum ini adalah untuk memisahkan DNA dari
kontaminan (larutan lain) (Murtiyaningsih, 2017).
5. Spesimen brokoli dapat diganti dengan sayuran yang lain dengan daun yang
masih muda karena memiliki dinding sel yang lebih dipis, serta dapat menekan
senyawa polifenol dan polisakarida sehingga memperbesar kemungkinan
keberhasilan isolasi DNA (Nugroho, et al., 2016).
 DAFTAR PUSTAKA

Aisah, Isah., Fadilah, F. N., dan Suyudi, Moch. (2017). Aplikasi Logika
Matematika Pada Aljabar Untaian Dna Dalam Proses Hibridisasi. J. Sigma-
Mu. 9(2).
Murtiyaningsih, Hidayah. (2017). Isolasi Dna Genom Dan Identifikasi Kekerabatan
Genetik Nanas Menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA).
J. Agritrop. 15(1): 83-93.
Nugroho, K., Terryana, R. T., Rijzaani, H., dan Lestar, P. (2016). Metode Ekstraksi
DNA Pada Jatropha Spp. Tanpa Menggunakan Nitrogen Cair. J. Litri. 22(4):
159-166.
Syafaruddin., Randriani, Enny., dan Santoso, T. J. (2011). Efektivitas Dan Efisiensi
Teknik Isolasi Dan Purifikasi DNA Pada Jambu Mete. J. Buletin RISTRI. 2(2).
Lampiran Jurnal: