TUGAS MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN

APLIKASI MIKROORGANISME DI BIDANG TEKNIK

BIOREMEDIASI

Dosen Pembimbing :
Luhur Akbar Devianto, ST, MT

Disusun Oleh :

Fitriani Darojatul Hikmah 195100900111018

Refina Kartika Putri 195100900111032
Atiiqah Dewi Syafitri 195100900111035

FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN

JURUSAN KETEKNIKAN PERTANIAN
PROGRAM STUDI TEKNIK LINGKUNGAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
2020
 Bioremediasi

Dari istilah Bioremediasi tentunya kita dapat memahami bahwa bioremediasi berasal dari kata
Bio yang artinya makhluk hidup dan Remediasi yang artinya pemulihan kembali, sehingga bisa
diartikan Bioremediasi adalh suatu cara penggunaan organisme/makhluk hidup untuk upaya
penanggulangan atau penyehatan kembali lingkungan yang sudah rusak dan tercemar. Teknologi
Bioremediasi organisme yang paling banyak digunakan selain tumbuhan adalah mikroorganisme
untuk degradasi atau pemecahan bahan yang mencemari lingkungan menjadi bahan yang ramah
lingkungan. Bioremediasi diyakini memiliki potensi penyehatan dan penanggulangan kembali
lingkungan yang alami dan murah untuk menatasi masalah-masalah lingkungan. Tujuan dari
bioremediasi adalah mendegradasi atau memecah zat tercemar menjadi bahan yang kurang beracun
bahkan bahan yang tidak beracun.

Sejak 1900an, orang-orang sudah menggunakan mikroorganisme dalam pengolahan air limbah
pada saluran air. Saat ini, bioremediasi telah berkembang pada perawatan limbah buangan yang
berbahaya, yang biasanya berasal dari limbah industri. Yang termasuk limbah berbahaya ini adalah
logam-logam berat, petroleum hidrokarbon, senyawa organik yang terhalogenasi seperti pestisida,
herbisida, dan lain-lain. Ada beberapa pakar yang memberi pengertian mengenai bioremediasi.
Menurut Ciroreksoko (1996 ), bioremediasi diartikan sebagai proses pendegradasian bahan organik
berbahaya secara biologis menjadi senyawa lain seperti karbondioksida, metan, dan air. Sedangkan
menurut Craword (1996) penggunaan secara produktif proses biodegradatif untuk menghilangkan
atau mendetoksi polutan yang mencemari lingkungan dan mengancam kesehatan masyarakat. Jadi,
bioremediasi adalah salah satu teknologi alternatif untuk mengatasi masalah lingkungan dengan
menggunakan mikroorganisme. Mikroorganisme yang dimaksud adalah yeast, khamir, fungi, alga, dan
bakteri yang berfungsi sebagai agen bioremediator.

Jenis-Jenis Praktik Bioremediasi

1. Biostimulasi
Biostimulasi adalah salah satu cara dalam teknologi ini melalui enambahan zat gizi tertentu
yang dibutuhkan oleh mikroorganisme atau menstimulasi keadaan lingkungan sedemikian
rupa agar mikroorganisme di dalamnya dalam tumbuh dengan baik.
2. Bioaugmentasi
Bioaugmentsi dalah penambahan satu jenis atau lebih mikroorganisme baik yang alami
maupun yang sudah mengalami perbaikan sifat. Mikroorganisme yang dapat membantu
membersihkan kontaminan tersebut dimasukkan ke dalam air dan tanah yang tercemar. Proses
ini memiliki hambatan yang sulit untuk mengontrol kondisi situs karena mikroorganisme yang
disebar ke lingkungan asing kemungkinan sulit beradaptasi.
3. Bioremediasi
Proses bioremediasi ini terjadi secara alami di dalam air dan tanah yang tercemar tanpa
campur tangan manusia.

Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Proses Bioremediasi

1. Tanah
Karakteristik tanah yang cocok untuk bioremediasi adalah tanah yang mengandung butiran
pasir ataupun kerikil sehingga dispersi oksigen dan nutrien dapat berlangsung secara optimal.
Kelembapan tanah juga mempengaruhi kelancaran sirkulasi nutrien dan substrat di dalam
tanah. Umumnya kadar air tanah yang optimal bagi pertumbuhan dan aktivitas mikroba adalah
berkisar antara 50-60%.
 2. Temperatur/Suhu
Temperatur yang optimal untuk degradasi hidrokarbon adalah berkisar 30-40 derajat celcius.
Pada temperatur yang rendah viskositas minyak akan meningkat mengakibatkan volatilitas
alkana rantai pendek yang bersifat toksik menurun dan kelarutannya di air akan meningkat
sehingga proses biodegradasi akan terhambat.
3. Oksigen
Langkah awal katabolisme senyawa hidrokarbon oleh bakteri maupun kapang adalah oksidasi
substrat dngan katalis enzim oksidase, dengan demikian tersedianya oksigen merupakan syarat
keberhasilan degradasi hidrokarbon minyak.
4. Keberadaan zat nutrisi
Baik pada in situ dan ex situ, bila tanah yang dipergunakan bekas pertanian mungkin tidak
perlu ditambah zat nutrisi. Untuk hidrokarbon ditambah nitrogen dan fosfor, dapat pula
dengan makro dan mikro nutrisi yang lain.

Contoh-contoh microorganism yang digunakan dalam bioremediasi, diantaranya:

1. Bakteri pereduksi sulfat (BPS)

Bakteri Pereduksi Sulfat atau BPS adalah bakteri yang memiliki kemampuan untuk
menurunkan kandungan sulfat sehingga dapat meningkatkan ph pada tanah bekas
penambangan batu bara. Peningkatan ph yang dicapai oleh bakteri ini hampir mendekti netral
yaitu sebesar 6,66. Bakteri pereduksi sulfat tersebar luas di alam, mereka terdapat di tanah, di
air, di sedimen dan limbah. Kekhususan dari bakteri pereduksi sulfat yaitu bakteri pereduksi
sulfat menggunakan sulfat atau hidrogen sebagai akseptor elektron dan umumnya sangat
diperlukan untuk mereduksi sulfat menjadi sulfida. Sehingga dalam kondisi anaerob,
ketersediaan sulfat dalam tanah akan dibatasi terutama pada pH tanah di atas 5.5 (FAO, 2001).
Tingginya jumlah BPS telah ditemukan di endapan danau dan lahan tergenang, rumen sapi,
geothermal. BPS juga dapat berkembang dalam lingkungan manusia seperti sawah, pabrik
kertas dan sungai yang dipengaruhi oleh limbah atau air asam tambang.
Menurut Castro et al., (2000) BPS dikelompokkan ke dalam 4 kelompok berdasarkan
analisis urutan rRNA.
a. subdivisi proteobakteria terdiri dari BPS mesofilik gram negative, termasuk
dalamnya genera Desulfovibrio, Desulfomicrobium, Desulfobulbus,
Desulfobacter, Desulfobacterium, Desulfococcus, Desulfosarcina, Desulfomonile,
Desulfonema, Desulfobutulus, dan Desulfoarculus. Bakteri ini memliki
temperatur pertumbuhan optimal berkisar antara 200 sampai 400 C. Grup ini
berbeda, dengan bervariasi bentuk dan ciri-ciri fisiologi yang diwakili.
b. BPS gram positif berspora terutama diwakili oleh genus Desulfomaculum, dan
bentuk endospora tahan panas. Sebagian besar spesies memerlukan suhu yang
sama dengan Grup 1, meskipun beberapa tahan dengan suhu tinggi. Meskipun
sebagian besar BPS berspora ditemukan di lingkungan yang sama dengan BPS
Proteobacteria, pembentukan spora memungkinkan kelompok ini bertahan untuk
waktu kondisi pengeringan dan oksik yang lama. Misalnya, Desulfotomaculum
adalah genus umum dari BPS di sawah.
c. Grup BPS gen sulfida akan segera berikatan dengan logam membentuk logam
sulfida yang tidak larut sehingga ketersediaan logam turun. Keseluruhan reaksi
reduksi sulfat dan logam yang melibatkan BPS (Widyati, 2007). Meskipun
Bakteri Pereduksi Sulfat menggunakan sulfat sebagai terminal akseptor elektron,
BPS juga mampu menggunakan berbagai jenis akseptor elektron untuk
pertumbuhan dan memfermentasikan substrat yang tidak tersedia akseptor
elektron inorganik. BPS dapat mereduksi senyawa sulfur lain (thiosulfat, sulfit,
 dan sulfur) menjadi sulfida atau dapat mereduksi nitrat menjadi amonium.
Senyawa lain yang merupakan akseptor elektron untuk beberapa BPS termasuk
besi (Fe(III)), uranium (U(VI)), selenat(Se(VI)), chromat (Cr(VI)), dan arsenat
(As(VI)). Bagaimanapun, tidak semua proses reduksi sesuai untuk pertumbuhan
(Muyzer dan Stams, 2008)

Sehingga dapat disimpulkan bahwa Bakteri Pereduksi Sulfat (BPS) efektif digunakan
dalam proses bioremediasi tanah bekas tambang batubara dengan waktu inkubasi 20 hari.
Aktivitas BPS dapat menurunkan konsentrasi sulfat pada tanah bekas tambang batubara
dengan efisiensi 89,76% dalam waktu inkubasi 20 hari. Penurunan sulfat tersebut dapat
meningkatkan pH tanah bekas tambang batubara dari 4,15 menjadi 6,66 dalam waktu yang
sama. Nilai pH tersebut merupakan pH yang ideal untuk pertumbuhan sebagian besar
tanaman, sehingga bioremediasi tanah dengan BPS akan sangat membantu kegiatan
rehabilitasi lahan bekas tambang batubara.
2. Arthrobacter
Arthrobacter sp. adalah bakteri tanah yang umum dan juga bisa bertahan di
lingkungan ekstrim, seperti situs kimia yang terkontaminasi, Arthrobacter dapat ditemukan di
tanah kota dikarenakan metabolisme cepat mereka mampu menyingkirkan banyak bahan
kimia di dalam tanah. Arthrobacter juga dikenal untuk mengurangi pestisida pertanian di tanah
yang sangat baik untuk lingkungan. Arthrobacter juga aerobik bakteri gram positif. Mereka
adalah nutrisi beradaptasi menggunakan rentang yang sangat luas sumber karbon.
Mikroorganisme ini termasuk dalam Kelas Phyllum dan Actinobacteria, Order
Actinomycetales, Suboroden Micrococcineae dan Family Micrococcaceae.
Profesor Eugene Rosenberg dari Universitas Tel Aviv di Israel telah menemukan
suatu larutan organic yang efektif. Didalam risetnya beliau menemukan suatu jasad renik
bersel tunggal dalam jumlah besar yang dinamakan bakteri Arthrobactor yang dapat
menguraikan dan membersihkan minyak dan hanya menyisakan air yang jernih sebagai hasil
akhirnya. Larutan pembersih tersebut dapat menangani air dan tanah yang tercemar, tempat
penimbunan minyak, serta kapal tangka pembawa minyak.
3. Bakteri Nitrobacter
Klasifikasi Bakteri Nitrobacter
Kerajaan : Bakteri
Divisi : Proteobacteria
Kelas : Alphaproteobacteria
Ordo : Rhizobiales
Keluarga : Bradyrhizobiaceae
Marga : Nitrobacter
Bakteri ini merupakan bakteri probioaktif yang mampu bekerja menguraikan bahan
organik protein,karbohidrat,dan lemak secara biologis.Bermanfaat dalam menguraikan
NH3 dan NO pada sampah,tinja,dan kotoran hewan ternak,dan dapat menekan populasi
bakteri patogen pada penampung tinja yang menyebabkan sumber air tanah akan
terkontaminasi jika air remebesan tinja bercampur dengan sumber air tanah. Nitrobacter
merupakan bakteri nitrifikasi karena merupakan bakteri yang mengubah nitrit menjadi nitrat.
Nitrobacter termasuk famili Nitrobacteraceae. Spesies nitrobacter meliput
Nitrobacter winogradskyi, Nitrobacter hamburgensis, Nitrobacter vulgaris, Nitrobacter
alkalicus. Selain itu, nitrobacter juga merupakan sub-kelas dari Proteobacteria.Tidak seperti
pada tumbuhan, ketika transfer elektron pada fotosintesis menyedisakan energi untuk fiksasi
karbon, Nitrobakter menggunakan energi dari oksidasi ion nitrit  ( NO2¯ ) menjadi ion nitrat
( NO3¯ )  untuk memenuhi kebutuhan karbonnya.
 Nitrobacter memiliki pH optimum antara 7,3 dan 7,5 serta akan mati pada suhu 120°F
(49°C) atau di bawah 32°F (0°C). Menurut Grundman, Nitrobacter tumbuh optimal pada suhu
38°C dan pH 7,9. Akantetapi, Holt menyatakan bahwa Nitrobacter tumbuh optimal pada suhu
28°C dan ph antara 5,8-8,5 dan memiliki pH optimal antara 7,6-7,8 (Grundman et. al. 2000,
Holt, 1993).  Nitrobakter termasuk bakteri aerob, pada umumnya berbentuk batang, seperti pir
atau pleomorfhic dan berkembang biak dengan budding. Proses pengolahan limbah
menggunakan bakteri dilaksanakan secara fakultatif, dimana air limbah diproses menjadi air
limbah yang lebih aman serta menghasilkan lumpur,bau dan panas. Fakultatif artinya sebagian
waktu menggunakan cara aerob dan sebagian waktu lain menggunakan cara anaerob.
Misalnya pada pengolahan cara aerob  diperlukan waktu 10 jam untuk mengperasikan aerator,
pada fakultatif mungkin aerator cukup dioperasikan 4jam/hari(aerator tidak hidup terus-
menerus) dan sisa waktu yang lain menggunakan cara anaerob. Sehingga dicapai hasil yang
optimum. Contohnya adalah IPAL (Instalasi pengolahan air limbah).
4. Bakteri Pseudomonas Aeruginosa
Klasifikasi Bakteri Pseudomonas Aeruginosa
Kingdom : Bacteria
Filum : Protobacteria
Kelas : Gamma Proteobacteria
Ordo : Pseudomonadales
Famili : Pseudomonadaceae
Genus : Pseudomonas
Spesies : Pseudomonas aeruginosa
Bakteri  Pseudomonas aeruginosa merupakan bakteri hidrokarbonoklastik yang
mampu mendegradasi berbagai jenis hidrokarbon. Keberhasilan penggunaan bakteri
Pseudomonas aeruginosa dalam upaya bioremediasi lingkungan akibat pencemaran minyak
bumi. Bahan utama minyak bumi adalah hidrokarbon alifatik dan aromatik. Selain itu,
minyak bumi juga mengandung senyawa nitrogen antara 0-0,5%, belerang 0-6%, dan oksigen
0-3,5%. Bakteri  Pseudomonas aeruginosa adalah patogen opurtunistik yang memanfaatkan
kerusakan pada pertahanan inang untuk memulai suatu infeksi.Bakteri ini berukuran sekitar
0,6 x 2 μm dan termasuk bakteri gram negatif.Bakteri ini hidup pada pH media antara 6,0-9,0
dalam air garam,tumbuh optimal pada suhu 37°C dan dapat bertahan hidup pada suhu 10°C-
45°C dalam air garam.Proses remediasi minyak oleh bakteri Pseudomonas aeruginosa terjadi
secara in situ, yaitu proses bioremediasi limbah ditempat asalnya.Prosesnya dimulai dari
dimakannya minyak atau kandungan organik lain oleh mikroorganisme.Setelah itu,
mikroorganisme mencerna minyak tersebut dan mengubahnya ke bentuk CO2 dan
H2O.Selanjutnya ialah, mikroorganisme tersebut melepaskan CO2 dan H2O.

Salah satu faktor yang sering membatasi kemampuan bakteri pseudomonas dalam
mendegradasi senyawa hidrokarbon adalah sifat kelarutannya yang rendah, sehingga sulit
mencapai sel bakteri. Oleh karena itu, untungnya, bakteri pseudomonas dapat memproduksi
biosurfaktan. Kemampuan bakteri Pseudomonas dalam memproduksi biosurfaktan berkaitan
dengan keberadaan enzim regulatori yang berperan dalam sintesis biosurfaktan. Ada 2 macam
biosurfaktan yang dihasilkan bakteri Pseudomonas, yaitu surfaktan dan polimer. Surfaktan
dengan berat molekul rendah (seperti glikolipid, soforolipid, trehalosalipid, asam lemak dan
fosfolipid) yang terdiri dari molekul hidrofobik dan hidrofilik. Kelompok ini bersifat aktif
permukaan, ditandai dengan adanya penurunan tegangan permukaan medium cair.Polimer
dengan berat molekul besar, yang dikenal dengan bioemulsifier polisakarida amfifatik. Dalam
medium cair, bioemulsifier ini mempengaruhi pembentukan emulsi serta kestabilannya dan
tidak selalu menunjukkan penurunan tegangan permukaan medium.
5. Bakteri Endogenous
Tidak hanya mengendalikan senyawa amoniak dan nitrit, teknik bioremediasi
dengan menggunakan bakteri endogenus juga bertujuan untuk mengendalikan senyawa H2S
yang banyak menumpuk di sedimen tambak. Dengan menggunakan bakteri fotosintetik dari
jenis Rhodobakter untuk menghilangkan senyawa H2S. Hasilnya H2S tidak terdeteksi sama
sekali di tambah. Untuk mengatasinya dia menggunakan bakteri dan jenis Bacillus karena
bakteri Bacillus yang digunakan merupakan bakteri endogenus maka efektivitasnya lebih baik
jika dibandingkan dengan produk bioremediasi dengan menggunakan bakteri dari luar
Indonesia.
6. Bakteri Nitrifikasi
Nitirifikasi  untuk menjaga keseimbangan senyawa nitrogen anorganik (amonia,
nitrit dan nitrat) di sistem tambak. Pendekatan bioremediasi ini diharapkan dapat
menyeimbangkan kelebihan residu senyawa nitrogen yang berasal dari pakan, dilepaskan
bempa gas N2 1 N20 ke atmosfir. Peran bakteri nitrifikasi adalah mengoksidasi amonia
menjadi nitrit atau nitrat, sedangkan bakteri denitrifikasi akan mereduksi nitrat atau nitrit
menjadi dinitrogen oksida (N20) atau gas nitrogen (Nz).
 Daftar
Pustaka

http://repository.usu.ac.id/bitstream/handle/123456789/67153/Chapter%20II.pdf?
sequence=4&isAllowed=y (diakses pada Minggu, 2 Februari 2020 pukul 18.43)
Widyati. 2007. Pemanfaatan Bakteri Pereduksi Sulfat untuk Bioremediasi Tanah Bekas Tambang
Batu Bara. Jurnal biodiversitas. 8(4) Halaman 283-286. Bogor. Pusat Litbang Hutan dan
Konservasi Alam.
Jhoun. Agroteknologi. http://jhoun.blogspot.com/2011/04/bakteri-dalam-anah.html. (diakses pada
Minggu, 2 Februari 2020 pukul 19.18)
Thpanorama. Karakteristik Arthrobacter, taksonomi, morfologi, gejala.
https://id.thpanorama.com/articles/biologa/arthrobacter-caractersticas-taxonoma-morfologa-
sntomas.html. (diakses pada Minggu, 2 Februari 2020 pukul 17.56)
Abrianto. Mikrojadi. https://www.slideshare.net/HeriAbrianto/mikrojadi . (Diakses pada Minggu, 2
Februari 2020 pukul 19.47)
Bioremediasikel5. Faktor-faktor yang Mempengaruhi Bioremediasi.
https://bioremediasi3be.wordpress.com/2018/02/08/faktor-faktor-yang-memengaruhi-proses-
bioremediasi/
Wulandari dan Yaneva Oxi. 2016. Bioremediasi Tanah Tercemar Crude Oil Dengan Penambahan
Kompos. Jurnal IPTEK. Universitas Islam Indonesia
Puspitasari J. Dwi dan Khaeruddin. 2016. Kajian Bioremediasi Pada Tanah Tercemar Pestisida. Jurnal
Riset Kimia. 2(3) : 98-106
https://www.slideshare.net/andayanifitri/pemanfaatan-bakteri-pseudomonas-aeruginosa-sebagai-
peremediasi-limbah-cair-tumpahan-minyak-60756586
https://aguskrisnoblog.wordpress.com/2011/12/30/pemanfaatan-bakteri-pseudomonas-untuk-
bioremediasi-akibat-pencemaran-minyak-bumi/
https://id.wikipedia.org/wiki/Pseudomonas
https://aguskrisnoblog.wordpress.com/2011/11/09/pemanfaatan-bakteri-nitrobacter-sp-sebagai-upaya-
biodegradasi-pengolahan-air-limbah/
https://bioremediasi3be.wordpress.com/2018/02/08/mikroorganisme-dalam-proses-bioremediasi/