RESUME JURNAL

NAMA : MOH.KHOLISIL MUKHLISH

NIM/SEMESTER : 101018011/4
MATA KULIAH : MIKROBIOLOGI(VIRUS)

Pengujian Laboratorium Untuk Penyakit Corona Virus-2019

(Covid-19)
Beberapa coronavirus dapat menginfeksi manusia, itu global endemik manusia coronavirus
HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1 dan HCoV-OC43 yang cenderung menyebabkan penyakit
pernapasan ringan, dan Timur Tengah zoonosis sindrom pernafasan coronavirus (Mer-CoV) dan akut
sindrom pernafasan coronavirus (SARS-CoV) yang memiliki case fatality rate yang lebih tinggi Pada
bulan Desember 2019 di Wuhan, Cina, sekelompok pasien dengan Coronavirus baru diidentifikasi.
Sementara bernama new Corona Virus-2019 (2019-nCoV), namun virus kini telah diberi nama SARS-
CoV-2 oleh Internasional Committee Taxonomy of Viruses (ICTV). Virus ini adalah penyebab penyakit
bernama penyakit Coronavirus 2019 (COVID-19). Informasi tentang infeksi pada manusia dengan virus
COVID-19 terus berkembang dan WHO terus memantau perkembangan dan rekomendasi revisi yang
diperlukan.

1. Prinsip Panduan Pengujian Laboratorium untuk Pasien Terduga Positif Corona

Keputusan untuk tes harus didasarkan pada faktor-faktor klinis dan epidemiologis dan terkait
dengan penilaian terhadap kemungkinan infeksi. Pengujian PCR kontak tanpa gejala atau gejala ringan
dapat dipertimbangkan dalam penilaian individu yang memiliki kontak dengan kasus COVID-19.
Protokol skrining harus disesuaikan dengan situasi setempat.
Koleksi cepat dan pengujian spesimen yang tepat dari pasien yang memenuhi kriteria sebagai terduga
pasien dengan COVID-19 adalah prioritas bagi manajemen dan wabah kontrol klinis dan harus dipandu
oleh ahli laboratorium. Pasien terduga harus diskrining untuk virus dengan asam nukleat amplifikasi tes
diskrining untuk virus dengan asam nukleat amplifikasi tes (NAAT), seperti RT-PCR.

Dalam sebuah studi awal di Wuhan, masa inkubasi rata-rata pada 425 kasus untuk COVID-19
adalah 5,2 hari, meskipun bervariasi antara individu satu dengan lainnya (11,12,13). Penyelidikan lebih
lanjut diperlukan untuk lebih memahami waktu, kompartementalisasi dan kuantitas pelepasan virus untuk
menginformasikan koleksi optimal spesimen. Meskipun sampel pernafasan memiliki potensi terbesar,
virus dapat dideteksi pada spesimen lain, termasuk tinja dan darah.

2. Koleksi dan Pengiriman Spesimen

Pastikan ada SOP yang memadai dan juga staf terlatih dalam pengumpulan spesimen. Semua
spesimen yang dianggap berpotensi sebagai media penularan dikumpulkan untuk pemeriksaan
laboratorium. Pastikan bahwa petugas kesehatan yang mengumpulkan spesimen mematuhi secara ketat
pedoman untuk pencegahan infeksi dan tertularnya virus itu.
Jika manajemen kasus membutuhkan, pasien harus diuji untuk patogen pernapasan lainnya
menggunakan prosedur laboratorium rutin, seperti yang direkomendasikan dalam pedoman manajemen
 lokal untuk komunitas-pneumonia. pengujian tambahan tidak harus menunda pengujian untuk COVID-
19. Sebagai co-infeksi dapat terjadi, semua pasien yang memenuhi definisi kasus tersangka harus diuji
untuk COVID-19 virus terlepas dari apakah patogen pernapasan lain ditemukan.

Pengujian pada spesimen klinis dari pasien memenuhi kriteria terinfeksi harus dilakukan di laboratorium
dilengkapi dengan staf terlatih dalam prosedur teknis yang relevan. Pedoman nasional tentang keamanan
hayati laboratorium harus selalu ditaaati. Masih ada informasi terbatas pada risiko yang ditimbulkan oleh
COVID-19, tetapi semua prosedur harus dilakukan berdasarkan penilaian risiko. Spesimen penanganan
untuk pengujian molekuler akan memerlukan fasilitas setara BSL-2 atau. Upaya untuk kultur virus
memerlukan BSL-3 fasilitas minimal.

 Pengumpulan Spesimen
Minimal, bahan pernafasan harus dikumpulkan:
- Spesimen pernafasan atas : nasofaring dan orofaring swab atau mencuci
pada pasien rawat jalan
- Dan / atau menurunkan spesimen pernafasan : dahak (jika diproduksi) dan / atau endotrakeal
aspirasi atau lavage bronchoalveolar pada pasien dengan penyakit pernapasan yang lebih parah.
(Catatan risiko tinggi aerosolisasi; mematuhi secara ketat untuk prosedur pencegahan dan
pengendalian infeksi).

Spesimen klinis tambahan dapat dikumpulkan sebagai COVID-19 virus telah terdeteksi dalam darah
dan tinja, seperti menunjukkan adanya coronavirus yang berpotensi menjadi SARS dan MERS
(14,16,19-21). Durasi dan frekuensi datangnya COVID-19 virus dalam tinja dan berpotensi dalam urin
tidak diketahui. Dalam kasus pasien yang meninggal, mempertimbangkan bahan otopsi termasuk
jaringan paru-paru. Pada pasien yang masih hidup, dipasangkan serum (akut dan konvalesen) yang
berguna untuk retrospektif pada kasus seperti tes serologi.

 Kemasan dan pengiriman spesimen klinis

Spesimen untuk deteksi virus harus mencapai laboratorium sesegera mungkin setelah pengumpulan.
Penanganan yang tepat dari spesimen selama transportasi sangat penting. Spesimen yang didapat
disampaikan segera ke laboratorium dapat disimpan dan dikirimkan pada suhu 2-8 ° C. Ketika ada
kemungkinan terjadi keterlambatan dalam spesimen mencapai laboratorium, penggunaan media
transportasi virus sangat disarankan. Spesimen dapat dibekukan untuk - 20 ° C atau idealnya -70 ° C
dan dikirim pada es kering jika penundaan lebih lanjut diharapkan diatasi dengan tepat. Hal ini penting
untuk menghindari pembekuan berulang dan pencairan spesimen.

3. Pengujian Laboratorium untuk COVID-19 virus

Laboratorium yang melakukan pengujian untuk COVID-19 virus harus terus selalu mematuhi standar
keamanan. Asam nukleat amplifikasi tes (NAAT) untuk COVID-19 virus konfirmasi rutin kasus
COVID-19 didasarkan pada deteksi urutan unik dari RNA virus dengan NAAT seperti real-time reaksi
berantai polimerase reversetranscription (RRT-PCR) dengan konfirmasi oleh sekuensing asam nukleat
bila diperlukan. Gen virus ditargetkan sejauh ini termasuk gen N, E, S dan RdRP.
Ekstraksi RNA harus dilakukan dalam lemari biosafety di fasilitas BSL-2. Perlakuan panas sampel
sebelum ekstraksi RNA tidak dianjurkan.

Untuk mempertimbangkan kasus ini sebagai laboratorium dikonfirmasi oleh NAAT di daerah tanpa
COVID-19 sirkulasi virus, salah satu dari kondisi berikut harus dipenuhi:

- Hasil NAAT positif untuk setidaknya dua target yang berbeda pada COVID-19 virus genom,
yang setidaknya satu sasaran sebaiknya spesifik untuk COVID-19 virus menggunakan alat tes
divalidasi (seperti saat ini tidak lain SARS seperti coronavirus adalah beredar di populasi manusia
dapat diperdebatkan apakah itu harus COVID-19 atau SARS seperti coronavirus tertentu); ATAU
coronavirus tertentu); ATAU
- Salah satu hasil NAAT positif untuk kehadiran betacoronavirus, dan COVID-19 virus lanjut
diidentifikasi oleh sekuensing parsial atau seluruh genom virus selama target urutan yang lebih
besar atau berbeda dari amplikon diperiksa di uji NAAT digunakan.

Bila ada hasil sumbang, pasien harus resampled dan jika sesuai, sequencing virus dari spesimen asli atau
dari amplikon yang dihasilkan dari uji NAAT yang tepat, berbeda dengan uji NAAT awalnya digunakan,
harus diperoleh untuk memberikan hasil tes valid. Laboratorium disarankan untuk mencari konfirmasi
dari setiap hasil yang mengejutkan di laboratorium rujukan internasional.

Laboratorium dikonfirmasi kasus oleh NAAT di daerah dengan mendirikan sirkulasi COVID-19 virus Di
daerah di mana virus COVID-19 secara luas tersebar algoritma sederhana mungkin diadopsi di mana
misalnya skrining oleh RRT-PCR dari target diskriminatif tunggal dianggap cukup.

Satu atau lebih hasil negatif tidak menutup kemungkinan dari COVID-19 infeksi virus. Sejumlah faktor
dapat menyebabkan hasil negatif dalam individu yang terinfeksi, termasuk:

a. Rendahnya kualitas spesimen, yang mengandung bahan pasien sedikit (sebagai kontrol,
pertimbangkan menentukan apakah ada DNA manusia yang memadai dalam sampel dengan
memasukkan target manusia dalam pengujian PCR)
b. Spesimen dikumpulkan terlambat atau sangat awal infeksi
c. Spesimen tidak ditangani dan dikirim tepat waktu
d. Alasan teknis yang melekat dalam tes, misalnya mutasi virus atau inhibisi PCR.
Jika hasil negatif diperoleh dari pasien dengan indeks kecurigaan yang tinggi untuk COVID-19
infeksi virus, terutama ketika hanya saluran pernapasan atas spesimen dikumpulkan, tambahan
spesimen, termasuk dari saluran pernapasan yang lebih rendah jika mungkin, harus dikumpulkan dan
diuji.

Setiap NAAT run harus mencakup kedua kontrol eksternal dan internal, dan laboratorium didorong untuk
berpartisipasi dalam skema penilaian mutu eksternal ketika mereka ada. Hal ini juga dianjurkan untuk
laboratorium yang memesan primer dan probe mereka sendiri untuk melakukan entry pengujian / validasi
pada fungsi dan kontaminan potensial.

Untuk laboratorium pengujian untuk COVID-19 virus di negara-negara di mana COVID-19 sebelumnya
tidak beredar, WHO menyarankan konfirmasi pengujian hasil untuk:
 - 5 spesimen positif pertama,
- 10 spesimen pertama yang negatif (yang dikumpulkan dari pasien yang sesuai dengan definisi
kasus) dengan merujuk mereka ke salah satu WHO referensi laboratorium menyediakan tes
konfirmasi untuk COVID-19. Untuk COVID-19 laboratorium nasional yang membutuhkan
dukungan dengan spesimen pengiriman ke salah satu laboratorium rujukan untuk pengujian
konfirmasi, dana pengiriman WHO tersedia. Silahkan merujuk pada situs WHO untuk
pengiriman WHO tersedia. Silahkan merujuk pada situs WHO untuk daftar terbaru yang paling
laboratorium rujukan dan petunjuk pengiriman .

Survei serologis dapat membantu investigasi wabah yang sedang berlangsung dan penilaian
retrospektif dari tingkat serangan atau tingkat wabah. Dalam kasus di mana tes NAAT yang negatif dan
ada ciri yang kuat adanya epidemiologi infeksi COVID-19, dipasangkan sampel serum (dalam akut dan
fase konvalesen) bisa mendukung diagnosis sekali tes serologi divalidasi tersedia. Sampel serum dapat
disimpan untuk tujuan ini.
Sequencing virus Selain memberikan konfirmasi kehadiran virus, sekuensing biasa dari
persentase spesimen dari kasus klinis dapat berguna untuk memantau mutasi genome virus yang
kekuatannya mempengaruhi kinerja medis penanggulangan, termasuk tes diagnostik. Virus seluruh
sekuensing genom juga dapat menginformasikan studi epidemiologi molekuler. Banyak database
publicaccess untuk deposisi dari urutan data genetik yang tersedia, termasuk GISAID, yang dimaksudkan
untuk melindungi hak-hak partai mengirimkan (27).
kultur virus Isolasi virus tidak dianjurkan sebagai prosedur diagnostik rutin.

4. Pelaporan kasus dan hasil pengujian

Secara umum, semua hasil tes, positif atau negatif, harus segera dilaporkan kepada otoritas nasional.
Negara
5. Penelitian terhadap peningkatan deteksi COVID-19 virus
Banyak aspek dari virus dan penyakit yang masih belum dipahami. Pemahaman yang lebih baik akan
dibutuhkan untuk memberikan bimbingan ditingkatkan. Sebagai contoh:
Dinamika Viral: timing yang optimal dan jenis bahan klinis untuk sampel untuk pengujian molekuler
- Dinamis respon imunologi - keparahan penyakit di berbagai populasi, misalnya dengan usia.
- The hubungan antara virus konsentrasi dan tingkat keparahan penyakit - Durasi shedding, dan kaitannya
dengan gambaran klinis (misalnya pemulihan klinis terjadi dengan kliring virus, atau menumpahkan tetap
berlangsung meskipun perbaikan klinis) - Pengembangan dan validasi tes serologi berguna
- studi banding dari tes molekuler dan serologi tersedia - persentase yang optimal dari kasus positif yang
membutuhkan sekuensing untuk memantau mutasi yang mungkin mempengaruhi kinerja tes molekuler.
WHO mendorong berbagi data untuk lebih memahami dan dengan demikian mengelola wabah COVID-
19, dan untuk mengembangkan penanggulangan.