By

Dr. Jusmaldi, M.Si.

 Variasi genetik merupakan komponen kunci dari biologi konservasi yang
bertujuan mempertahankan keanekaragaman hayati dan proses biologis di
dalam ekosistem
 Variasi genetik merupakan dasar keanekaragaman hayati mulai dari
tingkatan populasi hingga spesies bahkan sub-spesies
 Tanpa variasi genetik, populasi tidak dapat berkembang dan beradaptasi
dalam menghadapi perubahan-perubahan lingkungan yang berujung
kepada kepunahan spesies tertentu
 Analisis variasi genetik dapat dilakukan berkat keberadaan asam
deoksiribonukleat (DNA) yang merupakan materi dasar dari seluruh sistem
biologis/kehidupan
 Marka (penanda) molekuler :
Sekuen DNA yang dapat diidentifikasi, terdapat pada lokasi tertentu pada
genom, dan dapat diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya.

 Marker molekular berupa bagian yang tidak mudah mengalami perubahan

akibat aktifitas genetik, seperti mutasi dan insersi atau proses seleksi
alam.
1. Marka molekular tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan sehingga
marka molekular merupakan daerah yang conserve.
2. Marka molekular terdapat pada semua genom, sehingga banyak
ditemukan pada semua genom individu yang akan dilihat
polimorfismenya.
3. Marka molekular sangat conserve, sehingga perubahan yang terjadi
sangatlah sedikit, maka dapat dijadikan penanda bahwa organisme
tersebut masih dalam satu kelompok atau tidak
 Marker molekular dapat diaplikasikan pada beberapa genom DNA (DNA
nukleus, DNA mitokondria, kloroplas, atau organel sel lainnya seperti:
Ribosom)
1. Marka mtDNA
2. Single nucleotide polymorphisms (SNPs)
3. Allozyme
4. Restriction fragment length polymorphisms (RFLPs)
5. Microsatellite atau simple sequence repeats (SSRs)
6. Random amplified polimorphic DNA (RAPD)
7. Amplified fragment length polymorphisms (AFLPs).
 1. Marka mtDNA

 Tingkat evolusi dari suatu gen/ bagian DNA merupakan faktor penting
yang menentukan penggunaan penanda DNA dalam studi sistematika dan
biogeografi.
 Gen-gen yang terkonservasi dengan baik (berevolusi lambat) dapat
dijadikan dasar penelusuran asal-usul atau filogeni. Sebaliknya, gen-gen
yang tidak terkonservasi dengan baik (berevolusi cepat) dapat digunakan
untuk perbandingan intra atau interspesies.
 Dalam mempelajari perubahan evolusi peneliti lebih banyak menggunakan
genom mitokondria.
 Keuntungan penggunaan genom mitokondria:
1. DNA mitokondria terdapat dalam jumlah kopi yang tinggi. Jumlah kopi yang
tinggi ini menjadikannya mudah di isolasi dan dipurifikasi
2. Ukuran DNA Mitokondria relatif kecil (14 – 39 kb) sehingga dapat dipelajari
sebagai satu kesatuan yang utuh
3. Bagian-bagian dari genom mitokondria berevolusi dengan kecepatan yang
berbeda. Gen-gen yang terkonservasi dengan baik (berevolusi lambat) dapat
dijadikan dasar penelusuran asal-usul atau filogeni. Sebaliknya, gen-gen
yang tidak terkonservasi dengan baik (berevolusi cepat) dapat digunakan
untuk perbandingan intra atau interspesies.
Contoh :
a. Bagian genom Mt DNA yang berevolusi cepat : daerah non coding yang
kaya akan A + T pada DNA mitokondria hewan invertebrata dan daerah D-
loop pada hewan vertebrata
b. Bagian genom Mt DNA yang berevolusi sangat lambat : gen yang
mengkode rRNA yang berukuran besar dan kecil, gen Cytochrome oxidase
sub unit I dan II (CO I dan CO II )
4. DNA mitokondria hewan tidak memiliki intron ataupun spacer yang
berukuran besar antar gennya. Hal inilah yang menyebabkan ukuran
genom mitokonria hewan lebih kecil dibandingkan dengan genom
mitokondria tanaman.
5. DNA mitokonria bersifat khusus karena diturunkan dari induk betinanya
tanpa mengalami rekombinasi. Akibatnya afinitas genetik yang diatur oleh
genom mitokondria merupakan refleksi dari phylogeni maternal
6. DNA mitokondria sangat polimorfis, baik untuk intra populasi maupun
untuk interspesies
7. Dalam satu sel biasanya hanya terdapat 2 salinan sekuens DNA inti, dan
pada sel yang sama terdapat 100-10.000 salinan genom mitokondria. Oleh
sebab itu, untuk mendapatkan atau mengisolasi DNA mitokondria lebih
mudah daripada mengisolasi DNA inti, terutama dari sampel yang
terdegradasi atau sampel yang rusak.
Pada kasus variasi sekuens intraspesies pada kebanyakan hewan menjadi
sangat rendah jika terdapat hubungan garis keturunan secara maternal,
sehingga tidak banyak terdapat polimorfisme contoh: populasi lebah

Kelebihan genom inti

DNA genom terdapat di dalam sel organisme sehingga seluruh

bagian tubuh organisme dapat dijadikan sebagai sumber untuk
mendapatkan atau mengisolasi DNA.
 Kekurangan genom inti
1. Genom inti memiliki laju mutasi yang lebih lambat
dibandingkan di genom mitokondria, terutama untuk gen yang
mengkode dan non coding .
2. Amplifikasi dari gen DNA inti tidak dapat dilakukan secara
langsung karena banyak dibatasi oleh adanya intron
 DNA mitokondria bersifat unik dan berbeda dengan DNA inti
karena memiliki laju mutasi yang tinggi yaitu sekitar 5 - 10
kali DNA inti.
 Tingginya laju mutasi mt DNA disebabkan oleh enzim DNA
polimerase alfa yang digunakan dalam proses replikasi
mtDNA tidak memiliki mekanisme reparasi (perbaikan) yang
efisien (prooffreading) sehingga tidak dapat mengoreksi
kesalahan-kesalahan selama proses replikasi.
 Organisasi Genom Mt DNA :

 Berbentuk sirkuler, beruntai ganda, panjang sekitar 16,5 kb , mengandung basa

guanine (G) dan cytosine (C) berkisar antara 32 - 45,6% dan menyebar tidak
merata di antara kedua untai DNA
 Akibat distribusi asimetris nukleotida, menimbulkan heavy strand (untai berat) dan
light strand (untai ringan) ketika dipisahkan dalam gradien basa CsCl.
 Heavy strand atau untai H berisi lebih banyak nukleotida guanine (G) yang
mempunyai berat molekul terbesar di antara keempat nukleotida.
 Light strand atau untai L berisi lebih sedikit basa guanine (G) tetapi mengandung
banyak basa nukleotida Adenine (A) dan Thymine (T).
 DNA yang padat gen dan tidak mempunyai intron.
 Mengandung 37 gen : 13 gen penyandi protein, 2 RNAs ribosomal (rRNA), 22
tRNAs dan satu daerah kontrol bukan penyandi protein (non coding).
 13 gen penyandi protein meliputi: 7 subunit (ND1, 2, 3, 4, 4L, 5 dan 6) dari
kompleks I rantai respirasi, 1 subunit (Cytochrome b) dari kompleks III, 3 subunit
(Cytochrome c oxidase subunit I, II, III) dari kompleks IV dan 2 subunit (ATP ase 6
dan ATP ase 8) dari kompleks V
 Satu daerah pengontrol (control region) yang tidak menyandi (non coding region),
disebut sebagai displacement loop (D-loop).
 Light (L)
Strand
Heavy (H)
Strand
A. DNA Barcoding : Suatu sekuen DNA berukuran pendek berkisar 450
sampai 700 basa, yang dapat digunakan untuk mengenal identitas dari
spesies dengan cara mengambil satu sekuen DNA yang betul-betul
conserve pada tingkatan spesies
 Situs organisasi barkoding: Http://www. dna barcode.org

 Tujuan pertama DNA barcoding: untuk mengidentifikasi spesies-spesies

yang karakter morfologinya sulit di bedakan. Contoh : Ikan sidat dari segi
morfologi sangat sulit di bedakan
 Aplikasi barcoding lainnya:

1. Identifikasi spesies yang tidak diketahui termasuk lokasi geografinya

2. Identifikasi tanaman dari daun, bunga, buah atau bagian lain
3. Identifikasi diet dari suatu hewan berdasarkan isi lambung atau feses
4. Identifikasi product commersial contoh (herbal atau suplement)
CONTOH Barcoding DNA
Dua daerah yang potensial untuk DNAbarcoding :
1. Gen COI di gunakan untuk inter spesies
2. Gen Cyt b digunakan intra spesies

Displacement-Loop/D-loop : digunakan untuk

membedakan intra spesies bahkan intra populasi yaitu:
Merupakan daerah yang bukan gen tetapi merupakan daerah
noncoding pada mitokondria, bersifat hipervariabel dimana
laju mutasinya 4 -5 kali lebih besar dari gen-gen lain yang
ada pada mitokondria.
1. Mengunakan PCR : Amplifikasi DNA Menggunakan Metode Polymerase
Chain Reaction (PCR): tahapannya : Denaturasi DNA, Penempelan (Annealing),
Pemanjangan (Ektension),
2. Elektroforesis Gel : migrasi nukleotida
3. Penampakan Molekul DNA dalam Gel
4. Perkiraan Ukuran Molekul DNA
5. Sekuensing DNA : Pita elektroforesis gel produk PCR yang telah diketahui
ukurannya, di sekuensing dengan primer foward dan primer reserve. Hasil
sekuensing dengan primer foward dan primer reserve di cocokan kemudian di
peroleh sekuen gabungan. Sekuen gabungan tersebut dialignment menggunakan
program mega di edit dengan primer foward dan primer reserve complement
sehingga di peroleh peta sekuen penempelan primer.
6. Blast : Sekuen kemudian di Blast (Basic Local Alignment Search Tool) dengan
menggunakan MEGA merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat
dengan penggunaan basis data sekuens biologis, program akan mencari secara
otomastis sekuen spesies tersebut seberapa dekat dengan spesies lain.
 Tahapan pembuatan DNA Barcoding

Elektroforesis Digerus

Purifikasi DNA

Visualisasi Protokol dari Kit Qiagen Jaringan otot

Amplifikasi Sekuensing Analisis

Gambar 11. Ekstraksi DNA, amplifikasi, sekuensing , analisis
Contoh hasil blast runutan gen COI parsial K. apogon (sinonim
Phalacronotus apogon ) (NCBI).... Identitas spesies

98 % identik
 Nilai persentase identity : 97 – 100% menunjukan spesies yang
dibandingkan adalah spesies yang identik, 92 – 96% menunjukan spesies
yang berkerabat dekat dan ≤ 91% menunjukan spesies yang berbeda.
 Informasi dari hasil BLAST :
1. Nilai skor : menunjukkan keakuratan nilai penyejajaran
runutan nukleotida yang tidak diketahui dengan runutan
nukleotida yang terdapat di dalam bankgen. Semakin tinggi
nilai skor yang diperoleh maka semakin tinggi tingkat
homologi kedua sekuens.
2. Query coverage : persentase dari panjang nukleotida yang
selaras dengan database yang terdapat pada BLAST.
3. Max identity : nilai tertinggi dari persentasi identitas atau
kecocokan antara runutan query dengan runutan database.
4. Nilai E-value : nilai dugaan yang memberikan ukuran
statistik yang signifikan terhadap kedua runutan. Nilai E-
value yang semakin tinggi menunjukkan tingkat homologi
antara runutan semakin rendah, sedangkan nilai E-value
yang semakin rendah menunjukkan tingkat homologi antar
runutan semakin tinggi. Nilai E-value bernilai 0 (nol)
menunjukkan bahwa kedua runutan tersebut identik
 Adalah : penanda genetik yang mampu mendeteksi
polimorfisme sekuen nukleotida dalam blok besar memakai
teknik PCR menggunakan hanya satu primer random 10
basa/ mer
 Prinsip kerja: Satu primer random (primer foward dan reverse
sama) berisi 10 basa akan menempel secara acak pada DNA
genome di dua tempat berbeda dari utas DNA arah
berlawanan
 Dalam RAPD akan didapatkan pita-pita dominan
 Produk PCR dari RAPD adalah pita DNA berukuran 200-2000
bp.
 Pita yang diperoleh tergantung primer mengamplifikasi
fragmen-fragmen DNA yang sesuai.
Sifat Primer RAPD:
 Random
 Tidak spesifik
 Mengamplifikasi di sembarang tempat (matching
primer template)
 Primer forward = primer reverse
 Berukuran kecil (10 mer basa)
Contoh Primer RAPD

Tempratur anneling untuk primer di estimasi dengan rumus :

[4 GC + 2AT], jika, GC = 60% = 4x6 + 2 x 4 = 24 + 8 = 32 0C

GC = 70% = 4x7 + 2 x 3 = 28 + 6 = 34 0C
GC = 80% = 4x8 + 2 x 2 = 32 + 4 = 36 0C
GC = 90% = 4x9 + 2 x 1 = 36 + 2 = 38 0C
Program PCR untuk RAPD :
 Pre PCR : 940 C, 3 menit
 PCR Cycle : 35 siklus
 Denaturasi : 940 C, 45 second
 Anneling : 37 0 C , 2 menit / 1, 5 -2 menit jika target PCR: 200 – 2000 bp
paling penting
 Extention : 72 0 C, 1 menit 30 detik
 Post PCR : 72 0 C, 5 menit

Hal yang perlu di perhatikan :

 Berapa % GC yang di gunakan (suhu anneling): menguatak atik waktu
anneling
 Purity/ kemurnian DNA : jika di running DNA template 1 pita
1. DNA template : 0,01 – 0,1 microgram
2. Primer 1 : 20 pmol
3. Primer 2 : 20 pmol
4. Konsentrasinya dapat ditingkatkan
5. MgCl2 : 2- 3 mM
6. dNTP mix 10 mM : mixing : 2,5 dATP, dCTP, dGTP, dTTP
7. Buffer : KCl : 25 mM atau KCl 10 mM;( NH4)2 SO4 = 10 M
8. Tris-HCl : 20 mM, pH 8,0.
9. Volume total reaksi PCR = 50 – 100 micro liter
Keuntungan teknik RAPD untuk analisis genetik :
1. Tidak dibutuhkan latar belakang yang mendetail tentang
genom organisme yang dianalisis
2. Primer yang digunakan bersifat universal sehingga dapat
digunakan untuk prokaryot dan eukaryot.
3. Pita yang dihasilkan relatif banyak sehingga dapat
membedakan individu dan populasi yang di bandingkan ( 1-
2 kb)
4. Mudah dalam preparasi dan hasilnya cepat didapat
5. Sampel DNA yang di gunakan relatif sedikit
6. Jumlah sampel yang dapat dianalisis dapat besar
 Jumlah primer yang digunakan pada RAPD sebanyak 5-20 primer.
 Tetapi di luar negeri, jumlah primer minimal 100 primer sehingga
pembeda menjadi lebih jelas

Kekurangan teknik RAPD:

1. Konsistensi dan ripitabilitasnya/ keterulangan kadang diragukan,
karena suhu annealing rendah.
2. Karena sangat acak maka sering terlihat pita-pita hasil
misprimimg
3. Karena suhu annealing sangat rendah (37OC) maka peluang untuk
kegagalan annealing besar terutama kalau kualitas DNA jauh di
bawah standar
4. Pada beberapa primer tidak menunjukkan keragaman pita antar
individu (karakter resesif dan intermediet tidak terwakili).
Gel photographs showing polymorphism obtained by different primers.
Bagaimana menganalisa hasil RAPD :
1. Koleksi semua pita yang muncul dari populasi yang ada pada
primer yang sama
2. Berilah nomor masing-masing pita tersebut dari ukuran
terkecil hingga ukuran terbesar
3. Buat matrik biner (skor 0/1) dari seluruh sampel yang ada
berdasarkan masing-masing primer yang digunakan
4. Berikan skor pada masing-masing individu keberadaan pita
yang muncul
5. Olah data tersebut dengan program yang dapat
mengelompokan berdasarkan jarak kesamaannya
6. Buat pohon kekerabatan berdasarkan matrix kesamaan
tersebut.
Pada RAPD, kandungan GC >= 60%
Semakin tinggi GC, makin baik hasil amplifikasi (dapat terlihat pada pita)
Cara pengolahan data hasil pita RAPD :
1. Apabila mengunakan program mega maka ubahlah dahulu
data matrix biner tersebut menjadi data nucleotida yang
komplemen (G = 1 vs C= 0) atau (A = 1 vs T = 0)
2. Masukan kedalam data aligment mega
3. Olah data mega tersebut mengenai jarak genetik berdasarkan
nilai p- distance
4. Munculkan data matrix pairingnya antara individu/ sampel
5. Buatlah pohon filogenynya berdasarkan UPGMA : ambil
rata-rata distance bisa klik bostrap jika sampel > 4
 Contoh Dendogram pohon genetik RAPD:
Note:
Selama pita-pita belum baik (masih berubah-ubah) maka harus diulang
runningnya sampai didapat hasil yang paling baik. Yang discoring adalah pita-
pita yang sudah stabil. Jika setelah diulang pita-pita tsb tetap muncul berarti
merupakan karakter sebenarnya (stabil). Supaya hasilnya baik, pita konsisten
(jelas) yang diambil harus hati-hati dalam mendapatkan pita-pita ambil yang
konsisten saja.
Pada RAPD probenya adalah primer
 “RAPD Digunakan sebagai langkah awal untuk mencari pita-
pita yang konsisten terhadap penciri karakter dominan”

Penggunaan RAPD yang telah berkembang pada komoditi:

◦ Kelapa
◦ Teh
◦ Jati
◦ Mangga
◦ Kelapa sawit
◦ Coklat
◦ Ubi jalar
◦ Pepaya
◦ Dsb
 Merupakan marker genetik yang didasarkan pada polimorfisme panjang
fragment yang dipotong dengan enzim endonuklease (enzim restriksi/ RE).

 Fragmen yang dipotong dengan enzim restriksi tersebut di dapat dengan

cara :
1. Hasil pemotongan secara acak (hasil shoot gun)
2. Hasil cloning fragment dari suatu pustaka genom
3. Hasil amplifikasi dengan panjang tertentu melalui primer spesifik dengan
PCR dari gen target atau fragmen target.
 Prinsip kerja PCR-RFLP :
 Menggunakan sepasang primer spesifik (forward dan reverse) untuk
mengamplifikasi DNA genom pada target amplifikasi kemudian produknya
dipotong dengan enzim restriksi tertentu sehingga menghasilkan potongan
fragmen yang polimorfik
 Prinsip PCR-RFLP :
Isolasi fragment DNA Genom

PCR dengan Primer spesifik ( mis : untuk Cyt b utuh)

Fragment Cyt b utuh (tidak dilihat sekuennya)

Dipotong dengan Enzim Restriksi

Di peroleh potongan fragmen polimorfik

Proses PCR sama dengan RAPD
 Ada buffer
 MgCl2
 DNA template
 dNTP mix

 Primer  menentukan panjang produk PCR

yang dihasilkan
Prinsip RLFP
Penanda PCR-RFLP banyak digunakan karena:
1. Produk PCR yang dipotong dengan enzim restriksi tertentu dapat
menghasilkan panjang pita yang polimorfik
2. Primer yang digunakan pada lokasi genom tertentu seperti pada
mitokondria dan kloroplas bersifat universal sehingga dapat digunakan
untuk organisme prokariot dan eukariot
3. Pita yang dihasilkan relatif banyak sehingga dapat membedakan
individu/populasi yang dibandingkan
4. Dapat digunakan untuk genotiping individu
5. Mudah dalam preparasi dan hasilnya cepat didapat
6. Sampel DNA yang digunakan relatif sedikit
7. Jumlah sampel yang dapat dianalisa dapat banyak
 Kelebihan RFLP :
1. Polimorfisme panjang fragment tanpa mengetahui isi secara detail dari
fragment tersebut
2. Didapatkanya genotip dari fragment atau target yang kita analisis / hasil
potongan memberikan pola yang spesifik
3. Data genotip yang didapatkan akan memberikan frekuensi dari masing-
masing genotipnya, frekuensi allelnya (genetiknya), serta frekuensi
heterozigositasnya (nilai heterozigositasnya)
4. Adanya mutasi pada situs restriksi

Kelemahan: jika potongan < 100 bp  pita tidak jelas

 RFLP banyak digunakan untuk gen-gen struktural dan untuk
mengenali ada kelainan atau tidak pada situs restriksi. Yang
banyak adalah pada daerah mitokondria (16S rRNA)
 PCR-RFLP tidak setajam sekuensing tetapi tetap dapat untuk
membedakan  bisa untuk mengetahui sebaran geografis.
Sering kali dengan D-loop, cyt B.
Contoh hasil pemotongan dengan enzim rektriksi (ER) dan Genotyping
Contoh penentuan genotip dari pola pita RFLP (Panjang total
fragmen 252 bp)

AA = 144 bp dan 108 bp = line 2 , 7; BB = 108 bp dan 74 bp, 70 bp = line

3,4,8,9, 10, 11, 12, 13, 15; AB = 70 bp74 bp, 108 bp, dan 114 bp = line 5 dan
14. Total polasi = 13
AA = 2
BB= 9
AB = 2
Frekuensi allel A =( AA + (0,5 x(AB)) / total
A = 2 + (0,5 x2)/ 13 =3/13 = 0,23
B = 1- 0,23 = 0,77
Frekuensi genotip : Homozigot AA = 0,05
Heterozigot AB = 0,178
Homozigot BB = 0, 59
Populasi AA yang diharapkan : 0,05 x 13 = 0,65
Populasi BB yang diharapkan : 0,59 x13 = 7,67
Populasi AB yang diharapkan : 0,178 x 13 = 2,3
 Adalah suatu metode untuk membuat DNA finger printing yang
mengkombinasikan prinsip RFLP dan teknik PCR untuk
mengamplifikasi fragmen yang mengandung situs restriksi dari
subset genomik secara selektif. Situs restriksi ini selanjutnya di
amplifikasi.

Tiga langkah AFLP :

1. Pemotongan DNA dengan enzim restriksi, ligasi dengan

Adapter
2. Amplifikasi fragmen hasil pemotongan dengan enzim
restriksi menggunakan primer
3. Analisis fragmen hasil amplifikasi dengan gel PAGE.
(menggunakan gel akrilamid karena perbedaanya kecil,
didenaturasi agar double stranded menjadi single stranded)
Prosedur AFLP : menggunakan 2 RE (double digest), adaptor dan 1 pasang primer.
1. Dipotong dengan enzim restriksi pada sebelah kiri dan kanan
5’ --------G ATTC-------------------------T TAA--------3’
3’--------CTAA G-------------------------AAT T--------5’
Restriksi: ECORI Mse I
2. Ligasi dengan adaptor menggunakan enzim T4 ligase
ATTC--------------------------T
G--------------------------AAT Sticky ends
ECORI adaptor adaptor Mse I
3. Amplifikasi dengan PCR mengunakan 1 pasang primer (forward dan refer)
4. Analisis fragment hasil amplifikasi dengan gel PAGE
 Analisis Data AFLP
1. Pita hasil analisis discoring secara biner, 1 = ada pita, 0 = tidak ada pita
pada jarak migrasi yang sama
2. Data biner dikonversi menjadi matriks kemiripan antar
sampel/aksesi/tanaman menggunakan koefisien Dice.
3. Analisis Clustering/ analisis gerombol menggunakan metode pautan
rataan antar kelompok (Average linkage between group)
4. Jika koefisien kemiripan antar aksesi (sampel tinggi) maka digunakan
AKU (Analisis Komponen Utama) untuk mengetahui karakter yang
paling berperan dalam pengelompokkan
Keunggulan AFLP
1. Sangat hipervariabel (jumlah pita banyak)
2. Dapat diterapkan pada genom berukuran
besar tanpa mengetahui detail sekuennya
3. Mampu memanfaatkan keunggulan RFLP dan
penggunaan PCR
4. Amplifiaksi DNA spesifik (karena adapter
sebagai primer) dan lebih stabil
5. Hasilnya relatif cepat dan telah teruji pada
berbagai tumbuhan
 Adalah sekuen berulang dari simple sekuen
Microsateliite ada yang :

1. Mono nukleotida : AAAAAAA......

2. Dinukleotida, biasa digunakan :
(GA)n/(CA)n
(AG)n/(AC)n
(TA)n/(AT)n
(purin, pirimidin)
3. Trinukleotida :
(AAT)n, (AAG)n, (AAC)n
(CCT)n, (CCG)n, (CCA)n
(AAT)n, (GTT)n, (CTT)n
(ACT)n, (GCT)n, (TAC)n
4. Tetranukleotida
5. Pentanukleotida
Mikrosatelit nama lainnya :
STR ; Short Tandem Repeat (sejak tahun 1988); Simple
sequence repeat (SSR)
STR, banyak terdapat di intron
 Short, tandemly repeated simple sequence, panjang 1 sampai 6
basa .
 Terdapat banyak di eukariot , bersifat polymorfik

Minisatelit atau VNTR ( Variable number Tandem

Repeat) atau panjang > 60 basa
Ada tiga pola Mikrosatelit :

1. Perfect repeat (tidak ada interupsi dalam ulangannya

...AGAGAGAGAGAG... / (AG )n. Pilihan yang paling baik, kalo
ada yang kurang, ketahuan dari mana.
2. Coumpound 2 perfect repeat (gabungan dari dua perfect
repeat) ..AGAGAGAGCTCTCTCTCT..
3. Non perfect repeat ...AGAGAGAGAAAGAGAGAGAG... Contoh
: (AG) 22AA (AG)11
 Ciri Mikrosatelit :
 Penanda ini banyak terdapat , terutama pada
genom mikrosatelit. Genom eukaryot berisi
RNA bersifat repeat, oleh karena karena itu
bisa dijadikan penanda.
 Lokus tunggal, lokasinya hanya di tempat itu
 Allel-allel nya itu spesifik pada lokus-lokus
tertentu
Allel-allel spesifik:
Mikrosatelit di kromosom 12, panjang 300bp

298 284 264

Alel 1 Allel 2 Allel 3
(GT)32 (GT)25 (GT)15

Allel tadi bisa berbentuk satu allel : 298/264 codominat

Dalam mikrosatelit kita bisa menentukan individu homozigot :
298/298; 284/284; 264/264.
Kegunaan / aplikasi analisis mikrosatelit :

1. Menilai struktur genetik suatu populasi

 Apakah terjadi fragmentasi populasi
 Apakah derajat heterozigositasnya tinggi atau rendah
 Sosiobiologi; apakah populasi ini memiliki hirarki (jantan λ,
jantan subordinate) memberikan konstribusi menyebarkan
allel ke anak- anaknya
2. Genome mapping : posisi suatu gen andaikata lingkungan
dengan posisi mikrosatelite
3. Breeding: Untuk menseleksi anggota berdasarkan allel yang
dimiliki/ apakah setiap sumber genetik yang ada berbeda
berdasarkan sumber geografi berbeda.
 Marker Assisted Selection (MAS) apakah genotipnya terkait
spesifik dengan karakter
 Keuntungan mikrosatelite
1. Lokus tunggal
2.Allel pada lokus spesifik
3. Polimorfisme tinggi
4. Ekspesi pada gonad kodominan
5. Mudah untuk mendeteksi individu dengan status homozigot
dan heterozigot
6. Diamplifikasi dengan PCR
7. Dapat menggunakan DNA tempelate dalam jumlah kecil,
dengan kualitas yang rendah
8. Laju mutasi 0,1 % per generasi
9. Reproductibility sangat tinggi
10.Hasil lebih akurat.
11. Jauh lebih cepat dalam pengerjaanya
 Single nucleotide polymorphisms (SNPs)

 Marka ini merupakan mutasi titik dimana satu nukleotida

disubstitusi oleh nukleotida lain pada lokus tertentu
 SNP merupakan tipe yang lebih umum untuk membedakan
sekuen diantara alel, kodominan di alam, dan menandakan
marka polimorfik dari suatu sumber yang tidak pernah habis
untuk penggunannya pada resolusi tinggi dalam pemetaan
genetik suatu karakter
 Deteksi marka SNP bersifat kodominan, hal ini didasarkan
pada amplifikasi primer yang memiliki basis pada informasi
sekuen untuk gen yang lebih spesifik.