1

BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Bakteri banyak sekali disekitar kita, baik baktei yang menguntungkan dan

yang merugikan. Bakteri yang merugikan dapat mengakibatkan berbagai macam

penyakit, dari penyakit yang biasa saja hingga penyakit yang sangat berbahaya.

Sedangkan bakteri yang menguntungkan dapat dimanfaatkan dalam bidang pagan,

ditambah lagi dengan kemajuan iptek yang dapat memanfaatkan bakteri dengan

sebaik mungkin.

Produk-produk yang menggunakan bakteri untuk kebutuhan manusia

semakin marak digunakan, salah satunya penggunaan bakteri untuk bioteknologi

konvensional yang memanfaatkan beberapa jenis bakteri sebagai media untuk

pembusukan bahan makanan yang dapat mengeluarkan output atau hasil seperti

yoghourt, tempe, kecap dan hasil bioteknologi lainnya. Penggunaan itu

dikarenakan sumber dayanya yang dapat dikembangbiakan dan alami. Karena

itulah banyak produsen-produsen makanan,minuman, dan yg lainnya yg

memanfaatkannya.

Untuk mengetahui lebih jauh tentang bakteri dan agar dapat membedakan

bakteri yang menguntungkan dan yang merugikan maka kita harus lebih

mengenal serta menambah pengetahuan kita tentang bakteri. Serta dapat bakteri

secara lebih mendalam guna pemanfaatannya yg sesuai agar bakteri dapat

dikendalikan secara optimal.

1
 2

B. Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang masalah di atas, penulis merumuskan rumusan

masalah sebagai berikut :

1. Apa itu eubacteria (bakteri)?

2. Bagaimana karakter bakteri?

3. Bagaimana morfologi bakteri?

4. Bagaimana klasifikasi bakteri?

5. Bagaimana metabolisme dan genetika bakteri?

6. Bagaimana peranan bakteri dalam kehidupan?

C. Tujuan Makalah

Sejalan dengan latar belakang dan rumusan masalah diatas, laporan ini
disusun dengan tujuan :

1.    Untuk mengetahui apa itu eubacteria (bakteri).

2.    Untuk mengetahui bagaimana bakteri berkembang biak.

3.    Untuk mengetahui bagaimana bentuk bakteri.

4.    Untuk mengetahui bagaimana jenis-jenis bakteri.

5. Untuk mengetahui metabolisme dan genetika bakteri.

6.    Untuk mengetahui bagaimana peranan bakteri dalam kehidupan.

 3

D. Manfaat Makalah

Diharapkan makalah ini dapat bermanfaat agar:

1. Dapat mengetahui apa itu eubacteria (bakteri).

2.    Dapat mengetahui bagaimana bakteri berkembang biak.

3.    Dapat mengetahui bagaimana bentuk bakteri.

4.    Dapat mengetahui bagaimana jenis-jenis bakteri.

5. Dapat mengetahui metabolisme dan genetika bakteri.

6.    Dapat mengetahui bagaimana peranan bakteri dalam kehidupan.

 4

BAB II

KAJIAN TEORI

A. Ekologi Bakteri

Ekologi adalah ilmu yang mempelajari interaksi antara mahluk hidup dengan
lingkungannya baik biotik ataupun abiotik (http://id.wikipedia.org/wiki/Ekologi).
Bakteri dalah oragnisme bersel tunggal yang hidup bebas dan mampu
bereproduksi sendiri tenrapi menggunakan hewan sebagai pejamu untuk
mendapatkan makanan. Bateri tidak memiliki inti sel. Bakteri terdiri atas
sitoplasma yang dikelilingi oleh sebuah dinding sel yang saku yang terbuat dari
suatu zat khusus yang disebut peptidoglikan. Di dalam sitoplasma terdapat
terdapat materi genetik, baik DNA maupun RNA, dan struktur intrasel yang
diperlukan untuk metabolisme energi (Corwin, 2009).

Gambar 1. Bacteria (http://www.h2it.org/)

Bakteri mempunyai suatu cakupan luas envronmental dan kebutuhan bergizi.

Kebanyakan bakteri mungkin adalah ditempatkan ke dalam salah satu dari tiga
kelompok berdasar pada tanggapan mereka ke oksigen berupa gas. Bakteri
aerobic tumbuh dengan subur di hadapan oksigen dan memerlukan untuk

4
 5

keberadaan dan pertumbuhan dilanjutkan mereka. Bakteri lain anaerobic tidak

bisa memaklumi oksigen berupa gas, seperti bakteri itu yang mana tinggal di
sedimen di dalam air dalam, atau yang menyebabkan makanan hasil bakteri yang
meracuni. Kelompok yang ketiga menjadi yang fakultatif anaerobes yang mana
menyukai bertumbuh di hadapan oksigen, tetapi dapat melanjut untuk tumbuh
tanpa itu.

Bakteri boleh juga digolongkan baik melalui cara mereka memperoleh

energi mereka. Bakteri masuk ke dua kategori: heterotrophs dan autotrophs.
Heterotrophs memperoleh energi dari mendobrak/memerinci campuran organik
kompleks yang mereka harus menerima dari lingkungan ini meliputi bakteri
saprobic ditemukan di dalam material yang membusuk, seperti halnya yang
bersandar pada pernapasan atau peragian. Sedangkan autotrophs,
menentukan/memperbaiki gas asam-arang untuk membuat sumber makanan
mereka sendiri, ini mungkin adalah fueled oleh energi photoautotrophic atau oleh
oksidasi zat lemas, belerang, atur-unsur lain chemoautotrophic. Chemoautotrophs
luar biasa, photoautotrophs adalah sungguh berbeda dan umum. Mereka meliputi
cyanobacteria, bakteri belerang hijau, warna ungu belerang bakteri, dan warna
ungu nonsulfur bakteri (http://blog.ub.ac.id/rudbiondy/).

B. Morfologi Bakteri

Morfologi adalah ilmu yang mempelajari tentang bentuk tubuh atau bentuk
fisik. Sedangkan morfologi bakteri adalah ilmu yang mempelajari tentang bagian-
bagian bakteri atau bentuk tubuhnya.
Berdasarkan bentuknya, bakteri dibagi menjadi 3 golongan, yaitu:

1. Kokus (Coccus) adalah bakteri yang berbentuk bulat seperti bola dan
mempunyai beberapa variasi sebagai berikut:

a. Mikrococcus, jika kecil dan tunggal

b. Diplococcus, jka berganda dua-dua
 6

c. Tetracoccus, jika bergandengan empat dan membentuk bujur

sangkar
d. Sarcina, jika bergerombol membentuk kubus
e. Staphylococcus, jika bergerombol
f. Streptococcus, jika bergandengan membentuk rantai

Gambar 2. Bakteri bentuk kokus.

(http://en.wikipedia.org/wiki/Coccus)

2. Basil (Bacillus) adalah kelompok bakteri yang berbentuk batang atau

silinder, dan mempunyai variasi sebagai berikut:

a. Diplobacillus, jika bergandengan dua-dua.

b. Streptobacillus, jika bergandengan membentuk rantai.
 7

Gambar 3. Bakteri basil (http://www.botanicchoice.com/).

3. Spiral (Spirilum) adalah bakteri yang berbentuk lengkung dan mempunyai

variasi sebagai berikut:

a. Vibrio, (bentuk koma), jika lengkung kurang dari setengah

lingkaran (bentuk koma).
b. Spiral, jika lengkung lebih dari setengah lingkaran.
c. Spirochete, jika lengkung membentuk struktur yang fleksibel.

Gambar 4. Bakteri Spiral (http://www.wisegeek.org/what-is-

spirillum.html)
 8

Bentuk tubuh/morfologi bakteri dipengaruhi oleh keadaan lingkungan, medium,

dan usia. Walaupun secara morfologi berbeda-beda, bakteri tetap merupakan sel
tunggal yang dapat hidup mandiri bahkan saat terpisah dari koloninya.
(http://id.wikipedia.org/wiki/Bakteri)

Sedangkan dari strukturnya, bakteri terdiri dari beberapa struktur, yaitu:

1. Inti atau nukleus

Dengan pewarnaan Feulgen, inti dapat dilihat dengan mikroskop cahaya
biasa. Badan inti tidak mempunyai dinding atau membran. Di dalamnya terdapat
DNA fibril. DNA benang ini disebut kromosom dengan panjang lebih kurang 1
mm.
2. Sitoplasma
Tidak mempunyai mitokondria / kloroplas / mikrotubulus. Menyimpan
cadangan makanan dalam bentuk granula sitoplasma yang bekerja menjadi
sumber nitrogen, sulfur, fosfat anorganik dan granula metakromatik.
3. Membran sel :
Terdiri dari fosfolipid dan protein. Tidak mengandung sterol, kecuali genus
Mycoplasma. Terdapat mesosom, enzim – enzim dan molekul – molekul yang
berfungsi pada biosintesa DNA, polimerase dinding sel dan lipid membran untuk
fungsi biosintetik
4. Dinding sel
Terdiri dari lapisan peptidoglikan / mukopeptida. Berperan untuk menjaga
tekanan osmotik, menjaga agar sel tidak pecah, memegang peranan dalam
pembelahan sel, biosintesa sendiri untuk membentuk dinding sel, merupakan
determinan dari antigen permukaan kuman. Pada kuman gram negatif terdapat
lipopolisakarida yang bersifat toksik.
5. Kapsul
Sintesa polimer ekstrasel. Lebih tahan terhadap efek fagositosis.
6. Flagel
Berbentuk seperti benang. Terdiri dari protein dengan diameter 12 – 30 nm.
Merupakan alat pergerakan. Proteinnya disebut flagelin.
 9

7. Pili/fimbrae
Meruakan rambut pendek dan keras. Dimiliki oleh beberapa kuman gram
negatif.
8. Endospora
Paling sering dibentuk oleh bakteri batang gram positif. Merupakan bakteri
dalam bentuk istirahat. Sangat resisten terhadap panas, kekeringan dan zat
kimiawi. Spora tersiri dari core, dinding spora, korteks, coat dan ekspoporium.

Gambar 5. Struktur bakteri (http://www.google.com/imgres)

C. Karakteristik Bakteri

Bakteri memiliki ciri-ciri yang membedakannnya dengan mahluk hidup lain

yaitu:

1. Organisme uniselluler.
2. Prokariot (tidak memiliki membran inti sel).
3. Umumnya tidak memiliki klorofil.
4. Memiliki ukuran tubuh yang bervariasi antara 0,12 s/d ratusan mikron
umumnya memiliki ukuran rata-rata 1 s/d 5 mikron.
5. Memiliki bentuk tubuh yang beraneka ragam.
 10

6. Hidup bebas atau parasit

7. Yang hidup di lingkungan ekstrim seperti pada mata air panas, kawah
atau gambut dinding selnya tidak mengandung peptidoglikan.
8. Yang hidupnya kosmopolit diberbagai lingkungan dinding selnya
mengandung peptidoglikan.

D. Reproduksi Bakteri

Bakteri mengadakan pembiakan dengan dua cara, yaitu secara aseksual dan
seksual. Pembiakan secara aseksual dilakukan dengan pembelahan, sedangkan
pembiakan seksual dilakukan dengan cara transformasi, transduksi , dan
konjugasi. Namun, proses pembiakan cara seksual berbeda dengan eukariota
lainnya. Sebab, dalam proses pembiakan tersebut tidak ada penyatuan inti sel
sebagaimana biasanya pada eukarion, yang terjadi hanya berupa pertukaran materi
genetika (rekombinasi genetik). Berikut ini beberapa cara pembiakan
bakteri dengan cara rekombinasi genetik dan membelah diri.

1. Rekombinasi Genetik
Rekombinasi genetik adalah pemindahan secara langsung DNA di anatara dua
sel bakteri melalui proses berikut:

a. Transformasi

Transformasi adalah perpindahan materi genetik berupa DNA dari sel bakteri
yang satu ke sel bakteri yang lain. Pada proses transformasi tersebut ADN bebas
sel bakteri donor akan mengganti sebagian dari sel bakteri penerima, tetapi tidak
terjadi melalui kontak langsung. Cara transformasi ini hanya terjadi pada beberapa
spesies saja, . Contohnya : Streptococcus pnemoniaeu, Haemophillus, Bacillus,
Neisseria, dan Pseudomonas. Diguga transformasi ini merupakan cara bakteri
menularkan sifatnya ke bakteri lain. Misalnya pada bakteri Pneumococci yang
menyebabkan Pneumonia dan pada bakteri patogen yang semula tidak kebal
 11

antibiotik dapat berubah menjadi kebal antibiotik karena transformasi. Proses ini
pertama kali ditemukan oleh Frederick Grifith tahun 1982.

Gambar 6. Proses Transformasi (http://www.google.com/imgres).

b. Transduksi

Transduksi adalah pemindahan materi genetik bakteri ke bakteri lain dengan

perantaraan virus. Selama transduksi, kepingan ganda ADN dipisahkan dari sel
bakteri donor ke sel bakteri penerima oleh bakteriofage (virus bakteri). Bila virus
– virus baru sudah terbentuk dan akhirnya menyebabkan lisis pada bakteri,
bakteriofage yang nonvirulen (menimbulakan respon lisogen) memindahkan ADN
dan bersatu dengan ADN inangnya, Virus dapat menyambungkan materi
genetiknya ke DNA bakteri dan membentuk profag. Ketika terbentuk virus baru,
di dalam DNA virus sering terbawa sepenggal DNA bakteri yang diinfeksinya.
Virus yang terbentuk memiliki dua macam DNA yang dikenal dengan partikel
transduksi (transducing particle). Proses inilah yang dinamakan Transduksi. Cara
ini dikemukakan oleh Norton Zinder dan Jashua Lederberg pada tahun 1952.

Gambar 7. Proses Transduksi

(http://www.google.com/imgres).
 12

c. Konjugasi

Konjugasi adalah bergabungnya dua bakteri (+ dan –) dengan membentuk

jembatan untuk pemindahan materi genetik. Artinya, terjadi transfer ADN dari sel
bakteri donor ke sel bakteri penerima melalui ujung pilus. Ujung pilus akan
melekat pada sel peneima dan ADN dipindahkan melalui pilus tersebut.
Kemampuan sel donor memindahkan ADN dikontrol oleh faktor pemindahan
( transfer faktor = faktor F )

Gambar 8. Proses Konjugasi (http://www.google.com/imgres).

2. Pembelahan Biner

Pada pembelahan ini, sifat sel anak yang dihasilkan sama dengan sifat sel
induknya. Pembelahan binermirip mitosis pada sel eukariot. Badanya,
pembelahan biner pada sel bakteri tidak melibatkan serabut spindle dan
kromosom. Pembelahan Biner dapat dibagi atas tiga fase, yaitu sebagai berikut:

a. Fase pertama, sitoplasma terbelah oleh sekat yang tumbuh tegak lurus.

b. Fase kedua, tumbuhnya sekat akan diikuti oleh dinding melintang.

c. Fase ketiga, terpisahnya kedua sel anak yang identik. Ada bakteri yang
segera berpisah dan terlepas sama sekali. Sebaliknya, ada pula bakteri
yang tetap bergandengan setelah pembelahan, bakteri demikian
merupakan bentuk koloni.
 13

Gambar 9. Proses pembelahan biner (http://www.google.com/imgres).

Pada keadaan normal bakteri dapat mengadakan pembelahan setiap 20

menit sekali. Jika pembelahan berlangsung satu jam, maka akan dihasilkan
delapan anakan sel. Tetapi pembelahan bakteri mempunyai faktor pembatas
misalnya kekurangan makanan, suhu tidak sesuai, hasil eksresi yang meracuni
bakteri, dan adanya organisme pemangsa bakteri. Jika hal ini tidak terjadi, maka
bumi akan dipenuhi bakteri.

E. Klasifikasi Bakteri

Klasifikasi bakteri yang dipakai di Eropa dan Amerika Serikat, sekarang

ini banyak mengunakan sistematik yang disusun oleh Bergey. Edisi yang sekarang
dari ”Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology” adalah edisi kesembilan
tahun 1994. Awal dari klasifikasi bakteri oleh D.H. Bergey mulai tahun 1923,
karena pada tahun tersebut terbitlah buku ”Manual of Determinative
Bacteriology”. Buku pedoman ini secara berangsur – angsur diperbaiki, dan pada
 14

tahun 1947, buku tersebut diterbitkan keenam kalinya dengan nama ”Bergey’s
Manual of Determinative Bacteriology”(Waluyo, 2005).

Berdasarkan bentuknya yang tetap, dindingnya yang kuat, dan adanya

kemampuan untuk hidup autotrof, maka bakteri digolongkan pada Dunia
Tumbuhan. Dunia tumbuhan pada garis besarnya dibagi atas takson – takson,
seperti divisi, klas, ordo, famili (genus), spesies, varietas (Kata ”taxa” jamak dari
”taxon” ; dan takson berarti satuan atau kelompok) tersebut seringkali juga ada
penyisipan sub kelompok, seperti sub divisi, sub klas, sub ordo, sub famili, sub
genus, sub spesies, dan sebagainya. Hal tersebut di atas, bila kita mengacu pada
dunia mahluk hidup dibagi menjadi 2 Dunia yaitu tumbuhan dan
hewan(Waluyo,2005).

Saat ini yang dipakai sebagai acuan yaitu pada klasifikasi Bergey’s
tahun1994 edisi ke-9. Kelompok bakteri secara garis besar digolongkan menjadi 4
kategori besar, yakni :

1. Kategori Besar I

Eubacteria Gram negatif dengan dinding sel, yang terdiri dari 16 Grup.

Gambar 10. Gram negatif (http://id.wikipedia.org/wiki/Gram-negatif)

Bakteri gram-negatif adalah bakteri yang tidak mempertahankan zat warna

kristal violet sewaktu proses pewarnaan Gram sehingga akan berwarna merah bila
 15

diamati dengan mikroskop. Disisi lain, bakteri gram-positif akan berwarna ungu.
Perbedaan keduanya didasarkan pada perbedaan struktur dinding sel yang berbeda
dan dapat dinyatakan oleh prosedur pewarnaan Gram. Prosedur ini ditemukan
pada tahun 1884 oleh ilmuwan Denmark bernama Christian Gram dan merupakan
prosedur penting dalam klasifikasi bakteri.

Bakteri gram negatif (seperti E. coli) memiliki sistem membran ganda di

mana membran pasmanya diselimuti oleh membran luar permeabel. Bakteri ini
mempunyai dinding sel tebal berupa peptidoglikan, yang terletak di antara
membran dalam dan membran luarnya.

Banyak spesies bakteri gram-negatif yang bersifat patogen, yang berarti

mereka berbahaya bagi organisme inang. Sifat patogen ini umumnya berkaitan
dengan komponen tertentu pada dinding sel gram-negatif, terutama lapisan
lipopolisakarida (dikenal juga dengan LPS atau endotoksin).
(http://id.wikipedia.org/wiki/Gram-negatif)

2. Kategori Besar II

Eubacteria Gram positif dengan dinding sel, yang terdiri dari 6 Grup.

Gambar 11. Gram positif (http://id.wikipedia.org/wiki/Gram-positif)

Gram-positif adalah bakteri yang mempertahankan zat warna kristal violet

sewaktu proses pewarnaan Gram sehingga akan berwarna biru atau ungu di bawah
 16

mikroskop. Disisi lain, bakteri gram-negatif akan berwarna merah atau merah
muda. Perbedaan keduanya didasarkan pada perbedaan struktur dinding sel yang
berbeda dan dapat dinyatakan oleh prosedur pewarnaan Gram. Prosedur ini
ditemukan pada tahun 1884 oleh ilmuwan Denmark bernama Christian Gram dan
merupakan prosedur penting dalam klasifikasi bakteri.
(http://id.wikipedia.org/wiki/Gram-positif)

Bakteri gram positif seperti Staphylococcus aureus (bakteri patogen yang

umum pada manusia) hanya mempunyai membran plasma tunggal yang
dikelilingi dinding sel tebal berupa peptidoglikan. Sekitar 90 persen dari dinding
sel tersebut tersusun atas peptidoglikan sedangkan sisanya berupa molekul lain
bernama asam teikhoat. Di sisi lain, bakteri gram negatif (seperti E. coli) memiliki
sistem membran ganda di mana membran pasmanya diselimuti oleh membran luar
permeabel. Bakteri ini mempunyai dinding sel tebal berupa peptidoglikan, yang
terletak di antara membran dalam dan membran luarnya.
(http://id.wikipedia.org/wiki/Gram-positif).

Berrikut adalah karakteristik bakteri gram positif, yaitu;

1. Homogen dan tebal (20-80 nm) serta sebagian besar tersusun dari
peptidoglikan. Polisakarida lain dan asam teikoat dapat ikut menyusun
dinding sel.
2. Peptidoglikan (2-7 nm) di antara membran dam dan luar, serta adanya
membran luar (7-8 nm tebalnya) yang terdiri dari lipid, protein, dan
lipopolisakarida Bentuk sel.
3. Bulat, batang atau filamen
4. Bulat, oval, batang lurus atau melingkar seprti tand koma, heliks atau
filamen; beberapa mempunyai selubung atau kapsul Reproduksi
5. Pembelahan biner
6. Pembelahan biner, kadang-kadang pertunasan Metabolisme
7. kemoorganoheterotrof
8. Fototrof, kemolitoautotrof, atau kemoorganoheterotrof Motilitas
 17

9. Kebanyakan nonmotil, bila motil tipe flagelanya adalah petritrikus

(petritrichous)
10. Motil atau nonmotil. Bentuk flagela dapat bervariasi-polar,lopotrikus
(lophtrichous), petritrikus (petritrichous). Anggota tubuh (apendase)
11. Biasanya tidak memiliki apendase
12. Dapat memiliki pili, fimbriae, tangkai Endospora
13. Beberapa grup dapat membentuk endspora
14. Tidak dapat membentuk endospor

Bila diamati dengan mikroskop, bakteri gram positif akan berwarna ungu.
Bakteri gram positif seperti Staphylococcus aureus (bakteri patogen yang umum
pada manusia) hanya mempunyai membran plasma tunggal yang dikelilingi
dinding sel tebal berupa peptidoglikan. Sekitar 90% dari dinding sel tersebut
tersusun atas peptidoglikan sedangkan sisanya berupa molekul lain bernama asam
teikhoat. (http://id.wikipedia.org/wiki/Gram-negatif)

Berikut ini adalah perbedaan karakteristik dari bakteri Gram positif dan
negatif:

Tabel 1. Perbedaan gram positif dan gram negatif.

Karakteristik Gram positif Gram negatif

Dinding sel Homogen dan tebal (20-80 Peptidoglikan (2-7 nm) di
nm) serta sebagian besar antara membran dam dan luar,
tersusun dari peptidoglikan. serta adanya membran luar (7-
Polisakarida lain dan asam 8 nm tebalnya) yang terdii dari
teikoat dapat ikut menyusun lipid, protein, dan
dinding sel. lipopolisakarida
Bentuk sel Bulat, batang atau filamen Bulat, oval, batang lurus atau
melingkar seprti tand koma,
heliks atau filamen; beberapa
mempunyai selubung atau
kapsul
 18

Reproduksi Pembelahan biner Pembelahan biner, kadang-

kadang pertunasan
Metabolisme kemoorganoheterotrof Fototrof, kemolitoautotrof,
atau kemoorganoheterotrof
Motilitas Kebanyakan nonmotil, bila Motil atau nonmotil. Bentuk
motil tipe flagelanya adalah flagela dapat bervariasi-
petritrikus (petritrichous) polar,lopotrikus (lophtrichous),
petritrikus (petritrichous).
Anggota Biasanya tidak memiliki Dapat memiliki pili, fimbriae,
tubuh apendase tangkai
(apendase)
Endospora Beberapa grup dapat Tidak dapat membentuk
membentuk endspora endospora

3. Kategori Besar III

Eubacteria tanpa dinding sel, terdiri dari 1 Grup.

Gambar 12 . Archaebacteria dan eubacteria

(http://www.slideshare.net/kawidian_putri).

Berikut adalah karakteristik eubakteria:

 19

1. Dinding sel tersusun atas mukopolisakarida dan peptidoglikan.

2. Sel bakteri dapat mensekresikan lendir ke permukaan dinding selnya.
3. Membran sitoplasma meliputi 8-10% dari bobot kering sel dan
tersusun atas fosfolipid dan protein.
4. Sitoplasma dikelilingi oleh membran sitoplasma.
5. Membentuk endospora untuk melindungi diri dari panas dan gangguan
alam.
6. Ada yang bergerak dengan flagela dan ada yang tidak.

(http://www.slideshare.net)

4. Kategori Besar IV

Archaeobacteria, yang terdiri dari 5 Grup.

Gambar 13 . Archaebacteria (http://www.archaebacteria1.jpg)

Karakteristik archaebacteria:

1. Hidup pada habitat ekstrim, seperti sumber air panas dan telaga garam
2. Bereproduksi dengan cara pembelahan biner, pembelahan berganda,
pembentukan tunas dan fragmentasi(http://www.slideshare.net/).

Tabel 2. Perbedaan archaebacteria dan eubacteria.

 20

Karakteristik Archarbakteria Eubacteria

Nukleus Prokaiotik Prokariotik
Dinding sel Tidak mengandung Mengandung
peptidoglikan peptidoglikan
Lipid membran Beberapa hidrokarbon Hidrokarbon tidak
bercabang becabang
RNA polimerase Beberapa jenis Satu jenis
Intron (bagian gen Ada beberapa gen Tidak ada
yang bukan untuk
pengkodean)
Respon terhadap Pertumbuhan tidak Pertumbuhan terhambat
antibiotik terhambat

F. Fisiologi Bakteri

Fisiologi adalah salah satu dari cabang-cabang biologi yang mempelajari

berlangsungnya sistem kehidupan (http://id.wikipedia.org/wiki/Fisiologi). Bakteri
memerlukan bahan-bahan atau cara-cara untuk dapat bertahan hidup, antara lain :
1. Air
Bakteri memerlukan air dalam konsentrasi tinggi disekitarnya karena
diperlukan bagi pertumbuhan dan perkembangbiakan. Air merupakan pengantar
semua bahan gizi yang diperlukan sel dan untuk membuang semua zat yang tak
diperlukan ke luar sel.
2. Garam-garam organik
Bakteri memerlukan air dalam konsentrasi tinggi disekitarnya karena
diperlukan bagi pertumbuhan dan perkembangbiakan. Air merupakan pengantar
semua bahan gizi yang diperlukan sel dan untuk membuang semua zat yang tak
diperlukan ke luar sel.
3. Mineral
Diperlukan karbon, nitrogen, belerang, fosfat, aktivtor enzim seperti Mg, Fe,
K dan Ca
4. CO2
 21

Diperlukan dalam proses sintesa dengan timbulnya asimilasi CO2 di dalam

sel.
5. O2
Berdasarkan keperluan akan oksigen, Bakteri dibagi dalam 5 golongan :
a. Anaerob obligat: hidup tanpa oksigen, oksigen toksik terhadap
golongan bakteri ini.
b. Anaerob aerotoleran: tidak mati dengan adanya oksigen.
c. Anaerob fakultatif : mampu tumbuh baik dalam suasana dengan atau
tanpa oksigen.
d. Aerob obligat: tumbuh subur bila ada oksigen dalam jumlah besar.
6. Temperatur
Bakteri mempunyai temperatur optimum yaitu dimana bakteri tersebut tumbuh
sebaik baiknya dan batas-batas temperatur dimana pertumbuhan dapat terjadi.
a. Psikhrofilik: -5 sampai +300C dengan optimum 1- 200C.
b. Mesofilik: 10 – 450C dengan optimum 20 – 400C.
c. Termofilik: 25 – 800C dengan optimum 50 – 600C.
7. pH
pH mempengaruhi pertumbuhan bakteri. Kebanyakan bakteri patogen
mempunyai pH optimum 7,2 – 7,6.
Selain itu, bakteri juga memiliki cara untuk bereproduksi untuk
melestarikan keturunannya. Caranya adalah sebagai berikut :
1. Pembelahan
Umumnya bakteri berkembangbiak secara amitosis dengan membelah diri
menjadi 3 bagian. Waktu diantara 2 pembelahan tersebut disebut dengan
generation time dan ini berlainan tiap jenis bakteri, bervariasi antara 20 menit
sampai 15 jam.
2. Pembentukan tunas atau cabang
Bakteri membentuk tunas, tunas akan melepaskan diri dan membentuk
bakteri baru.
3. Pembentukan filament
Sel mengeluarkan rambut panjang, filament yang tidak bercabang. Bahan
kromosom kemudian dimasukkan ke dalam filament. Filament terputus – putus
 22

menjadi beberapa bagian. Tiap bagiam membentuk bakteri baru, dijumpai

terutama pada keadaan abnormal (http://pelajaranilmu.blogspot.com/2012/)

G. Metabolisme Bakteri

Dalam kehidupan, mahluk hidup memerlukan energi yang diperoleh dari

proses metabolisme. Metabolisme terjadi pada semua mahluk hidup termasuk
kehidupan mikroba. Pada hewan atau tumbuhan yang berderajat tinggi enzim
yang di sediakan untuk keperluan metabolisme reatif stabil, selama terjadi
perkembangan individu memang terjadi perubahan susunan enzim, akan tetapi
pada pergantian lingkungan perubahan itu sangat kecil. Metabolisme merupakan
serentetan reaksi kimia yang terjadi dalam sel hidup (Bibiana W. Lay, 1992 dalam
Darkuni, 2001).

Bedasarkan kebutuhan karbon Bakteri dapat dibagi menjadi dua kelompok

besar, yaitu bakteri autotrof (lithotropik) dan heterotropik (organotropik). Bakteri
autotropik dapat memanfaatkan karbondioksida sebagai sumber tunggal karbon
untuk disintesa menjadi kerangka-kerangka karbon berupa bahan organic melalui
proses metabolisme. Mereka hanya membutuhkan air, garam-garam anorganik,
dan karbondioksida untuk pertumbuhan. Sumber energinya berasal dari cahaya
maupun hasil oksidasi dari satu atau lebih bahan anorganik. Bakteri heterotrof
tidak dapat menggunakan hanya karbondioksida sebagai sumber karbon, tetapi
juga membutuhkannya dalam bentuk bahan organik seperti glukosa. Bagi
organisme heterotropik, sejumlah unsur organik yang berperan sebagai sumber
energi dapat juga digunakan untuk mensintesa unsur organik yang dibutuhkan
oleh organisme itu sendiri. Semua bakteri yang menyebabkan penyakit pada
manusia dan juga fungi dapat termasuk dalam kelompok ini. (http://syamsulhuda-
fst09.web.unair.ac.id/).

1. Bakteri aerob
 23

Organisme aerobik atau aerob adalah organisme yang melakukan metabolisme

dengan bantuan oksigen. Aerob, dalam proses dikenal sebagai respirasi sel,
menggunakan oksigen untuk mengoksidasi substrat (sebagai contoh gula dan
lemak) untuk memperoleh energi. . Misal: Nitrosococcus, Nitrosomonas dan
Nitrobacter

a. Aerob obligat membutuhkan oksigen untuk melakukan respirasi sel

aerobik.
b. Aerob fakultatif dapat menggunakan oksigen tetapi dapat juga
menghasilkan energi secara anaerobik.
c. Mikroaerofil adalah organisme yang bisa menggunakan oksigen tetapi
dalam konsentrasi yang sangat kecil (mikromolar).

Organisme aerotoleran dapat hidup walaupun terdapat oksigen di sekitarnya,

tetapi mereka tetap anaerobik karena mereka tidak menggunakan oksigen sebagai
terminal electron acceptor (akseptor elektron terminal). Contoh yang dapat
diberikan adalah oksidasi glukosa (monosakarida) dalam respirasi aerobik.
C6H12O6 + 6 O2 + 38 ADP + 38 fosfat → 6 CO2 + 6 H2O + 38 ATP
Energi yang dilepaskan pada reaksi ini sebesar 2880 kJ per mol, yang disimpan
dalam regenerasi 38 ATP dari 38 ADP per glukosa. Angka ini 19 kali lebih besar
daripada yang dihasilkan reaksi anaerobik. Organisme eukariotik (semua kecuali
bakteri) hanya memperoleh 36 ATP yang diregenerasi dari ADP dalam proses ini.
Hal ini disebabkan terdapat membran yang harus dilewati oleh transport aktif.

2. Bakteri anaerob
Anaerob artinya “hidup tanpa udara”. Perkembangan bakteri anaerob ini
terjadi pada tempat-tempat yang sedikit atau sama sekali tidak mengandung
oksigen. Kuman-kuman ini normalnya ditemukan di mulut, saluran pencernaan
dan vagina serta pada kulit. Umumnya penyakit-penyakit yang disebabkan oleh
bakteri anaerob adalah gas gangren, tetanus dan botulisme. Bakteri anaerob dapat
menyebabkan infeksi jika barier (sawar) normal (seperti kulit, gusi dan dinding
usus) mengalami kerusakkan akibat pembedahan, jejas atau penyakit. Biasanya
 24

sistem kekebalan tubuh akan membunuh bakteri yang masuk ke dalam tubuh,
tetapi kadang-kadang bakteri tersebut mampu berkembang dan menyebabkan
infeksi. Bagian tubuh yang mengalami kerusakkan jaringan (nekrosis) atau suplai
aliran darahnya sedikit merupakan tempat-tempat yang disenangi oleh bakteri
anaerob untuk tumbuh dan berkembang karena miskin akan oksigen. Keadaan
yang kurang mengandung oksigen dapat disebabkan karena penyakit pembuluh
darah, keadaan syok, trauma/cedera dan tindakkan pembedahan.
Bakteri anaerob dapat menyebabkan infeksi di seluruh bagian tubuh.
Misalnya:
a. Mulut, kepala dan leher. Infeksi dapat terjadi pada saluran akar gigi, gusi,
rahang, tonsil, tenggorok, sinus-sinus dan telinga.
b. Paru. Bakteri anaerob menyebabkan pneumonia, abses paru, infeksi pada
salaput pembungkus paru (empiema) dan pelebaran bronkhus pada paru
(bronkiektasis).
c. Rongga perut. Infeksi bakteri anaerob didalam perut membentuk abses,
radang selaput rongga perut (peritonitis) dan radang usus buntu
(apendisitis).
d. Saluran kelamin wanita. Bakteri anaerob menyebabkan abses panggul,
penyakit radang panggul, peradangan dinding rahim (endometritis) serta
infeksi panggul yang diikuti keguguran atau persalinan prematur.
e. Kulit dan jaringan lunak. Bakteri anaerob sering menyebabkan ulkus pada
penderita diabetes, gangren, infeksi yang merusak lapisan kulit sebelah
dalam dan jaringan serta luka infeksi akibat gigitan.
f. Susunan saraf pusat. Bakteri anaerob menyebabkan pembentukkan abses
pada otak dan susunan saraf pada tulang belakang.
g. Aliran darah. Bakteri anaerob dapat ditemukan di dalam aliran darah
penderita yang sakit (keadaan ini disebut bakteremia).
Fotosintesis bakteri, Sel mikroba prokaryotik (bakteri dan
sianobakteri/cyanobacteria) memiliki tipe metabolisme fototrof sehingga mampu
berfotosintesis. Seperti tanaman tinggi, fotosintesis memerlukan sinar matahari
(foton cahaya) dan pigmen. Pigmen fotosintesis mikoba dibagi dalam dua
 25

kelompok: 1) pigmen pusat reaksi berupa klorofil dan 2) pigmen asesoris

umumnya berupa karotenoid.
Tipe fotosintesis bakteri dan sianobakteri dibedakan berdasarkan jenis
senyawa yang berperan sebagai donor elektron (hidrogen) dalam mereduksi CO 2
menjadi glukosa. Energi metabolisme fotosinsetis berasal dari sinar matahari.
Organisme fototrof menggunakan glukosa yang disintesis di dalam sel sedangkan
organisme heterotrof memerlukan glukosa yang disuplai dari substrat tempat
tumbuhnya.
1. Bakteri ungu
Rhodobacter sphaeroides atau bakteri ungu adalah salah satu bakteri yang
dapat berfotosintesis. Pigmen yang berperan menangkap cahaya untuk fotosintesis
adalah bakterioklorofil yang berada pada membran fotosintesis. Bakteri ini
memiliki sistem membran yang terbentuk akibat invaginasi membran sitoplasma.
Rhodobacter sphaeroides diisolasi pada danau dan perairan tenang Bakteri ini
dapat hidup pada kondisi aerob maupun anaerob, dapat melakukan fotosintesis
maupun fermentasi. Bakteri ini juga dapat melakukan fiksasi nitrogen dan
karbondioksida serta sintesis tetrapiroles, klorofil, heme, dan vitamin B12

Rhodobacter sphaeroides merupakan kelompok proteobakteria subdivisi alfa.

Kelompok ini merupakan kelompok bakteri dengan keragaman metabolisme yang
paling tinggi, sehingga dapat tumbuh pada berbagai variasi kondisi pertumbuhan.
Medium pertumbuhan yang digunakan untuk mengkulturkan bakteri ini biasanya
adalah medium minimal Sistrom's dan cairan luria (LB). Medium minimal
Sistrom's digunakan dalam setiap keperluan pertumbuhan bakteri ini, sedangkan
cairan luria untuk persiapan isolasi DNA. Pada medium cair maupun padat,
bakteri ini ditumbuhkan pada suhu 28-30°C selama 3-4 hari.Bakteri yang
memiliki koloni berwarna ungu ini memiliki kemampuan mendetoksifikasi
sejumlah logam sehingga banyak dimanfaatkan untuk bioremediasi. Galur ini
merupakan yang pertama kali ditemukan sebagai bakteri yang hidup bebas dengan
aktivitas quorum sensing. Pada saat kondisi oksigen rendah, bakteri ungu
menginduksi diferensiasi intraseluler sehingga terbentuk membran
 26

intrasitoplasma. Dengan demikian terjadi fotosintesis yang merupakan konversi

energi cahaya menjadi energi kimia. Galur ini memiliki genom yang terdiri atas
dua kromosom sirkuler yaitu kromosom I yang berukuran sekitar 3 Mbp dan
kromosom II yang berukuran sekitar 0.9 Mbp, serta lima replikon lainnya. Gen
fotosintetik tersusun dalam kluster gen fotosintetik yang membentuk superoperon
yang mengodekan biosintesis bakterioklorofil, biosintesis karoten, polipeptida L,
M, dan H yang mengikat pusat reaksi, serta kompleks pemanen cahaya.

Struktur fotosintetik bakteri ungu terdiri dari pusat reaksi, pemanen cahaya,
sitokrom bc1, dan kompleks Adenosin trifosfatase (ATPase). Dalam membran
fotosintetik, bakterioklorofil berasosiasi dengan protein membentuk kompleks
antara 50-300 molekul. Hanya sebagian kecil yang berfungsi mengonversi energi
cahaya menjadi Adenosin trifosfat (ATP), yaitu pusat reaksi. Pusat reaksi ini
dikelilingi oleh antena klorofil yang berfungsi memanen cahaya dan
meneruskannya ke pusat reaksi. Pusat reaksi terdiri atas tiga polipeptida subunit
L,M, dan H yang berfungsi mengikat kompleks pusat reaksi. Kompleks pusat
reaksi terdiri dari empat buah bakterioklorofil, bakteriofeofitin, beberapa kuinon,
dan karotenoid. Sintesis ATP selama aliran elektron fotosintesis terjadi karena
adanya daya dorong proton sebagai akibat aliran elektron dan aktivitas ATPase.
Aliran elektron yang membentuk ATP ini berbentuk sirkuler, sehingga disebut
fosforilasi siklik. (http://id.wikipedia.org/wiki/Rhodobacter_sphaeroides)

2. Bakteri hijau
Cyanobacteria, dikenal pula sebagai sianobakteri , bakteri biru-
hijau, ganggang biru-hijau (Cyanophyceae), serta ganggang biru, adalah filum
(atau divisi) bakteri autotrof fotosintetik. Cyanobakteri adalah satu-satunya
kelompok organisme yang mampu mereduksi nitrogen dan karbon dalam kondisi
dengan oksigen (aerob) maupun tanpa oksigen (anaerob). Mereka melakukannya
dengan mengoksidasi belerang (sulfur) sebagai pengganti oksigen. Penyematan
nitrogen dilakukan dalam bentuk heterosista, sementara penyematan karbon
dilakukan dalam bentuk sel fotosintetik, menggunakan pigmen klorofil (seperti
tumbuhan hijau) maupun fikosianin (khas kelompok bakteri ini).
 27

Chlorobiaceae, bakteri ini di sebut juga sebagai bakteri belerang hijau.

Organisme ini menggunakan beberapa senyawa yang mengandung belerang
maupun gas hidrogen sebagai reduktan fotosintesis. Rumus khas untuk
fotosintesis bakteri belerang hijau adalah salah satu diantara yang berikut
tergantung pada reduktan yang tersedia (CH2O mewakili karbohidrat yang
disintesis) CO2 + 2H2S cahaya (CH2O) + H2O + 2S3CO2 + 2S + 5H2O cahaya 3
(CH2O) 2CO2 + Na2S2O3 + 3H2O cahaya 2(CH2O) + Na2SO4 + H2SO4 CO2 + 2H2O
cahaya (CH2) + H2O Chromaticeae Bakteri ini di sebut juga bakteri belerang ungu
yang berbeda dengan bakteri belerang hijau terutama karena bakteri ini
mengandung sejumlah pigmen karotenoid merah dan ungu dalam selnya. Bakteri
ini menggunakan reduktan fotosintesis yang sama dengan yang digunakan bakteri
belerang hijau, sehingga bakteri belerang ungu dapat melakukan reaksi- reaksi
yang sama dengan bakteri belerang hijau (Bryant, 2005).

H. Genetika dan Rekayasa Genetika Bakteri

Genetika adalah salah satu cabnag keilmuan biologi tentang pewaris sifat pada

organisme. Bidang kajian genetika dimulai dari tingkat molekuler hingga tingkat

populasi. Dalam genetika terdapat materi-materi genetika yang perlu diketahui,

yaitu DNA, gen dan alel, serta kromosom(Abdurahman, 2008).

1. Materi Genetika

Material genetik bakteri terdiri atas kromosom dan plasmid. Keduanya terdiri
atas DNA. Dua fungsi utama materi genetik adalah replikasi dan ekspresi.
Material genetik harus bereplikasi secara akurat sehingga dihasilkan 2 replikan
(anakan) yang identik dengan induknya. Materi genetik juga terekspresi dalam
bentuk karakter terobservasi atau fenotip.
a. Kromosom
 28

Kromosom bakteri mempunyai beratnya 2-3% dari berat kering satu sel, pada
sel haploid (prokariot) bersifat kromosom tunggal dan tidak berpasangan.
Berbentuk sirkuler, panjangnya ± 1mm, beratnya 2-3% dari berat kering satu sel,
disusun sekitar 4 juta kpb DNA, makromolekul yang sangat banyak ini dikemas
agar tidak berubah dalam bentuk superkoil (± 70-130 superkoil domain)
(Syahrurachman, 1994). Kebanyakan gen prokariota terdapat pada kromosom,
yang terletak dalam suatu bagian pusat sitoplasma, yang dinamakan daerah
nuklear atau nukleoid untukn membedakannya dari membran-pengikat nukleus
pada sel eukariotik. Jumlah nukleoid dalam sel bakteri dapat lebih dari satu,
tergantung kecepatan pertumbuhan dan ukuran sel. Nukleoid berisi gen yang
penting untuk pertumbuhan bakteri.
b. Plasmid
Plasmid adalah material genetik ektrakromosomal. Ukuran plasmid lebih
kecil daripada kromosom. Plasmid biasanya mengkode polipeptida yang tidak
penting bagi pertumbuhan secara langsung. Plasmid berbentuk sirkuler, tetapi
terdapat plasmid berbentuk linier seperti terlihat pada Borrelia dan Streptomyces.
Plasmid dibedakan menjadi 2, yaitu plasmid konjugatif dan non-konjugatif.
Plasmid konjugatif adalah plasmid yang mampu didonorkan ke resepien,
sedangkan plasmid non-konjugatif tidak dapat didonorkan. Plasmid non-
konjugatif biasanya berukuran kurang dari 7,5 kbp dan biasanya berjumlah
banyak (10-20 perkromosom). Plasmid didistribusikan secara acak ke sel anakan.
Meskipun plasmid tidak berperan langsung dalam pertumbuhan, tetapi
plasmid memiliki fungsi penting secara medis. Fungsi penting plasmid secara
medis, yaitu kemampuan plasmid mengkode polipeptida resistensi antibiotik,
toksin, struktur permukaan sel untuk perlekatan dan kolonisasi. Plasmid yang
berperan dalam resistensi antibiotika disebur plasmid R atau faktor R.

2. Struktur DNA dan RNA

a. DNA (Asam Deoksiribonukleat)

 29

DNA/ Kromosom bakteri lebih banyak diteliti dari pada kromosom

organisme lain. DNA bakteri mampu mengkode 1000-3000 polipeptida yang
berbeda-beda. DNA bakteri merupakan molekul berantai ganda yang sirkuler.
Struktur Dna bakteri tidak merupakan bentuk sederhana tetapi merupakan belitan
yang tidak teratur dalam sitoplasma. James Watson dan Francis Crick (1953) telah
menemukan struktur DNA yang berupa dua untai pita DNA terpilin. Penemuan ini
merupakan titik awal revolusi biologi karena merupakan penemuan struktur DNA
ini sangat penting untuk mempelajari dan memahami bagaimana informasi
genetik dapat dipindahkan dari satu generasi ke generasi berikutnya serta
bagaimana DNA dapat mengendalikan replikasinya.
Replikasi informasi herediter di dalam sel melibatkan sintesis molekul DNA
baru yang mempunyai urutan nukleotida sama seperti genom sel inangnya.
Molekul DNA adalah makromolekul yang mempunyai informasi herediter suatu
sel. DNA ini tersusun oleh sub unit-sub unit yang disebut dengan nukleotida atau
deoksiribonukleotida. Urutan nukleotida menentukan kespesifikan suatu informasi
herediter dan berisi mekanisme untuk mengendalikan eksperi genetik.
Masing-masing deoksiribonukleotida terdiri dari basa nitrogen (asam
nukleat), gula deoksiribosa, dan gugus fosfat. Basa asam nukleat terdiri dari basa
purin terdiri : Adenin (A) dan guanin (G) yang mempunyai dua cincin. Dan
pirimidin terdiri atas : timin (T) dan sitosin (C) yang hanya mempunyai satu
cincin. Purin dan pirimidin merupakan molekul heterosiklis karena mengandung
dua macam atom C dan N. Basa asam nukleat menempel pada deoksiribosa
membentuk deoksiribonukleosida. Deoksiribonukleosida ini bergabung dengna
gugus fosfat pada atom C5 membentuk subunit deoksiribonukleotida DNA.
 30

Gambar 14. Struktur DNA ( http://www.bing.com/images/)

b. RNA (Asam Ribonukleat)
Asam nukleat lainnya yang dijumpai secara alamiah ialah asam ribonukleat
(RNA). Bedaanya dari DNA ialah :
1) Biasanya berutasan tunggal
2) Komponen gula pada nukloetida yang membentuk RNA adalah ribosa,
dan bukan deoksiribose. Ribose adalah sama dengan deoksiribose
kecuali adanya gugusan hidroksil pada atom karbon nomor 2
3) Basa bernitrogen pirimidin yang dijumpai pada nukleotida yang
membentuk RNA ialah urasil bukan timin.
3. Replikasi DNA

Replikasi DNA berarti penggandaan. Ada 3 model replikasi DNA yaitu :

a. Model konservatif.
Model ini menyatakan bahwa 2 rantai DNA bereplikasi tanpa
memisahkan rantai-rantainya.
b. Model semi konservatif.
Model ini menyatakan bahwa 2 rantai DNA berpisah kemudian
bereplikasi.
c. Model dispersi.
Model ini menyatakan bahwa DNA terpecah menjadi potongan-potongan
yang kemudian bereplikasi.
 31

Gambar 15. Ilustrasi 3 model diatas (Wikipedia.com)

Meselson dan Stahl membuktikan bahwa DNA bereplikasi sesuai model
semi-konservatif.Replikasi model semi konservatif dimulai pada suatu situs
tertentu yang sudah pasti pada kromosom bakteri yang disebut titik pangkal kedua
utas DNA memisah pada situs ini membentuk struktur berbentuk Y. Titik
persimpangannya disebut titik tumbuh.Replikasi bergerak berurutan dari titik
tumbuh, baik pada satu arah atau dua arah.Titik asal dan titik tumbuh terikat pada
membran sel dan situlah kedua utusan tersebut diduplikasikan.Masing-masing
utasan mempunyai urutan basa yang komplementer terhadap urutan basa pada
utasan-utasan DNA yang mula-mula (Pelczar, 2009).

Enzim DNA polymerase nemanbahkan nukleotida pada ujung hidroksil-3'

utasan atau utasan–utasan DNA yang sedang berreplikasi, jadi mensintenis utasan-
utasan DNA dengan arah 5' ke 3'.Sejauh ini belum ditemukan polymerase yang
mereplikasi dengan arah 3' ke 5'.Sintesis DNA bersifat sinambung.Selain
mekanisme replikasi DNA yang baru saja diuraikan, inisiasi (pengawwalan)
replikasi DNA membutuhkan suatu pancing atau pemula yaitu sepotong pendek
RNA yang disentesis oleh RNA polymerase dan komplementer terhadap
DNA.Dengan adanya pemula ini, DNA polymerase dapat mulai mensisntesis
duoksiribonukleotida.Sekali pancingan mengena, DNA polymerase lalu mencerna
RNA tersebut dapat menggantikannya dengan DNA. Berpartisipasinya RNA
 32

sebagai pancing tampaknya ekstensif karena setiap fragmen okazaki juga

mengandung sebagian RNA sebagai pancing (Micheal Pelczar, 2009).
Bila titik-titik tumbuh telah bergerak di seluruh panjang molekul DNA,
maka terbentuk dua molekul DNA yang lengkap.Setiap molekul berutasan ganda
mengandung salah satu dari utasan asli atau satu utasan baru(Micheal Pelczar,
2009).
4. Ekspresi GEN

Ekspresi gen merupakan rangkaian proses penerjemahan informasi genetik

(dalam bentuk urutan basa pada DNA atau RNA) menjadi protein, dan lebih jauh
lagi: fenotipe. Informasi yang dibawa bahan genetik tidak bermakna apa pun bagi
suatu organisme apabila tidak diekspresikan menjadi fenotipe. Ekspresi genetik
beserta dinamika yang mempengaruhinya dipelajari dalam genetika
molekular beserta cabang-cabangnya
sseperti genomika, transkriptomika, proteomika, serta metabolomika.

a. Transkripsi
Transkripsi adalah langkah pertama dalam ekspresi genetis.DNA
ditranskripsi menjadi RNA. Pita DNA yang menjadi cetakan disebut DNA
template. Karena RNA hasil transkripsi membawa “pesan” untuk ditranslasi, maka
RNA tersebut disebut RNA messenger (mRNA). Urutan basa mRNA sama dengan
urutan basa DNA non-template, kecuali timin diganti urasil. Enzim yang berperan
dalam sintesis mRNA adalah enzim RNA polimerase. Urutan DNA yang
ditranskrip dapat terdiri atas 1 gen atau lebih. Transkripsi yang multigen terjadi
pada gen-gen yang terekspresi dalam suatu paket fungsional.
Transkripsi DNA terdiri atas 3 tahap, yaitu inisiasi, pemanjangan, dan
penghentian. Inisiasi melibatkan pengikatan RNA polimerase ke DNA template.
Elongasi adalah proses sintesis mRNA oleh RNA polimerase. Penghentian
meliputi penghentian pemanjangan dan pelepasan mRNA dari DNA template.
 33

b. Translasi
Translasi, yaitu langkah berikut nya didalam ekspresi gan adalah proses
pengarahan sintensis protein oleh informasi genetis yang sekarang ada pad
molekul mRNA.
Bila keempat basa yang berbeda-beda pada nukleotida-nukleodtida mRNA
itu ditata dalam suatu deretan, maka setiap deret yang terdiri dari 3 basa disebut
kodon, mampu menetapakan suatu amino tertentu. Karena ada empat macam basa
yang berbeda-beda, jumlah deret berbasa tiga tersebut yang mungkin terbentuk
adalah 43, atau 64 macam. Triplet-triplet basa ini masing-masing menetapkan
suatu asam amino tertentu, merupakan sandi genetis.Sandi ini mungkin bersifat
universal bagi semua spesies organisme hidup.

Gambar 9. Proses transkripsi (http://ebiolearning.files.wordpress.com)

Tabel 3. 64 kemungkinan codon yang terbentuk dari proses transkripsi.

Kode Kode kedua Kode
pertama ketiga
U C A G

Fenilalanin Serin Tirosin Sistein U

U Fenilalanin Serin Tirosin Sistein C
Leusin Serin Stop Stop A
 34

Leusin Serin Stop Triptofan G

Leusin Prolin Histidin Arginin U

C Leusin Prolin Histidin Arginin C
Leusin Prolin Glutamin Arginin A
Leusin Prolin Glutamin Arginin G

Ileusin Treonin Asparagin Serin U

A Ileusin Treonin Asparagin Serin C
Ileusin Treonin Lisin Arginin A
Metionin Treonin Lisin Arginin G

Valin Alanin Aspartat Glisin U

G Valin Alanin Aspartat Glisin C
Valin Alanin Glutamat Glisin A
Valin Alanin Glutamat Glisin G
5. Mutasi
Mutasi adalah perubahan spontan pada gen suatu makhluk hidup/bakteri.
Sebagai contoh yang sederhana adalah adanya koloni bakteri Serratia marcescens
yang berwarna putih diantara koloni yang berwarna merah. Jika koloni putih
tersebut diisolasi dan kemudian diteliti sifat-sifatnya serta dibandingkan dengan
bakteri dari koloni merah, maka sifat-sifat selain pigmentasinya sama. Bakteri dari
koloni putih tersebut dikatakan mutan kadang-kadang mutan putih tersebut dapat
kembali menjadi merah. Peristiwa ini dinamakan mutasi balik
Perubahan-perubahan karena mutasi dapat dibedakan dengan modifikasi
(perubahan tidak menurun) yang disebabkan karena faktor lingkungan. Dalam hal
modifikasi semua sel akan mengalami perubahan fenotif, sedangkan pada mutasi
hanya sebgian kecil dari populasi. Ada dua macam mutasi yaitu mutasi selektif
dan mutasi tidak selektif Mutasi selektif ialah mutasi yang menguntungkan bagi
kelangsungan hidup bakteri tersebut. Mutasi ini terjadi pada keadaan lingkungan
tertentu misalnya adanya antibiotika.Mutan tersebut dapat tumbuh dengan adanya
antibiotika dalam dosis tertentu yang dapat menghambat dan membunuh sel
 35

induknya.Mutasi ini dinamakan juga mutasi buatan.Mutasi tidak selektif ialah

mutasi yang tidak mempunyai sifat yang lebih menguntungkan atau merugikan
dibandingkan dengan pertumbuhan sel induknya.Mutasi ini disebut juga mutasi
alami, tanpa campur tangan manusia.
Mekanisme terjadinya mutasi (mutagenesis).Sel yang mengalami mutasi
(mutan) mengalami perubahan urutan nukleotida dari DNA nya.Bagian DNA yang
mengalami perubahan tersebut dinamakan muton. Perubahan ini akan
mempengaruhi sebagian dari aktivitas sel, misalnya susunan asam amino dari
polipeptida/ protein. Ditinjau dari perubahan nukleotida atau basa DNA maka
dapat dikenal macam-macam perubahannya, yaitu mutasi titik. Pertukaran,
pengurangan, pengisian, pembalikan

Macam-macam mutasi berdasarkan bagian yang bermutasi

a. Mutasi titik
Mutasi titik adalah mutasi yang disebabkan perubahan-perubahan atau
pengurangan satu basa DNA saja.Misalnya adenin diganti dengan guanin atau
timin diganti dengan sitosis.Pengaruh dari perubahan tersebut tergantung dari
letak basa DNA pada gen. Perubahan tersebut dapat tidak dipengaruhi produksi
protein atau mempengaruhi urutan asam amino dari protein atau tidak
menghasilkan protein tertentu. Jika perubahan basa DNA tidak mempengaruhi
produksi protein atau gejala fenotif lain maka mutasi inya dinamakan mutasi bisu.
Mutasi ini kemungkinan karena perubahan kodon yang terjadi tetap mengkode
asam amino yang samaProses pertukaran, pengurangan, penambahan dan
pembalikan dapat berlangsung secara sederhana artinya meliputi satu atau
beberapa basa DNA saja atau mencakup beratu-ratus DNA.Mutagenesis dapat
terjadi karena adanya senyawa mutagen, sinat ultra violet, cat akredin dan
sebagianya.
b. Mutasi Spontan
Mutasi spontan dapt terjadi setiap 108-109 pasangan DNA dan diperoleh satu
mutan. Mutasi ini disebabkan karena terjadi kerusakan fisik pada DNA, terjadi
perpindahan posisi DNA , kesalahan oleh enzim pada waktu terjadi replikasi.
 36

Sehingga urutan DNA, maupum pasangan basa berubah atau berbeda bentuk yaitu
dari bentuk amino menjadi imine, yang disebut tautomer.

1) Aberasi

Mutasi kromosom, sering juga disebut dengan mutasi besar/gross

mutation atau aberasi kromosom adalah perubahan jumlah kromosom dan
susunan atau urutan gen dalam kromosom. Mutasi kromosom sering terjadi
karena kesalahan meiosis dan sedikit dalam mitosis.

2) Aneuploidi

Aneuploidi adalah perubahan jumlah n-nya. Dalam hal ini, "n"

menandakan jumlah set kromosom. Sebagai contoh, sel tubuh manusia
memiliki 2 paket kromosom sehingga disebut 2n, dimana satu paket n
manusia berjumlah 23 kromosom. Aneuploidi dibagi menjadi 2, yaitu:
Autopoliploidi, yaitu n-nya mengganda sendiri karena kesalahan meiosis.
Allopoliploidi, yaitu perkawinan atau hibrid antara spesies yang berbeda
jumlah set kromosomnya.

3) Aneusomi

Aneusomi adalah perubahan jumlah kromosom. Penyebabnya adalah

anafase lag (peristiwa tidak melekatnya beneng-benang spindel ke
sentromer) dan non disjunction (gagal berpisah).

Aneusomi pada manusia dapat menyebabkan:

a) Sindrom Turner, dengan kariotipe (22AA+X0). Jumlah kromosomnya 45 dan

kehilangan 1 kromosom kelamin. Penderita Sindrom Turner berjenis kelamin
wanita, namun ovumnya tidak berkembang (ovaricular disgenesis).

b) Sindrom Klinefelter, kariotipe (22 AA+XXY), mengalami trisomik pada

kromosom gonosom. Penderita Sindrom Klinefelter berjenis kelamin laki-
laki, namun testisnya tidak berkembang (testicular disgenesis) sehingga tidak
bisa menghasilkan sperma (aspermia) dan mandul (gynaecomastis) serta
payudaranya tumbuh.
 37

c) Sindrom Jacobs, kariotipe (22AA+XYY), trisomik pada kromosom gonosom.

Penderita sindrom ini umumnya berwajah kriminal, suka menusuk-nusuk
mata dengan benda tajam, seperti pensil,dll dan juga sering berbuat kriminal.
Makalah di luar negeri mengatakan bahwa sebagian besar orang-orang yang
masuk penjara adalah orang-orang yang menderita Sindrom Jacobs.

d) Sindrom Patau, kariotipe (45A+XX/XY), trisomik pada kromosom autosom.

kromosom autosomnya mengalami kelainan pada kromosom nomor 13, 14,
atau 15.

e) Sindrom Edward, kariotipe (45A+XX/XY), trisomik pada autosom. Autosom

mengalami kelainan pada kromosom nomor 16,17, atau 18. Penderita
sindrom ini mempunyai tengkorak lonjong, bahu lebar pendek, telinga agak
ke bawah dan tidak wajar (http://id.wikipedia.org/wiki/Mutasi).

6. DNA rekombinan

DNA rekombinan atau rDNA (bahasa inggris: recombinant DNA) adalah

suatu bentuk DNA buatan yang dibuat dengan cara menggabungkan atau

merekombinasi dua atau lebih untaian benang DNA yang dalam keadaan

normal tidak berpasangan atau terjadi bersama. Pada bahasan biologi

molekuler, modifikasi genetik dilakukan dengan memasukkan DNA yang

relevan ke dalam DNA organisme yang hidup misalnya pada plasmid bakteri,

untuk menyandikan suatu sifat khusus tertentu seperti antibiotik dan sifat lain.
[1]
Hal ini berbeda dengan konsep DNA rekombinan yang kombinasi DNAnya

tidak terjadi secara alami di dalam sel tetapi direkayasa. Proses rekombinasi

DNA yang umum dilakukan adalah dengan menggabungkan untaian DNA dari

dua organisme yang berbeda. Bergabungnya dua DNA dari organisme yang

berbeda misalnya pada suatu plasmid bakteri dibantu oleh enzim ligase.
 38

Teknologi DNA rekombinan melalui teknik pemotongan DNA merupakan

salah saktu bukti penguat yang menunjukkan bahwa DNA adalah suatu unit

pewarisan (wikipedia.com).

Gambar 15. DNA rekombinan (http://www.google.co.id/imgres).

7. Mekanisme Transfer Gen Antar Bakteri

a. Transformasi; Transfer informasi genetik oleh DNA ekstraseluler yang

berasal dari bakteri donor (pemindahan DNA bebas-sel dari satu sel ke sel
yang lain).

b. Transduksi; Transfer gen yang dimediasi oleh virus (pemindahan gen dari
satu sel ke sel lain oleh bakteriofage).

c. Konyugasi; Sejumlah bakteri mampu melekat ke sel bakteri lain dan

mentransfer materi genetik (pemindahan gen antara sel-sel yang kontak
secara fisik).
 39

Gambar 15. Mekanisme transfer gen antar bakteri

(http://www.google.co.id/imgres).

I. Peran Bakteri dalam Kehidupan

Dalam kehidupan sehari-hari bakteri ada yang memiliki peranan

menguntungkan maupun yang merugikan.

Berikut adalah beberapa contoh bakteri yang menguntungkan:

1. Bakteri sebagai agen pengikat nitrogen, contohnya Rhizobium,

Azotobacter, dan Colostridium. Nitrogen bebas di udara, yang sangat

dibutuhkan oleh tumbuhan hanya dapat difiksasi oleh bakteri. Bakteri

 40

pengikat nitrogen bersimbiosis dengan tumbuhan membentuk bintil akar

pada tumbuhan kacang-kacangan.

2. Bakteri dapat menyuburkan tanah, contohnya Nitrosomonas,

Nitrosococcus, dan Nitrobacter.

3. Bakteri Streptococcus lactis dan S. cremoris menghasilkan keju dari bahan

susu.

4. Digunakan untuk menghasilkan asam cuka, yaitu bakteri Acetobacter dan

Acetomonas.

5. Bakteri Colostridium acetobutylicum digunakan untuk menghasilkan

aseton dan butanol.

6. Bakteri Streptomyces aureofaciens menghasilkan zat antibiotik

Aureomisin untuk mengatasi penyakit Pneumonia, infeksi mata, dan batuk

rejan (Priadi, 2009).

Berikut adalah beberapa contoh bakteri yang merugikan:

1. Penyebab pelendiran makanan, penurunan pH, dan pembentukkan gas,

yaitu bakteri Leuconostoc mesenteroides (http://id.wikipedia.org/).

2. Penyebab penyakit pada hewan, misalnya Bacillus anthracis menyebabkan

penyakit antraks pada sapi.

3. Penyebab penyakit pada manusia. Contohnya Mycobacterium tuberculosis

dapat menyebabkan penyakit Tuberkulosis, Salmonella typhi dapat

menyebabkan demam tipus, dan Vibrio cholera menyebabkan kolera.

 41

BAB III

KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

B. Saran

41
 42

DAFTAR PUSTAKA

1. Abdurahman, Deden. 2008. Biologi Kelompok Pertanian. Bandung:

Grafindo Media Prama.

2. Buku Ajar Mikrobilogi Kedokteran. Binarupa Aksara: Jakarta.1994

3. Corwin, Elizabeth J. 2009. Buku Saku Patofisiologi. Jakarta: Buku
Kedokteran EGC.

4. Michael J. Pelczar, dan E.C.S. Chan. 2008. Dasar-dasar Mikrobiologi. Ui-

Press : Jakarta

5. Pelczar, Michael dan Chan. 2010. Dasar-dasar Mikrobiologi. Jakarta: UI

Press.
6. Priadi, Arif. 2009. Biology 1 For Senior High School Year X. Jakarta:
Yudhistira

7. Suharni, Tri Theresia, dkk. 2008. Mikrobiologi Umum. Yogyakarta:

Universitas Atma Jaya
8. Syahrurachman, Agus. 1994. Mikrobiologi kedokteran ed.revisi. Jakarta:
Bina Rupa Aksara
9. Waluyo, 2005. Mikrobiologi Umum. Malang: UMPress
10. http://cahscient.files.wordpress.com/2008/08/textbook-mikrobiologi8.doc
Diakses tanggal: 28 Agustus 2014.

11. http://www.bing.com/images Diakses tanggal: 28 Agustus 2014.

12. http://ebiolearning.files.wordpress.com/2011/12/translasi1.jpg Diakses

tanggal: 28 Agustus 2014.

13. http://www.google.com/imgres Diakses tanggal: 28 Agustus 2014.

14. http://id.wikipedia.org/wiki/ Diakses tanggal: 28 Agustus 2014.

15. http://pelajaranilmu.blogspot.com/2012/04/morfologi-struktur-dan-sifat-
fisiologis.html Diakses tanggal: 28 Agustus 2014.

42
 43

16. http://www.botanicchoice.com/blog/?attachment_id=418 Diakses tanggal:

29 Agustus 2014,
17. http://www.wisegeek.org/what-is-spirillum.html Diakses tanggal: 29
Agustus 2014.
18. http://syamsulhuda-fst09.web.unair.ac.id/artikel_detail-61327-kuliah
Diakses tanggal: 29 Agustus 2014.