ASAM NUKLEAT DAN PROTEIN

A. Asam Nukleat

Asam nukleat adalah senyawa-senyawa polimer yang menyimpan

semua informasi genetika, yaitu seperangkat “cetak biru“ tentang

karakteristik aktual dan potensial yang diterima oleh suatu organisme dari

generasi sebelumnya, untuk kemudian diwariskan ke generasi berikutnya.

Setiap nukleotida tersusun oleh tiga komponen, molekul gula pentosa

(doxyribose untuk DNA dan ribose untuk RNA), gugus phosphat dan basa

nitrogen. Dua komponen pertama terdapat pada semua nukleotida

dengan susunan yang bentuk identik, sedangkan dengan komponen yang

ketiga (basa nitrogen) mempunyai susunan dan bentuk yang berbeda

didalam sutu nukleotida dengan nukleotida lainya. Namun demikian,

hanya terdapat empat macam basa nitrogen penyusun setiap nukleat.

Berdasarkan bentuk molekulnya, basa nitrogen dikelompokan mejadi dua 

yaitu puri dan pyramidin.

            Asam nukleat  suatu polimer nukleotida yang berperan dalam

penyimpanan serta pemindahan informasi genetika. Satu nukleotida terdiri

atas tiga bagian.

1. Cincin purin atau pirimidin,

Yaitu basa nitrogen yang terikat pada atom C nomor 1 suatu molekul

gula  (ribosa atau dioksiribosa) melalui ikatan N-glukosidik. Ada dua

macam basa nitrogen yang menyusun asam nukleat, yaitu basa purin

yang terdiri atas adenin ( A ) dan guanine ( G ), serta basa pirimidin yang
terdiri atas thymine ( T ), cytosine (C ), dan uracil ( U ) baik DNA

(deoxyribonuceid) maupun RNA ribonucleic) tersusun atas A,G,C, tapi T

hanya ada pada DNA sengang U hanya ada pada RNA. Akan tetapi Cuma

ada pengkecualian, yaitu bahwa pada bebebrapa molekul       tRNA

terdapat basa   T, sedangkan beberapa bakterofag DNA-nya tersusun

atas U dan bukan basa  T. 

2. Molekul gula dengan atom C (pentosa).

Pada RNA gulanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gulanya

adalah deoksiribosa. Perbedaan dari kedua bentuk gula tersebut terletak

pada atom C nomor 2. Pada RNA, Atom C nomor 2 berikatan dengan

gugus hidroksil (OH) sedangkan pada DNA atom C Nomor 2 berikatan

dengan atom H.

3. Gugus pospat

Terikat pada atom C nomor 5 melalui ikatan fosfoester. Gugus pospat

inilah yang menyebabkan asam nukleat berbuatan negative kuat.

Asam nukleat ada dua macam :

1.Asam Deoksiribonukleat (DNA)

2. Asam Ribonukleat (RNA)

DNA merupakan molekul raksasa yang tardapat didalam nukleus ( inti

sel ), dengan massa molekul relatif (Mr) berkisar dari 6 juta sampai 16

juta. Setiap bagian fungsional DNA dikenal sebagai gen. Ribuan gen dari

suatu organisme mengandung sandi genetic untuk urutan protein. Artinya,

ia mengandung suatu informasi untuk sederetan rantai asam amino

protein. Setiap asam amino dituliskan didalam urutan DNA yang sesuai

dengan bantuan kodon yang terdiri atas tiga pasangan basa yang

berurutan. Sebagai contoh adalah kodon untuk asam amino Fenilalanin

(Phe) yaitu TTC.Molekul DNA terdiri dari dua rantai polimer yang

melengkung heliks ganda. Heliks ganda tersebut dikukuhkan oleh ikatan

hydrogen antara lain timin dari rantai yang satu dengan adenine dari rantai

yang lain. Dan antara sitosin dari rantai yang satu dengan guanin dari

rantai lainnya.

Untuk ekspresi suatu gen, artinya sintasis dari protein-protein yang

sesuai, informasi urutan DNA perlu diubah menjadi suatu urutan protein.

Karena DNA sendiri tadak ikut ambil begian pada sintesis protein. Maka

informasi perlu dipindahkan dari inti sel sempai ketempat dimana protein

disintesis yaitu di ribosom. Untuk itu pertama melalui proses penyalinan

( transkripsi ).

RNA merupakan polimer yang mempunyai massa molekul lebih

kecil yaitu dari 20 ribu sampai 40 ribu. Bagian yang relevandari gen,

disalin menjadi suatu RNA caraka (messenger RNA, mRNA). Urutan

mRNA yang berbentuk sejodoh dengan rantai DNA yang mengandung

sandi gen yang sesuai. Karena RNA mengandung urasil sebagai

pengganti ti-min, maka dari triplet DNA AAG misalnya akan terbentuk

kodon mRNA UUC.

 Baik DNA maupun RNA merupakan polimer atas unit-unit

nukleotida. Suatu unit nukleutida terdiri atas tiga bagian: gula pentosa,

basa organic ( senyawa heterosiklik yang mengandung nitrogen ), dan

asam fosfat. Pentosa yang dikandung RNA adalah ribosa, sedangkan

pentosa pada DNA adalah deoksiribosa, yang kekurangan suatu satu atim

oksigen dari ribose. DNA dan RNA dapat dibedakan dari jenis gulanya.

a. BASA

Basa asam nukleat adalah suatu heterosiklik aromatik yang berasal

dari pirimidin atau purin. Lima dari basa-basa ini bersama-sama

merupakan komponen utama dari asam nekleat dari selarah jaringan

hidup. Basa purin adenine ( Ade ) dan guanin (Gua) seperti juga basa

pirimidin sitosin (Cyt) di jumpai dalam RNA dan DNA. Sebaliknya urasil

(Ura) hanya terdapat dalam RNA. Dalam DNA, urasil digantikan oleh timin

(Thy), yaitu derivate 5-metil dari urasil. Sejumlah besar dari basa-basa

lainnya yang dimodifikasi dijumpai pada tRNA dan pada jenis RNA

lainnya.

b. NUKLEOSIDA, NUKLEOTIDA

Monomer asam nukleat disebut nukleotida. Bila suatu basa dari

asam nukleat dihubungkan dengan ribosa atau 2-deoksiribosa maka akan

diperoleh suatu nukleosida. Nukleosida adalah nukeotida tampa gugus

fosfat.
 Adapun basa organic yang terdapat pada RNA ada empat macam

yaitu:

1. Adenin (6-Aminopurin) atau A,

2. Guanin (6-oksi-2-aminopurin) atau G

3. Sitosin (2-oksi-6-aminopurin) atau C

4. Urasil (2,6-dioksipirimidin) atau U

Pada DNA tidak mengandung urasil, melainkan digantikan dengan

timin (2,6-duoksi-5-metilpirimidin). Didalam sel, gugus 5’-OH dari

komponen gula pada nukleosida pada umumnya teresterisasi dengan

asam fosfat. Dari adenosin akan terbentuk adenosain 5’-OH monofosfat

(AMP) dan dari dA yang sesuai dengannya dalam dAMP

Kalau rantai 5’-fosfat dihubungkan dengan rantai fosfat lainnya melalui

ikatan asam anhidrida, maka diperoleh nukleosida difosfat dan trifosfat,

misalnya ADP dan ATP. Kedua nuklesida ini merupakan koenzim penting

pada metabolisme energi.

c. Oligonukleotida, Polinukleotida.

Rantai fosfat satu dengan yang lainnya dapat membentuk anhidrida

asam. Hal ini memungkinkan adanya hubungan antara nukleotida satu

dengan yang lainnya melalui rantai fosfat. Bila antai fosfat dari suatu

nukleotida bereaksi dengan gugus 3’-OH dari nukleotida lainnya, maka

terbentuk suatu dinukleotida dengan struktur asamfosfat dister.

Selanjutnya melalui hubungan dengan ikatan asam fosfat diester lainnya,

dinukleotida ini dapat diperpanjang dengan satu tambahan

mononukleotida. Dengan cara ini terbentuk oligonukleotida dan

akhirnyapolinukleotida.

Polinukleotida dengan komponen ribonukleotida disebut asam

ribonukleat (RNA), dan yang terbentuk dari monomer deoksiribonukleat

disebut asam deoksiribonukleat (DNA). Untuk menggambarkan struktur

dari oligonukleat dan polinukleat digunakan singkatan-singkatan dari

komponen nukleosida yang dituliskan dari kiri ke kanan dengan arah 5’-

3’. Kadang-kadang posisi rantai fosfat ditunjukan dengan “p”. dengan

demikin struktur dari RNA.

Pada nukleosida dan nukleotida, rantai pentosa terdapat dalam

bentuk furanosa. Gula dan basa dihubungkan melalui suatu ikatan N-

glikosidik antara C-1 gula dan N-9 cincin purin atau N-1 pirimidin. Ikatan

ini selalu mempunyai konfigurasi. Jika basa organik berkaitan dengan

pentosa, terbentuklah suatu nukleosida, dan jika nukleosida berkaitan

dengan dengan asam fosfat, terbentuklah suatu nukleotida.

Nukleosida pada RNA

Adenin + Ribosa = Adenosin

Guanin + Ribosa = Guanosin

Sitosin + Ribosa = Sitodin

Urasil + Ribosa = Uridin

Nukleosida pada DNA

Adenin + Deoksiribosa = Deoksiadenosin

Guanin + Deoksiribosa = Deoksiguanosin

Sitosin + Deoksiribosa = Deoksisitidin

Timin + Deoksiribosa = Deoksitirimidin

Persis seperti asam-asam amino yang berkondensasi untuk

membentuk polimer protein maka nukleotida-nukleotida juga

berkondensasi untuk membentuk polimer asam nukleat (DNA dan RNA).

Gugus fosfat dari suatu nukleotida berkaitan dangan bagian pentosa dari

nukleotida tetangganya sehingga terbentuklah rantai asam nukleat yang

sangat panjang.

Meskipun basa organik pada DNA dan RNA cuma empat macam,

jumlah dan urutan basa-basa itu sangat bervariasi sehingga banyaknya!

Bayangkan,untuk suatu rantai yang tersusun dari nukleotida, secara

teoritis dapat terjadi 4x10E 87 jenis asam nukleat (DNA dan RNA) yang

berbeda.

Fungsi asam nukleat.

DNA menyimpan informasi (kode) tentang jenis protein yang harus

dibentukoleh suatu sel. Informasi genetic adalah relasi antara urut-urutan

basa nitrogen dalam DNA menentukan urut-urutan asam amino dalam

protein.struktur kode genetic itu disebut kodon. Kodon adalah rangkaian

tiga nukleotida dalam urutan yang khas. Setiap kodon menentukan satu

asam amino yang akan digunakan untuk sintesis protein.sel yang baru

mempunyaiinformasi genetic yang identik dengan sel asal. Kadang suatu

kekeliruan terjadi pada pembentukan kromosom baru.yang

mengakibatkan perubahan sifat genetic. Hal seperti ini sering disebut

mutasi.

Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang mengawali

pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868,dilaboratorium

Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah

bekas pembalut luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam

encer dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada

sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat

memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel

diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam

asam.kemudian zat ini dinamakan“nuclein”sekarang dikenal dengan nama

nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan

salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal.

Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah

menyimpan,menstransmisi, dan mentranslasi informasi genetik;

metabolisme antara (intermediary metabolism) dan reaksi-reaksi informasi

energi;koenzim pembawa energi; koenzim pemindah asam asetat, zat

gula,senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi

oksidasireduksi.Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA

(deoxyribonucleicacid ) atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic

acid )a ta uasam ribonukleat. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan

pada umumnya terikat oleh protein dan bersifat basa. Misalnya DNA
dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa gabungan antara protein dan

asam nukleat disebut nucleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan

polimer seperti protein tetapi unit penyusunnya adalah nukleotida . ATP

adalah salah satu contoh nukleotida asam nukleat bebas yang berperan

sebagai pembawa energi.

Asam nukleat merupakan polimer besar dengan ukuran yang

bervariasi antara 25.000 /1.000.000 s/d1 milyar. Asam nukleat baikDNA

maupun RNA tersusun dari monomer nukleotida . Nukleotidatersusun dari

gugus fosfat, basa nitrogen dan gula pentosa. Basa nitrogen berasal dari

kolompok purin dan pirimidin.Purin utamaasam nukleat adalah adenin dan

guanin, sedangkan pirimidinnya adalah sitosin, timin dan urasil.

Wastson dan Crick memperoleh nobel dalam bidang biologi

modern pada tahun 1953 meneumukan struktur DNA adalah dOuble

helix.penemuan ini merupakan tonggak sejarah yang pentig teradap

munculnya rekayasa genetic yang lahir 20 tahun kemudian yaitu tahun

1973. Tanpa memahami struktur DNA yang merupakan unit yang paling

kekil

Proses transkripsi adalah pembentukan molekul RNA sesuaipesan

yang diberikan oleh DNA. Pada tahapini informasi genetik diberikan

kepada molekul RNA yang terbentuk selaku perantaradalam sintesis

protein.

Proses transkripsi membutuhkan rantai DNA tunggal

sebagaicetakan, RNA polimerase untuk pemanjangan rantai RNA,

keempat ribonukleosida 5’-trifosfat ( ATP, GTP, UTP, dan CTP), serta

berbagaienzim kompleks. Dalam proses ini terbentuk berbagai jenis RNA

darigen DNA yang transkripsi. Gen adalah bagian tertentu dari DNAyang

menyandi satu polipeptida (protein) tertentu.

Proses ini menyerupai replikasi DNA namun ada perbedaanprinsip

antara keduannya. Pada sintesis DNA seluruh urutannukleotida DNA

digandakan seperti DNA induk. Pada transkripsitidak semua DNA

ditraksripsi menjadi RNA, hanya gen atau kolompok genyang ditranskripsi.

Reaksi polimerisasi RNA berlangsung mengikuti arah ribonukleosida 5’-

trifosfatkeribonukleosida 3’-fosfat. Produkyang terbentuk pada proses

iniadalah RNA yang komplemen dengan salah satu rantai DNA

dupleksyang menjadi cetakan. Semua produk RNA –nya dalam berbagai

jenis dan beruntai tunggal. Garis besar tahapan proses sintesis RNA.

Tahap pertama : Enzim polimerase mengikat urutan basa spesifik atau

urutan tanda permulaan DNA yaitu rangkaian 10 nukleotidayang kaya

pirimidin. Pengikatan ini menyebabkan terbukanya heliks ganda DNA

dengan panjang tertentu (inisiasi). RNA polimerase pada bakteri

menghasilkan ketiga jenis RNA. Sementara pada selmamalia memerlukan

RNA polimerase berbeda-beda untkmensintesis ketiga jenis RNA.

(elongasi) ikatan fosfodiester antara ribonukleosida trifosfat danujung 3-

fosfat melalui cara seperti DNA polimerase I. Proses pemanjangan ini

disertai dengan hidrolisis pirofoffat untuk membantu menyediakan gaya

pendorong untuk reaksi tersebut. Substrat reaksi RNA polimerase adalah

ATP, GTP, UTP, dan CTP sesuai dengan komplemennya pada urutan

DNA. Tahap ketiga: Komplemen DNA-RNA (hibrid) yang dihasilkan

membuka dengan melepaskan RNA yang terbentuk, diikutihibridisasi

ulang rantai DNA membentuk untai DNA ganda. Pada ujung gen, terdapat

urutan penghenti (terminasi). yangmenyebabkan proses transkripsi

berhenti. Keadaan ini diikuti dengan pelepasan RNA polimerase dari DNA.

Tahap keempat: Adalah tahap akhir dimana terjadi perubahan secara

kimia RNA yang terbentuk. Biasanya setelah proses pembentukan RNA,

terjadi proses lanjutan untuk membuat RNA menjadi aktif. rRNA dan tRNA

dibuat dalam bentuk prekusor yanglebih panjang, kemudian dimodifikasi

dan dipecah untuk menghasilkan berbagai produk akhir. Demikian juga

mRNA.

Pada sel hewan yang terinfeksi virus dapat terjadi transkripsi balik yaitu

polimerisasi DNA dari RNA.

a. Tahap pertama asam amino dengan enzim dan AMP membentuk

kompleks aminoasil-AMP-enzim.

b. Kedua, terjadi reaksi antara kompleks aminoasil-AMP-

enzimdengan tRNA. Pada reaksi ini terbentuk kompleks tRNA-

asamamino, sedangkan AMP dan enzim sintetase dilepaskan

kembali. Reaksinya:Enzim + Mg2+asam amino + ATP Enzim-

aminoasil-AMP +Ppi Enzim + Mg2+Aminoasil-AMP + tRNA

aminoasil- tRNA + AMP

 Pada kompleks amino asil tRNA , asam amino berikatan dengan

nukleotida adenosin pada ujung RNA, yaitu pada gugus –OH atomC

nomor 3.

Di dalam ribosom terdapat sebagian dari rantai nukleotida

mRNAyang telah siap menerima tRNA yang membawa asam amino.Tiap

molekul aminoasil-tRNA masuk ke dalam ribosom secara berurutan,

membentuk pasangan kodon dan anti kodon yangsesuai. Untuk memulai

biosintesis protein, tRNA yangmempunyai antikodon UAC mengikat formil-

metionin dan masukke dalam ribosom menempati bagian dari mRNA yang

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat 265 mempunyai kodon AUG. Formil

metionin ini terbentuk setelahtRNA berikatan dengan metionin, kemudian

berikutnya denganformil FH2 dengan bantuan enzim formilase

Selanjutnya tRNA kedua yang telah mengikat asam amino, misalnya

tRNA-metionin, masuk kedlam ribosom dan menempati kodon AUG

berikutnya. Dengan cara ini formil metionin yang menjadi asam amino

awal membentuk ikatan peptida dengan metionin. Setelah terjadi ikatan

peptida, maka tRNA yang pertama dilepaskan dan keluar dari ribosom.

Oleh karena dalam ribosom hanya dapat ditempati oleh 2 tRNA, maka

tRNA ketiga masuk setelah tRNA yang pertama keluar dari ribosom.

Misalnya tRNA yang ketiga ialah tRNA yang mempunyai anti-kodon

CACdan berpasangan dengan kodon ketiga pada mRNA yaitu GUG.

tRNA ketiga ini mengikat valin dan dengan masuknya tRNA-valinke dalam

ribosom, maka terjadi ikatan antara metionin –valin.Proses pembentukan

ikatan peptida ini berlangsung terus sesuai dengan kode genetika yang

terdapat pada molekul mRNA. Reaksi pembentukan ikatan peptida antara

molekul asam-asam aminoini dapat berlangsung karena ikut sertanya

guanosintrifosfat(GTP) yang berubah menjadi guanosindifosfat (GDP),

denganmelepaskan satu gugus fosfat dan energi.

Proses biosintesis protein akan berhenti apabila pada mRNA

terdapat kodon UAA, UAG atau UGA, karena dalam sel normaltidak

terdapat tRNA yang mempunyai antikodon komplemen terterhadap ketiga

kodon tersebut. Ketiga kodon ini merupakan tanda berhenti (stop) pada

proses pembentikan ikatan peptida. Sebagai ganti tRNA, ada 2 jenis

protein yang dapat mengikat ketiga jenis kodon tersebut. Protein ini

berlaku sebaga faktor-faktor pelepas (releasing factor = RF), ikatan asam

amino terakhir dengan tRNA. Kedua jenis protein ini diberi tanda

RF1 danRF2. RF1 dapat mengadakan ikatan dengan kodon UAA dan

UAG, sedangkan RF2 dengan UAA dan UGA. Terbentuknya ikatan kedua

protein tersebut dengan mRNA dapat mengaktifkan enzim. Bahan Ajar

Biokimia Asam Nukleat 266 transferase peptidil, sehingga enzim ini dapat

bekerja sebagai katalis dalam reaksi hidrolisis yang mengakibatkan

terlepasnya asam amino terakhir dari molekul tRNA.

Setelah tahap terminasi, dilanjutkan dengan tahap pelipatan

danpengolahan yang bertujuan untuk memperoleh sifat aktif dari

polipeptida (protein) yang terbentuk. Terbentuknya ikatan keduaprotein

tersebut dengan mRNA dapat mengaktifkan enzimtransferase peptidil,

sehingga enzim ini dapat bekerja sebagaikatalis dalam reaksi hidrolisis

yang mengakibatkan terlepasnya asam amino terakhir dari molekul tRNA.

B. Protein

Protein merupakan asam amino (polipeptida) yang mempunyai

macam-macam fungsi, antara lain:

1. Sebagai kalisator reaksi-reaksi biokimia dalam sel. Peranan ini

diperankan oleh molekul protein khusus yaitu enzim. Reaksi-reaksi

yang dikalis oleh enzim berkisar dari reaksi sederhana, misalnya

hidrasi karbon dioksida, sampai reaksi kompeks, misalnya replikasi

kremosom, ( reaksi yang dikatalis oleh enzim akan berjalan jauh

lebih cepat dari pada reaksi tampa enzim ).enzim juga mempunyai

peranan penting dalam studi biologi molekuler, contonya enzim

endonuklease restriksi (restriction endonuclease), enzim ligase,

dan lainya.

2. Sebagai penggankut molekul-molekul kecil dan ion. Telah diketaui

bahwa molekul-molekul berukuran kecil, misalnya oksigen,

diangkut dalam jaringan tubuh jasad multiseluler oleh protein

omoglobin atau oleh meoklobin. System pengangkutan nutrien

kedalam sel jasad renik juja melibatkan protein pengangakut

tertentu yang dikenal sebagai enzim permasae, baik melalui

mekanisme difusi berbantuan ( facilitated diffusion ) atau transport

aktif ( active transport ). Sebagai contoh, molekulkarbon lactose

 diangkut kedalam sel bakteri E. colimenggunakan protein

penggangkut tertentu yaitu enzim permease loctosa  ( lactase

permease ), yakni suatu enzim yang sintesisnya dikode oleh gen

lac.

3. Berperanan dalam system pergerangkan yang terkoordinasi,

misalnya dalam kontraksi otot, pergerakan kromosom menuju

kututp sel selama proses mitosis, maupun pegerakanflagela

bakteri.

4. Sebagai komponen system kekebalan tubuh. System kekebalan

tubuh ditentukan oleh adanya antibody yang merupakan protein

dengan fungsi sangat spesifik . antibody akan disintesis jika adanya

senyawa atau benda-benda asing masuk kedalam tubuh. Antibody

berfungsi untuk mengendalikan benda-benda asing (anti gen).

missal sel bakteri, virus, atau sel-sel jasad hidup lain.

5. Sebagai peromon.jasad eukaryote tngkat rendah,misalnya khamir

saccharo-myses cerevisiae, menggasilkan molekul berukuran kecil

yang disekrisikan kelluar sel. Khamir haploid S cerevisiae terdiri

atas dua macam tipe mating yaitu tipe a dan tipe α. Kedua macam

tipe sel khamir tersebut mengasilkan feronom berbeda yang

digunakan untuk “menarik” sel dengan tipe mating yang berbeda

sehingga terjadi konjugasi. Feronom yang berfungsi didalam proses

”perkawinan” antara dua sel kamir yang berbeda tipenya tersebut

tidak lain juga berbeda juga berupa molekul protein.

 6. Sebagai pengatur ekspresi genetic . proses replikasi DNA,

transkripsi, dan translasi yang berlangsung didalam sel merupakan

proses seluleryang sangat kompleks dan dan diatur oleh

bermacam-macam protein.

7. Sebagai kalisator reaksi (enzim) maupun protein regulator. Ekrepsi

genetic , padadaasarnya menentukan semua aktifitas biologis jasad

hidup. Pada jasad remik,misalnya,hal ini akan menentukan apakah

suatu subrat dapat dibetamolisme. Pada jasad tingkat tinggi,

ekreksi genetic juga menentukan proses diferensi. Oleh karena itu

peranan protein dalam metabolism jasad hidup sangat besar dan

vital.

8. Sebagai penerus impuls saraf.protein reseptor , misalnya

rhodopsin,merupakan contoh protein yang berperan meneruskan

stimulus tertentu ke sel saraf

9. Sebagai pendukung kekuatan-regang (tensile strength) pada kulit

dan tulang,misalnya kolagen.

Protein tersusun atas satuan yang berupa asam amino.jumlah asam

amino yang umum terdapat jasad idupada 20 macam.

Gugus Satu asam amino terdidiri atas :

1. Satu gugus amino

2. Satu gugus karboksil

3. Satu gugus atomhidrogen

4. Satu rantai samping

 5. Yang terikat pada atom karbon.

Susunan tetrahedral keempat gugus tersebut menentukan aktifitas

optikasam amino sehingga ada dua bentuk isomer yaituL-isomer dan D-

isomer. Hanya bentuk L-isomer yang menyusun protein. Perbedaan

utama asam amino dengan yang satu dengan yang lain terletak pada

bentuk gugus sampingnya.asam amino yang paling sederhana strukturnya

adalah glisin yang mempunyai satu atom hidrogen pada gugus

sampingnya.prolin adalah asam amino yang struktur dasarnya berbeda

dengan asam aminoyang lain karena atom nitrogenya ada didalam

struktur cicin,sehingga prolin lebih sesui dengan asam amino. Struktur

prolin yang demikian menyebabkan terjadinya bengkokan pada struktur

protein sehingga mempengaruhi arsitektur protein.

Rantai samping asam amino dapat dibedakan :

·         Polar, bermuatan negatif  (aspartat, glutamine)

·         Polar, bermuatan positif  ( arginin, histidin,lisin )

Polar,yang tidak bermuatan (asparagin, glutamine, serin, dan

treonin). Nonpolar/hidrofobik (alanin, sistein,isoleusin,leusin, metonin,

fenilalanin,prolin, tritofan,tirosin, dan valin). Netral (glisin).

Struktur protein dapat dibedakan dalam empat aras (level).

1. Struktur primer, menyatakan susunan linier macam-macam asam

amino sepanjang rantai polipeptida.

2. Struktur sekunder, mengambarkan pola pelipatan (folding ) bagian-

bagian polipeptida kedalam struktur yang diatur, misalnya hiliks dan

lembaran terlipat-β (β-pleated sheet ).

3. Struktur tersier, menggambarkan pelipatan bagian-bagian antara

Heliks-α dan lembaran-β serta semua interaksi nonkovalen yang

menyebabkan terjadinya pelipatan yang sesuai pada suatu rantai

polipeptida. Interaksi nonkovalen tersebut antara lain ikatan

hydrogen, ikatan hydrofobik, dan interaksi van der waals

4. Struktur kuaterner, menunjukan interaksi nonkovalen yang

mengikat beberapa rantai polipeptida kedalam satu molekul tunggal

protein, misalnya hemoglobin.

Dua puluh Macam asam amino yang terdapat di alam

Asam amino Simbol satu-huruf Simbol tiga huruf

Alanin A Ala

Arginin R Arg

Asparagin N Asn

Asam aspartat D Asp

Sistein C Cys

Glutamine Q Gln

Asam glutamate E Glu

Glisin G Gly

Histidin H His

Isoleusin I Lle

Leusin L Leu

Lisin K Lys

Metionin M Met

Fenilalanin F Phe

Prolin P Pro

Serin S Ser

Treonin T Thr

Triptofan W Trp

Tirosin Y Tyr

Valin V Val