Dosen Pengampu:
Dr. Faidur Rohman, M.S.
Disusun oleh
Helda Dwi Hardiyanti
NIM. 081524253003
1.1 Tujuan
Untuk mengetahui struktur geometri senyawa asam dan menentukan besarnya
selisih energi ikatan hidrogen antara dua senyawa asam serta waktu running optimasi
dengan menggunakan berbagai metode perhitungan yaitu mekanika molekul (MM+),
semiempiris (AM1), dan ab initio (Minimal (STO-3G), Small (3-21G), dan Large (6-
31G**)).
2
BAB II
LANDASAN TEORI
Ikatan hidrogen adalah ikatan hidrogen adalah sejenis gaya tarik antar molekul
yang terjadi antara dua muatan listrik parsial dengan polaritas yang berlawanan. Ikatan
hidrogen dapat terjadi inter molekul dan intra molekul. Ikatan hidrogen terjadi ketika
sebuah molekul memiliki atom N, O, atau F yang mempunyai pasangan elektron bebas
(lone pair electron). Hidrogen dari molekul lain akan berinteraksi dengan pasangan
elektron bebas ini membentuk suatu ikatan hidrogen. Kekuatan ikatan hidrogen ini
dipengaruhi oleh perbedaan elektronegativitas antara atom-atom dalam molekul tersebut.
Semakin besar perbedaannya, semakin besar ikatan hidrogen yang terbentuk (Sirat, 2016).
Energi interaksi antar molekul dapat dihitung berdasarkan prinsip supermolekul,
artinya energi interaksi (Einteraksi) dihitung dari selisih energi antara energi kompleks antar
asam karboksilat (COOH) EICOOH-COOH dengan energi masing-masing monomer EICOOH.
EIH = 2 EICOOH – EICOOH
Program hyperchem merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan
oleh Hypercube Inc untuk sistem operasi Windows 95/98 dan Windows NT. Hyperchem
merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah
digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga
dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan
hyperchem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia kuantum
yang lain (Pranowo, 2003).
Kimia komputasi dapat digunakan untuk menjelaskan beragam system kimia
dengan kompleksitas yang sangat luas. Tiga metode kimia komputasi yang sering
digunakan adalah ab initio, semi empiris, dan mekanika molekul. Metode ab initio dapat
digunakan untuk memprediksi sifat sistem kimia yang melibatkan jumlah atom yang kecil,
sementara metode semiempiris mampu melakukan perhitungan untuk sistem kimia yang
lebih besar. Sistem kimia yang terdiri dari jutaan atom, masih mungkin dianalisis
menggunakan metode mekanika molekul. Kemampuan perhitungan dengan metode kimia
komputasi bergantung juga pada kemampuan computer dalam melakukan perhitungan
(Pranowo, 2003).
Mekanika Molekul merupakan suatu metode empiris yang digunakan untuk
menyatakan energi potensial dari molekul sebagai fungsi dari variable geometri. Elektron
tidak dinyatakan secara eksplisit dan fungsi energi potensial bergantung pada posisi inti.
3
Fungsi energi potensial ini sama dengan pendekatan Born-Oppenheimer yaitu didasarkan
pada permukaan energi potensial pada tingkat inti atom. Dalam hal ini gerakan elektron
dihitung sebagai rerata relatif terhadap pengaruh gerakan inti. Sistem elektron dimasukkan
secara implisit dengan pemulihan yang tepat dari parameter yang berasal dari data
eksperimen (Pranowo, 2003).
Pada metode MM, molekul digambarkan sebagai kumpulan atom yang berinteraksi
dengan atom yang lain dengan fungsi analitik sederhana yang didasarkan pada persamaan
mekanika klasik. Parameter yang digunakan dalam perhitungan energi dituturunkan dari
basis data struktur yang diperoleh secara eksperimen dan atau metode mekanika kuantum.
Persamaan dan parameter yang digunakan untuk mendefinisikan permukaan energi
potensial sebuah molekul dalam mekanika molekul merujuk pada sekumpulan persamaan
matematika yang dinamakan medan gaya (Force Field) (Pranowo, 2003).
Secara umum medan gaya disusun untuk suatu golongan yang spesifik dari system
kimia. Medan gaya yang dapat digunakan untuk semua golongan senyawa belum tersedia
sampai sekarang. Medan gaya ini berbeda dalam bentuk fungsi dari pernyataan analitik
dan dalam himpunan parameternya. Beberapa contoh medan gaya mekanika molekul
antara lain AMBER, CHARMM, GROMOS, MM3 dan lain-lain (Pranowo, 2003).
Medan gaya yang digunakan dalam optimasi dapat dibedakan menjadi dua bagian
yaitu medan gaya yang (Pranowo, 2003) :
a. Digunakan untuk molekul kecil dengan semua atom termasuk hidrogen diikutkan
dalam perhitungan. Ini dinamakan pendekatan “semua atom”.
b. Untuk molekul biologi, protein atau asam nukleat digunakan “hanya atom
essensial”. Di sini mayoritas atom hydrogen dihilangkan dari struktur, dalam upaya
menurunkan waktu perhitungan. Hanya hydrogen yang diperlukan saja yaitu
hydrogen yang terkoneksi pada heteroatom yang dinamakan hydrogen essensial-
diikutkan dalam perhitungan. Untuk mengkompensasi pendekatan ini, karbon
diperluas dengan jejari van der waals yang mengakomodasi hilangnya hydrogen.
Metode ini dikenal dengan pendekatan “united atom”.
c. Berikut salah satu jenis medan gaya yang sering digunakan dalam kimia komputasi
yaitu MM+. Sesuai untuk sebagian besar non-biologi berdasarkan MM2 (1977)
yang disusun oleh N.L. Allinger dan menggunakan himpunan parameter 1991 akan
menjadi parameter default dalam kasus parameter MM2 tidak tersedia.
Kimia kuantum berguna dalam penentuan beberapa sifat molekul menggunakan
dasar-dasar mekanika kuantum. Mekanika kuantum dibutuhkan untuk mempelajari
4
partikel-partikel yang berukuran mikro seperti elektron, inti, atom dan molekul yang sifat
dan kelakuan partikel tersebut tidak dapat dijelaskan dengan mekanika klasik. Dalam
mekanika kuantum, keadaan suatu sistem digambarkan melalui fungsi koordinat partikel
dalam sistem yang disebut dengan fungsi gelombang atau fungi keadaan. Fungsi ini dapat
diperoleh melalui penyelesaian persamaan Schrödinger (Pranowo, 2003).
Mekanika kuantum dalam prakteknyaterbagi atas dua metode, yaitu ab initio dan
semiempirik. Kedua metode ini mempunyai perbedaan yang prinsip. Ab initio
menyelesaikan semua persamaan secara eksak dan semua elektron yang ada
diperhitungkan, sehingga memerlukan waktu perhitungan yang lama. Dibandingkan
dengan ab initio, perhitungan dengan metode semi empirik dapat dijalankan lebih cepat
karena tidak semua persamaan diselesaikan secara eksak dan elektron yang diperhitungkan
hanyalah elektron valensi saja. Hasil perhitungan ab initio lebih akurat bila dibandingkan
hasil perhitungan semiempirik, walaupun dalam pengerjaannya ab initio memerlukan
waktu yang lebih lama. Kenyataan keakuratan ab initio disbanding semiempirik terlihat
jelas saat melakukan perhitungan pada atom atau molekul yang bermuatan (Pronowo,
2003).
Metode ab initio merupakan metode paling baik dalam prediksi sifat senyawa
dibandingkan dengan metode semiempiris maupun mekanika molekul. Sifat senyawa
seperti muatan atam neto, dipole, spectra UV, NMR, dan IR dapat ditentukan dengan
metode ini. Keberhasilan penggunaan metode ini bergantung pada pemilihan himpunan
basis yang sesuai untuk masalah yang sedang dikaji. Kelemahan dari metode ini adalah
keperluan yang besar akan waktu komputasi, media simpan dan memori komputer
(Pronowo, 2003).
Metode semiempiris diparameterisasi berdasar pada sifat khas dari kumpulan
molekul yang mempunyai kesamaan sifat. Penerapan parameter ini dalam perhitungan
senyawa yang “sejenis” dengan kelompok senyawa yang dipakai menyusun parameter
akan tinggi kebenarannya, tetapi untuk senyawa yang jauh berbeda, maka realibilitasnya
rendah. Dalam kasus demikian, metode ab initio dengan tingkat yang rendah pun
himpunan basis yang kecil masih berdaya guna dan lebih luas aplikasinya (Pranowo,
2003).
Perbedaan metode semiempiris yang satu dengan yang lain terletak pada
pendekatannya (misalnya tolakan core-core) dan secara khusus pada nilai dari parameter
tersebut. Berbeda dengan pendekatan mekanika molekular, hanya parameter untuk atom
5
tunggal dan untuk pasangan atom yang diperlukan. Jumlah parameter yang dipublikasikan
semakin banyak akhir-akhir ini (Pranowo, 2003).
Pada metode semiempiris yang tekenal sekarang (MNDO, AM1, PM3), pendekatan
ZDO hanya diterapkan pada fungsi basis pada atom yang berbeda. Ini dinamakan
pendekatan pengabaian tumpang tindih diferensial diatom, NDDO (neglect of diatomic
differential overlap) (Pranowo, 2003).
Metode semiempiris dapat dioptimasikan untuk keperluan yang berbeda. Metode
MNDO, AM1, dan PM3 dirancang untuk memproduksi panas pembentukan dan struktur
dari sejumlah besar molekul organic. Metode semi empiris yang lain dioptimasi khusus
untuk spectroskopi misalnya INDO, ZINDO atau CNDO yang melibatkan perhitungan CI
dan cukup baik dalam memprediksi keadaan transisi elektronik dalam daerah spectra
UV/Vis (Pranowo, 2003).
AM1 kepanjangan dari Austin Model 1. Dinamakan Austin Model 1 karena disusun
oleh Dewar ketika berada di University of Texas di Austin. AM1 mempunyai 14 parameter
per atom (beberapa atom mempunyai parameter fungsi Gaussian lebih dari atau lebih kecil
dari yang disebutkan). AM1 merupakan semi-empiris SCF metode untuk perhitungan
kimia. Sebuah perbaikan MNDO metode . Berguna untuk molekul yang mengandung unsur-
unsur dari barisan panjang 1 dan 2 dari tabel periodik, tetapi tidak logam transisi.Bersama
dengan PM3, AM1 umumnya metode semi-empiris paling akurat termasuk dalam
HyperChem. Menghitung sifat elektronik, geometri dioptimalkan, energi total, dan panas
pembentukan (Pranowo, 2003).
Austin Model 1 (AM1) adalah metode semi-empiris untuk perhitungan kuantum
struktur molekul elektronik dalam kimia komputasi. Hal ini didasarkan pada pendekatan
integral Neglect of Differential Diatomic Overlap. Secara khusus, metode ini adalah
generalisasi dari MNDO. AM1 dikembangkan oleh Michael Dewar yang diterbitkan pada
1985. AM1 merupakan upaya untuk meningkatkan model MNDO dengan mengurangi
tolakan atom pada jarak pemisahan dekat. Kompleksitas masalah parameterisasi di AM1
yaitu meningkatnya parameter per atom dari 7 di MNDO menjadi 13-16 per atom di AM1.
Hasil perhitungan AM1 kadang-kadang digunakan sebagai titik awal untuk
parameterizations dari forcefields dalam pemodelan molekul. Pengembangan AM1 adalah
SemiChem Austin Model 1 (SAM1), yang di implementasikan dalam program AMPAC
dan yang secara eksplisit memperlakukan d-orbital.
Kelebihan metode semi empiris AM1 yaitu cocok untuk sebagian besar senyawa
organik, metode ini tidak memerlukan memori yang besar dan waktu yang relatif cepat
6
dalam proses perhitungannya (Tahir dan Wijaya, 2004). Selain itu, metode ini dapat
memprediksi molekul-molekul dengan jumlah elektron valensi banyak dengan ketepatan
yang lebih baik dan mampu menghitung energi yang ditimbulkan oleh ikatan hidrogen dari
atom O dan N. Pada metode AM1 senyawa-senyawa bervalensi banyak dapat diprediksi
dengan ketepatan lebih baik dan dilibatkan atom-atom hidrogen dalam perhitungan.
7
BAB III
PROSEDUR KERJA
8
Jika kriteria konvergensi yang diberikan status bar telah tercapai akan muncul
Converged=Yes pada status bar maka stop stopwacth.
7. Catat energi yang diperoleh setelah optimasi
8. Menggambar struktur senyawa asam asetat disebelah gamabar asam asetat yg
terdahulu. Selanjutnya ulangi langkah 4, 5, 6, dan 7.
9. Hitung selisih energi antara 2 molekul senyawa asam dengan rumus :
EIH = 2 Easam 1 – Easam 1 - asam 2
10. Untuk membuat struktur senyawa asam yang lain dengan atom karbon 3, 4, dan 5
maka ulangi langkah 1-3 dengan menambah jumlah atom C pada langkah 2 dan
seterusnya diulangi langkah diatas.
9
BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
10
d. Asam Pentanoat / Asam Valerat (CH3(CH2)3COOH)
4.2 Pembahasan
Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang
diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan
perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul
seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan kristal cair),
dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata (Intan, 2011). Senyawa yang
digunakan dalam percobaan ini adalah senyawa asam karboksilat yang mempunyai gugus
COOH. Senyawa ini akan di optimasi dengan menggunakan berbagai metode, yaitu
mekanika molekul (MM+), semiempiris (AM1), dan ab initio (Minimal (STO-3G), Small
(3-21G), dan Large (6-31G**)).
12
Hasil perhitungan menggunakan berbagai metode perhitungan dalam Hyperchem
didapatkan data energi ikatan hidrogen 1 senyawa asam dan energi ikatan hidrogen 2
senyawa asam, selisih energi ikatan hidrogen, serta waktu running pembentukan energi
hidrogen.
Berdasarkan data yang diperoleh hasil energi ikatan hidrogen dari metode
perhitungan mekanika molekul, semiempiris, dan ab initio yaitu hasilnya perhitunngan
energi ikatan hydrogen ab initio adalah yang paling besar dibandingkan metode
perhitungan mekanika molekul MM+ dan semiempiris AM1. Hal ini dikarenakan metoda
ab initio adalah metoda ini menghasilkan perhitungan yang pada umumnya mendekati
penyelesaian eksak karena semua jenis pendekatan yang telah dibuat dapat dianggap cukup
kecil secara numerik relatif terhadap penyelesaian eksaknya.
Hasil selisih energi ikatan hidrogen yaitu menghitung hasil perhitungan energi
ikatan hidrogen senyawa asam 1 dengan hasil perhitungan energi ikatan hidrogen senyawa
asam 2 dengan rumus :
EIH = 2 Easam 1 – Easam 1 - asam 2
Hasil perhitungan selisih energi ikatan hidrogen senyawa asam ditunjukkan pada Gambar
4.1 bahwa nilai energi ikatan hidrogen dengan jumlah C yang sama menunjukkan nilai
yang berbeda untuk semua metode. Adanya perbedaan nilai energi ikatan hidrogen pada
masing-masing metode diindikasikan karena adanya perbedaan konformasi molekul ketika
optimasi pada masing-masing metode.
.
13
Selisih Energi Ikatan Hidrogen Antar Senyawa Asam
14
12
10 Large (6-31G**)
E Ikatan Hidrogen
Small (3-21G)
8 Ab Initio Minimal (STO-3G)
AM1
6 MM+
Gambar 4.1 Hubungan antara EIH dengan hasil berbagai metode perhitungan senyawa asam
Dari data hasil waktu running pembentukan energi hydrogen untuk senyawa asam dengan
perbedaan jumlah C hasilnya secara berturut-turut waktu running optimasi lebih cepat
untuk molekul dengan jumlah C yang sama pada metode mekanika molekul (MM+) >>
semiempiris (AM1) >> ab initio Minimal (STO-3G) >> ab initio Small (3-21G) >> ab
initio Large (6-31G**). Hal ini dikarenakan metoda ab initio ini mempunyai akurasi paling
tinggi dibanding metode lainnya, namun sebagai konsekuensinya dari pencapaian
ketelitian yang tinggi dari metode ab initio ini, diperlukan waktu operasi yang lama
sehingga hanya mungkin diterapkan pada molekul-molekul kecil. Metode perhitungan
mekanika kuantum ab initio merupakan salah satu metode perhitungan kimia selain
metode mekanika kuantum semi empiris atau pun metode mekanika molekuler.
Keunggulan dari metode ab initio ini adalah ia dikembangkan sebagai sebuah konsep yang
bersifat umum yang dapat menjelaskan tentang “kimia model”. Kimia model teoritis terdiri
dari suatu metode HF, MP2, dan lain-lain dan himpunan basis set.
14
BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Hasil perhitungan yang didapat yaitu besarnya selisih energi ikatan hidrogen antara
dua senyawa asam menggunakan berbagai metode perhitungan yaitu mekanika molekul
(MM+), semiempiris (AM1), dan ab initio (Minimal (STO-3G), Small (3-21G), dan Large
(6-31G**)) hasilnya berbeda-beda namun hasil perhitungan energy ikatan hydrogen yang
paling besar adalah ab initio Large (6-31G**) dan waktu running optimasi dengan
menggunakan berbagai metode perhitungan hasilnya adalah running optimasi lebih cepat
untuk molekul dengan jumlah C yang sama pada metode mekanika molekul (MM+) >>
semiempiris (AM1) >> ab initio Minimal (STO-3G) >> ab initio Small (3-21G) >> ab
initio Large (6-31G**).
5.2 Saran
Sebaiknya untuk perhitungan energy ikatan hydrogen menggunakan metode Ab
Initio menggunakan komputer atau laptop dengan kemampuan dan kecepatan yang tinggi
sehingga waktu pengerjaan yang cepat dan tidak membuat hang pada laptop.
15
DAFTAR PUSTAKA
Pranowo, Harno Dwi, Prof. Dr. 2003. Kimia Komputasi. Yogyakarta : Pusat Kimia
Komputasi Indonesia-Austria Jurusan Kimia FMIPA UGM.
Tahir, I., dan K. Wijaya. 2004. Aplikasi Pemisahan Data Secara Acak pada Analisis
Hubungan Kuantitatif Struktur Elektronik dan Aktivitas Senyawa
Indolialkilamina. Seminar Nasional Hasil Penelitian Farmasi 2004. Hal 190-200.
16