Nama : Vania Wardatu Rahmah

NIM : K100200013

Pendekatan Molekuler Terhadap Pengklasifikasian Varietas

Oryza
Pembuka
Mulanya beras dikenal dengan sebutan Oryza rufipogon, yaitu spesies rumput liar
yang tumbuh di rawa-rawa di seluruh wilayah asia tropis maupun subtropis. Oriza rufipogon
ini yang nantinya menjadi nenek moyang dari Oryza sativa. Seiring dengan perkembangan,
para petani melakukan proses seleksi berkelanjutan terhadap Oryza rufipogon agar
mendapatkan fitur-fitur yang diinginkan dan mejadi Oryza sativa yang saat ini telah menjadi
makanan pokok bagi banyak orang. Oryza sativa sendiri memiliki 2 varietas yaitu indica dan
japanica.

Isi
Domestikasi merupakan proses evolusi dinamis yang terjadi dari waktu ke waktu
pada beberapa spesies. Pada beberapa spesies domestikasi masih berlanjut hingga hari ini.
Salah satunya yaitu Oryza sativa. Domestikasi membuat spesies liar lebih bisa dibudidayakan
dan dapat dikonsumsi oleh manusia. Selain itu, domestikasi menyebabkan perubahan besar
pada struktur dan reproduksi tanaman, seperti karakteristik yang membuat bulir padi lebih
menarik sebagai sumber makanan, termasuk ukuran bulir, bentuk, warna,aroma dan
kandungan amilosa.

Ada beberapa hipotesis utama yang menjelaskan proses domestikasi beras, masing-
masing mencoba untuk menjelaskan perkembangan subpopulasi oryza sativa yang sangat
berbeda. Pertama, beberapa peneliti telah menyarankan bahwa kelompok varietas indica
awalnya dijinakkan dari O.rufipogon dan kelompok japonica kemudian di turunkan dari
indika. Hipotesis ini di dukung dengan ditemukannya keragaman genetik yang lebih besar di
dalam indica dibandingkan dengan japonica, Dan hubungan genetik yang erat antara indica
dan populasi yang ada dari bentuk tahunan dan abadi oryza rufipogon. Teori kedua adalah
bahwa perbedaan indica-japonica terjadi sebagai hasil adaptasi terhadap lingkungan ekologi
dan geografis yang berbeda setelah domestikasi tunggal oryza sativa dari oryza rufipogon.
Hipotesis ketiga adalah bahwa beras dijinakkan secara independen setidaknya dua kali dari
kumpulan gen oryza rufipogon leluhur yang telah terdiferensiasi.
 Untuk mengatasi hipotesis ini, berbagai penelitian telah memeriksa O. rufipogon
untuk bukti diferensiasi menjadi jenis indica dan japonica. Analisis genetik kloroplas
O.rufipogon mengungkapkan dua haplotipe berbeda yang memiliki perbedaan frekuensi
yang jelas antara kelompok O. sativa indica dan japonica. Dukungan untuk kumpulan gen O.
Rufipogon yang terdiferensiasi juga berasal dari berbagai studi yang menggunakan isozim,
restriksi panjang, fragmen polimorfisme (RFLPs), polimorfisme pasang nukleo tunggal,
elemen transposabel dan urutan genom yang dipublikasikan, semuanya menunjukkan
bahwa aksesi indica dan japonica lebih dekat hubungannya dengan aksesi O. rufipogon
tertentu daripada satu sama lain.

Dengan memeriksa haplotipe di sekitar gen qSH1 pada 118 galur padi termasuk lima
aksesi O. rufipogon, Konishi et al. menyimpulkan asal subpopulasi alel ini. Ditemukan dua
kelompok haplotipe yang jelas, sesuai dengan kelompok varietas indica dan japonica.
Haplotipe japonica yang membawa alel non-shattering paling dekat hubungannya dengan
akses O. rufipogon yang hancur W1943, yang berasal dari Cina dan dikelompokkan secara
dekat dengan kultivar japonica dari penelitian sebelumnya. Hal ini mengarah pada
kesimpulan bahwa mutasi penyebab pada alel qsh1 dom estetik terjadi pada domestikasi
awal dari kelompok varietas japonica. Alel non-shattering lazim ditemukan pada subpopulasi
japonica beriklim sedang, tetapi tidak terdapat pada aksesi dari japonica tropis dan indica,
menunjukkan bahwa alel ini tidak tersebar luas setelah fiksasi dalam sebagian dari
kumpulan gen japonica beriklim sedang.

Penutup

Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa domestikasi padi merupakan proses

pengabdopsian tumbuhan yang melibatkan serangkaian perubahan genetik dari kehidupan
liar ke dalam kehidupan manusia.