Laporan Praktikum

Kimia Komputasi
Visualisasi Target Kerja Obat SARS-CoV-2 (3CL MPro) dan
Leupeptin
Delfritama Ibadillah
11181153
3FA4

Tujuan
Visualisasi struktur 3D target kerja obat dan ligan menggunakan aplikasi VMD

Prinsip
Software Visual Molecular Dynamics (VMD) digunakan untuk menampilkan struktur 3D protein dan DNA
secara visual serta menampilkan struktur 3D ligan (molekul kecil) yang berikatan dengan makromolekul
dan menganalisis ikatannya.

Pendahuluan
Sebuah virus muncul di kota Wuhan, China pada bulan Desember 2019 tanpa diketahui asal virus
(Rawson et al., 2021). Penemuan baru ini diberitakan oleh WHO pada awal Januari 2020 sebagai kasus
pneumonia yang penyebabnya belum diketahui. Sebab peningkatan kasus yang sangat signifikan dan
penyebarannya ke berbagai penjuru dunia WHO mengumumkan status pandemi untuk penyakit ini
(Chitranshi et al., 2020). Populasi manusia sangat rentan terhadap virus baru ini yang disebut SARS-CoV-
2 sehingga pengebangan vaksin dan obat diperlukan (Belongia & Osterholm, 2020; Rawson et al., 2021).

Meskipun vaksin sudah diberikan ke publik, distribusi vaksin memerlukan waktu yang cukup
Panjang sehingga pengembangan obat SARS-CoV-2 tetap perlu dilakukan. Salah satu target kerja obat
yang dapat dipilih adalah chymotrypsin-like cysteine protease enzyme (3CL Mpro atau main protease)
untuk dihambat, sebab enzim ini berperan dalam replikasi SARS-CoV-2. Sehingga menghambat enzim ini
akan menghambat pertumbuhan virus (Su et al., 2020).

Salah satu cara pengembangan obat adalah dengan mengetahui terlebih dahulu struktur target
kerja obat. Struktur ini perlu divisualisasikan terlebih dahulu sebelum ke tahap selanjutnya. Salah satu
aplikasi untuk visualisasi struktur makromolekul adalah dengan menggunakan aplikasi VMD. Struktur
makromolekul yang digunakan adalah main protease SARS-CoV-2 yang berikatan dengan Z369936976.

Metode
Perangkat keras
Perangkat keras yang dipakai dalam praktikum ini adalah perangkat Komputer sistem operasi Windows
10 pro 64-bit, AMD® Ryzen™ 3200G @ 3.60 GHz, RAM 16 GB DDR4, VGA terintegrasi 2GB.

Target kerja obat

Target kerja obat diunduh dengan format .pdb dari website www.rcsb.org berupa struktur kristal
 Laporan Praktikum
Kimia Komputasi
SARS-CoV-2 main protease, 3CL Mpro yang berikatan dengan Z369936976 (PDB ID: 5RGI).

Visualisasi Target Kerja Obat

Visualisasi target menggunakan aplikasi VMD versi 1.9.4.a51.

Hasil

A B C
Gambar 1 A. visualisasi main protease SARS-CoV-2; B. Visualisasi Z369936976 dengan main protease SARS-CoV-2; C. konformasi
main protease SARS-CoV-2 dengan Z369936976

Pembahasan
Visualisasi makromolekul dan ligan dilakukan pada struktur main protease SARS-CoV-2 dengan
ligan Z369936976 dan dimetil sulfoksida dengan aplikasi VMD. Visualisasi merupakan sarana utama untuk
menentukan dan mengidentifikasi informasi mengenai fungsi protein, situs pengikatan, RNA, struktur
besar dan gerakan molekuler. Dalam dunia kimia komputasi visualisasi makromolekul bertujuan untuk
mencari situs pengikatan ligan sebagai bagian dari pengembangan desain obat (O’Donoghue et al., 2010).
Visual molecular Dynamics (VMD) adalah sebuah program yang dirancang untuk menampilkan dan
analisis molekul-molekul besar khususnya biopolymer seperti protein dan asam nukleat.

Kesimpulan
Visualisasi makromolekul menggunakan aplikasi VMD versi 1.9.4.a51 dapat dilakukan. Sample
yang digunakan pada praktikum kali ini adalah struktur main protease SARS-CoV-2 yang berikatan dengan
ligan Z369936976. Titik berat pada praktikum kali ini adalah visualisasi 3 dimensi struktur protein dan letak
ligan dengan struktur makromolekul dan membedakan posisi ligan dan protein.

Daftar Pustaka
Belongia, E. A., & Osterholm, M. T. (2020). COVID-19 and flu, a perfect storm. Science, 368(6496), 1163.
https://doi.org/10.1126/science.abd2220
Chitranshi, N., Gupta, V. K., Rajput, R., Godinez, A., Pushpitha, K., Shen, T., Mirzaei, M., You, Y.,
 Laporan Praktikum
Kimia Komputasi
Basavarajappa, D., Gupta, V., & Graham, S. L. (2020). Evolving geographic diversity in SARS-CoV2
and in silico analysis of replicating enzyme 3CLprotargeting repurposed drug candidates. Journal of
Translational Medicine, 18(1), 1–15. https://doi.org/10.1186/s12967-020-02448-z
O’Donoghue, S. I., Goodsell, D. S., Frangakis, A. S., Jossinet, F., Laskowski, R. A., Nilges, M., Saibil, H. R.,
Schafferhans, A., Wade, R. C., Westhof, E., & Olson, A. J. (2010). Visualization of macromolecular
structures. Nature Methods, 7(3), 1427. https://doi.org/10.1038/nmeth.1427
Rawson, J. M. O., Duchon, A., Nikolaitchik, O. A., Pathak, V. K., & Hu, W. (2021). Development of a Cell-
Based Luciferase Complementation Assay for Identification of SARS-CoV-2 3CL pro Inhibitors. 1–16.
Su, H. xia, Yao, S., Zhao, W. feng, Li, M. jun, Liu, J., Shang, W. juan, Xie, H., Ke, C. qiang, Hu, H. chen, Gao,
M. na, Yu, K. qian, Liu, H., Shen, J. shan, Tang, W., Zhang, L. ke, Xiao, G. fu, Ni, L., Wang, D. wen,
Zuo, J. ping, … Xu, Y. chun. (2020). Anti-SARS-CoV-2 activities in vitro of Shuanghuanglian
preparations and bioactive ingredients. Acta Pharmacologica Sinica, 41(9), 1167–1177.
https://doi.org/10.1038/s41401-020-0483-6